요지

구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제3호에 규정된 ⁠‘사업자등록’은 구 소득세법․구 법인세법에 따른 사업자등록을 의미하며, 고유번호를 발급받았다는 사정만으로 위 사업자등록 요건을 충족하였다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2019. 11. 18. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 종합부동산세 309,445,470원, 농어촌특별세 61,889,090원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. ○○○○지역주택조합(이하 ⁠‘이 사건 주택조합’이라 한다)은 2015. 10. 16. ○○군수로부터 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ○○○-○ 외 ○○필지 지상에 651세대의 ○○○○○○아파트(이하 ⁠‘이 사건 아파트’라 한다)를 신축하는 주택건설사업계획을 승인받았다.

이 사건 주택조합은 2015. 11. 27. ○○산업개발 주식회사(이하 ⁠‘○○산업개발’이라 한다)와 이 사건 아파트 신축공사에 관하여 공사금액을 87,223,000,000원으로 한 도급계약을 체결하였으며, 이 사건 아파트가 완공된 뒤 2019. 1. 17. ○○군수로부터 사용검사를 받았다.

나. 이 사건 주택조합은 2019. 4. 2. 원고와, 이 사건 아파트 가운데 당시까지 분양되지 않은 108동 804호 외 138세대(이하 ⁠‘이 사건 각 주택’이라 한다)에 관하여 수탁자를 원고, 우선수익자를 ○○○○협동조합 등으로 한 부동산담보신탁계약을 체결하였고, 2019. 4. 5. 원고에게 이 사건 각 주택에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료해 주었다.

다. 피고는 이 사건 각 주택이 종합부동산세 과세표준 합산 대상이라는 전제에서, 2019년도 종합부동산세 과세기준일인 2019. 6. 1. 당시 원고가 보유하고 있던 이 사건 각 주택의 공시가격의 합산금액이 6억 원을 초과한다는 이유로, 2019. 11. 18. 원고에게 2019년 귀속 종합부동산세 309,445,470원, 농어촌특별세 61,889,090원을 각 결정․ 고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 각 부과처분에 불복하여 2020. 1. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 7. 23. 기각 결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 각 주택을 원고에게 위탁한 이 사건 주택조합은 그 구성원의 주택을 건설하기 위하여 주택건설사업자로 등록한 ○○산업개발과 도급계약을 체결하고, ○○산업개발과 공동사업주체로서 ○○군수로부터 주택법 제15조에 따른 사업계획승인을 받았으며, 그 사업계획에 따라 이 사건 각 주택을 건설하여 2019년도 종합부동산세 과세기준일 당시 이를 사실상 소유하고 있었다. 비록 위탁자인 이 사건 주택조합이 소득세법 또는 법인세법에 따른 사업자등록을 하지는 않았으나, 이 사건 주택조합이 ○○산업개발과 공동사업주체로서 이 사건 아파트 건설사업계획에 관한 승인을 받은 점, 주택조합이 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 하는 경우에는 등록사업자와 공동사업주체로 간주되어 별도의 주택건설사업 등록을 요하지 않는 점(주택법 제4조 제1항 제5호, 제5조 제2항) 등에 비추어 볼 때, 종합부동산세법 시행령 규정에서 말하는 사업자등록 요건의 충족 여부는 이 사건 주택조합의 공동사업주체인 등록사업자 즉, ○○산업개발을 기준으로 판단되어야 하므로, 사업자등록 요건은 충족된다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 각 주택은 구 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호의 위임에 따라 제정된 구 종합부동산세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항 제3호 ⁠(가)목의 ⁠‘주택법 제15조에 따라 사업계획승인을 얻은 자가 건축하여 소유하는 주택’에 해당한다(이하, ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 설령 공동사업주체인 ○○산업개발이 아니라 위탁자인 이 사건 주택조합을 기준으로 사업자등록 요건 충족 여부를 판단하더라도, 구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제3호에서 정한 ⁠‘사업자등록’은 세법상 사업자등록을 의미하는 것으로 이는 소득세법, 법인세법에 따른 사업자등록에 한정되지 않고, 구 부가가치세법(2020. 1. 1. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조에 따른 사업자등록도 포함된다고 보아야 한다. 그런데 이 사건 주택조합은 부가가치세 면세사업자로서 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록의무가 없고, 위 사업자등록 요건은 사업자등록의무가 없는 자에 대해서는 적용되지 않으므로, 이 사건 주택조합은 사업자등록 요건을 충족한 것으로 보아야 한다(이하, ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 이 사건 주택조합은 당연히 법인으로 의제되는 단체로서 과세관청에 이를 등록하고 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 발급받았고, 2019년 종합부동산세 과세기준일 당시 해당 고유번호로써 과세관청에 의해 과세자료 등이 관리되고 있었으므로, 사업자등록 요건을 충족한 것으로 보아야 한다(이하, ⁠‘제3주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1주장에 관하여

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조)

구 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호, 구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제3호, 구 종합부동산세법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제782조로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1호(이하 위 각 규정들을 합쳐 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다)에 의하면, 종합부동산세 과세표준 합산의 대상에서 제외되는 주택은 ⁠‘주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있던 미분양주택’(구 종합부동산세법 제8조 제2항 제2호)인데, 그 주택건설사업자는 과세기준일 현재 ⁠‘사업자등록’을 한 다음 ⁠‘주택법 제15조에 따른 사업계획승인’을 얻고(구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제3호), ⁠‘미분양주택을 건축하여 소유하는 자’(구 종합부동산세법 시행규칙 제4조 제1호)여야 한다.¹⁾ 이와 같이 종합부동산세 합산과세 대상 제외 요건에서, ⁠“주택건설사업자”가 사업자등록을 하였을 것을 명시적으로 규정하고 있는 이상, 이 사건 각 주택의 종합부동산세 합산과세대상 제외 요건인 사업자등록 및 사업계획승인여부는 이 사건 아파트 건설사업의 공동사업주체이자 해당 주택의 실질적인 소유자로서 위탁자인 이 사건 주택조합을 기준으로 판단해야 한다고 봄이 타당하다.

비록 주택법 제4조 제1항 제5호, 제5조 제2항에서 주택조합이 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 하는 경우 등록사업자와 공동사업주체로 간주되어 별도의 주택건설사업 등록을 하지 않아도 된다고 규정하고 있기는 하나, 이는 주택건설사업을 진행하는 사업주체로 하여금 국토교통부장관에게 등록을 하게 하여 이를 관리하려는 주택법의 취지상 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 시행하는 주택조합에게까지 주택건설사업자등록 의무를 부과하지는 않은 것으로 볼 것이다. 반면 이 사건 조항은 주택건설사업자가 신축한 주택이 분양되지 않아 부득이하게 해당 주택을 보유하게 된 경우 해당 주택에 관한 종합부동산세를 면제해주기 위한 것인바, 주택조합이 등록사업자와 공동으로 주택건설사업을 시행한다는 사정만으로 이 사건 조항에 규정된 요건인 소득세법 또는 법인세법상 사업자등록을 하지 않아도 그 주택조합이 해당 사업자등록을 한 것과 마찬가지로 취급된다고 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 조항에 규정된 사업자등록 요건 충족 여부를 이 사건 주택조합의 공동사업주체인 ○○종합건설만을 기준으로 판단할 수는 없다.

그런데 이 사건 주택조합은 2015. 6. 11. ○○세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제6항에 따라 법인으로 보는 단체로 등록하고 고유번호를 발급받았을 뿐 법인세법 또는 소득세법상의 사업자등록을 한 바가 없어 이 사건 조항의 적용 요건 중 위 ⁠‘사업자등록’ 요건을 갖추지 못하였으므로, 이 사건 각 주택은 종합부동산세 합산과세대상에서 제외될 수 없다. 제1주장은 받아들이지 않는다.

2) 제2주장에 관하여

아래와 같은 사정들을 종합하여 볼 때 구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항 제3호에 규정된 ⁠‘사업자등록’은 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘소득세법’이라 한다), 구 법인세법(2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘법인세법’이라 한다) 제111조에 따른 사업자등록을 의미한다고 해석함이 타당하고, 이와 달리 부가가치세법 제8조에 따른 사업자등록이 여기에 포함된다고 볼 수는 없다. 제2주장도 받아들이지 않는다.

가) 구 종합부동산세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정되기 전의 것)은 당초 제3조 제1항과 제4조 제1항 제3호에서 모두 ⁠‘소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록’이라는 표현을 사용하였다. 위 시행령이 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정될 당시 제3조 제1항에서 이 부분을 ⁠‘「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 "사업자등록"이라 한다)’이라고 개정하면서 제4조 제1항 제3호에서도 ⁠‘소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록’을 줄여서 사업자등록이라고 표현하였다. 그런데 구 종합부동산세법 시행령은 2012. 2. 2. 대통령령 제23594호로 다시 개정될 당시 제3조 제1항 단서에서 일정한 경우 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 간주하는 내용을 추가하면서, 본문에서의 사업자등록 관련 규정을 ⁠‘「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)’라고 개정하여, ⁠“이 조에서”라는 문구를 추가하였다.

나) 위와 같은 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항과 제4조 제1항 제3호의 개정 연혁에 비추어 볼 때, 제3조 제1항에서의 사업자등록 요건은 일관되게 ⁠‘「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록’을 의미하고 있고, 제4조 제1항 제3호에서의 ⁠‘사업자등록’ 역시 당초 구 종합부동산세법 시행령 제정 당시와 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정되면서 ⁠‘사업자등록’이라고 줄여서 표현될 당시에도 제3조 제1항에서와 같이 ⁠‘「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조의 규정에 따른 사업자등록’을 의미함이 분명하였다. 그런데 구 종합부동산세법 시행령이 2012. 2. 2. 대통령령 제23594호로 개정될 당시 제3조 제1항에서 ⁠‘사업자등록’이라고 줄여 쓰는 표현을 ⁠“이 조에서”만 사용한다고 개정되기는 하였으나, 그 개정으로 인하여 제4조 제1항 제3호에서의 ⁠‘사업자등록’을 종전과 달리 소득세법 또는 법인세법뿐 아니라 부가가치세법상 사업자등록까지 포함하는 것으로 해석해야 한다고 단정하기는 어렵다.

다) 또한, 동일한 법령에서의 용어는 법령에 다른 규정이 있는 등 특별한 사정이 없는 한 동일하게 해석․적용하는 것이 법령의 체계적 해석에 부합하므로(대법원 2013. 10. 24. 선고 2011두21157 판결 참조), ⁠‘소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록’을 ⁠‘사업자등록’으로 줄여 표현한 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항의 취지가 바로 그 다음에 이어지는 제4조 제1항에도 동일하게 적용된다고 봄이 타당하다.

라) 원고는 소득세법 제168조 제2항 및 구 법인세법 제111조 제2항에 의하면 부가가치세법상 사업자등록을 한 경우 소득세법 및 법인세법상 사업자등록을 한 것으로 간주되는 이상, 소득세법 및 법인세법상 사업자등록과 부가가치세법상 사업자등록을 달리 취급할 필요가 없다고 주장한다. 그런데 소득세법 제168조 제2항 및 구 법인세법 제111조 제2항은 부가치세법상 사업자등록이 이루어진 경우 해당 사업장에 한하여 소득세법 및 법인세법상 사업자등록이 이루어진 것으로 간주하도록 규정한 것인바, 앞서 살펴본 바와 같이 구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항에서의 사업자등록은 해당 주택건설사업자가 보유한 주택들 가운데 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택 여부의 판단에 관한 요건으로서, 그 요건을 충족하기 위해서는 해당 주택건설사업자가 구 종합부동산세법 시행령 제4조 제1항에 따라 소득세법 및 법인세법상 사업자등록을 하거나 이 사건 아파트 신축사업에 관하여 부가가치세법상 사업자등록을 하여야 하는데, 원고는 이 사건 아파트 신축사업에 관하여 부가가치세법상 사업자등록을 한 사실이 없으므로, 위 요건을 충족하였다고 할 수 없다.

마) 한편, 이 사건 아파트는 주거전용면적 59㎡, 74㎡, 84㎡ 규모의 세대로만 이루어져 있는 국민주택규모 이하의 주택이므로(갑 제2, 6호증), 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제4호, 구 조세특례제한법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것) 제106호 제4항 제1호, 주택법 제2조 제1, 6호에 따라 이 사건 주택조합이 신축․공급하는 이 사건 각 주택 및 그 주택의 건설용역에 대해서는 부가가치세가 면제되는 것으로 보이기는 한다. 그러나 이는 일정한 요건 아래 신축된 주택에 관한 부가가치세를 면제하기 위한 규정으로 볼 것인바, 이 사건 각 주택에 관한 부가가치세가 면제된다는 사정만으로 이 사건 주택조합이 이 사건 조항에 따른 종합부동산세 과세표준 합산 대상 요건인 소득세법 또는 법인세법상 사업자등록을 하지 않았음에도 그 사업자등록을 한 것과 동일하게 볼 수는 없다.

3) 제3주장에 관하여

아래와 같은 사정들을 종합하여 볼 때 이 사건 주택조합이 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 발급받았다는 사정만으로 구 종합부동산세법 제4조 제1항 제3호에 규정된 사업자등록 요건을 충족하였다고 볼 수는 없다. 제3주장 역시 받아들이지 않는다.

가) 구 법인세법 제111조 제1항은 ⁠‘신규로 사업을 개시하는 법인은 납세지관할세무서장에게 등록’하여야 하고, 제2항은 ⁠‘부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것’으로 보며, 제3항은 ⁠‘부가가치세법 제8조의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다’고 규정하고 있다. 나아가 구 법인세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30396호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항은 ⁠‘구 법인세법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일 내에 사업자등록 신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다’고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제8조 제1항 및 제6항에서는 ⁠‘사업자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 하고, 사업자등록 신청을 받은 관할세무서장은 사업자등록을 하며, 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 사업자등록증을 발급하여야 한다’고 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 시행령 제154조 제3항에 의하면 ⁠‘국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 않은 법인에 대하여 고유번호를 부여하여야’ 하고, 구 부가가치세법 시행령(2020. 1. 15. 대통령령 제30256호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항에 의하면 ⁠‘관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 부가가치세법 제54조 제4항 또는 제5항에 따른 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여’할 수 있으며, 국세기본법 시행령 제8조 제3항은 ⁠‘법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법 시행령 제12조 제2항에 따른 고유번호를 부여하여야 하고, 다만 해당 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다.

나) 위 각 규정에 비추어 보면, 신규로 사업을 시작하는 법인은 원칙적으로 구 법인세법 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 하여 사업자등록번호가 부여된 사업자등록증을 발급받아야 하되, 사업자등록번호를 부여받지 아니한 ⁠‘법인’ 또는 ⁠‘법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 법인격이 없는 단체’는 사업자등록번호에 준하는 고유번호를 부여받을 수 있다. 그러나 이와 같은 ⁠‘법인으로 보는 단체의 승인을 얻은 법인격이 없는 단체’가 ⁠‘수익사업을 하려는 경우로서 구 법인세법 제111조에 따라 사업자등록을 하여야 하는 경우’에는 고유번호를 부여받을 수 없는바(국세기본법 시행령 제8조 제3항 단서), 수익사업을 하지 않음을 전제로 부여받은 고유번호를 발급받았다는 사정만으로 구 법인세법 제111조 규정에 의한 사업자등록을 마친 것과 동일하다고 할 수는 없다.

다) 이 사건 주택조합의 경우 고유번호를 발급받기는 하였으나, 이 사건 아파트를 신축하여 분양하는 주택건설사업을 시행한 이상 이는 수익사업을 하려는 경우에 해당한다고 할 것이므로 국세기본법 시행령 제8조 제3항 단서에 의하여 구 법인세법 제111조에 따른 사업자등록을 하여야 한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 고유번호를 부여받은 사정만으로 사업자등록을 마친 것과 마찬가지로 볼 수는 없다(또한 이 사건 주택조합이 신축․공급하는 이 사건 각 주택에 관하여 부가가치세가 면제된다는 사정을 고려하더라도 마찬가지이다).

라) 원고는 이 사건 주택조합이 발급받은 고유번호는 부가가치세법 시행령 제12조 제2항에 의하여 사업자등록번호에 준하는 것이므로 사업자등록을 받은 것과 마찬가지로 취급되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 살펴본 바와 같이 부가가치세법상 고유번호는 과세자료를 효율적으로 관리하기 위하여 부여되는 것으로, 부가가치세법 시행령 제12조 제2항에서 ⁠‘사업자등록번호에 준한다’는 취지로 규정한 것은 그 과세자료 관리에 관하여 사업자등록번호와 마찬가지로 취급한다는 뜻으로 봄이 타당하고, 달리 고유번호가 부여되었다고 하여 이를 영리법인 또는 수익사업을 하는 비영리법인이 발급받은 사업자등록과 동일한 것으로 취급할 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 이와 결론을 같이하는 제1심판결은 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 이때 해당 요건의 충족 여부에 관하여 수탁자(원고)가 아닌 위탁자를 기준으로 판단하여야 한다는 점에 관하여는 당사자 사

이에 이견이 없다

출처 : 서울고등법원 2022. 10. 20. 선고 서울고등법원 2021누57157 판결 | 국세법령정보시스템