요지

자동차 부품을 개발하기 위해 응용연구개발 프로젝트를 수행하는 과정에서 원고의 전문 인력을 투입하여 프로젝트는 통상이윤을 초과하지 않고, 라이선그계약에 비해 비밀보호의무를 일부 완화하고, 응용연구개발용역 결과물에 대한 보증의무가 있으며, 용응연구개발로 얻은 지식정보의 소유권이 한국법인에게 있어 인적용역소득이라는 판결요지임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2017. 5. 26. 원고에게 한 2012 사업연도 원천징수 법인세 2,212,858,696원, 2013 사업연도 원천징수 법인세 3,789,577,377원, 2014 사업연도 원천징수 법인세 506,245,895원, 2015 사업연도 원천징수 법인세 1,080,743,190원, 2016 사업연도 원천징수 법인세 70,474,349원에 관한 각 경정 거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고의 라이선스계약, 응용연구개발계약 각 체결

원고는 자동차 부품 제조 사업을 영위하는 CCCC 그룹 소속의 독일법인으로서 대한민국 내에 고정사업장이 없어, 대한민국 내에서 자동차 부품 제조업을 영위할 목적으로 원고의 계열회사로 ⁠‘CCCC AAAAA EEEEEE 유한회사’(이하 ⁠‘한국법인’이라 한다)를 설립했다.

원고는 2009. 1. 6. 한국법인과 ⁠‘원고가 보유하거나 실시권을 가지는 지식재산권 등을 한국법인에 제공하고, 한국법인이 원고에게 그 대가를 지급하기로 한다’는 계약(License Agreement)(이하 ⁠‘라이선스계약’이라 한다)을 체결했다.

원고는 2009. 1. 6. 한국법인과 ⁠‘한국법인이 원고에게 자동차 부품 분야의 개별 프로젝트를 위한 응용연구개발을 의뢰하면, 원고가 직접 또는 계열회사를 통해 그 응용연구개발을 수행하여 이에 따른 결과물을 한국법인에 제공하고, 한국법인은 원고에게 그에 대한 대가를 지급하기로 한다’는 계약(Agreement on Application Research and Development Services)(이하 ⁠‘응용연구개발계약’이라 한다)을 체결했다.

 나. 한국법인의 법인세 원천징수·납부

한국법인은 2012년 5월경부터 2016년 2월경까지 원고에게 응용연구개발계약에 따른 대금(이하 ⁠‘응용연구개발대금’이라 한다) 조로 별지 표 기재와 같이 합계 835억 5889만 4562원을 지급하면서, 이를 ⁠‘지식재산권의 사용료 소득’으로 보고, 그에 따른 법인세 합계 76억 5989만 9507원을 원천징수하여 피고에게 납부했다.

 다. 피고의 경정 거부처분

원고는 2017. 4. 6. 피고에게 ⁠‘응용연구개발대금이 지식재산권 및 노하우의 사용료(이하 ⁠‘사용료 소득’이라 한다)가 아니라 응용연구개발 수행의 대가로 사업소득(이하 ’인적용역 소득’이라 한다)이어서 ｢대한민국과 독일연방공화국 간의 소득과 자본에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정｣(이하 ⁠‘한·독 조세조약’이라 한다) 제7조에 따라 대한민국에서 과세할 수 없다’는 이유로, 위와 같이 원천징수·납부한 법인세 전액의 환급을 구하는 경정청구를 했다.

피고는 2017. 6. 7. ⁠‘응용연구개발대금이 사용료 소득’이라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘경정 거부처분’이라 한다)을 했다.

[인정 근거] 다툼 없음, 갑 제1 내지 6, 31호증(가지번호 있는 서증은 각 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 경정 거부처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

원고는 한국법인에 응용연구개발계약에 따른 인적용역을 제공하고 그 대가로 응용연구개발대금을 받았다. 이 대금은 한·독 조세조약 제14조에 규정된 ⁠“독립적 인적용역” 소득이고, 이와 달리 제12조에 규정된 ⁠“사용료” 소득이 아니다. 따라서 한·독 조세조약에 따라 피고는 응용연구개발대금에 대하여 과세할 수 없다.

 나. 관련 법리

  1) 경정 거부처분 취소소송에서 증명책임

과세처분에 관한 행정소송에서 과세원인, 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관한 증명책임은 특별한 사정이 없으면 과세관청에 있다(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조). 경정 거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2019두50946 판결). 따라서, 특별한 사정이 없으면, 경정 거부처분 취소소송에서 정당한 세액의 요건이 되는 사실에 관한 증명책임은 과세관청에 있다.

  2) 한·독 조세조약에서 인적용역 소득과 사용료 소득의 구별 기준

구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라고 한다) 제93조 제5호, 제8호, 한․독 조세조약 제7조 제1호, 제12조 제1호, 제2호, 제3호 각 규정의 문언과 내용, 입법 취지 및 체계 등을 종합하여 볼 때, 계약 당사자 간에 체결된 계약의 주된 목적과 내용, 제공된 용역의 성격과 내용, 대가의 산정 방식 등에 비추어, 용역 공급자가 동종의 용역수행자라면 통상 보유하는 전문 지식과 경험 등을 활용하여 상당한 시간과 비용을 들여 임무를 수행하고 이로써 새로이 획득한 결과물을 상대방에게 제공했으며, 그에 대한 대가로 해당 용역 수행 과정에서 발생한 인건비 등 실비변상적 성격의 금액을 수령한 경우에는, 이는 ⁠‘노하우 등의 사용료’가 아닌 ⁠‘인적용역 수행의 대가’가 지급된 것으로 보아야 한다. 이는, 설령 그와 같은 용역수행 과정에서 기존 지식재산권이나 노하우 등의 일부 사용이나 전수가 이루어졌더라도, 전체적으로 보아 그러한 기존 지식재산권이나 노하우 등의 일부 사용이나 전수가 주된 목적이 아니고 다른 목적달성을 위한 부수적인 경우에도 마찬가지다.

 다. 인정 사실

  1) 응용연구개발계약의 주요 규정

원고와 한국법인이 2009. 1. 6. 체결한 응용연구개발계약의 주요 규정은 아래와 같다.

  2) 한국법인의 자동차 부품 개발 프로젝트 수행

한국법인은 자동차용 전자(구성)부품, 조립부속품, 관련 제품 및 시스템의 제조·판매를 할 뿐만 아니라, 자동차 부품 개발을 위한 연구시설과 전문 인력 수백 명을 자체적으로 보유하며, 예를 들어 HH·KK자동차 등과 같은 완성차업체(이하 ⁠‘HH·KK자동차 등’이라 한다)에서 특정 사양의 자동차 부품 개발을 의뢰받아 그 부품을 개발하여 납품하는 사업도 영위했다.

자동차 부품은 하드웨어와 이를 작동시키는 소프트웨어인 운용체계, 플랫폼, 프로그램 등의 복합적인 결합으로써 만들어진다. 한국법인은 자동차 부품 중 칩셋 등 주요 구성품에 관한 기존 회로도나 사용설명서 등을 원고로부터 받아 그대로 사용해서는 HH·KK자동차 등이 요구하는 기능이나 사양을 충족시킬 수 없었다. 그 요구사항의 충족을 위해서는 칩셋 등 주요 구성품을 다른 하드웨어 및 소프트웨어 등과 복합적으로 결합하는 것이 필요했다. 이에 그 구성품을 분석하여 개별 차종의 운영체계에 맞게 추가로 설계하고, 새로운 소프트웨어 및 해당 부품의 구조 등을 고려하여 하드웨어를 새롭게 개발하며, 이들을 결합한 다음, 이들이 제대로 기능하는지를 검증·시험해야 한다.

그 개발 일정과 예산이 제한되어 있어, 그 범위 내에서 한국법인은 이를 효율적으로 수행해야 했다. 그래서 자동차 부품 개발 프로젝트 중 상당 부분을 한국법인이 자신의 고유한 사업 활동으로 자신의 책임과 계산하에 자체적으로 수행하기도 하면서도, 이를 제외한 나머지 부분은 응용연구개발계약에 의하여 원고에게 위탁을 맡겨 수행했다.

  3) HH·KK자동차 GGGG CCCC 개발 프로젝트의 수행

한국법인은 2012년경부터 2015년경까지 HH·KK자동차 등으로부터 총 155건의 자동차 부품 개발을 의뢰받아, 그중 43건을 단독으로 수행하고, 78건을 원고 및 원고의 국외 계열회사(이하 ⁠‘원고 등’이라 한다)와 함께 수행했으며, 나머지 34건을 원고 등이 전적으로 수행했다. 위 78건 중에서는 ⁠‘GGGG CCCC 프로젝트(DG-015618)’가 한국법인이 원고 등과 함께 수행한 대표적인 사례이다. ⁠‘GGGG CCCC 프로젝트’는 HH·KK자동차가 제네시스 차종에 탑재하려는 자동차 클러스터(Cluster)(이하 ⁠‘GGGG CCCC’라 한다)를 개발하는 프로젝트이었다. ⁠‘자동차 클러스터’란 자동차 운전대 뒤에 설치되어 주행속도, 주행거리, 연료량, 각종 경고등 등 자동차 주행과 관련 있는 정보들을 운전자에게 제공하는 계기판을 말한다. ⁠‘GGGG CCCC 프로젝트’를 중심으로 한국법인이 자동차 부품 개발 프로젝트를 수행하는 구체적인 과정을 살펴보면 아래와 같다.

   ➀ GGGG CCCC 개발 업체로 선정

먼저, HH·KK자동차가 2011. 1. 18.경 GGGG CCCC 개발에 관한 입찰을 공고하면서 한국법인 등 자동차 부품 제조업체에 GGGG CCCC에 관한 설계요구사양서를 제공했다. 그 사양서에는 GGGG CCCC를 구성하는 부품의 목표 내구 수명, 내구 품질이나 기능, 적용하려는 신기술 등이 담겨 있었다.

한국법인은 응용연구개발계약에 토대하여 원고 등과 함께 위 설계요구사양서에 따른 GGGG CCCC의 개발에 필요한 예상 인력, 시간 및 비용 등을 산출하고 견적서를 작성하여 HH·KK자동차에 제출함으로써 위 입찰에 응찰했다. 이어 HH·KK자동차는 2012. 4. 5.경 한국법인을 GGGG CCCC 개발 업체로 선정하고 이를 한국법인에 통보했다.

   ➁ 한국법인의 개발업무 직접 수행

한국법인은 원고 등과 함께 소프트웨어 전문 엔지니어 등으로 글로벌 프로젝트팀을 구성하고, 업무수행 일정 및 계획을 수립하면서, 2012. 5. 31.경 HH·KK자동차와 GGGG CCCC 개발 상황을 논의했다. 그 논의 자리에서 한국법인은 개발 콘셉트, 개발 일정(제품 목표일: 2013. 11. 15.), 개발 조직과 팀별 개발 상황 등을 공유하면서 독일 소재 기술연구소(Babenhausen)와 협업하고 시제품 생산 단계에서 하드웨어 및 소프트웨어의 각 개발을 원고 등이 협업하여 수행할 것임을 밝혔다.

한국법인은 아래 ➂항 기재와 같이 원고 등에게서 소프트웨어 모듈을 전달받아 추가 작업을 거쳐 클러스터 소프트웨어에 통합하고, 원고 등 작성의 검토·시험 보고서에 토대하여 소프트웨어 문제점을 해결하는 수정·보완 작업을 거쳐, GGGG 차종에 탑재할 7인치 크기의 박막 트랜지스터 액정 화면을 활용한 클러스터의 소프트웨어 및 하드웨어를 처음으로 개발하여 HH·KK자동차에 제공했다.

   ➂ 원고 등 소속 인력의 개발업무 수탁 수행

원고 등 소속 엔지니어들은 실제로 GGGG CCCC 부품을 구성하는 소프트웨어를 위한 콘셉트의 구상, 설계요구 사양 분석 및 설계, 프로그래밍, 시험 및 검증 등을 수행하였다. 원고 소속 엔지니어는 주로 코칭 및 파트타임 서포트 관련 업무를 수행했다. 특히 원고 소속 PP SS(P*** S******) 등이 GGGG CCCC 하드웨어 중 그래픽보드 전원 부분을 설계하고, 원고 소속 MMMM BBBBB(M***** B******) 등이 마이크로 컨트롤러 및 휘발성 메모리 부분을 설계했다. SSSS법인에서는 그 소속 엔지니어 NNNN PPPPPP(N******* P********)는 GGGG CCCC 요구사양의 분석, 이를 충족하는 소프트웨어 로직의 설계, 그 설계한 로직을 프로그램 언어로 바꾸는 프로그래밍, 여러 구성품의 통합, 시험 및 검증 등의 과정을 수행하여 새로운 소프트웨어인 ⁠‘리스트 위젯 소프트웨어(List Widget Software, LSW) 모듈’(GGGG CCCC 부품의 화면상 목록 기능을 수행하는 소프트웨어이다)을 개발하고, 위 소프트웨어의 구체적인 사양, 기능, 시스템 통합 방식, 내부설계, 이슈 사항 등을 상세히 설명한 사양서를 작성하여 한국법인에 각각 전달한 것을 비롯하여 그 소속 총 25명의 인력이 2011년 11월경부터 2014년까지 클러스터 일부 기능의 애니메이션, 위젯 개발과 관련된 소스코드 코딩 및 테스트 등 업무를 수행했다. LLLL 법인 소속 엔지니어 LLLL BBBB(L***** B******)는 GGGG CCCC 부품을 위해 개발된 하위 소프트웨어를 소프트웨어에 통합한 후 수신, 전송 등 정상적으로 작동하는지를 시험하고 그 과정을 설명하는 시험 사양 보고서(Test Specification)와 시험을 통해 얻은 결과 등을 설명하는 결과 보고서(Test Report)를 한국법인에 제공했다. 그 이후에도 원고 등은 한국법인의 요구에 따라 수정·보완하는 용역을 수행했다.

   ➃ 한국법인과 원고 등 소속 인력들의 프로젝트 수행 시간 관리

한국법인 소속 인력이든, 원고 등 소속 인력이든, GGGG CCCC 프로젝트에 참여하는 모든 인력은 각자 자신의 프로젝트 수행 시간, 진행 상황 등을 원고 그룹 내의 ⁠‘글로벌 프로젝트 시스템’(이하 ⁠‘GPS 시스템’이라 한다)에 실시간으로 입력했다. 이에 의하면 GGGG CCCC 프로젝트에 한국법인과 원고 등 소속 인력들은 2012년부터 2015년까지 총 시간 71,641시간을 투입했다. 그중 61,448시간(85.77%)을 한국법인 소속 인력 16명이, 나머지 10,193시간(14.23%) ⁠[= 원고 574시간(0.8%) + LLLL 법인 578시간(0.8%) + SSSS법인 소속 25명 9,041시간(12.6%)]을 원고 등 소속 인력이 투입했다.

   ➄ 한국법인 명의 등으로 특허출원

한국법인은 위와 같은 과정을 거쳐 개발한 결과물 등을 활용하여 HH·KK자동차 등에 제품을 공급하고, 그 활용 과정에서 ⁠‘버튼 동작을 위한 발 랜서’, ⁠‘차량의 공조 제어방법 및 그 장치’, ⁠‘속도 계측 장치 및 그 제어방법’ 등과 같이 새로운 기술을 개발하는 경우 이를 한국법인 단독 명의로 또는 한국법인과 HH·KK자동차 등의 공동명의로 특허출원을 하였다.

  4) 한국법인과 원고 등 사이의 GGGG CCCC 개발 비용 정산

한국법인은 원고에게 ⁠‘프로젝트 과정에서 발생한 전체 비용’에서 ⁠‘한국법인이 자체적 으로 수행한 부분에서 발생한 비용’을 공제한 나머지 금액을 지급했다. GGGG CCCC 프로젝트에서 한국법인은 원고 574시간(0.8%), LLLL 법인 578시간(0.8%), SSSS법인 9,041시간(12.6%)의 합계 10,193시간(14.2%)에 대한 대가를 원고에게 지급했다. GGGG CCCC 개발 프로젝트에서 발생한 인건비는 프로젝트 참여 인력이 투입한 71,641시간에 평균 임률을 곱하는 방식으로 산정하여 총 2,592,215유로로 전체 비용 중 약 86%를 차지했다. 그 금액은 응용연구개발계약 제5조에 따라 총 원가(=용역 관련 인건비 및 재료비 + 기타 경비 + 인프라 관련 원가 및 간접경비, Full costs)에 3%를 더한 금액(용역제공 회사에 지급하는 용역수수료)에 다시 5%를 더하는 방법으로 산정했다.

위와 같은 프로젝트 수행 비용의 정산은 ⁠‘GPS 시스템’과 연동된 ⁠‘GLARE 프로그램’을 통해 이루어졌다. ⁠‘GLARE 프로그램’에서 ⁠‘Allocation in’ 비용과 ⁠‘Allocation out’ 비용의 내역을 청구서에 담아 원고, 한국법인 등에 각각 발송했다. ⁠‘Allocation out’ 비용1)은 GGGG CCCC 개발 프로젝트 중 일부를 원고에게 의뢰한 한국법인과 같은 발주회사가 직접 수행한 업무를 포함한 하나의 프로젝트 전체 응용연구개발용역에서 발생한 비용으로서, 한국법인이 GGGG CCCC 프로젝트에서 자신의 고유한 사업활동으로 자체적으로 수행한 용역(‘자체수행분’이라 한다)과 원고로부터 수탁받아 수행한 용역(‘수탁수행분’)에서 각각 발생하는 비용에 5%의 이윤을 합산한 금액을 의미한다. ⁠‘Allocation in’ 비용은 예를 들어 한국법인이 GGGG CCCC 프로젝트에서 그 제품 개발 과정에서 발생한 전체 비용으로서, 한국법인의 자체수행분과 원고 등에 위탁하여 수행한 부분(‘위탁수행분’)에서 각각 발생한 비용에 5%의 이윤을 합산한 금액을 의미한다. ⁠‘Allocation in’ 비용 중 ⁠‘한국법인 자체수행분’은 매입거래에서 차감될 뿐 국제거래명세서상의 ⁠‘매출거래(일반 용역 거래)’와는 무관하다.

한국법인은 응용연구개발계약에 따라 원고에게 ⁠‘Allocation in’ 비용 중에서 자체수행분 비용을 제외한 나머지 금액(‘위탁수행분’)을 지급해야 하는 과정에서, 그 나머지 금액에 대하여 법인(원천)세를 원천징수하여 피고에게 납부했다.

한국법인은 자신의 고유한 사업 활동의 일환으로 자체적으로 응용연구개발을 수행하는 과정에서 발생하는 비용(자체수행분)을 재무상태표상 무형자산(개발비)으로 처리하거나 손익계산서상 판매관리비(경상연구개발비)로 처리했다.

  5) 라이선스계약에 따른 사용료의 별도 지급

한국법인은 원고가 보유하는, 이미 개발이 완료되어 사용 가능한 특허, 기술정보, 노하우 등을 포함한 지적재산의 사용을 위해 라이선스계약을 체결하고, 이에 따라 해당 지식재산이 사용된 자동차 제품의 판매에 따른 연간 순매출액의 일정 비율(3%)을 매년 정기 사용료(Recurrent Royalty)로 원고에게 지급하고, 그 금액에 대하여는 한·독 조세조약에서 정한 제한세율을 적용하여 법인(원천)세를 납부했다.

[인정 근거] 갑 제2, 9, 10, 12, 13, 16, 18, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 29, 32, 33, 34, 37, 40, 41호증의 각 기재, 을 제8, 9호증의 각 일부 기재, 변론 전체의 취지

 라. 이 법원의 판단

앞의 인정 근거에 의하면, 앞의 인정 사실 외에 추가로 아래와 같은 사실이나 사정을 인정하거나 알 수 있고, 이러한 인정 사실 등을 종합하여 보면, 한국법인은 완성차 업체에 공급하려는 자동차 부품을 개발하기 위해 응용연구개발 프로젝트를 수행하는 과정에서 그 프로젝트 중 일부 업무를 응용연구개발계약에 의하여 원고에게 위탁하였고, 원고는 이같이 수탁한 업무를 수행하기 위하여 이에 필요한 전문 인력을 투입하여 응용연구개발용역을 수행하고 그 결과 새롭게 생성된 결과물을 한국법인에 전달했으며, 한국법인은 원고의 위와 같은 응용연구개발 활동에 대한 대가로 원고에게 응용연구개발대금을 지급했으므로, 응용연구개발대금은 한·독 조세조약 제14조에 규정된 ⁠“독립적 인적용역” 소득에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 있다.

   ① 응용연구개발계약의 목적

한국법인은 원고에게서 자동차 부품의 구성품인 일부 하드웨어에 관한 기존 회로도와 그에 관한 설명 등을 받아 그대로 사용하는 것, 즉 원고의 기본적인 기술지원을 받으면서 기존의 자동차 부품 관련 소프트웨어나 하드웨어를 일부 수정하거나 보완하는 작업을 하거나 이를 확인 또는 교차점검 하는 것만으로는 완성차업체가 요구하는 구체적인 기능과 사양을 충족할 수 없었다. 그 충족을 위해서는 한국법인이 기존의 구성품을 다른 하드웨어 및 소프트웨어와 결합하여 새로운 자동차 부품을 개발해야 했다. 그 개발에는 한국법인이 기존 구성품 등을 분석하여, 완성차업체의 수요에 맞는 새로운 설계 및 프로그래밍을 하고, 이들을 결합한 다음 그것이 제대로 기능하는지를 시험하고 검증하는 응용연구개발 작업이 실제로 필요했다. 이러한 응용연구개발 업무 중 일부를 원고에 위탁하여 수행하려는 목적에서 한국법인은 원고와 응용연구개발계약을 체결했다. 이러한 응용연구개발계약이 한국법인과 원고가 라이선스계약을 우회하거나 잠탈하기 위하여 형식적으로 체결한 것도 아니고, 그 응용연구개발계약의 내용이나 목적이 라이선스계약과 사실상 동일한 것도 아니다.

   ② 원고가 수행한 응용연구개발업무의 내용

원고는 대표적으로 GGGG CCCC 프로젝트에서 2012년부터 2014년까지 약 3년 정도의 기간에 걸쳐 그 소속 또는 국외 계열회사 소속 엔지니어들이 응용연구개발 활동을 수행하게 하여 한국법인이 GGGG CCCC 개발에 필요로 하는 부품을 개발했다. 원고 등이 수행한 위 응용연구개발 용역은 한국법인은 물론 동종의 엔지니어 등 전문가가 통상적으로 보유하는 전문 지식이나 특별한 기능으로 수행할 수 있는 자동차 부품 개발업무에 해당했다.

응용연구개발계약 제2조는 대상을 ⁠“자동차 부품 분야의 개별 프로젝트를 위하여 원고 또는 그 하청업체들이 수행하는 응용연구개발”로 정했다. 따라서 원고가 응용 연구개발용역을 수행하는 데에서 SSSS법인 또는 LLLL 법인과 같은 국외 계열회사에 일부 업무를 하청을 맡겨 수행할 수 있었다.

원고는 응용연구개발계약 제1.13항에 의하여 ⁠“응용연구개발로 얻은 지식재산과 정보”를 ⁠“결과물(results)”로 한국법인에 제공했다. 이는 응용연구개발용역을 수행함으로써 새로 얻게 된 것으로서, 원고가 기존에 보유하는 ⁠‘지식재산 및 정보’와 구별된다.

그리고 원고 등 소속 엔지니어들이 GGGG CCCC 프로젝트에 참여한 정도는 원고가 한국법인에 기존 기술정보나 노하우 등을 제공한 취지에 따라 한국법인이 사용하는지를 확인하는 것 등 기존 기술정보나 노하우 등의 제공에 부수한 보완, 기본적 기술지원(Basic Technical support)에 불과하다고 의심할 만한 충분한 자료나 사정이 엿보이지 않는다.

이와 같은 GGGG CCCC 프로젝트 전체 수행 기간, 그중 원고 등이 실제로 수행한 업무의 내용과 수행 기간, 한국법인과 원고 등의 각 투입인력 수와 투입 시간 등에 비추어 보면, 원고는 기존의 기술정보나 노하우 등을 제공함으로써 GGGG CCCC 프로젝트 중 일부 업무를 수행한 것이 아니라, 기존의 기술정보 등에 토대하되, HH·KK자동차 등의 요구사항을 충족하기 위해 상당한 시간과 비용을 들여 새롭게 기술정보 등을 개발하여 한국법인에 제공했다고 봄이 타당하다. 이는 소프트웨어의 소스코드 그 자체를 제공하지는 않고 소스코드의 오브젝트 코드를 제공하면서 이에 문제가 발생하는 경우에 그 문제 해결을 위해 자문하거나, 소스코드의 버그가 발생하여 그 버그를 해결하는 업무와는 명확히 구분된다고 보인다.

   ③ 응용연구개발대금의 성격

한국법인은 원고의 기존 기술정보나 노하우 등을 활용하여 새롭게 자동차 부품을 개발해야만 HH·KK자동차 등이 요구하는 기능이나 사양을 충족하는 자동차 부품을 공급할 수 있었다. 이를 위해 원고 등이 상당한 시간과 비용을 들여 새로운 소프트웨어 및 하드웨어를 개발했고, 그에 대한 대가로 한국법인이 원고에게 응용연구개발대금을 지급했다. 그 대금은 원고 등에게 발생한 총비용에 5%의 이윤을 가산하여 산정했고, 그 총비용의 대부분은 인건비와 같은 실비변상적 금액으로, 평균 임률을 적용했으며, 금액이 지나치게 많은 것도 아니다. 원고가 하청업체를 통해 응용연구개발용역을 수행하는 경우 그에 따라 발생하는 행정관리비용에 대해서는 그 행정관리비용에 3% 이윤을 가산한 금액을 추가로 청구할 수 있고(응용연구개발계약 제5조 제3항), 이는 응용연구개발대금과 별개이다. 이와 별도로 한국법인은 원고에게 기존의 기술정보 등의 사용에 대해 관련 제품 순매출액의 3%에 해당하는 돈을 사용료로 지급했다.

   ④ 응용연구개발용역 결과물에 관한 보증의무

응용연구개발계약 제3조는 제4항에서 ⁠“한국법인이 결과물을 수령한 후 결과물의 결함이나 실수를 발견하면 원고는 원고의 비용으로 이를 신속하게 수정하고, 한국법인의 수락을 위해 동일한 방법으로 결과물을 지체 없이 제공한다.”고 정하면서, 제5항에서 ⁠“만약 이와 같은 수정 작업에도 불구하고 그 결함이나 오류가 해결되지 않는다면 당사자들은 개별 프로젝트에 관한 개별 계약의 수정에 관하여 협상을 성실하게 임하여야 한다.”고 정한다. 이로써 원고는 응용연구개발계약에 의하여 인적용역의 이행과 결과에 대하여 일정한 보증의무를 한국법인에 대하여 부담한다.

   ➄ 비밀 보호 의무의 일부 완화

응용연구개발계약 제8조 제3항은 제1문에서 ”한국법인은 모든 정보를 기밀로 하고 그룹사 또는 주주를 포함하여 제3자에게 공개하지 아니하기로 한다“고 정하면서, 제2문에서 ⁠“한국법인이 응용연구개발을 주문한 목적을 위하여 특정 프로젝트 분야에서 하위 공급업체들이나 고객들에게 그들과 사업을 영위하는 데 필요한 경우 그러한 범위 내에서 정보를 공개할 수 있다”고 정한다. 이에 의하여 한국법인은 기술정보 등을 일정 범위 내에서 하위 공급업체들이나 완성차업체에 공개할 수 있다. 이는 원고의 그룹사 또는 주주를 포함한 제3자에게 정보를 일체 공개할 수 없도록 정한 라이선스계약과 대조적이다.

   ➅ 응용연구개발로써 얻은 지식정보 등의 소유권 귀속

응용연구개발계약 제8조 제1항은 ⁠“한국법인이 본 계약에 따라 원고로부터 제공받는 정보 등이 원고의 재산으로 존속한다.”고 정할 뿐, ⁠‘응용연구개발용역을 수행한 결과 새로 생성되는 결과물의 소유권이 원고에게 귀속한다’고 정하지는 않는다. 응용연구개발계약 제8조 제1항의 규정은 원고가 한국법인을 위해 응용연구개발용역을 수행하는 과정에서 한국법인에 제공한 원고 소유 기존 기술정보 등이 외부로 유출되는 것을 막기 위하여 한국법인에 기밀유지의무 등을 부여하는 규정일 뿐이고, 이와 달리 원고가 응용연구개발용역을 수행함으로써 새로 생성된 ⁠‘결과물’의 소유권이 원고에게 귀속된다고 정한 것은 아니다. 오히려 응용연구개발계약 제4조 제4항에서 ⁠“응용연구개발 수행 과정에서 생성되는 지식재산권 등에 대한 라이선스를 한국법인이 원고에게 허여하여야 한다”고 정한 것은 해당 지식재산 등의 소유권이 한국법인에 있음을 전제하기 때문이다.

 마. 소결

따라서, 대한민국 내에 고정사업장이 없는 독일법인인 원고가 한국법인에서 받은 응용연구개발대금은 인적용역의 대가로 한·독 조세조약 제7조에 의하여 대한민국 내에서 원천납세의무가 없다. 이와 전제를 달리하는 피고의 경정 거부처분은 위법하여 이를 취소해야 한다.

3. 피고의 경정청구기간 도과 항변

 가. 피고 주장의 요지

한국법인이 2012년부터 2013년까지의 응용연구개발대금에 대하여 원천징수를 하여 피고에게 납부한 세액에 관한 경정청구기간은 법률 제14386호로 2016. 12. 20. 개정되기 전의 구 법인세법 제98조의6 제4항에 의하여 3년이다. 그 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년이 경과한 후인 2017. 4. 6. 원고가 이에 대한 경정청구를 했으므로, 그 경정청구는 부적법하다. 따라서 이 부분 경정 거부처분은 정당하다.

 나. 이 법원의 판단

구 법인세법(일부 개정 2011. 12. 31. 법률 제11128호, 시행 2012. 1. 1.)은 제98조의6의 규정을 신설하여, 외국 법인이 국내원천소득에 대하여 조세조약상의 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제한세율 적용신청서를 원천징수의무자 등에게 제출하여야 한다는 것 등 조세조약상 제한세율 적용을 위한 원천징수 절차 특례제도를 도입하면서 제4항에서 경정청구기간을 ⁠“3년”으로 정했다. 그 당시 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항, 제4항에서 정한 경정청구기간은 ⁠“‘3년”이었다.

구 국세기본법상의 경정청구기간에 관한 규정이 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되어 그 경정청구기간이 ⁠“5년”으로 늘어났지만, 구 법인세법상의 위 경정청구기간은 개정되지 않아 계속 ⁠“3년”으로 남아 있어, 조세조약에 따른 비과세 또는 면제 등을 받지 못한 외국법인의 경정청구기간이 내국법인의 경정청구기간과 다르게 되었다. 이를 동일하게 하고자 구 법인세법상의 위 경정청구기간에 관한 규정을 2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정하여 그 경정청구기간을 ⁠“5년”으로 확대하면서, 부칙 제1조(시행일) 본문은 ⁠“이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다.”고 정하면서, 제7조(외국법인에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 등 적용 신청에 관한 적용례)에서 ⁠“제98조의4 제4항, 제98조의5 제2항 및 제98조의6 제4항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 경정청구기간이 경과되지 아니한 경우에도 적용한다.”고 정한다.

구 법인세법상의 위와 같은 경정청구기간에 관한 각 규정의 문언과 내용, 경과규정에 관한 부칙 규정의 문언과 내용, 입법연혁과 입법취지, 체계 등을 종합하여 보면, 2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정된 법인세법 제98조의6 제4항, 부칙 제7조의 규정은 그 시행일인 2017. 1. 1. 기준으로 이미 3년의 경정청구기간이 도과했는지 여부에 상관없이 그 경정청구기간을 3년에서 5년으로 확대했다고 봄이 타당하다.

따라서 한국법인이 별지 표 기재와 같이 2012년 5월부터 2013년 12월까지 응용연구개발대금에 대하여 원천징수를 피고에게 납부한 세액에 관하여 원고가 2017. 4. 6. 피고에게 한 경정청구는 5년의 적법한 경정청구기간에 적법하게 이루어진 것임은 역수상 명백하다. 그러므로 이 부분 피고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용해야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 피고의 항소를 기각한다.

출처 : 대전고등법원 2022. 11. 25. 선고 대전고등법원 2020누11693 판결 | 국세법령정보시스템