요지

이 사건 부과처분은 원칙적으로 선행소송에서 문제된 당초 부과처분과 그 과세기간을 달리하므로 당초 부과처분과 별개의 새로운 과세처분에 해당하고, 선행소송의 판단이 이 사건 부과처분의 근거가 되는 특례규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ⁠‘판결’에 해당한다고 볼 수도 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2020. 6. 18. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 32,223,562,880원(가산세 포함)의 부과처분은 무효임을 확인한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차 부품의 제조․판매업 등을 목적으로 설립된 상장법인으로, 2009. 6. 25. 자동차용 전기․전자제품 제조업 등을 목적으로 설립된 주식회사 BBBBB(이하 ⁠‘BBBBB’이라 한다)을 흡수합병(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 한다)하고 2009. 6. 30. 합병등기를 하였다.

  나. 원고는 이 사건 합병 과정에서 합병신주를 발행하여 피합병법인인 BBBBB의 주주에게 합병대가로 교부하였고, 이 사건 합병 직후 합병신주 발행가액(1조 517억 원)과 BBBBB의 순자산 공정가액(3,979억 원)의 차액 약 6,538억 원을 회계장부에 영업권(이하 ⁠‘이 사건 영업권’이라 한다)으로 계상하고, 2009 사업연도의 법인세를 신고하면서 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않는다고 보아, 아래와 같이 이 사건 영업권의 가액을 익금에 산입하지 아니하고 이에 대한 감가상각비를 손금 처리하지 않았다.

  다. CC지방국세청장은 2015. 3. 6. 이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 영업권에 해당한다고 보아 이 사건 영업권의 가액 653,771,710,593원을 합병평가차익으로 익금에 산입하여야 한다는 내용의 조사결과를 통보하였다. 이에 따라 피고는 이 사건 영업권의 가액을 2009 사업연도의 익금에 산입하고 이에 대한 감가상각비 합계 196,131,000,000원(2009 사업연도 약 65,377,000,000원 + 2010 사업연도 약 130,754,000,000원)을 손금으로 인정하여 2015. 3. 9. 원고에게 2009 사업연도 법인세 212,447,418,540원을 경정․고지하고(이하 ⁠‘당초 부과처분’이라 한다), 2010 사업연도 법인세 33,423,000,000원을 환급하였다.

  라. 원고는 2015. 3. 10. 피고에게 2011 내지 2014 사업연도의 이 사건 영업권에 대한 감가상각비 합계 457,640,197,415원을 손금산입하여 이를 해당 사업연도의 과세표준에서 공제하도록 하는 내용의 경정청구를 하였고, 피고는 원고의 경정청구에 따라 102,768,389,385원을 환급하였다.

  마. 원고는 2015. 7. 7. 감사원에 대한 심사청구를 거쳐 2017. 12. 20. 서울행정법원에 당초 부과처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 서울행정법원은 2019. 1. 10. 원고의 청구를 인용하여 당초 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였고(2017구합88893호), 위 판결은 항소심(서울고등법원 2019. 10. 23. 선고 2019누35826 판결) 및 상고심(대법원 2020. 3. 12. 선고 2019두59967 판결)을 거쳐 2020. 3. 12. 최종 확정되었다(이하 ⁠‘선행소송’이라 한다).

    피고는 선행소송의 판결 확정에 따라 2020. 6. 29. 원고에게 2009 사업연도 법인세 212,447,418,540원 및 환급가산금 21,609,221,740원 합계 234,056,640,280원을 환급하고, 피고가 직권으로 손금에 산입하였던 2010 사업연도의 이 사건 영업권의 감가상각비 130,754,342,118원과 원고의 경정청구로 2011 내지 2014 사업연도의 손금에 산입하였던 이 사건 영업권의 감가상각비 합계 457,640,197,415원을 다시 손금불산입하여 2020. 6. 18. 원고에게 아래 표와 같이 2010 내지 2014 사업연도 법인세 합계 134,378,529,140원을 경정․고지하였다(그중 원고는 2010 사업연도 법인세 고지세액을 다투고 있는바, 2010 사업연도 법인세 경정․고지액인 32,223,562,880원 부분을 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

  바. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2020. 8. 24. 조세심판원에 이 사건 부과처분의 취소를 구하는 조세심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2021. 7. 1. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    이 사건 부과처분은 부과제척기간 5년이 도과한 후에 이루어졌고, 선행소송에서 다퉈진 당초 부과처분(2009 사업연도 법인세 부과처분)과 과세기간을 달리하는 별개의 과세처분이므로 구 국세기본법(2010. 10. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)의 특례제척기간이 적용될 수도 없다. 결국 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과한 후에 한 과세처분으로서 무효이다.

  나. 관계 법령

    별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 5년의 일반제척기간 도과

      구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 한편, 법인세는 신고납부 방식의 국세인데, 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제1항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

      앞서 든 증거들에 의하면 원고의 2010 사업연도 종료일은 2010. 12. 31.인 사실이 인정되므로, 2010 사업연도 법인세의 부과제척기간은 과세표준 신고기한 다음날인 2011. 4. 1.부터 5년간이다. 그런데 피고는 2011. 4. 1.부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2020. 6. 18.에 이르러서야 원고에 대하여 이 사건 부과처분을 하였으므로, 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 것으로서 무효이다.

    2) 특례제척기간 적용 여부

      가) 피고의 주장

        당초 부과처분과 이 사건 부과처분은 그 과세연도가 다르기는 하나 당초 부과처분의 취소에 따른 하나의 회계 처리의 일환으로 이루어져 그 과세연도만 달라진 것에 불과하므로 이 경우 구 국세기본법 제26조의2 제2항의 특례제척기간 규정이 적용되는 것으로 해석하는 것이 타당하다. 조세채무자 역시 선행소송에서 특례제척기간이 적용될 수 있다는 주장을 하여 이를 예견하거나 예견할 수 있었다고 할 것이므로, 이렇게 해석하더라도 신뢰보호의 문제나 법적안정성을 해할 우려는 발생하지 않고, 오히려 공평과세의 원칙에 부합한다.

      나) 관련 법리

        구 국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제2항에서 국세의 부과에 관한 이의신청․심사청구․심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송의 제기가 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 ⁠‘해당 결정․판결’에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 위 규정의 당초 입법 취지가 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우 과세관청이 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었던 점, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구되는 점, 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으며, 따라서 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 위 규정상의 ⁠‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없는 점 등을 모두 종합하여 보면, 비록 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다고 하더라도, 기간과세에 있어서 확정된 결정 또는 판결에서 다투어진 과세처분과 과세기간을 달리하는 기간에 대하여 해당 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 한 새로운 과세처분에 대해서까지 위 규정에 따른 특례제척기간의 적용을 허용할 수 있는 것은 아니다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 취지 참조).

      다) 구체적 판단

        ⑴ 위 법리에 비추어 보건대, 선행소송을 담당한 법원은 ⁠‘이 사건 영업권이 구 법인세법 시행령 제24조 제4항 소정의 감가상각자산인 영업권에 해당하지 않으므로 그와 달리 이 사건 영업권의 가액을 합병평가차익으로 익금에 가산하여 결정․고지한 2009 사업연도 법인세 부과처분을 취소한다‘고 판단하였다. 이 사건 부과처분은 앞서 본 바와 같이 이 사건 영업권의 2010 사업연도의 감가상각비를 손금불산입하여 산출한 2010 사업연도 법인세의 증액경정분으로서 이 사건 영업권을 구 법인세법령상 감가상각자산으로 보느냐 여부와 관련이 있기는 하다. 그러나 이는 원칙적으로 선행소송에서 문제된 당초 부과처분과 그 과세기간을 달리하므로 당초 부과처분과 별개의 새로운 과세처분에 해당하고, 선행소송의 판단이 이 사건 부과처분의 근거가 되는 특례규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ’판결‘에 해당한다고 볼 수도 없다.

        ⑵ 이에 대하여 피고는 이 사건 영업권이 구 법인세법령상 감가상각자산으로 인식되지 않는 이상 이 사건 영업권에 대한 감가상각비가 발생할 수 없는 것이므로 선행소송에 따른 2009 사업연도 법인세의 경정과 이 사건 영업권의 감가상각비 부인에 따른 이 사건 부과처분은 본질적으로 동일한 처분으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 법인세법 제23조 제1항에 따르면 고정자산에 대한 감가상각비는 각 사업연도에 이를 손금으로 계상한 경우에 한하여 상각범위액의 범위 내에서 손금에 산입되는 것이므로, 감가상각자산의 인식과 감가상각비 계상은 별개의 구분된 행위라 할 것이다. 따라서 당초 부과처분과 사업연도가 다른 이 사건 영업권의 감가상각비 관련 이 사건 부과처분은 별개의 행위에 따른 별개의 부과처분에 해당한다고 보일 뿐이다.

        나아가 대법원 역시 기간과세되는 동일 세목 안에서 그 과세기간이 달라지는 경우 관련 선행 확정판결이 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에서 규정하는 ’판결‘에 해당하지 않는다는 취지로 판결을 선고하였고(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결), 위 대법원판결 선고 후인 2016. 12. 20. 법률 제14382호로 국세기본법이 개정되어 ⁠“제1호의 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 과세표준 또는 세액의 조정이 필요한 경우: 제1호의 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년”이라는 내용의 제26조의2 제2항 제1호의2가 신설(현행 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호의2)됨으로써, 비로소 과세기간이 달라지는 경우에도 특례제척기간의 규정이 적용 가능하게 되었다. 더구나 당시 그 입법 제안 취지를 보더라도 ’대법원판결에서 결정 또는 판결이 확정된 후 그 결정 또는 판결의 취지에 따른다는 명목으로 이미 부과제척기간이 도과한 다른 과세기간에 대하여 새로운 과세처분을 하는 경우 대법원은 새로운 처분에 대하여는 국세기본법에 따른 예외적 제척기간이 적용되지 않는다고 판시하고 있어 연계된 과세기간에 대한 재처분을 하지 못하는 문제점을 해결하고자 하는 것‘이라고 되어 있고, 법제처의 개정이유 역시 ⁠“이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 행정소송 등에 대한 결정이나 판결이 확정됨에 따라 그 결정 또는 판결의 대상이 된 과세표준 또는 세액과 연동된 다른 과세기간의 세액 등의 조정이 필요한 경우, 해당 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지는 다른 과세기간의 세액 등에 대하여 경정결정이나 그 밖의 필요한 처분을 할 수 있도록 국세부과 제척기간의 예외사유를 규정”하였다고 하고 있다. 이러한 국세기본법상 특례제척기간 규정의 개정 경과에다가 앞서 살펴본 특례제척기간의 입법취지 등을 종합하여 보아도, 당초 부과처분을 취소한 선행소송의 판결이 2010 사업연도의 이 사건 부과처분에 관하여는 국세기본법상 특례제척기간의 요건인 ’판결‘에 해당하지 않음이 명확하다.

        ⑶ 피고는 그와 같은 해석은 공평과세원칙에 반한다고도 주장하나, 이는 국세부과권의 제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되는 것에 불과한 제척기간제도에 따른 부득이한 결과일 뿐이다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결 참조).

    3) 소결

      이 사건 부과처분은 부과제척기간이 도과한 후의 처분으로서 무효이다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 12. 09. 선고 서울행정법원 2021구합79032 판결 | 국세법령정보시스템