요지

특허권 등은 그 양도계약의 실질은 원고에게 유보된 이익을 대표이사에게 분여하기 위한 것으로 그 허위의 외관만을 작출한 것이며, 이 사건 특허권은 직무발명보상금에 해당하나, 원고를 정당한 직무발명보상금을 지급하기 위한 절차를 거치지 않았으므로 손금불산입 대상임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

청 주 지 방 법 원

제 1 행 정 부

판 결

사 건 2023구합52500 법인세부과처분취소 등

원 고 주식회사 AAA

피 고 ■■■세무서장

변 론 종 결 2024. 9. 5.

판 결 선 고 2024. 11. 7.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2022. 2. 15.자 2017사업연도 법인세 부과처분(20,436,500원), 2018사업연도 법인세 부과처분(28,964,220원), 2019사업연도 법인세 부과처분(29,047,690원), 2020사업연도 법인세 부과처분(26,785,710원) 및 2016사업연도 소득금액변동통지(700,000,000원), 2022. 2. 21.자 2018사업연도 소득금액변동통지(800,000,000원) 처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2002. 11. 3. 설립되어 폐기물처리업, 일반사료 및 발효사료 제조 및 판매업, 유기질비료 및 부산물 비료 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인이고, BBB은 원고의 주식 약 40%를 보유한 주주이자 대표이사로 재직 중인 사람이다.

 나. 원고는 2016. 12. 1. BBB으로부터 BBB 명의로 출원․등록된 아래 표 순번 1 상표권(이하 ⁠‘이 사건 상표권’이라 한다)을 7억 원에, 2018. 3. 20. BBB 명의로 출원ㆍ등록된 아래 표 순번 2 특허권(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 하고, 위 상표권과 특허권을 함께 ⁠‘이 사건 특허권 등’이라 한다)을 8억 원에 각 양수하고, 위 각 양수대금은 원고가 BBB에 대하여 가지고 있던 동액 상당의 대여금채권과 상계하는 방법으로 지급하였다.

 다. 원고는 이 사건 특허권 등을 무형자산으로 각 계상하고, 2017~2020년도 법인세 신고 시 그에 대한 감가상각비(2017년 70,000,000원, 2018년 107,037,064원, 2019년 114,444,444원, 2020년 114,444,444원)를 손금에 산입하여 법인세를 신고·납부하였으며, BBB에게 지급한 위 각 양수대금은 BBB의 기타소득으로 하여 소득세를 원천징수․납부하였다.

 라. 피고는 이 사건 특허권 등이 원고의 인적·물적 자원을 이용한 연구활동의 결과물로 그 실질적인 소유권이 원고에게 있음을 전제로 원고가 이 사건 특허권 등을 취득하는 거래를 가장하여 법인자금을 부당하게 유출한 것으로 보아, 위 특허권 등의 감가상 각비를 손금불산입하여 원고에게 2022. 2. 15. 2017년 귀속 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 20,436,500원, 2018년 귀속 법인세 28,964,220원, 2019년 귀속 법인세 29,047,690원, 2020년 귀속 법인세 26,785,710원을 각각 경정·고지하고, BBB의 2016년 귀속분 소득금액을 ⁠‘7억 원’으로소득종류를 ⁠‘상여’로 하는 소득금액변동통지를 하였으며, 2022. 2. 21. BBB의 2018년 귀속 소득금액을 ⁠‘8억 원’으로, 소득종류를 ⁠‘상여’로 하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 위 각 처분을 함께 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 마. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 6. 21. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 6 내지 8, 13호증, 을 제10호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 당사자의 주장

 가. 원고의 주장

  이 사건 특허권 등은 BBB이 자신의 전문성을 활용하여 직접 창안 또는 발명한 것이고, 원고가 그 개발에 관여한 사실이 없으므로 이 사건 특허권 등의 실질적인 소유자는 BBB이다. 또한 이 사건 특허권 등은 적정한 가격에 원고에게 양도되었다. 따라서 BBB이 이 사건 특허권 등의 소유자가 아님을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

 나. 피고의 주장

  이 사건 특허권 등의 실질적인 소유자는 원고이고, 설령 그 소유자가 BBB이라 하더라도 위 특허권 등은 이 사건 각 양수대금 만큼의 가치가 없다. 따라서 원고가 각 7억 원, 8억 원이라는 거액의 비용을 들여서 위 특허권 등을 양수한 것은 BBB의 가지급금 정리만을 위한 것으로 실질적으로 원고에게 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 성질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

 가. 관련 법리

국세기본법 제14조 제2항은 ⁠‘세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다‘고 규정함으로써 실질과세의 원칙을 선언하고 있다. 이는 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

한편 법인세법 1) 제19조 제1항, 제20조 제1호에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 법인세법 시행령 제43조 제1항은 ⁠‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다’고 규정하고 있다.

법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 상표권, 디자인권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 대가를 지급하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 임원 또는 직원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다.

또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 대가 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 대가에 해당 지적 재산권 가치의 일부가 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 대가 산정 경위나 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(임원의 보수에 관한 대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결

등 참조).

 나. 이 사건 상표권에 대한 주장에 관한 판단

  1) 원고가 이 사건 상표권의 실질적 소유자인지에 관하여

   가) 관련 법령 및 법리

상표법상 상표권은 설정등록에 의하여 발생하고(상표법 제82조 제1항), 국내에서 상표를 사용하는 자 또는 사용하려는 자는 자기의 상표를 등록받을 수 있으므로(상표법 제3조 본문), 실제로 상표를 사용한 사실이 있거나 처음으로 사용하였는지 여부는 상표권 발생의 요건으로 볼 수 없다. 나아가 상표를 사용하려는 의사의 유무는 출원인의 주관적, 내면적인 의사를 중심으로 하되, 출원인의 경력, 지정상품의 특성, 출원인이 다수의 상표를 출원·등록한 경우에는 그 지정상품과의 관계 등과 같이 외형적으로 드러나는 사정까지 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2020. 11. 12. 선고 2017도7236 판결 등 참조).

상표법 제3조 제1항 본문은 ⁠‘국내에서 상표를 사용하는 자 또는 사용하려는 자는 자기의 상표를 등록받을 수 있다’라고만 규정하였을 뿐 상표등록의 출원인이 그 상표를 ⁠‘직접’ 사용할 것을 상표등록의 요건으로 명시하지 않고 있고, 상표법 제119조 제1항 제3호는 상표권자에 의한 사용뿐만 아니라 사용권자에 의한 사용도 불사용에 의한 상표등록취소를 면할 수 있는 상표의 사용으로 인정하고 있으며, 상표법 제95조는 등록상표에 대한 ⁠‘전용사용권’을 인정함으로써 전용사용권의 기간 및 효력 범위에 따라 상표권자 자신도 그 등록상표를 전혀 사용할 수 없는 경우를 배제하지 않고 있다. 이러한 상표법의 여러 관련 규정을 종합하여 보면, 현행 상표법의 해석상 상표법 제3조 제1항 본문에서 규정한 ⁠‘상표를 사용하는 자 또는 사용하려는 자’에는 상표를 ⁠‘직접’ 사용하는 자 또는 사용하려는 자 뿐만 아니라 ⁠‘자기와 관련 있는 사람으로 하여금 자기의 관리·통제 하에 상표를 사용하게 하고 있거나 사용하게 하려는 자’도 포함된다고 봄이 타당하다.

   나) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제12, 40호증, 을 제13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① BBB은 원고를 경영하던 중 이 사건 상표권을 출원하여 등록한 점, ② 원고는 이 사건 상표권 등록 이전부터 위 상표를 사용하고 있었고, 등록 이후에도 위 상표권을 이용하여 영업활동을 하였던 것으로 보이므로 BBB은 원고로 하여금 상표를 사용하게 하려는 의사로 이 사건 상표권을 출원·등록한 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 상표권은 BBB이 사실상 지배하던 주식회사 CCC(이하 ⁠‘CCC’이라 한다)에서 2007년경부터 사용하던 ⁠‘DDD’ 상표와 거의 유사한 점 등에 비추어 보면, 제출된 증거들만으로는 원고가 이 사건 상표권의 실질적 소유자라고 단정하기 어렵다. 따라서 BBB이 아닌 원고가 이 사건 상표권자라는 취지의 피고의 주장은 이유 없다.

  2) 이 사건 상표권 양수행위가 부당행위계산 부인의 대상인지에 관하여

앞서 든 증거, 갑 제4, 9, 10호증, 을 제1, 9, 11, 12, 16 내지 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 상표권에 대한 양도계약의 실질은 원고에게 유보된 이익을 BBB에게 분여하기 위한 것으로 원고의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하고 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 나아가 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 상표권의 정당한 취득가액을 인정하기 어려우므로, 이 사건 상표권 양도대금의 전부를 손금불산입의 대상으로 보아야 한다. 따라서 이를 전제로 이 사건 상표권에 관한 감가상각비를 손금불산입하고, 위 상표권 양도대금을 BBB에 대한 상여로 소득처분 한 이 사건 각 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

    ① BBB이 원고의 대표이사이자 원고의 주식 약 40%를 소유한 최대주주임은 앞서 본 바와 같다. 한편, 원고의 주식 중 30%를 보유하고 있는 EEE는 사실상 BBB이 지배하는 주식회사 FFF의 대표이사로 근무하였던 자이고, 원고의 주식 중 약 14%를 보유하고 있는 GGG 역시 사실상 BBB이 지배하던 CCC의 대표이사로 근무하다가 CCC이 원고에 흡수합병 된 이후 원고의 직원으로 근무하였던 자이다.

    위와 같은 사실에 비추어 보면, EEE, GGG는 사실상 BBB의 지배하에 있는 자들로 보이고, BBB과 EEE, GGG의 지분을 모두 합하면 85%에 해당하는바, BBB은 원고와 자신 사이의 이 사건 상표권 양도계약을 통해 위 상표권을 양도하는 외관을 작출하기에 용이한 지위에 있었다.

    ② 이 사건 상표권은 원고가 이미 2013년경부터 위 상표를 사용한 비료제품을 생산하여 판매하던 중이던 2015. 11. 27. 출원되어 2016. 12. 19. 등록되었고, 위 상표권 양도계약은 위 상표권이 등록되기도 전인 2016. 12. 1. 이미 체결되었다. 원고가 위 상표권을 양수하던 당시 위 상표를 사용한 비료의 판매량 및 판매금액을 보면, 2015년 7,021포 43,100,160원, 2016년 1,110포 7,827,000원으로 오히려 전년도에 비해 그 판매량 및 판매금액이 약 1/7가량 감소한 상황이었다. 더구나 위 상표권을 사용한 비료의 판매량 및 판매금액은 위 상표권 양수 이후 지속적으로 감소하여 2019년에는 221포 1,701,700원에 불과하였고, 2020년 및 2021년 일시적으로 증가한 후 2022년부터는 위 비료의 매입 및 매출과 관련된 세금계산서가 발행된 사실이 없으며, 현재 원고의 홈페이지에도 위 상표를 사용한 비료 제품을 찾아볼 수 없다. 위와 같은 사정들을 고려하면, 원고가 위 상표권이 아직 등록도 되지 않은 시점에 위 상표권을 7억 원이라는 거액을 들여 매수하였어야 할 이유를 찾아보기 어렵다. 반면 BBB은 위 상표권에 대한 양도대금채권으로 원고가 BBB에 대하여 가지고 있던 가지급금 채권과 상계함으로써 위 양도대금과 동액 상당의 가지급금 채무를 면하는 이익을 얻었다.

    ③ 원고는 이 사건 상표권에 대한 감정평가를 통하여 적정한 가격에 위 상표권을 매수하였다고 주장하나, 위 상표권에 대한 주식회사 HHH감정평가법인(이하 ⁠‘HHH감정평가법인’이라 한다) 및 주식회사 III감정평가법인(이하 ⁠‘III감정평가법인’이라 한다)의 감정평가보고서는 위 상표권에 대한 양도계약이 체결된 이후인 각 2017. 1. 9. 및 2016. 12. 21.에야 작성되거나, 원고에게 발송되었는바, 위 양도계약상 양도대금이 위 각 감정평가결과에 근거하여 결정되었다고 보기 어렵다. 이와 관련하여 원고는 위 양도계약이 실제로는 위 감정평가결과가 원고에게 통지된 이후 체결되었고, 다만 그 계약일자를 소급하여 작성하였다고 주장하나, 위와 같은 주장을 뒷받침할 만한 자료가 존재하지 않을 뿐만 아니라, 원고와 BBB이 양도계약서를 소급하여 작성할 만한 이유를 찾아보기도 어렵다.

    ④ 아래와 같은 사정들에 비추어 보면 위 상표권에 대한 각 감정평가결과가 위 상 표권의 정당한 가치를 제대로 반영하고 있다고 볼 수도 없다.

     ㉮ 이 사건 상표권에 대한 각 감정서는 위 상표권의 가치를 감정함에 있어 수익환원법을 사용하였다. 수익환원법은 대상기술의 미래의 경제적 이익창출능력에 초점을 두고 미래의 경제적 이익을 현재가치로 환산하는 방법으로, 당해 상표권이 사용된 상품으로 인해 발생하는 현금흐름의 분석을 통하여 해당 상표가 사용된 사업부문의 사업가치를 산정한 후 그 중 상표가 이익창출에 기여한 기여도를 곱하여 상표권의 가치를 추정하는바, 감정결과의 객관성을 담보하기 위하여 현금흐름 등을 분석하기 위한 주요 평가요소들에 대하여 구체적이고 개별적인 접근이 필요하다.

     ㉯ 위 각 감정서는 이 사건 상표권이 사용된 상품으로 인해 발생하는 현금흐름을 분석하기 위하여 예상매출액을 추정함에 있어 원고의 재무제표상 과거 매출액 전체를 기반으로 하였다. 그러나 원고의 전체 매출액은 폐기물처리업 매출, 이 사건 상표를 사용한 비료의 매출 및 그 밖의 비료제품의 매출, 기계제작 등 기타매출 등으로 이루어져 있고, 원고가 제출한 자료(갑 제37호증)에 의하더라도 그 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 폐기물처리업에서 발생하는 매출이며, 위 상표를 사용한 비료의 매출이 차지하는 비중은 약 7%에 불과하다. 그렇다면 위 각 감정서상 예상매출액은 지나치게 과다하게 추정되었다.

     ㉰ 또한 위 각 감정서는 예상매출액 산정을 위한 매출액 상승률을 결정함에 있어서도, HHH감정평가법인의 경우 ⁠‘원고의 과거 매출액이 전체적으로 증가하는 추세에 있음’을 근거로 매출액 상승률을 5%로 추정하였으나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 상표를 사용한 비료의 매출은 2015년 대비 2016년경 1/7 가량 감소하였는바, 그 추정의 전제사실에 오류가 존재한다. III감정평가법인의 경우에는 ⁠‘기존 내수 외에 해외시장에 대한 기대로 적극적인 매출확대를 예상하고 있음’을 근거로 매출액 상승률을 10%~15%로 추정하였으나, 원고의 경우 과거 매출기반이 국내매출에 한정돼 있었고, 해외매출 발생에 대한 객관적 근거가 존재하였다고 볼만한 자료가 존재하지 않음에도 불확실한 사실에 근거하여 매출액 상승률을 과도하게 높이 평가하였다. 이러한 점에서도 위 각 감정서상 예상매출액은 지나치게 과다하게 추정되었다.

     ㉱ 그 밖에도 위 각 감정서는 예상매출액을 추정함에 있어 원고의 주력 업종을 ⁠‘기타비료 및 질소화합물제조업’으로 보고 ⁠‘화학물질 및 화학제품’을 동종 유사업종으로 하여 현금흐름 분석하였으나, 앞서 본 바와 같이 원고의 주력업종은 폐기물처리업에 해당하는바, 이러한 점에서도 위 각 감정평가결과는 오류가 존재한다.

    ⑤ 이 사건 상표권에 어떤 경제적 가치가 있다 하더라도, 상표에 화체된 업무상의 신용이나 고객흡인력 등 무형의 가치는 상표권자나 상표 사용자가 상표의 사용과 관련하여 투여한 자본과 노력 등에 의하여 획득되는 것인데, BBB이 개인적으로 이 사건 상표권을 사용한 사실은 확인되지 아니하며, 원고가 이 사건 상표를 2013년경부터 그 생산제품 등에 사용한 것으로 보일 뿐인바, 이 사건 상표권의 무형의 가치는 원고의 자본과 노력에 의하여 형성된 것으로 보인다.

  3) 소결론

  이 사건 상표권의 실질적 소유자가 원고라고 단정할 수는 없으나, 위 상표권이 BBB의 소유라 하더라도 위 상표권 양수행위가 부당행위계산 부인의 대상에 해당하므로 위 상표권과 관련된 이 사건 각 처분은 적법하다.

 나. 이 사건 특허권에 대한 주장에 관한 판단

  1) 이 사건 특허권에 대한 발명의 성격에 관하여

   가) 관련 법리

‘직무발명’이란 ⁠‘종업원, 법인의 임원 또는 공무원(’종업원 등‘)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(’사용자 등‘)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다(발명진흥법 제2조 제2호). 여기서 ⁠“그 발명을 하게 된 행위가 종업원 등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명”이란 종업원 등이 담당하는 직무내용과 책임 범위로 보아 발명을 꾀하고 이를 수행하는 것이 당연히 예정되거나 또는 기대되는 경우를 말한다(대법원 1991. 12. 27. 선고 91후1113 판결 참조).

   나) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제22, 28호증, 을 제3, 23 내지 43호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 특허권에 대한 발명은 원고의 업무 범위 및 BBB의 직무에 속하는 것으로서 발명진흥법 제2조 제2호에서 정한 ⁠‘직무발명’에 해당하는 것으로 판단된다. 따라서 이 사건 특허권에 대한 발명이 BBB의 개인발명에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

    ① 원고는 일반사료 및 발효사료 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 음식물류폐기물 등을 수집하여 선별, 분쇄, 건조하는 공정을 거쳐 가축의 사료를 생산한 후 판매하는 것을 주된 사업으로 영위하여 왔다. 그런데 이 사건 특허권은 음식물폐기물을 이용한 사료의 제조방법에 관한 것으로 원고가 영위하는 사업 내용과 밀접한 관련이 있는바, 이 사건 특허권에 대한 발명은 원고의 업무 범위에 포함된다.

    ② BBB은 2006. 6.경부터 원고의 대표이사로 취임하여 그때부터 현재까지 대표이사 겸 원고의 주식 약 40%를 소유한 최대주주로서 원고 회사의 제반 업무를 총괄하고 있으므로, 특별한 사정이 없는 한 원고의 인적, 물적 자원을 동원하여 음식물폐기물을 이용한 사료의 제조방법에 대한 연구·발명을 하는 것이 당연히 예정되거나 기대되는 자이다. 원고에 2014년경부터 기업부설연구소가 설치되어 있으나, 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 특허권은 위 연구소가 설치되기 이전인 2010년경 발명하였다는 것이므로 위 특허 발명 무렵 BBB의 직무 범위에서 연구개발 업무가 제외된 것으로 볼 만한 자료도 없다.

    ③ 이 사건 특허권에 대한 BBB의 연구노트(갑 제21호증)를 보면, 위 연구노트는 전체 5면에 불과하고, 그 내용이 연구개발 과정을 적은 것으로 보기에는 다소 부실할 뿐만 아니라, 이 사건 특허권의 내용 및 위 특허권을 이용하여 제조된 사료(이하 ⁠‘이 사건 사료’라 한다)의 성분, 효능을 설명하는 내용 이외에는 위 특허권을 발명하기까지 그 오류나 시행착오에 관한 내용을 발견할 수 없다. 특히 위 연구노트에는 ⁠‘여러 시험 과정을 거쳐 이 사건 특허권의 사료 제조방법을 발명할 수 있었다’고 기재되어 있으면서도 구체적으로 어떠한 시험을 거쳤는지에 관한 내용이 포함되어 있지 않고, 발명에 대한 기본적인 착상 내지 아이디어 등이 나열되어 있는 것으로 보일 뿐이다. 따라서 위 발명일지만으로 BBB이 단독으로 이 사건 특허권을 발명하였다고 인정하기는 어렵다.

    ④ 이 사건 특허권의 특허명세서에 의하면 위 특허의 발명을 위하여 단순한 구상만으로는 개발이 어려웠을 것으로 판단되고, 이 사건 사료의 원료가 되는 음식물폐기물과 숯 분말, 황토분말 등의 배합비율을 조정하여 가금류에게 섭취하도록 하는 등의 실험이 필요하였을 것으로 보인다. 위와 같은 실험을 위해서는 음식물 폐기물 분쇄, 음폐수 분리, 혼합, 증숙, 건조 등을 통한 사료의 생산, 생산된 사료의 성분분석, 위 사료의 가금류에 대한 흡수율시험, 위 사료를 먹인 가금류 양계장에서 발생하는 암모니아가스의 측정 등이 필요하였던 것으로 보이며 그 과정에서 원고의 폐기물처리시설 등을 포함한 상당한 설비와 비용이 필요하였을 것으로 보인다. BBB은 충북 OO군 OO면 OO리 XXX 소재 농장에서 특허출원을 위한 연구를 진행하였고, 수의사로부터 실험설비를 제공받고 자문을 받았다고 주장하면서, 위 OO리 XXX 토지의 사용대차계약서(갑 제41호증)를 제출하고 있으나, 원고의 농업경영체 등록 확인서에 의하면 위 토지에서는 ⁠‘들깨 및 건고추’ 재배가 이루어지고 있는 사실만이 확인될 뿐이어서 위 계약서만으로는 BBB이 원고와 관계없이 위 특허권을 발명하였다고 인정하기 부족하고, 그 밖에 위와 같은 이 사건 특허권 발명을 위한 비용지출이나 관련 설비 이용 방법에 관하여 입증할 수 있는 자료가 없다.

   2) 이 사건 특허권 양수행위가 부당행위계산 부인의 대상인지에 관하여

  이 사건 특허권에 관한 원고의 주장을 ⁠‘피고가 원고의 직무발명을 정당한 가격에 양수하였다’는 것으로 선해하여 보더라도, 앞서 든 증거, 갑 제5호증, 을 제9호증의 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 특허권에 대한 양도계약의 실질은 원고에게 유보된 이익을 BBB에게 분여하기 위한 것으로 원고의 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당하고 부당행위계산 부인의 대상이 된다. 나아가 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 특허권의 정당한 취득가액을 인정하기 어려우므로, 이 사건 특허권의 양도대금 전부를 손금불산입의 대상으로 보아야 한다. 그러므로 이를 전제로 이 사건 특허권에 관한 감가상각비를 손금불산입하고, 위 특허권 양도대금을 BBB에 대한 상여로 소득처분 한 이 사건 각 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.

    ① 앞서 본 바와 같이 BBB은 원고의 대표이사이자 원고의 주식 약 85%를 직접 또는 자신이 지배하는 자들을 통하여 간접적으로 소유한 최대주주로 원고와 자신 사이의 이 사건 특허권 양도계약을 통해 위 특허권을 양도하는 외관을 작출하기에 용이한 지위에 있었다. 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 특허권의 대상이 된 기술은 2010년경 발명되어 그 무렵부터 원고에 의하여 사용되고 있었다는 것인데, BBB은 위와 같이 원고에 의하여 위 기술이 이미 오랜 기간 사용되고 있던 2016. 11. 25. 이 사건 특허를 출원하여, 2017. 7. 18. 위 특허가 등록되었다. 원고가 위 특허권을 8억 원이라는 거액을 들여 위 시점에 매수하였어야 할 이유를 찾아보기 어렵다. 반면 BBB은 위 특허권에 대한 양도대금채권으로 원고가 BBB에 대하여 가지고 있던 가지급금 채권과 상계함으로써 위 양도대금과 동액 상당의 가지급금 채무를 면하는 이익을 얻었다.

    ② 아래와 같은 사정들에 비추어 보면 이 사건 특허권에 대한 감정평가결과가 위 특허권의 정당한 가치를 제대로 반영하고 있다고 볼 수도 없다.

     ㉮ 이 사건 특허권에 대한 감정서는 위 특허권의 가치를 감정함에 있어 수익환원법에 기초하였고, 앞서 본 바와 같이 수익환원법은 감정결과의 객관성을 담보하기 위하여 현금흐름 등을 분석하기 위한 주요 평가요소들에 대하여 구체적이고 개별적인 접근이 필요하다. 그런데 위 감정서는 원고가 제공한 자료들이 회사의 재무상태나 경영성과를 정확하게 반영하고 있는지 여부를 별도로 검토함이 없이 원고의 사업계획서의 내용을 그대로 반영하였다고 기재하고 있다.

     ㉯ 위 감정서는 이 사건 사료의 판매로 인해 발생하는 현금흐름을 분석하기 위하여 예상매출액을 추정함에 있어 원고의 재무제표상 과거 매출액 전체를 기반으로 하였다. 그러나 원고의 전체 매출액은 폐기물처리업 매출, 폐기물처리를 통해 생산된 이 사건 사료 매출, 비료 매출, 기계제작 등 기타매출 등으로 이루어져 있고, 원고가 제출한 자료(갑 제37호증)에 의하더라도 그 중 가장 큰 비중을 차지하는 것은 폐기물처리업에서 발생하는 매출이며, 이 사건 사료의 매출이 차지하는 비중은 약 1.3%에 불과하다.

그렇다면 위 각 감정서상 예상매출액은 지나치게 과다하게 추정되었다.

     ㉰ 또한 위 감정서는 이 사건 특허의 수명기간 동안의 현금흐름을 추정하면서(46면) 앞 항목에서 스스로 추정한 각 해의 예상매출액을 ⁠‘1. 사료 제조 관련 매출액’ 부분에 기재함에 있어 ⁠‘2017년’의 사료 제조 관련 매출액 항목에 ⁠‘2018년’의 예상매출액을 기재하는 등 해당 년도의 추정매출액을 다음 년도의 추정매출액으로 잘못 기재하였고, 이에 ⁠‘1. 사료 제조 관련 매출액’을 기초로 산정되는 ⁠‘9. 현금흐름’ 부분이 모두 잘못 계산되도록 하는 오류를 범하기도 하였다.

    ③ 발명진흥법은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 보상규정의 작성 및 개정절차, 보상에 관한 통지방법을 구체적으로 정하고 있으며(같은 조 제2 내지 4항), 위 절차규정을 준수할 뿐만 아니라 보상액에 있어 ⁠‘직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익’과 ⁠‘그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도’를 고려한 경우에 한하여 ⁠‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있다(같은 조 제6항). 그런데 원고가 발명진흥법에 따라 직무발명자에 대한 정당한 보상금 지급절차 등을 준수하여 이 사건 특허권의 양도대금을 지급하였다고 볼 만한 자료가 없고, 위 양도대금 산정 과정에서 직무발명에 의하여 원고가 얻을 이익과 그 발명의 완성에 BBB이 개별적으로 공헌한 정도를 고려하였다고 볼 만한 자료도 찾을 수 없으므로, 이 사건 양도대금을 발명진흥법에서 정한 ⁠‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수 없다.

    ④ 특히 사용자는 직무발명을 승계하지 않더라도 그 특허권에 대하여 무상의 통상실시권을 가지므로, 사용자가 직무발명을 직접 실시하여 그로 인한 이익을 얻은 경우에는 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적․배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점이 증명되어야 비로소 그 초과이익을 정당한 직무발명보상금의 결정의 고려 요소로 삼을 수 있는데, 원고가 이 사건 특허권을 취득함으로써 통상실시권에 기한 이익을 넘는 독점적․배타적 이익을 얻었거나 얻을 수 있었다는 점을 확인할 수 있는 자료도 없다.

   3) 소결론

  이 사건 특허권의 발명은 BBB의 개인발명이 아닌 직무발명에 해당하고, 위 특허권 양수가 직무발명의 양수에 해당한다 하더라도 부당행위계산 부인의 대상에 해당하므로 위 특허권과 관련된 이 사건 각 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 청주지방법원 2024. 11. 07. 선고 청주지방법원2023구합52500 판결 | 국세법령정보시스템