요지

(1심 판결과 같음) 실질적인 퇴직이 이루어진 후 지급한 급여와 퇴직금은 손금불산입 대상이며, 연구개발을 전담하지 않고 생산 활동을 겸직한 경우 연구·인력 개발비 세액공제 적용대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 2016. 5. 2.에 한 2012년 귀속 법인세 38,449,390원, 2013년 귀속 법인세 106,658,035원, 2014년 귀속 법인세 161,142,871원의 부과처분과 2016. 5. 4.에 한 2013년 제2기 부가가치세 70,862,435원, 2014년 제1기 부가가치세 45,967,219원, 2014년 제2기 부가가치세 42,722,891원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결의 이유 부분 1.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 요지

  (1) 이 사건 급여 및 퇴직금 관련

   이CC는 금융거래 부실자에 해당하여 대외활동이 어려웠기 때문에 2012. 4. 25. 원고의 대표이사로 취임한 후에도 이CC의 아내인 송DD가 실질적으로 원고의 대표이사로 근무하면서 재무와 자금을 총괄하는 업무를 수행하였다.

   이에 원고는 송DD에게 정상적으로 급여를 지급하고, 송DD가 실제 퇴직한 2014. 9. 30. 기준으로 퇴직금을 지급하였다. 비록 이CC가 세무조사 과정에서 피고의 처분에 부합하는 듯한 진술을 하였으나, 이는 사실과 달라 신빙성이 없으므로, 가공급여 및 퇴직금 과다정산을 이유로 손금부인하는 것은 위법하다.

  (2) 이 사건 인건비 관련

   구 조세특례제한법(2015. 12. 22. 법률 제13605호로 개정되기 전의 것) 제10조 제1항과 구 조세특례제한법 시행규칙(2016. 8. 9. 기획재정부령 제569호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항, 제3항은 ⁠‘기업부설연구소 또는 연구개발전담부서에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자와 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원’의 인건비를 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 정하고 있는데, 원고의 기업부설연구소에 근무한 직원들은 연구개발활동을 수행하면서 그 일환으로 시제품을 제작, 시험하기 위하여 생산시설을 이용한 것에 불과하다.

   따라서 원고의 기업부설연구소 근무 직원들 중 일부가 연구개발을 전담하지 않고 생산활동을 겸직하였다는 이유로 이 사건 인건비에 대하여 세액공제를 부인하는 것은 위법하다.

  (3) 이 사건 세금계산서 관련

   이 사건 세금계산서는 원고가 소외 회사로부터 실제 임가공용역을 제공받고 정상적으로 발급받은 것으로 관련 형사사건의 항소심에서 이 사건 세금계산서에 대응하는 소외 회사의 매출세금계산서 발급 부분이 공소사실에서 삭제되기도 하였다.

   따라서 원고가 이CC의 동생인 이FF로부터 임가공용역을 제공받았음에도 소외 회사 명의로 이 사건 세금계산서를 발급받았다는 이유로 그에 해당하는 부가가치세 매입세액을 불공제하는 것은 위법하다.

 나. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결의 이유 부분 2.의 나.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

 다. 판단

  (1) 이 사건 급여 및 퇴직금에 관한 판단

   이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결문의 해당 부분에 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. ⁠(1)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

   〇 6면 14행의 ⁠“어렵다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

   『이에 대하여 원고는 이CC가 원고의 임원으로 재직하였던 홍HH으로부터 공갈과 신용훼손을 당하고 있던 상황에서 세무조사를 빨리 끝내고자 사실과 달리 진술하였으므로, 세무조사 과정에서 한 진술에 신빙성이 없다고 주장하나, 앞서 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이CC가 세무조사 과정에서 한 진술에 충분히 신빙성이 있으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

     ① 갑 제83호증의 기재에 의하면, 홍HH이 이CC를 공갈하여 재물을 교부받고, 재산상 이익을 취득하는 한편 허위사실을 유포하여 원고의 신용을 훼손하였다는 범죄사실로 유죄판결을 받은 사실(인천지방법원 2016고단5○○6호)을 인정할 수 있으나, 유죄판결의 범죄사실 일시에 비추어 볼 때, 이CC가 세무조사를 받은 2016. 2. 27.은 이미 위 범행이 종료된 이후이다.

     ② 설령 이CC가 세무조사를 받을 무렵에도 홍HH으로부터 계속 공갈과 신용훼손을 당하고 있었더라도 세무조사로 인한 좋지 않은 인식을 불식시키고자 굳이 허위로 진술한다는 것은 선뜻 납득하기 어렵다.

     ③ 이CC의 진술이 허위라고 보기에는 그 진술이 상당히 구체적일 뿐만 아니라, 이CC는 2016. 3. 2. ⁠‘송DD에게 지급한 617,005,626원은 실질적인 근무 없이 지급한 내역임을 확인한다’는 취지의 확인서(을 제5호증)를 작성하여 세무공무원에게 제출하기도 하였다.』

  (2) 이 사건 인건비에 관한 판단

   이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결문의 해당 부분에 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. ⁠(2)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

   〇 8면 9행과 10행 사이에 아래 내용을 추가한다.

     『이에 대하여 원고는 세무조사 당시 충분히 이의를 제기하고 설명을 하였다는 취지로 주장하나, 이를 인정할 만한 자료나 정황은 드러나지 않고, 오히려 이CC가 세무공무원에게 제출한 2016. 3. 2.자 확인서(을 제5호증)에는 연구개발 이외 생산 관련 업무에 주로 종사한 직원들의 이름이 구체적으로 특정되어 있다.

      과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없는바(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결, 대법원 2002. 12. 6.

선고 2001두2560 판결 등 참조), 이러한 사정에 비추어 볼 때, 위 확인서에는 충분히 신빙성이 인정된다.

    (라) 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호에 의하면, ⁠“연구개발활동”이란 ⁠‘과학기술 분야 또는 지식기반서비스 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계․제작 및 시험, 새로운 서비스 및 서비스 전달체계의 개발 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 말하고, 같은 조 제6호에 의하면, ⁠“연구시설”이란 ⁠‘연구개발활동을 위하여 배타적으로 사용하는 독립된 연구공간과 연구개발활동에 직접 사용하는 연구 기자재 및 부대시설’을 말한다.

     그런데 국세청에서 2016. 1.경 원고 공장의 현장을 방문하여 생산 관련 작업 수행을 확인하였을 당시 상황, 원고 기업부설연구소의 연구개발실 모습과 제조공정(갑 제9 내지 11호증) 등에 비추어 볼 때, 갑 제43호증의 1의 기재만으로 위 확인서에 기재된 이○○, 임○○, 조○○, 박○○가 연구개발활동의 일환으로 시제품을 제작, 시험하기 위하여 생산시설을 이용하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

  (3) 이 사건 세금계산서에 관한 판단

   이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결문의 해당 부분을 아래와 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 부분 2.의 다. ⁠(3)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

     〇 9면 아래에서 5행의 ⁠“일관되게 진술하여”를 아래와 같이 고친다.

     『일관되게 진술하였고, 이 사건 세금계산서의 대금 지급 처리에 관하여 ⁠‘소외 회사에서 원고에게 매출세금계산서를 작성․교부함으로써 원고로부터 해당 금액을 받아 이FF에게 대금을 지급하는 형식으로 처리하였으며, 대금 지급은 이전부터 선지급된 금액들과 상계 또는 사후 정산하였다’고 상세하게 진술하여』

     〇 11면 아래에서 3행과 4행 사이에 아래 내용을 추가한다.

     『⑧ 한편 갑 제14, 29, 36호증의 각 기재에 의하면, 관련 형사사건의 항소심(인천지방법원 2017노2○4)에서, 검사는 이CC가 소외 회사 명의로 원고에게 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 기재하여 제출한 매출처별 세금계산서합계표에 전자세금계산서 발급분이 포함되어 있다는 이유로 허위 및 거짓 기재 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 공소장변경허가신청을 하면서 이 사건 세금계산서에 대응하는 매출세금계산서 발급 부분을 제외한 사실이 인정되기는 한다.

      그러나 이는 이CC가 이 사건 세금계산서 수취와 관련한 조세범처벌법위반 사건에서 불기소처분(혐의없음)을 받은 사실(갑 제12호증)을 고려한 것으로 보일뿐, 이 사건에서 원고가 이FF로부터 임가공용역을 제공받았음에도 공급자인 이FF가 아니라 소외 회사 명의로 이 사건 세금계산서를 수취하였다고 사실을 인정하는 것과 반드시 모순된다고 볼 수 없다.

     ⑨ 이에 대하여 원고는 이 사건 세금계산서의 임가공용역 제공과 관련하여 이 사건 세금계산서의 공급가액 중 ㉮ 4억 7,000만 원 상당은 소외 회사의 정규직 직원들이 직접 작업하였고, ㉯ 2억 2,000만 원 상당은 소외 회사의 공장에서 외주업체들이 파견한 직원들이 작업하였으며, ㉰ 2억 5,000만 원 상당은 소외 회사가 이FF에게 하도급을 주어 작업하였으므로, 모두 소외 회사와 정상적인 거래가 있었다고 주장한다.

     그러나 갑 제47호증의 1 내지 17의 각 기재에 의하면, 원고가 2013. 7. 31.경부터 2014. 10. 31.경까지 매월 말에 소외 회사로부터 이 사건 세금계산서를 발급받은 사실을 인정할 수 있는데, 그중 어떤 거래가 소외 회사에서 직접 작업하거나 외주업체들로부터 파견받은 직원들 또는 이FF에게 하도급을 주어 작업한 내역인지 알 수 있을 만한 뚜렷한 자료가 보이지 않을 뿐만 아니라, 앞서 이CC와 장JJ의 세무조사 당시 진술에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서 수취의 원인이 된 거래는 모두 이FF가 원고의 지시를 받아 만수동에서 작업한 내역임이 인정되므로, 결국 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 05. 27. 선고 서울고등법원 2020누61906 판결 | 국세법령정보시스템