요지

이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호가 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 보는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 1. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 446,910,579원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다(소장 청구취지란의 처분일자 ⁠‘2022. 4. 12.’은 오기로 보인다).

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2009. 2. 23. 취득한 서울 ○○구 ○동 ○-○ △△△△△ B동 ○○○호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라고 한다)를 2020. 11. 26. 1,935,000,000원에 원고의 아들인 AAA에게 양도한 후, 1세대 1주택 비과세(고가주택) 규정을 적용하여 양도가액 9억 원 초과분에 대한 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 기본세율을 적용하여, 2021. 1. 31. 2020년 귀속 양도소득세 34,155,070원을 신고ㆍ납부하였다.

  나. 한편, 원고의 배우자 BBB은 2002. 6. 1. 서울 ○○구 ○동 1008-○○ 소재 주택(이하 ⁠‘이 사건 임대주택’이라고 한다)을 취득하여 이를 임대해오다가 2020. 8. 6. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호에 따른 임대사업자등록을 하였다. 이후 BBB은 자녀인 CCC과 함께 2020. 9. 23. 서울 ○○구 ○로 17 □□□□ 101동 ○○○호(이하 ⁠‘이 사건 대체주택’이라고 한다)를 공동으로 취득하였다.

  다. 이 사건 주택 양도 당시를 기준으로 원고 세대가 보유한 주택 내역은 다음과 같다.

 라. 피고는 원고 세대가 1세대 3주택(이 사건 주택, 이 사건 임대주택, 이 사건 대체주택)이 된 상태에서 이 사건 주택을 양도한 사실을 확인하고, 이 사건 주택을 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아, 구 소득세법(2020. 8.18. 법률 제17477호로 개정되어 2021. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령(2020. 12. 8. 대통령령 제31222호로 개정되어 같은 달 10. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항 제1호에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율(일반세율에 100분의 20을 가산)을 적용하여, 2022. 4. 1. 원고에게 2020년 귀속 양도소득세 446,910,570원(가산세포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 경우 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장 요지

   이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 ⁠(가)목에 따른 장기임대주택에 해당하므로 주택 수에서 제외되어야 하고, 이 사건 대체주택은 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호에 따라 일시적 2주택에 해당하므로, 이 사건 주택은 애당초 중과세율 적용대상이 아니라고 보아야 한다. 나아가 구 소득세법 제95조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령 제159조의3에서 장기보유특별 공제대상으로 제155조 등에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다고 정하고 있으므로, 이 사건 주택은 1세대 1주택 특례가 적용되는 주택으로서 장기보유특별공제의 대상에도 해당한다.

   또한, 원고가 이 사건 대체주택을 취득함에 있어 투기목적이 없었고 이 사건 대체주택 취득 후 이 사건 주택 양도 시까지 소요된 기간이 일시적이었으므로, 이 사건 주택의 양도에 대해서는 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 법리에 따라 원고가 당초 신고한 바와 같이 일반세율 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

  나. 관계 법령

   별지 관계법령 기재와 같다.

  다. 판단

  1) 이 사건의 쟁점 및 논의의 순서

   이 사건 주택의 양도 당시 실지거래가액이 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제156조 제1항에서 정한 9억 원을 초과하여 양도소득세 비과세 요건에 해당하지 아니하는 점, 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호에 따라 9억 원 초과분에 관한 양도차익을 산정하여야 한다는 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

   다만, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 주택이 ⁠‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’이 아니어서 중과세율이 아닌 일반세율과 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하고 있는바, 이 사건에서 원고에게 중과세율이 적용된 근거규정은 구 소득세법 제104조 제7항 제3호과 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항이고, 장기보유특별공제가 배제된 근거규정은 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 첫 번째 괄호 부분(즉, ⁠‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산을 제외한다’는 부분)과 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항이므로, 이 사건의 주된 쟁점은, ① 장기임대주택을 보유한 일시적 2주택자인 원고의 이 사건 주택 양도에 대하여 구 소득세법 제104조 제7항 제3호의 1세대 3주택 중과세율의 적용 여부와, ② 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유특별공제가 배제되는지 여부라고 할 것이다. 이하에서는 위 ①, ②의 쟁점에 관하여 살핀 다음, 원고가 주장하는 대법원판례 법리가 적용될 수 있는지를 순차적으로 검토하기로 한다.

   2) 1세대 3주택 중과세율이 적용되는지 여부

   양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 세104조에 따라 정해지는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용한다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 또한, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ⁠‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제2호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 1세대 2주택의 경우 종전 주택 등을 들고 있다.

   이러한 관계법령의 문언 및 체계에 의하면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택 수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부를 판단할 때 법문상 거주자가 실제 소유하는 모든 주택은 주택의 수를 계산할 때에 포함되어야 하는 것이 원칙이다. 즉, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만 주택 수 산정에서 제외될 뿐, 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택 수 산정에는 포함되고, 오로지 그 해당 주택 자체가 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는다.

   그러므로 이 사건 주택의 양도 당시 원고 세대가 보유하던 이 사건 주택 외의 나머지 주택들, 즉 이 사건 임대주택 및 이 사건 대체주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호에 정한 주택 자체에 해당하지 않는 이상, 위 주택들은 주택 수 산정에 있어 모두 포함되어야 한다. 나아가 양도가 이루어진 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 중 어느 것에도 해당하지 않으므로(앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호는, 1세대가 같은 항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택을 일반주택으로서 중과세율 배제 대상으로 정하고 있으나, 원고 세대는 이 사건 주택의 양도 당시 이 사건 임대주택 외에 이 사건 대체주택까지 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 장기임대주택을 제외하고 남은 1개의 주택에 해당하지 않고, 따라서 위 제10호 소정의 일반주택으로 볼 수 없다),1) 이 사건 주택의 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호가 정한 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 보는 것이 타당하다.

   나아가 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는 이상 1세대 3주택으로서 중과세율 적용을 면하게 되는지에 관하여 살펴보더라도, 소득세법상 양도소득세의 세율은 원칙적으로 일반세율이고 예외적으로 1세대 1주택 중 일정한 경우는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조, 제155조의 비과세 특례규정에 따라 과세하지 아니하되, 1세대 2주택 또는 3주택 이상의 경우는 구 소득세법 제104조 제7항, 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항, 제167조의3 제1항의 각 규정에 따라 중과세율을 적용하도록 되어 있는바, 이와 같이 1세대 1주택 비과세 특례 규정, 1세대 2주택 중과세 규정 및 1세대 3주택 이상 중과세 규정 상호간에는 그 적용 대상 및 주택 수 계산에 관한 규정을 각각 독립적으로 두고 있으므로 원칙적으로 각 비과세 또는 중과세 사유를 개별적으로 검토하여 그 해당 여부를 따져 보아야 하는 것이다. 따라서 1세대 1주택의 특례에 해당하더라도, 실지거래가액이 9억 원을 초과하여 비과세가 적용되지 않는 이상, 양도소득세 세율에 관하여는 일단 실제 보유 주택수를 바탕으로 중과세율이 적용되는지 검토하여야 하고, 중과세율 적용이 배제되는 경우에 비로소 일반세율이 적용된다고 보아야 한다. 그러므로 이 사건 주택이 구 소득세법 제155조에서 정한 1세대 1주택 특례의 적용을 받는다는 자체만으로 중과세율의 적용을 받지 않는다고 볼 수 없다.

   3) 장기보유특별공제가 배제되는지 여부

   조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

   구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ⁠‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ⁠‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있다.

   위 법령의 문언에 의하면, 구 소득세법 시행령 제155조에 의하여 1세대 1주택으로 의제된다 하더라도, 비과세대상에서 제외된 이상 양도소득금액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제3항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 계산하여야 한다. 이 사건에서 피고가 이 사건 주택의 양도차익 중 9억 원 초과분을 양도차익으로 시인한 것은 이러한 관계법령의 내용에 따른 것이므로, 장기보유특별공제의 적용 여부도 위 법령에서 정한 바에 따라야 할 것인바, 이 사건 주택이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산에 해당하는 이상, 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 보아야 한다.

   4) 대법원 2010두27806 판결의 법리에 따라 일반세율 및 장기보유특별공제가 적용되어야 할 것인지

   원고가 언급한 대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결의 법리는, ⁠‘구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제2호의3, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제167조의3 제1항 제2호 ⁠(가)목, 제10호 등은, 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 원칙적으로 60%의 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하고 있는바, 이러한 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(대체주택)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다’는 것이다.

   그런데 앞서 인정한 사실관계와 더불어 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건에서는 원고 세대가 이 사건 대체주택에 관하여 매매(분양)계약을 체결한 시점은 2017. 10. 13.으로 이때로부터 상당한 기간이 지난 후인2020. 9. 23.에야 취득이 이루어졌고, 연이어 원고로부터 이 사건 주택을 양수한 이는 다름 아닌 원고의 아들이었던 점(아울러 원고가 아들에게 이 사건 주택을 ⁠‘매매’의 형식으로 이전하기로 사전 조율이 이루어졌을 가능성을 배제할 수 없다), 이 사건 주택의 양도대금이 이 사건 대체주택에 관한 매매(분양)대금 납부에 쓰이지도 아니하였던 것으로 보이는 점(원고의 2024. 7. 23.자 준비서면 8/15면 참조. 따라서 원고가 처음부터 이 사건 대체주택으로 입주하고자 하였다고 가정하더라도 이 사건 주택의 양도가 반드시 불가피했다고는 보기 어렵다), 이에 따라 이 사건 대체주택을 취득한 자금의 출처가 무엇이었는지를 비롯하여, 이 사건 대체주택의 공동명의자인 원고의 딸 CCC(원고와는 줄곧 별도 세대를 구성하였던 것으로 보인다)이 그 명의에 부합하게 취득자금을 실질적으로 부담하였는지에 대해 의문이 남는 점(위 대법원 2010두27806 판결이 언급한 ⁠‘거주자의 투기목적’은 변칙적인 부의 이전까지 아우르는 개념으로 보아야 한다) 등을 종합적으로 고려하면, 본건은 위 대법원판례 법리가 적용되기 위한 요건을 충족한다고 보기 어렵다(마찬가지로 원고가 2024. 7. 23.자 준비서면에서 들고 있는 대법원 2009. 12. 24. 선고 2009두13788 판결 및 대법원 2010. 7. 29. 자 2010두7840 판결, 대법원 2023. 7. 27. 자 2023두40472 판결 역시 본건과는 사안이 달라 원용하기에 적절치 않다).

    아울러 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항은 일괄적으로 중과세 대상을 규정하는 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는바, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보아야 하는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는다는 점을 고려할 때 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항에서의 ⁠‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’이 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정된다고 해석하기는 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 주택의 양도에 대하여 위 대법원판례의 법리가 적용된다고 볼 수 없다.

   5) 소결론

    결국 이 사건 주택의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로서 중과세율이 적용될 뿐 아니라 장기보유특별공제도 배제된다고 보아야 하며, 위 대법원 2010두27806 판결의 법리가 적용된다고도 볼 수 없다. 원고 주장은 모두 이유 없으므로 받아들이지 않는다.

3. 결론

  그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 11. 27. 선고 서울행정법원 2023구단74034 판결 | 국세법령정보시스템