요지

증가분 계산방식 일반연구인력개발비세액공제에서 분할존속법인의 4년평균액은 분할법인의 전체 4년평균액에서 분할신설법인의 4년평균액을 공제한 금액이어야 하고, 분할 신설법인의 4년평균액은 해당 과세연도 개월 수로 안분되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여 한 20xx 사업연도 법인세 xx×원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심 판결

의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하

여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결문 3면 11행의 ⁠“일반연구․인력개발비” 다음에 ⁠“(이하 ⁠‘연구개발비’라고도 한다)”를 추가한다.

○ 5면 13행의 ⁠“한다” 다음에 ⁠“(대법원 2021. 1. 28.자 2020두49713 판결, 대법원

2021. 1. 28.자 2020두51747 판결 참조)”를 추가한다.

○ 7면 7행 다음에 아래와 같이 추가한다.

『다. 금반언의 원칙, 비과세 해석의 원칙 위반 여부

1) 원고의 주장 요지

가) 과세관청은 구 조특법 시행령 제9조 제5항을 엄격히 해석하여, ① 합병의 사안 에서 합병 전 피합병법인에서 발생한 연구개발비를 합병법인에서 발생한 것으로 보는

경우 합병한 과세연도에 피합병법인과 합병법인이 받을 수 있는 연구개발비 세액공제

의 총액이 합병하지 않았을 때 받을 수 있는 총액보다 적어지는 결과가 발생함에도,

‘합병 전 피합병법인에서 발생한 연구개발비를 합병법인에서 발생한 것으로 보아 4년

합계액을 산정하여야 한다’는 취지로 해석하고(대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결의 취소 청구 대상 과세처분), ② 분할의 사안에서 ⁠‘분할신설법인은 분할 전 분할법인에서 발생한 연구개발비에 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 4년 합계액으로 하고, 분할존속법인은 분할신설법인이 적용한 매출액 비율을 제외한 후의 매출액 비율을 적용하여 4년합계액을 계산한다’는 취지로 해석(법인세과-589, 2011. 8. 19.)하여 왔고, 이는 국세기본법 제18조 제3항의 비과세 해석에 해당한다.

나) 그런데 분할의 사안에서 분할 전 분할법인에서 발생한 연구개발비를 분할신설법

인에서 발생한 것으로 보는 경우 분할한 과세연도에 분할존속법인과 분할신설법인이

받을 수 있는 연구개발비 세액공제의 총액이 분할하지 않았을 때 받을 수 있는 총액보

다 많아지는 결과가 발생하자, 과세관청은 종전의 해석을 변경하여 ⁠‘분할신설법인의 귀속액을 월할계산하여 산정한 다음 이를 차감하여 분할존속법인의 4년평균액을 산정한다’는 취지로 해석(조세특례제도과-724, 2017. 9. 25.)하였다.

다) 원고는 과세관청이 위와 같이 해석을 변경하기 전에 기업분할, 법인세 신고․납

부 및 감면신청을 하였으므로, 종전의 해석에 따라 원고에 대하여 연구개발비 세액공

제를 하여야 함에도, 이와 달리 피고는 변경된 해석에 기초하여 이 사건 처분을 하였

으므로, 이 사건 처분은 금반언의 원칙, 비과세 해석의 원칙에 위반되어 위법하다.

2) 판단

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되

기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야

하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책

사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하

여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는

결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2003. 5.

30. 선고 2001두4795 판결 등 참조). 그리고 국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있 는 ⁠‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란

 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게

정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는

것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하고, 그와 같은 비과세관행이

성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라,

 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정

때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적

 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한

과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는

의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결, 대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016두43077 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, ① 구 조특법 시행령 제9조 제5항의 문언, 체계 등에 비추

어 과세관청이 합병의 사안에서 합병법인을 상대로 엄격해석의 원칙에 의하여 연구개

발비 세액공제를 적용하여 과세하였다는 사정만으로는 분할의 사안에서도 분할존속법

인을 상대로 동일한 방식의 연구개발비 세액공제를 적용하여 비과세할 것이라는 과세

관청의 견해표명이 있었다고 단정하기 어려운 점,1) ② 원고가 들고 있는 질의회신 등

[법인세과-589(2011. 8. 19.), 법규과-627(2013. 5. 30.) 등]은 구 조특법 시행령 제9조 제5항의 문언에 따라 ⁠‘분할신설법인이 사업의 일부를 승계한 경우 분할 전에 발생한 연구개발비에 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 4년 합계액을 산정한다’고 밝히면서, ⁠‘분할존속법인의 경우는 분할신설법인이 적용한 매출액 비율을 제외한 매출액 비율을 적용하여 4년합계액을 계산한다’는 취지의 ⁠‘차감 산정방식’을 구체적으로 제시하고 있으나,

분할신설법인의 4년합계액 산정시 앞서 본 ⁠‘월할계산 방식’의 적용 여부에 관하여는 직접적으로 밝히고 있지 않은 점, ③ 위 질의회신이 원고의 주장에 부합하는

연구개발비 세액공제 방식을 전제한 것이라고 보더라도, 그것만으로는 원고의 주장과 같은 비과세 해석이 성립된 것으로 볼 수 있을 정도로 과세관청이 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 사정을 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청이 분할존속법인의 연구개발비 세액공제시 앞서 본 ⁠‘월할계산 방식’을 적용하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않은 경우에 해당한다고 보기도 어려운 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장을 받아들이기 어렵다.』

1) ○ 나아가 원고가 들고 있는 위 대전고등법원 2016누11146 판결에 대하여 상고가 제기되지 않아, 합병 사안에서 합병법인의 연구개발비 세액공제 방식에 관한 대법원의 판단이 내려지지 않았다.

○ 구 조특법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있으므로(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조), 해당 과세연도의 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용만을 세액공제 대상으로 삼아야 한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2013두22147 판결 참조). 그리고 구 조특법 제10조 제1항 제3호 ⁠(가)목의 ⁠‘연구개발비 증가분 세액공제’의 경우에는 해당 과세연도의 연구개발에 직접적으로 대응하는 비용을 세액공제 대상으로 삼아야 할 뿐만 아니라, 그 연구개발비 증가분 산정의 기초가 되는 ⁠‘기존의 연구개발비’(해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 연평균 발생액)도 해당 과세연도의 연구개발비에 상응하는 비용으로 산정함으로써 동일한 기준에 의하여 세액공제 대상인 연구개발비 증가분을 산정하여야 한다(조특법 기본통칙 10-9…2 취지 참조).

○ 따라서 구 조특법 제10조 제2항의 위임에 따라 연구개발비의 연평균 발생액의 계산 등에 관하여 규정한 구 조특법 시행령 제9조 제4항에서 정한 ⁠‘4년합계액’은 ⁠‘기업의 해당 과세연도의 연구개발비에 상응하는 비용으로 산정될 것’을 당연한 전제로 하고 있다. 즉 구 조특법 시행령 제9조 제5항은 사업양수도, 법인의 조직변경 등으로 해당 과세연도에 연구개발비가 발생한 사업 부문에 변동이 발생한 경우에 ⁠‘해당 과세연도의 연구개발비’와 ⁠‘4년합계액’을 동일한 기준으로 산정할 수 있도록 하기 위하여, 그 본문에서 ⁠“제4항의 계산식 중 ⁠(해당 과세연도의 연구개발비에 상응하는 비용으로 산정되는) 4년합계액을 계산할 때, … 합병 등을 하기 전에 피합병법인 등으로부터 발생한 연구개발비는 합병법인 등에서 발생한 것으로 본다”는 ⁠‘연구개발비 의제 방식’을 규정하고 있고, 그 단서에서 사업의 일부를 승계한 경우에 ⁠‘연구개발비 의제 범위’를 산정하기 위한 기준으로 매출액 비율 기준과 자산가액 비율 기준을 제시하고 있는 것으로 볼 수 있다.

○ 부연하면, 구 조특법 시행령 제9조 제5항의 취지는, 법인의 조직변경 등이 이루어진 경우 ⁠‘4년합계액’을 ⁠‘해당 과세연도의 연구개발비’에 상응하는 비용으로 합리적으로 계산하기 위한 일반적인 원칙으로 ⁠‘합병 등을 하기 전에 피합병법인 등이 지출한 연구개발비를 합병법인 등이 지출한 것으로 인정한다(재정경제부, 99 간추린 개정세법 245면 참조)’는 취지의 ⁠‘연구개발비 의제(인정) 방식’을 채택한 것으로서, 그 의제(인정)의 범위는 ⁠‘해당 과세연도의연구개발비’에 상응하는 ⁠‘4년합계액’을 산정하는 데에 그칠 뿐이고, 이를 피합병법인에서 발생한 연구개발비 ⁠‘전액’을 합병법인의 연구개발비로 의제(인정)하도록 강제하는 규정이라고 보기는 어렵다(위 조항은 그 본문에서 피합병법인 등으로부터 발생한 연구개발비 ⁠‘전액’을 합병법인 등의 연구개발비로 의제하도록 명시하고 있지는 않고, 오히려 그 단서에서 승계한 사업의 범위 내에서만 의제하는 것을 전제하고 있다). 이와 달리 보는 경우 ⁠‘해당 과세연도의 연구개발비’와 ⁠‘4년합계액’을 상이한 기준으로 산정함으로써 조세의 중립성을 해치는 결과(예컨대, 합병한 과세연도에 피합병법인과 합병법인이 받을 수 있는 연구개발비 세액공제의 총액이 합병하지 않았을 때 받을 수 있는 총액보다 적어지는 경우, 분할한 과세연도에 분할존속법인과 분할신설법인이 받을 수 있는 연구개발비 세액공제의 총액이 분할하지 않았을 때 받을 수 있는 총액보다 많아지는 경우 등)를 야기하는 등으로 앞서 본 구 조특법의 취지에 어긋나는 것으로 볼 수도 있다.

2. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 03. 25. 선고 서울고등법원 2020누36221 판결 | 국세법령정보시스템