요지

법인세 신고시 연구개발비 관련 인건비 및 재료비 등에 대한 연구인력개발비 세액공제를 받았으나, 기업부설연구소가 실제로 존재하여 그 소속 연구개발 인력이 연구업무만을 전담하였다고 보기 어려우므로, 세액공제 부인한 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에 대하여, ① 2018. xx. xx.에 한 2012사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원의 부과처분 및 ② 2018. xx. xx.에 한 2013, 2014, 2015사업연도의 각 법인세 합계 xxx,xxx,xxx원(2013사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2014사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원, 2015사업연도 법인세 xxx,xxx,xxx원)의 부과처분을 각 취소한다는 판결.

이 유

1. 처분의 경위

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결문 제2면 제7행의 ⁠“갑 제1호증의 1, 2, 4, 5, 6,”을 ⁠“갑 제1호증의 2, 4, 5, 6,”으로, 같은 면 제8행의 ⁠“갑 제7호증의 3”을 ⁠“갑 제7호증의 2, 3”으로 각 고치는 외에는, 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결문 제2면 제7행부터 제5면 제7행까지)의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

○ 고객사가 납품을 의뢰하더라도 개략적인 시안만 주어지고, 완제품 제작까지는 제작 가능 여부 및 기술적인 구현 방식에 대한 검토와 고객사와의 상호 협의에 따른 설계, 디자인 결정, 시제품을 위한 시험용 금형(Cavity) 설계와 시험 사출이 필요하며, 오류가 발생할 경우 위와 같은 과정이 반복되고, 시제품에 대하여 완성도 시험과 점검이 완료되면 그제야 양산금형을 제작하여 사출하는 단계로 진입하게 되는바, 원고는 위와 같은 과정에서 기존 제품 및 도면의 문제점을 발견하고 이를 개선, 해결하여 기술의 진전을 이루었다.

위와 같은 대량 생산을 위한 양산금형 제작 이전의 일련의 시제품 설계, 제작, 시험의 과정은 기술의 진전과 불가분적인 관련이 있어 연구개발활동에 해당하고, 원고는 기업부설연구소에 연구전담 인력을 배치하여 위와 같은 연구개발활동을 전담하게 하여 2012년부터 2016년까지 이에 대한 연구보고서를 작성함으로써 연구개발 역량을 축적하고, 특허를 획득하기도 하였다.

연구전담 인력들은 영업, 홍보 및 양산금형 제작과는 구별되는 독자적인 연구개발활동을 하고 있고, 고객사와의 기술미팅에 참석하여 협의하거나 양산금형 제작과정에서 기술적인 문제를 지도할 수는 있으나 이는 연구개발활동의 일환에 불과하다.

○ 특히 기업부설연구소에 배치한 인력 중 류BB, 이CC, 김DD, 송EE, 정FF, 김GG는 다른 업무를 겸업하지 않은 연구전담 요원이라 할 것이므로, 적어도 이들의 인건비는 연구개발비로 인정하여야 한다. 또한 외주개발비와 원재료비 및 소모품비 중 당해 연도에 인정되는 연구전담 요원의 인건비 비율에 따라 계산한 금액 상당은 연구개발비로서 세액공제의 대상으로 인정하여야 한다.

○ 따라서, 전담업무를 수행하는 연구소의 존재를 부인하고, 연구· 인력개발비 세액공제 규정에 의한 세액공제를 전면 부인한 이 사건 각 부과처분은 위법하여, 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

제1심판결문의 별지 기재와 같다(행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이 부분을 그대로 인용한다).

다. 판단

1) 관련 법리

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결문 제6면 제11행부터 제8면 제11행까지)의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2) 인건비 세액공제 주장에 관한 판단

갑 제5호증의 1, 제7호증의 1, 4의 각 기재에 의하면 원고가 2014. xx. xx. 한국산업기술진흥협회의 현지 조사를 받아 기업부설연구소의 조직과 연구원에 대하여 확인을 받고, 2014. xx. xx. 기업부설연구소를 인정받은 사실을 인정할 수 있다.

그러나 앞서 본 법리에 기초하여 살피건대, 제1심에서 인정한 사실들과 갑 제2호증의 1, 갑 제14호증의 1 내지 4, 제19호증, 을 제1 내지 8, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 등에 비추어 보면, 위와 같이 원고가 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소를 인정받은 사실이나 원고가 제출한 증거자료들 및 제1심 증인 신HH, 이CC과 당심 증인 신JJ의 각 일부 증언(아래에서 배척하는 각 일부 증언 부분 제외)만으로는 ⁠‘원고의 기업부설연구소가 실제로 존재하여 그 소속 연구개발 인력이 연구업무만을 전담하였다’는 원고의 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다(원고의 위 주장에 일부 부합하는 듯한 제1심 증인 신HH, 이CC과 당심 증인 신JJ의 각 일부 증언은 위 증인들과 원고 회사와의 관계 및 제1심에서 인정한 사실들과 아래에서 인정하는 사정들 등에 비추어 볼 때 선뜻 믿기 어렵다). 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

① 피고 소속 공무원이 원고에 대한 세무조사 착수 당시 확인한 원고의 본사 건물에 게시된 2017. xx. xx.자 직원 현황 및 조직도2)에는 대표이사를 업무 총괄자로 하여 그 밑에 경영지원부문, 개발영업부문, 공장이 있고, 개발영업부문에는 개발영업 1팀, 개발영업 2팀, 설계팀이, 공장에는 생산팀, 생산기술팀, 품질관리팀, 금형팀이 있었을 뿐 별도의 독립한 기업부설연구소의 조직이 확인되지 아니하였다. 원고의 조직이나 업무 분장이 위 직원 현황 및 조직도 작성 이전에 크게 변동되었다고 볼 다른 자료는 없다.

② 2011, 2012년의 포상금 지급 현황자료에는 근로자의 이름과 그 소속 부서가 기

재되어 있는데 기술부설연구소라는 부서명은 나타나지 아니하고, 원고에게 전화를 걸면 연결되는 ARS 안내멘트 상에도 개발/영업, 경영지원 등의 타 부서와 달리 기업부설연구소가 누락되어 있다.

③ 원고가 작성하여 한국산업기술진흥협회에 제출한, ㉮ 2011. xx. xx.자, 2012. xx. xx.자 및 2012. xx. xx.자 기업부설연구소 연구개발 인력현황에는 신JJ가 2008. xx. xx.부터, 신HH이 2010. 9. 1.부터 각 기업부설연구소에서 근무한 것으로 기재되어 있으나, ㉯ 2014. xx. xx.자 및 2014. xx. xx.자 기업부설연구소 연구개발 인력현황에는 신HH이 2013. xx. xx.부터 기업부설연구소에서 근무한 것으로 기재되어 있어 서로 일치하지 않고, 한편 원고의 포상금 지급 현황자료 및 인사명령과 같은 내부결재 자료에 의하면, 신JJ는 2011년과 2012년에 개발영업부문 소속으로, 신HH은 2012년에 금형팀 소속으로 각 상여금을 받았고, 신HH이 2011. xx. xx. 금형팀에서 근무하다가 2012. xx. xx.부터 연구원으로 발령을 받아 보직이 변경되는 것으로 되어 있는 등, 원고가 작성하여 한국산업기술진흥협회에 제출한 자료들과 내부결재 자료들 사이에도 서로 일치하지 않는 내용들이 있다.

④ 피고는 2018. xx. xx. 전KK 전무와 금형팀 신HH 과장을 조사하면서 문답서를작성하였는데, 전KK과 신HH은 모두 연구개발만을 전담하는 직원이 2명 있다고 진술하였으나, 위 전담인력 2명에 대하여 전KK과 전KK의 조사에 동석한 경영지원팀김LL 이사는 ⁠‘전KK과 신HH‘이라는 취지로 진술하였고, 신HH은 ’전KK과 이CC‘이라고 서로 다르게 진술하였고, 또한 위 진술인들은 원고가 당심에 이르러 연구전담직원이라 주장하는 류BB, 이CC, 김DD, 송EE, 정FF, 김GG에 대하여 달리 언급한 바가 없다.

원고의 회사 규모가 크지 아니하고, 근로자 수가 100명에서 200명 사이로 많지 아니한 점, 전KK, 김LL와 신HH은 각 팀의 대표 격으로 해당 팀을 총괄하는 지위에 있고, 신HH은 2011년에 원고에 입사하여 장기 근속한 사람인 점 등을 고려해 볼 때, 원고 회사에 조직이나 업무가 명백하게 분리된 기업부설연구소가 존재하고 연구전담 인력이 위 연구소에 소속되어 있을 경우 그 소속 구성원에 대하여 다르게 진술하기는 어려울 것으로 보이는데, 위와 같이 전KK, 김LL와 신HH은 기업부설연구소나 연구전담 인력에 관하여 서로 다른 내용을 진술하였다.

⑤ 또한 피고의 세무조사 당시 기업부설연구소 소속 인력으로 보이는 직원의 부서명이 개발/영업으로 표기된 이유에 대한 질문을 받자, 전KK은 ⁠‘고객이 의뢰하면 연구개발로 들어가는데, 연구소는 개발뿐이 아니라 납품처에 제품을 보여주어야 하고 거래처와 의사를 조율할 수밖에 없어 개발영업팀에서 연구개발뿐만 아니라 영업, 홍보 등의 업무를 수행한다’고 진술하였고, 신HH 역시 ⁠‘기업부설연구소 소장인 전KK은 개발 및 영업 관련 업무를 총괄하고, 그 전임자인 권PP 마찬가지이며, 개발영업팀 부서원들이 영업과 개발을 병행하는 것으로 알고 있다’고 진술하였다. 그리고 당심 증인 신JJ 또한 이 법원에 증인으로 출석하여, 연구업무 외에도 신JJ 본인은 영업 업무를, 신HH은 금형팀 업무를 겸업하였다는 취지로 진술하여, 그 진술 내용이 전KK, 신HH을 조사하며 작성한 위 문답서의 내용과도 일치한다. 이와 같은 사실들에 비추어 보면 원고가 주장하는 연구개발 인력이 있었다 하더라도 연구업무만을 전담한 것이 아니라 영업 등 업무를 병행하였다고 봄이 타당하다.

⑥ 원고는 2014년에 근무한 연구 전담 요원으로 류BB, 이CC, 김DD, 송EE, 정FF, 김GG가 있다며, 이들에 대한 인건비 및 재료비 등을 연구개발비로 인정할 것을 주장하나, 2014년 작성된 각 연구보고서(갑 제14호증의 1 내지 4)에는 참여 연구원으로 송EE와 정FF가 기재되어 있지 않다.

3) ⁠‘재료비 등 세액공제 주장에 관한 판단’ 및 ⁠‘인건비, 재료비 등을 제외한 부분에

관한 판단’

  이 법원이 이 부분에 관하여 각 설시할 판결의 이유는, 다음과 같이 고치는 외에는 제1심판결의 이유 중 각 해당 부분(제1심판결문 제11면 제1행부터 제12면 제5행까지)의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에의하여 이를 그대로 인용한다.

[고치는 부분]

○ 제1심판결문 제11면 제2행부터 제5행까지를 다음과 같이 고친다.

『을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들 및 위에서 본 바와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거자료들 및 제1심 증인 신HH, 이CC과 당심 증인 신JJ의 각 일부 증언(위에서 배척한 각 일부 증언 부분 제외)만으로는 ⁠‘원고가 세액 공제를 주장하는 재료비 등 부분이 연구개발전담 인력이 연구개발활동에 직접 사용하여 발생된 비용이라는 취지’의 원고의 주장을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.』

○ 제1심판결문 제11면 제20행 및 제12면 제1행과 제4행의 각 ⁠“인력비”를 각 ⁠“인건비”로 고친다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 08. 27. 선고 서울고등법원 2020누61777 판결 | 국세법령정보시스템