요지

조세특례제한법 시행령 제104조의4에서는 도시정비법상의 정비사업조합이 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 2. 14. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 법인세 710,352,780원의 부과처분을 취소한다..

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 00시 00구 00동 00번지 외 22필지 지상에 위치한 구 AA아파트 재건축사업을 위하여 구 도시 및 주거환경정비법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 전부 개정되기 전의 것, 이하‘구 도시정비법’이라 한다)에 따라 조합설립인가를 받은 재건축조합으로, 위 토지 지상에 재건축아파트인 DD아파트 3,726세대 및 상가 75호를 신축하였다(갑 제1호증).

나. 원고는 위 재건축사업에 따른 분양수입금에 대하여 수익사업에 해당하는 일반분양 수익과 비수익사업에 해당하는 조합원분양 수익을 구분하지 않고 소득금액을 계산 하였는데, 구체적으로는 재건축사업에서 발생한 총 분양수입에서 조합원분양수입을 익금불산입하여 제외하고, 조합원분양수입에 대응하는 조합원분양원가를 손금불산입하였으며, 조합원 이외의 일반분양사업에서 발생한 소득금액에 대하여만 익금에 산입하는 방식으로 수입금액을 산정하여 2013 사업연도부터 2017 사업연도까지 법인세 합계 00,000,000원을 신고 ․ 납부하였다(갑 제2호증).

다. CC지방국세청장은 2018. 11. 22.부터 2019. 1. 11.까지 원고에 대하여 법인세 통합조사를 실시하여, 일반 분양의 분양수입금과 자기 지분을 초과하여 분양받은 조합원의 청산금(이하 ⁠‘이 사건 청산금’이라 한다)을 수익사업의 수입금액으로 재계산하여 익금산입하고, 이와 관련된 분양원가를 손금산입하여 수입금액을 재계산하였으며, 그 밖에도 토지원가의 작업진행률에 따른 사업연도별 손금산입 재계산, 판매비와 관리비, 영업외 손익 등과 관련한 공통손금의 안분에 따른 재계산 등을 하여 2013 사업연도부터 2016 사업연도까지의 적출 소득금액에 대해 피고에게 법인세를 경정할 것을 통보하였다(갑 제5호증, 을 제1호증).

라. 이에 따라 피고는 2019. 2. 14. 원고에게 위 사건 청산금과 관련하여 2016 사업연도 법인세 000,000,000원, 가산세 000,000,000원 합계 000,000,000원에서 공제세액 000,000,000원을 공제한 710,352,789원 중 원 단위를 절삭한 710,352,780원을 경정 ․ 고지하였다(갑 제3호증, 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2019. 5. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 2020. 6. 16. 기각결정을 받았다(갑 제4호증).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법성

가. 원고의 주장

원고의 조합원들에 대한 분양은 수익사업이 아닐 뿐만 아니라, 이 사건 청산금은 조합원들의 출자에 해당하므로 법인세 과세소득인 사업연도 소득을 산정함에 있어서 익금의 범위에 포함되지 않는다. 따라서 이 사건 청산금을 익금에 포함시켜 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다..

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

앞서 든 각 증거, 을 제2, 3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 자기 지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 받은 이 사건 청산금은 법인세 과세대상에서 제외된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분에는 과세표준을 과다하게 산정한 위법이 있다.

① 비영리내국법인에 대하여는 부동산 양도소득 외에 각 사업연도의 소득에 대해서만 법인세를 부과하는데(구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 법인세법’이라 한다) 제3조 제1항), 여기서 각 사업연도의 소득은 수익사업에서 생기는 소득을 말한다(구 법인세법 제3조 제3항). 그리고 구 도시정비법에 따라 설립된 조합에 대해서는 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용한다(구 조세특례제한법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제104조의7 제2항). 위 각 규정에 따르면, 구 도시정비법에 따라 설립된 조합인 원고에 대해서는 법인세법상 비영리내국법인에 관한 규정이 적용된다.

그러므로 원고가 조합원들에게 토지 및 건축물을 분양하여 얻은 수입이 비영리법인의 과세대상인 각 사업연도의 소득, 즉 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제104조의4에서는 도시정비법상의 정비사업조합이 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없으므로, 이에 대하여 법인세를 부과할 수 없다.

② 이에 대하여 피고는 위 시행령에서 말하는 조합원분양사업은 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우만을 가리킨다고 주장한다.

살피건대, 구 도시정비법 제57조 제1항 본문은 대지 또는 건축물을 분양받은 자가 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있는 경우에는 사업시행자는 제54조제2항의 규정에 의한 이전의 고시가 있은 후에 그 차액에 상당하는 금액, 즉 청산금을 분양받은 자로부터 징수하거나 분양 받은 자에게 지급하여야 한다고 규정하고 있고, 원고의 정관 제54조 제1항에서도 같은 취지로 정하고 있다.

재건축조합의 사업은 조합설립에 동의한 토지 및 건물의 소유자들을 조합원으로 하여 이들로부터 토지 및 건물을 현물출자 받아 건물을 신축한 후 이를 조합원들에게 공급하는 사업이다. 그런데 때로는 공익상 또는 기술상 법이 정하는 바에 따라 조정이 불가피하게 되고 그 불가피한 조정의 결과 종전의 토지나 건축물과 분양된 토지나 건축물과의 과부족이 발생하게 된다. 이처럼 토지나 건축물에 관하여 분양처분의 결과 생기는 불공평을 과부족 없이 공평하게 하기 위하여, 시행자는 부당한 이득자로부터 과액을 징수하고, 손실을 받는 자에게는 부족액 또는 환전손실액을 금전으로 교부하는 것¹⁾ 이 청산금 제도이다. 즉 청산금의 징수는 실제에 있어서 부당이득금의 징수이고, 청산금의 교부는 실제에 있어서 손실보상금의 지급에 해당하며, 조합원들의 사업비용의 분담이라는 측면을 고려한 것이다. 요컨대, 원고가 자기 지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 받은 이 사건 청산금은 공평한 사업비용의 분담을 위하여 부당이득금을 징수한 것으로서, 그 비용은 원고의 재건축사업에 동등하게 사용된다. 이와 같은 청산금 제도의 도입 목적, 그 비용의 사용 목적 등에 비추어 볼 때, 위 시행령 규정을 피고의 주장과 같이 축소 해석할 합리적인 근거를 찾을 수 없다.

③ 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액을 말하는데(구 법인세법 제14조 제1항), 여기서의 익금은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로서, 자본 또는 출자의 납입은 익금에서 제외되고(구 법인세법 제15조 제1항), 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로서, 자본 또는 출자의 환급은 손금에서 제외되며(법인세법 제19조 제1항), 구체적인 익금과 손금의 범위에 관해서는 법인세법 시행령에서 정하고 있다.

그러므로, 설령 피고가 주장하는 바와 같이 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우를 제외한 나머지 경우를 수익사업으로 본다고 하더라도, 재건축조합이 조합원들에게 토지 및 건축물을 공급하고 조합원들이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격의 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하거나 조합에 지급하는 것을 법인세법이 정하는 조합의 ⁠‘순자산을 증가 또는 감소시키는 거래’로 보아 익금 또는 손금에 산입할 것인지, 또는 출자의 납입 또는 환급으로 보아 제외시킬 것인지에 관하여 본다. 살피건대, 원고는 토지 등 소유자들을 구성원으로 하는 법인인 단체로서, 법인세법에서 말하는 익금은 법인의 순자산을 증가시키는 ⁠‘거래’를 전제로 하는 것인데, 원고 조합과 그 조합원들 사이에 현물출자 이외에 어떠한 별도의 ⁠‘거래’가 있다고 보기도 어렵고, 달리 위와 같은 청산금을 익금의 범위에 포함시킬 근거가 될 만한 규정을 찾을 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 주문과 같이 판결한다.

1) 이에 따라 청산금을 교부받은 조합원에 대하여는 양도소득세과 부과된다. 즉 도시재개발법에 의하여 설립된 재개발조합으로부터 재개발사업구역 내의 부동산에 대한 대가로서 청산금을 지급 받은 것은 자산의 유상양도에 해당한다(대법원 2001. 4. 10. 선고 99두7791 판결 참조)

출처 : 광주지방법원 2021. 06. 11. 선고 광주지방법원 2020구합13905 판결 | 국세법령정보시스템