요지

양도세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 6. 12.1) 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세의 경정 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 6. 25. 전주시 완산구 평화동3가 ooo-o 답 1,689㎡ 및 같은 구 평화동3가 OOO-2 답 1,912㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라고 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 그 후 원고는 2016. 6. 3. DDD 외 3명에게 이 사건 토지 및 지상 수목을 매매대금 1,012,770,000원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 2016. 7. 25. DDD외 3명에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐줌으로써 이 사건 토지를 양도하였다.

나. 원고는 2016. 9. 30. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상 자경한 농지에 해당함을

전제로 구 ⁠「소득세법」(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구

소득세법’이라고 한다) 제95조 제2항에 의한 장기보유특별공제 및 구 ⁠「조세특례제한

법」(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 고 한다) 제69조 제1항에 의한 양도소득세 감면을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세로

33,431,097원을 신고하였다.

다. 피고는 2016. 11. 17. 원고에 대하여 구 「조세특례제한법 시행령」(2016. 2. 5.

대통령령 제26959호로 개정되었다가 2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의

것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법 시행령’이라고 한다) 제66조 제14항에 따라 원고의 연간

총급여액이 37,000,000원 이상인 기간을 자경기간에서 제외하는 경우 8년 이상의 자경

요건을 충족하지 못한다는 이유로 양도소득세 신고에 대한 보정을 요구하였다.

라. 이에 따라 원고는 2016. 11. 30. 피고에게 이 사건 토지가 8년 이상의 자경요건 을 충족하지 못한 ⁠‘비사업용 토지’임을 전제로 장기보유특별공제 및 양도소득세 감면을

적용하지 않고 ⁠‘비사업용 토지’에 대한 양도소득세율 48%를 적용하여 양도소득세

256,899,723원 및 신고․납부불성실 가산세 13,180,760원 합계 270,080,492원을 신고

하였다.

마. 그 후 원고는 2019. 5. 28. 피고에 대하여 ⁠“이 사건 토지를 ⁠‘비사업용 토지’로 볼

수 없다”는 이유로 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 장기보유특별공제 및 일반세율 을 적용하여 양도소득세액을 133,431,096원으로 경정해 줄 것을 청구하였으나, 피고는

2019. 6. 12. 다음과 같은 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ’이 사건 처

분‘이라고 한다)을 하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 9. 7. 심판청구를 하였으나, 조세심판원 은 2020. 7. 9. 원고의 심판청구를 기각하였다.

사. 한편, 2003년부터 2016년까지 원고의 연간 총 급여액은 모두 37,000,000원을 초

과한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 4, 5, 6, 7 ,8호증, 을 제1, 2, 4호증의 각

기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 관련 법령

1) 관련 법령의 내용

별지 관련 법령 기재와 같다.

2) 관련 법령의 개정 과정

가) 구 조세특례제한법 제69조 제1항은 ’대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경

작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득‘에 대하여 양

도소득세를 감면하도록 규정함으로써 자경농지에 대한 양도소득세를 감면하도록 정하 고 있고, 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제66조는 제13항에서 ’직접 경작

‘의 요건을 규정하되, 제14항에서 ’거주자의 ⁠「소득세법」제19조 제2항에 따른 사업소

득금액과 같은 법 제20조 제2항에 따른 총급여액의 합계액이 37,000,000원 이상인 과

세기간이 있는 경우‘에는 그 기간을 자경기간에서 제외하도록 정하고 있다(이하 위 제

14항의 소득조건을 ’이 사건 소득조건‘이라고 한다). 구 조세특례제한법 시행령 이전의

구 「조세특례제한법 시행령」(2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되기 전의 것)

제66조에는 위 제13항 외에 이 사건 소득조건에 관한 조항이 존재하지 않았으나,

2014. 2. 21. 같은 시행령이 개정되면서 이 사건 소득조건에 관한 제14항이 신설되었

다.

나) 한편, 구 소득세법은 양도소득세액을 산정하는 과정에서 적용되는 ’장기보유

특별공제액‘과 ’양도소득세의 세율‘에 관한 규정을 두고 있는데, 구 소득세법 제95조는

제1항, 제2항에서 보유기간이 3년 이상인 토지에 대하여 보유기간별 공제율에 따른 특

별공제를 정하고 있고, 제4항에서는 같은 법 제104조의3에 따른 ’비사업용 토지‘로서

2016. 1. 1. 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우 보유기간을 2016. 1. 1.부터

기산하도록 제한하고 있으며, 같은 법 제104조 제1항 제8호에서는 ’비사업용 토지‘에

대한 양도소득세 세율을 일반 토지에 대한 양도소득세 세율에 10%를 가산한 비율로

정하고 있다.

위 ’비사업용 토지‘의 범위에 관해서는 같은 법 제104조의3에서 규정하고 있 고, 같은 조 제1항 제1호 가목에서는 ’대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지

소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지‘를 ’비사업용 토지‘의

하나로 정하고 있는데, 이와 관련하여 구 「소득세법 시행령」(2016. 2. 17. 대통령령

제26982호로 개정되기 전의 것) 제168조의8 제2항은 ’비사업용 토지‘의 요건 중 하나 로 ’농지법 제2조 제5호의 규정에 따른 자경을 하는 농지를 제외한 농지‘를 규정하고

있다가, 2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 위 시행령이 개정(이하 위 개정된 시행령 을 ’구 소득세법 시행령‘이라고 한다)되면서 ’조세특례제한법 시행령 제66조 제13항에

따른 직접 경작을 하는 농지를 제외한 농지‘라는 요건과 함께 ’이 경우 자경한 기간의

판정에 관하여는 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항을 준용한다‘라는 규정(이하 ’

이 사건 조항‘이라고 한다)이 신설되었으며, 구 소득세법 시행령 부칙은 제1조에서 ’이

영은 공포한 날부터 시행한다‘, 제2조 제2항에서 ’이 영 중 양도소득에 관한 개정규정 은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다‘고 정하고 있다.

이와 같이 농지의 양도소득세 산정 시 장기보유 특별공제 적용 여부 및 세율 을 결정하기 위한 요소, 즉 해당 농지가 ’비사업용 토지‘인지 여부를 판단함에 있어서

2016. 2. 17. 개정된 구 소득세법 시행령의 시행 전후로 구 조세특례제한법 시행령 제

66조 제14항에 따른 이 사건 소득조건(연간 총 급여액 37,000,000원 이상)의 적용 여

부가 달라지게 되었다.

나. 원고의 주장

1) 이 사건 조항은 구 소득세법 시행령 시행 이후의 자경기간만을 적용대상으로

한다는 주장(제1주장)

구 소득세법 시행령은 2016. 2. 17.부터 시행되었는바, 위 시행일 이전의 자경기

간에 대하여 구 소득세법 시행령에 따라 신설된 이 사건 소득조건을 소급하여 적용하

도록 해석하는 것은 개정 법령의 시행 이전에 이미 종료된 이 사건 토지의 경작행위에

대하여 사후적으로 경작행위로부터 제외하여 중과세 세율 적용 등의 불이익을 주는 것

이므로 신뢰보호원칙에 위배된다. 한편, ’비사업용 토지의 범위‘를 규정하고 있는 구 소

득세법 제104조의3은 제1항 제1호 나목에서 도시지역에 소재하는 농지를 ’비사업용 토

지‘로 규정하면서도 도시지역으로 새로 편입된 농지의 경우에는 일정한 기간 동안 ’비

사업용 토지‘로 보지 않도록 경과규정을 두고 있는 반면, 같은 조항 제1호 가목에 관한

시행령인 이 사건 조항에서는 이 사건 소득조건을 새로 도입하면서도 아무런 경과규정 을 두지 않았는바, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목과 나목의 ’비사업용 토

지‘를 달리 취급할 아무런 이유가 없음에도 이 사건 조항에 관하여 경과규정을 두지

않은 것은 이 사건 조항이 구 소득세법 시행령 시행 이전의 경작기간에 대해서는 소급

적용되지 않는 것이 당연하다는 입법취지에 따른 것이다. 또한 구 소득세법 시행령 제

168조의14 제3항 제1호의2는 ’직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정

하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당

배우자로부터 상속․증여받은 토지‘를 ’비사업용 토지‘에서 제외하고 있는데, 이 사건

조항과 달리 자경기간 산정에 있어 직계존속 또는 배우자의 소득금액을 고려하도록 정

하고 있지 않다.

따라서 이 사건 조항을 해석함에 있어 이 사건 소득조건은 구 소득세법 시행령

시행 이전의 자경기간에 대해서는 적용되지 않고 그 시행 이후의 기간에 대해서만 적

용된다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 원고의 자경기간을 산정한 이 사건 처분 은 부적법하다.

2) 구 소득세법 시행령 시행 이전의 자경기간에 대하여 이 사건 소득조건을 적용

하도록 한 이 사건 조항은 조세법률주의, 신뢰보호의 원칙 또는 법률불소급의

원칙에 위배되어 무효라는 주장(제2주장)

이 사건 조항은 구 소득세법 시행령 이전에 ’비사업용 토지‘에서 제외될 수 있는

자경요건을 갖춘 농지에 대해서까지 소급하여 이 사건 소득조건을 적용하도록 하여 ’

비사업용 토지‘에 관한 중과세 세율 적용 등의 불이익을 주었으므로, 신뢰보호의 원칙 또는 법률불소급의 원칙에 위배된다. 또한 법률이 아닌 대통령령의 개정을 통해 이 사

건 소득조건을 추가하여 원고의 재산권을 제한하였으므로 조세법률주의에도 위배된다.

따라서 이 사건 조항은 무효이므로, 이 사건 조항을 근거로 한 이 사건 처분은 위법하

다.

3) 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제2항에 따라 ’비사업용 토지로 보지

아니하는 토지‘에 해당한다는 주장(제3주장)

원고는 8년 이상 이 사건 토지를 자경하였으나 이 사건 조항의 신설에 따라 원

고의 책임 없는 사유로 이 사건 소득조건의 적용을 받게 되어 농지의 본래 용도로 사

용을 금지당하거나 제한을 받게 되었으므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3

제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호, 제4호, 구 소득세법 시행규칙

(2017. 3. 16. 기획재정부령 제604호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법 시행규칙

‘이라고 한다) 제83조의5 제1항 제10호, 제11호에 의하여 ⁠‘비사업용 토지로 보지 아니

하는 토지’에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다.

다. 판단

1) 제1주장에 관한 판단

양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로

양도 자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하

여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두

지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할

것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조).

앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 토지의 양도로 인한 원고의 양도소득세 납

세의무는 원고가 2016. 7. 25. 이 사건 토지를 양도함으로써 비로소 성립하였으므로,

그 양도소득세의 과세요건과 범위는 2016. 7. 25. 당시 시행되고 있던 법령에 의하여야

할 것이다. 이 사건 조항은 구 소득세법 시행령이 2016. 2. 17. 개정되면서 신설되었고,

같은 시행령 부칙은 제1조에서 ⁠‘이 영은 공포한 날부터 시행한다’고 규정하고, 제2조

제2항에서 ⁠‘이 영 중 양도소득에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터

적용한다’고 규정하고 있으므로, 원고의 이 사건 토지 양도에 따른 양도소득에 대해서 는 이 사건 조항이 적용되어야 함이 분명하다. 나아가 세법의 기본원칙들 중의 하나인

소급과세금지의 원칙은 조세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거

래에 대하여 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다는 원칙 을 의미하는 것이므로, 세법이 제정되거나 개정된 후에 조세를 납부할 의무가 성립한

경우에는 이 원칙이 적용될 여지가 없다(대법원 1989. 9. 29 선고 88누11957 판결 참

조). 따라서 피고가 원고의 이 사건 토지 양도 당시 시행되고 있던 이 사건 조항을 적

용하여 이 사건 처분을 하였다고 하더라도 이를 두고 소급과세금지의 원칙에 위반된다

볼 수도 없다.

한편, 원고는 신뢰보호원칙, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 나목의 경과

규정 또는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제3항 제1호의2의 규정의 취지를 근거로

들며 이 사건 조항이 그 시행일 이전의 자경기간에 적용되지 않는다고 해석하여야 한

다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 조항이 신설된 구 소득세법 시행령은 부칙

제2조 제2항에서 양도소득에 관한 개정규정을 ⁠‘이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용

한다’고 명백하게 규정하고 있으므로, 부칙의 문언과 달리 구 소득세법 시행령 시행 이

후에 이루어진 이 사건 토지의 양도에 대하여 이 사건 조항의 적용을 일부 배제하는

것으로 해석할 수는 없다(이는 이 사건 조항을 구 소득세법 시행령 시행 이전의 자경

기간에 대하여도 적용하도록 한 입법이 신뢰보호의 원칙이나 소급입법금지의 원칙 등 에 반하는 것인지 여부와 별개의 문제이다).

따라서 원고의 제1주장은 받아들이지 아니한다.

2) 제2주장에 관한 판단

가) 조세법률주의 위반 여부

헌법 제38조와 제59조에서 규정하고 있는 조세법률주의의 이념은 과세요건을

국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로 규정하도록 하여 국민의 재산권을 보장하고,

과세요건을 명확하게 규정하여 국민생활의 법적 안정성과 예측가능성을 보장하기 위한

것이다. 그러나 조세법률주의를 견지하면서도 경제현실의 변화나 전문적 기술의 발달

등에 즉응하여야 하는 세부적인 사항에 관하여는 국회가 제정하는 형식적인 법률보다 는 더 탄력성이 있는 행정입법에 이를 위임할 필요가 있다.

양도소득세 중과세 대상인 ⁠‘비사업용 토지’에 관하여 구 소득세법 제104조의3

제1항 제1호 가목은 ⁠‘해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안

대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가

경작하지 아니하는 농지’에 해당하는 토지를 ⁠‘비사업용 토지’의 하나로 규정함으로써

‘비사업용 토지’로 보는 농지의 구체적인 요건을 대통령령에 위임하고 있다. 위와 같은

위임에 따라 구 소득세법 시행령 제168조의8 제2항은 구 조세특례제한법 시행령 제66

조 제13항에 의한 ⁠‘직접 경작’한 것으로 볼 수 있는 농지를 제외한 농지를 ⁠‘비사업용

토지’로 정하면서 다시 이 사건 조항을 통해 총 급여액 등의 합계액이 3,700만 원 이

상인 기간은 직접 경작하지 않은 것으로 보도록 정한 것이다.

구 소득세법에 따른 ⁠‘비사업용 토지’에 대한 양도소득세 중과는 개인이 실수요 에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지 를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 결국 토지에 대한 투기수요 를 억제하고 투기로 인한 이익을 환수함으로써 부동산 시장의 안정과 과세형평을 도모

하려는 데 그 입법취지가 있다. 그런데 위와 같은 입법취지를 달성하기 위하여 비사업

용 토지로서 소유자가 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지의 구체적

인 범위를 어떻게 정할 것인가는 농지가 소재한 지역, 농지 소유자의 이용 상황, 관계

법령상 의무이행 여부 등 다양한 구체적 사정들을 고려하여 탄력적으로 규율할 필요가

크고, 이를 구체화하는 작업이 매우 기술적이므로 이를 하위법령에 위임할 필요성이

인정된다. 나아가, 이 사건 조항의 위임 근거법률인 구 소득세법 제104조의3 제1항 제

1호 가목은 양도소득세가 중과세되는 비사업용 토지로서 농지를 정함에 있어 단순히

“대통령령이 정하는 농지”라고 하지 않고, ⁠“대통령령이 정하는 바에 의하여 소유자가

농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”라고 규정하여, 상

당히 구체적인 기준을 제시하고 그 범위를 한정하여 하위법규인 대통령령에 위임하고

있어, 누구라도 이 조항으로부터 대통령령에 규정될 내용의 대강을 예측할 수 있으므 로, 예측가능성 또한 인정된다고 할 것인바, 위와 같은 위임이 포괄위임입법금지원칙에

반한다고 볼 수는 없다(헌법재판소 2012. 7. 26. 선고 2011헌바357 전원재판부 결정

참조).

한편, 대표적인 노동집약적 생산 활동인 농작업의 특수성과 아울러 생물인 농

작물을 경작하기 위해서는 많은 노력과 시간 및 노동력의 투입이 필요할 수밖에 없다 는 점을 고려할 때 총 급여액 등의 합계액이 3,700만 원을 넘는 직업에 종사하는 사람 이 위와 같은 노동력 등을 투입하는 것은 일반적으로 쉽지 않고, 설령 현실적으로 그

것이 가능한 경우가 있다고 하더라도 그러한 사람은 농지를 원칙적으로 생산적인 용도 가 아닌 재산증식의 수단으로 보유하는 것으로 볼 측면도 있으므로, 구 소득세법 시행

령이 이 사건 조항을 통해 이 사건 소득조건에 따라 자경기간을 산정하도록 하였다고

하더라도 이 사건 조항이 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목이 정한 위임의

범위나 위임에 따른 입법의 예측가능한 범위를 벗어났다고 보기도 어렵다.

따라서 이 사건 조항은 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 구체적

위임을 근거로 그 예측가능한 위임의 범위 내에서 마련된 규정이므로, 조세법률주의에

위반된다거나 위임입법의 한계를 벗어난 것이라고 볼 수 없다.

나) 소급입법금지원칙 또는 신뢰보호원칙 위반 여부

(1) 소급입법은 새로운 입법을 이미 종료된 사실관계 또는 법률관계에 적용하

도록 하는 진정소급입법과 현재 진행 중인 사실관계 또는 법률관계에 적용하게 하는

부진정 소급입법으로 나눌 수 있다. 이 중에서 기존의 법에 의하여 이미 형성된 개인

의 법적 지위를 사후입법을 통하여 박탈함을 내용으로 하는 진정소급입법은 개인의 신

뢰보호와 법적 안정성을 내용으로 하는 법치국가원리에 의하여 허용되지 않음이 원칙

이다. 반면 부진정 소급입법은 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사

유와 신뢰보호를 요구하는 개인보호의 사유 사이의 교량과정에서 그 범위에 제한이 가

하여질 수 있을 뿐이다(대법원 2019. 1. 31. 선고 2015두60020 판결 등 참조).

한편, 법령의 개정에 있어서 구 법령의 존속에 대한 당사자의 신뢰가 합리

적이고도 정당하며, 법령의 개정으로 야기되는 당사자의 손해가 극심하여 새로운 법령 으로 달성하고자 하는 공익적 목적이 그러한 신뢰의 파괴를 정당화할 수 없다면, 입법

자는 경과규정을 두는 등 당사자의 신뢰를 보호할 적절한 조치를 하여야 하며, 이와

같은 적절한 조치 없이 새 법령을 그대로 시행하거나 적용하는 것은 허용될 수 없는

바, 이는 헌법의 기본원리인 법치주의 원리에서 도출되는 신뢰보호의 원칙에 위배되기

때문이다. 이러한 신뢰보호 원칙의 위배 여부를 판단하기 위하여는 한편으로는 침해받 은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다

른 한편으로는 새 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교․형량

하여야 한다(대법원 2006. 11. 16. 선고 2003두12899 판결 참조).

(2) 앞서 본 바와 같이, 원고가 이 사건 토지를 보유하면서 경작한 사실이 인

정되더라도 원고가 이 사건 토지를 양도할 때까지는 양도소득세의 과세요건이 아직 완

성하지 않았고, 원고의 이 사건 토지 양도에 따른 양도소득세 납세의무는 구 소득세법

시행령의 시행일 이후에 비로소 그 과세요건이 완성되었다고 할 것이므로, 구 소득세

법 시행령이 원고의 이 사건 토지 양도에 대하여 이 사건 조항을 적용하도록 한 것을

두고 진정 소급입법이라고 할 수는 없으며, 단지 부진정 소급입법에 따른 신뢰보호의

필요성이 문제될 뿐이다.

나아가 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세․재정 정책을 탄력적․합리

적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼, 조세에 관한 법규․제도는 신축적으로 변할 수

밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 특별한 사정이 없는 한 현재의 세율이 장래에도

그대로 유지되리라고 기대하거나 신뢰할 수는 없는 점, 이 사건 조항이 준용하는 양도

소득세 감면 대상 농지의 자경기간 판정에 관한 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제

14항은 이미 2014. 2. 21. 공포되어 2014. 7. 1.부터 시행되었으므로, 농지가 비사업용토지에 해당하는지 여부에 관하여도 같은 기준이 적용될 수 있음은 충분히 예측될 수 있었던 것으로 보이는 점, 이 사건 조항이 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항을준용함으로써 비사업용 토지에서 제외될 수 있는 농지의 자경기간에서 총급여액과 농업․축산업․임업․부동산임대 소득 등을 제외한 사업소득금액의 합계가 3,700만 원이상인 과세기간은 포함되지 않게 되었는데, 총급여액 3,700만 원을 얻는 직업을 가진사람이 농작물의 재배에 상시 종사하거나 농작물의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에의하여 경작 또는 재배하는 것은 현실적으로 쉽지 아니하고, 설사 그것이 가능하더라도 그러한 사람은 농지를 원칙적으로 생산적인 용도가 아닌 재산증식 수단으로 보유하는 것으로 볼 측면이 있으므로, 해당 농지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 규정하여 토지에 대한 투기적 수요를 억제할 공익적인 필요성이 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 조항이 그 시행 전에 이미 비사업용 토지에서 제외될 수 있는 자경기간을 충족한 농지 소유자들에게 적용하도록 규정하였다고 하여 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 볼 수도 없다.

(3) 따라서 구 소득세법 시행령 시행 이전의 자경기간에 대하여 이 사건 소득조건을 적용하도록 한 이 사건 조항이 신뢰보호의 원칙 또는 법률불소급의 원칙에 위

배된다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3) 제3주장에 관한 판단

구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ⁠‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상

적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기에는 법령의 규

정 그 자체에 의하여 직접 사용이 금지 또는 제한되는 토지뿐만 아니라 행정청이 행정

작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또 는 제한되는 토지도 포함된다고 봄이 타당하다. 그리고 이때 ⁠‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다

(대법원 2013. 10. 24. 선고 2010두18543 판결 등 참조). 그런데 이 사건의 경우에는

원고가 이 사건 조항의 시행에 따라 이 사건 소득조건의 적용을 받게 되었다고 하더라 도 이 사건 토지를 농지로서 경작하는 행위를 양도소득세 산정에 있어서 ⁠‘자경기간’으 로 보지 않는다는 효과만이 발생할 뿐이고, 원고가 이 사건 토지를 그 본래의 용도인

농지로서 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 볼 수는 없다.

또한 구 소득세법 수행령 제168조의14 제1항 제4호는 ⁠‘그 밖에 공익, 기업의 구

조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황

등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지’를 비사업용

토지로 보지 아니하는 토지의 하나로 정하고 있고, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5

조건을 적용하도록 한 이 사건 조항이 신뢰보호의 원칙 또는 법률불소급의 원칙에 위

배된다는 원고의 주장도 받아들일 수 없다.

3) 제3주장에 관한 판단

구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ⁠‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상

적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미하고, 여기에는 법령의 규

정 그 자체에 의하여 직접 사용이 금지 또는 제한되는 토지뿐만 아니라 행정청이 행정

작용의 일환으로 건축허가 등을 일률적으로 통제함에 따라 현실적으로 사용이 금지 또 는 제한되는 토지도 포함된다고 봄이 타당하다. 그리고 이때 ⁠‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다

(대법원 2013. 10. 24. 선고 2010두18543 판결 등 참조). 그런데 이 사건의 경우에는

원고가 이 사건 조항의 시행에 따라 이 사건 소득조건의 적용을 받게 되었다고 하더라 도 이 사건 토지를 농지로서 경작하는 행위를 양도소득세 산정에 있어서 ⁠‘자경기간’으 로 보지 않는다는 효과만이 발생할 뿐이고, 원고가 이 사건 토지를 그 본래의 용도인

농지로서 사용하는 것이 금지되거나 제한되었다고 볼 수는 없다.

또한 구 소득세법 수행령 제168조의14 제1항 제4호는 ⁠‘그 밖에 공익, 기업의 구

조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황

등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지’를 비사업용

토지로 보지 아니하는 토지의 하나로 정하고 있고, 구 소득세법 시행규칙 제83조의5

제1항 제10호, 제11호는 ⁠‘거주자가 2년 이상 사업에 사용한 토지로서 사업의 일부 또 는 전부를 휴업․폐업 또는 이전함에 따라 사업에 직접 사용하지 아니하게 된 토지’,

‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한

사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’를 비사업용 토지로 보지 아니하는 토

지의 하나로 정하고 있으나, 원고가 이 사건 조항의 시행으로 이 사건 소득조건의 적

용을 받게 되었음에도 불구하고 이 사건 토지를 본래의 용도로 사용하는 것 자체에는

아무런 제한이 없는 이상 위 조항에서 말하는 사유에 해당한다고 볼 수도 없다.

따라서 원고의 제3주장 역시 받아들이지 아니한다.

라. 소결론

그러므로 이 사건 조항을 근거로 한 이 사건 처분은 적법하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 전주지방법원 2021. 09. 08. 선고 전주지방법원 2020구단1094 판결 | 국세법령정보시스템