요지

이 사건 상표권 사용료 등은 실제 재화와 용역공급이 없는 가공거래이며, 이 사건 거래에 관한 매입세액을 공제받는 것이 국가조세수입 감소에 대한 인식이 있었다고 할 수 없어 장기부과제척기간 등 적용은 위법하며, 이 사건 소득금액변동 통지된 소득은 세목, 소득, 세액 등이 달라 원천징수의무가 소멸하지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

원심판결의 피고 패소 부분 중 CCC의 20**년 내지 20**년 귀속 기타소득에 대한 각 소득금액변동통지와 DDD의 20**년, 20**년 귀속 기타소득에 대한소득금액변동통지에 관한 부분을 모두 파기하고, 이 부분 사건을 광주고등법원에 환송한다.

원고의 상고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각한다.

이 유

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

가. 원고는 도료 제조 및 판매업 등을 하는 법인이다. 주식회사 EEE ⁠(이하 ⁠‘EEE’라 한다)는 경영컨설팅 서비스를 제공하는 법인으로 원고의 주주이고, CCC는 EEE의 주주이며, 망 DDD은 CCC의 아버지로 EEE를 실질적으로 지배하였다.

나. 원고는 CCC와 상표 및 서비스표권의 전용사용권설정계약을 체결하고 20**년부터 20**년까지 CCC에게 사용료 명목으로 합계 0,000,000,000원(부가가치세 별도, 이하 ’이 사건 사용료‘라 한다)을 지급하였고, EEE와 경영자문 용역계약을 체결하고 20**년부터 20**년까지 EEE에 자문료 명목으로 합계 000,000,000원(부가가치세 별도, 이하 ’이 사건 용역비‘라 한다)을 지급하였다. 또한 원고는 DDD과 고문위촉 계약을 체결하고 20**년부터 20**년까지 DDD에게 고문료 명목으로 합계 000,000,000원(부가가치세 별도, 이하‘이 사건 고문료’라 한다)을 지급 하였다.

다. 피고는 이 사건 사용료, 용역비 및 고문료가 모두 실제 용역 등의 공급 없이 지급된 가공의 비용이라고 보아 그 손금 산입을 부인하고, 이와 관련하여 원고가 발급받 은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 그 매입세액 공제를 부인하여, 20**. *. *. 원고에게 20** 사업연도 내지 20** 사업연도 각 법인세(가산세 포함)와 20**년 제*기 내지 20**년 제*기 각 부가가치세(가산세 포함, 이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)를 경정ㆍ고지하였다. 또한 피고는 같은 날 원고에게 이 사건 사용료 상당액을 CCC에 대한 20**년 내지 20**년 귀속 각 기타소득으로, 이 사건 고문료 상당액을 DDD에 대한 20**년 내지 20**년 귀속 각 기타소득으로 소득처분하는 내용의 각 소득금액변동통지(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.

2. 가공비용 해당 여부 등에 관한 원고의 상고이유에 대한 판단

원심은 그 판시와 같은 이유로, 이 사건 사용료, 용역비 및 고문료는 원고와 EEE 등 계열사를 실질적으로 지배하던 DDD의 지시에 따라 계약서 작성, 상표 사용, 자문을 위한 보고서 등의 형식을 빌려 CCC, EEE 및 DDD에게 지급된 것으로 모두 가공비용에 해당하고, 이와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 취지로 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 형사판결의 증명력, 법인세법상 손금의 판단기준 등에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다.

3. 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 나머지 상고이유에 대한 판단

가. 장기부과제척기간 및 부정과소신고가산세 관련 피고의 상고이유에 대하여

1) 관련 법리

구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세․증여세 이외의 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ⁠‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받는 경우에는 ⁠‘당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하고 있다. 한편 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제2호는 납세의무자가 ⁠‘부정행위’로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우에는 중과세율을 적용하여 가산세를 부과하도록 규정하고 있다(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제2호도 같은 취지이다. 이하 위 각 국세기본법을 구분하지 않고 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다).

납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ⁠‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’나 제47조의3 제2항 제2호에서 규정한 ⁠‘부정행위로 부가가치세의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우’에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입 세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․ 납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하 여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으 로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두 19516 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조).

2) 판단

원심은 CCC, EEE 및 DDD이 각각 이 사건 사용료, 용역비 및 고문료에 대한 매출세액을 신고․납부하였고 이를 환급받기 위한 경정청구를 하지 않았다는 등 그 판시와 같은 이유를 들어 원고가 사실과 다른 세금계산서로 이 사건 사용료 등에 관한 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라고 인식하였다고 보기 어려우므로, 원고가 위와 같이 사실과 다른 세금계산서로 매입세액을 공제받은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 및 제47조의3 제2항 제2호에 규정된 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ⁠‘부정행위’에 해당하지 않는다고 보아, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 20**년 제*기 내지 20**년 제*기 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함)은 5년의 부과제척기간이 경과한 이후에 이루어진 것이어서 위법하고, 20**년 제*기 내지 20**년 제*기 각 부가가치세 부과처분 가운데 부정과소신고가산세 부분 역시 위법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 장기부과제척기간과 부정과소신고가산세의 적용 요건인 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’ 또는 ⁠‘부정행위’에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. 매입세액 공제 관련 원고의 상고이유에 대하여

1) 이 부분 상고이유는 CCC, EEE 및 DDD이 신고ㆍ납부한 이 사건 사용료 등에 관한 부가가치세를 경정청구 기간의 경과 등의 이유로 환급받을 수 없게 된 이상 원고는 그 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있다는 취지이다.

2) 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것) 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 부가가치세법 제17조 제2항 제2호도 같은 취지 이다). 이처럼 세금계산서에 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 매입세액의 공제를 허용하지 않는 것은 부가가치세 제도 운영의 기초가 되는 세금계산서의 정확성 과 진실성을 담보하기 위한 제도적 장치이다. 따라서 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 신고․납부한 부가가치세를 종국적으로 환급받지 못하게 되었다고 하더라도 그 세금계산서를 발급받은 자는 위 규정에 따라 해당 부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 없다고 보아야 한다.

3) 원심은 같은 취지에서 이 사건 사용료, 용역비 및 고문료와 관련하여 원고가 발급받은 세금계산서는 모두 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 그 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고 이유 주장과 같이 부가가치세 매입세액 공제에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 이 사건 소득금액변동통지에 관한 나머지 상고이유에 대한 판단

가. DDD의 사망 관련 원고의 상고이유에 대하여

1) 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어 이 사건 소득금액변동통지에 따른 DDD의 기타소득에 대한 소득세 납세의무가 소득금액변동통지일 이전에 이미 성립하였다고 본 다음, 이 사건 소득금액변동통지 중 DDD을 소득의 귀속자로 하는 부분은 유효하게 성립한 원천납세의무자의 소득세 납부의무를 전제로 하는 것으로서 적법하다는 이유 로, DDD이 소득금액변동통지일 전에 사망하였으므로 위 소득금액변동통지는 위법하 다는 원고의 주장을 배척하였다.

2) 원심판결 이유를 관련 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 소득금액변동통지 전 원천납세의무자의 사망과 원천징수의무의 성립에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. CCC와 DDD의 종합소득세 신고ㆍ납부 관련 피고의 상고이유에 대하여

1) 기록에 의하면, CCC와 DDD은 이 사건 사용료와 고문료에 대한 소득처분이 이루어지기 전에 각각 이 사건 사용료와 고문료의 일부를 사업소득으로 종합소득에 합산하여 종합소득세를 신고ㆍ납부한 사실을 알 수 있다. 그런데 이 사건 사용료와 고문료는 앞서 보았듯이 가공의 거래로 지급받은 것에 불과하여 CCC와 DDD에게 이에 관한 사업소득이 발생하였다고 할 수 없고, 사업소득의 발생을 전제로 하는 종합소득세 납세의무도 성립하였다고 할 수 없다. 따라서 CCC와 DDD이 이 사건 사용료 와 고문료의 일부를 사업소득으로 하여 종합소득세를 신고ㆍ납부하였더라도, 그에 관한 종합소득세 납세의무가 소멸하였다고 볼 수 없고, 나아가 위 사업소득과는 별개인 소득처분에 따른 기타소득에 대한 CCC와 DDD의 각 소득세 원천납세의무가 소멸 한다고 볼 수도 없다.

2) 그런데도 원심은 이와 다른 전제에서 이 사건 사용료와 고문료 중 CCC와 DDD이 종합소득세를 신고ㆍ납부한 부분에 대하여는 소득처분에도 불구하고 소득세 납세의무가 성립하지 않거나 소멸하였다는 이유로, 이 사건 소득금액변동통지 중 CCC의 20**년 내지 20**년 귀속 기타소득 및 DDD의 20**년, 20**년 귀속 기타소득에 대한 부분은 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 원천납세의무 소멸에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

5. 결론

그러므로 원심판결의 피고 패소 부분 중 CCC의 20**년 내지 20**년 귀속 기타소득에 대한 각 소득금액변동통지와 DDD의 20**년, 20**년 귀속 기타소득에 대한 소득금액변동통지에 관한 부분을 모두 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 상고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2021. 12. 30. 선고 대법원 2018두39034 판결 | 국세법령정보시스템