요지

원고는 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호 실질적 독립성 요건을 충족하지 못함에 따라 유예기간을 적용되지 않고 연구인력개발비 단계적감소규정을 적용할 수도 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1.원고의 청구를 기각한다.

2.소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 7. 11. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 348,751,030원, 2015 사업연도 법인세 692,666,940원 및 2016 사업연도 법인세 926,332,660원, 2017 사업연도 법인세 881,371,800원(각 가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19@@. @. @@. 설립되어 인터폰, 앰프 및 음향기기, 경보기 등의 제조판매업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2014 내지 2017 사연연도 각 법인세 신고시, 자신이 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호 나.목의 1)에서 정한 ⁠‘중소기업’에 해당함을 전제로, 일반연구․인력개발비에 대한 25% 세액공제율을 적용한 금액을 법인세에서 공제하는 내용으로 각 법인세를 신고납부하였다.¹⁾요건 불충족시 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 ⁠‘중소기업 유예기간’도 적용할 수도 없다는 이유로, 원고의 2014 내지 2017 사업연도 일반연구․인력개발비에 대하여 조특법 제10조 제1항 제3호 나.목의 3)에 규정된 8%의 세액공제율을 적용하는 내용으로, 청구취지 기재와 같은 각 사업연도 법인세를 경정고지하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 5, 8, 을 1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함. 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고 주장의 요지

 1) 주위적 주장 : 원고는 2014 사업연도에 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호 ⁠‘실질적 독립성’ 요건을 충족하였고, 제2조 제2항 단서 제3호의 ⁠‘중소기업 유예기간’ 제외사유에 해당하지 않으므로, 25% 세액공제율이 적용되어야 한다.

‣ 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호 ⁠‘실질적 독립성’ 요건은 구 중소기업법 시행령(2014. 4. 14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것. 이하 ⁠‘중소기업법 시행령’이라 한다) 제7조의4 제3항에 따라 직전 사업연도 매출액을 기준으로 산정해야 한다.

‣ 직전 사업연도인 2013년 기준으로 원고 매출액 약 952억 원, 한세전자 매출액 약 27억, 합계 약 979억 원이므로, 원고는 실질적 독립성 기준인 합계 매출액 1,000억 원 이상에 해당하지 않아 ⁠‘실질적 독립성’ 요건을 충족한다.

‣ 이처럼 원고가 위 ⁠‘실절적 독립성’ 요건을 충족하는 이상, 위 ⁠‘중소기업 유예기간’ 제외사유에도 해당하지 않는다.

2) 예비적 주장 : 적어도 조특법 제10조 제1항 제3호 나.목의 2)에 규정된 ⁠‘단계적 감소규정’에 의한 세액공제율 15% 내지 10%가 적용되어야 한다.

‣ 조특법 제10조 제1항 제3호는 ⁠‘중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우’에 단계적 감소규정을 적용하도록 하고 있다. 이는 납세자가 대통령령으로 정한 중소기업 요건을 불충족하게 되면, 곧바로 조특법 제10조 제1항 제3호에 따라 단계적 감소규정에 의한 세액공제율을 적용하라는 취지의 법률 규정이고, 위 단계적 감소규정 적용을 시행령이 배제하도록 위임하는 바가 없는바, 원고의 경우 위 법률 규정에 따라 단계적 감소규정에 의한 세액공제율이 적용되어야 한다.

‣ 조특법 제10조 제1항 제3호의 위임을 받은 조특법 시행령 제9조 제3항은 ⁠‘조특법 시행령 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문’을 단계적 감소규정 적용대상으로 규정하고 있는데, 원고의 경우 매출액이 1,000억 원을 초과하는 사유가 있고, 이는 조특법 시행령 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문에 따라 중소기업에 해당하지 않게 된 경우를 충족시키기도 하므로, 위 시행령 제9조 제3항에 따르더라도 원고에게 단계적 감소규정에 의한 세액공제율을 적용하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 주위적 주장에 관하여

앞서 본 증거, 갑 1 내지 4, 9, 10, 을 2, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래 사정 등을 관계 법령 규정의 문언, 취지, 목적, 체계 등에 비추어 살펴보면, 2014 사업연도 기준으로 원고가 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호 '실질적 독립성' 요건을 충족하지 못함에 따라, 조특법 제10조 제1항 제3호 나.목의 1)에서 정한 '중소기업'에 해당함을 전제로 한 일반연구․인력개발비에 대한 세액공제율 25%를 적용할 수 없고, 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 제3호에 따라 '중소기업 유예기간'을 적용할 수도 없다고 보아야 한다. 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

① 조특법이 조세의 감면, 중과 등 조세특례에 관한 사항을 규정하여 과세의 공평을 기하고 조세정책을 효율적으로 수행하기 위한 목적으로 하는 법인 반면, 중소기업기본법령은 중소기업 육성을 위한 기본적 사항을 규정하기 위한 목적으로 하는 법이어서, 서로 입법취지를 달리한다. 조특법에서 중소기업기본법령을 준용한다는 명시적이고 구체적인 규정이 없다면 조특법에 의한 세제혜택 부여 대상에 관한 기준은 조특법의 독자적인 기준에 따라 판단하여야 한다. 더욱이 조세감면 여부는 납세의무가 성립하는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이 원칙이고, 거기에 합리성이 있다.

② 원고는 □□전자와 관계기업이고, 이들의 2014 사업연도 매출액 합계는 약 1,024억 원이다. 이는 중소기업법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목의 매출액 기준에 부적합하게 되는 사유에 해당하므로, 이로써 원고는 2014 사업연도의 경우 시행령 제2조 제1항 본문 제3호의 '실질적 독립성' 요건을 충족하지 못한다.

③ 원고는 매출액 산정 기준이 되는 사업연도 판단과 관련하여, 중소기업법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목이 정하는 중소기업법 시행령 제7조의4 제3항이 해당 사업연도의 직전 사업연도를 기준으로 매출액을 산정하라고 하고 있음을 근거로 지적하고 있다. 그런데 조특법 시행령 제2조 제4항은 관련 매출액 계산시 필요한 사항을 기획재정부령으로 정하도록 하고, 그에 따라 규정된 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제2조 제8항은 오히려 조특법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목에 따른 관계기업인지 여부를 판단하는 기준을 해당 과세연도 종료일로 정하고 있는바, 이로써 조특법이 독자적 기준으로, 관계기업의 관련 매출액도 해당 과세연도 종료일을 기준으로 계산하도록 하였다고 보는 게 보다 합리적이다.

④ 조특법 시행령 제2조 제2항 본문은 일정한 중소기업 요건 불충족 사유 발생시 그 사유 발생 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업 요건을 불충족한 기업을 중소기업으로 보는 내용의 '중소기업 유예기간' 규정을 두는 한편, 같은 항 단서 제3호는 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호의 규정에 의한 경우 '중소기업 유예기간'을 적용하지 아니한다고 하고 있다. 원고의 경우 위에서 본 바와 같이 2014 과세연도에 조특법 시행령 제2조 제1항 본문 제3호의 '실질적 독립성' 요건을 충족하지 못하므로 '중소기업 유예기간'을 적용할 수도 없다.

⑤ 원고는 조특법 시행령 제9조 제3항이 조특법 제10조 제1항 제3호 나.목의 2)에서의 '최초로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우'를 구체화하면서 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문만 준용한 채, 단서(유예기간 배제규정)를 준용하지 않았고, 이는 곧 일반연구인력개발비 세액공제에 있어서는 중소기업 유예기간 배제규정 자체가 준용되지 않는 것으로 해석할 근거가 된다는 주장 등도 한다. 그러나 조특법 시행령 제9조 제3항은 단계적 감소규정이 적용되는 기업의 범위를 정하기 위한 규정일 뿐이라고 보이므로, 원고의 이 부분 주장은 독자적 견해로서 이를 그대로 채용하기 어렵다.

2) 예비적 주장에 관하여

앞서 본 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 사정 등에 비추어 보면, 원고의 경우 2014 내지 2017 사업연도에 조특법 제10조 제1항 제3호 나.목의 2)에 규정된 단계적 감소규정이 적용될 수 없다고 할 것이므로, 원고의 예비적 주장도 받아들이기 어렵다. 그 이유는 다음과 같다.

① 조특법 시행령 제9조 제3항은 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하는 기업(조특법 제2조 제2항 각호 외의 부분 본문) 및 법령의 개정으로 중소기업에 해당하지 않은 기업(조특법 제2조 제5항)에 대하여 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도가 경과한 경우 조특법상 단계적 감소규정의 적용 대상이 된다고 규정하고 있다. 위 규정과 조특법 제2조 제2항 각 호 외의 본문 부분 및 같은 조 제5항의 문언을 비교하여 보면, ⁠‘중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도’란 결국 중소기업 유예기간을 의미한다고 봄이 상당한바, 조특법 시행령 제9조 제3항은 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하는 기업 및 법령의 개정으로 중소기업에 해당하지 않은 기업으로서 ⁠‘중소기업 유예기간이 지난 기업’에 대해서만 단계적 감소규정을 적용하겠다는 취지이다. 이에 따르면 조특법 시행령 제2조 제2항 단서 및 각 호에 해당하여 중소기업 유예기간이 배제되는 기업의 경우 애초에 중소기업 유예기간이 적용될 수 없는바, 단계적 감소규정이 적용될 여지가 없다.

② 원고의 주장처럼 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 모든 기업에 대해 바로 단계적 감소규정이 적용된다고 해석한다면, 조특법 제10조 제3호 나목의 2)에서 단계적 감소규정 적용 범위를 굳이 대통령령에 위임할 필요가 없었다는 점에서, 단계적 감소규정이 중소기업에 해당하지 아니하게 된 모든 기업에 적용되는 것이라 할 수 없다.

③ 이때 조특법 제10조 제1항 제3호 나목의 2)에서는 단계적 감소규정의 적용대상을 ⁠‘중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’로 정하고 있는바, 그 문언상 단계적 감소규정의 적용을 받을 수 있는 기업의 범위를 대통령령으로 위임하고 있다. 이러한 상위법의 위임에 따라 조특법 시행령 제9조 제3항에서는 중소기업 유예기간을 지난 기업에 대해서만 단계적 감소규정이 적용되게끔 제한하고 있으며, 그로 인하여 중소기업 유예기간이 배제되는 기업이 단계적 감소규정의 적용을 못 받는다고 하더라도, 조특법에서 단계적 감소규정이 적용될 수 있는 중소기업의 범위를 적법하게 위임한 이상, 이를 모범의 위임을 벗어난 규정이라 할 수 없다.

④ 원고는 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문에는 해당함을 이유로 같은 시행령 제9조 제3항에 의해 단계적 감소규정이 적용될 수 있다고 주장한다. 그러나 원고와 같이 중소기업 유예기간 배제사유에 해당함에도 단순히 조특법 시행령 제2조 제2항 각 호 외의 부분 본문에 해당함을 이유로 단계적 감소규정을 적용할 경우, 중소기업에 해당하지 아니하게 된 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도는 조특법 시행령 제2조 제2항 단서로 인해 중견기업의 세액공제율 100분의 8을 적용받다가, 그 다음해부터 단계적 감소규정으로 인해 세액공제율이 100분의 15로 늘어나는 불합리한 결과가 발생하게 된다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 보다 구체적으로는, 원고가 위 각 사업연도 법인세 신고납부와 관련하여, 위 조특법 규정상 일반연구․인력개발비 세액공제 적용이 가능한 전제조건으로서, 자신이 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항에서 정한 ⁠‘중소기업’ 요건을 갖추었거나, 또는 적어도 제2항의 ⁠‘중소기업 유예기간’(‘중소기업’ 요건에 관한 기준을 초과하여 ⁠‘중소기업’에 해당하지 않게 되더라도 그 사유 발생 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 ⁠‘중소기업’으로 보기로 하는 기간을 말한다) 요건을 갖추었다고 판단하여 각 법인세 신고납부를 하였다.

출처 : 인천지방법원 2021. 04. 22. 선고 인천지방법원 2019구합56764 판결 | 국세법령정보시스템