요지

도시개발사업 실시계획 인가·고시일, △△시 토지건물이력조회상 현황지목 변경일, 농지보전부담금 납부일부터 사업용 토지 혹은 농지 외의 토지로 보긴 어렵고, 도시개발사업의 부지조성공사 착공일 이전까지는 소득세법 제104조의3 제1항 제1호의 농지로서 동법 시행령 제168조의6에서 정한 기준기간 동안 비사업용 토지임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2019. 6. 3. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 241,017,010원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 부동산 양도

원고는 1989. 2. 1. △△시 ◇◇동 XXX 전 X,XXX㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)의 소유권을 취득하여 보유하다가, 이 사건 토지 일대 도시개발사업에 따라 이 사건 토지에 대한 환지예정지 XXX.X㎡를 2016. 4. 29. 주식회사 ○○○○○에 X,XXX,XXX,000원에 양도하였다.

나. 토지개발사업의 진행 및 이 사건 토지의 사용현황

1) 경기도지사는 2008. 1. 14. 이 사건 토지 일대를 ⁠‘△△ □□지구 도시개발사업’(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)의 도시개발구역으로 지정하여 개발계획수립을 고시(경기도 고시 제2008-4호)하였고, 2008. 4. 14. △△ □□지구 도시개발사업조합(이하 ⁠‘이사건 조합’이라 한다)의 설립을 인가하였으며, 2010. 11. 24. 사업시행자를 이 사건 조

합으로 지정하여 환지방식의 이 사건 사업의 실시계획을 인가하고 지형도면을 고시하였다(경기도 고시 제2010-374호). 이에 도시개발법 제19조 제1항 제8호에 따라 이 사건 토지 일대 농지의 경우 농지전용의 허가 또는 협의, 농지의 전용신고가 의제되었다.

2) 한편, 이 사건 사업 실시계획인가에 앞서 △△시장은 2010. 8.경 이 사건 조합에 도시개발사업 지구 내에 포함되는 농지에 대하여 실시계획인가일을 기준으로 농지보전부담금을 농지관리기금관리자(한국농어촌공사)에 납부하여야 하고 이를 제때 납부하지 않을 경우 농지전용협의를 취소할 수 있으며 농지전용협의의 효력은 농지보전부담금을 납부한 날로부터 발생한다는 취지의 농지전용협의를 하였다. 이 사건 조합은 2014. 1. 15. 원고를 대신하여 이 사건 토지에 관한 농지보전부담금을 한국농어촌공사에 납부하였고, 2014. 5. 22. 이 사건 사업에 관한 환지계획인가를 받고, 2014. 6. 13. 환지예정지 지정의 효력발생일을 2014. 6. 27.로 하여 이 사건 사업에 관한 환지예정지 지정공고를 하였다. 이후 2014. 11. 5. 이 사건 사업 부지조성 공사가 착공되어 2017. 12. 1. 이 사건 사업의 기반시설 조성공사가 완료되었다.

3) 한편, △△시장은 2011년경부터 이 사건 토지 중 2105.1㎡에 대하여 현황지목을 전으로 하여 재산세 분리과세처분을 하였고 나머지 557.9㎡에 대하여는 비과세처분을 하였으며, 이후 2015년경부터는 환지예정지로 지정된 845.5㎡에 대하여 현황지목을 대지로 하여 재산세 분리과세처분을 하였다.

다. 양도소득세 신고 납부

원고는 이 사건 토지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 제4호 나목에서 정한 ’농지, 임야 및 목장용지 외의 토지‘ 중 재산세 분리과세대상이 되는 토지이므로, 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로 장기보유 특별공제액 284,768,984원을 차감한 금액을 양도소득금액으로 하여 2016. 6. 30. 피고에게 2016년 귀속 양도소득세 232,145,160원을 신고․납부하였다.

라. 피고의 양도소득세 경정

피고는 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호의 ⁠‘농지’로서 ⁠‘비사업용 토지’에 해당한다고 보아 2019. 6. 3. 원고에 대하여 장기보유 특별공제를 배제하고 구 소득세법 제104조 제1항 제8호의 중과세율을 적용하여 2016년도 귀속 양도소득세 241,017,010원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 9. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으,2020. 6. 25. 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 35호증, 을 제1, 2호증(가지번호가 있는 경우, 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 이 사건 토지는 아래와 같은 이유로 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 장기보유 특별공제를 배제하고, 양도소득세 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

가. 이 사건 토지는 최초 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 소정의 ⁠‘농지’였다가 2008. 1. 4. 그 일대가 환지방식에 의한 △△ □□지구 도시개발구역으로 지정되어 도시개발에 제공되고 2010. 11. 24. 도시개발사업 실시계획인가가 고시됨에 따라 도시개발법 제19조 제1항에 따라 농지법상 농지전용의 허가 또는 협의, 용도변경의 승인이 있는 것으로 의제되었는바, 이 사건 토지는 농지가 전용되어 ⁠‘기타토지’로 변경되었다. 이후 2011년경부터 2014년경까지 지방세법상 이 사건 토지 중 2105.1㎡에 대하여는 토지형태 기타토지(분류 코드번호 0399)로 재산세 분리과세대상이 되어 △△시장으로부터 분리과세처분을 받았고, 나머지 557.9㎡에 대하여는 비과세처분을 받았으며, 2015년경부터는 환지예정지 845.5㎡에 대하여 기타토지(분류 코드번호 0399)로 재산세 분리과세처분을 받았는바, 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호 가목, 나목에서 정한 비사업용 토지 기간을 충족하지 못하므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 ⁠‘기타토지’ 중 재산세 분리과세대상 토지로서 비사업용 토지에 해당하지 않는다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

나. △△시청 담당공무원은 2011. 9. 2. 이 사건 토지에 관한 토지건물이력조회(갑 제19호증)에 그 현황지목을 ⁠‘대지’로 변경 등록하였는바, 이 사건 토지에 관한 지목을 대지로 변경 등록한 2011. 9. 2. 무렵 이 사건 토지는 ⁠‘농지’에서 ⁠‘기타토지’로 변경되었고, 2011년경부터 재산세 분리과세대상이 되었는바, 구 소득세법 시행령 제168조의6제1호 가목, 나목의 비사업용 토지의 기준기간을 충족하지 못하므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

다. 또한 이 사건 토지에 대한 농지보전부담금을 납부한 2014. 1. 15.경에는 농지전용의 효력이 발생하므로, 늦어도 2014. 1. 15.경에는 이 사건 토지가 법적으로 ⁠‘농지’가

아닌 ⁠‘주택용 토지’로 바뀌게 되었는바, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 나목에 서 정한 비사업용 토지의 기준기간을 충족하지 못하므로, 이 사건 토지는 구 소득세법제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

3. 관계 법령

가. 별지 관계 법령 기재와 같다.

나. 구 소득세법 제95조 제1항, 제2항에 의하면, 일정한 자산을 3년 이상 보유한 후 양도한 경우 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제하여 양도소득금액을 산정하도록 하면서, 구 소득세법 제104조의3에 따른 비사업용 토지에 대하여는 보유기간을 산정함에 있어 2016. 1. 1.부터 기산하는 것으로 하고, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호에 따라 양도소득세 중과세율을 적용하도록 규정하고 있다. 구 소득세법 제104조의3제1항 제1호, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호에 의하면, 토지의 소유기간이 5년이상인 경우에 ⁠‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간(이하 ’기준기간‘이라 한다)’ 동안 ⁠‘논·밭 및 과수원(이하 ⁠‘농지’라 한다)으로서, 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지 또는 시 지역 중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 따른 도시지역에 있는 농지는 비사업용 토지‘로 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호는 기준 기간 동안 ’농지․임야․목장용지 외의 토지(원고는 이를 ⁠‘기타토지’라 칭하고 있는데, 이하에서는 소득세법 시행령 제168조의7에서 칭하는 바와 같이 ⁠‘그 밖의 토지’라 한다)는 원칙적으로 비사업용 토지로 보되, 그중 나목에서 ⁠‘지방세법에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지’는 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다.

4. 판단

가. 제1주장에 관한 판단

1) 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호, 구 소득세법 시행령 제168조의7, 제168조의8 제1항에 의하면, 농지․임야․목장용지 및 그 밖의 토지 등 비사업용 토지와 관련된 토지 지목의 판정은 사실상의 현황에 의하여야 하고, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의하여야 하며, ⁠‘농지’는 전․답 및 과수원으로서 지적공부상 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다.

2) 살피건대, 갑 제1 내지 37호증, 을 제1 내지 8호증(가지번호가 있는 경우, 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 이 사건 토지의 사실상 현황 지목은 ⁠‘농지’라고 봄이 상당하고, 원고가 제출한 증거들 및 사정만으로 이 사건 사업에 따른 도시개발계획실시인가에 의해 ⁠‘농지’에서 ⁠‘그 밖의 토지’로 변경되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 제1주장은 이유 없다.

가) 이 사건 토지 등기부 및 토지대장상 지목은 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시부터 농지인 ⁠‘전’으로 기재되어 있다. 원고에 대한 재산세 정기과세내역서(갑 제17호증의 1 내지 4) 및 재산세(토지)과세대장(갑 제18호증의 1 내지 8)에는 2011년경부터 2014년까지 이 사건 토지의 현황상 지목이 ⁠‘전’으로 기재되어 있다. 또한 △△시장이 작성한 토지특성조사표(갑 제37호증의 1 내지 7)에도 2008년경부터 2014년경까지 이 사건 토지의 이용상황이 농지로 조사되어 있고, 2011년도 토지건물대장관리(갑 제15호증)에도 이 사건 토지의 현황지목이 ⁠‘전’으로 기재되어 있다.

나) 2010년부터 2013년경까지 이 사건 토지와 그 주변 일대 토지를 촬영한 항공사진을 살펴보면, 이 사건 토지를 비롯한 그 주변 토지에는 고랑과 이랑 및 농로가 확인되는 등 농작물을 경작하고 있는 토지로 확인된다. 설령 원고의 주장과 같이 이 사건 사업 실시계획 인가 이후 실제 농작물을 경작하지 않았다 하더라도, 위 항공사진에 의하면, 이 사건 토지를 농지가 아닌 다른 용도로 사용하였다거나 다른 용도로 사용하기 위해 이 사건 토지의 개량작업 등을 한 사실은 확인되지 않는다. 특히 원고는 1989. 2. 1. 지인으로부터 △△에 곧 도시개발이 시작되는 토지가 있으니 이를 매입해두면 좋을 것이라는 권유에 따라 농지인 이 사건 토지를 취득한 이래 이 사건 토지 소재지에 거주하거나 이를 직접 경작한 사실이 없는바, 단순히 토지를 사용하지 않고 방치하고 있다는 사정만으로 이 사건 토지의 지목(사실상 현황)이 농지가 아닌 ⁠‘대지’, ⁠‘잡종지’ 등으로 변경되었다고 보기는 어렵다. 만약 이처럼 본다면, 실제 경작할 의사 없이 장기간 농지를 보유하다가 양도하는 경우를 비사업용 토지로 보아 농지에 대한 투기수요를 억제하려는 양도소득세 중과제도의 취지에 반할 우려가 있다.

다) 이 사건 토지가 도시개발구역으로 지정되었다거나 이 사건 사업의 실시계획인가 및 고시가 있었다 하더라도, 이로 인하여 이 사건 토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것이 ⁠‘현실적으로’ 사실상 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없으므로, 위 사정들만으로 이 사건 토지의 사실상 현황이 ⁠‘농지’가 아닌 ⁠‘그 밖의 토지’로 변경되었다고 평가할 수 없다.

① 이 사건 토지는 2008. 1. 14. 도시개발구역으로 지정되었는데, 구 도시개발법 (2008. 3. 21. 법률 제8970호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제6항 제2호, 도시개발법 시행령 제16조 제3항에 의하면, ⁠‘경작을 위한 토지의 형질변경’은 별도의 허가를 받지 아니하고도 할 수 있으므로, 도시개발구역의 지정이 원고가 이 사건 토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것을 금지하거나 제한하는 효력이 있다고 볼 수 없는바, 이 사건 토지가 도시개발구역으로 지정되었다는 사실 자체만으로 비사업용 토지였던 ⁠‘농지’가 사업용 토지가 되었다고 볼 수는 없다.

② 또한, 이 사건 조합이 2008. 9. 29.경 이 사건 사업 구역 내에 ⁠‘본 지역은 도시개발구역이며, 향후 지장물 철거가 진행될 예정이오니 경작을 금지한다. 본 공고 후 경작한 경작물에 대해서는 보상 없이 강제철거한다’는 내용의 경작금지 현수막을 게시한 사실은 인정되나, 당시 사업시행자인 이 사건 조합의 위 공고행위가 법적 권한이나 법률에 근거하여 이루어졌다고 보기 어렵고, 지장물 보상을 최소화하기 위하여 조합원들 및 인근 주민들에게 경작금지를 요구한 것으로 보이므로, 그 공고행위가 이 사건 토지를 농지로 사용하는 것을 금지하거나 제한하는 법률적 구속력을 갖는다고 보기 어려워 이 사건 토지를 본래 용도인 농지로 계속 사용하는 것이 ⁠‘현실적으로’ 사실상 금지되거나 제한되었다고 볼 수 없다.

③ 도시개발법 제19조 제1항 제8호에 의하여 이 사건 사업의 실시계획이 2010. 11. 24. 인가․고시됨에 따라 구 농지법(2015. 1. 20. 법률 제13022호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조에 따른 농지전용의 허가, 제35조에 따른 농지의 전용신고 및 제40조에 따른 용도변경의 승인이 있는 것으로 의제된다 하더라도, 도시개발법의 입법목적에 비추어 이는 도시개발사업의 원활한 추진을 위한 것에 불과한 것이지, 비사업용 토지였던 농지를 도시개발구역의 실시계획 인가 및 고시로 ⁠‘대지’ 등 ⁠‘그 밖의 토지’로 바로 전환시키는 규정으로 볼 수 없다. 비사업용 토지에 대한 중과제도는 토지의 소유자가 그 토지를 생산수단으로 활용하지 않는 투기적인 수요를 억제하기 위한 것이므로 개개의 토지 소유자의 취득 목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성을 고려하지 않고 실시계획인가․고시가 되었다는 사정만으로 비사업용 토지에서 제외하는 것은 그 입법 취지에도 반하는 해석이다.

라) △△시장이 2011년경부터 이 사건 토지 중 2105.1㎡에 대하여 그 토지형태를 ⁠‘분리과세, 기타(03, 99)’로 보아 재산세 분리과세를 하여 왔다고 하더라도, 이 사건 토지의 지목이 사실상의 현황에 비추어 ⁠‘농지’에 해당한다고 인정하는 이상, 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호의 그 밖의 토지에 해당함을 전제로 한 원고의 주장은 이유 없다.

나. 제2주장에 관한 판단

1) 갑 제19호증의 기재에 의하면, △△시청에서 작성한 토지건물이력조회에 이 사건 토지의 현황지목이 2011. 9. 2. ⁠‘전’에서 ⁠‘대지’로 변경 입력된 사실이 인정되기는 한다. 그러나 갑 제1 내지 37호증, 을 제1 내지 8호증(가지번호가 있는 경우, 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 △△시장에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사실 및 사정, 즉 △△시장은 2011. 9. 2. 토지건물이력조회에 ⁠‘대지’로 변경 입력한 것은, 이 사건 토지에 관한 현장조사를 통하여 ⁠‘대지’로 변경한 것이 아니라 이 사건 토지가 도시개발법에 따라 도시개발사업 실시계획고시일(2010. 11. 24.)부터 그 공사 완료 공고일까지 도시개발사업 시행자가 그 도시개발사업에 제공하는 토지에 해당한다고 보아 구 지방세법 시행령(2016. 12. 30. 대통령령 제27710호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제5항 제24호 가목에 따라 2011년도 재산세에 대하여 분리과세를 적용하는 과정에서 착오로 입력한 것에 불과하다고 밝힌 점, 위 토지건물이력조회를 제외하고 △△시청에서 작성된 재산세 정기과세내역서및 재산세(토지)과세대장에는 2011년경부터 2014년까지 이 사건 토지의 현황상 지목이 모두 ⁠‘전’으로 기재되어 있고, 2011년도 토지건물대장관리에도 이 사건 토지의 현황지목이 ⁠‘전’으로 기재되어 있는 점, △△시장이 작성한 토지특성조사표에도 2011년경부터 2014년경까지 이 사건 토지의 이용상황이 농지로 조사되어 있는 점 등에 비추어 보면, 위 토지건물이력조회에 ⁠‘대지’로 변경기재된 내용만으로 이 사건 토지의 지목이 농지에서 ⁠‘대지’로 전환되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

2) 원고는 위 토지건물이력조회를 △△시청에서 발급받아 보관하고 있는 것으로 원고 및 이 사건 조합원들은 위 공문서의 내용을 믿고 행위를 하였는데, 수년이 지난 뒤 해당 공문서의 일부 내◇◇ 착오로 기재되었다는 변명을 하는 것은 신뢰보호의 원칙에 어긋나는 것이라는 취지로 주장한다. 살피건대, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하는바(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012두28940 판결 등 참고), 이 사건에서 원고 주장 자체에 의하더라도 위 토지건물이력조회를 작성한 것은 재산세 부과처분을 한 △△시청이므로, 그 자체로 양도소득세 과세관청인 피고가 원고에게 양도소득세 과세와 관련하여 견해표명을 한 것으로 볼 수는 없는바, 신뢰보호원칙 적용 관련 나머지 점에 대해서 더 살필 필요 없이 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 제3주장에 관한 판단

1) 구 농지법 제38조 제1항에 의하면, 농지를 전용하려는 자는 농지보전부담금을 부담하여야 하는데, 이는 농지를 전용하는 자에게 농지의 보전·관리 및 조성에 소요되는 비용을 부담하게 하여 농지관리기금(농지조성사업, 농지은행사업 등)의 재원으로 활용하려는데 그 목적이 있다. 이에 따라 관계행정기관의 장은 농지전용의 허가(협의) 또는 농지전용의 신고 수리를 하려는 때에는 농지보전부담금을 전부 또는 일부를 미리납입하게 하거나 그 납입을 허가 등의 조건으로 하고 있는바, 관련 법령에 의하더라도 농지보전부담금의 납부 그 자체로 인하여 해당 토지의 지목이 변경되는 효력이 있다고 보기는 어렵다.

2) 한편, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제6호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 사업 실시계획인가에 앞서 △△시장은 2010. 8.경 이 사건 조합에 도시개발사업 지구 내에 포함되는 농지에 대하여 실시계획인가일을 기준으로 농지보전부담금을 농지관리기금관리자(한국농어촌공사)에 납부하여야 하고, 이를 제때 납부하지 않을 경우 농지전용협의를 취소할 수 있으며, 농지전용협의의 효력은 농지보전부담금을 납부한 날로부터 발생한다는 내용으로 이 사건 조합과 농지전용협의를 한 사실이 인정되는바, 위 협의 내용에 의하면, 이 사건 토지에 관한 농지보전부담금을 납부함으로써 농지전용협의의 효력이 발생한다고 정하였을 뿐이므로, 농지전용협의를 넘어 실제 해당 토지의 사실상 현황지목이 변경되는 효력이 발생한다고 정하지 않았다.

3) 양도소득세 중과 대상인 ⁠‘비사업용 토지’는 단순히 본래 사업 용도로 사용되지 않는 토지를 의미하는 일반적인 용어가 아니라 구 소득세법 시행령 제168조의6에서 정한 기준기간 동안 구 소득세법 제104조의3 각 호에서 정한 내용에 해당하는 토지를 일컫는 법률적 용어인바, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서는 ⁠‘농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 것’을 비사업용 토지인 ⁠‘농지’에서 제외하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제4호는 ⁠‘농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 규정하고 있는바, 납입하게 하거나 그 납입을 허가 등의 조건으로 하고 있는바, 관련 법령에 의하더라도 농지보전부담금의 납부 그 자체로 인하여 해당 토지의 지목이 변경되는 효력이 있다고 보기는 어렵다.

2) 한편, 갑 제3호증의 1 내지 3, 갑 제6호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 사업 실시계획인가에 앞서 △△시장은 2010. 8.경 이 사건 조합에 도시개발사업 지구 내에 포함되는 농지에 대하여 실시계획인가일을 기준으로 농지보전부담금을 농지관리기금관리자(한국농어촌공사)에 납부하여야 하고, 이를 제때 납부하지 않을 경우 농지전용협의를 취소할 수 있으며, 농지전용협의의 효력은 농지보전부담금을 납부한 날로부터 발생한 다는 내용으로 이 사건 조합과 농지전용협의를 한 사실이 인정되는바, 위 협의 내용에 의하면, 이 사건 토지에 관한 농지보전부담금을 납부함으로써 농지전용협의의 효력이 발생한다고 정하였을 뿐이므로, 농지전용협의를 넘어 실제 해당 토지의 사실상 현황지목이 변경되는 효력이 발생한다고 정하지 않았다.

3) 양도소득세 중과 대상인 ⁠‘비사업용 토지’는 단순히 본래 사업 용도로 사용되지 않는 토지를 의미하는 일반적인 용어가 아니라 구 소득세법 시행령 제168조의6에서 정한 기준기간 동안 구 소득세법 제104조의3 각 호에서 정한 내용에 해당하는 토지를 일컫는 법률적 용어인바, 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목 단서는 ⁠‘농지법이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 것’을 비사업용 토지인 ⁠‘농지’에서 제외하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제168조의8 제3항 제4호는 ⁠‘농지전용허가를 받거나 농지전용신고를 한 자가 소유한 농지 또는 농지전용협의를 완료한 농지로서 당해 전용목적으로 사용되는 토지’를 규정하고 있는바, 이에 의하면, 농지전용협의를 완료하였다 하더라도, 그 해당 토지가 ⁠‘농지’에 해당함을 전제로 그 농지가 당해 전용목적으로 사용되어야만 비로소 비사업용 토지에서 제외하고 있는바, 이러한 관점에서 볼 때 구 농지법에 따른 농지전용절차가 이루어졌다거나 농지보전부담금을 납부하였다 하더라도 그 사실 자체만으로 양도소득세 중과에 해당하는 비사업용 토지의 해당 여부와 관련한 지목 판정에 있어서 해당 토지의 지목이 ⁠‘농지’가 아닌 ⁠‘그 밖의 토지’로 변경된다고 인정할 수는 없다.

4) 따라서 원고의 제3주장 역시 받아들이지 아니한다.

라. 소결론

앞서 인정한 사실과 앞서 거시한 모든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉, 원고는 1989. 2. 1. 이 사건 토지를 취득한 이후 이 사건 토지가 도시개발구역으로 지정되어 도시지역으로 편입된 2008. 1.경까지 약 19년간 이 사건 토지 소재지에 거주하거나 스스로 경작한 사실이 없고, 이후 이 사건 토지는 도시개발구역으로 지정되어 도시지역으로 편입된 이후에도 여전히 도시지역에 있는 농지로서 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호의 ⁠‘농지’에 해당하는 점, 한편, 이 사건 조합은 2014. 11. 5. 이 사건 사업 부지조성 공사에 착공하였고, 이에 따라 △△시장은 2015년경부터 정기과세내역서 및 과세대장에 이 사건 토지에 대한 환지예정지 845.5㎡의 현황 지목을 ⁠‘대지’로 기재한 점 등을 종합하여보면, 이 사건 토지는 도시개발사업의 부지조성공사 착공일인 2014. 11. 5. 이전까지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호의 ⁠‘농지’로서, 구 소득세법 시행령 제168조의6에서 정한 기준기간 동안 비사업용토지인 ⁠‘농지’에 해당하므로 이와 같은 전제에서 이 사건 부동산 양도에 있어 장기보유특별공제를 부인하고, 중과세율을 적용한 이 사건 처분은 위법하지 아니하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 09. 10. 선고 서울행정법원 2020구단16020 판결 | 국세법령정보시스템