요지

납세자가 해당 거래와 관련하여 양도소득세 과세표준신고서를 제출한 이상 신고의 효력이 소급하여 부존재하는 것으로 평가할 수 없으므로 무신고에 해당함을 전제로 하는 7년의 부과제척기간을 적용할 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고들이 2017. 5. 12. 원고들에 대하여 한 별지1 목록 ⁠‘고지세액’란 기재 각 2009년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분 중 위 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고들의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송비용 중 1/3은 원고들이, 나머지 2/3는 피고들이 각 부담한다.

청구취지

피고들이 2017. 5. 12. 원고들에 대하여 한 별지1 목록 ⁠‘고지세액’란 기재 각 2009년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 한국거래소(코스닥) 상장법인인 주식회사 AA(이하 ⁠‘AA’라 한다)의 주주인 지AA, 지BB 및 지CC(이하 ⁠‘지AA 일가’라 한다)과 사이에 원고들이 AA의 의류 사업부문을 인수하고, 지AA 일가는 나머지 부동산임대 사업부분만을 소유․경영하는 것으로 합의하였고, 이에 원고들을 대표한 원고 박AA와 지AA 일가 사이에 2008. 7. 2. AA의 인수 및 분할의 구체적인 방법에 관하여 합의한 내용을 담은 ⁠‘유상증자 및 경영권 양수도 계약서’(갑 제1호증) 및 ⁠‘부속합의서’(갑 제2호증)가 작성되었다(이하 ⁠‘이 사건 양수도계약’이라 한다).

나. 원고들은 이 사건 양수도계약에 따라 AA가 실시한 제3자 배정방식의 유상증자에 참여하여 2008. 7. 7. 총 13,999,994,820원을 납입함으로써 2008. 7. 8. AA의 보통주 합계 1,587,301주(원고 박AA 113,379주, 원고 박BB 453,514주, 원고 박CC453,514주, 원고 박DD 566,894주)를 1주당 8,820원에 인수하였다.

다. AA는 2008. 10. 6. 분할존속법인을 상장법인인 주식회사 BB(이하 ⁠‘BB’라 한다)로, 분할신설법인을 비상장법인인 주식회사 AA피앤디(이하 ⁠‘AA피앤디’라 한다)로 하는 인적분할을 시행하였다.

라. 원고들 및 지AA 일가는 2008. 12. 23. 주식양도계약서(갑 제5호증)를 작성하면서 원고들 중 원고 박DD가 소유한 AA피앤디 주식 326,835주 중 277,239주(이하 ⁠‘이 사건 1차주식’이라 한다)와 지AA이 소유한 BB 주식 165,823주 중 139,082주(이하 ⁠‘이 사건 교환대상 주식’이라 한다)를 교환하였다(이하 ⁠‘이 사건 1차거래’라 한다).

마. 이후 AA피앤디는 2009. 2. 23. 유상감자를 실시하여 원고 박CC, 박BB의 AA피앤디 주식 각 72,446주를 소각하였고, 2009. 5. 11. 액면금액 5,000원의 보통주식을 액면금액 500원으로 분할하였으며, 2009. 5. 20. 유상감자를 실시하여 원고 박AA의 AA피앤디 주식 236,620주(분할전 23,662주)를 소각하였다.

바. 원고들은 2009. 6. 23. 지AA에게 이 사건 양수도계약 및 2009. 2. 5.자 확약서(갑 제7호증)에 따라 원고들의 AA피앤디 주식 총 4,693,430주(원고 박AA 417,050주, 원고 박DD 495,960주, 원고 박CC, 박BB 각 1,890,210주, 이하 통틀어 ⁠‘이 사건 2차주식’이라 한다)에 관한 무상증여계약서(갑 제23호증, 이하 ⁠‘이 사건 증여계약서’라 한다)를 작성하고 위 주식을 지AA에게 모두 이전하였다(이하 ⁠‘이 사건 2차거래’라한다).

사. CC지방국세청장은 2016. 10.경부터 DD세무서에 대한 업무감사를 하면서, 피고 DD세무서장에게 원고들과 지AA 간의 이 사건 2차거래의 실질은 ⁠‘증여’가 아닌 ⁠‘양도’에 해당하며 그 양도대가는 이미 수령한 것으로 전제하여 처분할 것을 요구하였고, 이에 피고들은 2017. 5. 12. 원고들에게 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘과세내역’란 기재와 같이 2009 과세연도 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

아. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2017. 8. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 8. 2. 원고들의 위 청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들 주장의 요지

1) 원고들

가) 이 사건 2차거래의 실질에 대한 판단의 위법(이하 ⁠‘쟁점① 주장’이라 한다)이 사건 2차거래는 당사자간 의사의 합치에 따라 처분문서인 이 사건 증여계약서로서 입증된 거래인바, 조세회피의 목적이 있다거나 가장거래로 볼 수 없어 실질과세원칙에 따라 그 법률적 형식을 부인할 수 없으므로, 이 사건 1차거래와 무관한 별도의 거래로서 온전히 증여로서 인정되어야 한다.

나) 부과제척기간 도과의 위법(이하 ⁠‘쟁점② 주장’이라 한다)

설령 이 사건 2차거래가 세법상 양도로 평가되더라도 이 사건 2차거래를 교환거래로 보는 이상, 이 사건 2차주식의 양도시기는 원고들이 지AA으로부터 교환대가를 수령한 2008. 12. 23. 이전이다. 피고들의 주장처럼 이 사건 1차거래 당시에 이미 이 사건 2차주식의 이전이 결정되어 있었다면, 그 잔금청산일도 이 사건 1차거래일로 봄이 명확하고, 그 후 차액정산은 전혀 없었던 것으로 보아야 과세논리에 모순이 없으며, 이와 달리 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23.을 이 사건 1차주식과 이 사건 2차주식 모두(이하 ⁠‘이 사건 각 주식’이라 한다)의 양도시기로 보는 것은 이미 이 사건 1차거래 당시에 당사자간 주식 교환이 성립되어 있었다는 피고들의 쟁점① 관련 주장과 모순되는 것이다. 실제 지AA도 2008. 12. 23.을 주식 교환일로 보아 양도소득세 수정신고를 하였고 그에 따른 과세관청의 추가과세가 지금까지도 없었는바, 피고들의 이 사건 부과처분은 7년의 부과제척기간을 도과한 것으로서 취소되어야 한다.

다) 이 사건 1차주식에 관한 부과제척기간 도과의 위법(이하 ⁠‘쟁점③ 주장’이라 한다)원고 박DD는 2009. 5. 29.경까지 이미 이 사건 1차주식에 대한 양도소득세신고를 모두 완료하였다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 이 사건 1차주식의 양도로 인한 과세표준과 세액에 대하여는 7년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다. 그럼에도 불구하고 원고 박DD의 신고를 무효로 보고 아예 새로운 신고의무를 부여하는 의미로서 이 사건 2차거래 시점에 다시 이 사건 1차주식에 대해서까지 신고하지 않았다는 이유로 거래 전체를 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용함은 위법하고, 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 1차주식의 양도차익을 과세가액에 합산하여 산정한 부분은 위법하다.

라) 이 사건 2차주식의 양도가액 산정의 위법(이하 ⁠‘쟁점④ 주장’이라 한다)

이 사건 2차주식의 양도가액은 구 소득세법(2009. 6. 9. 법률 제9774호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제114조 제1항, 제4항, 제7항, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제176조의 제1항 제1호, 제3항 각 호에 따라 ① 매매사례가액, ② 감정가액, ③ 환산가액, ④ 기준시가의 순서로 적용되는데 이 사건 2차주식의 경우 위 매매사례가액, 감정가액, 환산가액이 존재하지 아니하므로 기준시가가 적용되어야 하고, 이럴 경우 기준시가의 산정은 구 소득세법 제99조 제1항 제5호, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 나목에 따라 ⁠‘직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액(토지의 경우는 공시지가)’을 기준으로 평가하여야 한다. 그럼에도 이 사건 처분은 전부 상속세 및 증여세법(이하 ⁠‘상증세법’이라 한다)상 평가액으로 평가하였을 뿐만 아니라, 발행주식총수도 양도일을 기준으로 평가함으로써 이 사건 2차주식의 양도가액을 높게 산정한 위법이 있다.

2) 피고들

가) 쟁점① 주장 관련 이 사건 2차거래는 경영권의 양수도, 즉 ⁠‘양도’에 따라 이루어진 것으로, 이 사건 1차거래와 함께 모두 이 사건 양수도계약에 근거하여 단지 이행방법만이 여러 단계로 정해진 것에 불과한바, 그 실질은 세법상 ⁠‘양도’에 해당한다. 이 사건 2차거래는 원고들이 이 사건 1차거래 당시 지AA 일가로부터 모든 대가를 수령하고도 이 사건 2차주식에 대한 이전을 거부하다가 형식적으로 이 사건 증여계약서를 작성하고서 비로소 명의를 이전하여 준 것에 불과하다. 또한 납세자에게 조세회피의 목적이 있었는지 여부는 실질과세원칙의 적용 요건이 아니고, 설령 그렇지 아니하더라도 원고들의 입장에서는 이 사건 2차거래를 증여로 주장하게 되면, 양도소득세를 면함과 동시에 그에 상응하는 증여세 부담을 지AA 일가에게 떠넘기게 되는바, 원고들의 조세회피의사를 넉넉히 인정할 수 있다.

나) 쟁점② 주장 관련 이 사건 2차거래의 대금청산일은 이 사건 양수도계약에 따른 정산이 완료되어 이 사건 2차거래가 이루어진 2009. 6. 23.로 보아야 한다. 또한 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 및 구 소득세법 시행령 제158조 제1항은 부동산 과다 보유 법인의 특정 주식을 기타자산으로서 양도일로부터 소급하여 3년 내에 합산하도록 정하면서 구 소득세법 시행령 제162조 제4항에서 그 양도시기를 당해 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 50 이상이 양도되는 날로 규정하고 있는바, 이에 해당하는 AA피앤디의 주식이 2차례에 걸쳐 분할 이전된 이 사건에서는 해당 양도 대상 주식의 50% 이상이 이전된 2009. 6. 23.을 그 양도시기로 보아야 한다.

다) 쟁점③ 주장 관련 이 사건에서 지AA 일가와의 차액의 정산이 2009. 6. 23. 종료하는 이상, 위 소득세법령에 따라 이 사건 각 주식의 양도시기는 모두 2009. 6. 23.이고, 해당 양도차익은 2009년에 귀속되는바, 원고 박DD의 기존 신고는 전혀 다른 사업연도 소득을 신고한 것으로서 적법한 신고․납부가 존재한다고 볼 수 없다. 따라서 원고 박DD가 2009년 귀속분에 대하여 양도소득세 확정신고를 하지 아니한 이상, 위 원고의 기존 신고에도 불구하고 이를 무신고로 볼 수밖에 없다. 원고들의 주장대로라면 만약 주식을 10차례에 걸쳐 양도하였고, 그 중 최초 1회만 신고하였다면 나머지 9차례의 주식 양도 모두에 대한 신고가 있었던 것으로 보아야 하는 부당한 결과가 발생한다.

라) 쟁점④ 주장 관련

구 상증세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23591호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제54조 제1항, 제2항에 따라 비상장주식의 양도가액을 평가하면, AA피앤디에 대한 주식평가조서(을 제7호증)의 기재와 같이 이 사건 2차거래일을 기준으로 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하여 산정한 AA피앤디의 1주당 평가액은 22,550원이다. 따라서 이 사건 2차주식의 1주당 양도차익은 12,690원(= 22,550원 - 9.860원)이고, 이에 따른 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

[별지 2] 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 이 사건 양수도계약의 구체적 내용

원고 박AA와 지AA 일가 사이에 2008. 7. 2. 이 사건 양수도계약에 관하여 작성된 ⁠‘유상증자 및 경영권 양수도 계약서’(갑 제1호증) 및 ⁠‘부속합의서’(갑 제2호증)의 관련 규정은 아래 기재와 같다.

2) 원고들의 지분 변경 현황 등

가) AA의 유상증자와 원고들의 2008. 7. 8. 신주인수를 전후한 AA의 지분 현황은 아래 표 기재와 같다.

나) AA의 2008. 10. 6.경 BB 및 AA피앤디로의 인적분할을 전후한 지분 현황은 아래 표 기재와 같다.

다) 2008. 12. 23. 이 사건 1차거래와 AA피앤디의 2009. 2. 23. 1차 유상감자와 2009. 5. 11. 액면분할 및 2009. 5. 20.자 2차 유상감자, 그리고 2009. 6. 23. 이 사건 2차거래를 거치면서 AA피앤디의 주식변동상황은 아래 표 기재와 같다

라) 한편 AA피앤디는 비상장주식인 AA피앤디 주식의 환금성에 제약이 있는 점을 감안하여 투자자보호 목적으로 2008. 10. 10.부터 2008. 11. 14.까지 소수주주들로부터 자기주식 528,621주를 1주당 17,170원(증권거래법령과 상증세법상 보충적 평가액 중 큰 금액으로 산정한 가액)에 취득하였다.

3) 이 사건 각 주식의 거래를 전후한 여러 사정

가) AA의 2008. 10. 6.자 인적분할 이후 지AA 일가는 계속해서 AA피앤디의 이사로 선임되어 있었으나, 원고들은 AA피앤디의 이사로 선임된 적이 없다. 반면 지AA 일가는 2008. 11. 14.자 임시주주총회를 통하여 모두 BB의 이사직에서 사임하였고, 같은 날 원고 박AA, 박DD가 BB의 이사로 선임된 후 원고 박AA가 대표이사로 선임되었다.

나) 지AA은 원고들과 이 사건 양수도계약을 체결하면서 위 계약을 담보할 목적으로 본인이 차명으로 소유하던 AA의 주식 19,071주를 별도로 원고들 측에 에스크로 명목으로 예치하였는데, 2008. 12.경 원고들과 지AA은 위 AA 주식 19,071주가 원고들에게 이미 이전된 것으로 보아 지AA이 당초 이전하기로 약정한 AA피앤디의 주식 165,823주에서 26,741주를 제외한 나머지 이 사건 교환대상 주식 139,082주만을 원고들에게 이전하기로 정산하였다.

다) 이 사건 1차거래일인 2008. 12. 23. 지AA과 원고 박DD 사이에 작성된 ⁠‘주식 양수도 계약서’(갑 제5호증)의 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

라) 원고들은 2009. 2. 5. 지AA에게 원고들 소유의 AA피앤디 주식 합계 493,005주의 소유권을 포기하며 해당 주식의 권리 일체를 이전한다는 확약서(갑 제7호증)를 작성하여 주었는데, 그 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

마) 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23. 지AA과 원고들 사이에 작성된 이 사건 증여계약서(갑 제23호증)의 구체적인 내용은 아래 기재와 같다.

4) 원고 박DD 및 지AA의 양도소득세 신고․납부 현황 등

가) 이 사건 1차거래와 관련하여, 지AA은 2009. 2. 27. 이 사건 1차주식(AA피앤디의 비상장주식 277,239주)의 매매사례가액 1주당 17,170원을 실지거래가액으로 하여 양도가액 4,760,193,630원에 대한 양도소득세 298,280,100원을 신고․납부하였고, 원고 박DD는 2009. 5. 29. 지AA으로부터 넘겨받은 이 사건 교환대상 주식 139,082주의 양도가액 1,376,911,800원(= 139,082주 × 당일자 종가 1주당 9,900원)에 취득가액 2,445,247,980원(= 277,239주 × 8,820원)을 적용하여 양도소득세를 과세미달로 신고하였다. 반면 이 사건 2차거래와 관련하여서는 지AA과 원고들 모두 양도소득세를 신고한 바가 없다.

나) CC지방국세청장은 2011. 3. 4.부터 2011. 5. 20. BB에 대한 법인세 통합조사(주식변동 포함)를 실시한 결과, 지AA이 원고들로부터 이 사건 2차주식을 인수하고도 증여세 신고를 아니한 사실을 확인하여 그 과세자료를 EE세무서장에 통보하였고, 이에 지AA에게 이 사건 2차주식에 대한 증여세 과세예고통지가 이루어졌다.

다) 지AA은 위 과세예고통지와 관련하여 2011. 8. 12. CC지방국세청 및 2012. 2. 20. 국세청에 각각 과세전적부심을 청구하는 한편, 2012. 4. 2. 이 사건 1차거래일인 2008. 12. 23.을 이 사건 2차주식의 양도일로 보아 이에 대한 양도소득세1,202,983,940원(가산세 포함, 이하 같다)을 수정신고․납부하였다.

라) EE세무서장이 2012. 9. 14. 지AA에게 2009. 6. 23.자 증여분 증여세 합계5,980,934,830원을 결정․고지하자, 지AA은 위 처분에 불복하여 2012. 9. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2013. 4. 26. 지AA의 위 청구를 인용하여 지AA에 대한 위 처분을 취소하였다.

5) 관련 세무조사 당시 원고 박AA 등의 진술

가) 원고 박AA는 2011. 3. 22. AA에 대한 세무조사와 관련하여 CC지방국세청에 출석하였고, 지AA의 증여세 재조사와 관련하여 2012. 3. 20. CC지방국세청 조사관에게 문답서를 서면 작성하여 주거나 2012. 5. 23. 세무법인 사무실에 출석하여 진술하였는데, 관련 내용은 아래 기재와 같다.

나) 이 사건 양수도계약 관련 제반 실무업무를 담당하였던 FF회계법인 소속 유GG 전무는 2012. 3. 22. 지AA의 증여세 재조사와 관련하여 CC지방국세청에 출석하여 아래와 같은 취지로 진술하였다.

다) 유GG 전무와 함께 이 사건 양수도계약 관련 제반 실무업무를 담당하였던 FF회계법인 소속 김HH 공인회계사는 2013. 3. 4. CC지방국세청 조사관에게 아래와 같은 취지로 답변하였다.

라. 판단

1) 쟁점① 주장에 대한 판단(실질과세의 원칙 위반 여부)

가) 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조는 제1항에서 ⁠“과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있고, 제2항에서 ⁠“세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.”라고 규정하고 있으며, 제3항에서 ⁠“제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 또는 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있다.

이러한 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조).

한편 구 소득세법 제88조 제1항은 ⁠“자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 ”을 소득세법상 ⁠‘양도’로 정의하고 있다.

나) 이 사건 2차거래와 관련하여 원고들이 이 사건 2차주식을 지AA에게 무상증여하는 내용의 이 사건 증여계약서(갑 제23호증)가 작성된 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법리 및 규정에 비추어 보면, 이 사건 2차주식도 이 사건 1차주식과 마찬가지로 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있음이 명백하므로, 이 사건 2차거래의 실질은 이 사건 증여계약서의 작성에도 불구하고 이 사건 2차주식이 유상으로(이 사건 교환대상 주식과 교환으로) 지AA에게 사실상 이전된 것으로서 구 소득세법 제88조 제1항의 ⁠‘양도’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 처분이 실질과세의 원칙에 반한다는 원고들의 쟁점① 주장은 이유 없다.

① 이 사건 양수도계약은 원고들이 신주인수대금 약 140억 원 등으로 상장기업인 BB의 경영권을 인수하는 대신, 지AA은 비상장법인인 AA피앤디의 경영권을 얻는 것을 주된 내용으로 하면서, 당사자들의 주식교환이 완료된 시점을 ⁠‘모든 거래가 종료된 날’로서 정하되(부속합의서 제1조 제1항 참조), 이를 당사자들의 의무가 종료되는 기준일로 정하였다(경영권 양수도 계약서 제4조 제1항, 제5조 제2항 등 참조). 이와 같이 이 사건 양수도계약은 처음부터 원고들 소유의 AA피앤디 주식 전부와 지AA이 보유하는 BB의 주식이 서로 맞교환될 것임을 원칙으로 하면서, 다만 절세 등 목적으로 그 교환 방식만을 당사자의 협의에 의하여 바꿀 수 있다고 정하였다고 할 것이다(부속합의서 제2조 제1항).

따라서 이 사건 양수도계약에 따라 AA의 인적분할 이후 원고들이 보유하게 된 AA피앤디의 주식에 속하는 이 사건 2차주식 역시 원칙적으로 위 계약의 교환목적물에 해당한다.

② 원고 박AA가 이 사건 증여계약서의 내용이 이 사건 양수도계약과 다르지 아니하였다고 진술하였고, 원고들 역시 이 사건 증여계약서를 작성하면서 이 사건 2차거래는 이 사건 양수도계약에 근거한 것임을 명확히 하였는바, 그 목적물인 이 사건 2차주식은 이 사건 양수도계약의 이행에 따라 교환목적물로서 지AA에게 이전된 것으로 봄이 타당하다.

③ 이 사건 양수도계약에 따르면, 원칙적으로 AA의 인적분할 이후 원고들이 보유하게 된 AA피앤디의 주식 전부가 지AA에게 이전되어야 하고(부속합의서 제3조 제1항), 지AA으로서는 이 사건 1차주식의 이전만으로는 AA피앤디의 지분 32.84%를 얻는 것에 그쳐 이 사건 1차거래만으로 이 사건 양수도계약의 목적을 달성할 수 없음이 분명한바, 원고들로서는 이 사건 1차주식과 마찬가지로 이 사건 2차주식에 대해서도 이를 지AA에게 이전할 이행의무를 부담한다고 할 것이다. 이와 같이 원고들의 의무이행에 따른 행위인 이 사건 2차거래를 타인에게 무상으로 재산 또는 이익을 이전하는 것으로서 ⁠‘증여’에 해당한다고 볼 수는 없다. 더구나 원고들이 이 사건 양수도계약의 계약 상대방인 지AA에게 이 사건 2차주식을 무상으로 증여할 이유도 전혀 찾을 수 없다.

④ 2009. 2. 5.자 확약서의 기재 및 FF회계법인 소속 유GG와 김HH의 진술에 의하면, 원고들이 2009. 2. 5.경 보유하던 AA피앤디의 주식을 지AA의 의사에 따라 지AA에게 모두 이전하여 주기로 약정하고서도 세금이나 비용 등을 담보할 목적으로 이를 전부 지AA에게 이전하여 주지 아니하고 계속해서 보유하고 있었던 것으로 보이고, 그럼에도 위 세금이나 비용 등과 정산될 것이 아닌 이상, 이 사건 증여계약서가 작성되기 전에 이미 원고들이 보유하던 나머지 AA피앤디 주식이 최종적으로 귀속되어야 할 자가 지AA이라는 점에 대하여는 계약 당사자간에 공통된 인식이나 합의가 존재하였던 것으로 보이는바, 이 사건 증여계약서가 당사자들 사이에 진정한 의사의 합치에 따라 작성된 것으로 보기도 어렵다.

⑤ 원고들이 지AA에게 이 사건 증여계약서의 작성을 요구한 이유에 대하여 위 유GG와 김HH은 일치하여 원고들이 세금 등 부담을 회피하기 위한 것이라고 진술하고 있고, 원고 박AA 역시 원고들에게 세금 문제가 발생할 수 있기에 이 사건 증여계약서를 별도로 작성한 것이라고 진술하였는바, 원고들이 실질과 괴리되는 형식의 이 사건 증여계약서를 작성할 무렵에는 원고들에게 양도소득세의 부담을 회피할 목적 역시 있었다고 봄이 타당하다.

⑥ 원고들은 거래행위의 일부분만을 자의적으로 재구성하여 기업을 인수하는 자에게 양도차익을 전제로 하는 양도소득세를 과세함은 부당하다고 주장한다. 그러나 기업이나 경영권을 인수하는 과정에서 인수대상 기업이 아닌 다른 회사의 주식을 취득하게 되어 이후 이를 주식교환의 방법으로 처분하는 과정에서 소득이 발생하였다면 이에 상응하는 양도소득세가 부과되어야 함이 타당하고, 이와 같은 과세가 거래구조의 자의적인 구분에 따른 것이라 볼 수도 없다. 원고들이 이 사건 양수도계약에 따라 BB의 경영권을 얻는 것과 별개로 그 과정에서 원고들이 취득한 이 사건 각 주식의 취득시기와 그 처분시기(교환시기)의 시차로 인하여 발생한 이득에 대하여 과세함에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다. 원고들의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2) 쟁점② 주장에 대한 판단(부과제척기간 도과 여부)

가) 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에 의하면, 자산의 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 되어 있다. 여기서 자산을 서로 교환하는 계약에 의하여 자산의 양도가 이루어진 경우에는 양도대가로 취득할 교환대상 목적물에 대한 실질적인 처분권을 취득한 것으로 인정되는 때에 대금을 청산한 것으로 볼 수 있을 것이다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누7475 판결 등 참조).

나) 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법리 및 규정에 비추어 보면, 원고들의 이 사건 각 주식의 양도시기는 지AA과 사이에 주식교환이 완료되어 대금 청산이 이루어졌다고 볼 수 있는 이 사건 2차거래일인 2009. 6. 23. 이후라 할 것이다. 따라서 위 양도시기가 이 사건 1차거래일인 2008. 11. 23.임을 전제로 이 사건 처분이 7년의 부과제척기간을 도과하여 위법하다는 원고들의 쟁점② 주장도 이유 없다.

① 이 사건 양수도계약이 당사자들의 주식교환이 완료된 시점을 ⁠‘모든 거래가 종료된 날’로 보아 이를 당사자들의 의무가 종료되는 기준일로 정한 사실은 앞서 본 바와 같다. 특히 이 사건 양수도계약은 모든 거래가 종료될 때까지 원고 박AA가 신규주식인 BB 주식의 의결권 행사, 경영권 및 양도대상 주식의 전매 등을 할 수 없도록 정하고 있는바(경영권 양수도 계약서 제5조 제2항, 부속합의서 제1조 제1항), 결국 주식교환이 아직 완료되기 전인 사건 1차거래 당시에는 원고 박AA가 이 사건 교환대상 주식의 명의를 이전받았다 할지라도, 이에 대한 의결권 행사와 전매 등의 제한으로 원고들이 그 실질적인 처분권을 완벽하게 취득하였다고 볼 수 없어 지AA과 사이에 그 대금을 모두 청산한 것으로 볼 수 없다.

이에 대하여 원고들은, 원고들이 이 사건 1차거래 이전에 BB의 경영권을 모두 이전받았고 이후 지AA 일가로부터 지급받은 대가도 더 이상 존재하지 아니하므로 이 사건 1차거래로서 모든 대금이 정산된 것이라 주장한다. 그러나 이 사건 양수도계약에 따르면 원고들과 지AA 사이에 주식교환이 모두 완료되어 지AA이 AA피앤디의 경영권을 모두 완전하게 이전받기 전에는 지AA으로서도 언제든지 원고들에게 이 사건 교환대상 주식의 의결권을 제한하거나 원고들처럼 추가 정산을 요구할 수 있었다고 보이고, 나아가 주식교환 완료 이후인 2009. 6. 30. 지BB가 소유하던 BB의 지분을 원고 박AA에게 15억 원에 양도할 것을 예정하고 있기도 하였는바(부속합의서 제4조 제6항). 이 사건 1차거래 당시에 원고들이 지AA으로부터 지급받을 대가가 이 사건 교환대상 주식만으로 확정되었다고 볼 수 없다. 따라서 이후 원고들이 지AA으로부터 이 사건 교환대상 주식 외에 지급받은 대가가 없다 하더라도, 이는 위 주식 인수 이후 원고들과 지AA의 정산 완료에 따른 우연한 결과라 할 것이고, 이와 같은 정산 완료로 인해 이 사건 양수도계약의 대금 청산시기가 이 사건 1차거래일로 소급하게 된다고 볼 수도 없다. 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

② 원고들이 이 사건 각 주식과 교환으로 지AA으로부터 지급받은 것은 이 사건 1차거래 당시 이전받은 이 사건 교환대상 주식이 유일하기는 하다. 그러나 이 사건 양수도계약에 따라 이 사건 2차주식도 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있음은 앞서 본 바와 같은데, 그럼에도 위 1차거래일인 2008. 12. 23.경 이전에 지AA에게 교환대가로 이전할 원고들 보유의 AA피앤디 주식수가 최종적으로 확정되었다고는 보이지 않는다. 따라서 이 사건 교환대상 주식과 대가관계에 있는 이 사건 2차주식의 수를 확정하여 이를 지AA에게 이전하기도 전인 이 사건 1차거래일에 위 당사자들 사이에 교환대금에 대한 모든 청산이 완료되었다고 볼 수는 없다.

③ 원고들은 이 사건 1차거래 이후에도 비용 정산의 목적으로 2회에 거쳐 AA피앤디의 주식을 유상감자하여 그 대금을 지급받았다. 당초 원고들은 이 사건 양수도계약에서 원고들이 보유하게 될 AA피앤디 주식 전부를 지AA에게 교환대가로 이전하기로 약정하였던 이상, 그 일부를 위 약정대로 지AA에게 이전하지 아니하고 해당 유상소각대금을 지급받은 것은 위 교환대가의 추가 정산에 해당한다고 봄이 타당하고, 이와 달리 위 유상감자가 주식교환과 무관하다거나 이 사건 1차거래 이후 교환할 주식의 범위가 변경된 것이 없다는 원고들의 주장은 받아들일 수 없다.

④ 만약 원고들의 주장처럼 이 사건 1차거래만으로 지AA과 사이에 모든 대금을 청산한 것이라면, 원고들이 2009. 2. 5. 지AA에게 당시 보유 중이던 AA피앤디 주식 전부를 이전하여 준다는 내용의 확약서를 작성하여 줄 이유도 찾을 수 없게 된다. 오히려 지분 중 일부만을 교환하게 될 경우 이후 절차에 대해 이 사건 양수도계약은 ⁠‘지분 포기’의 방법으로 약정(부속합의서 제3조 제2항)한 것과 달리, 위 확약서는 일부 지분 교환 이후 잔존하는 AA피앤디의 주식의 처리에 대해 ⁠‘무상양도’ 또는 ⁠‘무상감자’ 등 방법을 예정하고 있었고, 이후 실제 지AA에게 이전될 이 사건 2차주식의 수를 정확하게 특정하지도 못하였는바, 원고들과 지AA 사이에 위 확약서 작성 무렵까지도 서로 교환하여야 할 주식의 수는 물론 구체적인 주식교환의 방법에 대해서도 합의하지 못하였던 것으로 봄이 타당하다.

⑤ 한편 이 사건 1차거래 당시 작성된 ⁠‘주식 양수도 계약서’에 이 사건 교환대상 주식의 인수대금이 이 사건 1차주식으로 기재되어 있기는 하다. 그러나 이 사건 1차거래로 지AA이 모든 인수대금을 정산받은 것으로 보게 되면, 지AA으로서는 이 사건 1차주식을 합하여 AA피앤디의 지분 32.84%를 얻는 것에 그쳐 이 사건 양수도 계약의 목적을 달성할 수 없다. 더구나 이 사건 교환대상 주식과 이 사건 각 주식 전부가 대가관계에 있는 이상, 지AA으로서도 이 사건 1차거래 당시 원고들로부터 이 사건 2차주식을 포함한 이 사건 각 주식 전부를 이전받기 위하여 이 사건 교환대상 주식을 원고 박AA에게 이전하였다고 봄이 타당하다. 따라서 위 ⁠‘주식 양수도 계약서’의 인수대금은 당해 거래의 대상을 특정하는 형식적 기재에 불과하다고 할 것인바, 위 기재를 근거로 이 사건 교환대상 주식의 이전에 따른 정산이 완료되었다거나 이후 이루어진 이 사건 2차주식의 이전이 이 사건 교환대상 주식의 이전과 무관한 것이라 볼 수 없다.

3) 쟁점③ 주장에 대한 판단(이 사건 1차주식에 관한 부과제척기간의 도과 여부)

가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호, 제3호는 일반적으로 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 정하면서도, ⁠‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 국세 부과의 제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 정하고 있다.

나) 국세기본법이 7년의 장기 부과제척기간을 규정한 취지를 비롯하여 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여보면, 원고 박DD가 법정신고기한 내인 2009. 5. 29. 이 사건 1차거래와 관련하여 양도소득세 과세표준신고서를 피고 DD세무서장에게 제출한 이상, 이를 무신고에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 적어도 이 사건 1차거래로 인한 부분에 한해서는 7년의 부과제척기간을 적용함이 위법하다. 따라서 이와 같은 취지의 원고들의 쟁점③ 주장은 이유 있다.

① 7년의 부과제척기간은 국세기본법이 1994년경 개정되면서 도입되었다. 무신고에 대해 7년의 장기 부과제척기간을 적용한 이유는 ⁠‘신고성실도’와 ⁠‘과세권 행사의 난이도’의 차이 때문이다.

② 과세표준과 세액에 관한 자료는 일반적으로 납세자가 보유하고 있어 납세자가 그 자료를 제출하면 과세관청은 그 자료에 기초하여 세금이 제대로 신고․납부되었는지 확인할 수 있다. 납세자가 자료를 제출하지 않는다면 과세관청으로서는 과세권을 행사하기 어렵기 때문에 7년의 부과제척기간을 규정하게 되었다. 따라서 적용되는 부과제척기간이 일반 부과제척기간인 5년인지 아니면 장기 부과제척기간인 7년인지는 납세자의 신고가 적법한지 여부보다는 납세자가 과세표준과 세액에 관한 자료를 제대로 제출하였는지 여부에 따라 결정된다고 보아야 한다.

③ 원고들이 이 사건 2차거래의 실질을 잘못 판단한 나머지 이에 대한 양도소득세 신고를 하지 아니하였더라도, 이는 이 사건 1차거래와 그 양도(교환) 대상이 구분되는 이 사건 2차거래에 관한 사유로서 이로 인해 이미 이 사건 1차거래에 대해 존재하는 원고 박DD의 2009. 5. 29.자 양도소득세 확정신고가 소급하여 부존재하게 된다고 볼 수 없다. 또한 원고 박DD가 위 2009. 5. 29.자 양도소득세 확정신고 외에 이 사건 2차거래 이후 그 양도가액 등을 합산하여 다시 양도소득세 신고를 하지는 아니하였더라도, 이를 처음부터 아무런 신고행위도 하지 아니한 무신고와 등가적인 것이라 평가하는 것도 부당하다.

④ 비록 원고들이 이 사건 2차거래에 대한 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였고, 원고 박DD도 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목의 기타자산에 해당하는 이 사건 각 주식의 이 사건 1차거래 및 이 사건 2차거래의 양도가액 등을 모두 합산하여 신고한 바는 없다.11) 그러나 원고들에게 이 사건 2차거래 관련 양도소득세 부과처분이 늦어진 이유는 피고들이 ⁠‘양도’의 실질을 가지는 이 사건 2차거래를 ⁠‘증여’로 잘못 판단한 결과에 따른 것으로 보이고, 피고들이 BB 등에 대한 세무조사 및 지AA의 증여세 부과처분에 대한 불복 등에도 불구하고 오랜 기간 동안 원고들에게 과세권을 행사하기 어려웠다고 볼 아무런 합리적인 이유를 찾아볼 수 없다.

⑤ 피고들은 원고 박DD가 2008년 귀속분이 아닌 2009년 귀속분에 대하여는 양도소득세 확정신고를 하지 아니하였으므로, 구 소득세법 시행령 제158조 제2항, 제162조 제2항 등 규정에 의해 모두 부적법한 신고로서 이 사건 각 주식의 양도에 대해 모두 무신고가 이루어진 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 소득세법령에 따라 특정 주식의 양도시기와 양도가액 등을 합산할 수 있는지 여부와 이미 이루어진 양도소득세 확정신고의 효력을 소급하여 부존재하는 것으로 평가하는 것은 별개의 문제라고 할 것이고, 이와 달리 소득세법령 어디에도 기존의 확정신고를 소급해서 무효화하는 규정은 두고 있지 아니하다. 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

⑥ 또한 피고들은 원고들의 주장대로라면 양도대가로서의 주식을 10차례에 걸쳐 분할 지급받은 경우에도 최초 1회만 신고하였다면 그 전체에 대한 신고가 있었던 것으로 의제되는 부당한 결과가 발생한다고 주장한다. 그러나 원고들의 주장은 여러차례에 걸쳐 주식을 양도하여 그중 1회만 신고한 경우 나머지 9차례가 아닌 그 1회분에 대해서만 신고된 것으로 보아야 한다는 취지임이 명백한바, 원고들의 주장을 잘못 이해한 결과에 따른 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다. 오히려 피고들의 주장에 따르면, 수회에 걸친 주식의 양도에 따른 신고를 아무리 적법하게 마쳐도 마지막 단 1회의 신고만 누락하면 전체 주식 양도에 대한 신고가 없는 것으로 보아야 한다는 부당한 결론에 이르게 된다.

4) 쟁점 ④ 주장에 대한 판단(이 사건 2차주식의 양도가액 산정의 위법 여부)

가) 구 소득세법 제114조 제1항, 제4항, 제7항은 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에 양도소득과세표준과 세액을 결정함에 있어 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계조사하여 결정할 수 있다고 정하고 있고, 이에 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항은 위 양도가액의 추계결정은 3개월 이내의 매매사례가액, 3개월 이내의 2이상의 감정가액의 평균액, 제2항 규정에 의하여 환산한 취득가액, 기준시가의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의하도록 정하고 있다.

또한 구 소득세법 제99조 제1항 제5호는 제114조 제7항의 규정에 따른 기준시가 중 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식등(주권상장법인이 아닌 법인의 주식등)에 대하여는 상증세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액으로서 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하도록 정하고 있고, 이에 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호는 직전 사업연도 종료일 현재의 장부가액(토지의 경우에는 개별공시지가 등)을 기준으로 순자산가치를 평가하도록 하면서 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인(부동산 과다 보유 법인)에 대해서는 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 정하도록 규정하고 있다.

나) 원고들의 확정신고가 존재하지 아니하여 추계조사에 의해 결정될 이 사건 2차주식의 양도가액에 대하여 3개월 이내의 매매사례가액과 감정가액 및 구 소득세법시행령 제176조의2 제2항에 의하여 환산한 취득가액의 방법으로 평가할 수 없는 사실, 비상장법인인 AA피앤디는 그 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의50 이상으로 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산 과다보유 법인에 해당하는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 달리 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호에서 정하는 사유에 해당한다는 아무런 주장․입증도 없으므로, 이 사건 2차주식의 양도가액은 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균하되, 그 순자산가치는 같은 항 제1호 나목에 따라 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액을 기준으로 평가하는 것이 타당하다.

따라서 막연하게 원고들 주장의 법적 근거를 찾을 수 없다는 이유만으로 별다른 근거도 없이 상증세법 시행령 제54조 제1항, 제2항에 따라 이 사건 2차주식의 양도가액을 평가한 피고들의 이 사건 처분은 위법하다.

5) 정당 세액의 계산

앞서 본 대로 이 사건 1차거래에 대하여 무신고로 보아 7년의 부과제척기간을 적용함이 위법하므로, 결국 해당 양도소득세 신고기한일로부터 5년이 경과한 2017. 5. 12.의 시점에 이루어진 이 사건 처분에서는 이 사건 1차주식의 양도차익은 과세가액에서 제외하여 양도소득세를 산정하여야 한다.

한편 이 사건 2차주식의 순손익가치는 0원이고, 그 순자산가치를 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액을 기준으로 평가하면 1주당 1,999원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이를 2와 3의 비율로 가중평균한 1,199원(원 미만 버림)이 이 사건 2차주식 양도가액의 기준시가가 된다.

따라서 위와 같은 사정을 감안하여 계산한 원고들의 각 2009년 양도소득세 부과처분 중 정당세액은 ⁠[별지 1] 목록 ⁠‘정당세액’란 기재 금액과 같으므로(피고들의 2020. 6. 17.자 참고서면 참조), 이 사건 처분 중 위 각 금액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는

이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 06. 18. 선고 서울행정법원 2018구합71724 판결 | 국세법령정보시스템