요지

일반 기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 주식은 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호에서 말하는 창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자에 의하여 취득한 주식에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2015. 7. 8. 원고에 대하여 한 2014년도 귀속 양도소득구분세 **원 및 2015년도 귀속 양도소득세 ***원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 AAA(이하 ⁠‘AAA’이라 한다)은 소프트웨어 개발 자문공급업 등을 목적으로 2010. 2. 12. 설립되었다가 2015. 5. 12. 주식회사 BBB와 합병하고 해산된 법인으로, 2011. 12. 14. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 소정의 벤처기업으로 확인받았다.

나. 원고는 발기인으로 AAA을 설립하면서 2010. 2. 25. 주식 79,000주(이하 ⁠‘이 사건 제1 주식’이라 한다)를 취득하였고, AAA이 이익잉여금을 자본전입하면서 무상증자를 함에 따라 2011. 12. 31. 무상주 39,500주(이하 ⁠‘이 사건 제 2주식’이라 한다)를 취득하였다.

다. 원고는 AAA의 유상증자에 참여하여 2012. 1. 13. 39,500주를 취득하였고, AAA이 주식발행초과금을 자본전입하면서 무상증자를 함에 따라 2013. 10. 28. 268,600주[=201,450주(이 사건 제1, 2 주식에 대하여 배정된 주식, 이하 ⁠‘이 사건 제3 주식’이라고 한다)+67,150주(위 유상증자 받은 주식에 대하여 배정된 주식)]를 취득하였다. 원고의 주식 보유 및 변동 현황은 아래 표 기재와 같다.

라. 원고는 위와 같이 설립출자와 유상 및 무상증자를 통해 합계 426,600주를 보유하던 중, 2014. 9. 16. 42,660주를 양도하고 2014. 11. 26. 2014년 귀속 양도소득세 80,761,340원을 신고․납부하였고, 2015. 2. 4. 나머지 383,940주(=426,600주-42,660주)를 양도하고 2015. 4. 17. 2015년 귀속 양도소득세 608,718,560원을 신고․납부하였다.

마. 원고는 2015. 5. 18. 피고에게 위 양도주식이 구 조세특례제한법(2015. 1. 28. 법률 제13082호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항 제4호(이하 ’이 사건 과세특례규정‘이라 한다)의 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식으로서 소득세법상의 양도소득의 범위에 해당하지 아니한다는 이유로 이미 납부한 2014년 및 2015년 귀속 양도소득세를 환급해 달라는 경정청구를 하였다.

바. 피고는 2015. 7. 8. 위 양도주식이 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제1호, 제2호의 요건을 충족하지 아니한다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2015. 9. 3. 중부지방국세청장에게 이의신청을 하였으나2015. 12. 24. 기각결정을 받았고, 2016. 3. 1. 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나 2018. 11. 6. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 갑 제4호증의 1, 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 제1 내지 3 주식의 양도는 이 사건 과세특례규정에서 정한 비과세 요건을 모두 갖추고 있다. 이와 달리 본 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관례법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 과세특례규정의 적용요건

구 조세특례제한법 제13조 제2항, 제14조 제1항 제4호, 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 등에 의하면, 이 사건 과세특례규정의 적용을 받으려면 ① 창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것, ② 해당 기업의 설립시에 자본금으로 납입하거나 해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자, 잉여금의 자본전입, 채무의 자본전환 중 어느 하나의 방법으로 취득하는 주식 또는 출자지분일 것, ③ 개인이 그와 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항의 규정에 의한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것, ④ 출자일로부터 3년이 경과한 후에 양도하였을 것이라는 요건이 충족되어야 한다.

2) 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호의 해석

가) 구 조세특례제한법, 구 조세특례제한법 시행령 등 관련 규정의 문언과 체계, 입법 취지와 개정 연혁 등을 종합하여 보면, 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호의 ⁠‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’란 ⁠‘벤처기업으로 창업한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’를 의미하고, 일반 기업으로 창업한 후 벤처기업으로 전환한 기업에 창업 당시 출자하여 취득한 주식은 위 규정에서 말하는 ⁠‘창업 후 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자’에 의하여 취득한 주식에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11250 판결 참조).

나) 원고는, ① 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호가 ⁠“벤처기업 창업 후 3년”이 아니라 ⁠“창업 후 3년”으로만 규정하였으므로 문리해석상 창업할 당시부터 벤처기업일 것을 요구하고 있지 않는 점, ② 구 조세특례제한법 제14조 제1항 및 같은 법 제13조 제2항 각 호에 의하면, 이 사건 과세특례규정의 대상주식은 ⁠‘해당 기업 설립 당시 취득한 주식’과 ⁠‘해당 기업 설립 후 7년 이내에 취득하는 주식’으로 그 범위가 정해지는데, ⁠‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’을 ⁠‘벤처기업으로 창업된지 3년 이내인 벤처기업’으로 해석하게 되면, 이 사건 과세특례규정의 대상주식이 ⁠‘법인 설립 후 3년 이내에 출자한 주식’으로만 제한되어 시행령에서 법률과 다른 새로운 입법을 하는 결과가 초래되는 점, ③ 기업이 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것은 여러가지 법률적, 사회적 장애로 인해 사실상 불가능한 점 등을 이유로, ⁠‘창업을 한 후 3년 이내에 벤처기업 확인을 받은 기업’도 위 규정에서 말하는 ⁠‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’에 포함된다고 해석하여야 한다고 주장한다.

살피건대, ① 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제1호는 ⁠‘창업 후 3년 이내의 벤처기업’ 뿐만 아니라 ⁠‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’에 대하여도 별도로 규정하고 있으므로 ⁠‘창업 후 3년 이내의 벤처기업’은 ⁠‘벤처기업으로 창업된지 3년 이내인 벤처기업’으로 해석하는 것이 문리상 자연스러운 점, ② 원고는 ⁠‘창업 후 3년 이내인 벤처기업’을 ⁠‘벤처기업으로 창업된지 3년 이내인 벤처기업’으로 해석하면 이 사건 과세특례규정이 ⁠‘법인 설립 후 3년 이내에 출자한 주식’에 대해서만 적용되어 불합리한 결과가 발생한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 위 시행령 조항은 ⁠‘벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업’을 별도로 규정하고 있으므로 이 사건 과세특례규정이 ⁠‘법인 설립 후 3년 이내에 출자한 주식’에 대해서만 적용된다고 할 수 없는 점, ③ 갑 제5호증의 기재만으로는 법인의 설립 당시부터 벤처기업 창업 요건을 갖추는 것이 사회적, 법률적 장애로 인하여 사실상 불가능하다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 근거가 없는 점, ④ 이 사건 과세특례규정은 종전에 개인이 조합을 결성하여 벤처기업에 투자하는 경우에만 조세감면 혜택을 부여함에 따라 개인의 벤처기업에 대한 투자실적이 저조하였던 사정 등을 고려하여 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우에도 각종 조합을 통하여 투자하는 것과 동일한 수준의 조세감면 혜택을 줌으로써 개인의 벤처기업에 대한 직접 투자를 활성화하려는 취지에서 도입된 것으로, 일반기업이 벤처기업으로 전환하는 것을 활성화하기 위한 것이라거나 벤처기업 전환전 일반기업에 투자한 투자자들에 대해 소급적으로 비과세 특례의 혜택을 주기 위한 규정이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 이 사건 제1 주식 및 이 사건 제3 주식 중 제1 주식에 대하여 배정된 주식의 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용요건을 충족하는지 여부

가) 먼저 이 사건 제1 주식에 대하여 보건대, 이 사건 제1 주식은 AAA이 일반 기업으로 창업할 당시 원고가 출자하여 취득한 주식으로서 이 사건 과세특례규정의 적용요건 중 위 1)의 ① 요건을 충족하지 아니한다.

나) 다음으로 이 사건 제3 주식 중 제1 주식에 대하여 배정된 주식에 관하여 본다.구 조세특례제한법 제13조 및 제14조의 입법취지는 벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 함에 있으므로 구 조세특례제한법 제13조 제2항 각 호는 실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것으로 이해된다. 그런데 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주는 기존 출자자로부터 새로이 금전 등의 납입을 받지 않고 단순히 그 보유주식에 비례하여 발행될 뿐이어서 기존 출자자는 그 무상주의 취득으로 인하여 종래의 지분비율에 아무런 영향을 받지 않는다. 만약 이러한 무상주의 취득을 새로운 출자로 본다면 기존 출자자가 보유한 주식의 실질적 가치는 그대로임에도 당초 과세특례의 적용대상인 주식 중 일부가 과세대상으로 전환되는 결과를 초래하게 되어 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 규정한 취지에 반하게 된다. 따라서 자본잉여금의 자본전입에 따른 무상주의 취득은 구 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호가 규정한 ⁠‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 새로운 출자로 볼 수 없으므로, 자본잉여금의 자본전입에 따라 취득한 무상주에 관하여 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 3년간의 주식 보유 여부를 판단함에 있어서는 그 무상주의 취득시점을 기준으로 따질 것이 아니라 그 무상주 취득의 근거가 된 주식의 취득시점을 기준으로 따져야 할 것이다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결 참조).

그런데 앞서 본 바와 같이 이 사건 제1 주식의 양도가 이 사건 과세특례규정의 대상에 포함되지 않는다고 해석되므로, 원고가 이 사건 제1 주식에 대하여 무상증자로 취득한 주식에 관하여도 이 사건 과세특례규정은 적용되지 않는다고 할 것이다.

4) 이 사건 제2 주식 및 이 사건 제3 주식 중 제2 주식에 대하여 배정된 주식의 양도가 이 사건 과세특례규정의 적용요건을 충족하는지 여부

구 조세특례제한법 제13조 제2항 제3호가 규정한 ⁠‘잉여금의 자본전입에 의하는 방법’으로 주식을 취득하는 경우, 즉 출자자가 금전으로도 받을 수 있는 이익잉여금을 새로이 출자하여 자본에 해당하는 주식을 취득하기로 하는 경우에는 자본잉여금의 자본전입에 따라 무상주를 취득하는 경우와 달리 그 취득 당시를 기준으로 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 3년간의 주식 보유 여부를 판단하여야 한다.

그리고 구 조세특례제한법 시행령 제13조 제1항 제2호, 소득세법 시행령 제98조 제1항, 구 법인세법 시행령 제87조 제1항, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호 가목에 의하면, 벤처기업의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 자는 그 벤처기업과 특수관계에 있다.

앞서 본 법리에 비추어 보건대, 원고는 AAA이 벤처기업으로 전환된 이후인 2011. 12. 31. 이익잉여금의 자본전입에 따라 이 사건 제2 주식을 취득하였고, 이후 자본잉여금의 자본전입에 따라 이 사건 제3 주식 중 제2 주식에 배정된 주식을 취득하였으므로, 위 주식들에 대한 출자자와 벤처기업 사이의 특수관계의 존재 여부나 주식 보유 여부는 모두 이 사건 제2 주식의 취득시점을 기준으로 판단하여야 하는데, 원고가 이 사건 제2 주식을 취득한 2011. 12. 31. 당시 원고는 AAA의 발행주식 총수의 100분의 70을 초과하여 보유하고 있었으므로 AAA과 특수관계에 있었다고 할 것이다. 따라서 이 사건 제2 주식 및 제3 주식 중 이 사건 제2주식에 대하여 배정된 주식의 양도에 대하여도 이 사건 과세특례규정이 적용되지 않는다.

5) 소결론 이 사건 제1 내지 3주식의 양도는 이 사건 과세특례규정에서 정한 비과세요건을 충족하지 아니하므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.

출처 : 수원고등법원 2020. 04. 29. 선고 수원고등법원 2019누12865 판결 | 국세법령정보시스템