요지

이 사건 매입세액은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제7호의 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액에는 해당하지 아니하나, 같은 호의 면세사업등에 관련된 매입세액에 해당하므로 매출세액에서 공제할 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 10. 1. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 X02,426,199원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 12. 13. 인천 중구 운남동 ○ 대 X90㎡(이후 2017. 7. 4. 토지개발사업에 따라 같은 동 □ 대 X49.9㎡로 환지되었다. 이하 환지 전후 토지를 통틀어 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물을 취득한 후, 2018. 1. 31. 이 사건 토지를 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

나. 원고는 2018. 3. 29. 피고에게 이 사건 양도에 대한 양도소득세를 신고하면서, 양도가액은 X3억 3,000만 원으로, 취득가액은 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 환산가액인 X17,485,037원으로 하여, 2018년 귀속 양도소득세 X5,267,726원을 신고‧납부하였다.

다. 피고는 2018. 5. 31. 원고에게, 2018년 귀속 양도소득세에 대하여 2018. 6. 29.부터 2018. 7. 18.까지 세무조사를 실시한다는 내용의 세무조사 사전통지서를 송부하고, 위 내용에 따라 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였다.

라. 피고는 이 사건 세무조사 결과 원고가 이 사건 토지의 양도가액과 취득가액을 과소신고한 사실을 확인하고, 양도가액은 이 사건 토지의 부동산등기부상 이 사건 양도에 대한 매매대금으로 기재된 X6억 3,000만 원으로, 취득가액은 실지거래가액인 X42,417,140원으로 보아, 2018. 10. 1. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 X02,426,199원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 1. 2. 조세심판원에 심판청구 하였으나, 조세심판원은 2019. 6. 18. 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 9호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 원고가 이 사건 토지를 취득하는 과정에서 매도인과 사이에 매매대금의 액수, 지급방법 등에 관하여 수차례 협의가 진행되어 그 내용이 변경되었고, 이에 따라 매매대금도 현금, 다른 토지와의 교환, 근저당권 피담보채무의 인수 등 다양한 방법으로 지급되었다. 또한 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 매도인에게 지급한 최종적인 매매대금을 확인할 수 있는 당사자 사이에 작성된 진정한 계약서 등의 객관적인 증빙자료도 없다. 따라서 이 사건 양도는 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항 제1호 나목이 규정한 ⁠‘취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우’에 해당하므로 그 양도소득세를 산정함에 있어 환산가액을 취득가액으로 보아 그 양도차익을 계산하여야 한다. 피고는, 이 사건 세무조사 절차에서 원고로부터 제출된 계약서가 최종적인 계약서라는 전제하에 위 계약서에 기재된 매매대금을 실지거래가액인 취득가액으로 보아 양도소득세를 산정하고 있으나, 위 계약서는 가계약서에 불과하고 가계약서에서 정한 매매대금은 이후 당사자 사이의 협의를 거쳐 금액이 증가하였다. 따라서 이 사건 토지의 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우임에도 이와 달리 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우임을 전제로 내린 피고의 이 사건 처분은 위법하다(실체적 위법 주장).

2) 이 사건 세무조사 과정에서 피고는, 그 조사의 목적, 실시 경위, 조사의 대상과 방법 및 내용 등에 대한 구체적이고 개별적인 기재가 전혀 없는 사전통지를 하였고, 세무조사 결과 통지서에서도 과세표준·세액이 어떻게 경정 된 것인지에 대한 자세한 설명 없이 그 결정 내용만 기재하여 통지하였다. 이에 원고는 이 사건 세무조사가 개시된 이유나 경정된 세액이 도출된 근거를 전혀 파악할 수 없어 절차적 권리를 침해당했다(절차적 위법 주장).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 실체적 위법 주장에 대한 판단

가) 구 소득세법 제97조 제1항 제1호에 의하면 부동산의 양도차익은 양도가액에 서 취득가액 등을 공제하되 양도가액과 취득가액은 실지거래가액으로 함이 원칙이나, ⁠‘취득 당시 실지거래가액’을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가 액, 감정가액 또는 환산가액에 의하도록 규정하고 있다(나목). 위와 같이 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 ⁠‘실지거래가액’이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 ⁠‘실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액’을 의미한다(대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결, 대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조). 한편 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 이 사건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이다.

나) 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거, 갑 제4, 5, 8, 10, 11, 12, 17호증, 을 제3, 5, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 실지 약정된 금액(실지거래가액)인 취득가액을 입증하여 이 사건 처분을 하였다고 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 토지의 실질취득가액을 알 수 없어 취득가액을 환산가액에 의하여 산정하여야 한다는 원고의 주장을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 먼저, 원고와 매도인 사이에 작성된 매매대금 X억 9,400만 원인 2004. 10. 20.자 매매계약서(갑 제4호증의 1, 이하 ⁠‘이 사건 계약서’라 한다)는 검인계약서라거나 신고를 위하여 작성된 것이 아닌 당사자들 사이에 거래의 실질 관계를 반영하여 작성된 것으로 보인다. 즉, 비록 이 사건 계약서의 매도인란에 매도인의 날인이 없고 매수인란에 원고의 성명이 아닌 ⁠‘BB외 1’로 기재되어 있기는 하지만, 이 사건 계약서는 원고의 배우자가 운영하는 사업체의 직원인 BB숙과 당시 거래를 중개한 공인중개업자가 원고와 매도인을 각 대리하여 계약을 체결하면서 작성된 계약서로서 신고용이나 허위로 작성된 것이 아니다. 이 사건 계약서는 계약금(X,500만 원), 중도금(X억3,500만 원) 및 잔금(X억 9,400만 원)의 각 금액과 지급일자를 정하고 있고, 토지거래허가와 관련된 사항, 지상 건물의 사용현황 등 이 사건 토지의 특성을 반영한 특약사항이 구체적으로 기재되어 있다. 또한, 이 사건 계약서에서 정한 대로의 계약금과 중도금이 그 지급일자에 매도인에게 지급된 사실도 공인중개업자 작성의 현금보관증, 매도인 작성의 영수증 등의 증거에 의하여 뒷받침된다.

② 원고가 피고에게 신고한 이 사건 토지의 취득가액은 X17,485,037원이었으나, 피고는 이 사건 세무조사 과정에서 이 사건 토지의 매도인이 당시 이 사건 토지의 양도소득세를 신고하면서 제출한 부동산매매계약서의 매매대금은 X억 1,500만 원인 사실을 확인하였다. 이에 피고가 원고에게 이에 대한 소명을 요구하자, 원고는 피고에게 매매대금이 X억 5,000만 원인 부동산매매계약서(갑 제10호증)를 제출하였다가, 위 부동산 매매계약서가 허위로 소급하여 작성되었음을 인정하면서 이후 이 사건 계약서와 함께 영수증, 현금보관증, 차용증 등의 매매대금 지급 사실을 뒷받침할 수 있는 여러 자료들을 제출하였다. 원고가 피고에게 이 사건 계약서를 제출하게 된 위와 같은 경위에 비추어 보아도 이 사건 계약서가 진정한 계약서가 아닌 신고용이나 허위로 작성된 계약서라고 보이지는 않는다.

③ 원고는, 매매대금 X억 9,500만 원인 이 사건 계약서는 가계약서였고 이후 당사자들 사이에 협의를 거쳐 매매대금이 X0억 원 {매매대금의 지급은 현금(X억 원), 이 사건 토지 등에 설정된 근저당권 피담보채무의 인수(X억 원), 다른 토지1)와의 교환(X억원) }으로 정해졌는데, 이 사건 교환토지에 설정된 근저당권의 피담보채무(X억 5,000만원)도 원고가 인수하기로 하면서 최종적으로 원고가 이 사건 토지를 취득하면서 매도인에게 매매대금 지급 명목으로 지급한 돈은 X1억 5,000만 원에 이른다고 주장한다. 그러나 아래와 같은 이유로 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

㉮ 원고는, 매매대금 명목으로 현금 X억 원을 지급하였다는 사실을 뒷받침하는 증거로 원고의 배우자가 다른 사람으로부터 위 매매대금의 자금으로 돈을 빌리면서 작성하였다는 차용증(갑 제6, 7호증)을 제출하고 있다. 그러나 위 차용증만으로는 돈을 빌렸다는 사실에서 나아가 그 돈이 매매대금의 자금으로 사용되었다는 사실을 인정하기에는 부족하고 달리 이를 뒷받침할 만한 객관적인 금융자료 등의 다른 증거가 없다.

㉯ 이 사건 토지와 교환토지에 관하여, 원고의 이 사건 토지의 매매대금 액수와 1) 인천 중구 중산동 ○ 대 X91㎡(이하 ⁠‘이 사건 교환토지’라 한다) 매매대금 지급방법, 위 사실에 관한 주장에 부합하는 듯한 소유권이전등기, 근저당권설정등기 및 근저당권말소등기가 마쳐진 사실은 인정된다. 그러나 한편 다음과 같은 사실 내지 사정도 인정된다.

- 이 사건 계약서에 따라 계약금 X,500만 원이 그 계약 일자에 매도인에게 지급 되었다. 이후 이 사건 계약서에서 정한 중도금 지급일자의 전날에 이 사건 토지에 관하여 채무자 매도인, 채권최고액 X억 6,500만 원인 근저당권이 설정되었고, 이 사건 중도금 지급일자에는 매도인이 원고에게 계약금과 중도금 명목으로 합계 X억 원을 지급 받았다는 내용의 영수증과 함께 확인각서(갑 제5호증)를 작성하여 주었다.

- 위 중도금 지급일자에 작성된 확인각서에는 이 사건 토지 및 지상 건물을 이 사건 계약서에서 정한 잔금일보다 앞선 날짜에 원고에게 명도하여 주는 것으로 하되 원고의 요구시에는 언제든지 명도하여 준다는 내용이 기재되어 있다.

- 이후 원고는 이 사건 교환토지를 X억 4,200만 원에 취득하여 이 사건 토지의 매도인과 사이에 매매대금은 X억 5,700만 원으로 정하고, 이 사건 교환토지에 관한 건축허가 설계비 및 지하수, 정화조 시설에 대한 설치비용은 원고가 부담하는 것을 내용으로 하는 매매계약을 체결하고, 이 사건 교환토지에 관하여 매도인 앞으로의 소유권이전등기를 마쳐주었다.

- 원고는 이 사건 계약서에서 정한 계약금과 중도금에 관한 영수증, 현금보관증은 제출하면서도 잔금에 대하여는 현금으로 지급하였다는 부분에 대해서도 위와 같은 증거를 제출하고 있지 못하다.

위 인정 사실 내지 사정에 의하면, 이 사건 계약서에서 정한 매매대금이 실제의 매매대금이고, 계약금 X,500만 원은 계약 당일에 현금으로 지급되고, 중도금 X억 3,500만 원은 위 채권최고액 X억 6,000만 원인 근저당권의 피담보채무 상당액으로 그 지급에 갈음하며, 잔금 X억 9,400만 원은 이 사건 교환토지의 매매대금인 X억 5,700만원과 위 부대비용으로 그 지급에 갈음하였을 가능성도 배제할 수 없다. 즉 이 사건 토지 및 교환토지의 부동산등기부상 기재사항은 이 사건 계약서의 계약 내용대로 매매계약이 체결되어 그 매매대금이 지급되었다는 사실을 뒷받침하는 사정으로 보이기도 한다.

따라서 이 사건 토지와 교환토지의 부동산등기부상 기재만으로는 원고가 주장하는 매매계약 체결의 경위, 매매대금의 액수, 지급방법 등의 사실을 인정하기는 부족하고, 그외에 원고의 주장을 뒷받침할 만한 증거가 없다.

④ 원고의 주장에 부합하는 듯한 각 확인서, 녹취록, 사실확인서(갑 제14, 15, 18, 19호증)는 그 작성 시기와 경위 및 내용에 비추어 객관성을 담보할 수 없는 데다가 사인(私人)이 인정이나 친분에 의하여 작성해 줄 가능성이 있어 이를 선뜻 믿기 어렵다.

⑤ 따라서 피고가 이 사건 계약서, 영수증, 현금보관증 등의 자료를 근거로 하여 이 사건 처분의 과세표준과 세액을 결정한 것은 적법한 실지 조사 방법에 의한 것이라 할 것이고, 결국 피고가 이 사건 양도와 관련하여 이 사건 계약서에서 정한 매매대금 금액을 실지거래가액으로 보고 이를 취득가액으로 인정한 조치에 잘못이 있다고 볼 수 없다.

2) 절차적 위법 주장에 대하여

가) 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지하여야 하나, 사전에 통지하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다 {구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의7 제1항 }. 그리고 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일 이내에 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지해야 하고(같은 법 제81조의12), 조사결과를 통지받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ⁠‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다(같은 법 제81조의15 제1항). 한편, 과세자료의 수집에 절차상 위법이 있는 경우의 과세처분의 효력은 그 절차위배의 내용, 정도, 대상 등에 따라 달라질 것이지만, 과세처분은 과세표준의 근거를 그 존재로 하는 것이기 때문에 그 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건의 존부에 의하여 결정되어야 하는 것이어서, 세무조사절차에 위법이 있었다고 하더라도 그것이 실질적으로 전혀 조사가 없었던 경우와 같거나 선량한 풍속 기타 사회질서에 위반되는 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로는 과세처분의 취소 사유로는 되지 않는다.

나) 위 법리를 기초로 이 사건에 관하여 본다. 갑 제9, 13, 16, 17호증, 을 제6호 증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 피고가 원고에 대한 세무조사 사전통지 및 조사결과 통지에 어떠한 위법하다고 할 수 없고, 설령 사전통지나 사후 통지의 내용이 불충분하여 그와 같은 절차적 위법이 있다고 하더라도 이 사건 처분에 앞서 이루어진 이 사건 세무조사에 이 사건 처분의 위법성에 영향을 미칠 정도로 중대한 절차상의 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 이 사건 세무조사의 사전통지서는 조사대상 세목과 과세기간을 2018년 귀속 양도소득세로 특정하였는데, 당시 원고가 피고에게 2018년 귀속 양도소득세로 신고한 것은 이 사건 양도 1건으로 이 사건 세무조사가 이 사건 양도에 대한 조사라는 사실을 원고로서는 충분히 알 수 있었다.

② 피고가 원고에게 이 사건 세무조사 결과를 통지하면서 경정예정인 결정세액만을 통지한 것은 아니다. 피고는 이 사건 세무조사 결과 통지서에 예정고지일, 예정납부기한, 세목 종류, 과세표준, 산출세액, 예상고지세액과 함께 수입금액, 과세표준 및 세액의 산출내역을 당초 신고된 내역과 경정된 내역을 함께 기재하여 원고에게 통지하였다.

③ 이 사건 세무조사의 사전통지서에 양도가액·취득가액 등에 대한 구체적인 조사 항목에 대한 기재가 없고, 세무조사의 결과 통지서에도 과세표준 및 세액을 경정하는 사유에 대한 기재가 구체적이지 못한 사실은 인정된다. 그러나 원고는 이 사건 세무조사 사전통지를 받고 조사연기를 신청하면서 취득가액을 소명하기 위한 여러 자료들을 제출하기도 한 점, 이 사건 세무조사 과정에서 실질적으로 원고를 대리하였던 원고의 사위가 피고의 담당 직원과 여러 차례 면담을 진행하였는데, 면담 내용이 주로 취득가액의 산정과 관련된 것이었고 취득가액 금액별 양도소득세 계산내역도 피고의 담당 직원으로부터 송부받기도 한 점, 따라서 원고는 이 사건 세무조사의 결과를 통지받을 당시 경정 사유에 대해 이미 알고 있어 불복 여부나 불복의 범위에 대해 알기 어려웠다고 보이지는 않고 이에 따라 원고가 이 사건 처분이 양도가액과 취득가액에 관한 신고의 오류를 시정하여 내리는 처분임을 충분히 파악한 상태에서 이 사건 처분을 다투는 심판청구의 불복절차를 진행하기도 한 점 등의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세무조사의 사전통지 및 조사결과 통지에 이 사건 처분을 위법하게 하는 정도의 중대한 절차상 하자가 있다고 볼 수 없다.

3) 소결론

따라서 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없고 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 08. 12. 선고 서울행정법원 2019구단71281 판결 | 국세법령정보시스템