요지

이 사건 보상금 지급재원이 이 사건 특허권의 승계를 원인으로 하여 마련된 것인 이상, 이 사건 보상금은 정당한 보상의 범위를 넘는 것이라 보기 어려워 그 전부가 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다고 할 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고들이 원고들에 대하여 한 ⁠[별지 1] 목록 기재 각 2016년 귀속 종합소득세 경정

거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 구 􎛱연구개발특구의 육성에 관한 특별법􎛲(2017. 7. 26. 법률 제14839호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘연구개발특구법’이라 한다) 제2조 제5호 나목(정부출연연구기관)에 따른 공공연구기관인 EE연구원 소속 연구원이거나 연구원이었던 사람들로, 원고 AA은 0000.00.00., 원고 BB는 0000.00.00. 각각 EE연구원에서 퇴직하였다.

나. 원고들은 EE연구원 재직 중 직무수행 과정에서 아래와 같이 0건의 기술을 발명하였고, EE연구원은 원고들로부터 위 기술에 관하여 특허를 받을 수 있는 권리를 승계한 뒤 이를 등록하여 특허권(이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라 한다)을 보유하게 되었다.

다. EE연구원은 0000.00.경 기술신용보증기금 00기술평가센터에서 이 사건 특허권의 기술가치 평가를 신청하였고, 위 센터는 이 사건 특허권을 0억 00000만 원으로 평가하였다.

라. EE연구원은 0000.00.00.경 이 사건 특허권을 현물출자하여 FF 주식회사와 함께 HH 주식회사(상호 변경 전: GG, 이하 ⁠‘II'라 한다)를 설립하면서 이 사건 특허권의 가치를 위 평가액 0억 0000만 원으로 보아 HH의 주식 00000주(액면가 0000원, 지분율 0000%)를 취득하였고, 0000. 00경 연구개발특구법 제9조의3 제2항 근거하여 II를 연구소기업으로 등록하였다. 그 후 이 사건 특허권은 0000.00.00. 양도를 원인으로 II에게 전부이전등록되었다.

마. II는 증자 및 합병 등 절차를 거쳐 0000.00.00. 코스닥시장에 상장되었고, EE연구원은 0000.00.경 보유하고 있던 II의 주식 00000주(000%) 중 000만 주(000%)를 주당 00000원, 총 000억 원에 매각하여 0000.00.경 위 주식매각 대금 중 경비와 세금 등을 공제한 금액의 약 00%에 해당하는 00000원을 기술개발에 기여한 연구원들에게 지급하기로 결정하여 아래와 같이 원고들에게 각 보상금(이하 ⁠‘이 사건 보상금’이라 한다)을 지급하면서 이 사건 특허권의 기술가치 평가액 0억 0000만 원에 상응하는 금액(이하 ⁠‘이 사건 출자평가분’이라 한다)은 구 소득세법 (2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제5호 라목 1)에서 정한 비과세 기타소득인 발명진흥법상의 직무발명보상금으로 보아 소득세를 원천징수하지 않았고, 나머지 금액에 대하여는 과세대상인 근로소득으로 보아 소득세를 원천징수하였다.

바. 원고들은 0000.00.00. 및 0000.00.00. 이 사건 보상금 전부가 구 소득세법상 비과세소득에 해당한다는 취지로 피고들에게 위와 같이 원천징수된 소득세를 각각 환급하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고들은 원고들에게 그로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 않음으로써 ⁠[별지 1] 목록 기재와 같이 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 0000.00.00. 및 0000.00.00. 조세심판원에 각 심판청구를 하였고, 조세심판원은 0000.00.00.부터 0000.00.00.까지 사이에 원고들의 위 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고들 주장의 요지

어떠한 소득이 근로소득에 해당하기 위해서는 해당 과세기간 중에 근로를 제공함으로써 그 대가로 지급되는 것이거나 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루면서 지급되는 것이어야 하는데, 이 사건 보상금은 0000년 원고들이 제공한 근로와 무관하여 근로소득에 해당하지 않는다.

EE연구원은 발명진흥법 제15조 제2항부터 제4항에 따른 내부 보상규정인 0000출자관리지침에 의하여 원고들에게 직무발명에 대한 보상을 한 것이고, 원고들이 지급받은 이 사건 보상금은 원고들의 직무발명에 대한 기여도를 고려하여 산정된 것이므로 발명진흥법 제15조 제6항 소정의 ⁠‘정당한 보상’에 해당한다. 따라서 이 사건 보상금 전부는 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)의 기타소득에 해당하여 비과세되어야 한다.

설령 이 사건 보상금 중 이 사건 출자평가분을 제외한 나머지 금액에 대한 부분이 비과세대상이 아니라 하더라도 이는 근로소득이 아닌 구 소득세법 제21조 제1항 제7호의 기타소득에 해당함이 분명하므로 이에 대해 80%의 필요경비가 인정되어야 한다.

2) 피고들 주장의 요지

원고들이 EE연구원에 근로를 제공하고 지급받은 이 사건 보상금은 EE연구원의 내부규정에 따른 보상금으로 그 존재 자체가 근로의 제공과 뗄 수 없는 관계이고, ⁠‘기술료 등 보상심의위원회’의 결의에 따라 상여로 받는 소득으로 볼 수 있어 구 소득세법 제20조 제1항 제2호의 근로소득(의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득)에 해당한다.

이 사건 보상금은 발명진흥법에 근거한 직무발명보상금인 이 사건 출자평가분 과 연구개발특구법에 근거한 나머지 부분(이하 ⁠‘이 사건 수익금분’이라 한다)으로 구분되는데, 그중 발명진흥법이 아닌 연구개발특구법 제9조의3 제4항에 의해 원고들에게 지급된 보상금 부분인 이 사건 수익금분은 EE연구원이 이 사건 특허권을 출자하여 취득한 주식이 급등하여 시세차익이 발생하자 이를 원고들에게 성과급으로서 지급한 것이므로, 그 실질에 따라 직무발명보상금이 아닌 성과급 성격의 근로소득으로 보아야 하고, 이에 대하여는 구 소득세법 문언상 비과세로 규정된 바가 없어 근로소득으로서 과세되어야 한다. 주식매각 이익 보상금에 해당하는 근로소득의 귀속시기는 EE연구원이 보유주식을 처분하고 원고들에게 각각 지급할 금액을 확정한 시기라 할 것이므로, 원고들의 근로소득 귀속시기를 0000년으로 보아 과세한 이 사건 처분은 정당하다. 설령 이 사건 수익금분이 기타소득에 해당한다 하더라도, 이 사건 수익금분은 소득세법 시행령 제87조 각 호에 규정된 바 없으므로, 80%의 필요경비가 인정될 수 없다.

나. 관련 법령 및 EE연구원 내부규정

관련 법령은 ⁠[별지 2] 기재와 같고, 갑 제8호증, 을 제6, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의해 인정되는 EE연구원의 관련 내부규정은 ⁠[별지 3] 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 보상금의 지급 근거 등

원고들은 이 사건 보상금 전부가 0000출자관리지침에 따라 지급된 수익금 등에 해당한다고 주장함에 대하여, 피고들은 이 사건 보상금 중 이 사건 출자평가분만이 00술실시관리지침에 의해 지급된 기술료(기술출자금)1)이고, 나머지 이 사건 수익금분은 0000출자관리지침에 의해 지급된 연구개발특구법상 보상금에 해당한다고 주장하며 이 사건 보상금의 지급 근거 및 그 성질에 대하여 다투므로, 먼저 이에 관하여 본다.

살피건대, 을 제8 내지 11호증의 각 기재 및 이 법원의 EE연구원에 대한 사실조회회신 결과에 의하면, EE연구원에서 법무법인과 회계법인 및 미래 창조과학부에 이 사건 보상금의 지급과 관련하여 법적인 자문이나 유권해석을 의뢰하였고, 이에 위 법인들과 미래창조과학부에서 ⁠‘이 사건 출자평가분을 제외한 나머지 부분은 기술료로 볼 수 없어 과세대상이라는 취지’의 결과를 회신하자, EE연구원 역시 위 회신에 따라 이 사건 출자평가분은 0000실시관리지침에 근거한 기술료 성질을 가진 비과세대상으로, 나머지 이 사건 수익금분은 0000출자관리지침에 근거한 과세대상으로 보아 이 사건 처분과 동일한 취지의 원천징수를 한 사실이 인정된다.

그러나 한편, 이 법원의 EE연구원에 대한 사실조회회신 결과 및 변론 전체의 취지에 의해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 보상금은 00출자관리지침에 근거하여 연구개발특구법령 및 위 지침이 마련한 보상금 지급 절차에 따라 지급된 것으로서 이 사건 수익금분을 포함하여 그 전부가 ⁠‘출자로 발생한 수익금’ 등이라 볼 수 있을 뿐이고, 그 일부가 기술출자금이나 기술료에 해당한다고 볼 수 없다. 이 사건 보상금의 지급 근거 등에 관한 원고들의 주장은 이유 있고, 이에 반하는 피고들의 주장은 이유 없다.

① EE연구원이 이 사건 특허권의 출자로 얻은 보유지분을 처분하여 얻은 대금 000억 원에서 경비와 세금을 제외한 금원 중 일부가 원고들에게 이 사건 보상금으로 지급된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 보상금의 재원은 연구개발특구법 제9조의3 제4항의 ⁠‘출자로 발생한 수익금’ 또는 EE연구원이 연구개발특구법령에 따른 제반사항을 정할 목적으로 마련한 내부규정인 0000출자관리지침 제3조 제6호의 ⁠‘수익금 등’에 해당한다고 봄이 문언에 부합하는 해석이다.

② 이 사건 출자평가분과 이 사건 수익금분은 구분되지 아니한 채, 이 사건 보상금 전체가 0000출자관리지침에 근거한 '기술료 등 보상심의위원회' 개최 후 원장의 승인을 거쳐 지급되었다. 또한 기여도에 따른 이 사건 보상금의 구체적인 지급금액의 결정 역시 0000실시관리지침상의 기술이전책임자가 아닌 0000출자관리지침상의 기술사업화책임자의 주도하에 ⁠‘발명’에 대한 기여도와 ⁠‘노하우 개발’에 대한 기여도를 각각 고려하여 결정되었다. 이는 이 사건 보상금 전부가 0000출자관리지침 제10조 제1항 및 제10조의1 제1항에 따른 절차에 따라 지급된 것임을 의미한다.

③ 무엇보다 EE연구원은 II와 사이에 아무런 기술실시계약도 체결하지 아니하였는데, 이러한 EE연구원이 이 사건 특허권과 관련하여 기술실시관리지침에 따른 기술료를 보상금의 재원으로 얻을 수는 없다고 할 것인바, 기술실시관리지침에 따라 이 사건 보상금이 지급될 수는 없고, 따라서 이 사건 출자평가분만이 기술료에 해당한다고 볼 여지도 없다.

④ EE연구원의 의뢰에 따른 법무법인 등의 자문이나 유권해석은 모두 ⁠‘원고들에게 지급할 보상금이 기술료에 해당하여야 비과세대상에 해당함을 전제로 위 보상금이 기술료에 해당하는지 여부’를 묻는 질문에 대한 회신으로서 후술하는 바와 같이 해당 질의의 전제가 잘못되어 있을 뿐만 아니라, 이 사건 보상금의 지급 근거가 무엇인지에 대한 자문의견이 아니어서 참조할 것이 되지 못한다.

2) 이 사건 보상금의 비과세대상 해당 여부

구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)은 기타소득 중 ⁠‘종업원이 발명진흥법 제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금’을 비과세소득의 하나로 규정하고 있고, 발명진흥법 제15조 제1항은 ⁠“종업원 등은 직무발명에 대하여 특허 등을 받을 수 있는 권리나 특허권 등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자 등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다.”고 규정하고 있다. 그리고 발명진흥법 제15조는 제6항은 사용자 등이 같은 조 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 종업원 등에게 보상한 경우, 즉 ⁠‘사용자등이 위 직무발명보상에 대하여 보상형태와 보상액 결정을 위한 기준과 지급방법 등이 명시된 보상규정을 작성하여 종업원등에게 문서로 알리고, 위 보상규정의 작성 또는 변경에 관하여 종업원등과 협의하여야 하며(다만 보상규정을 불리하게 변경하는 경우에는 해당 계약 또는 규정의 적용을 받는 종업원등의 과반수의 동의를 받아야 한다), 보상을 받을 종업원등에게 위 보상규정에 따라 결정된 보상액 등 보상의 구체적 사항을 문서로 알린 경우’에는 정당한 보상을 한 것으로 보되, 다만 그 보상액이 직무발명에 의하여 사용자등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자등과 종업원등이 공헌한 정도를 고려하지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

위와 같은 관련 법령을 비롯하여 앞서 본 인정사실과 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 직무발명인 이 사건 특허권의 승계를 원인으로 하여 원고들이 EE연구원으로부터 지급받은 이 사건 보상금은 EE연구원이 내부규정인 0000출자관리지침 등에 따라 합리적으로 산정한 것으로서 정당한 보상의 범위를 넘는 것이라 보기 어려워 그 전부가 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다고 할 것이고, 그중 일부인 이 사건 수익금분이 근로소득에 해당한다고 볼 수는 없다.

① 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)은 비과세대상인 직무발명보상금의 요건을

발명진흥법 제15조에 따라 지급받았을 것을 요구하고 있을 뿐이고, 발명진흥법 역시 종업원 등에게 지급할 직무발명보상금의 재원이 되는 금원의 성격을 기술료 등으로 제한하고 있거나, 보상의 정당한 범위를 특허 등 출자기술의 금전적 평가액으로 제한하고 있지도 아니하다. 따라서 이 사건 보상금의 지급 재원이 직무발명인 이 사건 특허권의 승계를 원인으로 하여 마련된 것인 이상, 이 사건 보상금이 비과세대상인지 여부는 이 사건 보상금이 발명진흥법 제15조 제2항 내지 제4항에서 정한 보상금의 보상형태와 보상액의 결정 기준 및 지급방법 등에 따라 지급되었고, 그 보상액이 직무발명에의하여 사용자가 얻을 이익과 사용자 및 종업원의 공헌한 정도를 고려하였는지 여부에 따라 결정되는 것이지, 그 지급 재원을 출자평가분과 시세차익으로 나누어 그 성격에 따라 비과세대상인지 여부를 결정하여야 할 이유는 없다.

② 더구나 이 사건 보상금 전부가 0000출자관리지침에 근거하여 연구개발특구법령 및 위 지침이 마련한 보상금 지급 절차에 따라 지급된 것으로서 ⁠‘출자로 발생한 수익금’을 재원으로 지급된 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 보상금을 출자평가액부분과 시세차익 부분으로 구별하여 비과세대상 여부를 판단할 근거도 전혀 존재하지 않는다.

③ EE연구원은 미리 내부규정인 0000출자관리지침에 보상금의 보상형태와 보상액의 결정 기준 및 지급방법 등을 마련하여 종업원 등에게 문서로서 공개하였는바, 위 지침에 근거하여 지급된 이 사건 보상금은 발명진흥법 제15조 제2항 내지 제4항에서 정한 기준과 방법 등에 따라 지급되었다고 볼 수 있다. 그리고 EE연구원이 얻은 시세 차익에서 경비와 세금 등을 공제한 금액의 약 00%에 해당하는 금액을 기준으로 결정된 이 사건 보상금의 지급액은 0000출자관리지침 제9조 제1항 제4호 가목에서 정한 기준 및 위 지침 제10조 제1항의 기술사업화책임자가 인정한 지급대상자와 기여도를 고려하여 결정된 것인바, 이는 이 사건 보상금의 보상액이 직무발명에 의하여 사용자가 얻을 이익과 종업원 등의 공헌도를 모두 고려하여 결정된 것이라 할 것이다. 이와 같이 발명진흥법 제15조 제6항의 요건을 모두 충족한 이 사건 보상금은 직무발명보상금으로서 정당한 보상의 범위를 넘는 것이라 보기 어려워 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다고 할 것이다.

④ 피고들은 기술료만이 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다는 취지로 주장한다. 그러나 기술료만이 직무발명보상금에 해당한다고 볼 근거는 찾을 수 없을 뿐 만 아니라, ⁠‘기술료’란 연구개발성과를 실시하는 권리를 획득한 대가로 실시권자가 연구개발성과를 소유한 기관에 지급하는 금액(􎛱국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정􎛲제2조 제8호) 또는 EE연구원이 연구개발성과를 사용, 양도, 대여 또는 수출하는 경우에 이를 실시하는 자로부터 그 실시의 대가로 지급받는 금원(0000실시관리지침 제3조 제3호)을 말하는바, 이는 공공연구기관이 연구소기업에 대한 출자로 발생한 수익금(연구개발특구법 제9조의3 제4항) 또는 EE연구원이 기술출자한 연구소기업의 보유지분을 처분하여 획득한 수익금 등(0000출자관리지침 제3조 제6호)과 발생의 원인만이 구별될 뿐 모두 연구개발성과의 활용으로 인해 발생한 금원인 사실 자체에는 차이가 없다. EE연구원이 연구개발성과(직무발명)에 대해 기술실시계약을 체결하여 이에 대한 기술료가 발생할 수도 있고, 이를 연구소기업에 출자하여 수익금 등이 발생할 수도 있는 것인데, 만약 기술료에 대해서만 비과세가 된다고 하면, 동일한 연구 개발성과임에도 불구하고 EE연구원의 연구개발성과 활용방식에 따라 과세 여부가 달라지는 부당한 결과가 발생한다. 따라서 기술료만이 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다는 피고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

⑤ 피고들은 이 사건 수익금분은 연구개발특구법에 따라 지급된 것이어서 직무발명보상금으로 볼 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 연구개발특구법 제9조의3 제4항은 대학ㆍ연구소 및 기업의 연구개발을 촉진하는 등으로 국가기술의 혁신 및 국민경제의 발전에 이바지하기 위하여 기술개발에 참여한 인력에 대한 보상금을 지급하도록 마련된 것인바, 위 연구개발특구법 규정이 종업원의 권익을 보호하고 직무발명에 대한 정당한 보상을 보장함으로써 직무발명을 장려하기 위하여 마련된 발명진흥법상 직무발명보상금 제도의 취지에 어긋난다고 볼 수 없으므로(오히려 부합하는 측면도 있어 보인다), 연구개발특구법 규정에 따라 지급된 보상금이라도 하더라도 앞서 본 발명진흥법 제15조 제6항 등의 요건에 부합한다면 발명진흥법상 직무발명보상금에 해당한다고 볼 수 있다. 피고들의 위 주장도 받아들일 수 없다.

⑥ 피고들은 원고들이 수령한 이 사건 보상금 전부가 근로소득이고 다만 이 사건 특허권의 기술가치 평가액에 해당하는 이 사건 출자평가분만 예외적으로 비과세소득으로 분류될 수 있다는 취지로도 주장한다. 그러나 구 소득세법은 직무발명보상금이 근로소득임을 전제로 비과세대상으로 삼고 있는 것이 아닐 뿐만 아니라, 이 사건 보상금이 원고들의 근로를 전제로 그와 밀접히 관련되어 근로조건의 내용을 이루면서 지급되는 것이라 보기도 어려워 근로소득에 해당한다고 볼 수 없다. 특히 원고 AA, BB의 경우 이 사건 보상금 지급 당시에 EE연구원에 재직 중인 근로자도 아니어서 위 원고들이 지급받은 금원을 근로소득이라 보기는 더욱 어렵다 오히려 이 사건 보상금 지급의 원인이 된 II 주식의 가치 상승은 원칙적으로 원고들의 직무발명으로 개발된 이 사건 특허권 관련 기술이 상용화되어 경제적 가치를 창출하게 됨에 따라 발생한 것으로 볼 수 있으므로, 그 주식 매각으로 인한 수익금을 재원으로 하는 이 사건 보상금 역시 원고들의 직무발명과 인과관계가 있다고 볼 수 있다. 그리고 위와 같은 주식 가치의 상승은 일시적으로 발생하는 사건이므로, 이러한 사건에 대하여 지급하는 이 사건 보상금 역시 이례적이고 일시적인 소득이라 할 것인바, 이를 일정기간의 근로에 상응하는 대가로 보는 것은 자연스럽지 아니하다.

피고들의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.

⑦ 한편 상여금의 경우에는 종업원 등의 개인적인 성과에 대하여 지급하기 보다는 회사 전체의 성과에 대하여 지급한 것인데 반하여, 이 사건 보상금은 원고들의 개인적 성과에 대하여 지급하는 것이기 때문에 이를 상여로 보는 것은 타당하지 아니하고, ⁠‘기술료 등 보상심의위원회’를 주주총회․사원총회에 준하는 의결기관으로 볼 수도 없는바, 이 사건 보상금이 상여로서 구 소득세법 제20조 제1항 제2호(법인의 주주총회․사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 따라 상여로 받는 소득)의 근로소득에 해당한다는 피고들의 주장도 받아들일 수 없다.

3) 소결 이 사건 보상금은 모두 발명진흥법상 직무발명보상금으로서 구 소득세법 제12조 제5호 라목 1)의 비과세대상에 해당한다고 할 것인바, 이와 다른 전제에서 피고들이 한 원고들에게 한 이 사건 처분은 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 02. 06. 선고 서울행정법원 2018구합78084 판결 | 국세법령정보시스템