[주 문]

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 원고 ○○ 주식회사의 소 중 이 법원에서 추가된 소득금액변동통지처분 취소 청구 부분을 각하한다.

3. 항소제기 이후의 소송비용은 원고들이 부담한다.

[청구취지 및 항소취지]

제1심판결을 취소한다. 피고가, ① 2015. 11. 2. 원고 AA 주식회사에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 54,148,991원(가산세 포함, 이하 같다), 2012 사업연도 법인세 43,887,922원, 2013 사업연도 법인세 78,950,236원, 2014 사업연도 법인세 76,264,037원의 부과처분을, ② 2015. 11. 6. 원고 AA 주식회사에 대하여 소득자를 원고 박BB으로 2011년 귀속 소득금액 68,011,413원, 2012년 귀속 소득금액 20,772,644원, 2013년 귀속 소득금액 41,456,382원, 2014년 귀속 소득금액 56,451,376원으로 한 소득금액변동통지처분을, ③ 2016. 2. 3. 원고 박BB에 대하여 한 2012년 근로소득세 22,710,010원, 2013년 근로소득세 6,028,360원, 2014년 근로소득세 13,962,650원, 2015년 근로소득세 19,539,560원의 부과처분을 모두 취소한다(원고 ○○ 주식회사는 이 법원에서 ②항 부분 청구를 추가하였다).

[이 유]

1. 처분의 경위, 2. 원고들의 주장

이 법원이 이 각 부분에서 설시할 판결 이유는, 제1심판결문 3면 5행의 ⁠“구입하였고,”를 ⁠“매입한 것으로 회계처리 하였고,”로 고치는 외에는, 제1심판결 이유의 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3. 관계법령

  별지 기재와 같다.

4. 원고 박BB의 소의 적법 여부

  국세기본법 제56조 제2항에 의하면, 세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 다만, 조세행정에 있어서 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적․발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두25817 판결 등 참조).

  살피건대, 원고 박BB이 청구취지 기재 근로소득세 부과처분에 관하여 국세기본법에 의한 심사청구 또는 심판청구 등을 거쳤음을 인정할 증거가 없는바, 피고의 원고

회사에 대한 소득금액변동통지처분을 비롯한 이 사건 처분과 원고 박BB에 대한 근로

소득세 부과처분은 세목뿐만 아니라 납세의무자도 전혀 달라 각기 독립한 별개의 처분이고, 위와 같이 전심절차를 생략할 만한 정당한 사유가 있는 것도 아니므로, 원고 박BB의 소는 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다(위 2007두25817 판결의 사안도 이 사안과 유사하다).

5. 원고 회사의 소 중 소득금액변동통지처분 취소 청구 부분의 적법 여부

  국세기본법 제56조 제4항 제1호에 의하면 조세심판원의 재조사결정에 따른 재조사

후 행한 처분청의 처분의 결과 통지를 받은 날부터 90일 이내 행정소송을 제기하여야 한다.

  살피건대, 조세심판원이 2017. 2. 28. 원고 회사에 대한 소득금액변동통지처분 부분에 관하여 재조사 결정을 하자 피고가 재조사 후 2017. 5. 8. 감액 경정 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고 회사가 그 무렵 이 처분의 결과를 수령한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 그런데 원고 회사는 2020. 6. 4. 비로소 소득금액변동통지처분에 대한 취소 청구를 추가하였으므로, 이 부분 소는 제소기간을 도과하여 부적법하다.

6. 원고 회사에 대한 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 회사가 이 사건 소프트웨어를 고가 매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인한 처분의 당부

   1) 원고 회사는 이 사건 소프트웨어의 매입가 381,000,000원 또는 감정가374,000,000원을 시가로 보아야 한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 원고 회사는 당초부터 CC로부터 이 사건 소프트웨어를 매입하지 않았고, 설령 매입하였더라도 시가는 CC의 재무상태표에 계상된 무형자산개발비 55,764,810원에 불과하다고 주장한다.

  이에 대하여 다시 원고 회사는, 피고가 이 법원에 이르러 이 사건 소프트웨어를 매입하지 않았다고 주장하는 것은 부적법한 처분사유의 추가라고 주장한다.

  살피건대, 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 추가할 수 있다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조). 피고의 위 주장은, 같은 세목, 과세기간, 세액의 범위 내에서 소프트웨어 매입 가격이 시가를 초과했다는 기존 사유에 매입 자체가 없었다는 사유를 추가한 것에 불과하므로, 처분의 동일성이 유지되는 처분사유의 추가에 불과하다. 피고의 처분사유 추가는 적법하므로, 원고 회사의 위 주장은 이유 없다.

   2) 구 법인세법 제52조 제1항은 법인이 특수관계인과의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 그 법인의 소득금액 계산과는 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 같은 조 제2항은 부당행위계산 부인에 있어서는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌자 사이의 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가격을 시가로 보아야 한다고 규정하고 있다.

   한편 구 법인세법 시행령 제89조는 시가의 계산에 있어 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적․일반적 거래가격이 없는 경우 상속세 및 증여세법을 적

용하여 평가하도록 규정하고 있는데, 구 상속세 및 증여세법(2014. 1. 1. 법률 제12168호로 개정되기 전의 것) 제64조 제1항은 무체재산권에 관하여 매입가액에서 매입한 날부터 평가기준일까지의 법인세법상 감가상각비를 뺀 금액(장부가액)으로 평가한다고 규정하고 있다.

   3) 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 갑 제11, 12, 231, 233, 234, 244, 251 내지 254, 271, 273, 275, 282호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제9 내지 28호증의 각 기재 또는 영상, 이 법원의 농협중앙회에 대한 금융거래정보회신결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고 회사는 당초부터 CC로부터 이 사건 소프트웨어를 매입하지 않았거나, 설령 매입하였다고 하더라도 그 시가의 상한은 CC의 재무상태표에 계상된 ⁠‘무형자산개발비 55,764,810원‘이라고 봄이 타당하다.

   ① 원고 회사는 이 사건 프로그램을 ⁠‘DD&EE’, ⁠‘FF’이라고 주장하나, 원고 회사가 2011. 7. 1. 이 사건 소프트웨어에 관하여 CC와 작성하였다고 주장하는 계약서(갑 제11호증)에 의하더라도 계약 내용에 ⁠‘DD&EE’는 포함되어 있지 않고, ⁠‘FF’이 포함되어 있는지는 명확하지 않다. ⁠‘DD’는 자동차운전학원에 관한 인터넷 사이트에 불과하고, ⁠‘EE’는 자동차운전학원에 필요한 수강료 결제시스템에 불과하므로, 건설 회사인 원고 회사가 이를 취득할 이유가 없다. 또한 CC는 2003. 9. 29. 폐업신고를 한 적이 있고, 당시 ⁠‘EE’의 상표권자는 CC에서 주식회사 GG자동차전문학원으로 변경되었다. CC의 대표자이자 원고 한BB의 아들인 박HH는 세무조사 과정에서 ⁠‘2015. 5. 주식회사 GG자동차전문학원이 ⁠‘EE’ 프로그램을 사용하고 있고, CC가 이에 대한 사용료를 지급받고 있다‘고 소명한 바 있다.

   ② CC는 2009. 1. 1.부터 2011. 12. 31.까지 아무런 매출을 기록한 적이 없었고, 2012. 1. 1. 이후에도 II 주식회사, 주식회사 GG자동차전문학원, JJ건설 주식회사 등 특수관계 회사들에게만 웹사이트 유지관리 용역을 제공하는 계약을 체결하였을 뿐이다.

   ③ CC에는 2011년에 프로그램 개발 업무를 수행할 수 있는 직원이 존재하지 않았다. 원고 회사는 김KK가 소프트웨어 개발을 담당하였다고 주장하는데, CC의 2011년도 근로소득지급명세서를 보면 CC가 원고 박BB에게 10,800,000원, 박LL에게 1,000,000원을 지급한 내역만이 확인될 뿐이다. 또한 원고 회사는 8개의 개발회사, 9명의 개발자를 통하여 소프트웨어를 개발하였다고 주장하나, 원고 회사는 이 사건 처분 이전 3차례의 세무조사 당시 개발비 세부내역을 제출하지 않다가 이 법원에 이르러 갑 제275호증 등의 자료를 제출하고 있으나 이는 객관적인 자료라고 보기 어렵다. 한편 원고 회사는 CC가 MM대학교 산학협력단에 위탁하여 FF을 개발하였다고도 주장하나, CC와 MM대학교 산학협력단 사이의 산학공동연구 협약서(갑 제271호증)에 의하면 해당 협약은 ⁠‘디자인 - 영상’에 관한 것에 불과하고, FF 관련 프로그램 개발을 의뢰하는 내용은 없다.

   ④ CC는 서울 ○○구 ○○길 ○○(○○동)이 사업장 소재지인 것으로 사업자등록을 하였으나, 2009. 10. 1.부터 2012. 5.경까지 위 장소에서 사업장을 운영하지 않았다. 즉 CC는 위 기간 동안 프로그램을 개발할 사업장을 보유하고 있지 않았다.

   ⑤ CC의 대표자이자 원고 박BB의 아들인 박HH는 세무조사 과정에서, 원고 회사의 주장과는 달리 위 매입가 381,000,000원에 관하여 CC가 원고 회사에 전산장비를 지급한 대가라는 취지로 소명한 바 있다.

   ⑥ 원고 회사는 2011. 12. 31. 전에도 이미 6건 가량의 업무용 프로그램을 보유하고 있었고, 2011. 12. 31. 전후로 유력한 소프트웨어 개발 회사인 NN 그룹의 업무

용 프로그램을 다수 취득하였으며, 이와 관련된 관리 용역도 공급 받았다. 그 세부내역은 아래와 같다.

   [표 생략]

   한편 원고 회사는 이 사건 소프트웨어가 현재는 멸실되어 존재하지 않는다고 주장하면서도 이를 사용한 화면이라면서 갑 제233호증의 2를 제출하였으나, 해당 화면은 NN 그룹이 공급한 프로그램을 사용하는 화면인 것으로 보인다.

   ⑦ 원고 회사가 제작하였다고 주장하는 FF(갑 제233호증의 2)의 표지는 OO연구원이 제작한 FF(을 제20호증)의 표지를 약간 수정한 것에 불과하고, 그 내용도 OO연구원 제작의 위 FF과 별다른 차별성이 없다. 그런데 OO연구원이 제작한 위 FF의 가격은 50,000원에 불과하고, OO연구원이 제작한 관련 프로그램 중 가장 비싼 것은 990,000원에 불과하다.

   ⑧ 원고 회사는 2012. 1. 26. CC에게 이 사건 소프트웨어의 매입대금으로 419,100,000원(부가가치세 포함)을 송금하였다고 주장하고, 위 금액이 2012. 1. 26.

원고 회사로부터 CC로 송금된 사실은 인정되나, 그 이상의 금액이 2012. 2. 2.부터 2012. 4. 9.까지 CC로부터 원고 회사로 송금되었다.

   ⑨ 원고 회사는 CC가 2007년부터 2011년까지 이 사건 소프트웨어 개발을 위하여 투입한 비용을 모두 합산한 총 455,895,994원(갑 제12호증의 1, CC 개발비 내역)에서 소요된 관리비용 74,895,994원을 차감한 나머지 금액인 381,000,000원을 매입금액으로 하여 이 사건 소프트웨어를 매입한 것이므로 위 381,000,000원이 이 사건 소프트웨어의 시가라고 주장한다. 그러나 앞서 든 사정들에 더하여 위 기간은 원고 회사가 주장하는 이 사건 소프트웨어의 개발기간과도 맞지 않고, 위 금액은 2007년부터 2011년까지 CC 운영 과정에서 발생한 필요경비를 단순 합산하여 도출한 것에 불과하므로, 위 금액을 이 사건 소프트웨어의 시가로 보기는 어렵다.

   ⑩ 원고 회사는 2019. 3. 18.자 감정평가서(갑 제251호증)에 기재된 감정가액인374,000,000원을 시가로 보아야 한다고도 주장한다. 그러나 앞서 든 사정들에 더하여 이 감정평가서는 ㉠ 제1심 변론종결 직전인 2019. 3. 18. 기준시점을 2011. 12. 31.으로 하여 소급 감정하여 작성된 것인 점, ㉡ 감정평가에 관한 규칙 제12조 제3항에 의하면 소프트웨어 등 무형자산의 평가는 수익환원법을 원칙적인 방법으로 규정하고 있는데, ⁠‘평가시점 현재 사용중단된 상태이며 기준시점 이후 일부 수익자료가 있으나 관계사 매출이 포함되는 등 수익환원법 적용에 한계가 있고, 대상물건의 특성상 유사 거래사례 수집 및 포착 등이 곤란하여 거래사례비교법 적용도 사실상 어렵다’는 이유로, 평가방법을 원가법으로 정하여 감정한 것으로 그 평가방법의 신빙성에 한계가 있는 점, ㉢ 소프트웨어 등의 개발비용은 물리적 실체가 있는 제품 등의 제조원가와는 달리 개발 과정의 다양성 및 비표준화, 참여 인력의 자질 등 개별성이 커 개발비용 산출이 상대적으로 어려움에도 원고 회사가 제공한 자료의 정확성에 대한 검증을 수행하지 아니한 채 위 금액이 산출된 점 등을 고려하면, 위 감정가액을 시가로 보기는 어렵다.

   ⑪ 원고 회사는 이 사건 프로그램의 제공은 재화의 공급이 아니라 용역의 제공이므로 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 따라 계산한 금액을 시가로 보아야

한다고도 주장하나, 설령 이 사건 소프트웨어의 거래가 실제 있었다고 하더라도 그 대상은 재화가 대부분이고 용역의 제공은 미미하여 위 조항에 따라 계산할 금액은 없을 것으로 보인다.

  나. 원고 회사로부터 이 사건 계좌로 송금된 금액이 업무무관 가지급금에 해당하는

지 여부

   1) ⁠‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’은 순수한 의미의 대여금은 물론 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 적정한 이자율에 의하여 이자를 받으면서 가지급금을 지급한 경우도 포함되며, 가지급금의 업무관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2005두9415 판결 참조).

   2) 앞서 든 증거, 갑 제265, 266호증, 을 제6 내지 8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고 회사로부터 이 사건 계좌로 이체된 금원은 업무와 관련 없이 지급된 가지급금으로 봄이 상당하므로, 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

   ① 이 사건 계좌는 원고 박BB의 개인 마이너스 대출계좌이고, 계좌 잔액이 마이너스일 때 원고 회사로부터 고액의 자금이 이체된 경우가 빈번하였다.

   ② 이 사건 계좌에서 원고 박BB의 대출채무 이자 지급, 임대사업을 위한 세금 납부 및 보증금 반환, 개인카드대금 결제, 원고 박BB 출자법인에 대한 송금 등의 명목으로 출금이 자주 이루어졌고, 이 사건 계좌로부터 원고 박BB이 현금을 출금하거나 원고 박BB의 아들 박HH에게 금원이 송금되거나 원고 박BB 명의의 호텔 피트니스 회원권 취득이 이루어지기도 하였다. 원고 박BB은 원고 회사 이외에도 PP건설 주식회사, 주식회사 GG자동차전문학원, II건설 주식회사, CC를 운영하였는데, 이 사건 계좌로부터 원고 회사의 계좌로 송금된 금원을 바탕으로 하여 위 회사들에게 송금된 경우도 다수 있다. 따라서 이 사건 계좌를 원고 회사를 위해 개설된 업무용 계좌로 보기도 어렵다.

   ③ 원고 회사가 제출한 자료들은 객관적 증빙이 아닌 자체 장부에 스스로 기재한 내역이나 전표 등 원고 회사 내부 자료와 입출금거래내역 조회 자료에 불과하므로, 이를 이 사건 계좌에 이체한 금원이 원고 회사의 업무와 관련하여 이체된 것임을 뒷받침하는 객관적인 자료로 볼 수도 없다. 설령 일부 금원이 원고 회사의 업무와 관련하여 이체된 것이라고 하더라도 그 부분을 특정할 만한 자료도 없다.

다. 소결론

  따라서 이 사건 처분은 적법하다.

7. 결론

  그렇다면 원고 박BB의 소와 원고 회사의 소 중 소득금액변동통지처분 취소 청구

부분은 부적법하여 각하하고, 원고 회사의 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것이다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소는 이유 없어 기각하고, 이 법원에서 추가된 원고 회사의 소 중 소득금액변동통지처분 취소 부분은 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.