요지

원고는 벽돌제조와 폐기물처리업을 겸업하는 것으로 보아야 하고 겸업사업자의 주된 사업은 매출액이 큰 업종을 주된 업종으로 보아야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 법원에서 교환적으로 변경한 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2018. 6. 1. 원고에게 한 2016년 귀속 종합소득세 703,116,090원(가산세 포함)의 과세처분 중 197,893,670원을 초과하는 부분을 취소한다[원고는 제1심에서 피고의 2017. 12. 1.자 2016년 귀속 종합소득세 및 개인지방소득세 과세처분의 취소를 구하였다가, 피고가 그 과세처분에 대하여 2018. 6. 1. 증액경정처분을 하였음을 이유로 당심에서 청구취지를 위와 같이 교환적으로 변경하였고, 개인지방소득세 과세처분의 취소를 구하는 소 부분은 취하하였다. 한편, 원고는 제1심에서 2019. 3. 27. 별지1 ⁠‘추가된 청구취지’ 기재 각 처분의 취소를 구하는 내용으로 청구취지변경(추가)신청을 하였으나, 제1심 법원은 그 청구취지변경을 불허하였고, 당심에서 원고는 위 불허된 청구취지변경신청 중 개인지방소득세 과세처분의 취소를 구하는 부분(별지1 나.항 부분)을 취하하였다].

2. 항소취지

제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2017. 12. 1. 원고에게 한 2016년 귀속 종합소득세 505,222,420원(가산세 포함)의 과세처분을 취소한다(한편, 원고는 당심에서 제1심의 위 청구취지변경 불허결정 중 종합소득세 과세처분에 관한 부분도 아울러 다투고 있다).

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제2쪽 제9행의 ⁠“폐기물을” 앞에 ⁠“하수․폐수 오니, 소각잔재물 등의”를 추가한다.

○ 제2쪽 제10행의 ⁠“2017. 6. 20.”을 ⁠“2017. 6. 30.”로 고쳐 쓴다.

○ 제3쪽 제3행의 ⁠“종합소득세 505,222,420원” 뒤에 ⁠“(신고불성실가산세 44,078,034원, 납부불성실가산세 20,364,051원, 증빙불비가산세 445,465원, 이상 합계 64,887,550원의 가산세 포함, 이하 위 각 가산세를 통틀어 ⁠‘이 사건 가산세’라 한다)”를 추가한다.

○ 제3쪽 제5, 6행의 각 ⁠“이 사건 과세처분”을 ⁠“이 사건 선행처분”으로 고쳐 쓴다.

○ 제3쪽 제7행 아래에 다음 내용을 추가한다.

『 바. 피고는 2018. 6. 1. 이 사건 선행처분의 종합소득세를 703,116,090원(이 사건 가산세 등 포함)으로 증액하는 경정처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 과세처분’이라 한다). 』

○ 제3쪽 제8~9행의 ⁠[인정 근거]에 ⁠“갑 제43호증”을 추가한다.

2. 이 사건 소의 적법 여부

가. 피고의 본안전 항변

원고는 이 사건 소로써 위 증액경정에 따른 이 사건 과세처분의 일부(197,893,670원을 초과하는 부분) 취소를 구하고 있는데, 이 사건 소는 그와 같은 새로운 과세처분에 대하여 별도의 전심절차를 거치지 않은 것이어서 부적법하다.

나. 판단

당초의 조세부과처분에 대하여 적법한 취소소송이 계속 중에 동일한 과세목적물에 대하여 당초의 부과처분을 증액 변경하는 경정결정 또는 재경정결정이 있는 경우에 당초 부과처분에 존재하고 있다고 주장되는 취소사유(실체상의 위법성)가 경정결정 또는 재경정결정에도 마찬가지로 존재하고 있어 당초 부과처분이 위법하다고 판단되면 경정결정 또는 재경정결정도 위법하다고 하지 않을 수 없는 경우 원고는 경정결정 또는 재경정결정에 대하여 따로 전심절차를 거칠 필요 없이 청구취지를 변경하여 경정결정 또는 재경정결정의 취소를 구할 수 있고, 이러한 경우 당초의 소송이 적법한 제소기간 내에 제기된 것이라면 경정결정 또는 재경정결정에 대한 청구취지변경의 제소기간 준수 여부는 따로 따질 필요가 없다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두7796 판결 등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 이 사건 선행처분에 대하여 적법한 전심절차를 거쳐 제소기간 내인 2018. 3. 29. 이 사건 선행처분의 취소를 구하는 이 사건 소를 제기한 사실, ② 피고는 제1심 소송계속 중이던 2018. 6. 1. 이 사건 선행처분의 세액을 증액하는 내용의 경정처분인 이 사건 과세처분을 한 사실, ③ 이에 원고는 2020. 6. 25. 이 사건 과세처분 중 197,893,670원을 초과하는 부분, 즉 증액된 부분을 제외하고 당초의 이 사건 선행처분 세액에 해당하는 부분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 교환적으로 변경하는 청구취지정정신청서(실질적으로는 청구취지변경신청서)를 이 법원에 제출한 사실, ④ 원고는 위 청구취지정정신청서 제출 이후에도 이 사건 과세처분 중 위와 같이 취소를 구하는 부분의 위법사유와 이 사건 선행처분에 관한 위법사유가 공통되다고 주장[아래 제3의 가. 2) 내지 3)항 주장과 같다]하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

이러한 사실관계를 종합하여 보면, 원고가 주장하는 위 공통된 위법사유에 따라 이 사건 선행처분이 위법하다고 판단되면 이 사건 과세처분 중 취소를 구하는 부분(197,893,670원을 초과하는 부분) 역시 위법하다고 평가될 것인데, 원고가 적법한 전심절차를 거쳐 제소기간 내에 이 사건 선행처분의 취소를 구하는 소를 제기한 뒤 피고의경정처분에 따라 청구취지를 교환적으로 변경하여 이 사건 과세처분 중 197,893,670원을 초과하는 부분(즉, 실질적으로는 이 사건 선행처분과 같은 내용의 부분)의 취소를 구하고 있는 이상, 이와 같이 변경된 청구취지에 관한 전심절차나 제소기간 준수 여부는 별도로 따질 필요가 없다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 피고의 본안전 항변은 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 과세처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 세무조사의 절차적 하자 주장

○○지방국세청은 2018. 3. 28. 원고에 대한 세무조사를 개시하기에 앞서 국세기본법 제81조의7 제1항에 따른 사전통지절차를 거치지 않았고, 같은 조 제4항에 따라 원고에게 사전통지사항 등이 포함된 세무조사통지서를 교부하지도 않았다. 따라서 위 세무조사에는 중대한 절차적 하자가 존재하므로, 이 사건 과세처분은 위 세무조사에 기초한 것으로서 위법하다.

2) 중소기업 특별세액감면비율 관련 주장

가) 피고가 원고의 2016년 귀속 매출액으로 본 124억 원 중에서 약 5억 9,000만원은 원고가 폐기물운반업체인 BBB으로부터 폐기물을 반입하면서 선수금내지 보증금 명목으로 지급받은 뒤 BBB에 반환한 것이므로, 그 금원(이하 ⁠‘이 사건 금원’이라 한다)을 공제한 나머지를 원고의 2016년 귀속 매출액으로 보아야한다.

나) 또한, 원고는 폐기물을 원료로 삼아 벽돌 등의 제품을 생산하고 있으므로, 원고가 영위하는 주된 업종은 ⁠‘폐기물처리업’이 아니라 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 마목의 ⁠‘제조업’이라고 보아야 한다.

다) 따라서 2016년 당시 원고가 영위하는 주된 업종은 구 중소기업기본법 시행령 [별표 3]이 정한 ⁠‘평균매출액등 120억 원 이하의 비금속 광물제품 제조업’에 해당하여 원고는 ⁠‘소기업’으로 분류되므로, 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 다목에 따라 중소기업 특별세액감면비율 30%를 적용받아야 한다. 또한, 원고가 영위하는 주된 업종이 제조업인 이상 원고는 2015. 12. 15. 당시 ⁠‘소기업’으로 분류되므로, 구 중소기업기본법 시행령 부칙(제26959호, 2016. 2. 5.) 제22조에 따라 2016년에도 ⁠‘소기업’으로 분류되어 중소기업 특별세액감면비율 30%를 적용받아야 한다. 그런데도 이와 달리 원고가 ⁠‘중기업’에 해당한다고 보아 중소기업 특별세액감면비율 15%를 적용한 이 사건 선행처분 및 이 사건 과세처분은 위법하다.

3) 가산세 관련 주장

설령 원고가 영위하는 주된 업종이 폐기물처리업이라고 보더라도, ○○군수는 원고의 사업이 한국표준산업분류상 제조업에 해당한다고 보아 원고의 공장승인신청을 수리하고 그 공장등록을 하였는바, 원고가 영위하는 주된 업종의 분류에 관하여 국가기관 사이에 일치된 해석이 나오지 않을 만큼 세법해석상 견해대립이 있다고 보아야 한다. 따라서 이 사건은 국세기본법 제48조 제1항이 규정한 ⁠‘납세자가 의무를 이행하지 않은 데 대한 정당한 사유가 있는 때’에 해당하므로, 이 사건 과세처분 중 이 사건 가산세 부분은 위법하다.

나. 관련 법령 이 부분은 제1심판결의 별지2 ⁠‘관련 법령’에다가 이 판결의 별지2 ⁠‘추가된 관련 법령’을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

다. 판단

1) 세무조사의 절차적 하자 주장에 대한 판단

가) 국세기본법 제81조의7 제1항 본문은 세무공무원이 세무조사를 하는 경우 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 등을 통지하도록 규정하면서, 같은 항 단서에서 그 예외사유로서, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우를 정하고 있다. 그리고 국세기본법 제81조의7 제4항은 위 제1항 단서에 따라 사전통지를 하지 아니하고 세무조사를 하는 경우 세무조사를 개시할 때 사전통지 사항, 사전통지를 하지 아니한 사유 등이 포함된 세무조사통지서를 세무조사를 받을 납세자에게 교부하여야 한다고 규정하 고 있다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제37호증, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ○○지방국세청이 2018. 3. 28.부터 2018. 4. 26.까지 원고의 사업(AAA)과 관련한 모든 세목을 조사대상으로 삼아 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하면서 그 세무조사 사전통지를 하지 않은 사실이 인정되기는 한다. 그러나 위 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① AAA의 공동대표인 CCC은 당시 원고를 대리하여 이 사건 세무조사와 관련한 세무조사 통지, 납세자 권리헌장 등을 수령하였다는 내용의 2018. 3. 28.자 ⁠‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독확인서’(을 제8호증의 1)에 서명한 사실, ② 그 무렵 ○○지방국세청이 원고에게 교부한 ⁠‘세무조사 통지’(갑 제37호증의 1)에는 조사대상 세목, 조사기간 및 조사사유 등이 기재되어 있고, 국세기본법 제81조의7 제1항 단서에 따라 원고에 대한 세무조사 사전통지를 하지 아니하였다는 설명도 담겨있는 사실을 인정할 수 있다.

이러한 사실관계에 더하여, ① ○○지방국세청이 이 사건 세무조사와 관련한 과세자료를 사전에 대부분 확보하였음을 인정할 만한 자료가 부족한 점, ② 이 사건 세무조사의 전후 정황상 원고가 관련 자료를 은닉할 염려가 없었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, ○○지방국세청이 증거인멸방지 등 조사 목적 달성을 위하여 원고에게 이 사건 세무조사의 사전통지를 하지 않은 데에 절차적 하자가 있다고 보기 어렵고, ○○지방국세청이 이 사건 세무조사를 개시할 때 세무조사통지서를 원고에게 교부하지 않은 절차적 하자가 있다고 보기도 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

다) 한편, 이 사건 과세처분은 이 사건 선행처분을 증액하는 내용의 경정처분인 사실은 앞서 본 바와 같다. 증액경정처분이 있는 경우 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립한 존재가치를 잃게 되어 원칙적으로는 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고 납세의무자는 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으며(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두4855 판결 등 참조), 이때 위법사유가 공통된 경우에는 당초의 과세처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상 납세의무자는 그 증액경정처분에 대하여 다시 전심절차를 거치지 아니하고도 그 취소를 구하는 행정소송을 제기할 수 있다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2009두22270 판결 등 참조).

이러한 법리에 비추어 볼 때, 앞서 본 바와 같이 이 사건 선행처분에 대한 적법한 전심절차를 거친 원고가 그와 공통된 위법사유를 들어 그 증액경정처분인 이 사건 과세처분의 취소를 구할 수는 있겠으나, 위 공통된 위법사유가 아니라 이 사건 과세처분에만 한정된 위법사유를 들어 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 것은 부당하다고 할 것이다. 즉, 이 사건 세무조사는 이 사건 선행처분이 있은 후인 2017. 12. 1. 이루어진 것이므로 그 세무조사의 절차적 하자가 이 사건 과세처분(증액경정처분)의 독자적 위법사유는 될 수 있어도, 이 사건 선행처분의 위법사유에까지 해당한다고 할 수는 없다. 그리고 원고는 이 사건 과세처분에 대하여 위와 같은 절차적 하자를 이유로 별도의 전심절차를 거치지도 아니한 것으로 보인다. 그렇다면 이 사건 과세처분 중 197,893,670원을 초과하는 부분 즉, 이 사건 선행처분의 세액에 해당하는 부분에 대하여 취소를 구하면서, 위 선행처분 이후에 행해진 이 사건 세무조사의 절차적 하자라는 별도의 사유를 내세워 그 위법함을 주장하는 것은 받아들이기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 이러한 측면에서도 이유 없다.

2) 중소기업 특별세액감면비율 관련 주장에 대한 판단

가) 원고의 매출액에서 이 사건 금원이 공제되는지에 관하여

앞서 든 증거, 갑 제3, 9, 10, 14, 16, 34, 38, 39호증, 을 제3호증의 각 기재, 제1심 증인 도성일의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 BBB으로부터 받은 이 사건 금원은 이행보증금 명목으로 수령한 것으로서 BBB에게 모두 반환되었다고 할 것이므로, 구 중소기업기본법 시행령에 따라 소기업과 중기업을 구별할 때에 적용하는 원고의 매출액 ⁠(또는 영업수익)에서 이 사건 금원을 공제함이 타당하다.

① 원고는 폐기물운반업체인 BBB이 운반한 폐기물을 반입하여 처리하는 과정에서 그 처리대금을 BBB으로부터 지급받거나 폐기물배출업체로부터 지급받았는데, 폐기물배출업체(특히, DDD 주식회사, ○○시 환경관리본부, 사단법인 EEE입주회, 주식회사 FFF)로부터 직접 처리대금을 지급받는 경우에는 며칠 안에 그와 같은 액수의 돈을 BBB에게 반환하였고, 이렇게 반환한 돈의 합계가 이 사건 금원에 해당한다고 인정된다. 이러한 돈의 흐름에 비추어 볼 때, 이 사건 금원은 원고가 BBB이 운반해온 폐기물을 일단 반입하는 대신 BBB으로부터 그 폐기물처리대금에 해당하는 돈을 먼저 받아 이를 장차 폐기물배출업체로부터 수령할 폐기물처리대금을 담보하는 이행보증금 명목으로 보관하고 있었던 것으로 보인다(이와 같이 돈이 반환된 경우에 원고와 폐기물처리 계약을 체결한 상대방은 BBB이 아니라 폐기물배출업체라 할 것이므로, 계약당사자가 아닌 BBB이 지급한 돈을 폐기물처리대금의 선수금이라고 보기는 어렵다).

② 이 사건 금원은 원고가 보관할 당시부터 장차 폐기물배출업체로부터 폐기물처리대금을 정상적으로 지급받으면 BBB에게 반환될 예정이었고, 또 실제로 모두 반환되었는바, 원고가 폐기물배출업체로부터 지급받은 위 폐기물처리대금만이 원고의 최종적인 매출액 내지 영업수익에 해당하고, 이 사건 금원은 원고의 매출액 내지 영업수익으로 평가할 수 없다. 원고는 BBB으로부터 폐기물처리와 관련된 돈(이 사건 금원을 포함한다)을 지급받을 때마다 매출세금계산서를 발급하였지만, ○○세무서로부터 감사를 받게 되자 뒤늦게나마 이 사건 금원에 해당하는 매출을 취소하는 수정세금계산서를 발급하기도 하였다.

③ 원고가 BBB에게 이 사건 금원에 상당하는 별도의 재화나 용역을 공급하였음을 인정할 만한 자료를 찾을 수 없다. 비록 앞서 본 바와 같이 이 사건 금원에 상당하는 부가가치세 과세표준을 감액하여 달라는 원고의 경정청구는 받아들여지지 않았지만, 구 중소기업기본법 시행령 제7조 제1항이 소기업과 중기업을 구분하는 기준을 회계관행에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액 또는 이에 준하는 영업수익으로 삼고 있는 취지 및 앞서 본 사정들에 비추어 볼 때, 위 시행령에 따라 소기업과 중기업을 구별함에 있어서는 이 사건 금원을 원고의 매출액 내지 영업수익으로 평가하기 어렵다.

나) 원고의 주된 업종을 제조업으로 볼 수 있는지에 관하여 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 제5의 나. 1) 내지 2)항(제8쪽 제6행부터 제10쪽 제12행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제10쪽 제5행 아래에 다음 내용을 추가한다.

『 또한 원고는, ⁠‘한국표준산업분류 실무 적용을 위한 분류설명서’에 의하면 폐기물의순환과정은 폐기물처리업으로 분류되는 자원회수(recovery) 단계(폐자원을 추가가공이필요한 2차 원료로 전환하는 단계)와 제조업으로 분류되는 리사이클(recycle) 단계(폐자원 및 2차 원료를 바로 제조공정에 투입할 수 있는 1차 원료로 전환하는 단계)로 구분되는데, 원고가 반입한 폐기물을 1차 원료인 벽돌 원재료(모래)로 가공한 뒤 벽돌을생산하는 과정은 리사이클 단계에 해당할 뿐이므로, 원고는 폐기물처리업이 아니라 제조업만을 영위하고 있다고 주장한다. 그러나 앞서 든 증거, 갑 제20, 22호증의 각 기재및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 하수․폐수 오니, 소각잔재물 등의 폐기물을 이용하여 최종 생산품인 벽돌 등을 생산하는 과정 안에는 자원회수 단계와 리사이클 단계가 모두 있는 것으로 보이는 점, ② 원고가 반입하여 처리하는 폐기물 중 일부만이 벽돌 등의 재료로 사용되는 것으로 보이는데, 나머지 폐기물 처리 공정을 제조업에 부수되는 활동으로 보기는 어려운 점, ③ 폐기물처리업은 폐기물을 반입․처리하여 수익을 얻는 사업이고, 제조업은 제품을 생산․판매하여 수익을 얻는 사업이라 할 것인데, 폐기물을 처리한 후 그 재료로 어떤 제품을 생산한다는 이유만으로 그 사업이 제조업에만 해당한다고 보는 것은 사업의 실질을 제대로 반영하지 못할 여지가 큰 점, ④ 한국표준산업분류도 ⁠‘산업활동은 그 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 결정하고, 주된 산업활동은 산출물(재화또는 서비스)에 대한 부가가치(액)의 크기에 따라 결정되어야 한다’고 정하고 있는데, 원고의 사업은 크게 폐기물처리 용역공급으로 인한 부가가치창출 부분과 벽돌 등의 재화공급으로 인한 부가가치창출 부분으로 나눌 수 있는 점, ⑤ 앞서 본 구 중소기업기본법 시행령 제4조 제1항도 바로 이러한 경우 등을 대비하여 ⁠‘하나의 기업이 둘 이상의 서로 다른 업종을 영위하는 경우’의 주된 업종 판단기준을 마련하고 있는 것으로 보이는 점, ⑥ 원고는 폐기물관리법에 따른 폐기물처리업 중 폐기물종합재활용업 허가를 받은 점, ⑦ 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호는 중소기업 특별세액감면의 대상업종을 규정하면서, ⁠‘제조업’(마목)과 ⁠‘하수․폐기물 처리(재활용을 포함한다), 원료재생 및 환경복원업’(바목)을 구분하였는데, 위 폐기물종합재활용업은 위 규정상 ⁠‘폐기물처리(재활용 포함)업’에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면비율을 판단함에 있어 위 주장과 같은 사유로 원고가 폐기물처리업을 영위하지 않고 제조업만을 영위하고 있다고 보기는 어렵다. 』

○ 제10쪽 제6행의 ⁠“2016년 매출액이” 앞에 ⁠“손익계산서에 따른”을 추가한다.

○ 제10쪽 제9행 말미에 ⁠“(AAA에서 상무로 근무한 GGG도 원고의 매출액 중에서 벽돌제조업 운영에 따른 매출액이 10%가 되지 않는다고 증언하였다)”를 추가한다.

다) 소결론 이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 아래와 같이 일부 내용을 수정하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 제5의 나. 3)항(제10쪽 제13행부터 제11쪽 제3행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제10쪽 제15행 아래에 다음 내용을 추가한다.

『 그 경과조치를 규정한 구 조세특례제한법 시행령 부칙(제26959호, 2016. 2. 5.) 제22조의 적용 대상은, 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행일인 2016. 1. 1. 당시인 2016 과세연도의 경우 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 아래에서 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다. 따라서 2016 과세연도에 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항에 따른 소기업에 해당하지 않는 기업은 위 부칙조항의 적용 대상이 아니므로, 2016 과세연도에 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등과 관련하여 위 부칙조항에 의하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 없다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조). 』

○ 제10쪽 제16~17행의 ⁠“원고의 2016년 매출액이 약 124억 원인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로”를 ⁠“원고의 2016년 매출액이 약 124억 원인 사실은 앞에서 본 바와 같고, 그 매출액에서 이 사건 금원(약 5억 9,000만 원)을 공제한다고 하더라도 매출액은 약 118억 원에 이르므로”로 고쳐 쓴다.

○ 제11쪽 제3행의 ⁠“이와 다른 전제에 선 원고의 제2 주장도 받아들이지 않는다”를 ⁠“따라서 원고(AAA)를 ⁠‘소기업’으로 보아 중소기업 특별세액감면비율 30%를 적용하여야 한다는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다”로 고쳐 쓴다.

3) 가산세 관련 주장에 대한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2013. 6. 27. 선고

2011두17776 판결 등 참조).

2) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제18, 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고는 2011. 4. 19. ○○군수에게 ○○군 ○○면 ○○리에서 ⁠‘콘크리트타일, 기와, 벽돌 및 블록 제조업’을 업종으로 하는 공장의 대표자 및 회사명을 기존의 ⁠‘대표자 HHH, 회사명 III 합자회사’에서 ⁠‘대표자 원고, 회사명 AAA’로 변경하는 내용의 공장등록변경을 신청한 사실, ② ○○군수는 2011. 4. 20. ⁠‘산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률’에 따라 위 신청을 수리하였고, 그 결과 공장등록대장에 원고가 운영하는 위 공장의 업종이 ⁠‘콘크리트타일, 기와, 벽돌 및 블록 제조업’으로 등록된 사실이 인정되기는 한다.

그러나 위와 같은 수리 및 등록은 폐기물처리업뿐만 아니라 제조업도 영위하는 원고의 신청을 그대로 받아들인 것에 불과할 뿐, 이로써 원고가 영위하는 주된 업종이 제조업이라는 ○○군수의 판단이 내려졌다고 볼 수는 없다. 설령 그러한 판단이 있었다고 가정하더라도, 이는 구 중소기업기본법 시행령 등 관련 규정의 문언에 배치되는 독자적인 해석일 뿐이어서 이를 두고 세법해석상 견해의 대립이 있다고 보기도 어렵다. 오히려 원고는 중소기업 특별세액감면비율에 관하여 피고 등 과세당국에 질의하지 않은 채 자기 나름의 해석을 한 것으로 보이고, 원고가 그 납세의무위반을 회피하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 볼 만한 자료를 찾을 수 없다. 환경부에서 작성한 ⁠‘폐기물 재활용업의 제조업 해당 여부에 대한 안내’ 공문서(갑 제42호증)도 폐기물재활용업과 제조업이 복합적으로 이루어질 경우 한국표준산업분류상 부가가치가 큰 활동이 주된 산업으로 분류된다는 내용일 뿐이어서, 이 공문서를 근거로 세법해석상 견해의 대립이 있다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

4. 청구취지변경 불허 부분에 대한 판단

원고는 별지1 ⁠‘추가된 청구취지’ 기재 중 각 종합소득세 부과처분 부분(가.항 부분)이 이 사건 과세처분과 청구의 기초가 동일하여 청구취지변경의 요건을 갖추었음에도, 제1심 법원이 그 청구취지변경을 불허한 것은 부당하다고 주장한다.

살피건대, 행정소송법 제8조 제2항에 의하여 행정소송에 준용되는 민사소송법 제262조는 청구의 기초가 바뀌지 아니하는 한도 안에서 청구의 취지를 바꿀 수 있도록 규정하고 있다. 동일한 생활 사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁에 있어서 그 해결방법에 차이가 있음에 불과한 청구취지 및 청구원인의 변경은 청구의 기초에 변경이 없다고 할 것이나(대법원 2012. 3. 29. 선고 2010다28338, 28345 판결 등 참조), 행정처분의 취소 또는 변경을 구하는 소송에 있어서 취소 또는 변경을 구하는 행정처분이 다른 경우에는 그 소송의 목적물이 달라지므로 그 행정처분의 변경에 의한 청구의 변경은 특단의 사유가 없는 한 허용되지 않는다(대법원 1963. 2. 21. 선고 62누231 판결등 참조).

이 사건에 관하여 보건대, 위 ⁠‘추가된 청구취지’ 기재 각 종합소득세 부과처분과 이 사건 과세처분은 각각 다른 과세기간에 발생한 소득을 대상으로 하는 독립된 과세처분이고, 설사 위 각 처분에 대한 취소청구의 일부 쟁점(중소기업 특별세액감면비율 등)이 공통된다고 하더라도 이를 동일한 생활사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁이라고 보기는 어려우므로, 청구의 기초가 동일한 경우에 해당한다고 평가할 수는 없다.

따라서 위 ⁠‘추가된 청구취지’ 기재 중 각 종합소득세 부과처분 부분이 청구취지변경의 요건을 갖추었다고 할 수 없으므로, 제1심 법원이 그 청구취지변경을 불허한 것은 부당하다고 볼 수 없고, 이와 같이 청구취지변경을 불허한 이상 위 부분 청구는 법원의 심판대상이 되지 아니한다.

이와 관련하여 원고는 위 청구취지변경신청이 따로 별도의 소를 제기하면서 관련 청구의 병합을 신청한 것과 다르지 않다는 취지의 주장도 하나, 2019. 3. 27.자 청구취지 및 청구원인 변경신청의 형식과 내용, 당시 원고의 의사 등에 비추어 볼 때, 위 청구취지변경신청을 별도의 소를 제기한 것과 마찬가지로 취급할 수는 없다. 또한 원고는 제1심 법원이 원고에게 위 청구취지변경 대신 별도의 소를 제기할 수 있도록 석명권을 행사할 의무를 해태하였다는 취지의 주장도 하나, 변론주의의 원칙 및 소송대리인의 역할 등에 비추어 볼 때, 그러한 내용의 석명의무를 인정하기는 어렵다. 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들이지 아니한다.

5. 결론

그렇다면 이 법원에서 교환적으로 변경한 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다(2017. 12. 1.자 종합소득세 및 개인지방소득세 과세처분의 취소를 구하는 구소는 이 법원에서 이루어진 교환적 변경 등으로 취하되어 이에 대한 제1심판결은 실효되었다).

출처 : 대전고등법원 2020. 08. 13. 선고 대전고등법원 2019누12881 판결 | 국세법령정보시스템