요지

적격합병·분할에 해당하는 이 사건 합병‧분할로 인하여 이 사건 양도자산이 원고나 분할신설법인에게 이전된 때를 기준으로 이 사건 양도자산의 양도가액을 법인세법 제52조 제2항이 정한 ⁠‘시가’로 산정하여 교육세의 과세표준인 수익금액을 계산하는 것은 허용될 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에 대하여 한, 2016. 8. 24.자 2015년 3기 교육세 7,410,852,308원,

2016. 8. 25.자 2014년 3기 교육세 95,277,268원의 각 감액경정청구거부처분을 모

두 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 고치거나 추가하는 것 외에는

제1심 판결문 2~3쪽에 기재된 ⁠‘1. 처분의 경위’ 항목 부분 기재와 같으므로, 행정소송법

제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 2쪽 8행의 ⁠“법인세법상 적격분할 방식으로”를 ⁠“분할되는 회사가 존속하면서 분할되 는 회사의 주주가 신설회사의 주주가 되는 인적분할의 방식으로”로 고친다.

○ 2쪽 10~11행의 ⁠“법인세법상 적격합병 방식으로 흡수합병(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라

한다)”을 ⁠“흡수합병 방식으로 합병(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 하고, ⁠‘이 사건 분할’과 ⁠‘이

사건 합병’을 통틀어 ⁠‘이 사건 분할․합병’이라 한다)”으로 고친다.

○ 2쪽 본문 아래에서 7행의 ⁠“유가증권, 유‧무형 자산”을 ⁠“영업권과 유․무형자산”으로

고친다.

○ 2쪽 본문 아래에서 4행의 ⁠“이하” 다음에 ⁠“이 사건 분할․합병으로 인한 이 사건 양

도자산의 양도차익을”을 추가한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 사정들에 비추어 볼 때, 교육세의 과세요건이 충족

되지 않았음에도 아무런 법적 근거 없이 이루어진 것으로서 위법하다.

1) 교육세의 과세표준인 ⁠‘수익금액’은 개별적인 손익거래에서 발생하는 것인데, 이 사

건 분할․합병은 손익거래가 아닌 자본거래이므로 이를 통해 피합병법인이나 원고에게

수익이 발생하지 않는다. 또한 이 사건 분할․합병으로 인한 자산․부채의 승계는 포괄적 으로 이루어지고 이에 대한 대가도 포괄적으로 지급되므로, 개별적인 자산의 매각 대

가를 확정할 수도 없다. 따라서 이 사건 분할․합병은 교육세 과세 계기가 된다고 볼 수

없다.

2) 법인세법의 합병 및 분할 등에 관한 특례 규정(제44조 내지 제46조의5)을 교육세

에도 준용한다면, 이른바 적격합병․적격분할에 관한 과세표준 산정 규정인 법인세법 제

44조 제2항 및 제46조 제2항에 따라 이 사건 양도자산의 양도가액을 장부가액으로 보

아야 하므로 이 사건 양도차익(양도가액과 취득가액의 차액)은 0원이다. 만일 위 규정

들이 교육세에 준용되지 않는다고 보면, 이 사건 양도차익은 일반적으로 공정․타당하다 고 인정되는 기업회계기준이나 관행을 적용하여 평가하여야 하는데, 원고는 기업회계

기준에 따라 이 사건 분할․합병으로 인한 어떠한 손익도 인식하지 않았으므로, 이 경우

에도 이 사건 양도차익은 0원이다.

3) 이 사건 양도차익을 이 사건 양도자산의 시가에서 취득가액을 차감한 액수로 산정

할 아무런 법률적 근거가 없다. 또한 이 사건 분할․합병과 같은 법인세법상 적격합병․적

격분할로 인한 개별 자산의 양도차익을 해당 자산의 시가에서 취득가액을 차감한 액수 로 산정하고 이에 대하여 교육세를 부과하게 되면, 추후 해당 자산을 양도할 때 동일

한 양도차익에 대하여 교육세가 이중으로 부과되는 결과를 초래하게 되어 부당하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 세법이 규정하는 과세요건과 부과징수절차에 관한 규정은 조세법률주의의 원칙상

이를 업격하게 해석적용하여야 하고 행정편의를 위한 확장해석이나 유추적용은 허용되

지 않는다(대법원 1988. 5. 24. 선고 88누1073 판결 등 참조).

나) 구 교육세법(2015. 12. 29. 법률 제13620호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은

‘금융․보험업자의 수익금액’을 교육세의 과세표준으로 정하면서(제5조 제1항 제1호) 위

수익금액을 금융․보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익․

상환익, 보험료, 그 밖에 대통령령으로 정하는 금액으로 규정하고 있고(제5조 제3항),

위 규정의 위임에 따라 구 교육세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26953호로 개정

되기 전의 것, 이하 같다)은 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익 등을 수익금

액에 포함시키고 있다(제4조 제1항 제7호, 제8호). 또한 구 교육세법은 유가증권의 매

각익․상환익을 ⁠‘유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액에서 법인세법 제41조 에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액’으로 정하고 있을 뿐, 교육세 과세표준이 되는

수익금액의 계산에 관하여는 대통령령이 정하도록 위임하고 있는데(제5조 제3항), 구

교육세법 시행령은 유가증권의 매각익, 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익의

구체적인 계산 방법에 관하여는 아무런 규정을 두고 있지 않다.

다) 구 교육세법 제7조는 금융․보험업자의 수익금액의 귀속시기에 관하여 법인세법 제

40조 및 제43조를 준용하고 있는데, 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개

정되기 전의 것, 이하 같다) 제40조는 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속

사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하도록 정하면서(제1

항), 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정

하도록 위임하고 있고(제2항), 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할

때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반

적으로 공정․타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여

온 경우에는 구 법인세법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고 는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다고 정하고 있다.

라) 한편 구 법인세법은 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을

합병법인에 양도한 것으로 보고, 이 때 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인 이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하도

록 정하고 있는데, 여기서 말하는 ⁠‘양도손익’은 ⁠‘피합병법인이 합병법인으로부터 받은

양도가액’에서 ⁠‘피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장

부가액 총액을 뺀 가액’(이하 ⁠‘순자산 장부가액’이라 한다)을 뺀 금액을 의미한다(제44

조 제1항 참조). 다만 구 법인세법 제44조 제2항 각호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하

‘적격합병’이라 한다)의 경우에는 ⁠‘피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액’을

‘피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액’으로 보아 양도손익이 없는 것으로

할 수 있도록 정하고 있다(제44조 제2항 참조). 그리고 구 법인세법 제44조 제4항은

양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산 등에 관하여 필요

한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는데, 이에 따라 구 법인세법 시행령(20

16. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항은 ⁠‘양

도가액’을 △ 적격합병의 경우에는 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산장부가액으 로 하고, △ 그 외의 경우에는 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병

법인의 주식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액과 합병법인이 납부하는

피합병법인의 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세와 지방세 합계액을 모두 더한 금

액으로 하도록 규정하고 있다.

또한 구 법인세법은 내국법인이 분할(물적분할은 제외한다)한 후 존속하는 경우에도

분할한 사업부문의 자산을 분할신설법인등에 양도함으로써 발생하는 양도손익은 분할

법인이 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입

하도록 정하고 있는데, 여기서 말하는 ⁠‘양도손익’은 ⁠‘분할법인이 분할신설법인등으로부

터 받은 양도가액’에서 ⁠‘분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현재의 순자산 장부

가액’을 뺀 금액을 의미한다(제46조의5 제1항 참조). 다만 구 법인세법 제46조 제2항

각호의 요건을 모두 갖춘 분할(이하 ⁠‘적격분할’이라 한다)의 경우에는 ⁠‘분할법인이 분

할신설법인등으로부터 받은 양도가액’을 ⁠‘분할법인의 분할한 사업부문의 분할등기일 현

재의 순자산 장부가액’으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다(제46조의5 제2

항, 제46조 제2항 참조). 그리고 구 법인세법 제46조의5 제3항, 제46조 제3항은 양도

가액 및 순자산 장부가액의 계산, 분할대가의 계산 등에 관하여 필요한 사항은 대통령

령으로 정하도록 위임하고 있는데, 이에 따라 구 법인세법 시행령 제82조 제1항은 ⁠‘양

도가액’을 △ 적격분할의 경우에는 분할법인등의 분할등기일 현재의 순자산장부가액으 로 하고, △ 그 외의 경우에는 분할신설법인등이 분할로 인하여 분할법인의 주주에 지

급한 분할신설법인등의 주식의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액과 분할신

설법인등이 납부하는 분할법인의 법인세 및 그 법인세에 부과되는 국세와 지방세의 합

계액을 모두 더한 금액으로 하도록 규정하고 있다.

2) 구체적 판단

앞서 든 증거와 갑 제6, 9 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알

수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리와 관련 법령의 내용에 비추어 살피건대,

적격합병·적격분할에 해당하는 이 사건 분할․합병으로 인하여 이 사건 양도자산이 원고 나 분할신설법인에게 이전된 때를 기준으로 이 사건 양도자산의 양도가액을 법인세법

제52조 제2항이 정한 ⁠‘시가’로 산정하여 교육세의 과세표준인 수익금액을 계산하는 것 은 허용될 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하므 로 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

가) 구 교육세법령은 금융․보험업자의 수익금액에 해당하는 항목을 열거하면서, 각 과

세기간분의 수익금액의 총액을 교육세의 과세표준으로 삼고 있는데, 합병․분할로 인하

여 발생하는 자산의 이전을 통해 발생하는 양도차익은 구 교육세법령에서 열거하고 있 는 수익금액의 항목으로 별도로 명시되어 있지는 않다.

나) 원고는 이 사건 분할로 분할신설법인에 승계시킨 자산 중 유․무형자산, 신용카드채

권, 기타 부채의 시가 평가액과 세무상 장부가액의 차액이 각각 교육세 과세표준인 수

익금액에 포함되는 고정자산처분익, 기타영업수익, 기타영업외수익에 해당하고, 이 사

건 합병을 통해 피합병법인으로부터 승계한 자산 중 유가증권, 유․무형자산, 대출채권 이 각각 유가증권매각익, 기타영업수익에 해당함을 전제로, 위 자산들의 가액을 시가로

평가한 금액에서 위 자산들의 장부가액을 뺀 금액을 교육세 과세표준에 합산하여 이

사건 분할․합병에 관한 교육세를 신고․납부하였다(갑 제10호증 참조).

그런데 자산의 이전에 따른 양도차익은 이자, 배당금, 수수료, 보증료 등의 항목과 달

리 양도차익을 산정하는 기준을 반드시 필요로 하는데, 구 교육세법령은 유가증권매각

익을 ⁠‘유가증권의 매각에 따라 지급받은 금액에서 법인세법 제41조에 따라 계산한 취

득가액을 차감한 금액’으로 규정하는 것 외에는(구 교육세법 제5조 제3항 참조), 유가

증권매각익, 고정자산처분익, 기타영업수익 및 영업외수익 등 이 사건 양도차익이 해

당한다고 전제한 항목들의 계산에 관하여 다른 규정을 두고 있지 않다.

다) 구 교육세법 제7조에 의하여 준용되는 구 법인세법 제43조는 내국법인의 각 사업

연도의 소득금액을 계산할 때 자산․부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정․타

당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 다

른 법률에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에

따르도록 규정하고 있다. 원고는 적격합병․적격분할에 해당하는 이 사건 분할․합병을 할

당시 한국채택국제회계기준(K-IFRS)에 따라 이 사건 양도자산을 장부가액으로 이전

하는 것으로 회계처리를 함으로써 이 사건 양도자산의 처분손익을 인식하지 않았는데

(갑 제6, 8호증 참조), 앞서 본 바와 같이 구 교육세법은 합병․분할로 인한 자산의 양

도차익에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 않고, 원고는 일반적으로 공정․타당하다고

인정되는 기업회계기준을 적용하여 이 사건 양도자산의 처분손익을 인식하지 않았으므 로, 이 사건 양도차익을 0원이라고 보는 것이 구 교육세법 제7조, 구 법인세법 제43조

에도 부합한다.

라) 나아가 이 사건 양도차익을 이 사건 양도자산의 ⁠‘시가’에서 그 취득가액을 차감하 는 방법으로 계산함으로써 교육세 과세표준을 산정할 법률적 근거를 찾기 어렵다.

그 구체적인 이유는 다음과 같다.

① 이 사건 분할․합병은 적격합병 또는 적격분할에 해당하고, 구 법인세법은 적격합병․

적격분할의 경우에는 양도가액을 취득가액과 동일한 순자산 장부가액으로 보아 양도손

익이 없는 것으로 하여 합병법인 또는 분할법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그 에 대한 과세를 이연하도록 정하고 있으므로(구 법인세법 제44조 제2항, 제46조의5

제2항, 제46조 제2항 참조), 위 규정들에 의하면 이 사건 분할․합병으로 인한 이 사건

양도차익은 0원으로 봄이 타당하다. 이에 대해 피고는 구 법인세법 제44조 제1항 및

제46조의5 제1항은 법인세법상 손익 귀속시기에 관한 원칙인 권리의무확정주의에 부

합하는 일반규정이지만, 구 법인세법 제44조 제2항 및 제46조의5 제2항, 제46조 제2

항은 적격합병․적격분할에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하는 특례규정이

므로 명문의 규정이 없는 한 교육세에 관하여 준용 또는 유추적용될 수 없다는 취지로

주장하나, 위 규정들은 모두 합병․분할로 인한 자산의 양도손익의 산정방법에 관한 구

법인세법 규정들로서 이를 원칙과 예외규정으로 나누어 준용 또는 유추적용 여부를 달

리 볼 이유가 없다.

② 구 법인세법령은 적격합병․적격분할이 아닌 경우에 합병․분할로 인한 양도손익을 계

산하기 위한 자산의 양도가액을 ⁠‘피합병법인 또는 분할법인의 주주 등이 지급받는 주

식등의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액’과 ⁠‘합병법인 또는 분할신설법인

등이 납부하는 피합병법인 또는 분할법인의 법인세 등의 합계액’을 더한 금액으로 규

정하고 있고(구 법인세법 제44조 제1항, 제46조의5 제1항, 같은 법 시행령 제80조 제

1항 제2호, 제82조 제1항 제2호 참조), 구 교육세법도 유가증권의 매각익․상환익에 관

하여 ⁠‘유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액’을 유가증권의 양도가액으로

정하고 있을 뿐이다(제5조 제3항 참조).

③ 한편 구 법인세법령은 합병법인 또는 분할신설법인이 적격합병․적격분할이 아닌 합

병․분할로 자산을 이전받은 경우에는 그 자산을 현재의 시가로 양도받은 것으로 보도

록 정하고 있고(구 법인세법 제44조의2 제1항, 제46조의2 제1항), 적격합병․적격분할 을 통해 자산을 이전받은 경우에도 양도받은 자산의 가액을 시가로 계상하되, 시가에

서 장부가액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하는 방법으로 처리하도록 규정하고

있기는 하나(구 법인세법 시행령 제80조의4 제1항, 제82조의4 제1항), 위 규정들은

합병․분할로 인하여 자산을 양수받는 합병법인 또는 분할신설법인의 합병매수차익 또 는 분할매수차익의 처리에 관한 규정으로서 합병․분할을 통해 이전되는 자산의 양도차

익을 산정하는 근거로 삼을 수 없다.

④ 피고는 대법원 2019. 1. 31. 선고 2014두41411 판결 등의 취지에 비추어 보면, 과

세표준에 관한 직접적인 계산 규정이 없더라도 그 산정방식이 객관적이고 합리적이라

면 위법하지 않다는 취지로 주장하나, △ 위 대법원 판결은 구 상속세 및 증여세법(20

10. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항, 제4항1)에 따라 증여세

과세대상인 ⁠‘증여’행위에 해당하는 것으로 인정된 사안에서 해당 증여이익의 산정방식 이 결과적으로 위법하지 않다고 판단한 것에 불과할 뿐, 과세표준에 관한 직접적인 계

산 규정이 없는 경우 그 산정방식이 객관적이고 합리적이라면 위법하지 않다는 취지의

판결로 보기 어렵고, △ 피고의 위 주장은 조세법률주의에 위반되는 것이므로 받아들

일 수 없다.

마) 이 사건 분할․합병과 같이 적격합병․적격분할에 해당하여 구 법인세법 제44조 제2

항, 제46조의5 제2항, 제46조 제2항 등에 따라 자산의 양도손익이 없는 것으로 보는

경우에도 해당 자산의 양도로 인하여 교육세 과세표준인 수익금액이 발생한 것으로 보

아 교육세를 과세한다면, 추후에 해당 자산이 재차 양도되는 경우 합병법인 또는 분할

법인은 동일한 자산에 대하여 이중으로 교육세를 납부할 위험을 부담하게 되어 부당하

다. 이에 대해 피고는 일부 양도차익에 대하여 교육세가 이중으로 부과되는 결과가 발

생하더라도, 이는 이 사건 각 처분의 위법사유가 아니라 추후에 신고․납부한 교육세에

대한 경정사유가 될 뿐이고, 교육세의 목적이나 낮은 세율 등을 고려할 때 위법하다고

볼 수 없다고 주장하나, △ 위와 같은 사유가 국세기본법 제45조의2에서 정하는 경정

청구 사유에 해당한다고 단정하기 어려울 뿐만 아니라, 설령 추후 이중으로 납부한 교

육세에 대하여 경정청구가 가능하다고 보더라도, 납세의무자로 하여금 법률의 명시적

인 규정이 없음에도 해석을 통해 교육세를 이중으로 부담하도록 하는 것이 정당화된다 고 볼 수는 없으며, △ 부가가치세의 납부가 면제되는 금융․보험업자에게 교육재정 확

충에 드는 재원을 확보하는 것을 목적으로 하는 교육세의 입법목적이나 부가가치세․법

인세 등 다른 세금에 비하여 낮은 세율(0.5%)이 적용되므로 원본잠식의 우려가 없다 는 사정만으로는 동일한 과세대상에 대한 교육세의 이중과세를 용인하는 것이 교육세

법을 제정한 입법자의 의사라고 보기 어려우므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을

달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 각 처

분을 취소한

출처 : 서울고등법원 2020. 11. 04. 선고 서울고등법원 2020누31677 판결 | 국세법령정보시스템