요지

매입세액공제 대상 거래를 실제로 하였다는 점에 관한 입증 책임 및 구체적 비용지출 사실에 관한 입증 책임은 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자에게 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분에 관한 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2019. 3. 11. 한 2009년 귀속 법인세 39,266,700원 및 2009년 1기분 부가가치세 31,728,980원의 각 부과처분, 2019. 3. 10. 한 소득금액변동통지처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 섬유제조업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다.

나. 원고는 20**. *. **.부터 같은 해 *. **.까지 주식회사 CC(이하 ⁠‘CC’라 한다)로부터 공급가액 합계 119,661,363원 상당의 세금계산서 4매(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취한 뒤, 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2009년 제1기 부가가치세를 신고․납부하고, 위 공급가액을 손금에 산입하여 2009년 귀속 법인세를 신고․납부하였다.

다. ○○지방국세청 조사국은 CC에 대해 세무조사를 실시한 뒤, 이 사건 세금계산서가 실물 거래 없이 수수된 것이라고 판단하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

라. 이에 피고는 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 불공제하고, 해당 공급가액을 손금불산입하여, 2019. 3. 11. 원고에게 2009년 제1기 부가가치세 31,728,980원, 2009년 귀속 법인세 39,266,700원을 경정․고지하고, 위 공급가액 및 부가가치세의 합계액인 131,625,000원을 대표자상여로 소득처분(소득자: DDD)하여 소득금액변동통지를 하였다(이하 부가가치세 및 법인세 부과 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 하고, 소득금액변동통지 부분을 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라 한다).

마. 원고와 DDD는 2019. 5. 14. 각각 이 사건 처분과 이 사건 소득금액변동통지처분에 대해 조세심판원에 심판청구하였으나, 2019. 11. 19. 원고의 청구는 기각되었고, DDD의 청구는 각하되었다.

2. 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지처분에 관한 부분의 적법 여부

국세기본법 제56조 제2항에 의하면, 세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 국세기본법에서 정한 심사청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다. 그런데 원고는 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였을 뿐이고, 이 사건 소득금액변동통지 처분에 관하여 국세기본법에서 정한 심사청구 또는 심판청구를 거친 사실을 인정할 아무런 증거가 없으며, 다만, DDD가 자신에 대한 소득금액변동통지에 대해 심판청구를 제기하였을 뿐이다.

여기에서 DDD가 위와 같이 심판청구를 제기하였으므로, 원고가 이 사건 소득금액변동통지처분에 관한 전심절차를 거친 것으로 보거나, 별도로 전심절차를 거칠 필요가 없다고 볼 수 있을지가 문제된다. 법인세와 종합소득세는 각기 독립한 별개의 처분이므로, 법인이 법인세 부과처분 및 인정상여처분을 대상으로 전심절차를 거쳤다 하더라도, 당연히 그 인정상여의 귀속자에 대한 종합소득세 부과처분 취소소송의 전심절차를 거친 것으로 볼 수는 없고, 또한 중복하여 전심절차를 거칠 필요가 없는 경우에도 해당하지 않는다(대법원 2006. 12. 7. 선고 2005두4106 판결 참조).

한편, 납세의무자가 소득금액변동통지에 대하여만 이의신청이나 심사 및 심판청구를 하였더라도, 그 취지 중에 소득금액변동통지에 따른 과세처분의 취소까지 구하는 취지가 포함되어 있었다면, 그 당부에 관한 결정에는 과세처분의 당부에 관한 실질적인 심리판단이 있었다고 볼 것이므로 그에 관한 과세처분취소소송에 관하여는 국세기본법 소정의 전심절차를 거쳤다고 볼 수 있다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10695 판결 참조). 위와 같은 법리에 비추어 보면, DDD의 위와 같은 심판청구가 법률상 이익이 없어 부적법함(대법원 2015. 3. 26. 선고 2013두9267 판결 등 참조)은 별론으로 하더라도, 이 사건 소득금액변동통지처분(인정상여처분)이 이루어지면 이에 근거하여 DDD에 대한 종합소득세부과처분이 이루어지게 되는 것으로서, 비록 원고에 대한 법인세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지처분이 동일한 법인 소득에 근거를 두고 있고, 위와 같이 DDD가 이 사건 소득금액변동통지처분에 대한 심판청구로 그에 따른 종합소득세 부과처분의 취소까지 구한 것으로 본다고 하더라도, 법인세와 종합소득세는 위와 같이 독립한 별개의 처분이어서 법인의 소득금액변동통지처분에 대한 심판청구가 인정상여의 귀속자에 대한 종합소득세부과처분에 대한 전심절차로 볼 수 없는 것과 마찬가지로, DDD의 위 심판청구를 들어 원고가 이 사건 소득금액변동통지처분에 대한 전심절차를 거쳤다고 보거나, 이를 거칠 필요가 없다고 볼 수는 없다.

따라서 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 CC로부터 특정 원사(TR 30s, 이하 ⁠‘이 사건 원사’라 한다)를 공급받아야 했는데, CC와 거래관계가 없어 곤란한 상황이었다. 이에 원고는 CC와 거래관계가 있던 EE의 대표이사 FFF에게 도움을 요청하였고, FFF이 CC 측에 자신이 원고로부터 대금을 직접 받아 CC에 대금이 지급되는 것을 보장하겠다고 하여 거래가 성사되었다. 이에 원고는 이 사건 원사를 CC로부터 공급받고 세금계산서도 CC와 사이에 수수하였으나, 대금은 EE을 통해 CC에 지급하였다. 결국, EE은 대금을 전달하는 역할만으로 하였을 뿐이므로, 이 사건 원사 거래는 원고와 CC 사이에 이루어졌다고 할 것이어서, 이 사건 세금계산서는 실제 거래에 맞게 수수되었다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부가가치세 납세의무자가 매입세액공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어, 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등).

한편, 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액이 실지비용인지 여부가 다투어지는 경우 과세관청에 의해 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되고, 납세의무자가 신고내역대로의 비용지출은 아님을 시인하면서 같은 금액만큼의 다른 비용지출이 있었다고 주장하는 이상 그 신고 비용과 다른 비용의 존재와 액수에 관해서는 구체적 비용지출 사실에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 입증할 필요가 있다(대법원 2005. 6. 10. 선고 2004두14168 판결 참조).

2) 앞서 든 증거들에 갑 제7 내지 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 세금계산서 중 2009. 4. 15.자 세금계산서에는 원고가 CC로부터 5,443.2kg 및 9,072kg의 이 사건 원사를 공급받은 것으로 기재되어 있고, 2009. 4. 30.자 세금계산서 중 두 번째 세금계산서에는 원고가 CC로부터 21,183.12kg의 이 사건 원사를 공급받은 것으로 기재되어 있는 사실, 원고의 입출고 내역 장부에는 원고가 2009. 4. 3. 5,443.2kg, 2009. 4. 7. 9,072kg, 2009. 4. 17. 및 같은 달 24. 21,183.12kg의 이 사건 원사를 공급받은 것으로 기재되어 있는 사실, 원고가 2009. 4. 8.부터 2009. 10. 8.까지 7차례에 걸쳐 합계 131,000,000원을 FFF에게 지급했던 사실, 원고가 이 사건 원사의 운임대금을 지급했던 사실, EE 측에서 작성한 원고에 대한 매출처 원장에는 이 사건 원사와 관련된 거래내역이나 대금지급내역이 기재되어 있지 않은 사실이 각 인정된다.

3) 그러나 앞서 든 증거들에 을 제4호증의 기재, 증인 FFF의 증언 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서에 기재된 원고와 CC 사이의 거래 및 그로 인한 비용의 용도와 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다고 봄이 타당하고, 앞서 인정한 사실들 및 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 세금계산서에 기재된 공급자인 CC와 실제로 거래를 한 사실 및 이 사건 원사 거래로 인한 구체적인 비용지출 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 CC와 거래하기 위해 기존에 CC와 거래관계가 있던 FFF을 통해 대금을 지급하기로 하였을 뿐 이 사건 원사의 거래는 원고와 CC 사이에 직접 이루어졌다는 취지로 주장한다. 그러나 FFF을 통해 CC에 대금을 지급한다고 하여 보증의 효력이 발생한다고 볼 수는 없으므로, 원고의 위 주장은 상식적으로 쉽게 납득하기 어렵다. 또한 FFF은 이 법정에서 EE이 CC로부터 이 사건 원사를 구입하여 원고에게 공급하였다는 취지로 진술하였는바, 이처럼 원고의 주장과 FFF의 진술이 일치하지 않아 이 사건 원사의 거래 경위에 관한 원고의 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.

② 총 4매의 이 사건 세금계산서 중 앞서 본 2매의 세금계산서에 기재된 거래수량에 부합하는 내용이 원고의 입출고 내역 장부에 기재되어 있기는 하나, 해당거래에

대한 위 장부 내용에는 ⁠‘EE’로부터 이 사건 원사를 공급받은 것으로 기재되어 있을 뿐, CC에 관한 기재는 찾아볼 수 없다. 만약 원고 주장과 같이 CC와 거래하면서 그 대금만 EE을 통해 지급한 것이라면, 위 장부에 ⁠‘복조’로부터 원사를 공급받은 것으로 기재할 이유는 없었을 것으로 보인다. 나아가 다른 2매의 세금계산서에 부합하는 거래내역은 위 장부에 기재되어 있지도 않다.

③ 원고가 FFF에게 지급한 131,000,000원이 CC에게 지급되었음을 인정할 수 있는 아무런 객관적 자료도 확인되지 않는다. FFF은 이 법정에서 원고로부터 지급받은 이 사건 원사 대금을 모두 현금으로 CC에게 지급하였다고 진술하였으나, 대금의 액수에 비추어 그 대금을 모두 현금으로 지급하였다는 것은 이례적인 점, 현금으로 지급한 이유나 현금 인출내역에 대해서는 잘 모르겠다고 진술한 점, 대금을 현금으로 지급하였다면 CC 측으로부터 영수증을 교부받았어야 할 것인데 이러한 자료도 확인되지 않는 점 등에 비추어 보면, FFF의 위 진술은 그대로 믿기 어렵다.

④ CC에 대한 세무조사 과정에서, 대표이사인 GGG은 원고에 대해 세금계산서를 발급한 이유에 대해 ⁠“일부 매출처에서 세금계산서를 발행하면 거래할 수 없다고 하여 부득이 세금계산서를 발행하지 않았다. 부가가치세 신고시 위와 같은 무자료 매출로 인해 동종업자에 비해 부가가치율이 낮아 고민하던 중, 친분이 있는 사업자로부터 세금계산서 발행 요구가 있으면 고민해결 차원에서 조건 없이 가공의 세금계산서를 발행한 사실이 있다”는 취지로 진술하여, 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 수수된 것임을 인정하였다. GGG은 이러한 진술은 허위 세금계산서 수수로 인한 형사처벌의 위험을 감수하고 이루어진 것이어서 그 신빙성을 쉽게 배척할 수 없다.

⑤ 다만, 원고의 입출고 내역 장부에는 원고가 이 사건 원사를 EE으로부터 공급받은 내역이 기재되어 있는 점, 원고가 이 사건 원사의 운임대금을 지급했던 점, 원고의 금융거래내역 중 비고란에는 ⁠‘TR 원사 EE’, ⁠‘EE tr 대금’, ⁠‘EE tr’ 등이 기재되어 있고, FFF이 작성한 입금표에는 ⁠‘AA(T/R)’이라고 기재되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 원사를 공급받고 그 대금 명목의 돈을 FFF 측에게 지급하였던 것으로 보이기는 한다. 그러나 EE의 매출처원장에서는 이 사건 원사에 대한 거래내역이나 대금지급내역이 전혀 확인되지 않는 점, 원고는 EE이 아닌 CC와 이 사건 원사에 대한 거래를 하였다고 주장하고 있을 뿐 EE과 이 사건 원사에 대한 거래를 한 것은 아니라고 주장하고 있는 점 등 여러 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 원사 거래로 인한 비용의 존재와 액수 등 구체적인 비용지출 사실을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2020. 09. 22. 선고 의정부지방법원 2019구합12109 판결 | 국세법령정보시스템