요지

정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것은 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

원심판결 중 2013 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

나머지 상고를 기각한다.

  이 유

상고이유(상고이유서 제출기한이 경과한 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

가. 원고의 설립 경위 및 사업 구조

(1) 원고는 반도체 노광장비 제조업을 영위하는 **법인인 ****(이하 ⁠‘이 사건 모회사’라고 한다)가 지분 100%를 보유한 국내 자회사로서 1996. 7. 4. 설립되었다.

(2) 원고는 이 사건 모회사의 다른 자회사인 홍콩 소재 *** Ltd.(이하 ⁠‘홍콩 제1법인’이라고 한다)가 국내 반도체 제조업체들(이하 ⁠‘국내 반도체 업체’라고 한다)에 판매하는 노광장비와 관련하여, 홍콩 제1법인에는 노광장비 판매지원서비스를, 국내 반도체 업체에는 노광장비의 설치와 설치 이후 보증기간 내의 수리 및 유지관리서비스(이하 ⁠‘설치 및 보증서비스’라고 한다)를 각 제공하는 한편, 판매된 노광장비의 보증기간이 도과한 경우 국내 반도체 업체와 계약을 체결하여 유상수리 및 유지관리서비스(이하 ⁠‘보증기간 후 서비스’라고 한다)를 제공하였다.

(3) 원고는 설치 및 보증서비스와 보증기간 후 서비스에 필요한 부품(이하 ⁠‘이 사건 부품’이라고 한다)을 홍콩 제1법인의 홍콩 내 자회사인 ****(이하 ⁠‘홍콩 제2법인’이라고 하고, 홍콩 제1법인과 함께 ⁠‘홍콩법인들’이라고 한다)로부터 구매하는데, 설치 및 보증서비스로 국내 반도체 업체에 무상 제공한 부품의 대가는 홍콩 제1법인으로부터 받고, 보증기간 후 서비스 과정에서 유상판매한 부품의 대가는 국내 반도체 업체로부터 받는다.

(4) 원고는 **** 싱가포르 등 이 사건 모회사 계열사들의 요청이 있을 경우 원고가 구매한 이 사건 부품을 재판매하기도 하였다.

나. 국세청장의 원고에 대한 정상가격 산출방법 사전승인

(1) 원고는 2005. 12. 29. 국제조세조정에 관한 법률(이하 ⁠‘국제조세조정법’이라고 한다)상 국외특수관계인에 해당하는 홍콩법인들과의 거래에 대한 정상가격 산출방법에 관하여 국세청장에게 사전승인을 신청하였고, 국세청장은 2007. 12. 28. 원고의 각 거래에 대한 2005~2009 사업연도 정상가격 산출방법을 사전승인하였다(이하 ⁠‘이 사건 기존 사전승인’이라고 한다).

(2) 그중 원고와 홍콩법인들 사이의 이 사건 부품과 관련된 거래(홍콩 제1법인과 사이에서는 원고가 구매한 이 사건 부품을 설치 및 보증서비스로 국내 반도체 업체에 무상 제공한 것에 대한 대가를 받는 거래를 말하고, 홍콩 제2법인과 사이에서는 이 사건 부품을 구매하는 거래와 이를 국내 반도체 업체에 유상판매하는 거래를 통합한 거래를 말한다. 이하 ⁠‘이 사건 부품 관련 거래’라고 한다)의 정상가격 산출방법은 구 국제조세조정법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제2항 제1호 ⁠(다)목에 정한 거래순이익률방법의 순이익률 지표인 총원가가산율(매출원가 및 영업비용에 대한 거래순이익의 비율)이 6%가 되도록 가격을 조정하되{정상가격은 총발생원가(= 매출원가 + 영업비용) × 1.06이 된다. 이하 위 방법을 ⁠‘총원가가산율법’이라고 한다}, 부품원가는 이 사건 모회사가 정한 표시가격(List Price)의 60%를 적용하는 방식이다.

다. 원고의 정상가격 산출방법 변경

(1) 원고는 이 사건 기존 사전승인의 기간이 종료하였음에도 2012 사업연도까지 기존 정상가격 산출방법을 계속 적용하여 이를 바탕으로 법인세를 신고․납부하였다.

(2) 그런데 원고는 2013년경 국세청장에게 기존 정상가격 산출방법을 변경하는 내용의 사전승인 신청을 하고, 새로운 산출방법에 따라 산정된 2013 사업연도 법인세를 신고․납부하였다. 이후 원고는 국세청과 정상가격 산출방법 사전승인에 관한 협의를 하였으나, 원고에 대한 세무조사 착수로 협의가 중단되자, 2015. 11. 20. 위 사전승인 신청을 철회하였다.

라. 피고의 과세처분

(1) 중부지방국세청장은 2014. 8.경부터 2014. 12.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 피고에게 정상가격에 의한 과세조정에 관한 과세자료를 통보하였는데, 그 주요한 내용은 다음과 같다.

① 원고가 2013 사업연도에 이 사건 기존 사전승인과 달리 판매지원서비스 및 재판매 부품 구매비용에 대하여 구 국제조세조정법 시행령 제4조 제2항 제1호 ⁠(라)목에 정한 거래순이익률방법을 적용한 것은 부당하다고 보고, 위 각 거래에 대하여 이 사건 기존 사전승인 방법을 그대로 적용하여 산정한 금액과 원고의 2013 사업연도 신고금액의 차액 합계 15,501,634,845원(= 판매지원서비스 13,607,619,425원 + 부품 재판매거래 1,894,015,420원)을 익금산입하였다(이하 ⁠‘제1 과세조정’이라고 한다).

② 원고와 홍콩법인들 사이의 이 사건 부품 관련 거래와 관련하여 이 사건 부품의정상가격이 표시가격의 60%가 아니라 100%임에도 원고가 낮은 표시가격으로 부품을 구매한 것으로 신고하여 정상가격 산정 기준인 거래순이익률방법(영업이익/총발생원가)의 분모에 해당하는 총발생원가(= 매출원가 + 영업비용) 중 매출원가를 과소계상하였다고 판단하여, 2010 사업연도부터 2013 사업연도까지 이 사건 부품의 표시가격 100%와 60%의 차액에 해당하는 표시가격 40%에 총원가가산율 6%를 적용한 금액 합계 20,398,842,214원(= 2010 사업연도 2,762,122,492원 + 2011 사업연도 4,645,466,538원 + 2012 사업연도 5,483,638,045원 + 2013 사업연도 7,507,615,139원)을 익금산입하였다(이하 ⁠‘제2 과세조정’이라고 한다).

(2) 위와 같은 과세자료를 통보받은 피고는 원고에게, ① 2015. 9. 4. 2013 사업연도 법인세 3,262,222,640원의 부과처분(제1 과세조정에 의한 부분)을 하였고, ② 2015. 11. 9. 2010 사업연도 1,682,879,720원, 2011 사업연도 2,025,987,170원, 2012 사업연도 3,161,718,030원, 2013 사업연도 2,987,079,900원의 각 법인세 부과처분(제2 과세조정 등에 의한 부분)을 하였다.

마. 피고의 세액 감액 경정

피고는 원고의 심판청구에 따른 조세심판원의 결정에 따라, 2017. 9. 20. 위 각 부과처분에 의한 법인세를 2010 사업연도 737,964,926원, 2011 사업연도 1,184,262,679원, 2012 사업연도 1,313,962,265원, 2013 사업연도 4,853,031,144원으로 감액 경정하는 결정을 하였다(2013 사업연도의 경우 2015. 9. 4. 부과된 세액과 2015. 11. 9. 부과된 세액이 함께 위 4,853,031,144원으로 감액되었다. 결과적으로 2010~2012 사업연도 법인세는 제2 과세조정에 따른 것이고, 2013 사업연도 법인세는 제1 과세조정과 제2 과세조정에 따른 것이다. 위와 같이 감액된 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 상고이유 제1점(제1 과세조정 관련 상고이유)에 관하여

가. 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 과세관청이 부과고지한 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 따라 판단하는 것이므로 사실심 변론종결 시까지 제출된 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하고 그 전부를 취소할 것은 아니다(대법원 2016. 8. 24. 선고 2016두38839 판결 등 참조).

나. 원심이 인용한 제1심판결 이유와 원심판결 이유에 의하면, 원심은 원고의 2013사업연도 법인세와 관련된 제1 과세조정 중 부품 재판매 거래 부분과 관련하여 피고가 재판매부품의 원가를 표시가격의 60%가 아니라 100%로 보고 정상가격을 산정하였다고 인정하였다. 그런 다음 원심은, 이러한 정상가격 산정은 위법하므로, 피고가 2015. 9. 4. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 3,262,222,640원의 부과처분 중 재판매부품 원가를 이 사건 기존 사전승인에 의한 정상가격 산출방법에 따른 표시가격의 60%가 아니라 100%로 보아 표시가격의 40%에 해당하는 금액에 총원가가산율 6%를 곱한 금액을 익금산입하여 부과한 부분은 취소되어야 하는데, 제출된 자료만으로는 정당한 세액을 산출하기 어려우므로, 이 사건 처분 중 제1 과세조정에 관한 부분은 전부 취소되어야 한다고 판단하였다.

그러나 기록을 살펴보아도 위와 같은 제1 과세조정 중 부품 재판매 거래 부분과 관련하여 피고가 재판매부품의 원가를 표시가격의 100%로 적용하여 정상가격을 산정하였음을 뒷받침하는 증거는 찾을 수 없다. 오히려 피고는 제1 과세조정에서 이 사건 기존 사전승인 방법을 그대로 적용하여 재판매부품의 원가를 표시가격의 60%로 보고 정상가격을 산정하여 원고에게 2013 사업연도 법인세 부과처분을 하였다가, 제2 과세조정에서 재판매부품의 원가를 표시가격의 100%로 적용하여 정상가격을 재산정한 후 원고에게 그에 따라 증액된 2013 사업연도 법인세 부과처분을 한 것으로 보인다.

다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원심으로서는 2013 사업연도법인세 부과처분과 관련하여 피고가 제1 과세조정에서 이 사건 기존 사전승인에 의한 정상가격 산출방법에 따라 산출한 세액이 적정한지에 관하여 심리한 다음, 이러한 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니다.

그런데도 원심은 위와 같은 잘못된 사실인정을 바탕으로 제1 과세조정과 관련하여정당한 세액이 얼마인지를 가려보지도 아니한 채 정당한 세액을 산출하기 어렵다는 이유로 그 전부를 취소하여야 한다고 판단하였다. 이러한 원심판결에는 채증법칙을 위반하여 사실을 오인하고 필요한 심리를 다하지 아니함으로써 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 피고의 상고이유 주장은 이유 있다.

3. 상고이유 제2점(제2 과세조정 관련 상고이유)에 관하여

원심은 그 채택 증거에 의하여, 이 사건 부품의 표시가격은 ⁠‘이 사건 모회사가 표준 생산원가, 물류, 기타 비용, 판매이익 등을 고려하여 고객에게 최종적으로 판매되기 원하는 가격’ 또는 ⁠‘제조업자가 자신의 제품이 소매되는 가격을 통제하기 위해 소매업자에게 권장하는 가격’을 의미한다는 사실을 인정하였다. 그런 다음 원심은, 이 사건 부품의 원가를 표시가격의 100%에 해당하는 금액으로 본다면, 원고로서는 총원가가산율법에 따른 이익률 6%를 실현하기 위하여 최종소비자에게 표시가격보다 더 높은 금액으로 판매하여야만 하는데, 이는 표시가격의 의미와 모순되고, 정상가격 제도의 취지에도 반한다는 등 그 판시와 같은 이유로, 원고와 홍콩법인들 사이의 이 사건 부품 관련거래에 관하여 부품원가를 표시가격의 100%에 해당하는 금액으로 보고 정상가격을 조정하는 것은 위법하므로, 이 사건 처분 중 제2 과세조정에 따른 부분은 취소되어야 한다고 판단하였다.

관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고, 거기에 국제조세조정법상 정상가격에 의한 과세조정에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 결론

그러므로 원심판결 중 2013 사업연도 법인세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 다시 심리․판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하며, 나머지 상고를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대법원 2020. 10. 29. 선고 대법원 2018두53221 판결 | 국세법령정보시스템