요지

원고가 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실이 없으므로 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없고, 그 후에 원고가 법인으로 보는 단체로서의 지위를 취득하였다 하여 이미 원고에게 거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

  1. 원고의 청구를 기각한다.

  2. 소송비용은 원고가 부담한다.

  이 유

  1. 처분의 경위

   가. 원고는 재단법인 기독교○○○○○의성회(이하 ⁠‘소속 재단’이라 한다) 소속 교회로 1994. 2. 24. 서울 ○○문구 ○○리동 ○○○-○○ 소재 토지를 취득하였고, 2000. 2.14. 위 토지 지상에 건물을 신축하여 이를 취득하였다(이하 위 토지 및 지상 건물을 합쳐 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다). 이후 원고는 이 사건 부동산에 관하여, 2003. 7. 22. 증여를 원인으로 소속 재단에 소유권이전등기를 마쳐주었다가 2008. 9. 30. 증여를 원인으로 다시 원고 앞으로의 소유권이전등기를 마쳤다.

   나. 원고는 2011. 10. 24. 대한예수교○○○○○교회에 이 사건 부동산을 20억 원에 매도하고 2011. 11. 2. 소유권이전등기를 마쳐주었는데(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다), 피고에게 이 사건 양도에 대한 양도소득세를 신고하지 않았다.

   다. 피고는 이 사건 양도가 국세기본법상 ⁠‘법인으로 보는 단체’ 외의 법인 아닌 단체인 종교단체가 부동산을 양도하는 경우에 해당하여 거주자로서 양도소득세 과세대상이된다고 보고, 2019. 3. 20. 원고에게 2012년 귀속 양도소득세 436,169,700원(가산세 포함)을 결정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

   라. 원고는 이에 불복하여 2019. 6. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2019. 9.9. 기각되었다.

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 11호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   1) 이 사건 부동산은 소속 재단이 원고에게 일시적으로 명의를 신탁한 부동산이므로, 원고는 이 사건 양도에 대한 양도소득을 소속 재단에 반환할 의무가 있다. 이처럼 원고는 이 사건 부동산의 명의수탁자에 불과하고, 양도소득의 실질적 귀속자가 아니므로 이 사건 처분은 실질과세의 원칙에 위반된다(명의신탁 주장).

   2) 원고는 국세기본법 제13조 제2항에서 규정한 ⁠‘법인으로 보는 단체’로서의 실질과 요건을 갖추었고, 이 사건 부동산은 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로서 그 처분수익은 법인세법 등 관련 법령에 따라 양도소득세 또는 법인세 과세대상이 되지 않는다(법인으로 보는 단체에 해당한다는 주장).

   3) 원고는 최초 2005. 2.경 피고에게 법인으로 보는 단체로 승인해 달라는 취지의신청을 하였으나, 피고 소속 공무원의 잘못된 안내에 따라 법인으로 보는 단체에 해당하는 고유번호(‘89’ 코드)가 아닌 법인으로 보지 않는 법인이나 단체에 해당하는 고유번호(‘82’ 코드)를 발급받게 된 것이다. 이러한 과세관청의 잘못된 안내는 공적인 견해표명에 해당하고, 원고가 이를 신뢰하였음에도 양도일로부터 상당 기간 양도소득세를 부과하지 않다가 내린 이 사건 처분은 신의·성실의 원칙에 위반된다(신의·성실의 원칙위반 주장).

   4) 예비적으로, 위와 같이 원고가 과세관청의 과실로 양도소득세 납세의무를 인지하지 못하였으므로, 원고에게는 양도소득세를 신고·납부하지 않는 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세를 부과한 부분은 위법하다(가산세 부과처분 위법주장).

  나. 판단

   1) 명의신탁 주장에 대한 판단

    가) 부동산을 제3자에게 명의신탁한 경우 명의신탁자가 자신의 의사에 의해 부동산을 양도하여 그 양도로 인한 소득이 명의신탁자에게 귀속되었다면, 국세기본법 제14조 제1항에서 규정하고 있는 실질과세의 원칙상 당해 소득세의 납세의무자는 양도의 주체인 명의신탁자이지 명의수탁자가 그 납세의무자가 되는 것은 아니나(대법원 1997.10. 10. 선고 96누6387 판결, 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두10710 판결 등 참조), 부동산의 소유권이전등기가 명의신탁에 의한 것이어서 그 부동산의 양도로 인한 소득을 실질적으로 얻은 자가 따로 있다는 점에 대한 증명책임은 그러한 사실을 주장하는 사람에게 있다(대법원 1984. 12. 11. 선고 84누505 판결 등 참조).

    나) 위 법리를 기초로 이 사건에 관하여 본다. 위 인정 사실, 앞서 든 증거, 갑 제4 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 소속 재단이 이 사건 부동산의 실소유자로서 원고에게 명의신탁하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

    ① 이 사건 부동산을 최초로 취득하여 실제로 교회건물로 사용한 것은 소속 재단이 아니라 원고이다. 원고가 소속 재단에 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐준 이유는 이 사건 부동산에 관한 소유권 분쟁이 발생하는 것을 방지하기 위한 것으로 그 이후에도 원고가 계속하여 이 사건 부동산을 교회건물로 사용하였다.

    ② 이 사건 양도인 매매계약의 체결의 당사자는 원고이고, 원고가 이 사건 양도에 따른 매매대금을 모두 지급받았다. 이 사건 양도가 소속 재단의 의사에 의해 이루어졌다는 사정은 보이지 않는다. 원고는 이 사건 양도 이후에도 이 사건 양도에 따른 매매대금 전부를 소속 재단에 귀속시키지 않고, 이 사건 부동산을 대체하여 교회건물로 사용할 새로운 토지 및 건물의 매수자금, 리모델링 공사비 등으로 전부 사용하였다.

    ③ 원고의 주장과 같이 소속 재단의 원고에게로의 증여가 한시적인 것으로서 원고에게 이 사건 양도 이후 이 사건 양도에 따른 양도소득 또는 새로 취득하는 부동산의 소유권을 소속 재단에 귀속시킬 의무가 있었다고 하더라도, 그러한 사정만으로는 원고와 소속 재단 사이에 이 사건 부동산의 소유권을 원고에게 이전할 의사 없이 그 명의만 원고에게 이전하기로 하는 명의신탁약정이 있었다고 보기는 어렵다.

   다) 원고의 주장과 같은 명의신탁약정이 있었다고 하더라도, 앞서 본 바와 소속 재단이 아닌 원고가 이 사건 양도에 따른 양도소득을 실질적으로 지배, 관리, 처분할 수 있는 지위에 있었다고 할 것이므로 그 양도 주체는 원고이지 명의신탁자인 소속 재단이 아니다. 이 사건 양도의 양도소득이 명의신탁자인 소속 재단에 환원되지 않는 한 소속 재단이 양도소득을 사실상 지배, 관리, 처분할 수 있는 지위에 있지 아니하므로, 소속 재단이 ⁠‘사실상 소득을 얻은 자’로서 양도소득세의 납세의무자가 된다고 할 수 없다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두7084 판결, 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두10710 판결 등 참조).

   라) 따라서 원고가 이 사건 부동산의 명의를 수탁받은 것에 불과하여 실질적인 양도소득의 귀속 주체가 아니라는 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

  2) 법인으로 보는 단체에 해당한다는 주장에 대한 판단

   가) 국세기본법 제13조 제1항은, ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단･재단 등은 법인으로 본다고 규정하고, 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유･관리하는 등 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다. 위와 같은 국세기본법 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세 대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단･재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조).

       이러한 규정의 성격과 아울러 국세기본법 제13조 제1항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 보는 단체로 볼 수 없다고 할 것이다.

   나) 갑 제13, 14호증, 을가 제2 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

    ① 피고를 비롯한 관할 세무서는 사업자등록번호의 고유번호를 부여함에 있어 4, 5번째 자리에 법인 아닌 종교단체의 경우에는 ⁠‘89’, 법인으로 보는 단체의 경우에는 ⁠‘82’를 부여하여 왔고, 그 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 왔다.

    ② 원고는 2005. 2. 23. 제목이 ⁠‘사업자등록신청서(개인사업자용)’이고 그 아래에‘(법인이 아닌 단체의 납세번호 신청서)’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 신청서(을가 제3호증, 이하 ⁠‘이 사건 최초의 신청서’라 한다)를 제출하고, 이에 기하여 같은 날 피고로부터 고유번호 ⁠“204-89-○○○○○”를 부여받았다. 원고는 이 사건 최초의 신청서에 원고의 직인 증명서, 소속 재단 증명서, 대표자 증명서, 원고 대표자 주민등록증 사본 및 이 사건 부동산의 등기사항전부증명서를 첨부하여 피고에게 제출하였다. 그 후 원고는 2007. 9. 6. 대표자 정정을 이유로 고유번호증을 새롭게 교부받았다.

    ③ 원고는 이 사건 양도일 이후인 2019. 2. 14. 제목이 ⁠‘법인으로 보는 단체의승인신청서’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 신청서(을가 제4호증, 이하 ⁠‘이 사건 신청서’라 한다)를 제출하고, 이에 기하여 2019. 2. 14. 도봉세무서장으로부터 고유번호 ⁠“214-82-○○○○○”를 부여받았다. 원고는 이 사건 신청서에는 이 사건 최초 신청서와는 달리 원고의 정관을 첨부하여 제출하였다.

    ④ 원고는 이 사건 최초의 신청서에 따른 고유번호를 발급받은 날인 2005. 2. 23. 무렵부터 이 사건 신청서에 따른 고유번호를 발급받은 날인 2019. 2. 14.까지는 국세청 전산망에 ⁠‘면세사업자(종교단체)’로 등록되어 왔다가, 그 이후부터는 ⁠‘승인법인(법인으로 보는 단체)’으로 등록되었다.

   다) 위 나) 항의 인정 사실에 의하면, 이 사건 양도 당시에는 원고가 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로서 승인을 받은 사실이 없으므로, 국세기본법상 법인으로 보는 단체에 해당한다고 볼 수 없다. 그 후에 원고가 법인으로 보는 단체로서의 지위를 취득하였다 하여 이미 원고에게 거주자로서 성립한 양도소득세 납세의무에 영향을 줄 수는 없다. 원고는, 원고가 실질적으로 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖춘 이상, 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않더라도 법인으로 보는 단체로 보아야 한다고 주장한다.

       그러나 국세기본법 제13조는 앞서 본 바와 같이 조세법의특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이고, 같은 법 제13조 제2항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 ⁠‘법인으로 보는 단체’를 세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라고 할 것이다. 이러한 규정의 성격과 내용 등에 비추어 보면, 세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없고, 그 승인을 받지 않더라도 법인으로 보아야 한다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

   라) 한편, 원고는, 갑 제17호증(접수증)의 기재에 의하면, 이 사건 최초 신청서접수에 따른 민원 접수증에는 ⁠‘법인설립신고 및 사업자등록신청’이라고 기재되어 있는 것에 비추어 볼 때 원고가 당시 피고에게 법인으로 보는 단체로 승인하여달라는 취지로 신청을 한 것이었다고 주장한다.

       그러나 앞서 본 바와 같이 피고를 비롯한 관할 세무서는 사업자등록번호의 고유번호를 부여함에 있어 법인 아닌 종교단체와 법인으로 보는 단체의 신청 및 승인 절차를 구분하여 처리를 하여 왔는데, 이 사건 최초의 신청서 양식은 법인 아닌 종교단체의 등록신청 양식이었고, 이 사건 최초의 신청서에는 이 사건 신청서와는 달리 법인으로 보는 단체의 요건 심사시 필요한 자료인 원고의 정관도 첨부되어 있지 않았다.

       이러한 사정들을 종합하면, 원고가 피고에게 이 사건 최초의 신청서를 제출하였을 당시 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사가 명백하였다고 보기 어렵고, 갑 제17호증(접수증)에 그와 같은 기재가 있다는 사실만으로 이를 인정하기 부족하다. 달리 원고가 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사로 이 사건 최초의신청서를 제출하였다고 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아 들이지 않는다.

   3) 신의·성실의 원칙 위반 주장에 대한 판단

    가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의원칙을 적용하기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조).

    나) 위 법리를 기초로 이 사건에 관하여 본다. 갑 제16호증(사실확인서)의 기재만으로는 원고가, 이 사건 최초의 신청서를 제출할 당시 또는 대표자 변경을 위한 고유번호 발급 신청을 할 당시 과세관청이 원고에게 법인으로 보는 단체로 승인받을 의사가 있었음에도 잘못되거나 불충분한 안내를 하여 법인 아닌 종교단체로 등록되었다는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

        설령 원고의 주장과 같이 잘못된 안내 내지는 불충분한 안내가 있었다고 하더라도 이를 법인으로 보는 단체의 실질을 가지고 있는 단체는 세무서장에게 승인을 받지 않더라도 법인으로 보는 단체로 보아 과세를 하지 않겠다는 공적인 견해표명이 있었다고 보기도 어렵다.

        원고의 주장과 같이 이를 공적인 견해표명이라고 본다고 하더라도, 앞서 본 관련 규정상 법인으로 보는 단체가 되기 위해서는 세무서장의 승인을 받아야 함은 법문상 명백하므로, 그에 대한 원고의 신뢰가 합리적이라거나 정당한 기대에 기한 것이라고도 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

  4) 가산세 부과처분 위법주장에 대한 판단

    세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없으며, 납세의무자가 세무공무원의 잘못된 설명을 믿고 그 신고납부의무 이행하지 아니하였다고 하더라도 그것이 관계 법령에 어긋나는 것이 명백한 때에는 그러한 사유만으로는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결, 대법원 1999. 12. 28. 선고 98두3532 판결 참조). 위 법리와 이 사건 처분의 경위에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사유들은 원고의 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

  5) 소결론

    따라서 원고의 주장은 모두 이유 없고, 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 10. 07. 선고 서울행정법원 2019구단71274 판결 | 국세법령정보시스템