요지

실질적인 퇴직이 이루어진 후 지급한 급여와 퇴직금은 손금불산입 대상이며, 연구개발을 전담하지 않고 생산 활동을 겸직한 경우 연구·인력 개발비 세액공제 적용대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2016. 5. 2.에 한 2012년 귀속 법인세 38,449,390원, 2013년 귀속 법인세 106,658,035원, 2014년 귀속 법인세 161,142,871원의 부과처분과 2016. 5. 4.에 한 2013년 제2기 부가가치세 70,862,435원, 2014년 제1기 부가가치세 45,967,219원, 2014년 제2기 부가가치세 42,722,891원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2003. 6. 23. 인쇄회로기판(PCB, FPCB) 제조업 등을 영위하기 위하여 설립된 법인이고, 주식회사 BB(이하 ⁠‘소외 회사’라 한다)는 2013. 1. 16. 설립된 법인으로 원고로부터 외주를 받아 인쇄회로기판 인쇄 및 조립 등을 영위하고 있다.

 나. DD지방국세청은 2016. 1. 19.부터 2016. 3. 2.까지 원고의 2012∼2014 사업연도 및 소외 회사의 2013∼2014 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시한 다음 피고에게 다음과 같이 조사내용을 통보하였다.

  (1) 가공급여 및 퇴직금 과다정산

   원고의 대표이사 이EE가 2012년 4월경 취임하면서 전 대표이사 송FF의 실질적인 퇴직이 이루어졌음에도 2014년 9월경 퇴직한 것으로 처리하여 아래 표와 같이 2012∼2014년 급여 총 617,005,626원(이하 ⁠‘이 사건 급여’라고 한다)을 추가 지급하고, 퇴직 시기 지연처리로 인한 퇴직금 173,810,036원(이하 ⁠‘이 사건 퇴직금’이라 한다)을 과다정산 하였으므로 가공급여 617,005,626원 및 퇴직금 과다정산금액 173,810,036원을 손금부인하고 송FF에 대한 배당으로 소득처분하였다.

[표 생략]

  (2) 세액공제 부인

   원고가 2012. 1. 19. 기업부설연구소 인증을 받고 조세특례제한법 제19조 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 적용하였으나, 원고의 기업부설연구소 직원 중 일부가 연구개발을 전담하지 않고 생산활동도 겸직하였으므로 아래 표와 같이 2012∼2014년 해당 인건비 합계 194,661,880원(이하 ⁠‘이 사건 인건비’라고 한다)에 대한 연구․인력개발비 세액공제 합계 48,665,470원(이하 ⁠‘이 사건 세액공제’라고 한다)을 부인하였다.

[표 생략]

  (3) 사실과 다른 매입세금계산서 수취

   원고가 아래와 같이 사실과 다른 세금계산서를 수취하였으므로 원고의 부가가치세 매입세액을 불공제하였다.

   (가) 위장매입

    원고가 미등록사업자인 이GG부터 임가공용역을 제공받았음에도 공급자인 이GG가 아니라 소외 회사 명의의 공급가액 합계 884,633,171원의 매입세금계산서(2013년 제2기∼2014년 제2기, 이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였다.

   (나) 거래시기 차이

    주식회사 JJ(이하 ⁠‘JJ’라 한다)로부터 재화의 공급시점인 2015년보다 먼저 발행된 공급가액 100,000,000원의 매입세금계산서(2014년 제2기)를 수취하였다.

   (다) 가공매입

    원고가 실물거래 없이 소외 회사로부터 공급가액 합계 473,192,000원의 매입세금계산서(2013년 제2기∼2014년 제2기)을 수취하였다.

[표 생략]

  (4) 접대비 및 감가상각비

   원고가 기타 접대비성 복리후생비를 접대비에 포함하여 한도액 재계산한 후 한도초과액 합계 34,522,450원(2012∼2014년)은 손금불산입하고, 2013년 취득 기계장치 25,000,000원을 즉시 상각하여 이를 손금불산입한 후 연도별 감가상각비 17,364,975원은 손금 추인하였다.

 다. 피고는 통보받은 위 조사내용에 따라 원고에게, 2016. 5. 2. 2012년 귀속 법인세 42,896,680원, 2013년 귀속법인세 184,554,180원, 2014년 귀속 법인세 269,938,200원을, 2016. 5. 4. 2013년 제2기 부가가치세 112,089,980원, 2014년 제1기 부가가치세 81,848,990원, 2014년 제2기 부가가치세 65,674,700원을 각 경정․고지(이하 ’이 사건 각 처분‘이라 한다)하였다.

 라. 원고는 2016. 8. 10. 위 조사내용 중 ⁠(1), ⁠(2), ⁠(3)의 ⁠(가), ⁠(나)항에 대하여 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2018. 5. 25. 원고의 심사 청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 요지

  (1) 이 사건 급여 및 퇴직금 관련

   원고의 현 대표이사인 이EE가 금융거래 부실자에 해당하여 대외활동이 어려웠기 때문에 현 대표이사 취임 후에도 전 대표이사인 송FF가 실질적으로 근무하면서 자금관련 사안과 대외업무 처리 등을 수행하였고, 원고는 이에 대해 정상적으로 급여를 지급하고 실제 퇴직한 2014. 9. 30. 기준으로 퇴직금을 지급하였으므로 이를 부인하는 것은 위법하다.

  (2) 이 사건 인건비 관련

   연구 및 인력개발을 위한 비용 중 ⁠‘기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비’를 연구․인력 개발비 세액공제 대상으로 하고 있음에도 명확한 불공제 사유가 없이 원고의 기업부설연구 근무 직원 중 일부를 연구전담 직원이 아니라고 보아 해당 이 사건 인건비에 대하여 세액공제를 부인하는 것은 위법하다.

  (3) 이 사건 세금계산서 관련

   이 사건 세금계산서는 소외 회사가 실제 원고에 제품을 납품하고 발행한 세금계산서를 원고가 정상적으로 수취한 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하는 것은 위법하다.

 나. 관계법령

  별지 관계 법령 기재와 같다.

 다. 판단

  (1) 이 사건 급여 및 퇴직금에 관한 판단

   갑 제2호증, 을 제4, 5, 9, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 대표이사 이EE가 2012년 4월경 취임하면서 전 대표이사 송FF의 실질적인 퇴직이 이루어졌음에도 형식적으로 2014년 9월경 퇴직한 것으로 처리하여 송FF에게 이 사건 급여 및 퇴직금을 지급한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

   (가) 이EE는 2016. 2. 27. 세무조사 당시 ⁠‘모든 업무는 2012년 5월부터 실질대표자인 본인이 처리하였으며, 송FF는 업무에 일체 관여하지 아니하고 금융관련 업무가 있을시 형식적인 공동대표자의 지위에서 계약서를 사인하거나 인장을 찍는 일이 전부이며, 실질적으로 진행한 업무는 없었다’고 답변하였고, 이후 2016. 3. 2. 스스로 제출한 확인서에서도 ⁠‘송FF에 대한 급여는 실질적인 근무 없이 지급하였다’고 일관되게 진술하였는바, 그 진술의 신빙성을 의심할 만한 정황을 찾아보기 어렵다.

   (나) 원고는 송FF가 2014년 9월경까지 실질적으로 근무하면서 업무를 처리하였다는 점에 관한 의사록 등의 자료를 제출하였으나, 우선 임시주주총회의사록이나 이사회의사록은 이에 대해 별도로 공시가 되거나 공증을 받지 않았으므로 해당 일시가 아닌 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없는 점, 그 내용 또한 대부분 대출연장에 관한 것이고, 참석 인원도 송FF, 이EE 및 직원인 장KK 외에는 없으며, 이사회 및 주주총회가 실제 개최되었다고 하면서도 회의록에는 단순히 일시나 날인 이외에 구체적인 개최시각이나 장소 등은 기재되어 있지 않은 점, 특히 이EE가 출국하여 국내에 없는 때에도 수차례 이사회에 참석하여 안건을 가결한 것으로 되어 있는 점 등에 비추어 이를 믿기 어렵고, 금융거래확인서나 시료채취확인서는 송FF가 등기부상 원고의 대표이사로 되어 있기 때문에 형식상 송FF 명의로 날인되거나 작성될 수밖에 없는 점에 비추어 그와 같은 자료만으로는 송FF가 실질적으로 근무하였다는 점을 인정하기에 부족하다.

   (다) 원고는, 세무조사 당시 회사운영이 어려운 상황에서 국세청 조사관이 이EE에게 이를 인정하지 않을 경우 다시 조사를 할 것처럼 하여 이EE가 부득이 인정하는 취지로 진술한 것이라고 주장하나, 담당조사관의 관련 형사사건에서의 증언 등에 비추어 볼 때 담당조사관이 이EE에게 위와 같은 언동을 하였다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 자료가 없다.

  (2) 이 사건 인건비에 관한 판단

   앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고의 기업부설연구소 직원 중 일부가 연구개발을 전담하지 않고 생산 활동도 겸직한 것으로 봄이 상당하므로 피고가 이 사건 세액공제를 부인한 것은 적법하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

   (가) 원고는 연성회로기판 제조업체로서 발주업체로부터 관련 부품의 개발의뢰나 유사제품을 새로운 부품으로 변형요구를 받을 경우 기업부설연구소 직원들로 하여금 당해 업무를 수행하게 하고 있는데, DD지방국세청에서 2016년 1월 세무조사를 실시하면서 원고를 방문하였을 때 기업부설연구소 직원들이 공장에서 생산관련 작업을 수행하는 것을 확인하였다.

   (나) 이EE는 2016. 2. 27. 세무조사 당시 ⁠‘연구업무는 대부분 실무자가 하고 있으며, 일부 보조자들은 생산관련 조립업무를 병행하고 있습니다. 관련법을 숙지하여 연구관련 전담직원만 연구개발실 직원으로 처리하겠습니다’라고 진술하였고, 이후 2016. 3. 2. 스스로 제출한 확인서에서도 일관되게 연구개발비 세액공제 받은 내역 중 이○○, 임○○, 조○○, 박○○는 연구개발 이외 생산관련 업무에 주로 종사한 직원임을 확인하였다.

   (다) 원고는 연구전담직원들이 생산시설을 이용한 것은 연구개발 활동의 일환인 시제품을 제작, 시험하기 위한 것이었다고 주장하나, 만일 그렇다면 국세청에서 위 2016년 1월경 현장을 확인하였을 때 그와 같은 사정을 주장하며 충분히 이의를 제기할 수 있었음에도 원고는 당시 그와 같은 취지의 주장을 하지 않았던 것으로 보인다.

  (3) 이 사건 세금계산서에 관한 판단

   (가) 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

   (나) 살피건대, 갑 제12호증의 기재에 의하면, 원고 및 이EE가 이 사건 세금계산서와 관련한 조세범처벌법위반 사건에서 불기소처분(혐의없음)을 받은 사실은 인정되나, 행정재판은 반드시 검사의 무혐의불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는바(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 참조), 앞서 든 각 증거와 을 제6, 7, 10, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 이GG부터 임가공용역을 제공받았음에도 공급자인 이GG가 아니라 소외 회사 명의로 이 사건 세금계산서를 수취한 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 공급자가 허위로 기재된 세금계산서로서 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    ① 이EE는 세무조사 당시 ⁠‘원고가 이GG에게 외주요청하였으나 매입자료를 처리할 수 없어서 소외 회사로 하여금 대신하여 발행토록 한 사실이 맞다. 소외 회사에서 매출로 원고에게 작성 교부하여 당해 금액을 소외 회사가 원고로부터 받아 이GG에게 지급하는 형식으로 처리하였다.’고 진술하였다. 이EE는 범칙혐의자심문조사 당시에도 ⁠‘이GG는 본인 동생으로 LL을 폐업한 이후 특별히 하는 일이 없자 형인 본인에게 일자리를 요구하여 외주를 주게 되었다. ○○동 사업장은 동생이 이GG가 작업할 수 있는 공간을 원고가 소외 회사로 하여금 계약하도록 하고 동생으로 하여금 원고의 하청업무를 할 수 있게 지시하여 임대차계약이 소외 회사에서 대신 이루어지게 되었다.’고 일관되게 진술하여 신빙성이 있을 뿐만 아니라, 이는 객관적인 자료(임대차계약서, 갑 제72호증) 등에 의하여도 뒷받침되고 있다.

    ② 소외 회사의 대표인 장KK도 세무조사 당시 ⁠‘2012년도까지 원고와 거래가 있었던 LL을 운영한 이GG가 사업부진으로 폐업하면서 생활이 어려워지자 친형인 이EE에게 부업거리를 요구하여 원고로부터 하도급을 받아 ○○동에서 작업을 하였다. 이GG가 ○○동 작업을 관리하여 종료하면 명의만 소외 회사 앞으로 정리하여 세금계산서를 발행한 것이다. ○○동에서 작업한 내역은 모두 원고 작업으로 실질적으로 원고 외주작업이다. 당시 이GG는 사업자등록이 없었는바, 원고가 하도급에 대한 비용을 명확하게 하기 위하여 소외 회사로 하여금 대신하여 하도급관련 세금계산서를 작성 교부하게 하여 소외 회사가 원고에게 발행한 것이다. ○○동 관련 매입자료는 이GG가 소외 회사 명의로 직접 받아 원고 직원 최○○에게 직접 제출하고 결제는 원고가 소외 회사로 결제하여 주면 소외 회사에서 대납형식으로 결제하여 처리하였다.’고 진술하여 이EE의 진술에 부합하고 있을 뿐만 아니라, 이 사건 세금계산서 발급 경위, 처리 과정 등에 관한 진술 내용 또한 매우 구체적이고 상세하여 그 진술의 신빙성을 쉽게 배척하기 어렵다.

    장KK은 2016. 2. 4. 제출한 확인서에서도 ⁠‘미등록사업자인 이GG가 원고에 발행하여야 하나 발행할 수가 없어 소외 회사가 실제 공급한 사실이 없음에도 원고에 세금계산서를 이GG 사장 대신 발행한 사실이 있다’고 일관되게 진술하였다.

    ③ 이GG도 경찰조사 시 ⁠‘형인 이EE로부터 외주를 받아 작업을 하였고, 개인 계좌 등으로 현금을 받고 미등록사업자로 세금계산서를 발행할 수 없어 소외 회사 명의로 대신 세금계산서 발행 및 수취가 이루어졌다’고 진술하여 이EE, 장KK의 진술과 부합하고 있다.

    ④ 이 사건과 같이 원고, 소외 회사 및 이GG 사이에 이루어진 내부적인 허위 거래방식은 수사기관이 외부에서 범죄 혐의를 파악하여 수사를 개시하는 것이 어려운데, 이EE 및 원고, 소외 회사에 대한 조세범처벌법위반 관련 수사는 원고의 내부자고발 형태로 진행되었다.

    ⑤ 원고는 이와 관련하여 국세청 조사관이 세무조사 당시 이EE, 장KK에게 범행을 인정하지 않을 경우 다시 장기간의 조사를 할 것이라는 말을 하였고 당시 회사 상황이 좋지 않았기 때문에 그들이 부득이하게 범행을 인정하는 진술을 하였다고 주장하고 있으나, 관련 형사사건의 증인 김○○의 진술이나 특히 이EE에 대한 범칙혐의자심문조사 당시 세무대리인 2명이 함께 참석하여 조서에 서명까지 한 점 등에 비추어 담당 조사관이 이EE 등에게 위와 같은 위협적인 말을 하였다고 보기 어렵다.

    ⑥ 장KK 등은 소외 회사 및 이EE에 대한 관련 형사사건의 법정에서 세무조사 및 수사기관에서의 진술을 번복하였으나, 장KK과 소외 회사 및 이EE 등과의 관계 등 제반사정에 비추어 그 진술 등은 그대로 믿기 어렵고, 앞서 살핀 바와 같이 세무조사 및 수사기관에서의 진술이 더 신빙성이 높다고 판단된다. 오히려 원고와 소외 회사를 실질적으로 경영하는 이EE가 기존 사업의 경영악화로 본인 명의로 거래를 할 수 없었던 이GG를 위하여 자신이 운영하는 회사들 및 담당 직원을 통하여 이GG가 자신의 회사 명의로 거래를 할 수 있도록 도와주었던 것으로 봄이 상당하다.

    ⑦ 이 사건 세금계산서에 관한 조세범처벌법위반 사건의 불기소이유 내용을 보면, 검사는 이EE가 세무조사 당시에는 임금지급현황, 작업내역서, 작업지시서, 거래내역 등을 제출하지 않았다가 수사기관에 이르러서야 이를 제출한 것으로 보았으나, 오히려 갑 제2호증의 기재에 의하면, 위 자료들은 이미 세무조사 당시 제출되어 국세청 조사관들이 확인하였던 것으로 보인다.

3. 결론

  따라서 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2020. 10. 15. 선고 인천지방법원 2018구합54372 판결 | 국세법령정보시스템