요지

조세특례제한법령에 따라 자경농지로 양도소득세를 감면받으려면 농지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 또는 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배한 농지로서 양도일 당시 농지에 해당하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 9. 1. 원고에게 한 2014년 귀속 양도소득세 180,734,300원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

 가. 원고는 배우자가 사망함에 따라 1990. 12. 18.자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 하여 2000. 7. 7. ○○시 ○○구 ○○동 304 답 1,676㎡에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 그 지상에 일반 철골구조 조립식 패널로 된 동물 및 식물관련시설인 1층298.1㎡의 콩나물 재배사(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)를 신축하여 2004. 9. 15. 소유권보존등기를 마쳤으며, 그에 따라 위 토지는 2004. 10. 4.경 ○○동 304 잡종지 596㎡, 304-1 답 1,080㎡로 지목변경과 분할이 이루어졌다.

 나. 원고는 2004. 9. 15. 사업장소재지를 위 ○○동 304로 하여 부동산임대업으로 사업자등록을 하였고(2007. 8. 27. 폐업함), 2013. 7. 19. 이 사건 건물에 관한2008~2011년 귀속 임대수입에 대한 부가가치세(매출액 연 2,000만 원가량) 등을 신고하였으며, 한CC에게 이 사건 건물과 위 ○○동 304, 304-1 토지를 매도하여 2014. 8. 7. 소유권이전등기를 넘겼다(한CC도 2016. 9. 13. 위 ○○동 304에서 부동산임대업 등을 하겠다고 사업자등록을 하고, 그 무렵 주식회사 DD산업이 위 ○○동 304에서 사업자등록을 함).

 다. 원고는 7억 7,000만 원에 이 사건 건물 등을 위와 같이 양도하였다며 장기보유특별공제와 8년 이상 자경농지 특별감면을 적용하여 산출된 161,349,778원의 세액이 전액 감면되는 것으로 하여 2014. 10. 31. 피고에게 2014년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

 라. 감사에서 감면 요건 구비 여부를 검토하지 않았다는 지적을 받은 후, 피고는 ⁠(과세전적부심사절차에서 위 ○○동 304-1 토지 중 비닐하우스가 설치된 면적 467㎡를 감면대상으로 인정하자 이를 반영하여) 2018. 9. 1. 원고에게 이 사건 건물과 그 부지인 ○○동 304 잡종지 596㎡, ○○동 304-1 답 1,080㎡ 중 나머지 613㎡(=1,080㎡－467㎡)는 8년 이상 자경농지의 요건을 구비하지 못하였다는 이유로 2014년 귀속 양도소득세 183,877,480원(=산출세액 161,349,778원－467㎡에 대한 감면세액 31,428,569원＋가산세 53,956,277원, 원 미만 버림)을 경정, 고지하였다(이하 위와 같이 자경농지 요건을 구비하지 못하였다고 판단된 부동산을 통틀어 ⁠‘이 사건 쟁점 부동산’이라 하고, 개별 토지는 지번으로 특정한다).

 마. 원고는 적법하게 2018. 12. 3. 조세심판원장에게 심판청구를 하였고, 2019. 4. 3.기각되었다(4. 11. 송달됨).

 바. 피고는 이 사건 소송 진행 중인 2020. 11. 18. 원고에게 위와 같이 감면대상으로 인정된 비닐하우스 면적을 둘러싼 다툼에 따라 그 면적을 농지원부에 기재된 면적인 500㎡를 기준으로 경정하여 양도소득세를 180,734,300원(=산출세액 161,349,778원－500㎡에 대한 감면세액 33,649,431원＋가산세 53,033,953원, 이하 액수가 감액된2018. 9. 1.자 과세처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)으로 감액, 경정하였다.

[인정증거: 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 3, 6, 8, 9호증]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장

 농업 활동에 필수적인 농기계를 보관하거나 농작물 보관 등에 이용하는 등 이 사건 건물을 농업용 창고로 사용하였고, ○○동 304 답 1,676㎡를 취득하여 양도일인 2014년경까지 장기간 전업으로 영농에 종사하였으므로 직접 경작한 기간이 8년이 넘으며, 특히, 양도일인 2014년 7월을 기준으로 이 사건 쟁점 부동산이 농지로 활용되고 있음을 확인할 수 있다(갑 제7호증).

 설령 이와 달리 판단하더라도 ○○동 304 토지 중 최소한 이 사건 건물 옆쪽 136.23㎡(갑 제8호증)에는 작물이 경작되어 농지로 사용되었음을 인정해야 하고, 원고의 감면신청을 받아들인 후 4년이나 지나 이 사건 처분을 하여 원고가 자경사실을 입증하기 어렵게 하고 그 입증책임을 전가한 점과 원고의 귀책사유와 무관하게 발생한 가산세는 부당하므로 결국 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

○구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 일부개정되기 전의 것)

제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

 ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 ⁠「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2015년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. ⁠(단서 생략)

○구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 일부개정되기 전의 것) 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)

 ④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. ⁠(각 호 생략)

 ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. ⁠(단서 생략)

 ⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

○조세특례제한법 시행규칙

제27조(농지의 범위등)

 ① 영 제66조제4항 및 제67조제3항의 규정에 의한 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농도·수로 등을 포함하는 것으로 한다.

 다. 판단

 살피건대, 조세특례제한법령에 따라 자경농지라는 이유로 양도소득세를 감면받으려면 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지를 양도해야 하고, 이 사건에서는 이 사건 쟁점 부동산이 양도일 기준으로 농지에 해당하는지와 원고가 이를 8년 이상 직접 또는 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하였는지가 쟁점이다.

 먼저, 이 사건 쟁점 부동산이 양도일 당시 농지에 해당하는지에 관하여 본다. 이 사건 건물은 콩나물 재배사로 신축되기는 하였지만, 그 부지의 지목도 잡종지로 변경되고 원고가 부동산임대업으로 사업자등록을 한 점과 그 임대수입액도 연 평균 2,000만 원가량이고, 2007년부터 2014년까지의 사진(을 제4, 5, 7호증)을 보면 그 주위로 차량들이 여럿 주차된 모습을 볼 수 있으며, 불분명하지만 비록 이 사건 건물 옆쪽 일부에 농작물을 재배하였더라도 토지는 필지별로 이용 상황을 판단함이 원칙이고, 비닐하우스를 제외한 나머지 토지 대부분에서 그 양도를 위하여 농지취득자격증명서를 발급받기 위한 목적으로 일시적으로 농지의 형태를 갖춘 듯한 모습(갑 제5, 7호증) 외에는 콘크리트 포장이 되어 차량들을 주차하거나 자갈이 깔려 있을 뿐 농사를 지은 흔적을 찾아보기 어렵다. 즉, 이 사건 쟁점 부동산 모두 양도일 당시 농지에 해당한다고 인정할 증거가 부족하다.

 다음으로, 원고가 이 사건 쟁점 부동산에서 8년 이상 직접 농사를 하였는지에 관하여 본다. 조세심판결정문에 기재된 이유(갑 제4호증의 1, 쪽번호 제14, 15쪽)와 과세전적부심사결정서에 기재된 이유(을 제8호증, 쪽번호 제8, 9쪽) 등에 의할 때, 농지원부에 의하더라도 농업인은 원고 아들 이FF이고(○○시 ○○읍 ○○리 1334 전 7,905㎡를 소유하면서 자경함), ○○동 304-1 토지 중 비닐하우스 면적을 제외한 나머지 580㎡는 휴경상태라고 되어 있으며, ○○농협의 자료 또한 ⁠(이FF이 2004년부터 2013년까지 매년 최저 14,945,000원 내지 72,863,000원의 농산물 출하한 것으로 되어 있는 것과 달리) 원고가 2011년 715,000원, 2012년 120,000원 상당의 농산물을 출하하고 2013년 이후로는 출하내역이 없는 것으로 되어 있어 자경사실을 인정하기도 쉽지 않다. 덧붙이면, 이 사건 건물을 임대한 원고가 굳이 ⁠(원고가 주장하는) 이 사건 건물의 옆쪽 136.23㎡에서 농사를 지었다는 것은 선뜻 이해하기 어렵고, 원고 주장을 토대로 갑 제10, 11호증의 각 기재에 의해 인정되는 사실을 종합하면, ○○동 304-1 토지에 있는 비닐하우스는 인접한 ○○동 303 답 2,099㎡의 소유자인 황JJ, 권KK(김LL으로부터 매수하여 2010. 8. 30. 각 1/2지분씩 소유권이전등기를 마침)이 아닌 ⁠(바로 옆 ○○동 218 답 668㎡를 소유한) 원MM, 원NN 부자가 대를 이어 수십 년간 임차하여 ○○동 303 토지를 넘어 ○○동 304-1 토지 일부를 침범하여 그 위에 비닐하우스를 설치하고 농사를 지은 사실이 인정되므로 더욱 원고가 직접 경작하였다고 보기 어렵다.

 이 점에서 원고가 감면대상 면적으로 비닐하우스 면적을 502.73㎡가 정확하다고 주장하는 것은 굳이 판단할 필요가 없을 뿐만 아니라 그 주장의 증거(갑 제9호증의 2)가 정확하다고 인정하기도 어렵다.

 결국 제출한 자료(갑 제5 내지 8호증)만으로는 원고가 조세특례제한법령이 정한 바에 따라 이 사건 쟁점 부동산을 농지로써 8년 이상 직접 경작하였다고 인정하기 부족하고, 당초 감면요건을 구비하지 못하였음에도 원고가 양도소득세를 제대로 신고하지 아니한 이상 그로부터 4년이 지나 가산세를 덧붙여 이 사건 처분을 하였다는 사정만으로 이를 입증책임을 전가하고 원고의 귀책사유와 무관하게 가산세를 부과하는 것으로써 부당하다고 보기 어렵다. 이러한 전제 하에 한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 원고 주장을 모두 받아들이지 아니한다.

3. 결론

 그렇다면, 원고 청구는 이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 의정부지방법원 2020. 12. 21. 선고 의정부지방법원 2019구단6633 판결 | 국세법령정보시스템