요지

이 사건 부동산에 대한 당초 감정가액은 공신력 있는 감정기관이 객관적․합리적인 방법으로 산정한 가액으로서 구 소득세법 시행령 제159조 제1항, 구 상증세법 제60조 제1, 2항이 정한 이 사건 부동산의 시가에 해당한다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문

1. 피고가 2019. 4. 1. 원고에게 한 2014년 귀속 양도소득세 000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이유

1. 처분의 경위

  가. 이 사건 부동산에 관한 부담부증여계약의 체결

    1) 원고는 2014. 12. 2. OO시장으로부터 의료법인 BB의료재단(이하 ⁠“BB의료재단”이라 한다) 설립허가를 받았다. 원고는 위 설립과 관련하여 2014. 12. 12. BB의료재단에 원고 소유인 ⁠‘OO시 OO동 519-11 대 1,924㎡, 같은 동 537-48 대 3,433㎡(위 2필지 토지는 2015. 1. 8. 같은 동 519-11 대 5,357㎡로 합필되었다가 2017. 9. 12. 그중 자연녹지지역에 포함된 공원저촉부분이 519-43 토지 489㎡로 분필되고, 도시계획시설에 포함된 도로저촉부분이 519-44 토지 43㎡로 분필되었다. 합필 및 분필 전의 OO시 OO동 519-11 및 519-48 등 2필지의 토지를 이하 ’이 사건 토지‘라 한다) 및 같은 동 519-11, 537-6 양 지상 5층 규모의 연면적 6,241.79㎡인 건물’(현재 △△병원으로 사용되고 있는바, 이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다. 한편 병원부지인 537-6 대 1,247㎡는 증여대상에서 제외된 채 현재까지 원고 소유로 유지되고 있다. 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통칭하여 이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 증여하되, 원고가 ▲▲협동조합중앙회에 부담하는 62억 원의 부동산신탁대출채무를 BB의료재단이 면책적으로 인수하기로 하는 조건의 부담부증여(이하 ⁠‘이 사건 부담부증여’라 한다) 계약을 체결하였다.

    2) 이 사건 부담부증여계약에 따라 원고는 2014. 12. 23. BB의료재단에 이 사건 부동산에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐 주었고, 같은 날 ▲▲협동조합중앙회 앞으로 이 사건 부동산을 공동담보로 하여 채무자 BB의료재단, 채권최고액 56억 4,000만 원 및 18억 원인 2개의 근저당권이 각 설정되었다.

  나. 원고의 양도소득세 신고․납부

    1) 원고는 이 사건 부담부증여 이전에 BB의료재단을 설립하는 과정에서 주식회사 □□감정평가법인(이하 ⁠‘□□감정평가법인’이라 한다)에 기본재산인 이 사건 부동산에 대한 감정평가를 의뢰하였는데, □□감정평가법인은 2014. 9. 12. 이 사건 부동산의 감정평가액을 10,198,502,400원(= 토지 8,160,850,000원 + 건물 2,017,652,400원, 기준시점 2014. 9. 11., 이하 ⁠‘당초 감정가액’이라 한다)으로 산출하였다.

    2) 원고는 이 사건 부동산에 대한 부담부증여일 당시의 시가를 □□감정평가법인의 당초 감정가액인 10,198,502,400원으로 보고, 부담부증여와 관련한 양도가액은 62억 원, 취득가액은 이 사건 부동산의 2005년경 취득 당시 실지거래가액 7,765,449,898원에 당초 감정가액 중 채무액 62억 원이 차지하는 비율(60.79%)을 곱하여 계산한 4,720,616,994원(= 7,765,449,898원 × 62억/10,198,502,400원)으로 하여 양도차익을 1,479,383,006원(= 양도가액 62억 원 – 취득가액 4,720,616,994원)으로 산정하고 그에 따라 2015. 2. 13. 피고에게 2014년 귀속 양도소득세 270,621,517원을 ⁠(예정)신고․납부하였다.

  다. 양도소득세 세무조사 실시

    피고는 2018. 9. 27.부터 2018. 10. 16.까지 이 사건 부동산에 대한 부담부증여와 관련하여 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여, 원고가 당초 감정가액에 근거하여 신고한 내용을 부인하고 이 사건 부동산에 대한 부담부증여일 당시의 시가를 기준시가 11,263,000,000원으로 보고, 양도가액은 62억 원, 취득가액은 취득 당시의 기준시가인 6,344,000,000원에 이 사건 부담부증여일 당시 기준시가 11,263,000,000원 중 채무부담액 62억 원이 차지하는 비율(55.04%)을 곱하여 계산한 3,492,399,259원(= 6,344,000,000원 × 62억/11,263,000,000원)으로 하여 양도차익을 2,602,828,764원(= 양도가액 62억 원 – 취득가액 3,492,399,259원 – 필요경비 104,771,977원)으로 산정하였다.

  라. 양도소득세 부과처분

    위 세무조사 결과에 따라 피고는 2019. 4. 1. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 653,530,490원(신고불성실가산세 43,105,310원, 납부불성실가산세 179,372,002원 포함)을 경정․고지하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

  마. 전심절차

    원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 7. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 2019. 9. 25. 원고의 심판청구를 기각하였다.

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7, 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    1) 원고는 BB의료재단의 기본재산인 이 사건 부동산의 시가를 자의적으로 낮게 평가할 유인이 전혀 없었고 당초 감정가액의 평가기준일과 이 사건 부담부증여일 사이에 가격 상승 요인도 없었는바, □□감정평가법인은 관련 법령을 준수하여 당초 감정가액을 객관적․합리적인 방법으로 산정하였다. 또한 구 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제49조 제1항에서 ⁠‘대통령령에 따라 시가로 인정되는 가액’으로서 평가기간 내에 둘 이상의 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액을 규정하고 있지만 이는 시가로 인정되는 경우를 예시적으로 규정한 것이고 한정적인 규정으로 볼 수 없다. 따라서 당초 감정가액은 위 규정에 따라 이 사건 부동산의 정당한 시가에 해당한다. 그럼에도 피고는 당초 감정가액이 하나의 감정기관으로부터만 평가받은 불합리한 평가액이라고 판단하며 이를 부인하였는바, 이 사건 처분에는 부담부증여 시 양도차익의 산정방법 및 상속세 및 증여세법상 시가 인정에 관한 법리를 오해한 위법이 있어 전부 취소되어야 한다[원고는 당초 감정가액 이후 이루어진 제2차 소급감정가액에 관한 주장을 철회하면서 감정가액에 관련된 주장을 모두 당초 감정가액에 관한 주장으로 정정하였다(2020. 6. 16.자 준비서면 제10쪽 및 2020. 9. 22.자 준비서면 제1쪽)].

    2) 설령 피고의 주장과 같이 ⁠‘기준시가’를 기준으로 양도소득세를 산정한다 하더라도, BB의료재단은 당초 감정가액을 이 사건 부동산의 시가로 보아 증여세를 신고․납부하였고 피고도 이를 적법한 것으로 용인하였는바, 원고가 당초 감정가액을 기초로 양도소득세를 과소 신고한 것에는 ⁠‘정당한 사유’가 인정되므로 원고에 대하여 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과할 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

  나. 관계 법령

    [별지] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 관련 법리 등

      가) 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제159조 제1항은 ⁠‘부담부증여에서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익 계산과 관련하여 양도가액은 상속세 및 증여세법 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 하고, 취득가액은 실지거래가액(실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액)에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 하고, 만일 양도가액을 기준시가에 따라 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가에 따라 산정한다.’고 규정하고 있다.

      나) 위 양도가액 산정의 기준이 되는 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 상증세법’이라 한다) 제60조 제1항, 제2항에 의하면, 증여세가 부과되는 재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 따르되, 그 시가는 불특정 다수인 사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로서, 수용․공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다. 그리고 구 상증세법 시행령 제49조 제1항 제2호는 ⁠‘대통령령이 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것 중 하나로 증여일 전후 3개월 이내의 평가기간 중 당해 재산에 대하여 2 이상의 공신력 있는 감정기관이 평가한 감정가액의 평균액을 규정하면서, 증여세 납부 목적에 적합하지 아니한 감정가액이나 평가기준일 당시의 원형대로 감정하지 아니한 감정가액은 위 시가로 인정되는 가액에서 제외하고, 다만 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 2년 이내의 기간 중에 매매 등이 있는 경우에도 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 감안하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 평가심의위원회의 자문을 거쳐 해당 매매 등의 가액을 시가로 볼 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제5항은 ⁠‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적․위치․용도 및 종목이 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 동항 각 호의 1에 해당하는 가액이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조 제2항의 규정에 의한 시가로 본다’고 규정하고 있다.

      다) 위와 같이 구 상증세법 제60조는 제1항에서 상속 또는 증여재산의 평가에 있어서 시가주의 원칙을 선언하고 있고, 제2항에서 그 시가가 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 것으로서 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것이어야 함을 전제로 시가로 인정될 수 있는 대략적인 기준을 제시하면서 그 구체적인 범위를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는바, 그 위임을 받은 같은 법 시행령 제49조 제1항 각 호에서 과세대상인 ⁠‘당해 재산’에 대한 거래가액 등을 시가로 규정한 것은 상속 또는 증여재산의 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것이라고 할 것이다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두23200 판결 등 참조). 한편 같은 법 제60조 제1항이 규정한 ⁠‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있다(대법원 2013. 2. 14. 선고 2012두21109 판결 등 참조).

    2) 구체적인 판단

      앞서 든 증거들과 갑 제5, 9 내지 18호증(가지번호 포함), 을 제3호증의 각 기재와 영상 및 형상, 이 법원의 □□감정평가법인에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리와 규정에 비추어 살펴보면, 이 사건 부동산에 대한 당초 감정가액은 공신력 있는 감정기관이 객관적․합리적인 방법으로 산정한 가액으로서 구 소득세법 시행령 제159조 제1항, 구 상증세법 제60조 제1, 2항이 정한 이 사건 부동산의 시가에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 부동산의 부담부증여로 인한 양도소득세는 당초 감정가액에 의한 양도가액과 취득가액을 토대로 산출하여야 함에도 이와 다른 전제에서 기준시가를 토대로 이 사건 부담부증여에 따른 양도소득세를 산정한 피고의 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 위법하여 전부 취소되어야 한다.

      가) 양도가액의 산정

        (1) 구 상증세법상 시가 적용의 원칙

          (가) 부담부증여에 대한 양도차익 계산과 관련한 양도가액은 구 상증세법 제60조에 의한 시가 평가액에 ⁠‘증여가액 중 채무액이 차지하는 비율’을 곱하여 산정하는데, 여기서 ⁠‘증여가액’은 구 상증세법에 따른 시가를 산정할 수 있는 경우에는 그 시가가 적용되고, 만일 증여재산의 시가를 산정할 수 없는 경우에는 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 기준시가(토지: 일반지역은 개별공시지가, 지정지역은 개별공시지가에 배율을 곱한 금액, 건물: 국세청장이 고시한 가액)가 적용된다.

          (나) 구 상증세법 시행령 제49조 제1항은 시가로 인정되는 경우를 예시적으로 규정한 것으로 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 가액이라면, 하나의 감정기관이 평가한 감정가액도 정당한 시가라고 평가할 수 있다(이와 달리 ⁠‘감정가액을 구 상증세법 제60조에 따른 시가로 인정하기 위해서는 구 상증세법 시행령 제49조 제1항의 요건을 반드시 구비하여야만 하는데, 원고가 의뢰하여 산출된 당초 감정가액은 둘 이상의 감정평가법인이 평가한 감정가액의 평균액이 아니어서 시가로 인정될 수 없다.’는 취지의 피고 주장은 그 자체로 이유 없다).

          (다) 피고가 원용하는 대법원 2007. 4. 26. 선고 2006두7171 판결은 부담부증여에 있어서 증여자산 중 양도로 보는 부분에 대한 양도가액 및 취득가액의 산정방법에 관하여 구 소득세법(2003. 12. 30. 법률 제7006호로 개정되기 전의 것) 제96조 및 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액을 기초로 하되 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율에 의하여 산정하도록 규정한 2008. 2. 22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전 ⁠‘구 소득세법 시행령 제159조’가 적용된 사안이다(심리불속행으로 기각된 대법원 2012. 1. 27. 선고 2011두24699 판결 역시 같다). 다시 말하면, 위 판결은 법문언과 취지에 따라 ⁠‘부담부증여의 양도가액은 실지거래가액 또는 기준시가에 의하여 산정할 수밖에 없었는데 부담부증여의 경우 실지거래가액이 있을 수 없으므로, 부담부증여에 있어서 당해 자산의 양도 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에 해당하여 기준시가에 의할 수밖에 없다.’고 판시한 사안이다. 그 반면에, 이 사건에서는 위 규정이 적용되는 것이 아니라, 부담부증여에 있어 양도가액을 종전의 과세실무와 같이 구 상증세법상 시가에 의한 평가액으로 산정하도록 2008. 2. 22. 창설적으로 개정된 구 소득세법 시행령 제159조의 규정이 적용되는 이상, 위 대법원 판결은 이 사건에 그대로 참조하기에 적절하지 않다.

        (2) 당초 감정가액이 구 상증세법상 시가에 해당하는지 여부

          이 사건에서 피고는 이 사건 부담부증여에 따른 양도소득세 산정의 전제사항으로 당초 감정가액 10,198,502,400원은 시가에 해당하지 않는다고 판단하였다. 그러나 당초 감정가액이 비록 증여일 전후 3개월의 평가기간에 해당하지 않는 기간에 이루어진 것이라 하더라도, 공신력 있는 감정기관인 □□감정평가법인이 객관적․합리적인 방법으로 이 사건 부담부증여일 당시 이 사건 부동산의 객관적 교환가격을 적정하게 평가한 가액으로서 구 상증세법 제60조 제1, 2항이 규정한 시가에 해당한다고 봄이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

          (가) 증여세 신고 기준액 및 의료법인 설립허가 기본재산 평가액

            이 사건 부동산의 수증자인 BB의료재단은 이 사건 부동산에 대한 당초 감정가액을 그 시가로 보아 이를 기준으로 증여세를 신고․납부하였는데, 과세관청인 ☆☆세무서장은 당초 감정가액을 구 상증세법 제60조 제1, 2항에 의한 시가로 인정하였다. 또한 BB의료재단은 회계장부에 이 사건 부동산의 가액을 계상함에 있어서 당초 감정가액인 10,198,502,400원을 취득가액으로 계상하였고, BB의료재단의 설립허가 신청 당시 기본재산인 이 사건 부동산의 가액으로 당초 감정가액을 적용하였는데, 주무관청인 OO시장은 그 적정성을 인정하는 전제에서 의료법인 설립허가를 하였다(의료법인 설립허가 신청을 위해서는 충분한 기본재산이 있다는 점을 소명하여야 하는바, 원고가 위 신청 당시 굳이 이 사건 부동산의 가액을 자의적으로 과소평가하였다고 볼 만한 합리적인 이유가 없어 보인다).

          (나) 객관적․합리적 절차와 방법에 의한 감정평가액

            □□감정평가법인이 2014. 9. 12. 평가한 당초 감정가액 10,198,502,400원(= 토지 8,160,850,000원 + 건물 2,017,652,400원, 기준시점 2014. 9. 11.)은 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제3조 제1항, 부동산 가격공시에 관한 법률, 감정평가에 관한 규칙 제14조, 제16조 등 관련 법령이 정하는 절차와 방법에 따라 객관적․합리적으로 정당하게 평가된 것으로 보인다. 즉, ① 이 사건 토지는 가치형성요인이 동일․유사한 비교표준지의 공시지가를 기준으로 평가하였는데, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제3조 제1항에 따라 이 사건 토지에 대하여는 적정한 실거래사례가 없었기 때문에 공시지가기준법을 적용한 것이고, 감정평가에 관한 규칙 제14조 제2항에 따라 이 사건 토지의 현실적 이용상황, 공부상 지목, 주위환경, 위치 등의 제반 특성을 참작하여 그 자연적, 사회적 조건이 동일․유사한 토지를 비교표준지로 적정하게 선정한 것으로 보인다. ② 이 사건 건물에 대하여는 원가법을 적용하여 건물의 구조, 재료, 시공정도, 부대설비 및 관리상태 등을 종합적으로 고려한 재조달원가에서 물리적, 경제적, 기능적 감가누계액을 차감하여 평가하였다(피고도 당초 감정가액 중 토지 부분에 대하여만 다툴 뿐, 이 사건 건물에 대한 감정평가액에 대하여는 다투지 않고 있다). ③ 당초 감정가액 10,198,502,400원은 원고가 2018년경 추가로 감정평가를 의뢰한 주식회사 □□감정평가법인의 이 사건 부동산에 대한 2018. 10. 10.자 소급감정평가액 10,099,953,480원(= 토지 8,100,633,000원 + 건물 1,999,320,480원, 기준시점 2014. 9. 11.)보다 약 9,800만 원 높은 가격으로 약 0.9% 정도의 미미한 차이만 보이는바, 당초 감정가액은 관련 법령을 준수하여 정당하게 산출되었음을 뒷받침한다. ④ 당초 감정가액은 적정한 비교표준지를 선정하고 지가변동률․당해 부동산의 위치․형상․환경․이용 상황 등을 참작하여 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것으로서 이 사건 부동산의 객관적 교환가격을 적정하게 반영한 시가로 볼 수 있다.

          (다) 당초 감정가액의 부당성을 지적하는 피고 주장의 배척 근거

             피고는, ⁠‘이 사건 토지는 6차선 왕복 도로에 인접하여 △△병원의 부지로 이용되고 있어 자연녹지지역이 포함된 토지가 전혀 없음에도, □□감정평가법인은 당초 감정가액을 산정하면서 비교표준지에 자연녹지지역을 포함하였고, 또한 맹지가 포함되어 있지 않은데도 맹지인 OO시 OO동 53-227(이하 등장하는 같은 동 관련 토지는 지번으로만 구별하여 기재하기로 한다) 임야 324㎡를 비교표준지로 선정하는 등 그 평가방법과 절차가 위법하다.’고 주장한다. 그러나 다음과 같은 사정들에 비추어, 피고의 위 주장은 이유 없다. 즉, ① 이 사건 토지 중 519-11(◇◇로 322) 토지는 그 전부가 병원 부지로 사용되었던 반면, 토지이용계획확인서, ☆☆시 고시(제2019-19호) 및 위성 현장사진 영상에 의하면, 537-48 토지는 공원부지에 둘러싸인 맹지인 자연녹지지역으로 근린공원에 포함된 부분과 제1종일반주거지역 및 도로에 저촉된 부분을 포함하고 있었는바, □□감정평가법인이 비교표준지에 맹지인 자연녹지지역과 일반주거지역을 포함하여 감정을 시행한 것은 당시 현황을 정확하게 반영한 것으로 비교표준지 선정이 잘못되었다고 볼 수 없다(위 맹지인 자연녹지지역은 근린공원에 포함된 채 2017. 9. 12. 519-43 대 489㎡로 분필되었다가 2019년경 ☆☆시 고시에 의하여 근린공원 범위에서 제외되었다). ② □□감정평가법인은 537-48 토지가 인근 근린공원에 포함된 자연녹지지역을 일부 포함하고 있는 사실을 감안하여 비교표준지에 비해 20% 정도 감가하여 평가하였는바, 이는 공법상 제한 정도를 고려하여 감정평가를 시행하도록 한 감정평가에 관한 규칙 제6조와 감정평가 실무기준에 의한 것으로 정당하고, 달리 대상토지와 비교표준지 사이의 격차율을 부당하게 산정하였다고 볼 사정은 없다. ③ 감정평가에 관한 규칙 제6, 7조에 의하면, 감정평가는 대상물건의 이용상황 및 공법상 제한을 받는 상태를 기준으로 하고, 하나의 대상물건이라도 가치를 달리하는 부분은 이를 구분하여 감정평가할 수 있다. 따라서 이 사건 토지 대부분이 △△병원 부지로 사용되고 있고 그중 537-48 토지가 하나의 필지에 해당한다 하더라도, 537-48 토지는 △△병원 부지로 사용되는 일반주거지역, 인근 공원에 속하는 맹지인 자연녹지지역, 도시계획시설인 도로 부분 등 가치를 달리하는 3개 부분으로 구성되어 있는 이상, 이를 각 구분하여 감정평가한 것은 관련 규정에 따른 것으로 정당하다. ④ 맹지인 위 자연녹지지역의 비교표준지로는 마찬가지로 맹지인 자연녹지를 선정하는 것이 타당한바, 피고가 제시하는 ◎◎동 소재 ◎◎소공원, ▽▽공원, @@동 소재 @@공원은 모두 한 면 이상이 도로에 접한 토지로서 맹지가 아닐 뿐만 아니라, ◎◎소공원과 @@공원은 행정구역도 동일한 구역이 아니어서 비교표준지로 적정하다고 평가하기 어렵다. ⑤ 537-48 토지 중 공원부지는 489㎡임에도 □□감정평가법인은 이를 430㎡로 잘못 측량한 오류가 있기는 하나, 이러한 오류가 반영된 당초 감정가액은 오류를 수정한 감정가액보다 8,850만 원 높은 가격으로 약 1% 남짓의 미미한 차이만 보일 뿐이고, 원고에게 적용된 양도차익[양도가액(= 상증세법상 시가 × 채무부담액/상증세법상 시가) - 취득가액(= 실지거래가액 × 채무부담액/상증세법상 시가)] 또한 정당한 양도차익보다 더 크게 산정되어 피고가 제시한 기준시가에 오히려 더 근접하게 되는바, 이와 같은 사정을 이유로 당초 감정가액의 신뢰성과 객관성을 배척할 것은 아니다.

          (라) 가격상승의 특별한 요인 부존재

            당초 감정가액의 평가기준일(2014. 9. 11.)은 이 사건 부담부증여의 평가기준일(2014. 12. 23.)로부터 3개월 12일 이전의 과거 시점으로 구 상증세법 시행령 제49조 제1항이 규정한 3개월의 평가기간 범위 밖에 있기는 하나, 이는 BB의료재단에 대한 의료법인 설립허가를 받기 위한 사전 절차로서 기본재산인 이 사건 부동산을 이 사건 부담부증여일 전에 미리 감정하였기 때문에 시간적 차이가 발생하게 된 것일 뿐, 3개월 12일의 기간 동안 특별히 가격이 상승되었다고 볼 사정이 없다. 즉, 대수선, 증ㆍ개축, 리모델링 등 특별한 가치상승 요인이 없었던 이상, 이 사건 부동산 중 건물 부분은 감가상각으로 시간이 경과함에 따라 시가가 오히려 하락하였다고 보는 것이 합리적이다. 또한 국가통계포털을 통한 ☆☆시 토지의 지가변동률이 2014. 9.부터 2014. 11.까지 3개월간 총 0.374% 상승한 것에 불과하고, 개별공시지가 역시 2014. 10.부터 2014. 12.까지 3개월간 약 1% 상승하였을 뿐인바, 이 사건 부동산 중 토지 부분에 대하여 유의미한 특별한 가치상승 요인이 있었다고 보기 어렵다[519-11 토지의 개별공시지가는 2014. 1. 1. 기준 1,648,000원이었다가 2015. 1. 1. 기준 1,719,000원으로 71,000원(4.3%) 상승하였고, 같은 동 537-48 토지의 개별공시지가는 2014. 1. 1. 기준 1,419,000원이었다가 2015. 1. 1. 기준 1,478,000원으로 59,000원(4.2%) 상승하였다. 이를 통해 이 사건 부동산 중 토지 부분은 2014. 10.부터 2014. 12.까지 4/4분기 동안 약 1% 상승하였다고 유추해 볼 수 있으나, 특별한 의미를 부여할 정도의 가치상승이라고 평가하기 어렵다].

      나) 취득가액의 산정

        (1) 부담부증여에 대한 양도차익 계산과 관련한 취득가액은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호에 의한 실지거래가액에 ⁠‘증여가액 중 채무액이 차지하는 비율’을 곱하여 산정하는데, 만일 양도가액을 시가가 아니라 기준시가로 산정할 경우에는 취득가액도 실지거래가액이 아닌 기준시가를 적용하게 된다.

        (2) 이 사건 부동산의 부담부증여에 따른 양도차익 산정과 관련하여 앞서 본 바와 같이 양도가액을 기준시가가 아닌 구 상증세법 제60조에 의한 시가인 당초 감정가액 10,198,502,400원을 적용하는 이상, 이 사건 부동산의 2005년경 취득 당시 취득가액은 기준시가가 아닌 실지거래가액 7,765,449,898원이 적용된다.

      다) 부담부증여에 대한 양도차익의 산정

        이 사건 부동산의 부담부증여에 관하여 양도가액은 채무부담액인 62억 원(= 10,198,502,400원 × 62억 원/10,198,502,400원)이 되고, 취득가액은 이 사건 부동산 취득 당시의 실지 취득가액 7,765,449,898원에 당초 감정가액 10,198,502,400원 중에서 채무부담액 62억 원이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 4,720,616,994원(= 7,765,449,898원 × 62억 원/10,198,502,400원)이 된다. 이와 같은 전제에서 양도차익을 1,479,383,006원(= 양도가액 62억 원 – 취득가액 4,720,616,994원)으로 산정하고 그에 따라 원고가 2015. 2. 13. 이 사건 부동산의 부담부증여에 관한 양도소득세 270,621,510원을 신고ㆍ납부한 것은 정당하고, 결국 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지] 관계 법령

■ 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것)

제88조(양도의 정의)

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(「상속세 및 증여세법」제47조 제3항 본문에 해당하는 경우는 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.

제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항제1호가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

나. 제1항제1호나목 및 제114조제7항에 따라 환산가액에 의하여 취득 당시의 실지거래가액을 계산하는 경우로서 법률 제4803호 소득세법개정법률 부칙 제8조에 따라 취득한 것으로 보는 날(이하 이 목에서 "의제취득일"이라 한다) 전에 취득한 자산(상속 또는 증여받은 자산을 포함한다)의 취득가액을 취득 당시의 실지거래가액과 그 가액에 취득일부터 의제취득일의 전날까지의 보유기간의 생산자물가상승률을 곱하여 계산한 금액을 합산한 가액에 의하는 경우에는 그 합산한 가액

다. 제7항 각 호 외의 부분 본문에 의하는 경우에는 해당 실지거래가액

2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서, 같은 호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.

가. 제1항제1호나목에 따른 환산가액과 본문 중 대통령령으로 정하는 금액의 합계액

나. 제1항제2호 및 제3호에 따른 금액의 합계액

■ 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것)

제159조(부담부증여에 대한 양도차익의 계산)

① 법 제88조 제1항 후단에 따른 부담부증여의 경우 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득가액 및 양도가액은 다음 각 호에 따른다.

1. 취득가액　

법 제97조 제1항 제1호에 따른 가액(양도가액을 기준시가에 따라 산정한 경우에는 취득가액도 기준시가에 따라 산정한다)에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액

2. 양도가액

「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액

■ 구 상속세 및 증여세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호로 개정되기 전의 것)

제60조(평가의 원칙 등)

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 따른다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액(제63조제2항에 해당하는 경우는 제외한다)을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

제61조(부동산 등의 평가)

① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 토지

 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법으로 평가한 가액으로 한다.

2. 건물

 건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정·고시하는 가액

■ 구 상속세법 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것)

제49조(평가의 원칙등)

① 법 제60조 제2항에서 "수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 3개월로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다) 이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다. 다만, 평가기간에 해당하지 아니하는 기간으로서 평가기준일 전 2년 이내의 기간 중에 매매등이 있는 경우에도 평가기준일부터 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 날까지의 기간 중에 주식발행회사의 경영상태, 시간의 경과 및 주위환경의 변화 등을 고려하여 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정되는 때에는 제56조의2제1항에 따른 평가심의위원회의 자문을 거쳐 해당 매매등의 가액을 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액에 포함시킬 수 있다.

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 제12조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

2. 당해 재산(법 제63조제1항제1호에 규정된 재산을 제외한다)에 대하여 2이상의 기획재정부령이 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 것을 제외하며, 당해 감정가액이 법 제61조·법 제62조·법 제64조 및 법 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제5항에 따른 시가의 100분의 90에 해당하는 가액 중 적은 금액(이하 이 호에서 "기준금액"이라 한다)에 미달하는 경우(기준금액 이상인 경우에도 제56조의2제1항의 규정에 의한 평가심의위원회의 자문을 거쳐 감정평가목적 등을 감안하여 동 가액이 부적정하다고 인정되는 경우를 포함한다)에는 세무서장(관할지방국세청장을 포함하며, 이하 "세무서장등"이라 한다)이 다른 감정기관에 의뢰하여 감정한 가액에 의하되, 그 가액이 상속세 또는 증여세 납세의무자가 제시한 감정가액보다 낮은 경우에는 그러하지 아니하다.

가. 일정한 조건이 충족될 것을 전제로 당해 재산을 평가하는 등 상속세 및 증여세의 납부목적에 적합하지 아니한 감정가액

나. 평가기준일 현재 당해재산의 원형대로 감정하지 아니한 경우의 당해 감정가액

3. 당해 재산에 대하여 수용·경매 또는 공매사실이 있는 경우에는 그 보상가액·경매가액 또는 공매가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 경매가액 또는 공매가액은 이를 제외한다.

가. 법 제73조에 따라 물납한 재산을 상속인·증여자·수증자 또는 그의 특수관계인이 경매 또는 공매로 취득한 경우

② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우 3개월로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제5항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일

2. 제1항 제2호의 경우에는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일

3. 제1항 제3호의 경우에는 보상가액·경매가액 또는 공매가액이 결정된 날

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 재산과 면적·위치·용도·종목 및 기준시가가 동일하거나 유사한 다른 재산에 대한 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 가액[법 제67조 또는 제68조에 따라 상속세 또는 증여세 과세표준을 신고한 경우에는 평가기준일 전 6개월(증여의 경우에는 3개월로 한다)부터 제1항에 따른 평가기간 이내의 신고일까지의 가액을 말한다]이 있는 경우에는 당해 가액을 법 제60조제2항의 규정에 의한 시가로 본다.

■ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)

제47조의3(과소신고·초과환급신고가산세)

① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 「교육세법」 및 「농어촌특별세법」 에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고(이하 이 조에서 "과소신고"라 한다)하거나 환급세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조에서 "초과신고"라 한다)한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, ⁠「부가가치세법」에 따른 사업자가 같은 법 제48조제1항·제4항, 제49조제1항, 제66조 및 제67조에 따른 신고를 한 경우로서 영세율과세표준을 과소신고(신고하지 아니한 경우를 포함한다)한 경우에는 제2호에 따른 금액의 100분의 10에 상당하는 금액과 그 과소신고분(신고하여야할 금액에 미달한 금액을 말한다. 이하 같다) 영세율과세표준의 1천분의 5에 상당하는 금액을 합한 금액을 가산세로 한다.

④ 제1항 또는 제2항을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이와 관련하여 과소신고하거나 초과신고한 부분에 대해서는 제1항 또는 제2항의 가산세를 적용하지 아니한다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 상속세·증여세 과세표준을 과소신고한 경우

가. 신고 당시 소유권에 대한 소송 등의 사유로 상속재산 또는 증여재산으로 확정되지 아니하였던 경우

나. 「상속세 및 증여세법」 제18조부터 제23조까지, 제23조의2, 제24조, 제53조 및 제54조에 따른 공제의 적용에 착오가 있었던 경우

다. 「상속세 및 증여세법」 제60조제2항·제3항 및 제66조에 따라 평가한 가액으로 과세표준을 결정한 경우

제48조(가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

■ 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률

제3조(기준) 

① 감정평가업자가 토지를 감정평가하는 경우에는 그 토지와 이용가치가 비슷하다고 인정되는 ⁠「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 표준지공시지가를 기준으로 하여야 한다. 다만, 적정한 실거래가가 있는 경우에는 이를 기준으로 할 수 있다.

③ 감정평가의 공정성과 합리성을 보장하기 위하여 감정평가법인등이 준수하여야 할 세부적인 원칙과 기준은 국토교통부령으로 정한다.

■ 감정평가에 관한 규칙

제6조(현황기준 원칙)

① 감정평가는 기준시점에서의 대상물건의 이용상황(불법적이거나 일시적인 이용은 제외한다) 및 공법상 제한을 받는 상태를 기준으로 한다.

제7조(개별물건기준 원칙 등)

① 감정평가는 대상물건마다 개별로 하여야 한다.

② 둘 이상의 대상물건이 일체로 거래되거나 대상물건 상호 간에 용도상 불가분의 관계가 있는 경우에는 일괄하여 감정평가할 수 있다.

③ 하나의 대상물건이라도 가치를 달리하는 부분은 이를 구분하여 감정평가할 수 있다.

제14조(토지의 감정평가)

① 감정평가업자는 법 제3조 제1항 본문에 따라 토지를 감정평가할 때에는 공시지가기준법을 적용하여야 한다.

② 감정평가업자는 공시지가기준법에 따라 토지를 감정평가할 때에 다음 각 호의 순서에 따라야 한다.

1. 비교표준지 선정: 인근지역에 있는 표준지 중에서 대상토지와 용도지역ㆍ 이용상황ㆍ 주변환경 등이 같거나 비슷한 표준지를 선정할 것. 다만, 인근지역에 적절한 표준지가 없는 경우에는 인근지역과 유사한 지역적 특성을 갖는 동일수급권 안의 유사지역에 있는 표준지를 선정할 수 있다.

제15조(건물의 감정평가)

①감정평가업자는 건물을 감정평가할 때에 원가법을 적용하여야 한다. 끝.

출처 : 서울행정법원 2020. 12. 10. 선고 서울행정법원 2019구합90623 판결 | 국세법령정보시스템