요지

원고가 주장하는 세무조사의 절차적 하자는 이유 없고, 원고가 매출누락 한 사실은 인정되지만 일부 원고주장에 이유 있으므로 정당세액으로 부과되어야 할 것인데, 변론종결시까지 제출한 자료만으로는 원고에게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분은 취소되어야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2016. 12. 13. 원고에게 한 2014년 1기 부가가치세 238,135,120원, 2014년 2기 부가가치세 161,531,860원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고에 대한 세무조사 및 부가가치세 부과처분의 경과

(1) 원고는 공작기계 및 중고기계의 판매업 등을 영위하기 위한 목적으로 설립된 법인으로, 본점은 ○○시 ○○구 ○○로○○○번길 ○에 위치해 있다.

(2) BB세무서장은 원고에 대하여 2016. 7. 11.부터 2016. 9. 5.까지 2014년 귀속 법인통합조사를 진행하다가 조세범칙조사로 전환하여 2016. 9. 6.부터 2016. 9. 30.까지 이를 실시하였다(이하 법인통합조사 및 조세범칙조사를 통틀어 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다).

(3) BB세무서장은 원고가 2014년 1기, 2014년 2기 과세기간동안 주식회사 AAA시스템(이하 ⁠‘AAA’라 하고, 회사 명칭에서 ⁠‘주식회사’ 기재를 생략한다) 등 매출처로부터의 공급가액 1,154,615,433원에 대한 세금계산서를 발행하지 않고 매출을 누락하였다고 보아, 2016. 10. 5. 원고에게 2014년 1기 부가가치세 77,255,627원, 2014년 2기 부가가치세 133,193,655원 및 법인세 375,076,376원을 부과하겠다는 내용의 세무조사결과통지(이하 ⁠‘제1차 세무조사결과통지’라 한다)를 하였다. 이에 원고는 BB세무서장에게 3차례에 걸쳐 추가 소명서를 제출하였고, BB세무서장은 이를 검토하여 거래처별 매출누락액을 조정한 후 아래와 같이 AAA 등 매출처(이하 아래 표의 매출처를 통틀어 ⁠‘이 사건 매출처’라 한다)로부터의 공급가액 2,177,679,992원을 매출누락 과세표준으로 결정하고, 2016. 12. 1. 피고에게 위 결정결의안을 통보하였다.

(4) 이에 따라 피고는 2016. 12. 1. 원고에게 2014년 1기 부가가치세 238,135,128원, 2014년 2기 부가가치세 161,531,862원 및 법인세 354,606,263원을 경정․고지(이하 ⁠‘종전 경정고지’라 한다)하였다.

(5) 한편 BB세무서장은 제1차 세무조사결과통지 후 부가가치세액이 증액되었음에도 원고에게 별도의 세무조사결과통지를 하지 않은 것을 확인하고, 2016. 12. 8. 원고에게 종전 경정고지와 같이 과세하겠다는 내용의 세무조사결과통지(이하 ⁠‘제2차 세무조사결과통지’라 한다)를 하였다. 또한 BB세무서장은 피고에게, 같은 날 종전 경정고지 중 부가가치세 부분의 경정․고지를 취소하라는 결정결의안을 통보한 후, 2016. 12. 12. 종전 경정고지 중 부가가치세 부분과 동일한 내용의 경정․고지를 하라는 결정결의안을 통보하였다.

(6) 피고는 원고에게, 2016. 12. 12. 종전 경정고지 중 부가가치세 부분을 취소하는 내용의 통지를 하였고, 2016. 12. 13. 다시 아래와 같은 내용의 2014년 1기 부가가치세 238,135,128원, 2014년 2기 부가가치세 161,531,862원을 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

나. 원고에 대한 조세범처벌법상 고발조치 및 관련 형사사건의 경과

(1) BB세무서장은 2016. 12. 22. 원고 및 오○○(원고의 대표자이다)를 조세범처

벌법위반 혐의로 ○○지방검찰청 ○○지청에 고발하였다.

(2) ○○지방검찰청 ○○지청은 2018. 4. 27. 원고 및 오○○에 대하여 이 사건 매출처 중 BBB․DDD․HHH․NNN와 관련된 조세범처벌법 위반 부분만을 공소제기하였으며, 나머지 업체에 관하여는 불기소처분(혐의 없음) 하였다.

(3) 오○○는 2018. 8. 30. ○○지방법원 ○○지원 2018고단991호로 BBB․DDD․HHH․NNN와 관련된 부가가치세․법인세 포탈과 세금계산서 미발급의 범죄사실에 대해 징역 6월, 집행유예 2년을 선고받았고, 원고 역시 벌금 500만 원을 선고받았다. 원고 및 오○○는 이에 불복하여 ○○지방법원 2018노2604호로 항소하였고, 위 항소심 법원은 2019. 11. 28. 원심판결을 파기하고, BBB․DDD․HHH와 관련된 세금계산서 미발급의 범죄사실만을 인정하여 원고에게 벌금 300만 원, 오○○에게 벌금 900만 원을 선고하며 나머지 공소사실에 대해서는 무죄를 선고하였다. 이후 검사는 위 판결에 불복하여 대법원 2019도18942호로 상고심 계속 중이다.

다. 이 사건 처분에 대한 전심절차의 경과

한편, 원고는 2016. 12. 28. 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였으나, 2017. 5. 19. 이의신청이 기각되었고, 2017. 6. 19. 다시 국세청장에게 심사청구하였으나, 2017. 9. 28. 심사청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 8, 35호증, 을 제3, 6, 7호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

(1) 절차적 하자에 관한 주장

(가) 세무조사 관할권 위반

세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하여야 하므로, 이 사건 세무조사는 원고 본점 소재지 관할 세무서장인 피고가 수행하였어야 했고, 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의6 제1항 단서 및 같은 법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26946호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의3 각호의 관할조정 사유에도 해당하지 않으므로 세무조사 관할권이 없는 BB세무서장의 이 사건 세무조사는 위법하며, 이를 기초로 한 이 사건 처분역시 위법하다.

(나) 중복된 세무조사 이 사건 세무조사는 2016. 10. 5. BB세무서장의 제1차 세무조사결정통지가 이루어짐으로써 종료되었음에도, BB세무서장은 원고에 대한 세무조사를 재착수하여 매출누락 과세표준을 불이익하게 변경하였다. 원고는 이미 2016. 9. 6.부터 2016. 9.30.까지 조세범칙조사를 받았기 때문에 구 국세기본법 제81조의4 제1항 제1호, 제5호, 같은 법 시행령 제63조의2 제3호에 해당하지 않음에도 BB세무서장의 중복된 세무조사를 받았는바, 이러한 위법한 중복 세무조사에 기한 이 사건 처분은 위법하다.

(다) 과세전적부심사 기회 박탈

세무조사결과에 대한 서면통지가 있은 때로부터 30일 이내에 과세전적부심사 청구를 할 수 있는데, 이 사건 처분은 제2차 세무조사결정통지가 이루어지고 나서 불과 5일 후에 이루어진바, 원고의 과세전적부심사청구를 할 수 있는 기회를 박탈한 것 으로서 위법하다.

(2) 실체적 하자에 관한 주장

피고는 원고가 이 사건 매출처에 물품을 공급하였음에도 세금계산서를 미발급 하고 매출을 누락하였다는 이유로 이 사건 처분을 한 것인데, 이 사건 매출처 중 ①III 및 JJJ과 관련해서는 차입금을 매출액으로 잘못 산정한 것이며, ② AAA와 관련해서는 PPP솔루션(이하 ⁠‘PPP’라 한다)과의 정당한 거래를 원고가 오인한 것에 불과하고, ③ CCC, EEE, FFF, GGG과 관련해서는 과다입금 되었거나 잘못 입금된 금액을 다시 반환하였음에도 이를 매출 누락으로 잘못 산정하였고, ④ LLL와 관련해서는 피고가 ⁠‘LL’과 ⁠‘LLL’를 혼동하여 적법하게 세금계산서가 발행된 거래를 매출누락으로 본 것이며, ⑤ MMM과 관련해서는 세무사의 기재내역의 착오로 인한 것을 매출누락으로 산정하였고, ⑥ KKK와 관련해서는 거래처 혼동에 따른 잘못 입금된 금액을 매출누락으로 산정하였으므로, 이 사건 처분은 매출누락액을 잘못 산정한 위법이 있다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 절차적 하자에 관한 판단

(1) 세무조사 관할권 위반 여부

(가) 구 국세기본법 제81조의6 제1항은 세무조사의 관할에 관하여 ⁠‘세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다.’고 규정하고 있다. 그에 따라 구 국세기본법 시행령 제63조의3의 각 호에서는 세무조사의 관할을 조정할 수 있는 사유들을 열거하고 있는데, 제4호에서는 ⁠‘세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 관할을 조정할 필요가 있다고 판단되는 경우’를 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 을 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 세무조사 당시 ○○지방국세청장의 관할구역은 원고의 본점 소재지를 포함하고 있었던 사실, ○○지방국세청장은 이 사건 세무조사 전인 2016. 6. 9. 관할 내 각 세무서장에 게 ⁠‘2014사업년도 법인세 정기조사 대상자 명단’을 통보하며 조사관할을 조정하여 준 사실이 인정되는바, ○○지방국세청장은 세무관서별 업무량과 세무조사 인력 등을 고려하여 다수 법인에 대한 세무조사 시 국세기본법 제81조의6 제1항, 같은 법 시행령 제63조의3 제4호에 따라 산하 BB세무서장에게 관할조정을 통해 원고에 대한 세무조사를 위임할 수 있다 할 것이다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 중복된 세무조사 여부

(가) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 이를 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

(나) 앞서 본 사실을 위 법리에 비추어 보건대, BB세무서장은 제1차 세무조사 결과통지 이후 원고가 자발적으로 소명서를 추가로 제출하자 이를 검토하여 매출누락금액의 계산에 오류가 있는 것을 발견하고 거래처별 매출누락액을 조정한 것으로 보일 뿐, 달리 BB세무서장이 과세표준을 경정하기 위하여 원고의 사업장 등에서 납세자를 직접 접촉하거나, 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나, 일정기간 동안 장부․서류․물건 등을 검사․조사하였다는 사실을 인정할 자료가 없다. 또한 부가가치세법 제57조 제3항에 따르면 관할 세무서장 등은 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되면 즉시 다시 경정해야 하는바, BB세무서장의 매출누락 과세표준 경정은 이 사건 세무조사의 결과를 바탕으로 경정권을 행사한 것으로서 중복된 세무조사에 기한 위법한 처분으로 볼 수 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(3) 과세전적부심사 기회 박탈 여부

(가) 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조). 한편, 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호에 의하면, 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날로부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(과세전적부심사)를 청구할 수 있으나, 제2항 제2호에 의하면 조세범처벌법 위반으로 고발하는 경우 위 규정을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

(나) 살피건대, 갑 제3 내지 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, BB세무서장이 2016. 12. 8. 원고에게 제2차 세무조사결과통지를 하고, 그로부터 30일이 지나지 않은 2016. 12. 13.에 피고가 원고에게 이 사건 처분을 한 사실, 한편 ○○지방국세청장 산하 조세범칙조사심의위원회는 2016. 10. 20. BB세무서장의 이 사건 세무조사 결과를 바탕으로 조세범칙조사 결과처분을 결정한 사실, 이후 BB세무서장은 2016. 12. 22. 원고를 조세범처벌법위반 혐의로 검찰에 고발한 사실을 인정할 수 있다.

국세기본법이 조세범처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우를 과세전적부심사의 예외사유로 정한 것은 범죄 혐의가 인정되는 경우에는 과세전적부심사를 통한 사전권리구제의 필요성이 적기 때문인 것으로 보이는바, 비록 이 사건 처분이 BB세무서장의 검찰 고발보다 먼저 이루어졌다고 하더라도, BB세무서장은 이 사건 처분 이전인 2016. 10. 20. 이미 원고를 조세범처벌법위반으로 고발할 것을 결정한 상태였던 점, 이에 따라 BB세무서장은 2016. 12. 22. 실제 원고를 검찰에 고발하였던 점, BB세무서장이 2016. 12. 8. 원고에게 제2차 세무조사결과통지를 한 후 과세적부심사청구기간 30일을 보장해주었다고 하더라도 2016. 12. 22.자 고발로 인해 어차피 원고의 심사는 제외되었을 것인 점 등을 고려하면 검찰 고발이 이 사건 처분보다 시기상으로 먼저 이루어졌다고 하더라도 그러한 사정만으로 원고의 절차적 권리를 침해하였다고 볼 수 없다.

(다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 실체적 하자에 관한 판단

(1) 관련 법리

행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의 불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있으며(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 참조), 동일한 사실관계에 관한 확정된 형사판결은 유력한 증거자료가 되므로 민사재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없지만, 검찰의 무혐의결정에 대해 확정된 형사판결과 동일한 증거가치를 부여할 수는 없다(대법원 1995. 12. 26. 선고 95다21884 판결 참조).

조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있는데, 이 경우 그와 같이 추정할 수 있는지는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금ㆍ관리계좌로 사용되었는지, 입금 일자나 상대방 및 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 계좌의 거래 중에서 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다. 그리고 위와 같은 여러 사정들을 종합한 결과 납세의무자의 금융기관계좌가 매출이나 수입에 관한 주된 입금ㆍ관리계좌로서 그에 입급된 금액이 매출이나 수입에 해당한다고 추정할 수 있는 경우라 하더라도, 개별적인 입금이나 일정한 유형의 입금이 일자, 액수, 거래 상대방 및 경위 등과 아울러 경험칙에 비추어 이미 신고한 매출이나 수입과 중복되는 거래이거나 매출이나 수입과 무관한 개인적인 거래로 인정될 수 있는 특별한 사정이 있는 경우에는, 이를 신고가 누락된 매출이나 수입에 해당 한다고 쉽게 단정할 수는 없다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두7776 판결 등 참조).

(2) III 및 JJJ과 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 2014년 III으로부터 2,056,179,000원을 입금 받았고, 그 중1,174,921,000원은 매매대금에 해당하여 세금계산서를 발행하였다. 나머지 차액881,258,000원은 원고가 ZZZ로부터 공작기계를 납품 받기 위해서 III으로부터 차용한 금액이다. 또한 원고는 2014년 JJJ으로부터 2,150,892,000원을 입금 받았는데, 그 중 1,236,740,000원은 세금계산서가 발행된 매매대금에 해당하고 나머지 914,151,000원은 위와 같은 이유로 JJJ으로부터 차용한 금액이다.

원고가 공작기계를 판매하려면 ZZZ로부터 공작기계를 납품받아야 하는데, 이때 ZZZ는 대리점의 여신이 부족할 경우 납품을 거절하기 때문에 원고는 여신확보를 위해 III과 JJJ으로부터 수차례 무이자로 현금을 차용할 필요성이 있었다. 만약 원고가 III 및 JJJ에게 세금계산서 발급 없이 공작기계를 공급하였다고 한다면 III 및 JJJ은 공급가액 전부가 소득으로 잡혀 과도한 소득세를 부과당할 위험에 빠지는 바, III 및 JJJ은 세금계산서 없이 원고와 거래할 이유가 없다.

(나) 인정사실

앞서 든 증거 및 갑 제36호증, 을 제4, 10 내지 12호증의 각 기재, 증인 권○○의 증언에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 제1회 범칙혐의자 심문조사 당시 BB세무서 조사관이 매출누락 혐의와 관련해 어떤 물품을 판매한 것이냐는 질문에 원고는 ⁠‘주로 중고기계를 판매한 것으로 생각됩니다만 다시 확인해 보겠습니다.’라고 진술한바 있으며, 제2회 심문조사에서는‘2014. 12. 31. 선급금과 상계처리된 매입대금 888백만원과 관련하여 세금계산서 수취금액보다 출금지급액이 더 적은 이유는 무엇입니까’라는 질문에 대해 ⁠‘보통 기계장치를 판매하면서 보상판매형식으로 중고기계를 매입하게 되는데 지급한 금액과의 차이액은 판매분에 대한 계약금으로 처리합니다.’라고 진술하였다.

② 원고는 이 사건 세무조사 당시 III으로부터 입금 받은 2,056,179,000원 중 1,174,921,000원은 세금계산서를 발급하였고, 486,118,337원은 정상가격을 초과하여 입금된 금액으로 다시 송금하였으며, 나머지 금액만이 차용금이라고 진술하였다. 또한, 원고는 JJJ으로부터 입금 받은 2,150,892,000원 중 1,236,740,000원에 대한 세금계산서를 발급하였고, 763,374,620원은 정상가격을 초과하여 입금된 금액으로 다시 송금하였으며, 나머지 금액만이 차용금이라고 진술하였다.

③ 원고는 2014년 동안 III에게 531,815,200원을 입금하였으며, JJJ에게는 763,375,120원을 입금하였고, ZZZ에는 27,648,510,053원을 입금하였다.

④ 원고와 ZZZ는 2012. 4. 1. 공작기기 대리점 계약을 체결하였는데, 그 주요내용은 아래와 같다.

⑤ 원고는 III과 JJJ으로부터 원고가 ⁠‘차입금’이라 주장하는 금액이 입금되면 이를 장부에 ⁠‘차입금’으로 계상하지 않고 ⁠‘외상매출금’으로 계상하였으며, 이후 연도말에 현금 계정과 상계 처리하였다.

⑥ 원고는 2014년 오○○ 및 한○○(오○○의 배우자이다)에게 1,732,797,563원을 송금하였고, 730,850,000원을 입금 받은바 있다. 또한, 원고의 2014. 12. 31. 현재

대차대조표상 ⁠‘현금 및 현금성자산’ 계정의 금액은 96,926,142원이다.

(다) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, III과 JJJ으로부터 입금 받은 금액 중 세금계산서를 발행하지 않은 부분을 차입금이라고 인정하기 어렵고, 오히려 중고기계 판매에 대한 매출 누락으로 볼 수 있는 바, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 이 사건 세무조사 당시 중고 공작기계를 판매하는 과정에서 매출누락이 일어났음을 시인한 바 있고, III과 JJJ 역시 원고로부터 신품 및 중고 공작기계를 매입하여 이를 판매하는 딜러사인 점, 원고가 III 및 JJJ으로부터 수차례 입금 받을 동안 차용금을 별도의 계좌로 분리한 사정이 없고 혼용하여 사용한 점, 원고가 III 및 JJJ으로부터 입금 받은 돈은 대부분 끝자리가 1000만 원 혹은 100만 원 단위로 끝남에 반하여 III 및 JJJ에게 입금한 돈은 대부분 끝자리가 100원 단위로 끝나고 그 액수도 소액이며 불규칙한 점 등에 비추어 보면, 원고가 III 및 JJJ으로부터 위 금원을 차용한 후 이를 변제하였다기보다는 III 및 JJJ을 통해 중고 공작기계를 판매하고 그 매매대금을 수취한 후 III 및 JJJ에게 수수료 상당을 반환하였거나 계약 해제로 인한 반환금 등을 송금한 것으로 보인다.

② 원고는 ZZZ로부터 납품받기 위한 여신을 확보하기 위하여 III 및 JJJ으로부터 금원을 차용한 것이라고 주장하나, III 및 JJJ으로부터 오고 간 금액이 수억 원에 달할 뿐 아니라 그 횟수 역시 빈번하였는바, 위와 같은 고액의 빈번한 거래가 아무런 차용증 작성 없이 그것도 무이자로 이루어졌다는 것은 경험칙상 쉽게 납득하기 어렵다.

③ 또한, 원고가 III 및 JJJ으로부터 차입금을 받은 것이라면 장부기재를 아래 과 같이 해야 함이 정상적이나, 오히려 차입금이라고 주장하는 금액을 아래 와 같이 외상매출금으로 계상한 후 이를 연도말에 전부 현금으로 상계하였다. 특히 오○○와 한○○는 2014년 원고로부터 1,732,797,563원을 송금받고 730,850,000원을 입금하였으므로, 원고의 현금 총 1,001,947,563원이 사외유출 되었고, 연도말 대차대조표상 원고의 현금 및 현금성자산은 96,926,142원 밖에 남지 않았는바, 이와 같은 점을 고려하면 원고가 III 및 JJJ으로부터 받은 금액을 여신확보를 위한 차입금 용도라고 보기는 어렵다.

④ 원고는 이 사건 세무조사 당시 III 및 JJJ으로부터 정상가격을 초과하여 입금된 금액을 다시 송금하였다면서 486,118,337원을 III에게, 763,374,620원 JJJ에게 각 반환하였으며, 입금된 금액 중 세금계산서 발급액 및 위 반환액을 공제한 나머지 금액만이 차용금이라고 주장하였으나, 이 사건 변론에서는 III 및 JJJ에게 반환한 위 금액까지 차용금이라고 주장하며 이를 번복하였는바(2019. 12. 17.자 원고 준비서면 제3, 5면 참조), 차용금액에 관한 주장도 일관되지 않고 있어 실제 위 금액이 차용금인지 여부에 의문이 든다.

⑤ 나아가, 원고는 2014년 III에게 531,815,200원을, JJJ에게는 763,375,120원을 입금하여 III에 대한 남은 차용금은 150,775,790원, JJJ에 대한 남은 차용금은 333,338,263원(＝III 혹은 JJJ으로부터 입금된 금액－세금계산서가 발급된 금액－원고가 반환한 금액)이라고 주장하나, 원고가 법인세 신고 및 조사 당시 제출한 장부(을 제10호증의 6)에는 III 등에 대한 차입금 기재가 없을 뿐만 아니라, 이후 수년이 지난 현재까지 위 금액을 원고가 III 및 JJJ에게 변제하였다거나 III 및 JJJ이 원고에게 위 금액에 대하여 변제를 독촉하였다는 사정을 인정할 증거도 없다.

⑥ 한편, 원고는 III 및 JJJ이 세금계산서를 발급하지 않는 형태의 거래를 할 유인이 없다고 주장하나, III 및 JJJ도 원고와 관련된 매출․매입 거래를 상계처리한 후, 상계처리 후 순액의 매출만을 신고함으로써 원고로부터 받는 기계 판매수수료 수입에 대한 매출을 누락할 유인이 충분히 있다.

(3) AAA와 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

PPP는 원고의 공작기계를 매입한 후 TTT로부터 대출을 받았으므로, TTT이 원고에게 106,590,000원을 PPP 대신 직접 지급하였다. 이에 대해 원고는 PPP에게 99,968,000원의 세금계산서를 발행하고 나머지 금액은 원고가 PPP 대표자 유○○으로부터 채무를 상환 받은 것임에도, 피고는 이를 간과한 채 PPP와 AAA를 착오하여 부당하게 96,900,000원을 매출누락 공급가액으로 보았다.

(나) 구체적 판단

1) 과세처분취소소송에서의 소송물은 과세관청의 처분에 의하여 인정된 과세표준 및 세액의 객관적 존부이고, 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결 시까지 그 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침하기 위하여 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 처분사유를 교환․변경할 수 있다(대법원 2002. 3. 12. 선고 2000두2181 판결, 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 등 참조).

2) 살피건대, 앞서 든 증거 및 갑 제11호증, 을 제9, 10호증의 각 기재에 변론전체의 취지를 종합하면, TTT은 2014. 2. 7. 원고에게 106,590,000원을 입금하였는데, 이는 PPP가 원고의 공작기계를 매입한 후 TTT로부터 대출을 받았기 때문에 TTT이 위 매입대금을 대신 지급한 사실, 원고는 2013. 5. 9. PPP에게 공급가액 90,880,000원의 세금계산서를 발급하였으나, 그 이후에는 세금계산서를 발급한 사실이 없는 사실, 유○○은 2013. 4. 12. 원고에게 32,000,500원을 대여한 사실을 인정할 수 있다.

3) 그러나 원고의 PPP에 대한 세금계산서 발행시기와 원고가 TTT로부터 입금 받은 시기의 시간적 간격이 크므로 위 세금계산서를 TTT의 2014. 2. 7.자 입금과 관련된 세금계산서라고 보기 어려우며, 유○○이 원고에게 채무를 상환하였다는 점을 인정할 증거도 없다. 오히려 2013년 원고 결산서상 PPP의 외상매출금 잔액은 ⁠‘0’원으로 2013년 발행한 세금계산서 관련 외상매출금 채권은 모두 회수되었음을 알 수 있다. 이에 비추어 보면, 원고는 2014년 PPP에게 물품을 공급하였음에도 그에 대한 세금계산서를 발행하지 않고 매출을 누락한 것으로 볼 수 있다.

또한, 피고가 비록 PPP에 대한 매출누락을 착오하여 AAA에 대한 매출누락으로 인정한 채 이 사건 처분을 하였다고 하더라도, 매출누락 인정액 및 그로 계산한 부가가치세 총액은 동일하며, 물품을 매매하였음에도 공급가액에 대한 세금계산서를 작성하지 않아 매출을 누락하였다는 행위태양도 동일한바, 과세원인이 되는 기초사실 내지 납세의무자․세목․과세기간으로 구성되는 과세단위를 달리하는 것은 아니므로, 위와 같은 처분사유의 변경은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 이루어진 것으로서 허용된다.

4) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(4) GGG과 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 GGG으로부터 66,600,000원을 입금 받은 후, 위 금액이 물품대금보다 많은 액수여서 57,475,000원에 대해서만 세금계산서를 발급한 후, 차액 9,000,000원 상당을 신○○(GGG 실대표 김○○의 모친이다)에게 반환하였다. 그럼에도 피고는 위 입금액과 세금계산서 발급액의 차액을 매출누락으로 보아 이 사건 처분을 하였다.

(나) 구체적 판단

1) 갑 제8, 9호증의 기재에 의하면, 원고는 2014. 1. 25. GGG으로부터 66,600,000원을 입금 받았으나, 57,475,000원에 대해서만 세금계산서를 발행한 사실, 원고는 2014. 1. 28. 신○○에게 9,000,000원을 송금한 사실을 인정할 수 있는바, 이에 의하면 원고는 GGG으로부터 물품대금을 초과하는 금액을 입금 받았기 때문에 이를 반환한 것으로 볼 수 있으므로 이 부분 금액을 매출누락으로 보기 어렵다.

2) 한편, 피고는 원고가 2018. 1. 28. 신○○에게 900만 원을 송금하였다는 전제하에 물품거래가 이루어진 뒤 4년이 지나 송금을 한 것이므로 이는 과입금에 대한 반환으로 볼 수 없다고 주장하나, 피고가 그 주장의 근거로 삼고 있는 갑 제8호증의 날짜 기재는 원고와 GGG의 거래일자 및 갑 제9호증의 기재에 비추어 2014. 1. 28.의 오기로 봄이 상당하므로 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(5) KKK와 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고가 KKK로부터 입금 받은 2,000,000원은 KKK가 III에게 기계대금을 납부하여야 함에도 실수로 원고의 계좌로 잘못 입금한 것이며, 이후에 원고가 2,000,000원을 KKK에게 반환하였는바, 그럼에도 피고는 이를 매출누락으로 보아 이 사건 처분을 하였다.

(나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거와 을 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 오○○는 제2회 범칙혐의자 심문조사 당시 2014. 11. 1. KKK로부터 받은 2,000,000원은 기계 계약금으로 받은 것이며, 해당 계약은 파기되었고 세금계산서 미교부한 금액이 맞다고 진술한 점, 원고가 위 심문 직후 제출한 추가소명서(을 제6호증의 1)에도 KKK로부터 2014. 11. 1. 입금받은 금액에 대해 매출누락 혐의를 인정한 점(다만, 그 금액이 130,000원으로 기재되어 있다), 원고가 위 200만 원은 KKK가 III에게 입금해야 할 것을 원고에게 잘못 입금한 것이라고 주장하나, 원고가 위 금액을 KKK에게 반환하였다거나 III에게 입금하였음을 인정할 만한 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점, 원고는 2014. 11. 1. KKK로부터 2,000,000원을 입금 받고 이를 보통예금(차변) 및 외상매출금(대변)으로 계상한 후, 2014년도 말 외상매출금 2,000,000원을 현금과 상계처리하였는바, 위와 같은 상계처리를 통해 200만 원을 장부상 나타내지 않도록 조치한 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고는 KKK로부터 물품대금 200만 원을 받았음에도 세금계산서를 발급하지 않고 매출 누락시킨 것으로 볼 수 있다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(6) LLL와 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 2014. 11. 26. ⁠‘LLL’에게 공작기계 1대를 118,800,000원에 판매한 후 같은 금액에 대한 세금계산서를 발급하였고, 이와 별도로 2014. 6. 26. ⁠‘LL’에게 공작기계 1대를 92,800,000원에 판매한 후 위 금액에 대한 세금계산서를 발급해 주었다. 그럼에도 피고는 ⁠‘LLL’와 ⁠‘LL’을 혼동하여 원고가 2014. 7. 28. LL으로부터 입금 받은 98,000,000원에 대하여 LLL에게 물품을 98,000,000원에 판매한 후 그 중 92,400,000원에 대해서만 세금계산서를 발급하고, 나머지 금액에 대해서는 매출을 누락하였다고 보아 이 사건 처분을 하였다.

(나) 구체적 판단

1) 살피건대, 갑 제17, 18호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2014. 6. 26. LL과 공작기계 1대를 92,400,000원(공급가액 84,000,000원)에 매도하는 계약을 체결하고, 2014. 7. 15. LL에게 92,400,000원에 대한 세금계산서를 발급한 사실, 원고는 2014. 7. 28. LL¹⁾1)으로부터 98,000,000원을 입금 받고, 이후 2014. 7. 29. 장광식(LL의 영업담당자이다)에게 6,600,000원을 송금한 사실을 인정할 수 있다. 이에 비추어 보면, 원고와 LL은 당초 92,400,000원으로 기계 매매계약을 체결하였으나, LL이 물품대금보다 초과하여 98,000,000원 입금하였기 때문에 원고가 차액 부분을 LL에게 다시 반환한 것으로 봄이 상당하다.

2) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(7) MMM과 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 MMM에게 공작기계를 71,500,000원에 매도하고 매매대금을 70,000,000원밖에 받지 못했음에도, 피고는 원고가 MMM에게 80,000,000원을 받았다고 보아 그 차액을 매출누락으로 보아 과세하였는바, 이는 세무사의 장부 기재실수로 인한 것이므로 매출누락으로 볼 수 없다.

(나) 구체적 판단

1) 살피건대, 을 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 MMM으로부터 2014. 12. 2. 70,000,000원을 입금 받은 외에 그 이전인 2014. 10. 21.에도 10,000,000원을 입금 받은 사실, 그런데 원고는 MMM에게 71,500,000원에 대해서만 세금계산서를 발급한 사실, 한편 원고는 위 10,000,000원에 대하여는 이를 보통예금(차변) 및 외상매출금(대변)으로 계상한 후, 2014년도 말 외상매출금 8,500,000원을 현금 등과 상계처리한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 갑 제19호증의 기재에 의하면, 원고는 2014. 10. 18. MMM과 사이에 공작기계를 71,500,000원에 매도하는 계약을 체결한 사실이 인정되는바²⁾, 그렇다면 비록 원고가 MMM으로부터 위 매매대금 71,500,000원을 초과하는 금액을 입금받고 2014. 12. 31. 입금액과 세금계산서 발행가액과의 차액 8,500,000원을 현금 등과 상계처리하였다고 하더라도 원고가 MMM에게 위 매매대금인 71,500,000원에 대해서만 세금계산서를 발급한 이상, 위 차액 부분을 매출 누락이라고 단정할 수 없고 달리 이를 인정할 자료가 없다³⁾.

2) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(8) CCC, EEE, FFF과 관련된 매출누락 부분에 대한 판단

(가) 원고의 주장

원고는 CCC, EEE과 관련된 매출누락 부분의 경우 위 업체들이 원고에게 잘못 입금한 것으로 원고는 잘못 입금된 부분을 모두 반환하였고, FFF과 관련된 부분도 FFF이 원고에게 8,000원을 잘못 입금한 것이므로 매출누락이 아니라고 주장한다.

(나) 구체적 판단

살피건대, 갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 원고 주장사실을 모두 인정할 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다(피고도 위 부분이 매출누락이 아니라는 점에 대해서는 이를 다투지 않고 있다).

마. 취소의 범위

(1) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

(2) 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 처분 중 GGG, LLL, MMM, CCC, EEE, FFF 관련 부분은 위법하므로 취소되어야 할 것인데, 이 사건에 있어 변론종결시까지 제출된 자료만으로는 원고에게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없으므로, 결국 이 사건 처분은 전부 취소할 수밖에 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 갑 제18-4호증의 기재에 의하면 입금자가 ⁠‘LLL’라고 기재되어 있으나, 을 제10-4호증의 기재에 의하면 입금자의 사업자번호가 ⁠‘LL’의 것인 점, 갑 제17, 18호증의 각 1의 기재에 의하면 ⁠‘LLL’의 사업자등록일은 2014. 10. 28.이고, LL’의 사업자등록일은 2014. 7. 8.인 점을 종합하면, 갑 제18-4호증의 ⁠‘LLL’는 ⁠‘LL’의 오기로 보인다.

2) 원고는 MMM과의 계약서(갑 제19호증)를 뒤늦게 변론 과정에서야 제출하였으나, MMM 대표 박준용도 수사기관에서 원고로부터 7천만 원 상당의 중고기계 1대를 구입한 적이 있다고 진술한 점(갑 제8호증)에 비추어 보면, 갑 제19호증은 신빙성을 배척하기 어렵다.

3) 검사도 위 부분에 대하여 단지 2014. 12. 31. 외상매출금으로 기재하고 당일 상계처리하였다는 이유만으로 매출누락으로 인정하기는 다소 무리가 있고, 연도 말에 대표 가지급 등을 상계처리하기 위한 가상 기장으로 보일 뿐이라는 이유로 불기소(혐의 없음) 처분을 하였다(갑 제8호증).

출처 : 인천지방법원 2020. 12. 17. 선고 인천지방법원 2018구합50097 판결 | 국세법령정보시스템