요지

확인서 등을 근거한 추계결정은 단순추계가 아닌 실지조사방법에 의한 결정에 해당하고, 가공자산 및 가공경비 계상액의 귀속이 분명함이 입증되지 않아 대표자 상여처분 대상에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에게 한 별지1 과세처분 목록 기재 각 부가가치세(가산세 포함) 부과처분,

각 법인세(가산세 포함) 부과처분, 각 소득금액변동통지의 처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 기계장치 제조 및 판매업 등을 영위하는 법인이다.

나. 피고는 2016. 6. 9.부터 2016. 9. 2.까지 원고에 대한 법인세 통합조사(이하 ⁠‘이

사건 조사’라 한다)를 실시한 후, 원고가 2011년 제1기부터 2015년 제2기까지 공급가

액 합계 433,046,953원의 분철매출금액을 신고누락 하였고, 실물거래 없이 세금계산서 를 수취하는 등의 방법으로 2012년부터 2015년까지 인건비 합계 510,671,000원 및 외

주비 합계 465,139,260원을 가공계상 하였다면서 2016. 11.경 원고에게, ① 2011년 제

1기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세(가산세 포함) 합계 154,026,710원, ② 2011

사업연도부터 2014 사업연도까지의 법인세(가산세 포함) 합계 323,585,610원을 각 경

정․고지하고, 2016. 11. 7. 원고 대표이사 bbb에 대한 상여로 2011년부터 2015년

까지 합계 1,263,572,375원의 소득금액변동통지를 원고에게 하였다.

다. 원고는 이에 불복하여 2017. 2. 1. 조세심판원에 위 각 처분의 취소를 구하는

청구를 하였고, 조세심판원은 2019. 1. 7. 위 각 처분 중 ① 부가가치세의 경우 5년의

국세부과제척기간과 일반과소신고가산세를 적용하고, ② 법인세 및 소득금액변동통지

의 경우 인건비로 2014 사업연도에 ccc에게 지급한 4,540,000원과 2015 사업연도에

ccc 및 ddd에게 지급한 30,000,000원 및 10,800,000원을 각 손금에 산입하고, 인

건비 및 외주비 합계 975,810,260원에 대하여 일반과소신고가산세를 적용하여 그 과세

표준과 세액 및 소득금액변동통지를 경정하라는 취지로, 원고의 청구를 일부 인용하는

결정을 하였다.

라. 이에 피고는 별지1 과세처분 목록 기재와 같이 이 사건 각 처분 중 ① 2011년

제1기 부가가치세는 전액, 2011년 제2기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세(가산세

포함)는 합계 19,188,592원을 각 감액경정하였고, ② 2011 사업연도부터 2014 사업연

도까지의 법인세(가산세 포함)는 합계 13,133,854원을 감액경정(이하 위 부가가치세 부

과처분과 법인세 부과처분 중 각 감액경정되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한

다)하였으며, ③ 2011년부터 2015년까지의 소득금액변동통지는 당초 소득금액변동통지 에서 45,340,000원을 감액경정(이하 감액경정되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 소득금액변동

통지’라 하고, 이 사건 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처

분’이라 한다)하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을

제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유에서 위법하다.

1) 이 사건 부과처분과 관련하여, 피고는 원고의 분철매출 수입금액에 대한 부

가가치세 과세표준을 산정하면서 2011. 3.경부터 2011. 11.경까지의 매출액에 관하여는

실지조사의 방법으로, 나머지 기간의 매출액에 관하여는 추계조사의 방법으로 각 산정

하였는바, 이는 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표

준액을 정한 것으로 부가가치세법이 인정하는 과세방식이 아니다. 또한 피고가 위와

같이 추계조사로 산정함에 있어 기초자료로 삼은 eeee 거래내역서는 누가 작성한

것인지도 알 수 없을 뿐만 아니라, 그 작성연도(2011년)의 원고의 상호가 아닌 2014년 에 변경된 원고의 상호가 기재되어 있는 등 신빙할 수 없다.

2) 이 사건 소득금액변동통지와 관련하여, 피고가 대표자 인정상여로 소득처분

한 금액 중 아래 내용은 사외유출로 볼 수 없거나 귀속처가 분명하게 확인되므로 경정

되어야 한다.

가) 2013 사업연도 ff산업 소모품 매입액 44,657,500원은 상대계정에서

미지급금(외상매입금)으로 처리되었고, 역분개를 거쳐 명목상 부채로 존재하여 사외유

출에 해당하지 않으므로, 소득처분의 대상으로 볼 수 없다.

나) 피고는 2014, 2015 사업연도 가공매입 고정자산에 대한 감가상각비로

계상된 합계 134,167,763원이 사외유출 되었다고 보아 대표자상여로 소득처분에 포함

시켰으나, 가공자산을 손비로 계상하는 때에는 이를 익금으로 산입하여 사내유보로 처

분해야 하므로, 이 부분 역시 소득처분의 대상으로 볼 수 없다.

다) 피고가 가공 인력으로 판단한 ggg, hhh은 실제 근로를 제공하였으

므로 이들에게 지급된 99,400,000원은 급여이지 가공인건비에 해당되지 않는다. 설령

이들이 가공 인력에 해당하더라도 위 돈이 ggg, hhh에게 실제로 지급되었고, 가

공인력에 해당하는 iii 외 7인에게도 8,782,880원이 지급되어 그 합계 108,182,880

원(= 99,400,000원 + 8,782,880원)은 귀속처가 분명하게 확인되므로, 대표자 인정상여 로 취급될 수 없다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 이 사건 각 처분의 적법(適法)

1) 분철매출액 산정방법 관련

가) 관련 법리

과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결

정하는 것이 원칙이고, 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증

빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리

과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용

되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치․기장한 바 없다고 하더라도

계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은

실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 된다(대법원

1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결 등 참조).

또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래 가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사 에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에

대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는

쉽게 부인할 수 없다(대법원 1998. 5. 22. 선고 98두2928 판결 등 참조).

나) 인정사실

앞서 든 증거들 및 을 제4 내지 17호증의 각 기재에 변론 전체의 취지 를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 피고는 이 사건 조사과정에서 원고가 2011. 3.경부터 2011. 11. 23.

까지 eeee에 99,219,100원 상당의 분철을, 2013년경 jjj에게 109,364,740원 상

당의 분철을 각 판매하면서, 그 대금을 원고의 법인계좌 및 대표이사 개인계좌로 입금

받은 사실을 확인하였다.

(2) 원고의 대표이사 bbb은 아래 표와 같이 ⁠‘2011년부터 2015년까지

기간 동안 612,854,144원 상당의 분철을 판매하였으나, 부가가치세를 신고함에 있어

136,502,496원만 신고하고 476,351,648원을 누락하였다’는 취지의 확인서(을 제6호증)

를 작성하였다.

다) 판단

위 법리를 토대로 앞서 든 증거들 및 위 인정사실에 변론 전체의 취지 를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고의 분철매출액 산정방법과

관련하여 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없다.

(1) 피고는 앞서 본 것처럼 이 사건 조사과정에서 원고가 분철매출액의

신고를 누락하였음을 발견하고, 실지조사의 근거로 될 수 있는 ⁠‘장부 또는 증빙서류’ �kk자원 거래내역서(을 제4호증), 분철수입금액 입금내역(을 제5호증), 전표(을 제21호증) 등 �를 기초로 한 재료매입액을 통하여 분철발생량을 도출한 뒤 여기에 분철의 연도별 단가 추이(을 제19호증)를 적용하고 원고의 확인을 받아 위 표 기재와 같이 누락된 과세기간별 분철매출액을 산정하였다.

한편, 위 eeee과의 거래내역서는 비록 작성자를 알 수 없고 2011년 당시의 원

고의 상호(주식회사 ll기계공업)가 아닌 2014년 이후의 상호 �nn기계(주) �가 사용되

어 있는 것이 사실이나, 위 거래내역서가 피고의 조사과정에서 원고의 사무실에 비치

되어 있는 컴퓨터에 저장되어 있는 자료를 확보한 것인 데다 2011년에 마지막으로 수

정된 이력이 확인(을 제20호증)되는 점 등을 종합할 때 그 내용의 신빙성을 충분히 인

정할 수 있다.

(2) 앞서 본 것처럼 원고의 대표이사 bbb은 위와 같은 분철매출액 누

락액을 확인하는 취지의 확인서를 작성하였고, 해당 확인서가 bbb의 의사에 반하여

강제로 작성되었거나, 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명

자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정에 관한 원고의 증명이 이루어졌다고 볼 수도

없다. 나아가 위 확인서에 과세기간별 신고금액, 과소신고금액, 공급가액, 단가추이를

구체적으로 기재한 표(판결문 6쪽)가 첨부되었고, 위 표의 내역 또한 위와 같은 증빙서

류와 산정방법 등에 비추어 그 합리성과 진실성을 인정할 수 있다.

(3) 피고가 이 사건에서 아무런 다른 증빙자료도 없이 bbb의 확인서 에 기재되어 있는 매출누락 금액을 그대로 따른 것이 아니라, 위와 같이 신빙할만한

구체적 거래내역에 관한 증빙자료에 더하여 합리적인 산정방법과 그에 대한 원고 대표

이사의 확인을 거쳐 누락된 분철매출액을 산정한 것은 실질적으로 실지조사의 방법에

따른 것으로 평가할 수 있고(대법원 2000. 12. 22. 선고 98두1581 판결 참조), 이와 달

리 피고가 행한 방법을 실지조사와 추계조사를 혼합한 위법한 산정방법으로 볼 수는

없다.

2) 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

가) 관련 규정 및 법리 등

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제67조는 ⁠‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그

귀속자 등에게 상여․배당․기타사외유출․사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따

라 처분한다’라고 규정하고 있다. 이에 따라 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호는

‘익금에 산입한 금액 또는 법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액이

사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익

처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는

대표자에게 귀속된 것으로 본다’고 규정하고 있다.

한편 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 소득처분에 따른

대표이사에 대한 인정상여제도는, 그 대표이사에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕 을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위 로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표이사에 대한

상여로 간주하도록 하는 데에 그 취지가 있는 것으로, 귀속불분명 소득에 대한 사실상

의 지배․처분권이 대표자에게 있음을 기본 바탕으로 한다.

나) 인정사실

앞서 든 증거들 및 갑 제9 내지 11호증, 을 제15 내지 17, 21호증의

각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고는 가공비용인 2013년 ff산업 소모품비 매입액 44,657,500원 을 그 상대계정에서 외상매입금 즉, 미지급금 44,657,500원으로 처리하였고, 2013. 12.

31. 가지급금과 상계처리 하였다.

(2) 원고는 2014 사업연도에 가공세금계산서를 수취하는 방법으로 고

정자산(물류창고)을 278,000,000원(부가가치세 제외¹⁾)에 취득한 것으로 위장하여 장부 에 가공자산(시설장치)을 계상하고 그 상대계정에서 선급금으로 처리하였고, 이후 위

가공 고정자산에 대한 감가상각비로 16,010,499원(2014년), 118,157,264원(2015년) 합

계 134,167,763원을 계상하였다.

(3) 원고는 ggg, hhh의 각 계좌에 총 99,400,000원을 이체하였고,

이와 관련하여 근로소득 원천징수를 하였으며, iii 외 7인의 각 계좌에도 총

8,782,880원을 이체하였다.

(4) 원고의 대표이사 bbb은 이 사건 조사과정에서 2013년 내지

2015년 가공인건비 명세서(을 제15호증)와 이를 자인하는 확인서(을 제16호증)를 작

성하여 피고에게 제출하였다. 피고는 원고에 대하여 2011 사업연도부터 2015 사업연

도까지의 분철매출누락, 가지급금에 대한 인정이자, 가공으로 계상한 인건비 및 외주가

공비 합계 1,263,572,375원을 대표자 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지를 하였

으나, 앞서 본 것처럼 조세심판원이 원고 청구를 일부 인용하는 결정을 함에 따라 가

공인건비 중 일부가 소득금액변동통지에서 제외되었다. 이 사건 소득금액변동통지의

내용인 대표자 상여처분 내역은 아래와 같다.

다) ff산업 소모품 매입액 및 가공고정자산에 대한 감가상각비 부분

(1) 관련 법리

법인이 매출사실이 있는데도 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나

가공의 비용을 장부에 계상한 경우, 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공

비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락

액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인

측에서 증명하여야 한다(대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 등 참조).

또한 이와 같이 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명

하지 않는 한 과세관청이 구 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호

단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없는 것이고, 이 경우

그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법

원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 등 참조).

(2) 판단

(가) 2013 사업연도 ff산업 소모품 매입액 44,657,500원

원고 스스로도 2013년 ff산업 소모품비 매입액 44,657,500원 을 가공비용이라고 인정하고 있는 이상, 특별한 사정이 없는 한 그 가공비용 상당의

법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 그 매출누락액 등의 전액이 사외로

유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정에 관하여 원고는 아무런 증명도 하지 못하였다.

나아가 원고는 위 가공비용을 2013. 12. 31. 가지급금과 상계한 것으로 장부상 계상하

였는바(을 제8호증), 가지급금의 성격을 고려할 때 위 매입액 상당액은 전액 사외유출

된 것이라고 볼 수 있다. 원고 주장처럼 2014. 1. 1. 역분개를 거쳐 다시 위 명목상의

채무를 부활시켰다고 하더라도, 이는 이미 결산이 확정된 재무제표를 임의로 조작하는

것에 불과하고, 사외유출 여부의 판단에 아무런 영향을 줄 수 없다.

(나) 2014, 2015 사업연도 가공고정자산에 대한 감가상각비

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와

같은 사정들을 종합하면, 피고는 가공고정자산에 대한 감가상각비 134,167,763원(=

2014년 16,010,499원 + 2015년 118,157,264원)을 소득처분의 대상으로 삼지 않았다.

따라서 위 감가상각비 상당의 금액을 대표자 상여처분에서 공제하여야 한다는 원고의

주장은 사실을 오인한 것으로 이유 없다.

① 2014 사업연도 감가상각비 16,010,499원

피고는 원고가 2014 사업연도에 가공고정자산으로 계상한

278,000,000원을 업무와 관계없이 부당하게 사외로 유출된 것으로 보아 익금산입의 세

무조정 및 소득처분(133,373,999원은 대표자상여, 나머지 144,626,001원은 기타 사외유

출)을 하였으나, 이후 위 144,626,001원은 원고가 신고를 누락한 김영태 등의 인건비로

보아 손금산입을 하였다.

이후 피고는 위 가공고정자산에 대하여 원고가 감가상각비로 계상한 16,010,499원 을 ⁠‘익금산입(기타)’으로 세무조정을 하였으나, 원고의 주장처럼 가공자산을 손비로 계

상하는 때에는 이를 ⁠‘익금산입(사내유보)’으로 처분해야 함에도 피고가 스스로 인정하 는 것처럼 착오로 위와 같이 기재한 것이다.

그러나 피고가 착오로 위 감가상각비를 ⁠‘익금산입(기타)’으로 처분하였다 하더라도,

‘익금산입(사내유보)’의 경우와 비교하여 사후관리에서만 차이가 있을 뿐 이 사건 소득

처분의 대상에는 포함되지 않았다. 즉, 피고의 2014년 사업연도 소득금액변동통지서(을

제3호증)상의 소득금액(429,978,608원)과 2014 사업연도 소득금액조정명세서(을 제2호

증)상의 상여처분액(429,978,608원2))이 일치하고 있는바, 위 감가상각비 16,010,499원 은 대표자상여로 처분되지 않았음을 알 수 있다.

② 2015년 감가상각비 118,157,264원

피고가 위 가공고정자산에 대하여 2015 사업연도에 감가상

각비로 계상된 118,157,264원을 ⁠‘익금산입(기타)’으로 세무조정을 한 것은 사실이나, 이 는 역시 피고가 스스로 인정하는 것처럼 ⁠‘익금산입(사내유보)’으로 처분하여야 할 것을

착오로 위와 같이 기재한 것이다. 그러나 그와 같이 피고가 착오로 위 감가상각비를

‘익금산입(기타)’으로 처분하기는 하였으나 이 사건 소득처분의 대상에는 포함되지 않

2) 가지급금 인정이자 99,127,181원, 분철매출 120,537,428원, 가공급여 76,940,000원, 가공자산 133,373,999원

았다. 즉, 피고의 2015년 사업연도 소득금액변동통지서(을 제3호증)상의 소득금액

(341,870,418원)과 2015 사업연도 소득금액조정명세서(을 제2호증)상의 상여처분액

(341,870,418원3))이 일치하고 있으므로, 위 감가상각비 118,157,264원이 대표자상여로

처분되지 않았음을 알 수 있다.

라) 가공 인건비 부분

(1) ggg, hhh에게 지급된 99,400,000원

원고가 위 99,400,000원을 대표이사 bbb의 배우자인 ggg, 모

친인 hhh의 각 계좌로 이체하고 근로소득 원천징수까지 한 것은 사실이나, 원고의

대표이사는 위 돈을 포함하여 가공인건비를 설정하였다는 내용의 가공인건비 명세서

(을 제15호증) 및 그에 대한 확인서(을 제16호증)를 제출하였고, 앞서 본 확인서의 증

거가치에 관한 법리 등에 비추어 원고의 제출증거들만으로는 그 증거가치를 부인할 수

없다. 더욱이 bbb이 2017. 12. 14.자 조세심판관회의에 출석하여 장인인 ddd, 장

모인 ccc에 대하여는 이들이 실제 근로한 내용(난방 등 관리 및 식사준비)을 주장

하여 조세심판원에서 ddd, ccc에게 지급된 돈을 가공인건비에서 공제하였으나(갑

제3호증), ggg, hhh에 대하여는 아무런 주장을 하지 않았다. 이러한 사정에 ccc, hhh이

원고 회사에서 담당한 업무도 불분명한 점을 더하여 보면, ggg, hhh에게 지급된 위

99,400,000원은 급여라고 볼 수 없고 가공인건비에 해당한다.

나아가 ggg, hhh에게 위 가공인건비가 이체된 것은 사실이나, 원고가 가공 인

건비를 계상한 경위 및 앞서 본 대표자에 대한 인정상여제도의 취지 등을 고려할 때

위 돈을 지급받았다는 것과 그 귀속자에 해당된다는 것은 엄연히 구별되는 것이므로,

3) 가지급금 인정이자 49,025,641원, 분철매출 63,762,591원, 외주가공비 61,015,519원, 가공인건비 168,066,667원

돈의 이체 내역이 귀속 여부를 판단하는 결정적인 기준이라고 볼 수는 없다. 이러한

관점에서 볼 때 이에 관한 증명책임을 부담하는 원고가 제출한 증거들만으로는 위 가

공인건비의 귀속이 분명하다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로,

위 99,400,000원의 귀속이 불분명하다고 보아 대표자 상여의 대상으로 삼은 이 부분

소득금액변동통지 처분은 적법하다.

(2) iii 외 7인에게 지급된 8,782,880원

원고가 iii 외 7인의 각 계좌로 위 8,782,880원을 이체한 것은

사실이나, 원고 스스로도 가공 인력인 iii 외 7인에게 위 돈을 가공인건비로 지급

한 것을 인정하고 있다. 나아가 위 ggg, hhh 부분에 관한 판단 내용과 같이 원고 가 제출한 증거들만으로는 위 가공인건비의 귀속이 분명한 경우라고 볼 수는 없으므 로, 위 8,782,880원을 대표자 상여의 대상으로 삼은 이 부분 소득금액변동통지 처분도

역시 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같 이 판결한다.

1)원고는 위 고정자산 매입금액 305,800,000원을 선급금 277,266,330원과 미지급금 28,533,670원으로 계상하였는데, 그 중 17,800,000원은 부가가치세로 이미 납부되어 상여처분에서 제외되었다.

출처 : 청주지방법원 2019. 10. 31. 선고 청주지방법원 2019구합5781 판결 | 국세법령정보시스템