요지

법인이 대표자에게 직무집행의 대가로서 지급하는 급여나 퇴직급여는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 되지만 퇴직금의 지급내용을 확인할 수 있는 금융거래내역이 없고, 대표자로서 직무를 했다는 점 역시 확인되지 않으므로 명의상대표자에 불과하여 대표자로서의 직무를 수행하지 않았다고 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 8. 14. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 법인세 00,000,000원(가산세 포함, 이하 같다), 2013년 귀속 법인세 00,000,000원, 2014년 귀속 법인세 00,000,000원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 ○○○○약품은 2011. 1. 19. 의약품 도매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서(2014. 6. 9. 원고로 상호가 변경되었다. 이하 ⁠‘원고’라 한다), 다음과 같이 대표자인 사내이사 류BB과 이AA(개명 전: 이○○)에 대한 급여 및 퇴직급여를 손금에 산입하여 2012 내지 2014 사업연도 귀속 법인세를 신고․납부하였다.

나. 피고는 2017. 2. 21.부터 2017. 5. 26.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 류BB과 이AA이 원고의 대표자로 실제 근무하지 않은 것으로 보아 이들에 대한 위 급여 및 퇴직급여 합계 364,091,843원을 손금에 불산입하는 한편, 위 금원의 귀속이 불분명하다고 보아 이를 류BB과 이AA에 대한 인정상여로 소득 처분을 하고 원고에게 그에 따른 소득금액변동통지를 하였다.

다. 피고는 2017. 8. 14. 원고에게 2012년 귀속 법인세 00,000,000원(가산세 포함, 이하 같다), 2013년 귀속 법인세 00,000,000원, 2014년 귀속 법인세 00,000,000원을 각경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 11. 10. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 3. 21. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 10, 17, 19호증, 을 제9, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 별도의 언급이 없는 한 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1) 절차적 하자

가) 서울지방국세청장이 원고와 원고의 주주인 오DD에 대하여 광범위한 조사와 현장확인 등을 하였음에도, 피고는 다시 원고를 상대로 이 사건 세무조사를 실시하였는바, 이는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에서 정한 재조사금지의 원칙에 위배되고, 이에 기초한 이 사건 처분 역시 위법하다(제1주장).

나) 원고는 피고의 자료제출 요구에 성실히 응하였으므로 구 국세기본법 제81조의8 제1항 제1호의 세무조사 기간연장 사유에 해당하지 않고, 설령 위 기간연장 사유에 해당하더라도 원고의 2014 사업연도 수입금액이 100억 원 미만이므로 그 기간을 20일 이내에서만 연장할 수 있다. 그리고 원고는 적법하게 작성된 연장통지서를 송달받지도 못하였다. 따라서 피고의 세무조사 기간연장 통지는 어느 모로 보나 부적법하다(제2주장).

다) 원고의 수입금액이 2012 사업연도에 101억 원, 2013 사업연도에 137억 원이었으므로, 원고는 구 국세기본법상 중소규모납세자 이외의 납세자에 해당한다. 따라서 원고에 대한 세무조사 범위를 확대하기 위해서는 구 국세기본법 제81조의18 제1항 제2호에 따라 납세자보호위원회의 심의를 거쳐야 한다. 그럼에도 피고는 이를 거치지 않은 채 2017. 4. 25. 원고에 대한 조사대상 범위를 당초 2014 사업연도에서 2011, 2012, 2013 사업연도까지 확대하였다(제3주장).

2) 실체적 하자

류BB과 이AA은 대표자로서 원고를 실제로 운영하였고, 원고는 이에 대한 대가로 이들에게 급여와 퇴직급여를 지급하였으므로, 이는 법인세법상 손금에 산입하여야 한다. 따라서 류BB, 이AA에 대한 급여 및 퇴직급여가 원고의 손금에 산입될 수 없음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 절차적 하자 주장에 대한 판단

1) 제1주장에 대한 판단

가) 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말한다. 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없는데, 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16.선고 2014두8360 판결 등 참조).

나) 갑 제7호증의 7의 기재에 의하면, 서울지방국세청장이 2016. 9. 30. 원고와 오DD에게 정CC, 이EE에 대한 개인통합조사와 관련하여 거래내역 확인을 위한 업무협조 요청을 한 사실은 인정된다. 그러나 위 업무협조 요청만으로는 그것이 세무조사에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 서울지방국세청장이나 피고가 이 사건 세무조사 전에 원고에 대하여 세무조사를 실시하였다고 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.

2) 제2주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법 제81조의8 제1항 단서는 세무조사 기간을 연장할 수 있는 사유로 ⁠‘납세자가 장부서류 등을 은닉하거나 제출을 지연하거나 거부하는 등 조사를 기피하는 행위가 명백한 경우’(제1호), ⁠‘납세자보호관 또는 담당관이 세금탈루혐의와 관련하여 추가적인 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우’(제5호) 등을 들고 있고, 제3항 단서는 세무조사 기간의 제한을 받지 않는 사유로 ⁠‘상속세․증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자․거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우’(제5호) 등을 들고 있다.

나) 갑 제3, 4, 5, 8, 11호증, 을 제8호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 2017. 2. 6. 원고에게 조사기간을 2017. 2. 21.부터 2017. 3. 12.까지로 하여 통합조사(사업과 관련하여 세법에 따라 신고․납부의무가 있는 모든 세목) 사전통지를 한 사실, 당시 피고가 원고의 주식변동사항에 대한 조사도 함께 실시하였는데, 주주 오DD의 주식 취득과 관련한 증빙자료 제출이 지연되어 2017. 3. 8.부터 2017. 3. 20.까지 13일간, 2017. 3. 22.부터 2017. 4. 10.까지 20일간 2차례에 걸쳐 세무조사를 중지한 사실, 강동세무서 조사과장이 2017. 4. 11. ⁠‘주식변동조사를 하는 경우(구 국세기본법 제81조의8 제3항 제5호)’를 연장근거로, ⁠‘주식변동조사 결과에 따라 법인세 과세문제 상이’를 연장사유로 삼아, 납세자보호담당관에게 조사기간을 2017. 5. 31.까지 연장해 달라고 신청한 사실, 납세자보호담당관이 2017. 4. 13. 그중 일부인 2017. 5. 26.까지만 연장 신청을 승인한 사실, 강동세무서 담당공무원이 2017. 4. 14. 원고의 세무대리인인 최○○에게 위 연장통지서를 교부하고자 하였으나, 당시 최○○은 부재중이었고, 그 직원은 연장통지서의 수령을 거부하여 최○○의 사무실에 이를 두고 온 사실을 인정할 수 있다.

다) 위 인정사실에 의하면, 강동세무서 조사과장이 2017. 4. 11. 세무조사 기간의 연장을 신청한 것은 주주 오DD의 주식 취득과 관련한 증빙자료 제출이 지연되어 명확한 사실관계를 확인하기 어려운 상황에서 이를 조사하기 위해서였고, 납세자보호담당관이 2017. 4. 13. 그 필요성을 인정하여 이를 일부 승인하였으므로, 이는 구 국세기본법 제81조의8 제1항 제5호에 따른 세무조사 기간연장 사유에 해당한다. 그리고 원고의 세무대리인인 최○○의 직원이 위 연장통지서의 수령을 거부할 정당한 사유가 없는 이상, 강동세무서 담당공무원이 한 유치송달은 구 국세기본법 제10조 제4항에 따라적법하다 할 것이고, 주식변동조사는 구 국세기본법 제81조의8 제3항 제5호에 따라 세무조사 기간의 제한을 받지 않는 경우에 해당함이 명백하므로, 원고의 제2주장은 어느모로 보나 받아들일 수 없다[세무조사 기간연장 통지서(갑 제8호증)에는 연장 사유로 구 국세기본법 제81조의8 제3항 제5호뿐만 아니라, 구 국세기본법 제81조의8 제1항 제1호도 함께 기재되어 있으나, 이는 납세자보호담당관이 승인한 위 기간연장 사유와 기본적 사실관계가 동일하다고 인정되므로, 이러한 기재만으로 피고의 세무조사 기간연장 통지가 부적법하다고 볼 수는 없다].

3) 제3주장에 대한 판단

가) 구 국세기본법 제81조의9 제1항은 ⁠‘세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사 진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 국세기본법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28644호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의11 제1항은 세무조사의 범위를 확대할 수 있는 경우로 ⁠‘명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우’(제3호) 등을 들고 있다. 한편 구 국세기본법 제81조의18 제1항은 납세자보호위원회의 심의사항 중 하나로 ⁠‘중소규모납세자 이외의 납세자에 대한 세무조사 범위의 확대’(제2호)를 들고 있는데, 여기서 중소규모납세자란 ⁠‘세무조사 대상 과세기간 중 연간 수입금액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액이 100억 원 미만인 납세자’를 말한다(제1호).

나) 갑 제10, 14, 15호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 이 사건 세무조사를 실시하면서, 원고가 당초 조사대상 과세기간인 2014 사업연도에 대표자인 이AA 앞으로 가공의 급여와 퇴직급여를 계상하여 법인세를 탈루한 혐의를 확인한 다음, 2017. 4. 25. 구 국세기본법 제81조의9 제1항, 구 국세기본법 시행령 제63조의11 제1항 제3호에 따라 2011, 2012, 2013 사업연도의 대표자 급여까지 세무조사의 범위를 확대하고 그 유형을 일반통합조사에서 부분조사로 전환한 사실, 원고의 수입금액이 대략 2012 사업연도에 101억 원, 2013 사업연도에 137억 원, 2014 사업연도에 95억 원인 사실을 인정할 수 있다.

다) 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 당초 조사대상 과세기간인 2014 사업연도의 수입금액이 95억 원에 불과하여 원고가 중소규모 납세자에 해당한 점, ② 원고가 2014 사업연도에 대표자인 이AA 앞으로 가공의 급여와 퇴직급여를 계상하여 법인세를 탈루한 혐의가 확인되었고, 이에 따라 피고가 특정항목인 대표자 급여에 대하여 다른 과세기간에도 위와 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의가 있을 것으로 의심하게 된 점, ③ 이로 인해 2011, 2012, 2013 사업연도의 대표자 급여에 한정하여 세무조사의 범위를 확대하고 그 유형을 일반통합조사에서 부분조사로 전환한 점 등에 비추어 보면, 비록 피고가 납세자보호위원회의 심의를 거치지 않고 조사범위를 확대하였다 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수는 없다.

따라서 원고의 제3주장은 받아들일 수 없다.

라. 실체적 하자 주장에 대한 판단

1) 인정사실

가) 류BB은 정CC의 장모이고, 이AA은 정CC의 처남의 처제이다.

나) 정CC은 원고의 본점 소재지인 서울 ○○구 ○○로 00, 103호(○○동, ○○오피스텔)의 소유자로서, 원고에게 이를 임대하였다.

다) 원고의 발행주식 102,000주는 모두 류BB 명의로 인수되었고, 그중 99,000주는 2012. 5. 18. 이AA에게 양도되었다. 이와 관련하여, ① 000세무서장은 류BB이 정CC으로부터 위 발행주식 102,000주를 명의신탁받은 것으로 보아 증여세를 부과하였고, 류BB은 이에 불복하여 000세무서장을 상대로 위 증여세부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하여 현재 대전지방법원 2019구합134호로 소송계속 중이다. ② 00세무서장은 이AA이 정CC으로부터 위 발행주식 99,000주를 명의신탁받은 것으로 보아 증여세를 부과하였고, 이AA은 이에 불복하여 00세무서장을 상대로 위 증여세부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하였으나(수원지방법원 2018구합1887호), 위 법원은 2019. 6. 20. 이AA의 청구를 기각하는 판결을 선고하였으며, 이에 대하여 이AA이 수원고등법원 2019누11701호로 항소하여 현재 항소심 계속 중이다.

라) 원고는 직원들의 급여에 대하여는 계좌이체의 방법으로 이를 지급하고 2014사업연도 계정별 원장(을 제2호증)에 해당 직원의 성명과 지급액을 구체적으로 기재하였으나, 류BB, 이AA의 급여에 대하여는 금융거래내역이 전혀 확인되지 않고 위 계정별 원장에 성명 대신 ⁠‘반제’ 또는 ⁠‘급여 지급’이라고만 기재되어 있다(피고의 거듭된 요청에도 불구하고, 원고는 류BB, 이AA의 급여 및 퇴직급여에 대한 금융거래내역을 전혀 제출하지 않았고, 2011, 2012, 2013 사업연도의 경우에는 계정별 원장 등 회계장부조차 제출하지 않았다).

마) 류BB은 1941년생으로서, 원고의 설립 당시 대전에 거주하였고, 그 이전의 경제활동내역은 전혀 확인되지 않으며, 이 사건 세무조사 당시 주식 취득과 매각의 경위, 대표자로 재직한 내용 등에 대하여 모르거나 기억나지 않는다는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다(을 제4호증).

바) 이AA은 음식점과 관상어 판매점을 운영한 경력이 있을 뿐, 의약품 도매업 등 원고의 설립 목적과 유사한 업종에 종사한 적은 없다. 그리고 이 사건 세무조사 당시 ⁠‘(월급 및 퇴직금을) 생활비 및 결혼자금 등으로 사용하였다’는 내용의 확인서(을 제6호증) 및 ⁠‘대표자로 재직한 기간과 보수, 원고의 거래처에 대하여 잘 기억이 나지 않고, 보수는 현금으로 수시로 받아갔으며, 매일 출근은 하지 않았고, 수시로 전화통화로 업무를 처리하였다’는 내용의 확인서(을 제7호증)를 작성하여 제출하였으나, 이에 대한 금융거래내역 등 근거자료를 제출하지는 않았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 19호증, 을 제2 내지 7호증의 각 기재, 변론전체의 취지

2) 구체적인 판단

법인이 대표자에게 직무집행의 대가로서 지급하는 급여나 퇴직급여는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 그러나 위 인정사실 등에서 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 류BB, 이AA에게 실제로 급여와 퇴직급여를 지급하지 않았거나, 류BB, 이AA이 원고의 명의상대표자에 불과하여 대표자로서의 직무를 수행하지 않았다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 위 급여와 퇴직급여를 원고의 손금에 불산입한 것은 적법하므로, 원고의 실체적하자 주장 역시 받아들일 수 없다.

가) 류BB, 이AA이 원고의 대표자로 재직한 기간과 원고의 발행주식을 보유한 기간은 거의 일치하는데, 과세관청은 이들이 정CC으로부터 위 주식을 명의신탁받은 것으로 보아 이들에게 증여세를 부과하였다(류BB, 이AA은 위 각 증여세부과처분의 취소를 구하는 항고소송을 제기하여 류BB은 1심에 소송계속 중이고, 이AA은 1심에서 청구기각 판결을 선고받아 항소심에 소송계속 중이다).

나) 류BB은 정CC의 장모이고, 이AA은 정CC의 처남의 처제이며, 정CC은 원고의 본점 소재지인 ○○오피스텔 103호의 소유자이다.

다) 직원들에 대한 급여와 달리 류BB, 이AA에 대한 급여의 경우에는 금융거래내역이 전혀 확인되지 않고, 2014 사업연도 계정별 원장에 류BB, 이AA의 성명 대신 ⁠‘반제’ 또는 ⁠‘급여 지급’이라고만 기재되어 있다.

라) 류BB은 원고의 설립 당시 만 69세의 고령으로서, 원고의 본점 소재지와 멀리 떨어진 대전에 거주하였고, 그 이전의 경제활동내역은 전혀 확인되지 않으며, 원고의 설립 당시부터 2012. 5. 24.까지 원고의 유일한 사내이사로 등재되었음에도, 주식취득과 매각의 경위, 대표자로 재직한 내용 등에 대하여 모르거나 기억나지 않는다는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다.

마) 이AA은 원고의 설립 목적과 유사한 업종에 종사한 적이 없고, 2012. 5. 24.부터 2014. 6. 9.까지 원고의 유일한 사내이사로 등재되었음에도, 재직 기간과 보수, 원고의 거래처에 대하여 기억나지 않는다는 내용의 확인서를 작성하여 제출하였으며, 급여와 퇴직급여의 수령 및 지출에 대한 금융거래내역 등 객관적인 자료를 전혀 제출하지 않았다.

바) 원고는 피고의 거듭된 요청에도 불구하고, 류BB, 이AA에 대한 급여 지급 여부 및 이들의 대표자로서의 직무 수행 여부를 확인할 수 있는 객관적인 자료를 전혀 제출하지 않았다.

사) 원고의 위 주장에 부합하는 듯한 이AA의 확인서 중 일부 기재내용은 앞서 본 여러 사정에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 10. 24. 선고 서울행정법원 2018구합4496 판결 | 국세법령정보시스템