요지

이 사건 쟁점 세금계산서는 매출대금이 아니라 보증금이라는 주장은 받아들일 수 없으며 원고는 벽돌제조와 폐기물처리업을 겸업하는 것으로 겸업하는 경우 주된 사업은 매출액이 큰 업종을 주된업종으로 보아야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 2017. 12. 1.자로 한 2016년 귀속 종합소득세 505,222,420원 및 개인지방소득세 50,522,240원의 과세처분을 취소한다(원고는 2019. 3. 27. 청구취지변경신청을 통해 별지 1 기재 각 종합소득세 및 지방소득세 부과처분 취소청구를 추가하였으나, 이는 아래 6항에서 보는 바와 같이 부적법하므로 허가하지 아니한다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 10. 19.부터 충남 부여군에서 AAA라는 상호로 폐기물을 원료로 한 벽돌 등 건축자재 제조 및 판매업을 영위하는 사람이다.

나. 원고는 2017. 6. 20. 피고에게 2016년 귀속 종합소득세 확정신고를 하면서 구 조 세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제7조 중 소기업에 대한 특별세액감면규정 중 30%의 감면비율을 적용하여 신고하였다.

다. 원고는 2017. 7. 25. 피고에게 2016년 제1기, 제2기 부가가치세 과세기간에 매출 세금계산서를 중복하여 발행하였다는 사유로 부가가치세 과세표준 590,319,722원을 감액하는 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2017. 11. 6. 원고가 폐기물 운반업체인 BBB 주식회사(이하 ⁠‘BBB’이라 한다)로부터 받은 선수금이 매출대금이 아닌 보증금이라는 직접적인 증거가 없다는 등의 이유로 경정청구를 기각하였다.

라. 피고는 2017. 12. 1. 원고에게 2016년 귀속 원고의 매출액은 124억 원이고, 원고 가 영위하는 주된 업종은 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 바목 ⁠‘하수·폐기물처리(재활용포함), 원료재생 및 환경복원업(이하 ’폐기물처리업‘이라 한다)이므로 구 중소기업기본법 시행령(2017. 10. 17. 대통령령 제28378호로 개정되기 전의 것. 이하 같다)

[별표 3]의 기준에 따라 중기업에 해당하여 중소기업특별세액 감면율을 15%로 적용하여야 한다고 보아 2016년 귀속 종합소득세 505,222,420원, 개인지방소득세 50,522,240원을 경정·고지하였고, 원고는 2017. 12. 5. 이를 수령하였다(이하 종합소득세 부분에 한하여 ⁠‘이 사건 과세처분’이라 한다).

마. 원고는 2017. 12. 19. 조세심판원에 이 사건 과세처분의 취소를 구하는 행정심판 을 청구하였으나, 2018. 4. 23. 기각재결을 받았다.

2. 지방소득세 부과처분 취소청구 부분에 대한 판단

직권으로 이 부분 소의 적법 여부에 관하여 본다. 구 지방세법(2013. 12. 26. 법률 제12118호로 일부 개정되기 전의 것) 제85조 제3호는 지방소득세에서 사용하는 용어 중 소득세분이란 ⁠‘소득세법에 따라 납부하여야 하는 소득세액을 과세표준으로 하는 지방소득세’를 말한다고 규정하고 있다. 그리고 같은 법 제93조는 소득세분의 납세의무자는 이를 소득세의 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 납부하여야 하고(제1항), 세무서장이 국세기본법 또는 소득세법에 의한 결정.경정 등에 따라 부과고지방법에 의하여 소득세를 징수하는 경우에 그 소득세분을 함께 부과 · 고지하더라도 이는 해당 지방자치단체의 장이 부과고지 한 것으로 보도록 규정하고 있으며(제2항 및 제5항), 같은 법 제97조 제4항은 세무서장이 소득세분의 과세표준이 된 소득세를 환급한 경우 소득세의 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 그 내용을 통보하여야 하고, 지방자치단체의 장은 그 소득세분을 환급하여야 한다고 규정하고 있다.

따라서 지방소득세 소득세분의 취소를 구하는 항고소송은 세무서장이 아니라 납세의무자의 소득세 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장을 상대로 하여야 할 것이나, 관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기 할 필요도 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 참조).

위 법리에 의하면, 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 피 고 적격이 없는 논산세무서장을 상대로 제기한 것일 뿐만 아니라, 원고가 위 지방소득세 부과처분의 근거가 되는 2016년도 귀속 종합소득세 부과처분의 취소를 구하고 있는 이상 이와 별도로 위 지방소득세 부과처분의 취소를 구할 소의 이익도 없는 것이어서, 어느 모로 보나 부적법하다.

3. 원고의 주장 요지

가. 제1 주장

원고는 폐기물 배출업체로부터 처리비용을 지급받기로 하고 폐기물운반업체인 디 에이치이산업의 폐기물운반과정을 거쳐 벽돌 등의 제조공장으로 반입한 후 폐기물을 특수처리하여 벽돌 등을 생산하여 왔는바, 그 가운데 폐기물 배출업체 4개소와 관련된 영업 수주 활동은 BBB이 해왔으므로 원고로서는 배출업체에 대한 명확한 정보, 신용상태를 모르는 상태에서 폐기물을 먼저 반입하고, 위 배출업체들과의 거래금액 약 5억 9,000만 원(이하 ⁠‘이 사건 돈’이라 한다)을 후지급으로 받게 되면 부실채권이 발생할 위험이 있기 때문에 BBB으로부터 폐기물 반입 이전에 일정 금액 이상의 현금을 이행 담보보증금 명목으로 지급받는 조건으로 합의한 후 현재까지 선수금을 지급받으면서 거래하고 있다.

원고는 BBB으로부터 담보보증금을 받아 놓았다가 배출업체로부터 폐기 물 배출비용이 입금되면, 그 입금액과 동일한 금액을 BBB에게 송금하여 반환하는 형식으로 거래를 하였다.

따라서 BBB으로부터 받은 이 사건 돈은 용역이나 재화의 공급 대가로 수령한 것이 아니라 담보보증금이므로 이중으로 발급한 매출세금계산서상의 금액을 매출금액에서 제외하는 것이 타당하다.

나. 제2 주장

조세특례제한법 시행령 부칙(2016. 2. 5.) 제22조에 의하면, 법률 제13560호 조세특례제한법 개정법률 시행 당시 종전의 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 위 개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도 까지 소기업으로 본다고 규정하고 있다.

원고가 영위하는 업종은 제조업이고, 원고의 근로자 수는 2015년~2016년에 100명 미만이었으므로, 원고는 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제6조 제5항 제1호에 따라 소기업에 해당되었던 기업이다. 따라서 위 부칙규정에 따라 원고는 2016년의 과세연도에도 소기업으로서 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 다.목에 따라 30%의 감면비율을 적용받아야 한다. 그럼에도 불구하고 원고를 중기업으로 보아 15%의 감면비율을 적용한 이 사건 과세처분은 부당하다.

4. 관련 법령

별지 2 기재와 같다.

5. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 제1 주장에 관한 판단

1) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험의 법칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거와 갑9~10, 12에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면 원고가 BBB으로부터 받은 선수금이 세금계산서의 명목대로 매출대금이 아니라 보증금이라는 원고의 제1 주장은 받아들이기 어렵다.

① 원고가 BBB으로부터 소개받은 폐기물 배출자들은 CCC, DDD, EEE, FFF, GGG 등의 대기업 또는 공공기관으로서 처리수수료를 회수하기 어려운 거래처라고 보이지 않는다. 오히려 위 거래처보다 대금 회수가 어려울 가능성이 있는 폐기물 배출 업체와의 관계에서는 원고가 주장하는 보증금 명목의 돈을 받지 않은 사례도 발견된다.

② 원고가 BBB으로부터 이 사건 돈을 이행 담보보증금 명목으로 받은 것이라면 그에 맞게 다른 방식으로 회계처리를 할 수 있었다. 그럼에도 원고는 이 사건 돈을 수수하면서 매출대금으로 세금계산서를 발행하였다. BBB에 대한 매출과 실제 폐기물 배출자에 대한 매출을 이중으로 계산하지 않았을 수 있었음에도 굳이 BBB에 대한 관계에서 매출로 세금계산서를 발행한 것은 세금계산서 발행 당시 원고 스스로 원고와 BBB 사이의 거래가 실제 매출이라고 인식했기 때문으로 보이고, 달리 지급 명목을 실질과 다르게 할 합리적인 이유를 찾아볼 수 없다.

③ 원고 주장에 따르면 원고는 폐기물 운반업체인 BBB으로부터 선수 금을 담보보증금 명목으로 받은 다음 폐기물을 처리하고, 이후 폐기물 배출자로부터 폐기물 처리에 대한 대가를 지급받으면 위 담보보증금 중 같은 금액을 다시 BBB에 지급한다는 것인데, 이에 따르면 BBB 입장에서는 원고가 폐기물

배출자로부터 받은 돈 중 담보보증금 부분을 돌려주지 않을 경우 마찬가지의 위험에 놓이게 되어 그러한 방식으로 계약을 체결하는 것이 합리적이지 않아 보인다. 원고와 BBB 사이에 담보보증금 수수에 관한 합의가 있었다면 이는 중요한 사항으로 계약서 작성 당시 그에 관한 기재가 있을 것으로 봄이 합리적인데, 원고와 BBB, 폐기물 배출자 사이의 폐기물 수집.운반 및 처리 위.수탁 계약서에 원고와 BBB 사이의 담보보증금 수수에 관한 내용이 기재되어 있다는 사정은 발견되지 않는다.

④ 원고는 이 사건 돈을 수수한 것이 담보보증금 명목이었다는 근거로 비슷한 금액의 돈이 원고와 BBB 사이에 수회에 걸쳐 입·출금된 통장거래내역과 디에이치이산업 및 다른 폐기물 수집.운반업체들의 선수금조건 거래사실 확인서를 제출하고 있고, 증인 HHH의 증언은 원고의 주장에 부합하는 측면이 있다. 그러나 BBB 측의 확인서는 고정된 문구가 타이핑된 확인서의 확인자란에 업체 도장을 날인한 것에 불과하여 그대로 믿기 어렵고, 원고와 BBB 사이에 그와 같은 금융거래관계가 있었다는 사실만으로 원고가 주장하는 바와 같이 이 사건 돈이 담보보증금 명목으로 수수된 것이라는 점이 증명된다고 보기는 부족하다. 한편 HHH은 원고가 경영한 AAA의 상무로 근무했던 사람으로 객관적인 증인이라고 보기 어렵다.

나. 제2 주장에 관한 판단

1) 구 조세특례제한법 제2조 제3항, 제7조 제1항 제1호, 제2호는 중소기업 중 도매업 등을 제외한 업종을 경영하는 기업에 대해 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도 까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세에 감면비율(수도권 외의 지역인 경우 소기업은 100분의 30, 중기업은 100분의 15)을 곱하여 계산한 세액 상당액을 감면 하되, 그 법에서 사용되는 업종의 분류는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따른다고 규정하고 있다.

이 사건 처분의 대상이 되는 종합소득세 과세기간에 적용되는 제9차 한국표준산업 분류(2017. 1. 13. 통계청고시 제2017-13호로 개정되기 전의 것)에 의하면, ⁠‘수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업’을 ⁠‘수요자에게 생활용수 및 공업용수를 공급하기 위하여 취수, 집수, 정수하고 이를 배관시설에 의하여 급수하는 활동, 하수처리 활동, 고형 혹은 비고형 등 각종 형태의 산업 또는 생활 폐기물의 수집, 운반 및 처리 활동, 원료 재생 활동과 환경 정화 및 복원 활동을 포함한다‘고 정의하고 있다. 이 가운데 가정 또는 사업장에서 배출되는 생활 폐기물 등의 무해 폐기물(지정 외 폐기물)을 매립, 소각, 중화, 파쇄, 고형화 등의 방법으로 처리하는 시설을 운영하는 산업활동은 ’지정 외 폐기물 처리업(분류코드 3821)’으로 분류되고, 건설 해체물 등 건설관련 폐기물 처리시설을 운영하는 산업활동은 ⁠‘건설 폐기물 처리업(분류코드 3823)’으로 분류된다. 한편 이와 별개로 콘크리트 또는 인조석을 재료로 토목용, 건축용, 방파제용 등으로 사용되는 벽돌, 블록, 덮개 및 깔판, 타일, 기와 및 관련 제품을 생산하는 산업활동은 ⁠‘콘크리트 타일, 기와, 벽돌 및 블록 제조업(분류기호 23324)’으로 분류된다.

2) 중소기업의 업종은 한국표준산업분류에 따라야 하며 한국표준산업분류는 주된 산업활동을 기준으로 판단한다. 그리고 소득 발생 원인이 되는 업종이 둘 이상이어서 어떤 업종을 주된 업종으로 보아야 하는지에 관하여 구 중소기업기본법 시행령 제4조 제1항은 ⁠‘하나의 기업이 둘 이상의 서로 다른 업종을 영위하는 경우에는 제7조에 따라 산정한 평균매출액 등 중 평균매출액 등의 비중이 가장 큰 업종을 주된 업종으로 본다’라고 규정하고 있다.

원고는 폐기물을 처리하는 영업과 처리한 폐기물을 원료로 하여 벽돌을 제조하여 판매하는 영업을 복합적으로 영위하였던 것으로 보이고, 그렇다면 벽돌제조와 폐기물처리 모두 원고의 산업 활동이라 할 수 있다.

원고는 한국표준산업분류 중 ⁠‘수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업’의 ⁠‘2. 타산 업과 관계’ 규정 중 ⁠‘가. 재생된 원료로 특정의 제품을 제조하는 경우에는 제조업의 적정 항목으로 분류한다’라는 문언에 따라 폐기물 처리의 결과물로 벽돌을 제조하여 판매할 경우에는 제조업의 특정 항목, 즉 ⁠‘콘크리트 타일, 기와, 벽돌 및 블록 제조업’으로 분류되어야 한다고 주장한다. 그런데 위 규정에 따르더라도 폐기물 배출자로부터 폐기물을 받아 이를 처리하고 그 대가를 수취하는 영업 부문에 그 이후 처리된 폐기물로 벽돌을 제조하여 판매하는 영업 부문이 추가될 경우 두 영업 부문 전체를 ⁠‘제조업’으로 보아야 한다는 의미로 해석할 수는 없다. 오히려 위 규정은 처리된 폐기물을 원료로 특정 제품을 제조하는 영업의 경우 그 부분이 전 단계인 폐기물처리업에 흡수되지 않고 독립된 제조업으로 분류되어야 한다는 점을 분명히 하는 취지라고 봄이 합리적이다. 즉, 한국표준산업분류는 폐기물 처리업에 대한 정의에서 폐기물 처리공정이나 하수처리공정의 산출물은 처분되거나 혹은 다른 생산과정의 투입물로 사용될 수 있음을 예정하고 있는데, 그 투입물로 사용되는 방식이 새로운 물품의 제조에 해당하는 경우에는 그 부분에 관한 산업활동은 제조업으로 분류한다는 취지로 이해된다.

을1에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 2016년 매출액이 약 124억 원인데, 그 중 폐기물처리업 관련 매출이 최소한 83억 원인 사실을 인정할 수 있는바, 원고의 폐기물처리업 운영에 따른 매출액이 벽돌제조업 운영에 따른 매출액보다 압도적으로 많다. 그렇다면 원고가 영위한 주된 사업은 한국표준산업분류상 ⁠‘제조업’이 아니라 ⁠‘폐기 물처리업’ 중 앞서 본 ⁠‘지정 외 폐기물 처리업’ 또는 ⁠‘건설 폐기물 처리업’에 해당한다고 봄이 타당하다.

3) 2016. 2. 5. 조세특례제한법 시행령이 개정되면서 소기업의 기준지표가 근로자 수에서 매출액으로 변경되었다. 다만 종전에 소기업에 해당되었던 기업은 개정 후에도 일정한 기간까지 계속 소기업으로 보도록 경과조치를 두었다.

원고가 영위한 사업은 폐기물처리업이고, 원고의 2016년 매출액이 약 124억 원인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 구 중소기업기본법 시행령 제8조 [별표 3]의 기준(30억 원 이하)에 따르면 원고는 소기업에 해당하지 아니한다.

한편, 위 조세특례제한법시행령 개정 전의 기준에 의하더라도, 원고는 폐기물처리 업자로서 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 제3호의 ⁠‘기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우’에 해당하고 그 경우 소기업으로 보려면 근로자 수가 10명 미만이어야 하는데, 원고의 근로자 수가 2015년에 20명, 2016년에 22명인 사실은 원고가 자인 하는 바이므로, 원고를 ⁠‘종전에 소기업에 해당되었던 기업’으로 볼 수도 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 제2 주장도 받아들이지 않는다.

6. 원고의 2019. 3. 27.자 청구취지 변경신청의 적법 여부에 대한 판단

원고는 2016년 귀속분인 이 사건 과세처분의 취소를 구하다가, 위 청구취지 변경신 청을 통하여 별지 1 기재 각 종합소득세 및 지방소득세 부과처분(2012년~2015년 귀속분)의 취소를 구하는 청구를 추가하였고, 피고는 그 직후인 2019. 4. 25.에 열린 제2차 변론기일에 위 청구취지 변경신청에 대하여 이의를 제기하였다.

행정소송법 제8조 제2항에 의하여 준용되는 민사소송법 제262조에 의한 청구의 변 경은 소송절차를 지연함이 현저한 경우가 아니어야 하고, 또한 청구의 기초에 변경이 없는 한도에서만 사실심의 변론종결시까지 할 수 있는 것인데, 동일한 생활 사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁에 있어서 그 해결 방법에 차이가 있음에 불과한 청구 취지 및 청구원인의 변경은 청구의 기초에 변경이 없다고 할 것이다(대법원 1998. 4. 24. 선고 97다44416 판결 등 참조).

한편 행정처분의 취소 또는 변경을 구하는 소송에 있어서는 취소 또는 변경을 구하는 행정처분이 다른 경우에는 그 소송의 목적물이 달라지므로 그 행정처분의 변경에 의한 청구의 변경은 특단의 사유가 없는 한 허용되지 않는다(대법원 1963. 2. 21. 선고 62누231 판결 참조).

살피건대, 비록 이 사건 과세처분과 별지 1 기재 처분의 일부 쟁점(원고가 구 조세 특례제한법상의 소기업에 해당하는지 여부)이 공통되기는 하나, 양 처분은 처분일자가 다르고, 별개의 과세기간에 발생한 각 소득을 대상으로 하는 독립된 과세처분으로서 동일한 생활사실 또는 동일한 경제적 이익에 관한 분쟁이라고 할 수도 없으므로, 기존의 청구와 추가된 청구의 기초가 동일하다고 보기 어렵다.

따라서 위 청구취지 변경신청은 부적법하므로 허가하지 아니한다.

7. 결론 이 사건 소 중 지방소득세 부과처분 취소청구 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고 의 나머지 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 대전지방법원 2019. 10. 10. 선고 대전지방법원 2018구합101955 판결 | 국세법령정보시스템