요지

예외적으로 허용되는 재조사이므로 위법한 중복세무조사에 해당하지 않고, 이 사건 처분은 제1,2차 부가가치세 경정 이후 재경정을 한 경우이므로 납세고지서의 의미를 원고가 충분히 파악할 수 있어서 납세고지서의 하자가 존재하지 않으며 사실과 다른 세금계산서에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 2. 1. 원고에게 한 2013년 1기 부가가치세 0000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 철강재, 고철 등의 도·소매업을 목적으로 2009. 7. 16. 설립된 법인으로 최초 상호는 ⁠‘000 주식회사’였다. 원고는 고철 등을 매입하여 000 주식회사 등 제강업체에 직접 납품하는 이른바 ⁠‘지정납품업체(대상)’에 해당한다.

나. 원고는 2012. 11. 27.부터 2013. 1. 31.까지 AA자원으로부터 공급가액 합계 000원의 고철공급에 관한 세금계산서를 교부받고 이를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였는데, 그중 2013년 1기 부가가치세 과세기간 동안에는 공급가액 합계 000원의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.

다. 피고는 2017. 10. 25.부터 2017. 12. 13.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상세목:부가가치세, 조사대상기간: 2012년 2기 ~ 2013년 1기, 이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 이 사건 세금계산서를 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 관련 매입세액을 불공제하기로 하고, 2018. 2. 1. 원고에게 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세 등을 적용하여 2013년 1기 부가가치세를 000원(가산세 포함)으로 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).¹⁾

라. 피고가 이 사건 처분을 하면서 원고에게 발송한 납세고지서(이하 ⁠‘이 사건 납세고지서’라 한다) 부분 중 세액 및 가산세 산출근거가 기재된 부분은 아래와 같다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 3. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 6. 19. 이를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

가. 절차상 하자 관련

1) 중복세무조사 금지 원칙 위배

피고는 원고의 2013년 1기 부가가치세에 대하여 이미 2014. 6. 10.부터 2014. 7. 7.까지 세무조사를 실시하였음에도 불구하고, 또다시 동일한 과세기간과 세목에 대하여 이 사건 세무조사를 실시하였다.

따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 중복세무조사에 해당하고, 중복세무조사가 예외적으로 허용될 사유가 존재한다고 볼 수도 없어 위법하므로, 그에 근거하여 이루어진 이 사건 처분 역시 위법하다.

2) 이 사건 납세고지서의 하자 이 사건 납세고지서 중 가산세 산출근거 부분에는 각 가산세별 대상금액으로 000원 내지는 000원이 기재되어 있다. 그런데 이 사건 납세고지서만으로는 위와 같은 대상금액들이 구체적으로 산정된 근거에 대해 알 수 없으며, 이 사건 처분의 전제가 되는 이 사건 세금계산서상의 공급가액인 000원과도 전혀 관련성을 찾을 수 없다.

더욱이 납부불성실가산세의 경우 이 사건 납세고지서에 기재된 산출근거에 따라 피고가 주장하는 원고의 미납일인 1,652일을 적용하여 세액을 계산하면 000원(= 대상금액 000원 × 1,652일 × 0.03%, 원 미만 버림)이 됨에도, 이 사건 납세고지서에는 그 세액이 000원으로 기재되어 있다.

따라서 이 사건 납세고지서에 기재된 각 가산세별 대상금액들은 잘못 기재된 것이 분명하며, 이 사건 납세고지서에 기재된 내용만으로는 각 가산세의 산출근거 및 정확한 금액에 대해 알기 어렵다. 결국 이 사건 처분은 위와 같이 하자있는 이 사건 납세고지서에 기하여 이루어진 것이어서 취소되어야 한다.

나. 실체상 하자 관련

원고는 AA자원으로부터 실제로 철스크랩 등 고철을 공급받고 매입대금을 송금하는 방식으로 정상적으로 거래하였으므로, 이 사건 세금계산서는 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다.

설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하더라도, 원고는 거래에 앞서 AA자원 측으로부터 사업자등록증 및 대표자인 BBB의 명함 등을 교부받아 실제 거래업체임을 확인하였고, 거래대금도 계좌를 통해 정상적으로 송금하였으므로, 원고는 선의의 거래당사자에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

아래의 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제5호증, 을 제3 내지 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1) 선행 세무조사 및 그에 따른 부과처분 경위

가) 원고는 2013년 1기 부가가치세 과세기간 동안 ccc고철 및 ddd자원으로부터 고철을 공급받았음을 전제로 합계 000원(= ccc고철 부분 000원 + ddd자원 부분 000원) 상당의 세금계산서를 교부받았고, 이를 근거로 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

나) 피고는 2014. 6. 10.부터 2014. 7. 7.까지 원고에 대한 세무조사[조사대상세 목: 부가가치세, 조사대상기간: 2013년 1기(ccc고철 및 ddd자원과의 거래내역), 이하 ⁠‘선행 세무조사’라 한다]를 실시한 결과, ccc고철 및 ddd자원으로부터 수취한 세금계산서를 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하여 관련 매입세액을 불공제하기로 하고, 2014. 9. 1. 원고에게 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세 등을 적용하여 2013년 1기 부가가치세를 000원(가산세 포함)으로 경정·고지하였다(이하 ⁠‘제1차 부가가치세 경정’이라 한다).

다) 원고는 이에 불복하여 2014. 11. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데,조세심판원은 2015. 6. 24. ⁠‘제1차 부가가치세 경정과 관련하여 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 일부인용결정을 하였다.

라) 위와 같은 조세심판원 결정에 따라 원고의 2013년 1기 부가가치세는 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세, 세금계산서불성실가산세 등을 적용하여 000원(가산세 포함)으로 경정·고지되었다(이하 ⁠‘제2차 부가가치세 경정’이라 한다).

마) 원고는 2015. 9. 22. 피고를 상대로 위와 같이 감액경정된 2013년 1기 부가가치세의 취소를 구하는 소(서울행정법원 2015구합0000호)를 제기하였으나, 담당재판부는 2016. 1. 21. 이를 기각하였고, 원고의 항소(서울고등법원 2016누000호)와 상고(대법원 2016두000호) 모두 기각되어 위 판결은 확정되었다.

2) 이 사건 세무조사의 경위

가) EEE세무서장은 2013. 10.경부터 AA자원에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 과정에서 원고에게 이 사건 세금계산서 수취와 관련된 AA자원과의 거래내역을 요청하는 공문을 보냈다. 이에 원고는 2013. 12.경 위와 같은 요청에 따라 이 사건 세금계산서 및 은행거래내역 등의 자료를 제출하였다.

나) EEE세무서장은 2014. 4.경 AA자원에 대한 세무조사 결과, AA자원의 대표자 BBB는 사업장과 사업운영 능력이 없는 자로 매입과 매출 전액을 가공거래로 확정하고, AA자원 대표자 BBB를 조세범처벌법위반 등의 혐의로 고발하는 한편 피고에게 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 통보하였다.

다) 이후 대전지방법원은 2015. 9. 4. BBB에게 이 사건 처분과 관련된 허위

세금계산서 발급 등의 범죄사실을 모두 인정하여 징역 6월을 선고하였으며, 위 판결은 그대로 확정되었다(2015고단000호).

라) 피고는 EEE세무서장으로부터 수취한 과세자료 및 BBB에 대한 형사판결 등에 근거하여 2017. 10. 25.부터 2017. 12. 13.까지 이 사건 세무조사를 실시하였다.

3) 부가가치세 ⁠(재)경정 결의서 등을 통해 확인되는 각 가산세 경정 내역

가) 제1차 부가가치세 경정을 통해 당초 원고에게 부과되었던 각 가산세의 산출근거 및 내역은 아래와 같다.

나) 제2차 부가가치세 경정을 통해 아래와 같이 부정과소신고가산세가 일반과소신고가산세로 경정되었으며, 나머지 가산세들은 그대로 유지되었다.

다) 이 사건 처분을 통해 원고에게 최종적으로 부과된 각 가산세의 산출근거 및 내역은 아래와 같다.

나. 판단

1) 절차상 하자 주장에 관한 판단

가) 중복세무조사 금지 원칙 위배 주장에 관한 판단

(1) 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 금지하는 재조사에 해당한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062판결 참조).

한편, 구 국세기본법 제81조의4 제2항은 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우(제1호), 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우(제2호), 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우(제3호), 제65조 제1항 제3호에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우(제4호), 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우(제5호)’를 재조사가 허용되는 예외적인 경우로 규정하고 있다. 여기서 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 조세탈루 사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실에서 본 것과 같이 선행 세무조사가 ⁠‘조사대상기간’과 관련하여 그 범위를 ⁠‘ccc고철 및 ddd자원’으로 한정하여 이루어진 것은 사실이나, 그와 같은 사정만으로는 ⁠‘조사대상세목’과 ⁠‘조세대상기간’이 동일한 이 사건 세무조사를 선행 세무조사와 완전히 별개의 세무조사라고 볼 수는 없다. 그러나 앞서 인정한 것처럼 이 사건 세무조사는 EEE세무서장의 AA자원의거래액 전액이 가공자료에 해당한다는 과세자료 통보와 AA자원 대표자인 BBB에 대한 조세범처벌법위반 관련 형사판결 등에 기초하여 이루어진 것으로, 그와 같은 자료는 원고의 조세탈루 사실을 확인할 수 있는 상당한 개연성을 객관적․합리적으로 뒷받침하는 자료에 해당한다. 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에 의하여 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하므로, 위법한 중복세무조사라고 볼 수는 없다.

(3) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 납세고지서의 하자 주장에 관한 판단

(1) 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제2호는 일반과소신고가산세를 ⁠‘과소신고 납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액’으로 정하고 있고, 구 국세기본법 제47조의4 제1항, 같은 법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제27조의4에서는 ’미달세액 × 미납기간 × 0.0003에 상당하는 금액‘으로 납부불성실가산세를 계산하는 규정을 마련하고 있다. 한편, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제3항 제5호는 ’공급가액에 대하여 100분의 2에 해당하는 금액‘으로 세금계산서불성실가산세를 계산하도록 규정하고 있다.

(2) 그런데 이 사건 납세고지서에 기재된 각 가산세별 대상금액은 위 각 가산세 관련 규정 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분과 관련하여 원고가 허위로 수취하였다고 판단되는 전체 세금계산서상의 공급가액 합계액인 3,500,215,000원(= 이 사건 세금계산서상의 공급가액 000원 + ccc고철 및 ddd자원 관련 세금계산서상의 공급가액 000원) 내지는 그에 따라 계산된 부가가치세액 000원을 의미한다고 봄이 명백하다.

원고는 이 사건 납세고지서만으로는 위와 같은 대상금액들이 구체적으로 산정된 근거에 대해 알 수 없다고 주장하나, 이 사건 처분은 제1, 2차 부가가치세 경정 이후 다시 재경정을 한 경우이므로, 납세의무자인 원고로서는 각 부과처분에 대한 불복과정을 통해서 이 사건 납세고지서에 기재된 대상금액들의 의미에 대해 충분히 알 수 있었다고 보인다.

(3) 또한 원고는 납부불성실가산세의 경우 이 사건 납세고지서에 기재된 가산세 산출근거에 따라 계산을 하면 그 세액이 달라진다는 취지로 주장하고 있으나, 이는 위 인정사실에서 본 바와 같이 제1, 2차 부가가치세 경정을 통해 부과된 납부불성실가산세 00원과 이 사건 처분을 통해 새롭게 부과된 납부불성실가산세 000원을 합하는 방식으로 전체 납부불성실가산세가 계산됨을 간과한 주장으로 보일 뿐이다. 더욱이 이 사건 납세고지서에 계산의 근거를 밝히기 위한 목적으로 세율 부분에 ⁠‘미납일 × 0.03%’라고 기재한 것을 두고 원고 주장과 같은 방식으로 납부불성실가산세가 계산되어야 한다거나, 이 사건 납세고지서에 하자가 있다고 볼 수도 없다.

(4) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

2) 실체상 하자 주장에 관한 판단

가) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

앞서 인정한 사실과 을 제13, 15 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실관계들을 종합하여 보면, 원고의 이 사건 세금계산서상 고철의 실제 매입처는 AA자원이 아닌 제3자이고, AA자원은 단지 자신 명의로 원고에게 세금계산서만을 발급해준 위장거래자(이른바 ⁠‘자료상’)에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 세금계산서는 공급자의 기재가 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① AA자원은 2012. 10. 1. 개업하여 약 5개월 동안 0억 000만 원 상당의 매입세금계산서를 발급받고, 0억 000만 원 상당의 매출세금계산서를 발행한 후 2013. 3. 13. 폐업한 업체로, 대표자로 되어 있는 BBB는 2012. 6. 1.부터 2012. 10. 19.까지 충남 공주시에서 금융 및 보험업을 단기간 영위한 이력이 확인될 뿐 고철업을 영위할만한 자금력이나 고철업 관련 경력이 전혀 확인되지 않는다.

② AA자원은 원고를 거치지 않고 곧바로 동국제강 주식회사의 인천제강소에 바로 납품하였으며, 원고는 실제로 고철이 어디에서 왔는지 확인한 바 없다. 한편 BBB의 금융계좌 거래내역에 의하면, 원고 등 거래처가 고철대금을 입금하기 전에 제3자로부터 1~2만 원이 입금되었다가 바로 출금되고, 그 이후 거래대금이 입금되었으며, 원고로부터 대금을 입금받음과 동시에 다시 전액 현금으로 출금하는 등 이례적인 자금관리 형태를 확인할 수 있다.

③ AA자원은 개업 후 단기간 내에 고액의 매출을 발생시킨 후 부가가치세를 신고·납부하지 않은 채 폐업하였고, 그 대표자인 BBB는 이 사건 처분과 관련된 허위 세금계산서 발급 등의 범죄사실로 징역 6월의 형사처벌을 받았는데, 원고는 위 형사 판결에서 인정된 사실을 배척할 만한 별다른 증거를 제출하지 못하고 있다.

④ 이와 관련하여 원고는 AA자원이 다른 거래업체들로부터 약 0억 000만원 상당의 고철을 매입하였고, 그에 따라 세금계산서를 발급받았으므로 적어도 위 금액 상당의 고철은 원고에게 공급한 것이라는 취지로 주장한다. 그러나 BBB에 대한 형사판결에 따르면 AA자원이 매입처로부터 수취한 세금계산서는 모두 허위의 세금계산서로 판단되었을 뿐이고, 달리 원고 주장을 인정할 수 있는 증거는 없다.

나) 원고의 선의․무과실 여부

(1) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

(2) 위와 같은 법리를 이 사건에 비추어 볼 때, 다음과 같은 이유로 원고는 거래의 실제 상대방이 AA자원이 아님을 알고 있었거나 또는 거래의 실제 상대방이 누구인지에 대하여 의심을 품고 이를 조사할 필요성이 있었음에도 이를 조사하지 않은 과실이 있다고 봄이 타당하며, 달리 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 AA자원으로부터 고철을 매입하면서 위 업체가 발행한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없음을 인정하기 어렵다. 따라서 선의의 거래당사자에 해당한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

① 원고의 대표이사 KKK은 이 사건 세무조사 당시 AA자원과의 거래 경위 및 거래 방식에 대하여, ⁠‘2011년부터 거래를 해 오고 있던 FFF철강 대표인 GGG이 납품관계로 문의할 것이 있다며 사무실로 찾아와 AA자원과의 거래를 주선해 주었다’, ⁠‘GGG은 자기가 AA자원의 영업담당이라고 하면서 AA자원의 사업자등록증 사본, 거래대금 결제통장 사본, 대표자 BBB의 명함을 제시하였으며, AA자원의 사업장을 방문하거나 BBB를 직접 만나본 적은 없다’, ⁠‘GGG과 소통하면서 거래를 하였고, AA자원이 원고 명의로 고철을 납품한 것을 확인하고 AA자원으로부터 세금계산서를 받고 BBB 계좌로 고철대금을 송금해 주었다’는 취지로 진술하였다.

원고는 AA자원과 단기간(거래기간: 2012. 11. 27. ~ 2013. 1. 31.) 동안 거액(공급가액 합계 000원)의 거래를 하였는데, 이는 AA자원의 전체 거래금액(000원)의 약 83%에 해당한다.

위와 같이 원고가 AA자원과 거래를 시작하게 된 경위, 거래기간 및 거래량이나 금액 등을 볼 때, 원고로서는 AA자원이 실제 공급자가 맞는지 제대로 조사하였어야 함에도 불구하고 사업자 간 거래에서 통상적으로 주고받는 서류 등만을 확인하였을 뿐 거래 이전이나 그 이후 AA자원의 사업장 소재지를 방문한 적도 없고, 고액의 세금계산서를 수취하고 대금을 결제하는 과정에서 AA자원의 대표와 연락조차 하지 않았으며, AA자원이 누구로부터 어떤 방법으로 고철을 조달했는지도 전혀 확인하지 않았다.

② 원고가 AA자원과 거래를 개시하기 전에 확인하였다는 사업자등록증은 부가가치세법이 부가가치세 등의 납세의무자 파악과 과세자료 확보를 위하여 사업자로 하여금 사업장 관할세무서장에게 등록신청을 하게 하여 관할세무서장이 그 사업자에게 교부하는 것으로서, 단순한 사업사실의 등록을 증명하는 증서에 불과하고 그에 의하여 사업을 할 수 있는 자격이나 요건을 갖추었음을 인정하는 것은 아니다(대법원 2005. 7. 15. 선고 2003도6934 판결 등 참조). 더욱이 원고는 위와 같은 사업자등록증 역시 AA자원의 대표로부터 받은 것이 아니며 GGG을 통해서 전달받았을 뿐이다. 그 밖에 원고가 매입한 고철의 가격이 적정한 것이었다거나 원고 스스로 거래대금을 되돌려받은 사실이 없다는 사정만으로 원고가 선의·무과실의 거래당사자에 해당한다고 볼 수는 없다.

3) 소결론 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 원고가 선의·무과실의 거래당사자에 해당한다고 볼 수 없다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 결국 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 피고는 이 사건 세무조사를 통하여 원고에게 2012년 2기 부가가치세 110원(가산세 포함)도 경정·고지하였고, 원고는 조세심판원 단계에서는 이에 대하여도 다투었으나, 이 사건 소송에서는 이 부분에 대해서는 청구하지 않았다.

출처 : 서울행정법원 2019. 09. 27. 선고 서울행정법원 2018구합78145 판결 | 국세법령정보시스템