요지

토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래 관행을벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함한다

판결내용

판결내용은 붙임과 같습니다

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 12. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 281,409,130원(가산세

포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 4. 10. 소외 배**와 사이에, 원고 소유의 시흥시 신천동 ***-* 목장용지 1,608㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)와 원고가 위 지상에 1997. 9. 1. 신축한 축사 및 퇴비사 588.6㎡(축사 1동 288㎡, 축사 2동 210.6㎡, 퇴비사 90㎡로 이루어져 있다. 이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)를 합계 11억 3,000만 원에, 같은 동 ***-* 제방 101㎡를 1,000만 원에 각 배**에게 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 당시 작성된 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서(갑 제2호증의 1)의 특약 사항란에는 매매대금 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지의 매매대금은 평당 122만 원으로 계산하고, 나머지 매매대금은 이 사건 건물 가격으로 정산한다는 취지로 기재되어 있다. 그후 원고는 위 각 부동산에 관하여 2015. 5. 11. 배** 명의로 소유권이전등기를 경료해 주었다.

나. 원고는 2015. 5. 26. 피고에게 위 각 부동산의 양도에 관하여, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조의2 축사용지에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하고, 이 사건 토지 및 건물의 양도가액 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지 가액을 593,429,730원(위 매매계약서의 특약사항에 따라 평당122만 원으로 계산한 금액), 이 사건 건물 가액을 536,570,270원으로 각 안분하고, 환산취득가액을 이 사건 토지 38,592,000원, 이 사건 건물 349,102,966원으로 하고, 산출세액 및 감면세액을 164,937,991원으로 하여 양도소득세 예정신고를 하였다.

다. 피고는 2016. 8. 19.부터 같은 해 9. 8.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후 ① 원고가 양도 당시 구 조세특례제한법 제69조의2의 감면요건을 충족하지 않는것으로 보아 축사용지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고, ② 양도차익의 계산에 있어, 이 사건 토지와 건물 매매계약서에 구분 기재된 가액을 부인하고 양도 당시의 기준시가에 의하여 토지와 건물 가액을 안분계산하여 과세표준과 세액을 산출하고, ③원고가 이 사건 건물을 1997년 신축한 이래 계속적으로 임대한 사실이 확인된다 하여 이 사건 토지 1,608㎡ 중 임대건물의 부수토지에 해당하는 410㎡와 가축사육 두수에 의하여 계산한 기준면적 468.75㎡를 초과하는 729.25㎡를 비사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 부인하고, 양도소득 금액을 다시 산정하여 2016. 9. 12.경 원고에게 2015년 귀속 양도소득세가 355,754,491원이 된다는 취지의 세무조사결과 통지를 하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 10. 19. 과세전적부심사청구를 하였는데, 피고는 사업용 토지면적을 일부 재산정하여 위 세무조사결과의 양도소득 금액에서 15,669,761원을 감액하여 2016. 12. 1. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 340,084,730원(가산세 포함)을 경정․고지하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 2. 14. 중부지방국세청장에게 이의신청을하였고, 중부지방국세청장은 2017. 4. 21. 이 사건 토지 전부를 사업용 토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하는 것으로 하여 피고의 부과 결정금액 중 58,675,600원을 감액하는 결정을 하였다[이에 따라 이 사건 처분 중 남는 금액은 281,409,130원(=340,084,730원－58,675,600원, 가산세 포함)이 되었다].

바. 원고는 이에 불복하여 2017. 6. 23. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2018. 6.28. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 16, 17호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호가 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 토지와 건물 가액 구분에 관하여

구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조는 양도차익을 계산할 때에는 실지거래가액에 따르고 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우에는 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 안분계산 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서의 특약사항에 매매대금 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지의 매매대금은 평당 122만 원으로 계산하고, 나머지 매매대금은 이 사건 건물 가격으로 정산한다고 기재하여 매매계약서에 분명하게 토지와 건물의 가액을 구분 기재하였고 매매당사자 사이에 실제 양도가액도 그렇게 정산하였으므로, 이 사건 토지 및 건물의 양도는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당하지 아니함에도 피고가 이를 불분명한 것으로 보아 기준시가에 따라 양도가액을 안분계산하고 이를 토대로 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

2) 양도소득세 감면에 관하여

원고는 영농후계자로 지정된 1986년부터 2015년 이 사건 토지와 건물을 양도할 때까지 계속적으로 농업 및 축산업에 종사해 왔고, 특히 1997년 이 사건 건물 신축후에는 축산업에만 집중하여 종사해 왔으며, 8년 이상 직접 축산에 사용한 이 사건 토지를 폐업을 위해 양도한 것이므로 구 조세특례제한법 제69조의2에 의한 양도소득세감면대상이 된다 할 것임에도 피고가 그 양도소득세 감면을 부인하고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 토지와 건물 가액 구분에 관한 주장

구 소득세법 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것) 제64조에 의하면, 토지와 건물을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래 관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다.

이 사건에 관하여 보건대, 이 사건 토지 및 건물에 대한 매매계약서(갑 제2호증의 1)의 특약 사항란에 이 사건 토지와 건물의 가액이 구분 기재되어 있는 사실은 앞서 본 바와 같으나, 아래에서 보는 여러 사정을 종합하여 보면 위 매매계약서의 가액구분은 통상의 거래 관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 도저히 볼 수 없다 할 것이므로, 위에서 본 법리에 비추어 이 사건 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아야 하고, 따라서 피고가 이 사건 토지와 건물의 각 양도 당시 기준시가에 따라 안분계산하여 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 정한 것은 적법하다고 할 것이다. 이 부분 원고의 주장은 받아들일 수 없다[원고는 이 사건 토지 및 건물 양도 이후 비로소 시행된 현행 소득세법 제100조 제3항(토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다는 내용)을 피고가 소급 적용한 것은 위법하다는 주장도 하였으나, 피고는 위 조항을 소급 적용한 것이 아니라 위에서 본 법리에 따라 이 사건 토지와 건물의 양도가액을 기준시가에 따라 안분계산한 것이므로, 원고의 위 주장도 받아들이지 않는다].

① 이 사건 토지 및 건물의 기준시가는 합계 923,203,000원인데, 그중 이 사건 토지의 기준시가는 795,477,000원(86.1%), 이 사건 건물의 기준시가는 127,726,000원(13.9%)이다(갑 제17호증의 2의 기재). 그런데 이 사건 토지 및 건물 매매계약서의 특약사항에 따라 계산하여 원고가 신고한 가액은 전체 11억 3,000만 원 중 이 사건 토지가 약 593,429,000원(52.5%), 이 사건 건물이 약 536,570,000원(47.5%)이다. 원고가 신고한 이 사건 토지 가액은 기준시가 대비 74.6%에 불과한 데 반해, 이 사건 건물 가액은 기준시가 대비 420.1%나 된다. 이처럼 토지의 가액은 기준시가보다도 오히려 더 낮게 신고하면서 건물 가액은 기준시가보다 4배 이상 높게 신고한 원고의 신고가액이 합리적인 가액 구분이라고 보기는 어렵다.

② 건물은 신축 후 시간이 지남에 따라 노후화가 진행되어 그 가액이 지속적으로 감소하는 것이 일반적인바, 이 사건 건물은 1997년 신축되어 양도 당시 17년 이상이나 경과한 노후된 건물이었다.

③ 증인 배**는 이 사건 건물이 튼튼하게 지어졌고 건물 상태도 좋아 위와 같이 가액을 구분하여 매수하게 된 것이라고 증언하였으나, 위 ①, ②항에서 본 사정과 위 증인이 운영하는 개인사업체 ⁠‘수****’의 2015사업연도 표준재무상태표(을 제4호증)에 이 사건 토지 및 건물의 총 매매가액 11억 3,000만 원이 전액 이 사건 토지에 대한 취득가액으로 계상되어 있는 점 등에 비추어 위 증인의 증언은 선뜻 믿기 어렵다.

2) 양도소득세 감면에 관한 주장

구 조세특례제한법 제69조의2 제1항은 축사용지 소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 축산에 사용한 축사용지를 폐업을 위하여 양도하는 경우 그 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있는바, 위 축사용지를 8년 이상 직접 축산에 사용하였다는 점에 대해서는, 위 조항에 따른 양도소득세의 감면을 주장하는 양도자가 이를 증명할 책임이 있다. 이 사건에 관하여 보면, 갑 제14, 16호증, 갑 제17호증의 2, 을 제2호증의 1, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사실 및 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건에 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 토지를 ⁠“8년 이상”“직접” 축산에 사용하였다는 점을 인정하기 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

① **시장이 발행한 이 사건 토지 및 건물에 대한 ⁠‘축사기간 및 폐업확인서’에는 ⁠‘해당 축사용지를 직접 축산에 사용한 기간’이 2010. 5. 8.부터 2015. 9. 10.까지 총 5년 4개월이라고 기재되어 있다. 원고가 이 사건 토지를 소재지로 하여 축산업(가축사육업) 등록을 한 것도 2010. 5. 18.이다.

② 원고가 2009년부터 2015년까지 **축협에서 배합사료를 구매한 구매액 내역은 아래와 같은바, 이에 의하더라도 원고는 축산업등록을 한 위 2010년경부터 본격적으로 축산업에 종사한 것으로 보인다.

③ 원고는 이 사건 건물에 관하여 1998. 1. 1.을 개업일로 하여 임대사업자 등록을 하고 2015. 5. 29.까지 지속적으로 임대업을 영위하였고, 그에 따른 부가가치세 신고도 하였다. 구체적인 원고의 이 사건 건물 임대 현황은 아래 표와 같은바, 특히 원고가 축산업등록을 하기 1년 전인 2009년까지는 꾸준히 여러 임차인에게 이 사건 건물의 상당 부분을 공장 용도로 임대해 온 것을 알 수 있다.

④ 2000년경 원고와 장**, 염** 등은 함**을 상대로 주위토지통행권확인등 소송을 제기하였는데(수원지방법원 2000가단***), 원고와 장**, 염**는 위 소송의 청구원인으로, 원고 소유의 이 사건 건물 중 장**이 축사 1개 동(288㎡)을, 염**가 축사 1개 동(210㎡)을 각각 임차하여 한우를 키우며 축산업에 종사하고 있다고 주장하였다. 이에 비추어 보면, 설령 2010년 이전에 이 사건 토지가 축산에 사용된 사실이 있다고 하더라도 원고가 ⁠“직접” 축산에 사용했다고 단정하기도 어려워 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2019. 05. 17. 선고 수원지방법원 2018구단8171 판결 | 국세법령정보시스템