요지

① 나노장비의 이용자별(과·면·비과세) 사용료를 역산한 장비 사용시간은 매입세액의 실지귀속을 구분할 기준으로 삼기 어려워 쟁점매입세액은 실지귀속이 불분명한 공통매입세액에 해당한다고 봄이 타당함
② ’18년 개정된 시행령 규정에 따라 국가출연금은 면세공급가액에 산입하여 안분계산해야하나, 이전 과세기간(2018. 1기까지)은 해당 규정을 적용할 수 없으므로 ’16.1기부터 ’18.1기까지의 관련 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 2021. 5. 3.자 2016년 제1기분 95,315,780원 중

58,118,656원을, 2016년 제2기분 70,692,130원 중 27,676,560원을, 2017년 제1기분

57,628,190원 중 22,331,221원을, 2017년 제2기분 181,569,280원 중 93,144,980원 을, 2018년 제1기분 215,592,260원 중 99,250,583원을 각 초과하는 부가가치세 부

과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 주위적 청구 및 나머지 예비적 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 원고에 대하여 한 2021. 4. 26.자 2020년 제2기분 428,723,490원의

부가가치세 부과처분 및 2021. 5. 3.자 2016년 제1기분 95,315,780원 중 41,096,344원 을, 2016년 제2기분 70,692,130원 중 30,961,021원을, 2017년 제1기분 57,628,190원 중

20,326,868원을, 2017년 제2기분 181,569,280원 중 101,573,364원을, 2018년 제1기분

215,592,260원 중 122,049,893원을, 2018년 제2기분 162,387,990원 중 88,628,663원 을, 2019년 제1기분 450,023,580원 중 133,049,956원을, 2019년 제2기분 1,223,163,780

원 중 520,495,877원을, 2020년 제1기분 1,771,585,750원 중 465,675,306원을 각 초과

하는 부가가치세 부과처분을 각 취소하고, 2021. 4. 26.자 2020년 제2기분 환급세액

891,451,336원의 환급거부처분을 취소한다.

예비적으로, 주문 제1항과 같은 판결 및 피고가 원고에 대하여 한 2021. 4. 26.자 2020

년 제2기분 428,723,490원의 부가가치세 부과처분 및 2021. 5. 3.자 2018년 제2기분

162,387,990원 중 115,587,126원을, 2019년 제1기분 450,023,580원 중 142,831,555원 을, 2019년 제2기분 1,223,163,780원 중 554,586,765원을, 2020년 제1기분 1,771,585,750

원 중 515,983,454원을 각 초과하는 부가가치세 부과처분을 각 취소하고, 2021. 4. 26.자

2020년 제2기분 환급세액 693,080,890원의 환급거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 나노기술개발촉진법 제11조 제2항 등에 근거하여 설립된 AAA의 부설기관인

비영리 공익법인으로서 xxxx. x. x. 업태를 ⁠‘서비스’, 종목을 ⁠‘전문과학기

계장비임대, 연구용역’으로 하여 사업자등록을 하였는바, 정부출연금 등으로 나노장비 를 취득하고 나노장비를 민간기업·공공기관 등이 사용하는 데 제공하여 민간기업 등으

로부터 일정한 사용료를 받는 과세사업 및 기타 면세사업등(면세사업 + 비과세사업:

면세사업은 민간수탁과제 수행 사업 일부, 교육용역 사업, 비과세사업은 정부수탁과제

수행 사업)을 겸영하고 있다.

나. 원고는 과세사업에서 발생한 나노장비 사용료 수입금에 대하여 매출세금계산서 를 발행·교부하고, 그 매출세액에서 ⁠‘나노장비 취득 및 유지 관련 매입세액’(이하 ⁠‘이

사건 매입세액’이라 한다) 전체에 대해 매입세액을 공제하는 것으로 하여 2016년 제1

기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 신고를 하여 왔다.

다. 원고는 2020년 제2기분 부가가치세 신고 시 매입세액이 매출세액보다 많다는 이

유로 부가가치세 환급신고를 하였는데, 피고는 원고의 2020년 제2기 확정분 부가가치

세 환급신고를 검토하다가 원고가 이 사건 매입세액과 관련해서 공통매입세액 안분계

산을 실시하지 아니하여 부가가치세를 과다환급받았다고 판단하였다. 이에 피고는 이

사건 매입세액을 과세·면세 안분대상 공통매입세액으로 보고, 또한 그 과세·면세 안분

대상 공통매입세액을 계산함에 있어 원고가 지급받은 정부출연금을 면세공급가액에 해

당하는 것으로 보아 이 사건 매입세액을 공통매입세액 안분계산한 후 2021. 4. 30.과

2021. 5. 7. 원고에게 별지1 표 기재와 같이 2016년 제1기분부터 2020년 제2기분까지

각 부가가치세 합계 4,656,682,230원을 각 경정·고지하였다(2020년 제2기 부가가치세

환급거부처분을 포함하여 이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

즉, 원고는 부가가치세 신고를 함에 있어 이 사건 매입세액 전체를 매출세액에서

공제하여 신고하였으나, 피고는 매출세액에서 매입세액을 공제함에 있어서는 과세사업

매출과 관련된 매입세액만 공제할 수 있으므로 이 사건 매입세액 중에서 면세사업 부

분에 해당하는 별지1 표의 ⁠‘⑤ 매입세액 불공제액’항 기재 금액[= ① 공통매입세액 ×

{(③ 면세매출 + ④ 정부출연금) / ⁠(② 과세매출 + ③ 면세매출 + ④ 정부출연금)}]은

매출세액에서 공제하지 못하는 것으로 계산하여 이 사건 각 처분을 한 것이다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 7. 26. 조세심판원에 심판을 청구하였

으나, 조세심판원은 2022. 5. 9. 원고의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 원고의 주장

가. 주위적 청구원인

원고는 이 사건 매입세액은 실지귀속이 구분되는 매입세액이므로 과·면세 안분대

상 공통매입세액에 해당하지 아니한다. 즉, 원고는 내부규정인 보유장비이용요령의 기

준에 따라 나노장비 사용료를 징수하는데, 그 산출내역을 보면 고정비용과 변동비용을

합한 가액에 이용자별 할인율을 적용하여 부과하고 있다. 통상적으로 민간기업 및 공

공기관에게 일정율의 할인율을 적용하고 있다. 또한 원고는 정부 수탁과제 수행을 위

하여 자체적으로 나노장비를 사용하는데 이 경우 위 보유장비이용요령에서 정한 기준 에 따라 산정된 사용료를 산출하여 정산하고 있다. 원고는 장비사용료를 산출할 때 해

당 장비 취득 및 유지비용에 장비운영시간을 곱하여 산정하고, 총 장비운영시간과 장

비이용료 산출내역은 아래와 같다.

1년 총 장비 운영시간 : 12개월(1년) × 20일(1개월) × 8시간(1일) × 직전연도 연평균 가동율

장비이용료 산출 : ⁠(장비취득 및 유지비용 ÷ 총 연간 장비운영시간) = 시간당 장비 이용료 × 장비사용시간 × 이용자별 할인율

원고의 부가가치세 과세기간별 장비사용료 가액에서 이용자별 할인율을 제외하여

장비사용료를 재계산한 가액이 실제 나노장비의 이용시간, 즉 나노장비의 사용량이 되

는바, 나노장비가 과세사업, 면세사업, 비과세사업에 각 어느 정도 사용되었는지가 명

확히 구분된다. 결국 이 사건 매입세액은 과세사업과 면세사업의 사용구분이 명확하므 로 이와 같은 사용구분에 의한 실지귀속에 따라 매입세액을 공제하면 된다.

이에 따라 계산하는 경우 이 사건 매입세액 중 면세사업 관련 매입세액으로 불공

제하여야 하는 매입세액은 2016. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지의 과세기간 중

2,209,271,167원이고, 여기에 가산세 합계 403,744,139원을 더한 2,613,015,306원이 정

당한 세액이 된다. 따라서 피고의 이 사건 각 처분 중 위 정당한 세액을 초과하는 부

분(주위적 청구취지 부분)은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 예비적 청구원인

설령 이 사건 매입세액의 실지귀속 구분이 불분명하여 안분대상 공통매입세액이라 고 가정하더라도, 원고가 지급받은 정부출연금은 면세사업 등이 아니라 원고의 과세사

업의 지원금으로 지급되는 것이므로 정부출연금은 면세공급가액에 포함되는 국고보조

금 기타 이와 유사한 금액에 해당하지 않아 안분계산 시 정부출연금은 면세공급가액에

서 제외되어야 한다.

나노장비가 과세사업, 면세사업, 비과세사업에 명확히 구분되어 사용되고, 과세사

업과 면세사업의 경우 매출액이 존재하고 비과세사업의 경우 원고가 정부위탁과제를

수행하면서 장비를 자체적으로 사용하는 경우 정부와의 연구비 정산을 위하여 장비사

용료 기준에 따라 장비사용가액을 산정하므로, 과세공급가액, 면세공급가액, 비과세사

업의 장비사용가액이 구분되는바, 이를 기준으로 면세사업 관련 매입세액을 계산하는

것이 합리적인 안분계산 방법인데, 이러한 방법으로 안분계산을 하면 이 사건 매입세

액 중 면세사업 관련 매입세액으로서 불공제하여야 하는 2016. 1. 1.부터 2020. 12. 31.

까지의 과세기간 중 매입세액은 2,475,980,664원이고, 여기에 가산세 합계 441,055,696

원을 더한 2,917,036,360원이 정당한 세액이 된다. 따라서 피고의 이 사건 각 처분 중

위 정당한 세액을 초과하는 부분(예비적 청구취지 부분)은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 주위적 청구에 관한 판단

가. 관련 법리

"과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 때"의 판

단기준에는 매입재화의 공통사용당시 뿐만 아니라 재화매입당시도 고려되어야 할 것이

므로 면세재화의 구입, 관리, 제조, 가공과정의 투입, 제품공정, 제품생산관리등 제반실

태를 고려하여 전체적으로 구분할 수 있는지 여부를 결정하여야 하고, 재화의 사용량 을 구분할 수 없을 때는 물론 사용량은 구분가능하더라도 그 사용량의 공급가액을 알

수 없는 경우에도 실지귀속을 구분할 수 없다고 보아야 할 것이다(대법원 1987. 6. 9.

선고 86누251 판결 참조).

나. 구체적 판단

앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들, 갑 제6호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론

전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정들, 즉 ① 이 사건 매입세액은 나노장비

취득 및 유지 관련 매입세액으로서 이 사건 매입세액으로 취득한 나노장비가 원고의

과세사업, 면세사업 등(면세사업 및 비과세사업)에 공통으로 사용되고 있는 점, ② 원

고가 주장하는 나노장비 사용시간 구분은 처음부터 과세사업과 면세사업 등으로 구분

해서 장비의 실제 사용시간을 직접 확인하여 산정한 것이 아니라 장비사용료 가액에서

이용자별 할인율을 제거하여 장비사용료를 재계산한 가액에 따라 장비의 이용시간으로

본 것인데, 장비이용료는 다양한 이용조건을 고려하여 각기 달리 책정되어 있으므로(원

고가 과세사업인 장비제공서비스에 적용하는 ⁠‘장비이용료 기준표’는 원고의 홈페이지에

공개되어 있는데, 과세사업에 적용되는 ⁠‘장비이용료 기준표’가 면세·비과세사업 수행 시

의 장비이용료에도 동일하게 적용되는지가 확인되지 않고, 또한 ⁠‘장비이용료 기준표’를

보면, ⁠‘장비이용료는 공정조건에 따라 차이가 발생할 수 있다’는 점이 명시되어 있고,

장비이용자가 직접 장비를 이용하는지 아니면 원고의 담당자가 장비이용을 진행하는지 에 따라 장비이용료가 달라지는 등 다양한 장비사용 조건, 공정조건에 따라 장비이용

료가 다르게 책정되는 것으로 보인다), 원고의 주장과 같이 단순히 장비이용료에서 할

인율을 제거한 금액으로 산정한 각 과세기간별 장비 사용시간이 과세사업과 면세사업

등에 각기 실제로 사용된 시간이라고 단정하기 어려운 점, ③ 설령 원고의 주장처럼

나노장비 사용시간을 도출한다고 하더라도 그 사용량에 따른 공급가액을 알 수 있다고

보이지도 않는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 매입세액은 실지귀속을 구분할 수 없 는 공통매입세액에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 주위적 청구에 관한 주

장은 받아들이지 않는다.

5. 예비적 청구에 관한 판단 이 사건 매입세액을 과·면세 공통매입세액으로 보아 안분계산 시 정부출연금을 면세

공급가액에 포함시킬 것인지에 관하여 살피건대, 다음에서 보는 바와 같이 부가가치세

법 시행령이 개정된 이후에 해당하는 2018년도 제2기분 이후부터는 피고의 주장과 같 이 정부출연금을 면세공급가액에 포함하고, 2018년도 제2기분 이전분에 대하여는 이와

달리 정부출연금을 면세공급가액에서 제외해야 하는 것으로 본다.

가. 개정 전 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의

것, 이하 ⁠‘개정 전 부가가치세법 시행령’이라 한다)이 적용되는 부분에 관한 판단

1) 관련 법리

과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산

하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서

공제할 수 없다. 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수

없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입

세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는

매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급과

관련하여 거래상대방 등으로부터 돈을 받았더라도 이를 비과세사업에 해당하는 용역

공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따

라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 규정 을 유추 적용할 수 없고, 이러한 경우에는 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각호의

방법 등 다른 합리적인 안분계산방법 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을

적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다(대법원 2019. 1. 17. 선고

2015두60662 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 본 바와 같이 피고는 2016년 제1기분 부가가치세부터 2020년 제2기분 부

가가치세까지의 과세기간 전체에 대하여 정부출연금을 ⁠‘면세공급가액’에 포함하여 부가

가치세법 시행령 제81조 제1항에 따른 안분계산을 하여 이 사건 각 처분을 하였다.

그러나 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거들, 갑 제9 내지 11호증(가지번호 포

함), 을 제2 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정

되는 다음의 사정들, 즉 ① 조세 부과는 관련 법령의 규정에 따라 부과되어야 하는 것

인바, 개정 전 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 ⁠‘과세사업과 면세사업을 겸영하는

경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)이 있는 경우 면세사업등 에 관련된 매입세액은 계산식(공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액)에 따라 안분

하여 계산한다’, 위 ⁠‘면세공급가액’은 ⁠‘비과세공급가액을 포함한다’고 규정하고, 구 부가

가치세법 시행규칙(2018. 3. 19. 기획재정부령 제662호로 개정되기 전의 것) 제54조 제

2항은 ⁠‘면세공급가액’은 ⁠‘공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한

수입금액’이라고 규정하고 있었던 점, ② 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 원고에게

지급되는 정부출연금은 원고의 사업수행에 앞서 해마다 미리 지급되는 것으로서 위 법

령에서 규정하고 있는 ⁠‘원고가 해당 과세기간 동안 면세사업등을 수행함에 따라 사후

적으로 발생하는 매출액’에 해당하지 않는 점, ③ 또한 정부출연금은 면세사업등의 수

행에 앞서 미리 지급되는 것으로서 면세사업등의 거래상대방이 면세사업등의 공급자인

원고에게 원고의 개별적이고 구체적인 용역의 공급에 비례하여 그 대가로서 지급하는

것으로 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 개정 전 부가가치세법 시행령이 적용되는 시

기(2018년도 제1기분)까지는 정부출연금을 면세공급가액에 곧바로 포함시킬 수 없다고

봄이 상당하므로 개정 전 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 규정을 유추적용할 수

없고, 개정 전 부가가치세법 시행령 제81조 제4항 각 호의 방법 등 다른 합리적인 안

분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 불공제 대상인

매입세액을 가려야 한다고 봄이 타당하다.

따라서 이 사건 각 처분 중 개정 전 부가가치세법 시행령이 적용되는 시기의 처

분은 위법하다.

3) 취소의 범위

나아가 처분 취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분취소소송에 있어 처분의 적

법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사

실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할

수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그

정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분

전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조).

그런데 이 사건에서 변론종결 시까지 제출된 자료만으로는 적법하게 부과될 정

당한 세액을 산출할 수 없으므로(원고는 나노장비가 과세사업, 면세사업, 비과세사업에

어느 정도로 사용되는지 명확히 구분된다는 점을 전제로 면세사업 관련 매입세액을 계

산하는 것이 합리적인 안분계산 방법이라고 주장하면서 나름대로의 정당한 세액을 산

정하여 예비적 청구를 하고 있으나, 앞서 본 바와 같이 나노장비가 과세사업, 면세사

업, 비과세사업에 어느 정도로 사용되는지 구분된다고 볼 수 없는바, 원고의 위와 같은

주장에도 불구하고 여전히 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에 해당한다고 봄이 타

당하다), 이 사건 각 처분 중 개정 전 부가가치세법 시행령이 적용되는 부분의 처분을

전부 취소함이 타당하나, 원고가 예비적 청구에서 일정 범위의 세액을 정당한 세액으 로 인정하며 이를 초과하는 부분의 부과처분 취소를 구하고 있으므로 원고가 예비적

청구취지에서 구하는 바에 따라 그 범위 내에서 취소한다[한편 부가가치세법 시행령

(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되어 같은 날 시행된 것. 이하 ⁠‘개정 부가가

치세법 시행령’이라 한다) 부칙 제2조는 ⁠‘이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급

하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다’고 규정하고 있는바,

개정 전 부가가치세법 시행령은 2016년 제1기분부터 2017년 제2기분까지의 각 처분에 는 전부 적용되고, 2018년 제1기분 처분에 대해서는 2018. 2. 12.까지 적용되는바, 결

국 2018년 제1기분 처분에 대해서도 그 전부에 대한 정당한 세액을 산출할 수 없는

경우에 해당하므로 원고가 구하는 바에 따라 취소하기로 한다].

따라서 2018년 제1기분 처분까지는 원고의 예비적 청구에 따라, 피고가 원고에

대하여 한 이 사건 각 처분 중 2016년 제1기분 95,315,780원 중 58,118,656원을, 2016

년 제2기분 70,692,130원 중 27,676,560원을, 2017년 제1기분 57,628,190원 중

22,331,221원을, 2017년 제2기분 181,569,280원 중 93,144,980원을, 2018년 제1기분

215,592,260원 중 99,250,583원을 각 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 개정된 부가가치세법 시행령이 적용되는 부분에 관한 판단

1) 개정 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경

우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매

입세액을 계산하는 계산식을 개정 전 부가가치세법 시행령과 동일하게 규정하면서, 다 만 ⁠‘면세공급가액’에 관하여 ⁠‘면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등 과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공

보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다’고 규정하였다.

2) 아래의 사정들을 종합하여 보면, 위와 같은 개정 부가가치세법 시행령이 적용

되는 시점부터는 정부출연금은 특별한 사정이 없는 한 개정 부가가치세법 시행령 제81

조 제1항에 정한 계산식의 면세공급가액에 포함되는 ⁠‘국고보조금이나 공공보조금에 유

사한 금액’에 해당한다고 봄이 타당하다.

가) 위와 같이 개정 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 ⁠‘면세공급가액’을 ⁠‘면

세사업등에 대한 공급가액과, 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29

조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의

합계액’이라고 명시하였다.

이는 면세사업등에 해당하는 재화나 용역의 공급에 관하여는 그 대가나 시가 가 없이 국고보조금 등으로 공급이 이루어져 공급가액이 존재하지 않는 경우가 대부분

이므로, 부득이 면세사업등의 공급가액에 가장 근접하다고 보이는 국고보조금 등을 면

세사업등의 공급가액으로 취급하고자 하는 데에 그 취지가 있다고 보인다. 또 국고보

조금이나 공공보조금 기타 이와 유사한 정부출연금 등은 사실상 위와 같은 공급으로

인한 비용이나 손실을 보전하기 위하여 지급된 것인데도 종전에는 정부출연금과 같은

금액을 개정 전 부가가치세법 시행령 제81조 제1항의 ⁠‘면세공급가액’에 포함되는 것으 로 볼 수 없어 정부출연금 등 상당액을 사실상 과세사업에 포함시켜 매입세액공제를

해주는 것과 크게 다름없는 결과가 되었고, 더욱이 사업자의 전체 수입에서 정부출연

금 등이 차지하는 비율이 높을수록 공통매입세액 중 매입세액공제액의 비율이 커지는

부당한 결과가 초래되었는바, 위와 같은 불합리를 시정하기 위하여 비록 정부출연금과

같은 금액이 면세사업등의 거래상대방에 의해 직접 지급되는 대가는 아니라 하더라도

‘면세공급가액’에 포함할 수 있도록 ⁠‘면세공급가액’에 사업자가 해당 면세사업등과 관련

하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액’으로 명시하여 개정한 것으로 보인다.

나) AAA은 2002년 나노기술개발 촉진법 등에 근거하여 실시한 국가

연구개발사업인 ⁠‘과학기술부 나노종합팹시절구축사업’의 유치기관으로 선정되었고, 이 에 따라 원고가 AAA의 부설기관으로 설립되어 나노기술개발 촉진법 제11조

제2항의 ⁠‘산업계·학계 및 연구계의 나노기술 관련 연구개발 시설·장비의 공동활용, 전

문인력의 양성, 연구성과의 실용화 및 기업의 창업 지원 등의 기능’을 수행하고 있다.

원고는 정부출연금이 면세사업등이 아닌 과세사업을 위해서 지급된 것이라고

주장하나, 원고는 민간 영리법인이 아니라 위와 같이 당초의 설립 목적이 공익 목적

사업을 수행하기 위한 비영리 공익법인인 점, 원고에게 지급되는 정부출연금이 과세사

업 또는 면세사업으로 용도가 나뉘어 용도별로 지급된 것이라고 볼 수 없는 점, 정부

출연금은 나노장비의 취득과 유지를 위해 사용되고 있는데 그 나노장비가 과세사업 및

면세사업등에 공통으로 사용되고 있는 점 등에 비추어 볼 때 정부출연금이 원고의 주

장과 같이 원고의 과세사업의 지원금으로 수령한 것으로 볼 수 없다.

다) 정부출연금은 면세사업등에 대한 대가로 직접 지급받은 것이 아니라고 하더

라도 정부가 면세사업등이 그 자체로 수익성이 없고 손실 발생이 예정되어 있음에 따

라 이를 보전하여 그 수행을 원활하게 하고자 지급하는 것으로서, 결국 정부출연금은

공익 목적으로 수행되는 면세사업등으로 공급하는 재화 또는 용역의 공급가액의 역할 을 사실상 대체한다고 볼 수 있으며, 그 출처와 금액 등에 있어 국고보조금 등과 동일

하게 객관적인 확인가능성이 보장된다.

라) 위와 같은 정부출연금의 역할을 고려할 때 원고와 같은 기관이 정부출연금

등을 지급받는 경우 공통매입세액을 안분계산하면서 이를 ⁠‘면세공급가액’에 포함하여

계산하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서

공제되어 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래한다(앞서 본 바와 같이 이러

한 점을 고려하여 개정 부가가치세법 시행령 제81조 제1항은 ⁠‘면세공급가액’에 이 사건

정부출연금과 같은 금액이 포함될 수 있도록 명시적으로 개정된 것으로 보인다).

3) 따라서 이 사건 각 처분 중 부가가치세법 시행령이 개정되어 시행된 이후에 해

당하는 2018년 제2기분, 2019년 제1기분, 2019년 제2기분, 2020년 제1기분, 2020년 제

2기분 각 처분과 2021. 4. 26.자 2020년 제2기분 환급세액 693,080,890원의 환급거부

처분은 적법하고, 이 부분에 관한 원고의 예비적 청구는 이유 없다.

6. 결론

원고의 주위적 청구를 기각하고, 예비적 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용

하며 나머지 예비적 청구는 기각한다.

별지1

부가가치세 경정·고지 내역

(단위 : 원)

과세 ① 공통 ② 과세 ➂ 면세 ➃ 정부 ➄ 매입세액 ➆ 고지세액

➅ 가산세

기간 매입세액 1) 매출액 매출액 2) 출연금 불공제액 3) ⁠( ➄ + ➅ )

2016년

143,030,515 4,625,834,085 1,188,485,748 2,180,000,000 60,267,320 35,048,460 95,315,780

제1기

2016년

143,247,984 6,207,015,566 785,692,000 2,180,000,000 46,314,500 24,377,630 70,692,130

제2기

2017년

97,903,568 5,225,474,265 809,686,978 2,692,000,000 39,148,260 18,479,930 57,628,190

제1기

2017년

345,038,465 6,724,546,120 1,281,241,672 2,692,000,000 128,149,970 53,419,310 181,569,280

제2기

2018년

413,646,457 6,424,473,700 1,131,328,900 2,848,500,000 158,227,050 57,365,210 215,592,260

제1기

2018년

278,294,428 5,831,856,814 1,852,763,355 2,848,500,000 124,211,570 38,176,420 162,387,990

제2기

2019년

541,289,756 5,509,631,618 1,152,698,546 9,503,500,000 356,807,600 93,215,980 450,023,580

제1기

2019년

1,581,033,730 6,494,704,636 1,874,658,395 9,503,500,000 1,006,512,060 216,651,720 1,223,163,780

제2기

2020년

1,771,065,044 5,381,382,567 1,340,586,702 30,472,500,000 1,514,823,220 256,762,530 1,771,585,750

제1기

2020년

3,086,292,728 7,524,125,251 2,847,808,541 30,472,500,000 2,186,099,380 223,438,950 428,723,490 4)

제2기

합계 4,656,682,230

1) 공통매입세액 : 장비취득 및 유지관련 매입세액

2) 면세매출액 : 장비활용 면세매출액(극히 일부임)과 국가R&D과제 수행시 내부장비활용 수입, 교육용역수행시 내부장비활용 수

입(비과세수입)

3) ➄ 매입세액 불공제액 = ①공통매입세액×( ➂ 면세매출+ ➃ 정부출연금/②과세매출+ ➂ 면세매출+ ➃ 정부출연금)

4) 2020년 제2기 확정분 환급세액 1,980,609,350원은 제외한 납세고지서상 금액

별지2

관계 법령

■ 부가가치세법

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. "용역"이란 재화 외에 재산 가치가 있는 모든 역무(役務)와 그 밖의 행위를 말한다. 용역의

범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

6. "과세사업"이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

7. "면세사업"이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

제29조(과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또 는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.

4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급

하는 사업(이하 "면세사업등"이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대

통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에

대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대

한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출

세액에서 공제한다.

③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한

다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과

대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로

정한다.

제40조(공통매입세액의 안분)

사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매

입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하

“공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는

기준(이하 ⁠“공통매입세액 안분기준”이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안

분(按分)하여 계산한다.

■ 부가가치세법 시행령

제81조(공통매입세액 안분 계산)

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(겸영)하는 경우로서 실지귀속(실지귀속)을

구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된

매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산

식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급

가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관

련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및

이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조부터 제83조까지의 규정에서 같다)의 비율 에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느

한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서 에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공

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할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

부칙

제1조(시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제46조 제3호 가목의 개정규정은 2018년 7월 1일부터

시행한다.

제2조(일반적 적용례)

이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는

분부터 적용한다.

■ 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것)

제81조(공통매입세액 안분 계산)

① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을

구분할 수 없는 매입세액(이하 ⁠“공통매입세액”이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된

매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산

식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급

가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의

비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느

한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서 에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공

할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

■ 부가가치세법 시행규칙

제54조(공통매입세액 안분 계산)

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과

세사업에 대한 공급가액과 영 제81조제1항 단서에 따른 면세공급가액의 합계액으로 한다.

■ 부가가치세법 시행규칙(2018. 3. 19. 기획재정부령 제662호로 개정되기 전의 것)

제54조(공통매입세액 안분 계산)

② 영 제81조제1항 및 제2항에 따른 총공급가액은 공통매입세액과 관련된 해당 과세기간의 과

세사업에 대한 공급가액과 법 제29조제8항에 따른 면세사업등(이하 ⁠“면세사업등”이라 한다)

에 대한 수입금액의 합계액으로 하고, 같은 항에 따른 면세공급가액은 공통매입세액과 관련

된 해당 과세기간의 면세사업등에 대한 수입금액으로 한다. 끝.

출처 : 대전지방법원 2024. 08. 14. 선고 대전지방법원2022구합104616 판결 | 국세법령정보시스템