요지

쟁점주식의 대금결제일 이전에 명의개서가 이루어졌다고 볼 만한 자료가 없어, 쟁점주식의 양도시기는 대금청산일로 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2022. 3. 28.자 양도소득세 경정거부처분, 2022. 5. 24.자 양도소득세 경정거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. 5. 주식회사 C(이하 ⁠‘이 사건 상장법인’이라 한다)의 주식 20,000주를, 2020. 12. 30. 5,000주를 매수하였고, 위 주식 중 15,000주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)에 관하여 2020. 12. 30. 매도계약을 체결하여 2021. 1. 5. 대금을 수령하였으며, 위 주식 중 10,000주(이하 이 사건 주식과 통칭하여 ⁠‘쟁점 주식’이라 한다)에 관하여 2021. 1. 5. 매도계약을 체결하여 2021. 1. 7. 대금을 수령하였다.

나. 원고는 2021. 8. 26. 쟁점 주식 양도에 대한 양도소득세 예정신고를 하면서 쟁점주식의 양도시기를 ⁠‘한국예탁결제원을 통해 각 대금을 지급받은 날’로 보아 자신이 직전 사업연도 종료일인 2020. 12. 31. 기준 이 사건 상장법인의 대주주에 해당하고, 2021년경 쟁점 주식과 별개로 D 외 5개 종목(이하 ⁠‘기타 상장주식이라 한다)도 보유했다가 위 주식을 매도하였는데, 기타 상장주식의 양도로 인해 발생한 양도차손을 쟁점 주식의 양도차익에서 공제하여 양도소득세 320,557,897원을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2022. 2. 24. 이 사건 주식의 양도시기가 매매계약을 체결한 날인 2020. 12. 30.이고, 이 경우 자신이 이 사건 상장법인의 대주주가 아니며, 쟁점 주식은 양도소득 과세대상에서 제외되어야 한다고 주장하면서 당초 신고·납부한 양도소득세 320,577,897원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 3. 28. 원고가 이 사건 상장법인의 대주주에 해당하고, 쟁점 주식은 양도소득 과세대상에 해당한다는 사실을 근거로 하여 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 제1 처분’이라 한다).

라. 원고는 자신이 2021. 8. 26.자 예정신고 당시 공제하였던 기타 상장주식 양도차손이 통산대상에 해당하지 않는다는 이유로 위 양도차손 금원을 공제 배제하고, 2022. 5. 2. 2021년 귀속 양도소득세 납부세액을 366,640,267원(추가납부세액 46,082,370원을 포함)으로 수정·신고하였다.

마. 원고는 2022. 5. 12. 앞선 경정청구와 동일한 사유로 납부한 양도소득세 366,640,267원(추가납부세액 46,082,370원을 포함)의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고도 2022. 5. 24. 동일한 사유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 제2처분’이라 하고, 이 사건 제1 처분과 통칭하여 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 아래와 같은 이유로 이 사건 주식의 양도시기는 매매계약을 체결한 2020. 12. 30.이므로 원고는 이 사건 주식의 양도 직전 사업연도 종료일인 2019. 12. 31.에 이 사건 상장법인의 대주주 요건인 10억 원 이상의 주주에 해당하지 아니하므로 이 사건 처분은 위법하다.

(1) 원고는 ㅇㅇ투자증권 주식회사(이하 ⁠‘ㅇㅇ투자증권’이라 한다)를 통하여 홈트레이딩 시스템으로 한국거래소 코스탁시장에서 쟁점 주식을 매도하였는데, 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’이라 한다) 제8조의2, 제377조, 증권거래세법 제5조, 한국거래소 코스탁시장 업무규정 제7조의2, 제31조의2, 한국예탁결재원 증권 등 결제업무규정 제16조, 제17조 및 상법 제103조에 의하여 한국거래소는 상법상 위탁매매인의 지위를 갖고, 2020. 12. 30. 이 사건 주식의 매매계약이 체결됨과 동시에 양수인으로부터 매매대금을 지급받아 보관하였으며, 한국거래소에 보관된 매매대금은 곧 원고 본인에게 귀속된 것과 마찬가지이므로, 이 사건 주식의 양도시기는 한국거래소가 양수인으로부터 매매대금을 지급받은 2020. 12. 30.로 보아야 한다.

(2) 이 사건 주식의 대금수취일 이전인 2020. 12. 30. 위 주식의 매매계약이 체결됨과 동시에 주식·사채 등의 전자등록에 관한 법률(이하 ⁠‘전자증권법’이라 한다)상 전자등록계좌부에 양수인 명의가 기재되었고, 이는 상법상 주주명부의 명의개서와 동일한 효력이 있는 것이므로, 이 사건 주식의 양도시기는 위 전자등록계좌부상 양수인 명의가 기재된 2020. 12. 30.로 보아야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 관련 법리

가) 구 소득세법(2021. 3. 16. 법률 제17925호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 주식 등과 관련하여 그 소유주식의 비율·시가총액을 고려하여 대통령령이 정하는 대주주의 양도행위로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세 과세대상으로 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항 제2호 다목은 주권상장법인의 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 10억 원 이상인 경우, 해당 주주 등이 그 주식을 양도함으로써 발생한 소득도 양도소득세의 과세대상이 된다고 규정하고 있다. 주권상장법인의 주식등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 위 각 규정은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판정은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 한다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).

나) 구 소득세법 제98조는 ⁠‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’라고 하여 자산의 양도시기를 원칙적으로 ⁠‘대금을 청산한 날’로 정하고 있고, 그 위임에 따라 예외를 규정한 구 소득세법 시행령 제162조 제1항은 제2호에서 ⁠‘대금을 청산하기 전에 명의개서를 한 경우에는 주주명부에 기재된 접수일’을 양도시기로 정하고 있다. 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항의 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등 참조).

한편 구 소득세법 제98조 및 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에서 정하고 있는 양도시기는 양도소득의 귀속시기에 대한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적 사안에 있어 양도소득에 대한 관리, 지배와 양도소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지 함께 고려하여, 양도소득이 현실적으로 실현될 것까지는 없다고 하더라도 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부를 기준으로 하여 그 귀속시기를 합리적으로 판단함이 상당하다(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두22597 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 앞서 든 증거에 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 비추어 보면, 원고는 2020. 12. 30. 이 사건 주식에 관한 매매계약을 체결하였으나 위 매매계약에 따른 대금결제는 2021. 1. 5.에 이루어졌고, 그 대금결제일 이전에 이 사건 주식양도에 따른 명의개서가 이루어졌다고 볼 만한 자료가 없어 이 사건 주식의 양도시기는 대금이 청산된 2021. 1. 5.로 봄이 타당하다.

가) 양도소득세는 양도에 따른 차익에 대한 과세이므로, 양도소득세의 부과에 있어서의 양도시기를 판단함에 있어서는 주주로서의 권리가 언제 소멸하는지가 아닌 주식양도에 따른 차익이 양도인에게 실질적으로 귀속되는 시점을 기준으로 판단하여야 하고, 원고가 예탁결제제도를 통해 이 사건 주식에 관한 매매계약을 체결함으로써 매매계약체결일에 이 사건 주식에 관한 주주로서의 권리를 상실하였다고 하더라도, 원고가 실제로 대금을 지급받은 2021. 1. 5. 주식양도로 인한 소득이 실질적으로 귀속되었다고 판단되므로, 양도소득세 부과의 근거가 되는 이 사건 주식의 양도시기는 2021. 1. 5.로 봄이 타당하다.

나) 자본시장법은 원칙적으로 거래소의 회원(자본시장법에 의한 증권업을 영위하는 증권회사 등을 의미한다)이 아닌 자는 유가증권시장(코스닥시장, 파생상품시장을 포함한다)에서 매매거래를 하지 못하도록 하고(제388조 제1항), 유가증권시장에서 매매거래에 관련된 사항은 거래소의 증권시장업무규정으로 정하도록 하고 있다(제393조 제1항).

위 자본시장법의 위임을 받아 제정된 한국거래소 코스탁시장 업무규정은 매매거래의 종류를 당일결제거래와 보통거래로 구분하고 있고(제7조의2 제1항), 상장종목의 매매거래의 종류는 세칙에서 정하는 경우를 제외하고는 보통거래로 하도록 하고 있으며(같은 조 제4항), 매매거래의 결제에 관하여 거래소는 결제회원이 매매거래에 관하여 부담하는 채무를 면책적으로 인수하고 당해 결제회원은 거래소가 인수한 채무와 동일한 내용의 채무를 거래소에 부담하는 방법으로 결제하며(제29조, 제29조의2), 결제회원은 매도증권과 매수대금을 결제시한 이전에 거래소에 납부하여야 하고 거래소는 결제시한 이후에 결제회원에게 당해 매도대금 또는 매수증권을 지급하도록 규정하고 있다(제31조의2).

또한 거래소의 결제회원인 증권회사 등과 투자자(고객) 사이에는 위탁매매계약이 체결된 것으로 보는바, 위탁자인 투자자(고객)가 증권회사 등에 매매거래계좌를 개설하고 투자자금을 예탁한 후 홈트레이딩 시스템 등과 같은 주식거래시스템을 통하여 투자주문을 내면, 증권회사 등은 수탁자로서 투자자(고객)의 주문을 거래소가 운영하는 전산시스템에 접수를 시키고 그 결제이행을 위한 담보로서 투자자(고객)로부터 위탁증거금을 징수한다. 이때 투자자(고객)가 증권회사 등에 주식거래시스템을 통하여 매도주문을 내어 매도계약이 체결되면 즉시 해당 매매금액이 수탁 증권회사 고객계좌부의 예수금으로 산정되고, 주식거래시스템상 투자자(고객)의 계좌에 구체적인 숫자의 예수금으로 반영되는바, 이를 증거금으로 하여 다른 주식을 매수할 수는 있으나 그 상태에서 위 금액을 직접 현금으로 인출할 수는 없다. 이는 매도계약이 체결되면 투자자(고객)는 결제의무(결제시한까지 매도자는 매도증권을, 매수자는 매수대금을 각 납부할 의무)가 생길 뿐 곧바로 결제이행이 이루어지는 것은 아니고, 주문 체결 후 3영업일 되는 날에 체결수량에 대한 결제이행이 이루어짐으로써 거래가 완결되는 것이기 때문이다. 결국 매도계약이 체결되어 해당 매매금액이 수탁 증권회사 고객계좌부의 예수금으로 산정되고, 주식거래시스템상 투자자(고객)의 계좌에 구체적인 숫자의 예수금으로 반영된다고 하더라도, 그때 곧바로 해당 주식을 매도한 투자자(고객)가 양도소득에 대한 관리, 지배권을 확정적으로 갖게 된다거나 해당 양도소득에 세금을 부과할 수 있을 정도로 납세자금이 현실적으로 확보되었다고 보기 어렵고, 해당 주식을 매수한 자가 해당 주식에 대한 관리, 지배권을 확정적으로 갖게 된다고 보기도 어렵다.

다) 전자증권법은 발행인관리계좌의 개설과 관련하여 발행회사가 주식등을 전자등록의 방법으로 새로 발행하고자 하는 경우 전자등록기관(한국예탁결제원)에 발행인 관리계좌를 개설하여야 하고(제21조 제1항), 발행인관리계좌부에 기록된 전자등록주식 등의 종목별 수량 또는 금액이 ⁠‘주주명부’에 기재된 주식등의 종목별 수량 또는 금액과 다른 경우에는 주주명부에 기재된 수량 또는 금액을 기준으로 하며(제21조 제3항 제1호), 발행회사는 전자등록기관이 작성하는 소유자명세에 기하여 ⁠‘주주명부’를 작성·비치하여야 한다고(제37조 제6항) 규정하고 있어 전자증권법 역시 ⁠‘전자등록계좌부’와 ⁠‘주주명부’를 서로 별개의 장부로서 인식·명시하고 있어 전자증권법상 전자등록계좌부 제도가 시행되었더라도 상법상 ⁠‘주주명부’ 제도는 그대로 존속하고 있다.

따라서 전자등록계좌부에 부여된 효력은 주주명부 명의개서에 부여되는 효력과는 다른 개념으로, 전자등록계좌부에 기재된 명의인은 회사에 대하여 주주명부상 명의개서를 청구할 수 있는 권리를 갖는 것에 불과할 뿐 이것만으로 해당 명의인에게 회사에 대한 대항력이 곧바로 부여되는 것이 아니다(원고 주장과 같이 2020. 12. 30. 전자등록계좌부에 양수인 명의가 기재되었다고 가정하더라도, 이는 주주명부의 명의개서와 동일한 효력을 갖는 것이 아니고, 구 소득세법 시행령에서 정한 예외사유인 ⁠‘명의개서’에 해당하지도 않는다).

라) 원고는 증권거래세법 제5조 제1항에서 규정한 주권등의 양도의 시기는 해당 매매거래가 확정된 때로 한다는 규정에 의하여 이 사건 주식 양도시기가 매매거래시라고 주장하나, 위 규정은 증권거래세에 관한 양도시기를 정한 것으로 이 사건 양도소득세에 준용되는 것은 아니다.

나아가 원고는 ㅇㅇ투자신탁으로부터 이 사건 주식 매매계약 체결의 문자를 받아 전자등록계좌부에 원고 명의가 기재되었다고 주장하나, 원고가 제시하는 문자메시지는 이 사건 주식의 매매계약의 체결 내역에 대한 정보만을 확인할 뿐 대금수취일 이전에 앞서 본 바와 같이 명의개서가 이루어졌다는 점을 인정할 수는 없다.

3. 결 론

원고의 청구는 모두 이유 없어 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 08. 23. 선고 서울행정법원 2023구단54474 판결 | 국세법령정보시스템