요지

실비의 사전적 의미(실제로 드는 비용) 등에 비추어 볼 때 실비란 용역을 공급받은 자로부터 받은 금액 등의 경제적 대가가 당해 용역의 공급업무에 필요한 비용을 초과하지 않음을 의미한다고 할 것이고, 용역을 공급받는 자로부터 받은 금원 등 용역대가가 실비에 해당되는지 여부는 관련 법령 내지 계약 등을 기초로 용역의 공급의도·목적, 용역의 내용과 성격, 공급 이후 과세기간 종료시까지의 제반사정(용역대가에 이윤포함 여부 등)을 종합하여 합리적으로 판단해야 함

판결내용

붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결의 각 부가가치세 부과처분 관련 부분 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각한다.

피고들이 원고에 대하여 한 별지3 부가가치세 정당세액 계산표 ⁠‘부과세액란’ 기재각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 같은 표 ⁠‘정당세액란’ 중 ⁠‘본세란’, ⁠‘가산세란’ 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 피고들의 나머지 항소를 모두 기각한다.

3. 소송 총비용 중 40%는 원고가, 60%는 피고들이 각 부담한다.

청 구 취 지

1. 청구취지

피고들이 원고에 대하여 한 별지1 제1항 기재 부가가치세 부과처분 및 피고 서인천세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 제2항 기재 법인세(2008 사업연도는 농어촌특별세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

 가. 원고는 피고들의 2004년 제2기부터 2009년 제2기까지의 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함, 별지1 부과처분 내역 제1항 기재 부분. 이는 별지3 부가가치세 정당세액 계산표 ⁠‘부과세액란’ 기재 본세, 가산세를 합한 고지세액란 기재와 같다) 및 피고 서인천세무서장의 2006 내지 2008, 2010 사업연도의 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분(가산세 포함, 별지1 부과처분 내역 제2항 기재 부분)의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 위 각 부가가치세 부과처분 및 위 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분 취소청구를 모두 인용하였다.

 나. 이에 대하여 피고들이 전부 불복하여 항소하였는데, 환송 전 당심은 피고들의 항소를 일부 받아들여 위 각 부가가치세 부과처분과 위 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분 중 각 일부 내지 전부 부분의 피고들 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각하는 한편 피고들의 나머지 항소를 기각하였다.

 다. 이에 대하여 원고와 피고들이 모두 상고하였는데, 대법원은 원고와 피고들의 상고를 일부 받아들여 환송 전 당심 판결 중 위 각 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기․환송하고, 위 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분과 관련한 원고와 피고 서인천세무서장의 나머지 상고를 모두 기각하였다.

 라. 따라서 피고 서인천세무서장의 위 각 법인세 및 농어촌특별세 부과처분은 환송판결로 분리․확정되었고, 이 법원의 심판범위는 위와 같이 파기․환송된 부분, 즉 위각 부가가치세 부과처분에 한정된다.

2. 제1심판결의 일부 인용

  이 법원의 판결 이유 중 ⁠“1. 처분의 경위”부터 ⁠“4. 이 사건 부가가치세 부과처분의적법 여부”까지 부분은 다음과 같이 일부 내용을 고치고 일부 내용을 추가하는 것 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분(제2면 제8행부터 제33면 제2행까지, 제45면부터 제46면까지, 제51면부터 제73면까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

[고치거나 추가하는 부분]

 ○ 제1심판결문 제9면 제4행의 ⁠“원고의 사업수입”을 ⁠“원고의 사업수익”으로 고친다.

 ○ 제1심판결문 제9면 제13행의 ⁠“(백만 원 단위에서 반올림)”을 ⁠“(십만 원 단위에서 반올림)”으로 고친다.

 ○ 제1심판결문 제16면 제17행의 ⁠“원고의 자금으로”를 ⁠“원고의 자금조달방법으로”로 고친다.

 ○ 제1심판결문 제20면 표 아래 제4행의 ⁠“위탁수수료 산정하고 있는데”를 ⁠“위탁수수료를 산정하고 있는데”로 고친다.

 ○ 제1심판결문 제22면 제15행부터 제29면 제2행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『 ⁠(다) 이 사건 각 사업에서 이윤이 발생하였는지 여부

앞서 본 바와 같이 이 사건 각 사업에 관한 법령 내지 계약 등만으로는 원고가 이 사건 각 사업을 하면서 실비만을 수령한 것인지 여부가 명확하지 않은바, 원고가 이 사건 각 사업에 관하여 지급받은 수수료가 비용을 상회하여 이윤을 남기고 있는지 여부 등을 살펴보기로 한다.

  ① 평가단위(개별사업별로 평가할 것인지 분야별로 평가할 것인지)

     구 부가가치세법 제1조 제1항은 부가가치세의 과세 대상에 관하여 ⁠“부가가치세는 다음 각 호의 ⁠‘거래’에 대하여 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’을 규정하고, 구 부가가치세법 제12조 제1항은 일정한 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언에다가 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지는데 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ⁠‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 한다.

     개별사업별 판단 기준으로는, ㉮ 각 개별사업별로 여러 연도에 걸쳐 이윤이 꾸준히 발생한다면 특별한 사정이 없는 한 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 수 없으나, ㉯ 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 돈을 받았음에도 계속 적자가 나거나, 이윤이 나는 해가 있고 손실이 나는 해가 있더라도 여러 연도를 비교하여 평균적으로 이윤이 나지 않는 경우에는 정부 또는 지방자치단체 등으로부터 실비 수준의 돈을 받았다고 볼 여지가 많아 이를 용역을 실비로 제공한 경우로 인정하는 것이 타당하다(대법원 2011. 12. 8. 선고 2011두18410 판결 등 참조).

     이에 따라 산하 개별사업별로 사업시행기간, 매출 및 비용을 산정할 수 있는환경시설설치지원사업은 위와 같은 기준에 따라 각 개별사업별로 각 연도별 손익을 합산하여 이윤 혹은 손실이 나는지 여부에 관하여 판단하되, 이와 달리 산하 개별사업별로 사업시행기간, 매출 및 비용을 산정하기 어려운 정부대행사업, 정부위탁사업, 용역사업의 경우에는 각 개별사업별로 각 연도별 손익을 합산하지 않고 각 연도별로 이윤 혹은 손실이 나는지 여부를 판단하기로 한다.

  ② 구체적인 손익 산정 기준

     손익의 발생 여부는 각 개별사업별로 수입과 비용의 차액을 산정하여 판단할수 있는바, 위 비용에는 재화·용역을 공급하기 위하여 직접 투입되는 비용 즉, 직접 경비(재료구입비, 직접 사업부서의 인건비 등)뿐만 아니라 사업 수행을 원활하게 하기 위하여 투입되는 비용 즉, 간접 경비(지원부서의 인건비, 연구개발비 등)도 실비에 포함된다고 할 것이다. 그런데, 간접 경비를 안분함에 있어서 각 사업별 수입을 기준으로 안분할 경우 수입이 발생하지 않는 사업의 경우 간접 경비가 지출되지 않는 것으로 왜곡될 우려가 있으므로 각 사업에 사용된 직접 경비를 기준으로 하여 간접 경비를 배분하는 것이 합리적이다.

한편, ㉮ 환경시설설치지원사업의 경우 외부 업체에게 지급하는 금액도 직접경비로 계상되어 있는데 외부 업체에게 지급하는 금액에 대하여는 그 금액에 상응하는 간접 경비가 발생할 가능성이 적음에도 이를 포함한 직접 경비에 대하여 간접 경비를 배분할 경우 간접 경비가 환경시설설치지원사업에 과다하게 집중되는 결과가 발생하므로 외부 업체에게 지급된 설치사업비를 제외하고 원고가 수행한 계획 및 관리, 감독업무에 직접 지출한 비용만을 기준으로 간접 경비를 배분하고, 같은 이유로 ㉯ 융자사업의 경우에도 원고가 환경부에 지급하는 이자비용, 지방자치단체 등으로부터 지급받는 이자수익 등을 제외하고, 융자사업을 수행하기 위하여 실제로 지출되는 인건비 및 융자지원비용 상당액을 기준으로 간접 경비를 배분하는 것이 상당하다고 보인다. 나아가 ㉰ 영업외손익은 간접 경비와 관련성이 낮은 것으로 보이므로, 영업외손익에는 간접경비를 배분하지 않는 방식을 택하기로 한다.

그리고 ㉱ 정부출연금은 계약당사자로부터 받는 것이 아니고, 개별적인 사업과 관련 없이 지급받는 것이므로, 이윤이 발생하는지 판단할 때는 정부출연금을 수입에 포함시키지 않는다.

  ③ 소결

위와 같은 기준으로 각 개별사업별로 이윤 혹은 손실이 나는지, 실비로 공급하는 사업인지 여부를 판단하면, 이윤 발생 여부는 별지2-1, 각 사업별손익구분표 중 초과수익률 란 기재 초과수익률 내역 기재와 같고, 실비 공급 여부는 이러한 초과수익률 즉 이윤이 0% 이하인 경우는 실비로 공급하는 사업으로, 나머지는 그러하지 않은 사업으로 봄이 타당하다.

 (라) 소결론

따라서 피고들의 이 사건 부가가치세 부과처분 중 위와 같이 실비공급사업에 해당하는 사업들에 대한 부분은 면세대상임에도 과세를 한 것으로서 나머지 주장에 관하여 살펴볼 필요 없이 위법하다. 다만 실비공급사업에 해당하지 아니하는 나머지 사업들에 대한 부가가치세 부과처분은 일응 적법한 것으로 보이므로, 위 사업들에 국한하여 원고의 나머지 주장들을 살펴보기로 한다. 』

 ○ 제1심판결문 제29면 제20행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『 원고는 환경시설설치지원사업 중 적어도 BTO(Build-Transfer-Operate) 사업의설치사업비는 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장한다.

    살피건대, BTO 방식은 ⁠‘사회기반시설에 대한 민간투자법’에 의한 민간투자사업 방식의 하나로서, 사업시행자가 사회기반시설을 책임지고 준공(Build)하여 그 시설의 소유권을 정부 등에 귀속(Transfer)시키되, 정부 등으로부터 일정 기간 해당 시설의 관리운영권(Operate)을 부여받는 방식으로 시행되는 민간투자사업이다. BTO 방식은 주로 도로·철도·항만 등 교통시설 등의 운영에 따른 사용료 수익으로 투자금 회수가 충분히 예상되는 시설을 대상으로 시행하는데, BTO 방식의 민간투자자는 준공 후 약정된 시설관리 운영기간 동안 시설사용자로부터 직접 이용료를 징수하여 수익을 올리고 투자금을 회수하게 되므로 ⁠‘수익형 민간투자사업’이라고도 한다. BTO 사업의 가장 큰 특징은 사업시행자 또는 민간투자자가 자신의 자금으로 설치사업비(공사비)를 부담한다는 데에 있다.

    원고는 경산시 분뇨 및 축산폐수처리사업 실시협약을 예로 들면서 위 사업의 시행자인 그린경산 주식회사(이하 ⁠‘그린경산’이라 한다)가 자신의 위험과 비용으로 환경관리시설 설치공사를 완료하여 경산시에 공급할 의무를 부담하므로 위 사업이 BTO 사업이라고 주장하나, 앞서 본 인정사실과 갑 제45호증의5, 갑 재77호증, 을 제19호증의2의각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 경산시로부터 권한을 위임받아 위 사업에 관하여 그린경산과 사이에 실시협약을 체결하였고 사업시행자인 그린경산의 사업비 청구가 있으면 원고가 경산시에 청구하여 기성검사결과에 준하여 사업시행자에게 지급하는 사실을 인정할 수 있다. 따라서 경산시 분뇨 및 축산폐수처리사업 사업시행자인 그린경산이 설치사업비(공사비)를 부담하였다고 볼 수 없으므로 위 사업을 BTO사업이라고 보기 어렵다.

    원고는 자신이 지방자치단체로부터 지급받는 BTO 사업의 설치사업비는 사업시행자에게 지급하기 위한 것일 뿐 원고가 공급한 용역과 대가관계에 있지 않다는 취지로도 주장하나, 이 사건 환경시설설치지원사업이 BTO 사업이라고 볼 수 없음은 앞서 본바와 같고, 원고는 환경시설설치지원사업의 진행과정에서 앞서 본 바와 같이 원고의 손익계산서에 건설대행사업수익이라는 항목으로 설치사업비를 자신의 사업수익으로 인식하기도 하였고, 설치사업비를 포함한 사업비 전체에 대한 계산서를 발행하기도 하였으며, 설치사업비가 원고에게 처분권이 있음을 전제로 사업비에 대한 이자소득이 원고에게 귀속되는 것으로 하여 원천징수세액을 공제받기도 하였고, 법인세 신고를 하면서 위탁수수료를 포함한 환경시설설치지원사업비 전액을 수입금으로 신고한 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다. 』

 ○ 제1심판결문 제31면 제14행의 ⁠“부가가치세 신고·납부하고”를 ⁠“부가가치세를 신고·납부하고”로 고친다.

 ○ 제1심판결문 제32면 제19행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『 원고는, ① 재무부가 1994년 ⁠“AAAAAA이 폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역을 공급하는 경우 부가가치세법 제12조 및 동법 시행령 제37조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임”이라고 유권해석을 하였고, 피고들도 재무부의 유권해석에 따라 위 사업이 속하는 원고의 환경시설수탁운영사업은 부가가치세 면세사업에 해당하는 것으로 판단한 점, ② 원고에 대한 1995년 및 2005년 정기 세무조사 과정에서도 과세관청은 이 사건 각 사업이 부가가치세 면세사업임을 전제로 아무런 지적이나 과세처분 없이 세무조사결과를 통지하였고 강남세무서장은 2002년 원고가 부가가치세 면세법인으로서 법인세법상 계산서 발행의무가 있음에도 불구하고 그 의무를 이행하지 않았다는 이유로 가산세를 부과한 점, ③ 국가와 지방자치단체도 이 사건 각 사업을 부가가치세 면세사업으로 인식하고 세금계산서를 발급받을 의무를 위반하였는바 원고가 이 사건 각 사업을 부가가치세 면세사업이라고 오인할 만한 객관적인 사정이 존재하는 점, ④ 기획재정부도 이 사건 각 사업이 처음부터 부가가치세 면세사업에 해당함을 전제로 원고를 조세특례제한법상 부가가치세가 면제되는 정부업무대행단체로 추가 지정한 점 등을 내세우며 원고가 이 사건 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다는 취지로 주장한다.

  살피건대, ① 원고가 들고 있는 1994년 재무부 유권해석은 ⁠‘폐수종말처리 및 특정(지정) 폐기물처리용역’에 한하는 것임이 분명하고 위 사업이 속하는 원고의 환경시설 수탁운영사업은 이 사건 부가가치세 부과처분의 대상에 포함되어 있지 않은 점, ② 갑 제16, 17호증, 을 제25호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 과세관청은 1995년 및 2005년 실시한 정기세무조사 결과를 통지하면서 이 사건 각 사업이 면세대상이라는 취지의 통지를 한 바 없고, 강남세무서장이 원고를 부가가치세 면세사업자로 인정하였다고 볼 만한 내용도 존재하지 않으며, 오히려 원고의 통합 전 법인인 BBBBBBBB가 질의한 ⁠‘BBBBBBBB가 공급하는 용역의 부가가치세 면제 여부’에 대한 회신에서 ⁠“BBBBBBBB가 … 환경부로부터 수탁받아 수행하고 그 대가를 받는 경우 부가가치세법 제7조에 의거 부가가치세가 과세되는 것입니다.”라고 밝힘으로써 원고가 제공하는 용역이 부가가치세 과세대상임을 밝힌 점, ③ 세무공무원이 아닌 국가 또는 지방자치단체 소속 공무원이 세법을 제대로 알지 못하여 원고로부터 세금계산서를 발급받을 의무를 위반하였다고 하더라도, 이를 이유로 원고의 부가가치세 신고·납부의무가 면제될 수는 없는 점, ④ 조세특례제한법상 과세특례 조항이 신설되었다고 하더라도 그 조항이 현재의 과세행정을 그대로 반영한 것이라고 단정할 수 없고, 조세특례제한법 시행령의 개정 이후에도 원고가 제공하는 용역 중 조세특례제한법 시행규칙 별표[10] 제47항 단서에 따라 시험·분석·검사·진단사업, 폐비닐처리사업, 압수폐기물자원화 사업은 여전히 과세사업으로 규정되어 있으므로 2011. 1. 1. 이후 제공하는 용역으로서 국가 또는 지방자치단체의 업무를 대행하거나 그 위탁을 받아 수행하는 사업이라고 하더라도 위 열거된 사업은 여전히 부가가치세 과세대상인 점, ⑤ 원고는 이 사건 세무조사가 이루어지기 전에 2010년 제1기부터 정부업무 대행사업, 정부업무위탁사업, 환경시설설치지원사업, 기타 용역사업 등에 대하여 부가가치세를 자진하여 신고·납부한 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사유만으로 원고가 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 』

3. 제1심판결과 달라지는 부분

 가. 제1심판결 중 삭제하는 부분

   제1심판결 이유 중 ⁠‘5. 이 사건 법인세 부과처분의 적법 여부’ 부분(제33면 제3행부터 제42면 제13행까지)을 삭제한다.

 나. 제1심판결 중 고쳐 쓰는 부분

    제1심판결 이유 중 ⁠‘6. 취소의 범위’ 부분(제42면 제14행부터 제44면 제1행까지)을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『 6. 정당한 세액

   앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 각 사업 중 실비공급사업에 해당하지 아니하는개별사업들을 수익사업으로 보아 원고에 대한 정당한 부가가치세액을 산정하면 별지3 ⁠‘부가가치세 정당세액 계산표’ 중 ⁠‘정당세액란’의 ⁠‘본세란’, ⁠‘가산세란’ 부분 기재와 같다.』

4. 결론

 그렇다면, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하여 이를 취소하여야 할 것이므로, 원고의 청구는 위 정당세액을 초과하는 부분에 한하여 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것이다. 제1심 판결의 이 사건 부가가치세 부과처분 관련 부분은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 피고들의 항소를 일부 받아들여 위 인정범위를 초과하여 취소를 명한 피고들 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 각 기각하며, 피고들의 나머지 항소를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 07. 19. 선고 서울고등법원 2022누39354 판결 | 국세법령정보시스템