요지

비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2016. 10. 10. 원고에게 한 2016년 1기분 부가가치세 00,162,860원의 환급경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부산광역시 qq구청장으로부터 2006. 4. 28. 조합설립인가를, 2010. 5.12. 사업시행계획인가를, 2015. 7. 20. 관리처분계획인가를 받은 주택재개발정비사업조합으로 부산 동래구 00동 000-0 일원을 사업시행구역으로 하여 주택재개발정비사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하고 있다.

나. 원고는 피고에게 2016년 제1기 부가가치세를 신고하면서 손실보상 업무대행용역,이주관리, 철거 및 폐기물처리공사 용역, 명도소송 등 처리용역, 이주행정지원 용역, 석면해체 및 폐기물 처리공사 용역, 범죄예방, 지적측량, 감정평가업무 용역 등(이하 '이 사건용역'이라 한다)에 관한 별지1 목록 기재 매입세액 000,067,500원(이하 ⁠‘쟁점 매입세액’이라 하고, 각 항목은 ⁠‘제1~18번 항목’이라 한다)을 부가가치세법 시행령 제80조 토지에 관련된 매입세액으로 보아 매입세액 공제대상에서 제외하였다.

다. 원고는 2016. 8. 8. 피고에게, 쟁점 매입세액은 토지에 관련된 매입세액이 아니라과세․면세사업의 공통매입세액이며 이 사건 사업의 건물분양 과세․면세 비율에 따라안분하여 계산하여 과세사업에 해당하는 매입세액 00,125,033원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2016. 10. 10. 쟁점 매입세액은 부가가치세법 시행령 제80조에서 규정하고 있는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액이라는 이유로 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2016. 10. 25. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2017. 2.2. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1~3호증, 을 제1~3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

제5~8, 11, 12, 16~18번 항목은 토지에 관련된 매입세액이 아니라 건물 건축에 관련된 매입세액에 해당하는바, 이 사건 처분 중 면세와 과세로 안분하여 과세에 따른 매입세액 00,162,860원을 환급하지 않은 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리 등

가) 부가가치세법 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액의 하나로 ⁠‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 들고 있다. 그 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제80조는 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’, 제2호에서 ⁠‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및철거 비용과 관련된 매입세액’, 제3호에서 ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 들고 있다.

나) 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다. 그리고 그 비용이 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용에 대한 매입세액인지 아니면 토지와 무관하게 주택과 관련하여 지출한 과세사업 비용에 대한 매입세액인지 여부는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판결 참조).

다) 한편 부가가치세법 시행령 제81조은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우로서 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 공통매입세액에 총 공급가액 중 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱하여 안분하여 계산하도록 규정하고 있다.

라) 제1~4, 9, 10, 13~15번 항목이 토지에 관련된 매입세액에 해당함은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이하에서 제5~8, 11, 12, 16~18번 항목이 토지에 관련된 매입세액에 해당하는지 살펴본다.

2) 제5~8번 항목에 관하여

갑 제9, 11호증, 을 제5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 주식회사 aa환경, 주식회사 bb석면환경연구소, 주식회사 cc설계건축사사무소,주식회사 dd컨설팅으로부터 제공받은 용역은 ⁠‘이 사건 사업구역 내 석면이 포함된 모든 건축물에 대한 석면해체 및 폐기물(석면)의 완전처리’, ⁠‘석면조사 및 석면농도측정, 석면비산 모니터링’, ⁠‘석면해체작업 감리용역’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 종전 건축물의 철거 시 수반되는 석면해체작업 및 그와 밀접한 관련이 있는 작업에 대한 것으로 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

3) 제11, 12번 항목에 관하여

갑 제7호증, 을 제6호증의 각 기재와 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 법무법인 ee, 법무법인 ff에 이 사건 사업구역 내에 조합원 및 청산인, 임차인(주택 및 영업) 등을 상대로 부동산점유이전금지가처분 신청 및 명도소송에 관한 업무를 위임한 사실을 인정할 수 있다. 위 업무비용은 종전 건축물의 철거를 위해 건축물의 점유권 확보를 위한 것으로서 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 업무비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

4) 제16번 항목에 관하여

갑 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 gg공사로 부터 제공받은 용역은 ⁠‘지적확정 측량(도시개발사업 및 각종 토지개발사업을 하기 위하여 경위의 측량방법으로 하는 세부측량을 말한다)’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다(원고는 지적도근점 측량 및 지적삼각점 측량도 한국국토정보공사가 제공하는 용역이라고 주장하나, 원고와 한국국토정보공사가 체결한 2016. 9. 29.자 지적측량계약에는 지적도근점 측량 및 지적삼각점 측량은 필요 시 재계약을 하도록 정하였고, 특별히 재계약을 체결하였다고 볼 만한 증거는 없다). 공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제2조 제4호의2, 제86조 제1항, 같은 법 시행령 제83조 제1항 제4호에 따르면 지적확정 측량은 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비사업 등이 끝나 토지의 표시를 새로 정하기 위하여 실시하는 지적측량을 말하는바, 위 측량비용은 이 사건 사업의 전반적인업무에 관련된 것으로 볼 여지는 있다.

한편 앞서 든 증거에 의하면, 지적측량계약서에는 계약기간이 계약체결일인 2016. 9. 29.부터 공사준공예정일 1개월 전까지로, 계약금(선수금) 00,314,710원을 계약 후 즉시 지급하는 것으로 규정되어 있는바, 2016. 9. 29. 지급된 계약금이나 이후 지급된 측량비용은 2016년 2기분 부가가치세 매입세액 공제와 관련이 있을 뿐 쟁점 매입세액과 관련된 비용이 아니다. 또한 위 매입세액이 토지에 관련된 매입세액에 해당하지 않아 매입세액 공제대상에 해당한다는 점은 그 매입세액 공제를 주장하는 원고가 증명하여야 하는데, 원고가 제출한 자료만으로는 위 측량비용의 구체적인 지출의 목적이나 경위를 확인할 수 없다. 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

5) 제17번 항목에 관하여 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 hh주식회사로부터 제공받은 용역은 ⁠‘이 사건 사업구역 내 토지 및 그 지상 물건에 대한 조사’, ⁠‘보상협의, 계약체결 서류작성’, ⁠‘수용을 위한 재결신청서류 작성’, ⁠‘이의재결에 관한 심리자료 작성 및 민원처리 업무지원’, ⁠‘등기관련 업무지원(법무사 업무제외)’, ⁠‘그 밖의 보상과 관련한 부대업무’에 관한 업무인 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 위 사업구역 내 토지 및 건축물의 취득 편의를 위한 비용으로 토지에 관련된 매입세액에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제1호, 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유 없다.

6) 제18번 항목에 관하여

갑 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 주식회사 kk로부터 제공받은 용역은 ⁠‘범죄예방대책수립 및 설치’, ⁠‘청산자주택 거주세입자 실태조사’, ⁠‘위장전입자 및 외부세력(zzz 등) 진입현황분석’에 관한 업무이고, 계약기간을 계약체결일로부터 철거완료 시까지로 정한 사실을 인정할 수 있다. 위 용역비용은 이 사건 사업구역 내 종전 건축물의 신속한 철거를 위해 현재 실거주자를 파악하고 철거작업에 방해가 되는 외부세력의 진입 또는 불법점유를 차단하는 등 종전 건축물 철거 편의 등을 위한 것으로 토지의 취득을 위하여 지출한 비용에 해당하므로, 위 용역비용에 관한 매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제7호, 그 시행령 제80조 제2호에 따라 매출세액에서 공제하지 아니함이 타당하다. 이와 배치되는 원고의 주장은 이유없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2017. 11. 30. 선고 부산지방법원 2017구합20478 판결 | 국세법령정보시스템