요지

감면비율 계산 시 장기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에 포함시켜야 한다고 보기에 부족하고, 이 사건 1차 조사의 개시경위, 목적, 범위 등에 비추어 보면 이 사건 1차 조사가 재조사가 금지되는 세무조사 수준에 이르렀다고 보기 어려우며, 원고가 캐나다법인으로부터 매출채권을 지연회수한 것이 경제적 합리성을 결여하였다고 보기 어려움.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

                       주 문

1. 이 사건 소 중 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세333,693,770원(가산세 포함)의 부과처분을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는부분을 각하한다.

2. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 ⁠‘부과처분 및 불복세액’ 표 중 2013, 2014 사업연도 ⁠‘부과처분’란 기재 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

                   청 구 취 지

피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 ⁠‘부과처분 및 불복세액’ 표 중 ⁠‘부과처분’란 기재 2010 사업연도 내지 2014 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

                     이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2006. 8. 16. 설립되어 풍력발전설비의 제조, 판매 및 관련 기술개발, 유지보수 등 서비스를 영위하는 법인이다. 원고는 해외현지법인(원고가 중국, 베트남, 캐나다에 각 설립한 자회사들은 AA AAAA China Co., Ltd., AA AAAA Vietnam Co., Ltd 및 AA AAAA Canada Inc.이고, 이하 각 ⁠‘중국법인’, ⁠‘베트남법인’, ⁠‘캐나다법인’이라 하며, 통틀어 ⁠‘해외현지법인’이라 한다)에 임가공 용역을 의뢰하여 풍력발전설비를 공급받은 다음 고객에게 이를 판매하는 방식으로 거래하여 왔다.

나. 원고는 2010. 1. 1. 본사를 BBBBB에서 CC시 DD구로 이전(이하 CC시DD구로 이전한 원고의 본사를 ⁠‘이전본사’라 한다)하였고, 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2 규정에 따라 이전일이 속하는 2010년부터 2014년까지 본사 이전에 따른 법인세를 감면받았다.

다. 피고는 2013. 12. 23.부터 2014. 1. 10.까지 원고에 대하여 현장확인(이하 ⁠‘이 사건 1차 조사’라 한다)을 실시하여 원고가 중국, 베트남법인 파견자에게 지급한 급여는 업무와 관련 없는 비용이므로 손금에 산입해서는 안 됨에도 이를 산입하고, 구 조세특례제한법에 따른 감면비율을 산정할 때 이전본사 근무인원 및 이들에 대한 급여 중 해외현지법인에 출장목적으로 월 20일 이상 해외에 체류한 직원의 인원 및 이들에 대한 급여를 제외해야 함에도 이를 제외하지 않았다는 이유로, 2014. 3. 3. 원고에 대하여 2008년 귀속 법인세 258,708,600원, 2009년 귀속 법인세 326,844,300원, 2010년 귀속 법인세 189,524,190원, 2011년 귀속 법인세 216,679,560원, 2012년 귀속 법인세 321,904,320원의 부과처분을 하였다.

라. 원고는 위 처분에 불복하여 2014. 5. 31. 조세심판원장에게 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2015. 7. 27. 파견직원에 대한 인건비 손금불산입 부분에 관해서는 원고의 심판청구를 인용하여 이를 취소하는 결정을 하였으나, 해외출장직원 관련 감면비율 조정부분에 관해서는 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

마. 피고는 조세심판원장의 결정에 따라 위 처분 중 2008년 및 2009년 귀속 각 법인세 부과처분을 취소하고 2010년, 2011년, 2012년 각 법인세를 감액경정한 후 세액을 환급함으로써, 위 처분은 2010년 귀속 법인세 106,619,660원, 2011년 귀속 법인세 150,734,080원, 2012년 귀속 법인세 297,780,030원의 부과처분(각 가산세 포함) 부분이 남게 되었다(이하 감액경정된 후 잔존하게 된 부분을 ⁠‘이 사건 1차 부과처분’이라 한다).

바. 한편 EE지방국세청장은 2015. 1. 20.부터 2015. 3. 31.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 피고에게

① 원고가 캐나다법인과의 거래를 통하여 얻은 소득은 감면대상 소득에서 제외되어야 하고,

② 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율 계산 시 해외출장직원 중 월 15일 이상 해외에 체류한 임직원과, 2009년경 주재원 발령으로 원고를 퇴사하고 해외현지법인에서 근무하다가 다시 원고에 입사한 임직원(이하 ⁠‘재입사자’라 한다)을 이전본사 근무인원에서 제외해야 하며,

③ 해외현지법인에 파견한 직원에 대한 인건비는 해외현지법인이 부담해야 함에도 원고가 대신 부담하였으므로, 위 인건비 부분을 손금불산입해야 하고,

④ 캐나다법인에 대한 매출채권을 지연회수하였으므로, 국제조세조정에 관한 법률(이하‘국제조세조정법’이라 한다)에 따른 정상이자를 익금에 산입하고 관련 지급이자를 손금불산입해야 하며,

⑤ 캐나다법인이 2013, 2014 사업연도에 수령한 공사지연보상금은 원고에게 귀속되는 것으로 보아 익금산입해야 하고,

⑥ 2012 사업연도에 캐나다법인 명의로 청구한 보관료 채권은 원고가 캐나다법인을 통하여 회수했어야 할 권리를 거래처 관리를 위하여 포기한 것으로 보아 채권발생 시점에 익금산입해야 한다는 내용의 세무조사결과를 통지하였고,

피고는 이에 따라 2015. 7. 1. 원고에 대한 2010년 귀속 법인세를 333,693,770원으로, 2011년 귀속 법인세를 480,720,130원으로, 2012년 귀속 법인세를 1,717,646,440원으로 각 증액경정처분하고, 2013년 귀속 법인세 7,013,793,870원, 2014년 귀속 법인세 13,336,768,030원을 부과처분하였다(이하 ⁠‘이 사건 증액경정처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 증액경정처분에 불복하여 2015. 9. 24. 조세심판원장에게 심판청구를 하였는데, 조세심판원장은 2016. 9. 21. 위 바항 기재 처분사유 중 ①, ③, ⑤, ⑥ 부분에 대하여는 원고의 심판청구를 인용하여 이를 취소하는 결정을 하였으나, 해외출장직원, 재입사자 관련 감면비율 조정부분과 캐나다법인에 대한 매출채권 지연회수 부분에 관해서는 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

아. 피고는 조세심판원장의 결정에 따라 이 사건 증액경정처분 중 2011년 귀속 법인세를 499,420,374원, 2012년 귀속 법인세를 964,419,138원, 2013년 귀속 법인세를 1,123,401,674원, 2014년 귀속 법인세를 885,328,564원으로 감액경정하였다(이 사건 증액경정처분 중 감액경정된 후의 잔존하고 있는 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

〔인정근거〕다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제5호증의 각 기재(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 333,693,770원(가산세 포함)의 부과처분을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 부분의 적법 여부

직권으로 이 사건 소 중 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 333,693,770원(가산세 포함)의 부과처분을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 관하여 본다.

과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 된다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조).

살피건대, 원고는 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 부과처분한 2010 사업연도 법인세 333,693,770원(가산세 포함)과 이 사건 1차 부과처분 중 2010 사업연도 귀속 법인세 106,619,660원(가산세 포함)을 합한 440,313,430원(가산세 포함)의 부과처분의 취소를 구하고 있으나, 앞서 본 처분의 경위에 의하면, 이 사건 1차 부과처분 중 2010년 사업연도 법인세 106,619,660원(가산세 포함)의 부과처분은 이 사건 증액경정처분에 흡수되어 이미 소멸하였으므로, 이 사건 소 중 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 333,693,770원(가산세 포함)의 부과처분을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 부분은 소멸된 처분을 쟁송의 대상으로 삼은 것이어서 부적법하다고 할 것이다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 월 15일 이상 해외에 체류한 임직원(이하 ⁠‘장기해외출장직원’이라 한다)과 재입사자도 이전본사 근무인원에 해당하고, 피고가 이전본사 근무인원의 판단기준으로 제시한 ⁠‘월 15일 이상 해외체류 여부’는 법적근거 없는 자의적 기준으로 위법하다.

2) 피고는 2010년~2012년 귀속 각 법인세에 관하여 중복하여 세무조사를 하고 그 결과를 토대로 이 사건 처분을 하였으므로, 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반한것이다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 2010년~2012년 귀속 각 법인세의 경우 적어도 이 사건 1차 부과처분을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 원고의 캐나다법인에 대한 매출채권 지연회수는 캐나다법인의 재정상태 악화에 따라 불가피하게 이루어진 것이다. 이를 재화거래와 구분된 별도의 자금대여행위로 보아 정상가격 조정을 할 수 없다. 또한 원고가 캐나다법인에 대한 매출채권을 지연하여 회수한 것이 업무무관 가지급금으로 볼 수 없으므로, 위 매출채권 관련 차입금의 지급이자는 손금불산입 대상이 될 수 없다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 이전본사 근무인원에 장기해외출장직원과 재입사자도 포함되는지 여부

1) 관련 법리

구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 제2호, 제2항 제2호, 제3항에 의하면, 법인이 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역 외의 지역으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시하는 경우에는 ⁠‘당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액’에 ⁠‘당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율’과 ⁠‘당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역 안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율’을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여,

이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 50/100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서,

여기서 ⁠‘이전본사 근무인원’이라 함은 수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며,

‘수도권생활지역 안의 본사 근무인원’이라 함은 본사의 이전 후 수도권생활지역 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의한 법인세 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이고,

한편 ⁠‘수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조)

2) 판단

살피건대, 갑 제2, 5호증, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율 계산 시 장기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에 포함시켜야 한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 원고는 장기해외출장직원과 재입사자가 이전본사 근무인원에 해당한다는 점에 관하여 이를 직접적으로 인정할만한 증거를 제출한 바 없다.

나) 원고는 이 사건 1차 조사 당시 피고에게 해외파견직원 현황표.해외출장직원 현황표, 해외출장직원의 출장명령서.출장보고서.출장비에 대한 회계전표 등을 제출하였고,

원고의 직원 FFF과 EE지방국세청 세무공무원간에 해외파견직원의 업무 등에 관한 문답이 이루어진 것으로 보인다.

  그러나 원고 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등에 관한 제반사정을 종합하여 이전본사 근무인원에 해당하는지 여부를 판단하기 위하여는 위 자료 외에도 원고 소속 장기해외출장직원들과 해외파견직원을 구분하는 사규 등의 객관적 기준, 장기해외출장직원들과 해외 파견직원의 업무내용 및 근무형태를 파악할 수 있는 자료 등이 필요할 것으로 보이나 원고는 이를 인정할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다.

다) 더욱이 피고가 이 사건 세무조사 당시 원고로부터 확보한 원고의 해외 현지법인 인원.소속변경시 감면율과 관련된 엑셀자료 출력물(을 제1호증), 해외현지법인 인원조정 관련 Memo 출력물(을 제2호증)의 내용에 의하면, 원고가 장기해외출장직원, 해외파견직원, 재입사자의 업무를 업무상 필요에 의해서 구분한 것이 아니라 법인세를 최대한 감면시키는 방법으로 인위적인 소속변경을 한 것으로 보이는 사정도 인정 된다.

라) 원고는 원고의 본사 직원들이 본사업무를 위하여 해외현지법인에 출장을 가서 월 15일 이상 체류하였다는 이유로 이전본사 근무인원에서 제외한 것은 자의적인 기준이라고 주장하나, 장기 해외출장직원들과 해외파견직원들의 업무 구분이 명확하지 아니하고, 수도권 외의 지역으로 본사를 이전하여 수도권 과밀을 억제하고 수도권과 지방의 균형발전을 도모한다는 구 조세특례제한법의 입법취지에 비추어 볼 때, 해외현지법인에 월 15일 이상 체류한 장기해외출장직원들을 이전본사 근무인원에서 제외한 것이 심히 불합리한 기준으로 위법하다고 보기 어렵다.

라. 중복 세무조사금지 원칙 위반 여부

1) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다.

한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다.

  그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

  그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만,

그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조)

2) 인정사실

다툼 없는 사실, 갑 제2, 5, 7호증, 을 제5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 이 사건 1차 조사는 피고가 2013년 EE지방국세청 정기감사시 원고에 대한 현장확인을 지시받아 원고의 본사지방이전 감면 적정여부 및 해외현지법인 인건비의 적정여부를 확인하기 위한 목적으로 2013. 12. 23.부터 2014. 1. 10.까지 이루어졌다.

나) 피고 소속 공무원들은 이 사건 1차 조사기간 중 원고의 사업장을 방문하여 고용보험 취득자 조회내역, 근로소득 원천징수영수증, 해외파견직원의 이메일보고 내용, 해외파견명령 임직원현황표, 해외출장직원 현황표, 출장명령서, 출장보고서 및 출장비 관련 회계전표 등의 자료를 제출받았고, 원고 소속 직원들에 대하여 해외현지법인에서의 원고 소속 직원들의 근무내용, 근무일수 등에 관한 문답을 실시하기도 하였다.

위 자료는 원고 소속 해외출장직원들의 이전본사에서의 근무일수와 근무내용에 관한 자료, 해외파견직원들 중 파견명령 취소 후에도 해외에서 장기체류하며 근무한 임직원들에 관한 자료, 해외파견직원들이 해외현지법인에서 수행한 업무내용, 해외현지법인의 조직구조 및 근무인원, 해외파견직원들에 대한 원고의 급여 지급액, 원고와 해외 현지법인 사이의 금전거래내용, 해외현지법인의 연도별 수입금액 및 당기순이익 등을 파악하기 위한 자료에 해당한다.

다) 이 사건 1차 조사는 원고의 이전본사 근무인원을 재계산하고, 원고의 해외현지법인에 파견된 직원의 급여를 원고가 지급한 것은 부당행위계산부인 대상에 해당되므로 손금불산입되어야 한다고 결정된 후 종결되었다.

라) 피고는 2014. 2. 28. 원고에게 이 사건 1차 부과처분을 위한 과세예고통지를 하면서 과세예고 종류에 ⁠‘실지조사에 따른 파생자료, 단순자료처리’라고 기재하였다.

마) EE지방국세청은 원고가 2010년부터 2013년까지 신고한 내용에 대한 성실도를 분석한 결과 불성실혐의가 있다고 인정하여 신고의 적정성을 검증하기 위하여 국세기본법 제81조의6 제1항에 의하여 원고를 세무조사 대상자로 선정하였고, 이 사건 세무조사는 2015. 1. 20.부터 2015. 3. 31.까지 이루어졌다.

바) EE지방국세청은 이 사건 세무조사 기간 중 원고가 구 조세특례제한법에 따라 법인세를 최대한 감면받기 위하여 대안 1 내지 4를 마련하여 해외현지법인에 파견된 직원들을 해외현지법인으로 소속을 변경하는 방안을 강구하였던 자료를 획득하였다.

사) EE지방국세청은 위 자료를 토대로 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 원고의 장기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에서 제외하여 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율을 재계산하였다.

3) 판단

가) 구 조사사무처리규정(2015. 6. 30. 국세청훈령 제2105호로 일부개정되기 전의 것) 제3조 제1호는 세무조사에 대하여 ⁠‘각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권 및 ⁠「조세범 처벌법」,「조세범 처벌절차법」에 따라 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 말하며, 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분한다.’고 규정하고 있고, 같은 제3조 제2호는 현장확인에 대하여 ⁠‘세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다’고 규정하면서 각 목에서

‘가. 자료상혐의자료, 위장가공자료, 조세범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무,

나. 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장·확인업무,

다. 세무조사 과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인업무,

라. 민원처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무,

마. 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무,

바. 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무’를 규정하고 있다.

나) 이 사건을 위 각 규정에 비추어 살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 1차 조사는 법인세 감면 현황에 대한 현장확인에 해당한다.

(1) 이 사건 1차 조사가 개시된 경위는 피고가 2013년 EE지방국세청 정기감사시 원고의 본사지방이전 감면 적정여부 및 해외현지법인 인건비 적정여부에 대한 현장확인을 지시받았기 때문이다.

(2) 피고는 원고가 자진하여 법인세를 신고한 내역 중 구 조세특례제한법 제62조의2 규정에 의하여 감면받은 세액의 적정여부를 확인하고, 원고가 해외현지법인에 파견된 직원을 위하여 급여를 지급한 것이 적정한지 확인하는 등 원고의 법인세 신고내용의 정확성 검증을 위하여 주로 원고의 이전본사 근무인원과 해외현지법인의 직원들 근무현황에 관한 자료만을 중심으로 원고에게 질문하거나 관련 자료를 요구하여 이 사건 1차 조사를 진행하였다.

(3) 피고가 진행한 이 사건 1차 조사 내용이 원고가 손쉽게 응답할 수 없었다거나 원고의 영업의 자유에 큰 영향을 미쳤다고 볼만한 자료가 없고, 이 사건 1차 조사의 개시경위, 목적, 범위 등에 비추어 보면 이 사건 1차 조사가 재조사가 금지

되는 세무조사 수준에 이르렀다고 보기 어렵다.

(4) 원고가 법인세를 자진하여 신고한 내역 중 감면세액의 적정여부를 판단하기 위하여 행하는 피고의 현장확인도 구 조사사무처리규정 제3조 제1호에서 규정하는 세무조사에 해당한다고 보는 경우, 피고는 법인세 감면요건만을 검증하기 위한 조사를 할 때마다 정식 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자로 하여금 불필요한 통합 세무조사를 수인하도록 하는 결과를 초래하게 될 것이다.

다) 가사 이 사건 1차 조사가 세무조사에 해당한다고 하더라도 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① EE지방국세청장은 원고가 2010년부터 2013년까지 법인세를 신고한 내용에 대한 성실도를 분석한 결과 불성실혐의가 있다고 인정하고, 원고의 법인세 신고내역의 적정성을 포괄적으로 검증하기 위하여 구 국세기본법 제81조의6 제2항 제1호에 따라 원고를 세무조사 대상자로 선정한 점,

② EE지방국세청에서 원고의 2010년 사업연도부터 2013 사업연도까지의 법인세 신고내역의 적정성을 포괄적으로 조사하던 중 원고가 해외현지법인에 파견된 직원들을 해외현지법인으로 소속을 인위적으로 변경하여 법인세 감면비율을 증가시키기 위한 방안을 강구하였던 자료(을 제1, 2호증)가 발견되었고, 위 자료는 이 사건 1차 조사 당시 발견되지 않았던 자료로서 위 자료에 의하면 원고의 조세탈루의 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우에 해당한다고 봄이 상당한 점,

③ 위 자료가 이 사건 세무조사가 개시되기 전에 발견된 것이 아니라고 하더라도, 이 사건 세무조사가 개시된 경위에 비추어 보면, 이 사건 세무조사가 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 반한다고 보기 어려운 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세무조사 중 2010~2012 사업연도에 대한 세무조사 부분은 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 제1호에서 규정하는 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여, 위 제2항에서 금지하는 중복된 세무조사라고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 캐나다법인에 대한 매출채권 지연회수와 관련된 원고 주장의 당부

1) 인정사실

다툼 없는 사실, 갑 제5, 8 내지 10호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) GGGG 주식회사(이하 ⁠‘GGGG’이라 한다)는 캐나다 HHHH 주정부와 체결한 협약에 따라 HHHH주에 풍력발전단지를 개발.건설하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 풍력발전단지 개발사업’이라 한다)을 추진하기로 하였다. 원고는 위 사업과 관련하여 2010. 11. 12. GGGG과 사이에 HHHH주 내에 풍력타워 생산을 위한 캐나다법인을 설립하여 풍력타워 생산공장을 건립하고 GGGG 캐나다법인에 풍력타워를 공급하기로 하는 내용의 ⁠‘풍력타워 공장설립 및 생산협약’을 체결하였다.

나) 원고는 캐나다법인과 제반 관리업무용역의 제공과 관련하여 판매지원계약, 경영기술지원용역계약을 체결하여 수수료를 수취하였고, 캐나다법인의 제품제조에필요한 원부자재를 공급하는 내용의 자재공급계약을 체결하였다.

다) 그러나 GGGG의 이 사건 풍력발전단지 개발사업 지연으로 인하여 캐나다법인은 설립된 이후부터 정상적인 사업 영위가 어려운 상황에 놓이게 되었고, GGGG과 원고는 2012. 3. 8. 위 사업계획을 축소변경하기로 합의하면서 GGGG이 원고에게 최대 6,390,000 캐나다달러를 지원하는 등 GGGG의 사업지연으로 인한 원고의 경영애로를 지원한다는 내용의 경영애로지원합의를 하였다.

라) 위 경영애로지원합의에 의하여 GGGG이 예상한 사업일정은 아래 표 기재와 같고, 원고는 2012. 11. 30. 캐나다법인에 최초로 원부자재 매출을 발생시키고 이를 매출채권으로 계상하였다. 원고의 위 최초 매출채권이 회수된 일자는 2013. 5. 2.이고, 원고가 2014. 12. 31.까지 캐나다법인에 원부자재를 공급하여 발생한 매출채권 중 2014. 10. 31.까지 발생한 매출채권 대부분은 매출채권 발생일로부터 45일이 경과된 이후 회수되었다.

마) 캐나다법인의 연도별 재무상태 및 경영성과는 아래 표 기재와 같다.

바) 캐나다법인이 GGGG 캐나다법인으로부터 이 사건 풍력발전단지 개발사업 지연으로 인하여 수령하게 된 보상금은 아래 표 기재와 같다.

사) 원고가 캐나다법인에 대한 매출채권을 지연회수한 부분과 관련하여 피고가 회수가 지체된 기간(매출채권 발생일로부터 45일이 경과된 이후의 기간)의 정상이자를 익금산입하고, 관련 지급이자를 손금불산입한 내역은 아래 표 기재와 같다.

2) 매출채권 지연회수로 인한 정상가격 조정의 적법 여부

가) 법인세법 제52조에서 규정하고 있는 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결, 대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조).

한편, 국제조세조정법 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있도록 규정하고,

국제조세조정법 시행령 제6조 제7항은 거주자와 특수관계자 사이의 통상 회수기간 및 지급기간을 넘어서는 채권의 회수의 경우에도 정상가격조정의 대상거래로 규정하고 있는바,

이는 현행 세법상 부당행위계산부인제도의 일종으로 기업이 국외특수관계자와의 국제거래에서 정상가격보다 높게 대가를 지불하거나 낮은 대가를 받아, 통상적인 채권 회수를 지연하여 과세소득을 국외로 이전시키는 경우 과세당국이 이전가격을 부인하고 정상가격으로 과세함으로써 자국의 과세권을 보호하고 국제적인 조세회피를 방지하려는 제도이다.

따라서 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어 그 거래가격이 정상가격에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 법인세법상 부당행위계산에 관한 판단기준인 경제적 합리성의 유무가 적용될 수 있다고 할 것이다.

나) 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 캐나다법인으로부터 통상적인 채권회수 기간보다 지연하여 회수한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 원고의 매출채권 지연회수와 관련하여 정상이자를 익금산입한 것은 위법하다.

(1) 원고가 캐나다법인을 설립한 목적은 GGGG과의 협약에 따라 이 사건 풍력발전단지 개발사업에 공급하게 될 풍력타워를 공급하기 위한 것이었으므로, 캐나다법인의 매출은 GGGG이 추진하는 이 사건 풍력발전단지 개발사업 사업의 진행정도에 영향을 받을 수밖에 없었다.

(2) 원고가 2012. 3. 8. GGGG과 합의하여 캐나다법인이 이 사건 풍력발전단지 개발사업지연으로 인한 피해를 보상받기로 하였고, 2013년 사업연도부터 캐나다법인의 당기순이익이 발생하기 시작하였으나, 캐나다법인의 2013년, 2014년 사업연도 당기순이익과 캐나다법인이 2013년, 2014년 GGGG 캐나다법인으로부터 수령한 사업지연으로 인한 보상금이 당장의 캐나다법인의 누적적자를 만회할 정도에 이르는 금액은 아니었던 것으로 보인다.

(3) 원고가 통상적인 약정 지급기한인 매출채권 발생일로부터 45일 이상의 기간이 경과된 이후 매출채권을 회수하였다고 하더라도 원고는 최초 발생 매출채권부터 지속적으로 회수하여 왔고, 결국 2014. 11. 30.부터는 채권 회수가 지연됨이 없이모두 회수가 된 점에 비추어 볼 때, 원고의 매출채권 회수가 부당하게 지연되어 자국의 과세권이 침해되었다거나 국제적인 조세회피의 결과가 발생하였다고 볼 정도에 이르렀다고 보이지 않는다.

(4) 오히려 원고가 캐나다법인으로부터 매출채권을 즉시 회수하는 것보다 이 사건 풍력발전단지 개발사업의 지연으로 인하여 자본잠식상태에 빠지게 된 캐나다법인의 정상화를 통하여 원고의 이익을 신속하게 창출하고자 한 것이 보다 경제적으로 합리성이 있는 행위였다고 보인다.

3) 매출채권 지연회수로 인한 지급이자의 손금불산입의 적법 여부

가) 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 매매대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 매매대금 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 ⁠“업무와 관련 없이 지급한 가지급급 등”에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 아니한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).

나) 살피건대, 위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 캐나다법인에 대하여 매출채권 회수를 지연시킨 것에 정당한 사유가 결여되었다고 단정할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 원고가 정당한 이유 없이 캐나다법인에 대한 매출채권의 회수를 지연하였다고 보아 그에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입하였으므로 이는 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 원고가 애초에 캐나다법인의 변제자력이 없었음에도 캐나다법인에 원부자재를 공급하였던 이유는 이 사건 풍력발전단지 개발사업이 축소되기는 하였으나 그 진행이 중단되었던 것은 아니었고, GGGG과 체결한 합의에 따라 캐나다법인의 풍력타워 공급은 변함없이 진행되었어야 했으며, 캐나다법인이 GGGG 캐나다법인에 차질없이 풍력타워를 공급하는 것이 결국 이 사건 풍력발전단지 개발사업을 순조롭게 진행시킬 수 있는 방법이었기 때문이다.

(2) 원고가 자회사인 캐나다법인의 변제자력이 없다는 이유로 원부자재를 공급하지 아니하거나 원부자재 매출채권에 대한 채권회수 절차를 진행하였다면 원고는 오히려 이 사건 풍력발전단지 개발사업에 차질을 빚어 종국적으로는 캐나다법인을 설립한 원고의 이익을 침해하게 되었을 것이다.

(3) 결국 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 풍력발전단지 개발사업을 신속히 진행되도록 하여 캐나다법인이 GGGG 캐나다법인에 풍력타워를 납품하여 당기순이익을 증가시켜 부채를 상환하는 것이 변제자력이 없는 캐나다법인으부터 매출채권을 조기에 회수하는 것보다 경제적 합리성이 있는 행위였던 것으로 보이므로, 원고가 캐나다법인으로부터 회수를 지연한 매출채권 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등에 해당한다고 보기 어렵다.

바. 정당한 세액

앞서 본 바와 같이 이 사건 처분 중 2010 사업연도 내지 2012 사업연도 법인세 부과처분 부분과 2013 사업연도, 2014 사업연도 법인세 부과처분 부분 중 구 조세제한특례법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율 계산 시 장기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에서 제외한 것과 관련되어 법인세가 부과된 부분은 적법하고, 2013 사업연도, 2014 사업연도 법인세 부과처분 부분 중 캐나다법인에 대한 매출채권 지연회수와 관련하여 정상이자를 익금에 산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 법인세가 부과된 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 2010 사업연도 법인세 333,693,770원(가산세 포함)의 부과처분을 초과하는 부분에 대하여 취소를 구하는 부분은 부적법하여 이를 각하하고, 원고의 청구 중 위 각하 부분을 제외한 나머지 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2017. 08. 09. 선고 대전지방법원 2016구합105908 판결 | 국세법령정보시스템