요지

매출누락금액 전액을 공급가액으로 하여 부가가치세 과세표준으로 정한 것은 적법하고 비용의 손금산입은 납세의무자가 주장 ㆍ 입증해야 하지만 제출한 증거만으로는 매입원가가 과소 추인되었다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 원고에게 한, 2013. 12. 1.자 2011년 1기분 부가가치세 263,919,750원(가산세 포함) 중 23,411,047원, 2011년 2기분 부가가치세 312,985,280원(가산세 포함) 중 26,367,344원, 2012년 1기분 부가가치세 288,641,270원(가산세 포함) 중 26,960,367원, 2012년 2기분 부가가치세 332,797,090원(가산세 포함) 중 32,261,277원, 2013년 1기분 부가가치세 251,452,850원(가산세 포함) 중 17,669,062원의 각 부과처분, 2013. 12. 2.자[법인세 경정·고지일은 2013. 12. 2.이므로(갑 제3호증의 1, 2 참조), 2016. 8. 10.자 청구취지 및 청구원인 변경서 기재 ⁠‘2013. 12. 1.'은 위와 같이 정정한다.] 2011사업연도 327,358,780원(가산세 포함), 2012사업연도 341,612,360원(가산세 포함)의 법인세 부과처분, 2013. 12. 1.자 소득자를 박정하로 한 2011년 귀속 소득금액 956,339,173원, 2012년 귀속 소득금액 1,022,007,090원의 소득금액통지처분을 각 취소한다.

  이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 일부를 아래 제2항과 같이 고치거나 추가하는 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다(이하에서 사용하는 약어의 의미는 제1심판결의 그것과 같다).

2. 고치거나 추가하는 부분

○ 제11쪽 제20행의 ⁠“을 제7호증”을 ⁠“을 제12호증”으로 고친다.

○ 제12쪽 제5행의 다음 행에 아래 내용을 추가한다.

『④ 원고는 △△석유 매출내역(갑 제9호증)에 의하면 무자료 해상유 매입수량은 8,960,675ℓ이고, 이를 조세심판원의 재조사결정에 따라 유종별 단가율을 적용하여 매입원가를 산정하면 7,348,740,100원이며, 이와 수치상으로 거의 일치함과 동시에 정확한 내용을 담고 있는 2011년∼2013년까지의 월별 거래명세서(갑 제29호증의 1-30)를 엑셀표로 정리하면 △△석유 거래명세서 내역(갑 제46호증의 1-3)과 같고, 이를 근거로 조세심판원의 재조사결정에 따라 계산한 매입원가는 7,537,225,894원으로 위 △△석유 매출내역에 따라 계산한 매입원가와 대동소이하므로, 위 금액 중 어느 하나를 무자료 해상유의 매입원가로 인정하여 손금으로 추인하는 것이 타당하다고 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 원고에게는 정확한 수량은 알 수 없으나 적지 않은 양의 비정상 재고물량이 존재하는 것이 분명하고, 원고는 이러한 비정상 재고물량 및 무자료 해상유 매입분을 정상적으로 매입한 해상유인 것으로 가장하여 매출하고 이에 대한 매입 자료가 필요하여 정유사 등으로부터 육상유 세금계산서를 수취한 것이므로, 위 △△석유 매출내역과 월별 거래명세서상 유류 매출내역 중 해상유 정상 매출분에는 무자료 해상유 외에도 비정상 재고물량에 대한 매출까지도 포함되어 있다고 할 것인데, 원고 주장처럼 해상유 정상 매출분 전체를 기준으로 무자료 해상유 매입원가를 산정할 경우 비정상 재고물량에 대한 매입원가도 추인됨에 따라 무자료 해상유 매입원가가 과다 추인되는 문제가 발생하여 부당하고, 더욱이 위와 같은 산정방식에 의하면 결과적으로 원고는 불법을 감수하고 무자료 해상유를 매입하여 판매한데 따른 수익을 전혀 얻지 못하였다는 모순된 결론에 이르게 된다.

이에 대하여 원고는, 무자료 해상유를 매입하여 정상 판매함으로써 발생한 불법수익(30%)을 정상적으로 세금 신고하였으므로 손금 추인되는 무자료 해상유 매입단가가 이 사건 매출누락금액보다 큰 것이 문제될 것이 없다고 주장하나, 원고가 불법수익을 정상적으로 세금 신고하였다는 점을 인정할 만한 증거가 없으므로 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 원고는, 이 사건 과세기간 중 원고가 한 매출신고에 의하여 인정되는 해상유 매출수량 8,944ℓ에 조세심판원이 제시한 유종별 단가를 적용한 수액 114억 4,000만 원에 부산지방국세청장이 정한 매출원가율 68%를 적용하여 산정한 77억 7,900만 원을 무자료 해상유의 매입원가로 인정하여 손금으로 추인하여야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 전체 해상유 매출분에는 무자료 해상유 외에도 비정상 재고물량에 대한 매출까지도 포함되어 있다고 할 것인데, 원고 주장처럼 전체 해상유 매출분을 기준으로 무자료 해상유 매입원가를 산정할 경우 앞서 본 바와 마찬가지로 비정상 재고물량에 대한 매입원가도 함께 추인되어 무자료 해상유 매입원가가 과다 추인되는 문제가 발생하여 부당하다.』

○ 제12쪽 제13행부터 제13쪽 제16행까지를 아래와 같이 고친다.

『(나) 피고가 재조사를 거부하였거나 재조사 결정의 기속력을 위반하였는지 여부

1) 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결 참조).

2) 갑 제11호증, 갑 제29~31호증, 갑 제33호증, 을 제1호증, 을 제8~10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 조세심판원 결정에 따른 재조사를 거부하였다거나, 피고가 재조사 결과 무자료 해상유 매입수량을 산정할 수 없다고 보고 이 사건 법인세 등 처분을 당초와 같이 그대로 유지한 것이 재조사 결정의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없다.

가) 조세심판원의 이 사건 재조사 결정 이후 피고는 2016. 3. 14.부터 2016. 5. 6.까지 원고로부터 제출받은 자료와 방문조사 등을 통하여 재고수량 및 매출수량을 재조사하였고, 달리 피고가 조세심판원 결정에 따른 재조사를 거부하였다고 볼만한 자료는 없다.

나) 조세심판원은‘무자료 해상유의 매입원가가 과소 추인되었는지 여부’에 대하여 원고와 피고의 주장을 살핀 후,‘피고가 원고의 재고수량 및 매출수량을 재조사하여 전체 유류의 매출수량이 재고수량 및 매입수량을 초과하는 경우, 그 초과부분을 해상유의 무자료 매입으로 보아 위 무자료 해상유 매입수량에 유종별 단가율을 적용하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라’는 이 사건 재조사 결정을 하였으므로, 위 결정에는 무자료 해상유 매입원가를 기준으로 산입 대상 손금 액수를 산정하라는 취지가 포함되어 있다고 보인다.

다) 그런데 위 재조사 결정에 따라 피고가 당초 처분을 경정하기 위하여는 재조사 결과 재고수량과 매출수량이 확인되고 전체 유류의 매출수량이 재고수량 및 매입수량을 초과한다는 전제가 충족되어 무자료 해상유의 매입수량이 산출될 수 있어야 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 피고의 재조사 결정의 취지에 따른 재조사에도 불구하고 재고수량을 산정할 신뢰 있는 자료가 없고 수량을 알 수 없는 비정상 재고수량의 존재(조세심판원의 결정에 따르더라도 조세심판원이 비정상 재고물량의 존재 자체를 부정하거나 존재 여부에 대한 명시적.묵시적인 판단을 내렸다고 보기 어렵다)로 인하여 조세심판원이 제시한 재조사 방법으로는 무자료 해상유의 매입수량을 정확히 산정할 수 없었다.

라) 이처럼 피고는 조세심판원의 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 진행하였으나 조세심판원이 재조사 결정에서 제시한 재조사 방법으로는 도저히 무자료 해상유의 매입수량을 산정할 수 없어 부득이 이 사건 법인세 등 처분을 당초와 같이 그대로 유지한 것이므로, 이는 피고가 재조사 결정의 취지에 따라 그 내용을 보완하는 후속 처분을 할 수 없는 경우에 해당한다고 할 것이고, 이러한 경우에까지 일률적으로 재조사 결정의 기속력이 미친다고 볼 것은 아니다.

마) 원고는, 조세심판원이 결정 이유에서‘불법 해상유 판매업자의 수익구조, 즉 정상유와 불법 해상유 거래의 손익에 관한 거래현장의 사정’을 자세히 설시한 다음‘해운조합 고시가격 단가율과 ××지방국세청장이 불법 해상유 매출원가를 68%로 적용한 사실’을 언급하면서 △△석유 매출내역(갑 제9호증)에 의하여 산정한 무자료 해상유의 매입수량 8,960,675ℓ에 유종별 단가를 적용하여 ××지방국세청장이 정한 원가율을 곱한 금액 7,348,740,100원을 이 사건 무자료 해상유 매입원가로 추정된다는 산정표(갑 제6호증의 2, 29쪽)를 별도로 제시하였음에도 피고가 이에 반하여 당초 처분을 그대로 유지한 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다는 취지로 주장하나, 조세심판원의 위와 같은 판단은 단순한 결정이유나 방론에 불과하여 재조사 결정의 기속력이 미치는 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단으로 보기 어렵다.』

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 모두 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2018. 06. 15. 선고 부산고등법원 2018누20078 판결 | 국세법령정보시스템