요지

조세특례제한법에서 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 2016. 12. 5. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 412,181,620원, 2014 사업연도 법인세 413,971,820원, 2015 사업연도 법인세 2,841,182,610원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 이 부분에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 제1심판결의 이유 중 해당 부분을 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 원고의 조합원들에 대한 분양은 수익사업이 아닐 뿐만 아니라, 조합원청산금은 조합원들의 출자에 해당하므로 법인세 과세소득인 사업연도 소득을 산정함에 있어서 익금의 범위에 포함되지 않는다. 따라서 조합원청산금을 익금에 포함시켜 법인세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

⑵ 원고는 도시정비법이 정하는 바에 따라 CC광역시 C구로부터 정비사업시행으로 인하여 용도폐지되는 정비기반시설을 무상으로 양도받고, 이 사건 공사로 새로이 설치한 정비기반시설을 CC광역시 C구에 무상으로 양도하였는데, 원고가 CC광역시 C구에 무상 귀속시킨 토지의 가액이 CC광역시 C구로부터 무상 취득한 토지의 가액보다 더 크므로 그 차액 중 수익사업 해당 부분을 반영하여 법인세를 재산정하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

⑴ 조합원 청산금의 익금 산입 여부에 관한 판단

① 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 비영리내국법인에 대하여는 부동산 양도소득 외에 각 사업연도의 소득에 대해서만 법인세를 부과하는데(법인세법 제3조 제1항), 여기서 각 사업연도의 소득은 수익사업에서 생기는 소득을 말한다(법인세법 제3조 제3항). 그리고 2003. 6. 30. 이전에 주택건설촉진법에 의하여 조합설립 인가를 받은 재건축조합으로서 도시정비법에 따라 법인으로 등기한 조합이 법인세법에 따라 법인세 신고를 한 경우에는 해당 사업연도부터 비영리내국법인으로 보아 법인세법을 적용한다.

(조세특례제한법 제104조의7 제1항).

그런데 을 제1호증의 1 내지 3의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고는 2003. 1. 21. 주택건설촉진법에 의하여 조합설립인가를 받은 후 2003. 7. 30. 도시정비법이 정하는 바에 따라 법인등기를 하였고, 2013 사업연도부터 2015 사업연도까지 법인세법에 따라 법인세 신고를 한 사실이 인정되므로, 원고에 대해서는 법인세법상 비영리내국법인에 관한 규정이 적용된다.

그러므로 원고가 조합원들에게 토지 및 건축물을 분양하여 얻은 수입이 비영리법인의 과세대상인 각 사업연도의 소득, 즉 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는지 여부에 관하여 보건대, 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 조세특례제한법 시행령 제104조의4에서는 도시정비법상의 정비사업조합이 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없으므로, 이에 대하여 법인세를 부과할 수 없다.

이에 대하여 피고는 위 시행령에서 말하는 조합원분양사업은 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우만을 가리킨다고 주장하나, 위 시행령 규정을 이와 같이 축소해석할 합리적인 근거를 찾을 수 없고, 오히려 이와 같이 해석한다면 조합원분양사업의 익금과 손금은 항상 동일할 것이므로 조합원분양사업에 관하여 과세대상이 아니라고 특별히 규정할 이유도 없다.

② 또한, 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제한 금액을 말하는데(법인세법 제14조 제1항), 여기서의 익금은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로서, 자본 또는 출자의 납입은 익금에서 제외되고(법인세법 제15조 제1항), 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로서, 자본 또는 출자의 환급은 손금에서 제외되며(법인세법 제19조 제1항), 구체적인 익금과 손금의 범위에 관해서는 법인세법 시행령에서 정하고 있다.

그러므로, 설령 피고가 주장하는 바와 같이 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우를 제외한 나머지 경우를 수익사업으로 본다고 하더라도, 재건축조합이 조합원들에게 토지 및 건축물을 공급하고 조합원들이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 대지 또는 건축물의 가격의 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하거나 조합에 지급하는 것을 법인세법이 정하는 조합의 ⁠‘순자산을 증가 또는 감소시키는 거래’로 보아 익금 또는 손금에 산입할 것인지, 또는 출자의 납입 또는 환급으로 보아 제외시킬 것인지에 관하여 본다.

재건축조합의 사업은 조합설립에 동의한 토지 및 건물의 소유자들을 조합원으로하여 이들로부터 토지 및 건물을 현물출자 받아 건물을 신축한 후 이를 조합원들에게 공급하는 사업인바, 조합원이 현물출자한 가액에 미달하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합으로부터 수령하는 경우 그 청산금이 출자의 환급에 해당함은 분명해 보이므로, 그 반대의 경우 즉, 조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 조합에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입이라고 봄이 타당하다. 뿐만 아니라, 원고 조합은 토지 등 소유자들을 구성원으로 하는 법인인 단체로서, 법인세법에서 말하는 익금은 법인의 순자산을 증가시키는 ⁠‘거래’를 전제로 하는 것인데, 원고 조합과 그 조합원들 사이에 현물출자 이외에 어떠한 별도의 ⁠‘거래’가 있다고 보기도 어렵고, 법인세법 시행령에 의하더라도 위와 같은 청산금을 익금의 범위에 포함시킬 근거가 될 만한 규정을 찾을 수 없다.

③ 따라서 원고가 자기 지분을 초과하여 분양을 받은 조합원으로부터 받은 조합원 청산금은 법인세 과세대상에서 제외된다고 보아야 한다.

⑵ 정비기반시설 토지가격 차액에 관한 판단

㈎ DD주택공사가 1984년 AAAA아파트를 신축하면서 공원 및 도로 부지에 해당하는 CC C구 FF동 836-2, 839-2, 905-4, 905-5의 4필지 토지 총 8,397㎡를 CC광역시 C구에 기부채납한 사실, 원고는 이 사건 공사를 통해 위 4필지 토지를 대지로 조성하여 분양하는 한편, 이 사건 공사로 재조성한 도로 및 공원 부지에 해당하는 CC C구 FF동 955-1 외 8필지 토지 총 9331.1㎡를 CC광역시 C구에 기부채납한 사실(갑 제7호증에는 원고가 CC광역시 C구에게 도로 5734.1㎡, 공원 3547.1㎡, 공공용지 316㎡, 합계 9597.2㎡를 무상귀속시킨 것으로 되어 있는데, 갑 제4호증에는 도로 5573.7㎡, 공원 3441.4㎡, 공공용지 316㎡, 합계 9331.1㎡를 무상귀속시키고 그에 대한 감정평가가 이루어진 것으로 되어 있어 무상귀속시킨 토지의 면적이 서로 불일치하므로, 그 중 값이 더 작고 실제로 감정평가가 이루어진 면적으로 사실관계를 정리한다), 그런데 원고가 CC광역시 C구에 기부채납한 토지의 가액은 9,806,299,500원으로, CC광역시 C구로부터 무상양도 받은 토지의 가액 8,743,785,600원보다 1,062,513,900원 더 많은 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2, 4, 6 내지 9호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

㈏ 별지 관계법령에서 보는 바와 같이 도시정비법 제65조 제2항에서는 시장·군수 또는 주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고(이하 ⁠‘전단규정’이라고 한다), 정비사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 그가 새로이 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 사업시행자에게 무상으로 양도된다(이하 ⁠‘후단 규정’이라고 한다)고 규정하고 있는데, 위 규정 중 특히 후단 규정은 민간 사업시행자에 의해 새로 설치된 정비기반시설이 전단 규정에 따라 관리청에 무상으로 귀속됨으로 인해 야기되는 사업시행자의 재산상 손실을 고려하여 그 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설을 그 사업시행자에게 무상으로 양도되도록 하여 위와 같은 재산상의 손실을 합리적인 범위 안에서 보전해 주고자 하는 데 그 입법 취지가 있다(대법원 2007. 4. 13. 선고 2006두11149 판결 등 참조).

살피건대, 원고와 같은 민간 사업시행자는 정비사업의 일부로서 정비기반시설을 설치하여 이를 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속시킬 의무가 있으므로, 이러한 정비기반시설 설치를 위하여 소요되는 비용(토지비, 공사비 등) 중 도시정비법 제65조 제2항에 따라 무상양도 받는 국가나 지방자치단체 소유 정비기반시설의 가액에 해당하는 부분을 제외한 나머지는 법인세 산정에 반영되어야 할 것인바(전체 사업구역내 토지 중 무상양도 받은 정비기반시설을 제외한 나머지 부분에 대하여는 그 토지를 취득하는 데에 비용이 들고, 그 부분 토지비 상당액은 이후 분양수입의 형태로 조합에 다시 귀속되는데, 무상양도 받은 것보다 더 큰 면적의 정비기반시설을 기부채납 함에 따라 그 가치의 차액만큼 분양수입이 감소하게 된다), 그 중 공사비에 해당하는 부분은 이미 이 사건 처분에 반영되어 있으므로, 그 나머지 토지비에 해당하는 위 차액 부분을 반영하여 법인세를 재산정 함이 타당하다.

⑶ 소결론

따라서 이 사건 처분은 과세표준을 과다하게 산정한 위법한 처분이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하되, 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이나(대법원 2015. 9.10. 선고 2015두622 판결 등 참조), 이 사건의 경우 정당한 세액의 계산에 필요한 자료가 제출되어 있지 않으므로, 이 사건 처분 전부를 취소한다.

출처 : 부산고등법원 2018. 07. 20. 선고 부산고등법원 2018누20238 판결 | 국세법령정보시스템