요지

이 사건 부가가치세 신고행위는 2012두22485 전원합의체 판결로 판례가 변경되기 전의 종래 대법원판례에 따른 것으로서 법 해석에 합리적인 다툼의 여지가 있는 부분에 관하여 납세의무가 있는 것으로 오인하여 부가가치세를 자진 납부한 것에 불과하여 당시에 그 하자가 명백하였다고는 보기 어렵다

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 1,000,000,000원 및 이에 대하여 2014. 8. 19.부터 2015. 3. 5.까지는

연 2.9%, 2015. 3. 6.부터 2016. 3. 6.까지는 연 2.5%, 2016. 3. 7.부터 2017. 3. 14.까지 는 연 1.8%, 2017. 3. 15.부터 이 사건 소장부본 송달일까지는 연 1.6%, 그 다음날부터

다 갚는 날까지는 연 15%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

이 유

1. 기초사실

가. 원고와 한국토지신탁, AAA건설 사이의 토지신탁사업약정 등

1) 원고는 부동산개발 및 주택건설 사업을 영위하는 법인으로서 2006사업연도부터

FF 중구 CC동 688번지 일원(CC토지구획정리사업지구 50블록 1, 2, 3 롯트, 이하

‘이 사건 토지’라 한다)에 ⁠‘BBDD 아파트’ 총 1,022세대(이하 ⁠‘이 사건 아파트’라 한

다)를 건설하면서 이를 분양하였다.

2) 원고는 2005. 3. 31.경 주식회사 한국토지신탁(이하 ⁠‘한국토지신탁’이라 한다)과

사이에, 원고를 위탁자, 한국토지신탁을 수탁자로 하여 원고가 한국토지신탁에게 이 사

건 토지를 신탁하고, 이 사건 토지 위에 건물을 신축하여, 이 사건 토지 및 신축 건물 을 신탁재산으로 하여 이를 분양하기로 하는 분양형 토지신탁계약을 체결하였다(갑 제

2호증의 1).

3) 원고는 같은 날 AAA건설 주식회사(이하 ⁠‘AAA건설’이라 한다) 및 한국토지

신탁과 사이에, 원고를 위탁자, AAA건설을 시공자, 한국토지신탁을 수탁자로 하고,

신탁등기된 이 사건 토지에 건물 신축 및 분양사업을 수행하기로 하는 토지신탁사업약

정서를 체결하였고, 이후 위 토지신탁사업약정서의 일부 조항을 수정하여 2005. 11. 3.

경, 2006. 11. 2.경, 2007. 1. 8.경 각 토지신탁사업변경약정서를 체결하였다(갑 제2호증

의 2 내지 5).

나. 원고의 법인세 납부와 분양계약 해제에 따른 법인세경정청구 및 FF세무서장의

거부처분

1) 원고는 2007사업연도, 2008사업연도, 2009사업연도에 이 사건 아파트 중 990세

대를 분양하였고, 이 사건 아파트의 분양예정가액, 분양계약률, 작업진행률, 누적된 실

제발생비용, 분양원가 등을 기준으로 2007사업연도, 2008사업연도, 2009사업연도 법인

세를 신고․납부하였다.

2) 그런데 2010사업연도에 이 사건 아파트 중 558세대의 분양계약이 수분양자들

의 계약조건 미이행 등에 따라 해제되었다. 이로 인하여 이 사건 아파트의 분양계약률 이 96.1% 정도에서 32.1% 정도로 감소하였는바, 원고는 이와 같이 감소한 분양계약률 을 기준으로 2007사업연도, 2008사업연도, 2009사업연도 법인세를 재산정하여, 그 결

과에 따라 2010. 12. 9. 피고에게 ⁠‘2008사업연도 법인세에 관하여 9,497,591,270원의

환급세액, 2009사업연도 법인세에 관하여 1,883,445,290원의 환급세액이 발생하였으니

이를 환급해 달라’는 내용의 경정청구를 하였다.

3) 피고는 2011. 1. 11. ⁠‘계약해제로 인한 분양수익과 분양원가는 분양계약 해제일 이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 것’이라는 이유로 위 경정청구를 거부

하는 처분(이하 ⁠‘법인세경정거부처분’이라 한다)을 하였다.

다. 법인세경정거부처분 취소소송 제기 및 그 경과

1) 원고는 2011. 7. 15. FF지방법원 2011구합3450호로 FF세무서장이 원고에게

한 법인세경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, FF지방법원은 원고의

청구를 기각하였고(갑 제3호증의 1), 이에 원고가 서울고등법원 2012누3165호로 항소

하였으나 서울고등법원은 원고의 항소를 기각하였다(갑 제3호증의 2). 원고가 다시 대

법원 2013두12829호로 상고하였는데, 대법원은 2014. 3. 13. ⁠“이 사건 분양계약의 해제 는 원고가 그에 대하여 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로

법인세를 계속하여 신고해 왔다고 볼 증거가 없는 이상, 구 국세기본법 시행령 제25조

의2 제2호에서 정한 ⁠‘해제권의 행사로 인한 계약의 해제’에 해당하여 후발적 경정청구

사유가 된다고 봄이 타당하다.”라고 판시하면서 원심판결을 파기하고 위 사건을 서울

고등법원에 환송하였다(갑 제3호증의 3).

2) 피고는 위 대법원 판결 취지에 따라 2014. 8. 1. 법인세경정거부처분을 직권으 로 취소하는 내용의 결정을 하고 이를 원고에게 통지하였다(갑 제4호증의 1 내지 3).

3) 파기환송 후 항소심인 서울고등법원(2014누3558호)은 2014. 9. 4. 위와 같은 사

실을 전제로 법인세경정거부처분의 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다고 보아

제1심 판결을 취소하고 위 소를 각하하였다(갑 제3호증의 4).

라. 원고의 부가가치세 신고 등

1) 한편 한국토지신탁은 2010. 6. 29.경 농업협동조합중앙회(EEEBBDD사모부

동산투자신탁 제1, 2호의 신탁업자) 및 주식회사 EEE자산운용(EEEBBDD사모부

동산투자신탁 제1, 2호의 집합투자업자)에게 이 사건 아파트 중 미분양분 및 해제분

합계 583세대를 일괄매도하는 내용의 매매계약을 체결하였다(갑 제8호증의 1 내지 4).

2) 원고는 2010. 7. 26.경 위 583세대 중 부가가치세 신고대상인 536세대에 관하

여 2010년 상반기 부가가치세로 14,307,773,914원을 신고하였고(갑 제7호증의 1, 을 제

1호증) 2010. 11. 9.경 위 부가가치세를 14,321,040,606원로 경정신고하였다(갑 제7호증

의 2, 이하 위 신고 및 경정신고를 통틀어 ⁠‘이 사건 부가가치세 신고행위’라고 한다).

3) FF세무서장은 2010. 12. 1.경 원고에게 2010년 상반기 부가가치세 신고·무납

부세액 14,857,192,433원(미납세액 14,307,773,914원 + 가산세액 549,418,518원, 이하

‘이 사건 부가가치세 채무’라 한다)에 대하여 납부기한을 2010. 12. 30.로 하여 무납부

고지를 하였다(을 제2호증, 이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 법인세 환급금 충당

FF세무서장은 2014. 8. 18. 위 2014. 8. 1.자 법인세경정거부처분 직권취소결정 에 따라 원고에게 환급하여야 할 법인세 환급금 14,526,007,480원(환급금

12,487,604,690원 + 환급가산금 2,038,402,790원, 이하 ⁠‘이 사건 법인세환급금’이라 한

다)을 원고의 피고에 대한 이 사건 부가가치세 채무 중 대등액에 충당(이하 ⁠‘이 사건

충당’이라 한다)하였다(갑 제6호증).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 8호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포

함, 이하 같다), 을 제1 내지 5호증의 각 기재, 이 법원의 과세정보제출명령에 대한

FF세무서장의 회보결과, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

가. 원고의 주장

대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결에 따르면, 부동산 신탁거

래에 있어서 신탁재산 처분에 따른 부가가치세법상 납세의무자는 수탁자(한국토지신

탁)이므로, 이 사건 부가가치세 신고행위는 과세대상이 되는 법률관계가 없는 자가 신

고한 것으로서 당연무효이고, 이에 기초한 이 사건 부가가치세 채무 역시 발생하지 않

으므로, 이 사건 충당은 효력이 없다. 또한 설령 이 사건 부가가치세 신고행위가 당연

무효가 아니라 하더라도, 피고로부터 이 사건 충당 통지를 받은 사실이 없으므로 이

사건 충당은 국세기본법 관련 규정에 따른 방법과 절차에 위반되어 무효이다.1)

따라서 피고는 원고에게 이 사건 법인세환급금 14,526,007,480원을 환급할 의무가

있으므로, 그 중 일부로서 원고가 구하는 10억 원 및 이에 대한 환급가산금을 지급할

의무가 있다.

나. 피고의 주장

위 대법원 2012두22485 전원합의체 판결은 종래 판결을 소급적으로 변경하여야

할 반성적 고찰을 한 것이 아니므로 소급 적용되어서는 안 되고, 이 사건 부가가치세

신고행위 및 이 사건 충당은 종래의 대법원 판례와 이를 기초로 한 과세실무에 따른

것으로서 그 하자가 중대하거나 명백하지 않아 당연무효라고 볼 수 없다. 또한 이 사

건 충당은 국세기본법 관련 규정에 따라 적법하게 이루어졌고, 설령 일부 절차상 하자 가 있다고 하더라도 당연무효라고 볼 수 없으므로, 원고의 청구에 응할 수 없다.

3. 판단

가. 이 사건 부가가치세의 납세의무자 및 신고행위의 당연무효 여부

1) 이 사건 부가가치세의 납세의무자

부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지는 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이

익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단

하여야 한다. 수탁자가 위탁자로부터 이전받은 신탁재산을 관리․처분하면서 재화를

공급하는 경우에 수탁자 자신이 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 계약당

사자가 되어 신탁업무를 처리한 것이므로, 이때의 부가가치세 납세의무자는 재화의 공

급이라는 거래행위를 통하여 그 재화를 사용․소비할 수 있는 권한을 거래상대방에게

이전한 수탁자로 보아야 하고, 그 신탁재산의 관리․처분 등으로 발생한 이익과 비용 이 거래상대방과 직접적인 법률관계를 형성하지 아니한 위탁자나 수익자에게 최종적으 로 귀속된다는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다[대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두

22485 전원합의체 판결(이하 ⁠‘2012두22485 전원합의체 판결’이라 한다) 참조].

제1항 기재 기초사실을 위 법리에 비추어 보면, 한국토지신탁은 위탁자인 원고 와 분양형 토지신탁계약을 체결한 수탁자로서, 위 신탁계약을 원인으로 취득한 신탁재

산인 이 사건 아파트에 관한 관리․처분권한에 기초하여 농업협동조합중앙회 및 주식

회사 EEE자산운용에게 부가가치세 신고대상인 위 아파트 536세대를 공급하는 거래

행위를 한 것이므로, 위 아파트 공급에 따라 발생하는 부가가치세 납세의무를 부담하 는 자는 원칙적으로 수탁자인 한국토지신탁으로 보아야 한다. 따라서 이 사건 부가가

치세 신고행위는 납세의무자가 아닌 자가 한 하자 있는 신고행위에 해당한다.

따라서 만일 이 사건 부가가치세 신고행위가 당연무효에 해당한다면, 위 신고행

위에 기초한 이 사건 처분2)이나 이 사건 충당 역시 무효로서 피고는 원고에게 이 사

건 법인세환급금 및 이에 대한 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2) 이 사건 부가가치세 신고행위의 당연무효 여부

가) 관련 법리

부가가치세 등과 같은 신고납부방식의 조세의 경우에는 원칙적으로 납세의무

자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으 로 확정되고, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는

것이며, 국가는 그와 같이 확정된 조세채권에 기하여 납부된 세액을 보유하므로, 납세

의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 되지 아니하는 한 그

것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없고, 여기에서 신고행위의 하자가 중대하고

명백하여 당연무효에 해당하는지의 여부에 대하여는 신고행위의 근거가 되는 법규의

목적, 의미, 기능 및 하자 있는 신고행위에 대한 법적 구제수단 등을 목적론적으로 고

찰함과 동시에 신고행위에 이르게 된 구체적 사정을 개별적으로 파악하여 합리적으로

판단하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81257 판결 등 참조).

한편, 신고납부방식의 조세채무와 관련된 과세요건이나 조세감면 등에 관한

법령의 규정이 특정 법률관계나 사실관계에 적용되는지 여부가 법리적으로 명확하게

밝혀져 있지 아니한 상태에서 과세관청이 그중 어느 하나의 견해를 취하여 해석·운영

하여 왔고 납세의무자가 그 해석에 좇아 과세표준과 세액을 신고·납부하였는데, 나중에

과세관청의 해석이 잘못된 것으로 밝혀졌더라도 그 해석에 상당한 합리적 근거가 있다 고 인정되는 한 그에 따른 납세의무자의 신고·납부행위는 하자가 명백하다고 할 수 없

어 이를 당연무효라고 할 것은 아니다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2012다23382 판결, 대

법원 2015. 4. 9. 선고 2012다69203 판결 등 참조).

나) 판단

앞서 든 증거들과 을 제6, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인

정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 부가가

치세 신고행위는 2012두22485 전원합의체 판결로 판례가 변경되기 전의 종래 대법원

판례에 따른 것으로서 법 해석에 합리적인 다툼의 여지가 있는 부분에 관하여 납세의

무가 있는 것으로 오인하여 부가가치세를 자진 납부한 것에 불과하여 당시에 그 하자 가 명백하였다고는 보기 어렵다. 따라서 이 사건 부가가치세 신고행위를 당연무효라고

볼 수 없어 이를 전제로 하는 원고의 이 부분 주장은 나아가 살필 필요 없이 이유 없

다.

① 이 사건 부가가치세 신고행위 당시의 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제

11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조 제1항은 ⁠“재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.”라고 규

정하고 있을 뿐 신탁관계에 대한 별도의 규정을 두지 않고 있어 해석상 다툼의 여지가

있었다[참고로 2012두22485 전원합의체 판결 선고 후인 2017. 12. 19. 법률 제15223호 로 개정된 부가가치세법 제10조 제8항으로 ⁠“신탁재산을 수탁자의 명의로 매매할 때에 는 신탁법 제2조에 따른 위탁자(이하 "위탁자"라 한다)가 직접 재화를 공급하는 것으 로 본다. 다만, 위탁자의 채무이행을 담보할 목적으로 대통령령으로 정하는 신탁계약을

체결한 경우로서 수탁자가 그 채무이행을 위하여 신탁재산을 처분하는 경우에는 수탁

자가 재화를 공급하는 것으로 본다.”라는 규정이 신설되었다].

② 2017. 5. 18. 위 전원합의체 판결이 선고되기 전 대법원은 신탁재산의 공급 에 따른 부가가치세의 납세의무자는 그 처분 등으로 발생한 이익과 비용이 최종적으로

귀속되는 신탁계약의 위탁자 또는 수익자가 되어야 한다는 일관된 입장을 취하여 오고

있었고(대법원 2003. 4. 22. 선고 2000다57733, 57740 판결, 대법원 2003. 4. 25. 선고

99다59290 판결, 대법원 2003. 4. 25. 선고 2000다33034 판결, 대법원 2006. 1. 13. 선 고 2005두2254 판결, 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두8372 판결 등 참조), 당시 과

세실무도 위와 같은 종래의 대법원 판례를 기초로 이루어지고 있었다.

③ 이 사건 부가가치세 신고행위에 대한 법적 구제수단으로 국세기본법 규정 에 따른 경정청구, 이의신청, 심사청구, 심판청구 및 행정소송법에 따른 거부처분 취소

소송 등 불복절차가 있었음에도 불구하고, 원고는 이러한 불복절차를 밟지 않다가 그

신고일로부터 약 7년 지난 이후에 비로소 이 사건 부가가치세 신고행위가 당연무효라 고 주장하며 이 사건 소를 제기하였다(한편, 이 사건 부가가치세 신고행위가 종래의 대

법원 판례에 따른 것이라고 하여, 그 신고행위의 하자를 다툴 법적 구제수단이 없었다 고 보기 어렵다).

④ 원고가 이 사건 부가가치세 신고행위가 당연무효라는 근거로 들고 있는 대

법원 2017. 11. 14. 선고 2014두47099 판결은, 위탁자가 기존 채무의 이행을 담보하기

위하여 수탁자에게 재산을 신탁하면서 채권자를 수익자를 지정하는 경우 위탁자의 수

익자에 대한 별도의 재화의 공급이 존재함을 전제로 부가가치세를 신고한 사안인 반

면, 2012두22485 전원합의체 판결 및 이 사건은 이익 등 귀속주체를 전제로 한 신탁재

산 관리․처분 단계에서의 부가가치세 납세의무자에 관한 해석이 문제되는 사안이어

서, 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

나. 국세환급금 충당의 방법 내지 절차 위반 여부

1) 관계 법령 및 법리 이 사건 충당 당시 시행되던 국세환급금 충당에 관한 국세기본법 등 관계 법령 은 별지 기재와 같다. 한편, 국세환급금의 충당은 국세기본법 제51조 제2항, 같은 법

시행령 제31조 등에 그 요건이나 절차, 방법이 따로 정하여져 있고 그 효과로 같은 법

제26조 제1호가 납세의무의 소멸을 규정하고 있으나, 그 충당이 납세의무자가 갖는 환

급청구권의 존부나 범위 또는 소멸에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이라기

보다는 국가의 환급금 채무와 조세채권이 대등액에서 소멸되는 점에서 오히려 민법상

의 상계와 비슷하고, 소멸대상인 조세채권이 존재하지 아니하거나 당연무효 또는 취소

되는 경우에는 그 충당의 효력이 없는 것으로서 이러한 사유가 있는 경우에 납세의무

자로서는 충당의 효력이 없음을 주장하여 언제든지 민사소송에 의하여 이미 결정된 국

세환급금의 반환을 청구할 수 있다고 할 것이므로, 이는 국세환급결정이나 그 국세환

급신청에 대한 거부결정과 마찬가지로 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 할 수 없고

(대법원 1994. 12. 2. 선고 92누14250 판결, 대법원 2005. 6. 10. 선고 2005다15482 판

결 등 참조), 국세기본법 제51조 제2항에 의한 국세환급금의 충당이 있으면 환급금채

무와 조세채권은 대등액에서 소멸하고, 다만 충당의 효력은 그 행위가 행하여진 날로

부터 장래에 향하여서만 발생한다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2009다75055 판결 등 참

조).

2) 이 사건의 경우

앞서 든 증거들과 을 제3호증 내지 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합

하면, FF세무서장은 2014. 8. 18. 충당일, 환급할 국세, 국세환급금으로 충당한 국세

등을 특정하여 원고에 대한 법인세 환급금을 체납세액인 이 사건 부가가치세에 충당하 는 결의를 하고, 위와 같은 내용과 충당결의서 번호(201408-121F00025-0000041)가 기

재된 국세기본법 시행규칙 별지 제19호 서식에 따른 국세환급금 충당통지서(을 제5호

증3))를 원고 회사의 본점소재지로 일반우편으로 송달한 사실을 인정할 수 있는바,4) 앞

서 본 국세환급금 충당행위의 성질이나 효력 등에 비추어 설령 위 통지서가 원고 회사 에 실제 도달하지 아니하였다고 하더라도 그 사정만으로 이 사건 충당행위가 별지 관

계 법령에서 정한 방법이나 절차에 위반되어 무효라고 보기는 어렵다.

뿐만 아니라, 원고는 이 사건 충당일 직전에 FF세무서장으로부터 법인세경정

거부처분을 직권으로 취소하는 내용의 2014. 8. 1.자 경정청구 처리결과 통지서(갑 제4

호증의 1)를 실제 송달받은 것으로 보이는 점, 이 사건 충당 당시는 원고가 FF세무

서장을 상대로 제기한 법인세경정거부처분 취소 사건의 파기환송심이 서울고등법원

(2014누3558호)에 소송계속 중인 상태였고, 위 파기환송심에서 경정거부처분이 직권취

소 되었다는 이유로 2014. 9. 4. 소각하 판결이 선고되었음에도, 원고는 위 판결선고일

로부터 약 3년이 지난 시점에서야 법인세 환급금 청구의 이 사건 소를 제기한 점, 이

사건 충당일 무렵 원고의 대표자 윤HH의 배우자인 김II, 원고의 직원 최JJ 과장

등은 FF세무서 법인세과 사무실에서 담당공무원 정GG을 수차례 만나 법인세환급금 이 이 사건 부가가치세에 충당된다는 설명을 직접 듣기도 한 것으로 보이는 점(을 제3

호증) 등의 사정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 충당일 직후 국세환급금 충당통지서를

실제 송달받았을 것으로 추인할 수 있다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울중앙지방법원 2018. 06. 14. 선고 서울중앙지방법원 2017가합561020 판결 | 국세법령정보시스템