요지

원고가 거래처로부터 계좌이체로 지급받은 돈에 대응하는 물품을 실제로 매입하였는지 또는 가공거래임에도 허위의 매입 세금계산서를 교부받은 것인지 여부

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 한 별지 처분내역 기재 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 이 사건 처분의 경위

가. 원고는 ⁠‘△△△△공업’이라는 상호로 1988. 4. 1. 개업을 한 이래 공업용 수세미 등을 원재료로 하여 특수연마제를 생산하는 제조업을 영위하고 있다.

나. 원고는 ⁠‘□□산업사’라는 상호로 수세미 생산업을 하는 김◇◇으로부터 공업용 수세미를 매입하여 왔는데, 2003년부터 2010년까지 김◇◇으로부터 수취한 공업용 수세미에 관한 매입세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라고 한다)의 매입세액을 매출 세액에서 공제하는 방식으로 2003년 제1기분부터 2010년 제2기분까지 각 과세기간의 부가가치세를 신고하고, 이 사건 세금계산서상의 공급가액 상당액을 필요경비에 산입한 후 2003년부터 2010년까지 각 과세연도의 종합소득세를 신고하였다.

다. 피고는 원고에 대하여 2003년부터 2010년까지를 과세대상기간(이하 ⁠‘이 사건 과 세기간’이라 한다)으로 하는 세무조사를 실시한 후, ① 이 사건 세금계산서에 기재된 공업용 수세미 공급가액 0,000,000,000원 중 0,000,000,000원(= 위 0,000,000,000원 - 원고로부터 계좌이체를 통하여 김◇◇에게 지급되었음이 확인된 거래대금 0,000,000,000원 - 원고와 김◇◇의 합의에 따라 지급하지 않기로 한 거래대금 0,000 만 원 - 이 사건 과세기간 동안 누적된 절사금액인 0,000원1), 이하 ⁠‘이 사건 매입액’이 라고 한다)은 사실과 다르게 적힌 공급가액으로 보고 이에 관한 매입세액(부가가치세 법 제39조 제1항 제2호, 제32조 제1항 제3호 참조)을 매출세액에서 공제하지 아니하는 1) 피고가 원고와 김◇◇ 사이의 가공거래금액을 계산하면서 천원 단위 미만의 금액은 절사하였다.

한편, ② 원고의 사업소득에서 이 사건 매입액을 필요경비로 공제하지 아니하고 소득세 과세표준을 000,000,000원에서 0,000,000,000원으로 경정한 후 부가가치세와 종합소득세를 경정·고지하는 별지 처분내역 기재 각 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라고 한다)을 하였다.

라. 이에 원고는 2014. 6. 20. 이의신청을 거쳐 2014. 9. 22. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 4. 23. 이 사건 매입 액 전부가 사실과 다르게 적힌 경우에 해당한다고 단정하기 어렵다는 이유로 ⁠‘피고가 원고에게 한 이 사건 각 처분은 원고가 2003년 제1기부터 2010년 제2기까지 부가가치 세 과세기간 동안 김◇◇으로부터 수취한 이 사건 매입액에 관한 세금계산서가 실물거 래 없이 사실과 다르게 작성된 세금계산서인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.’는 내용의 재조사결정(국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제3호 참조)을 하였다.

마. 피고는 위와 같은 재조사결정 후에도 당초 피고의 세무조사 결과가 정당한 것으로 판단하여 2015. 6. 15. 이 사건 각 처분을 그대로 유지한다는 취지의 재조사결과를 원고에게 통지하였고, 원고는 2015. 7. 14. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 9, 14, 17, 20호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는, 원고가 김◇◇으로부터 실제로 공업용 수세미를 매수하고서 적법하게 이 사건 세금계산서를 교부받은 것이므로, 피고가 이 사건 매입액에 해당하는 공업용 수세미 매입이 가공거래로서 이 사건 세금계산서 중 이 사건 매입액 부분이 허위로 작성된 것이라는 이유로 이 사건 각 처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 종전부터 김◇◇ 운영의 □□산업사로부터 연마제 제품을 전량 공급받 아 왔는데, 그 중 ① 소매용 연마제는 가정용 수세미로서 □□산업사에서 생산하여 재단(裁斷)까지 마쳐 박스로 포장된 것을 그대로 매입하는 거래를 하였던 반면, ② 제조용 연마제(공업용 수세미)에 관하여는 원고가 그 제품의 두께 등 사양을 결정하였을 뿐만 아니라 그 생산 당시 □□산업사의 공장으로 직접 가서 화학약품처리 등 생산 공정에 관여하고 완성품을 실어가는 방식으로 임가공 거래를 하였다(공업용 수세미는 롤형태의 원단으로 제조된 것으로서 원고가 이를 특수연마제로 재가공하여 타에 판매하였다).

2) 그 후 원고가 전@@, 장○과 함께 2011. 12.경 ○○시 ○○면 ○○리 000에서 ◈◈산업사를 설립하여 그 무렵부터 ◈◈산업사로부터 공업용 수세미를 공급받기 시작하면서 김◇◇과의 거래가 중단되었다.

3) 피고는 김◇◇의 원고에 관한 탈세 제보에 따라 2014. 1.경 원고에 대한 세무조 사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라고 한다)에 착수하였는데, 당초 세무조사기간은 2014. 1. 16.부터 2014. 2. 4.까지, 세무조사대상기간은 2008년 제1기부터 2011년 제2기까지였으나 그 후에 세무조사기간은 2014. 1. 16.부터 2014. 4. 15.까지로 연장되었고, 세무조사 대상기간은 2003년 제1기부터 2011년 제2기까지로 확대되었다.

4) 원고가 김◇◇으로부터 공업용 수세미를 공급받을 당시 원고 운영 ○○○○공업의 부사장으로서 회계업무를 담당한 김##은 김◇◇에게 팩스로 ⁠‘김◇◇이 원고에 게 발행하여야 할 공업용 수세미에 관한 매입세금계산서’에 기재될 ⁠‘공급일자, 품목, 규격, 수량, 공급가액, 세액, 합계금액’이 기재된 종이를 약 3개월 단위로 발송하여 왔고, 이에 근거하여 김◇◇은 원고에게 공업용 수세미에 관한 3개월 분 정도의 매입세금계산서(청구용 또는 영수용)를 한꺼번에 발행하였으며, 그 당시 김◇◇이 원고에게 이러 한 매입세금계산서의 발행이나 그 기재내용에 관하여 별다른 이의를 제기한 적은 없었다.

5) 원고와 김◇◇은 공업용 수세미 거래에 관한 외상대금을 회계상 미지급금으로 남겨두었다가 다음 과세기간에 결제하기도 하는 등의 외상거래를 하기도 하였고, 원고가 김◇◇에게 2003. 6. 15. 0,000만 원, 2005. 2. 2. 0,000만 원 합계 0억 원 대여하였다가 2007. 8. 27. 그 중 원금 0,000만 원을 변제받고 2008. 10. 14. 위 대여금채권 중 원금 2,000만 원 부분과 김◇◇의 원고에 대한 거래대금채권 0,000만 원을 상계하는 형식으로 정산하는 금전거래를 한 바도 있었다.

6) 원고와 김◇◇이 2011. 9. 9. 작성한 ⁠“△△△△공업에서 태성에 지급해야 할 금 액정산 내역(갑 제1호증)”에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

가) 2010. 12. 31. 기준으로 원고가 김◇◇에게 미지급한 수세미 거래대금이150,862,170원(부가가치세 포함)이다.

나) 위 가)항 거래대금 150,862,170원과 그 이후인 2011년 1월경부터 2011년 9

월경까지 원고가 김◇◇으로부터 매입한 수세미 거래대금의 합계액은 000,000,000원 상당인데 이 중 0억 0,000만 원만 결제된 상태여서 미결제금액이 000,000,000원이다.

다) 위와 같은 거래대금 외에도 원고가 김◇◇에게 추가로 ⁠“창고세 분담금, 건조비, 기계제작 미지급금” 명목으로 지급하여야 할 돈이 0,000만 원이다.

라) 원고는 2011. 9. 9. 당시 김◇◇에 대하여 위 나), 다)항과 같이 결제할 거래 대금 등에서 김◇◇의 원고에 대한 기존 차용금채무액 0,000만 원, 초과 지급한 공업용 수세미(품명 : R-806)대금 000만 원 및 대여금 이자 등의 합계액 00,000,000원을 공제한 나머지 000,000,000원의 채무를 부담한다.

7) 이 사건 과세기간 동안의 원고와의 거래 및 세금계산서 발행에 관하여 김◇◇ 은, 이 사건 세무조사 당시 아래 가)항과 같은 취지로 진술하였고, 이 법정에서 아래 나)항과 같은 취지로 증언하였다.

가) ⁠“□□산업사에서는 가정용, 공업용 수세미를 제조하여 원고에게 공급하였는데, 공업용 수세미에 관한 매출세금계산서를 실제보다 많이 발행하였고, 그 거래대금은 즉시 결제를 받았기 때문에 공업용 수세미에 관하여 별도로 외상매출금을 관리하지는 않았다. 원고 외 다른 거래처로부터는 거래대금을 현금, 어음 등으로 받기도 하였으나, 원고로부터는 김◇◇ 명의의 국민은행 계좌(계좌번호 : 000000000000)로 거래대금을 이체받기만 하였고 그 외에는 거래대금을 받은 적이 없고 계좌이체로 거래대금을 받은 제품 외에는 제품을 공급한 적도 없다. 실제보다 과다하게 매출세금계산서를 발행하다 보니 가공 매입세금계산서를 발급받기도 하였다.”

나) ⁠“가정용, 공업용 수세미를 제조하여 원고에게 공급하였는데, 가정용 수세미 의 생산에 관하여는 매출장부에 기입하고 세금계산서도 공급량을 사실대로 기재하여 발행하였으나, 공업용 수세미에 관하여는 매출장부, 거래명세서, 거래전표, 매출원장, 금전출납부 등을 작성한 바 없고 △△△△공업의 부사장 김##이 세금계산서에 관한 팩스를 보내오면 그 내용에 맞춰서 세금계산서를 발행하였는데 이는 실제 공급량보다 많은 공급량이 기재된 허위의 세금계산서였다. □□산업사의 직원이 공업용 수세미의 출하량을 기재한 쪽지를 작성하여 주면 이를 통하여 공업용 수세미의 출하량을 확인하였는데, 현재는 위 쪽지를 보관하지 않고 있고, 이 사건 세무조사 당시 피고에게 제출한 적도 없다. 공업용 수세미에 관하여는 허위의 세금계산서를 발행함에 따라 실제 원고로부터 징수한 부가가치세보다 더 많은 부가가치세를 피고에게 신고·납부하였으며 그로 인한 손해는 스스로 감당하였고 원고로부터 전보받지는 못하였다.”

8) □□산업사에서 세무·회계를 담당하면서 직접 이 사건 세금계산서를 작성한 박 ◉◉은 이 법정에서 아래와 같은 취지로 증언하였다.

‘△△△△공업에서 세금계산서 발행에 관한 팩스가 오면 김◇◇의 지시를 받아 세금계산서를 발행하였는데, 위와 같이 팩스로 전송받은 종이에 기재된 공업용 수세미 공급량이 실제 공급량보다 많은 것 같아서 김◇◇에게 보고하여도, 김◇◇은 ○○○○공업에서 요구하는 대로 세금계산서를 발행해주라고 지시했다. 그래서 △△△△공업에서 팩스로 전송받은 종이의 기재대로 계산서를 발행해줬을 뿐이고, 공업용 수세미에 관련된 거래대금의 수수 등에 관하여는 전혀 알지 못한다. 공업용 수세미에 관한 매출 장부, 거래대금에 관한 장부도 기록하거나 관리한 적이 없고, 매출액과 미수금도 장부 등에 기록한 바 없다.’

9) 김◇◇에 고용되어 2010년경까지 □□산업사의 전무이사직에 있다가 현재는 원 고와 동업으로 ◈◈산업사를 운영하고 있는 전@@은 이 법정에서 ⁠‘원고가 김◇◇에게 현금으로 거래대금을 전달하는 것을 본 사실이 있고, 김◇◇을 대신하여 본인이 원고로부터 거래대금으로 현금, 어음, 가계수표를 수령하여 이를 김◇◇에게 전달하기도 하였다. □□산업사가 생산한 공업용 수세미 원단의 매출처는 △△△△공업뿐이었고, 원고가 공업용 수세미 생산에 직접 참여하였으며, □□산업사는 기계설비만을 제공했다. △△△△공업의 부사장 김##도 가끔 □□산업사를 방문하였는데 그 때 거래대금으로 현금, 어음, 가계수표를 받은 적이 있다.’고 증언하였다.

10) 원고는 김◇◇으로부터만 공업용 수세미를 공급받았는바, 이 사건 세금계산서 에 근거한 원고의 매출액 대비 원재료 비율은 43% 내지 50% 정도(이는 2011년, 2012 년의 원고의 매출액 대비 원재료 비율과도 비슷한 수준이다)이나, 이 사건 매입액에 해 당하는 원재료 부분을 제외시킬 경우 매출액 대비 원재료 비율은 3% 내지 29% 정도 이다. 또한 △△△△공업의 이 사건 과세기간 동안 이 사건 매입액이 포함된 전체 매 입액에 대한 매출액의 부가가치율[= ⁠(매출액 - 매입액)/매출액]은 평균 약 48%로 동종 업종의 평균 부가가치율인 32.2%와 비교할 때 낮은 수준에 있고, 만약 피고가 가공이 라고 주장하는 이 사건 매입액을 공제하면 부가가치율이 60%를 넘게 된다.

11) 이 사건 과세기간 내 원고 명의의 기업은행 계좌(계좌번호 : 000-000000-00-000에서 총 0,000,000,000원의 현금인출이 이루어졌다.

[인정근거] 다툼이 없거나 명백히 다투지 아니하는 사실, 갑 제1, 3, 7, 8, 14 내지 17, 20, 28, 29호증, 을 제4, 6, 10호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재 또는 영상, 증인 전@@, 박▣▣, 김◇◇의 각 증언(전@@, 김◇◇의 경우는 일부 증언), 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기 초가 되는 필요경비에 관한 입증책임도 과세관청이 부담함이 원칙이고, 다만 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여, 예외적으로, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두 16406 판결 참조).

2) 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고에 의하여 납세의무자인 원고가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점을 상당한 정도로 증명되었다고 볼 수는 없고, 달리 과세요건사실의 존재를 증명할 증거가 없으므로, 이 사건 세금계산서가 실제 매입금액보다 과다 기재된 세금계산서임을 전제로 하는 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.

가) 김◇◇은 ⁠‘원고와의 2003년부터 2010년까지 8년간의 거래와 관련하여 세금계산서를 사실대로 발행한 가정용 수세미에 관하여는 매출장부를 작성하였으나 허위의 세금계산서를 발행하여 주어 온 공업용 수세미와 관련하여서는 어떠한 장부도 작성한 바 없고, 직원이 적어 준 공업용 수세미의 공급량이 기재된 쪽지를 보고 공업용 수세미에 관한 거래대금 정산이 이루어졌는데 그 쪽지는 보관하고 있지 않으며, 원고로부터 거래대금을 즉시 결제받았고 김◇◇의 은행계좌로 송금된 거래대금 외의 모든 거래 내역은 허위이다.’라는 취지로 진술하고 있고, 피고는 이러한 김◇◇의 진술을 주된 근 거로 하여 이 사건 각 처분을 한 것이다.

그런데 ① 8년 넘게 지속되어 온 거래에 있어 대금지급이 오로지 계좌이체로만 그것 도 외상없이 즉시 이루어졌다는 것은 통상적인 거래관행에 비추어 매우 이례적이고, ② 김◇◇이 2011. 9. 9. 원고와 사이에서 작성한 정산내역의 내용상으로도 상당한 금액의 미지급 외상대금이 있던 것으로 되어 있어 외상거래가 있었을 뿐만 아니라 원고와 김◇◇의 상계합의에 따라 실제로 거래대금의 이체 없이 정산이 이루어진 거래가 있기도 하였으며, ③ 김◇◇ 운영의 □□산업사의 전무이사이던 전@@이 ⁠‘원고가 김○○에게 현금으로 대금을 지급한 것을 본 적이 있고, 자신도 김◇◇을 대신하여 원고로부터 현금, 어음 등을 수령하여 김◇◇에게 전달한 적이 있다.’고 증언하기도 하였고, ④ 원고 명의의 예금계좌에서 대금지급의 재원으로 사용되어 질 수 있는 현금인출내역이 다수 확인되며, ⑤ 한편 원고가 이 사건 세금계산서에 기재될 내용을 구체적으로 기재한 팩스를 발송하였고 이에 따라 김◇◇이 별다른 이의 없이 매입세금계산서를 발행하여 왔던바, 김◇◇으로서는 얼마든지 위 팩스 내용에 이의제기를 할 수 있었음에도 스스로 원고로부터 징수하지도 않은 부가가치세를 자신의 부담으로 납부하는 손해를 감수하면서까지 허위의 세금계산서를 발행하고 더욱이 향후 분쟁이나 법적 책임에 대비할 수 있는 자료조차도 전혀 보관하여 두지 않는다는 것 또한 상식적으로 납득할 수 없는 점(이는 김◇◇이 원고에게 허위로 세금계산서를 발행하여 준 공업용 수세미 공급의 경우와 달리 오히려 세금계산서를 사실대로 발행하여 주어 온 가정용 수세미 공급에 관하여는 매출장부를 작성하여 왔다고 진술하고 있는 점에서 더욱 그러하다) 등을 고려하면, 김◇◇의 이 사건 세무조사 당시의 진술 및 이 법원에서의 증언은 이를 그대로 믿기 어렵다.

나) 김◇◇ 운영의 □□산업사의 직원이었던 박▣▣이 ⁠‘본인의 기억에 비추어 볼 때 실제 공업용 수세미 공급량보다 더 많은 공급량이 기재된 세금계산서가 발행된 경 우가 있었다.’는 취지로 증언하였으나, ① 그 내용이 구체적 가공 기재의 내역이 전혀 특정되지 않은 것으로 지나치게 막연할 뿐만 아니라 실제 장부와의 대조 등을 통하여 확인된 것 또한 아니었던 점, ② 위에서 본 바와 같이 원고와 김◇◇ 사이에 공업용 수세미에 관한 상당한 양의 외상거래가 있었고, 거래일마다 바로 세금계산서가 작성되 지 아니하고 분기별로 일괄하여 세금계산서가 발행되어 왔던 것에 비추어, 각 거래일 별로 실제 이루어진 공업용 수세미 공급량과 세금계산서에 기재되는 공업용 수세미 공 급량에 불일치가 있는 것으로 오인될 가능성도 충분히 있어 보이는 점을 고려할 때, 위 증언만으로 원고와 김◇◇ 사이의 계좌이체로 수수된 거래대금에 해당하는 부분을 제외한 나머지 거래가 모두 가공거래라고 보기는 어렵다.

다) 무엇보다 이 사건 매입액이 포함된 이 사건 세금계산서 기재 전체 매입액을 기준으로 한 원고의 매출액 대비 원재료 비율은 43% 내지 50% 정도로서 비교적 일정 하고 이 사건 과세기간 이후의 비율도 같은 수준에서 유지되는 것으로 보이는 반면, 이 사건 매입액에 해당하는 원재료 부분을 제외시킬 경우 매출액 대비 원재료 비율은 3% 내지 29% 정도로 그 변동폭이 매우 크거나 그 비율이 지나치게 적다. 또한 이 사건 과세기간 내 원고의 평균 부가가치율은 약 48%로서 동종업종 평균 부가가치율 32.2%보다 높아서 동종업종과 비교할 때 원고가 매출액에 비하여 매입액을 과다하게 신고하였다고 보기 어려운 반면, 피고 주장의 가공매입량을 공제하면 부가가치율이 60%가 넘게 된다.

사정이 이와 같다면 이 사건 매입액이 가공거래임을 전제로 한 원고의 운영상황은

동종업종의 통상적인 운영상황의 범위를 현저히 벗어나는 것이 되어 이를 실제 운영상황으로 보는 데 무리가 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계 법령

■ 부가가치세법

제32조(세금계산서 등)

① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급 하여야 한다.

3. 공급가액과 부가가치세액

제37조(납부세액 등의 계산)

② 납부세액은 제1항에 따른 매출세액(제45조제1항에 따른 대손세액을 뺀 금액으로 한다)에서 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따라 공제되는 매입세액을 뺀 금액으로 한다. ⁠(이하 생략)

제38조(공제하는 매입세액)

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제57조(결정과 경정)

① 납세지 관할 세무서장, 납세지 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 이 조에서 "납세지 관할 세무 서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 해당 예정신고기간 및 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

2. 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 경우

② 납세지 관할 세무서장등은 제1항에 따라 각 예정신고기간 및 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(..計)할 수 있다.

2. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 시설규모, 종업원 수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 거짓임이 명백한 경우

3. 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료의 내용이 원자재 사용량, 동력(....) 사용량이나 그 밖의 조업 상황에 비추어 거짓임이 명백한 경우

■ 소득세법

제19조(사업소득) 

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 "결손금"이라 한다.

■ 국세기본법

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조제3항·제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다.

제65조(결정) 

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

3. 심사청구가 이유 있다고 인정될 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 결정을 하거나 필요한 처분의 결정을 한다. 끝.

출처 : 인천지방법원 2016. 05. 13. 선고 인천지방법원 2015구합52139 판결 | 국세법령정보시스템