요지

과세처분의 근거가 된 계약에 관한 민사소송에서 확정판결과 같은 효력을 가지는 강제조정결정에 의하여 계약 중 일부가 해제되어 쟁점주식을 원상회복으로 인도하는 것으로 확정되었는데, 이는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정청구 사유에 해당하므로 경정청구 거부처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 10. 31. 원고에 대하여 한 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 4. 30. 주식회사 AA(변경 전 상호 주식회사 BB, 주식회사 BB의 변경 전 상호 주식회사 CC, 이하 ⁠‘AA’이라 한다)과 사이에 원고가 소유하고 있던 주식회사 DD(이하 ⁠‘DD’라 한다) 발행의 기명식 보통주 62,500주(이하 ⁠‘이 사건 양도주식’이라 한다)를 1주당 8만 원, 총 매매대금 50억 원에 양도하는 계약(이하 ’이 사건 계약‘이라 한다)을 체결하고 AA에게 이 사건 양도주식을 양도하였다.

나. 서울지방국세청장은 DD에 대한 법인제세 통합조사를 실시한 결과 원고가 이 사건 계약에 따른 양도소득세 예정신고를 하지 않았음을 확인하고 피고에게 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 피고는 2009. 5. 4. 원고에 대하여 2008년 귀속 양도소득세 4억 6,600만 원을 결정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 최초처분’이라 한다).

다. 한편 원고는 2013. 10.경 AA이 이 사건 계약에 따른 매매대금 중 20억 원을 지급하지 않았으므로 이 사건 계약 중 이 사건 양도주식 중 20억 원에 상당하는 25,000주(이하 ⁠‘이 사건 쟁점주식’이라 한다)에 대한 계약을 해제하고 AA은 원고에게 그 원상회복으로 이 사건 쟁점주식을 인도하여야 한다고 주장하며 AA을 상대로 서울북부지방법원 2013가합0000호로 주식인도청구소송(이하 ⁠‘이 사건 민사소송’이라 한다)을 제기하였는데, 서울북부지방법원은 관할위반으로 이 사건 민사소송을 대구지방법원으로 이송하였다.

라. 대구지방법원은 2014. 6. 20. ⁠‘AA은 원고에게 이 사건 쟁점주식을 인도한다’는 내용으로 조정에 갈음하는 결정(이하 ⁠‘이 사건 결정’이라 한다)을 하였고, 이에 대하여 원고와 AA이 이의를 하지 않아 2014. 7. 10. 이 사건 결정은 확정되었다(대구지방법원 2013가합000호).

마. 원고는 2014. 8. 5. 피고에 대하여 AA의 주식매매대금 지급의무 불이행으로 이 사건 계약 중 일부가 해제되었으므로 국세기본법 제45조의2 소정의 후발적 경정사유가 발생하였다며 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 2014. 10. 31. 원고에 대하여 이 사건 결정이 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따른 후발적 경정청구 사유에 해당하는 것으로 볼 수 없다는 이유로 경정거부처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 전심절차를 거쳤다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3, 4, 9 내지 12, 14호증, 을 1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

AA은 이 사건 계약에 따른 매매대금 중 20억 원을 지급하지 않았고, 이에 원고는 AA을 상대로 이 사건 계약 중 20억 원에 해당하는 부분이 해제되었다고 주장하며 이 사건 민사소송을 제기하여 이 사건 민사소송에서 AA은 원고에게 이 사건 쟁점주식을 인도한다는 취지의 이 사건 결정이 확정됨으로써 종결되었는바, 이로써 원고와 AA 사이의 이 사건 계약 중 이 사건 쟁점주식에 대한 부분이 해제되어 해당 부분에 대한 계약의 효력이 소급하여 소멸하였음이 확정되었다. 따라서 이 사건 계약을 근거로 한 이 사건 최초처분에는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 또는 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 인정된다. 그러므로 이와 다른 전제의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

1) 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항은 ⁠“과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.”라고 규정하면서, 그 제1호에서 ⁠“최초의 신고․결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때”, 제5호에서 ⁠“제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때”를 규정하고 있고, 제5호의 위임을 받은 국세기본법 시행령 제25조의2는 ⁠“법 제45조의2 제2항 제5호에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 사유’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”라고 규정하면서 그 제2호에서 ⁠“최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우”를 규정하고 있다.

2) 우선 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에 해당한다는 주장에 관하여 본다.

갑 9, 14호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2013. 10.경 AA이 이 사건 계약에 따른 매매대금 중 20억 원을 지급하지 않았으므로 소장의 송달로 이 사건 계약 중 이 사건 쟁점주식에 해당하는 부분의 계약을 해제하고 그 원상회복으로 이 사건 쟁점주식의 인도를 구하는 이 사건 민사소송을 제기한 사실, 원고는 2014. 8. 5. 피고에 대하여 후발적 경정청구를 한 사실을 인정할 수 있는바, 원고 주장대로 AA이 잔금 20억 원을 지급하지 아니하여 이 사건 계약 중 일부가 해제된 것이라면 이는 이 사건 계약 중 일부에 대한 해제의 의사를 표시한 소장 부본이 AA에게 송달됨으로써 해제되었다고 할 것이고, 원고는 그로부터 2개월이 지나서 경정청구를 하였으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

3) 다음으로 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 해당한다는 주장에 관하여 본다.

후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 있는 것으로, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ⁠‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초의 신고․결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조)고 할 것이다.

살피건대, 앞서 든 증거들 및 갑 5 내지 7, 15호증의 각 기재, 증인 EE의 증언, 이 법원의 주식회사 FF은행에 대한 금융거래정보제출명령 회신결과를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고와 AA은 DD를 공동으로 경영하기 위하여 2008. 4. 30. 원고는 원고 소유의 DD 주식을 AA에게 양도하고 AA은 원고에게 50억 원을 지급하는 내용의 이 사건 계약을 체결하면서 AA이 2008. 3. 31. 원고에게 실사보증금으로 지급했던 25억을 계약금으로 갈음하고 AA은 원고에게 나머지 25억 원 중 5억 원을 계약 당일 지급하였으며 20억 원은 2008. 5. 1. 지급하기로 한 점, ② 원고는 20억 원을 지급받지 못한 상태에서 AA에게 이 사건 주식을 양도한 점, ③ 그런데 AA은 원고에게 2008. 5. 1. 나머지 20억 원을 지급하지 못하였고 이후 2008. 5. 31.까지 20억 원을 지급하기로 하였음에도 지급하지 못하였던 점, ④ 비록 AA의 2008년도 사업연도 결산서에는 주석에서 지분법적용투자주식 DD 지분 34.72%의 취득원가가 50억 원으로 기재되어 있고 현금흐름표상 지분법적용투자주식의 취득으로 인한 현금유출액이 50억원으로 기재되어 있어 AA이 원고에게 50억 원을 지급한 것으로 회계처리 되어 있으나, 이 사건 계약 체결 당시 AA의 대표이사이던 GG은 2008.경 약 316억 여 원 이상을 횡령, 배임하였다는 혐의로 검찰에 고발되어 2008. 11.경부터 GG에 대한 수사가 시작되었고 이후 GG이 해외로 도피하여 기소중지 되었는데 GG은 이 사건 계약의 매매대금으로 50억 원을 모두 지급한 것으로 회계장부상 처리한 후 20억 원은 다른 용도로 사용한 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 잔금을 지급받기로 한 2008. 5. 1.로부터 5년 5개월이 지난 후에 뒤늦게 AA을 상대로 이 사건 민사소송을 제기하여 이 사건 계약 중 이 사건 쟁점주식에 해당하는 부분이 잔금지급의무불이행으로 해제되었다고 주장하였는데, GG에 대해서 2008. 11.경부터 수사가 시작되었고 AA은 대표이사이던 GG 등의 횡령 및 주가조작사건으로 코스닥 시장에서 2009. 4. 16. 상장폐지된 상태여서 원고가 AA을 상대로 잔금 지급을 청구하였다고 하더라도 AA로부터 잔금을 지급받을 상황은 아니었던 것으로 보여 뒤늦게 이 사건 민사소송을 제기한 것이 이해되지 않는 것은 아닌 점, ⑥ 원고는 AA로부터 잔금을 지급받지 못하였고 잔금에 해당하는 이 사건 쟁점주식도 반환받지 못한 상황을 해결하기 위하여 AA을 상대로 이 사건 민사소송을 제기한 것으로 보이고 AA은 원고에게 20억 원을 지급하지 않은 사실을 인정하고 잔금을 지급할 여력은 되지 않지만 원상회복으로 이 사건 쟁점주식을 반환하는 것에는 동의하였기 때문에 이 사건 민사소송에서 답변서를 제출하지 않았고 조정기일에 출석하지 않았으며 이 사건 결정에 대해서도 이의하지 않았던 것으로 보이는 점, ⑦ 증인 EE은 이 법정에 출석하여 이 사건 계약의 대금 지급과 관련하여 원고로부터 20억 원을 지급받지 못하였다는 이야기를 듣고 2010.경 AA의 계좌를 확인하였을 때 20억 원이 수표로 일금 출납되었던 것을 확인하였다는 취지로 진술하였는데, 금융거래정보제출명령 회신결과 AA의 계좌내역에서 증인 EE의 증언과 일치되는 내역을 찾을 수는 없었으나 이는 6년 전의 일로 기억이 정확하지 않을 수 있는 점, ⑧ 이 사건 민사소송에서 AA이 원고에게 이 사건 쟁점주식을 인도하는 내용의 이 사건 결정이 확정되었는데, 원고의 주장 내용, AA의 대응 등을 고려하면 이 사건 계약에 따른 20억 원을 AA이 원고에게 지급하지 아니하여 이 사건 계약 중 20억 원에 상응하는 부분이 해제되었고 이 사건 쟁점주식을 원상회복으로 반환하라는 취지로 이 사건 결정이 되었고 그대로 확정된 점, ⑨ 민사조정법 제30조, 제34조에 의하면 조정에 갈음하는 결정에 대해 2주일 내에 이의하지 아니하면 재판상의 화해와 동일한 효력이 있는 점, ⑩ 구 국세기본법 제45조2 제2항 제1호는 규정상 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 소송과정에서 실제로 당사자 사이에 다툼이 있어야 하고 실질적인 변론을 거쳐야 한다는 요건은 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 계약의 당사자인 원고와 AA 사이에 이 사건 최초처분에서 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 된 이사건 계약에 관한 이 사건 민사소송에서 확정판결과 같은 효력을 가지는 이 사건 결정에 의하여 이 사건 계약 중 20억 원에 상응하는 부분이 해제되어 이 사건 쟁점주식을 원상회복으로 인도하는 것으로 확정되었으므로, 이는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용한다.

출처 : 서울행정법원 2016. 09. 30. 선고 서울행정법원 2015구단58914 판결 | 국세법령정보시스템