요지

이월결손금을 증액한다는 청구는 형성판결을 구하는 소송으로 현행법상 허용되지 아니하고, 재조사결정에 따른 후속처분 후 90일 이내에 소를 제기하지 아니한 이 사건은 제소기간의 도과로 부적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 2013. 6. 21.1) 원고에 대하여 한 2003년 제2기 부가가치세 0000000원,

2004년 제1기 부가가치세 00000000원, 2004년 제2기 부가가치세 00000000원,

2005년 제1기 부가가치세 0000000원2)의 경정처분을 모두 취소한다.

2. 피고가 2009. 10. 7. 원고에 대하여 한 2005년 제2기 부가가치세 00000000원,

2006년 제1기 부가가치세 00000000원, 2006년 제2기 부가가치세 0000000원,

2007년 제1기 부가가치세 0000000원, 2007년 제2기 부가가치세 0000000원

의 경정처분을 모두 취소한다.

3. 2003 사업연도 법인세 이월결손금을 00000000원, 2004 사업연도 법인세 이월결

손금을 0000000원 각 증액한다.

이 유

1. 기초사실 및 처분의 경위

가. 부가가치세 신고·납부

(1) 원고는 운수관련 서비스업을 영위하는 내국법인 사업자이다.

(2) 원고는 별지 ⁠[표1] 기재와 같이 주식회사 K** 호텔 네트워크 등의 법인(이하 ⁠‘이

사건 임차인들’이라 한다)과 사이에 인천00공항 국제업무지역 내 업무용시설의 설계·

시공·분양과 관련하여 이 사건 임차인들이 위 지역 내의 원고 소유 토지에 건축시설

(이하 ⁠‘이 사건 건축물들’이라 한다)을 준공하여 그 사용기간 동안 운영하면서 토지사

용료(임대료)를 지급하고, 그 사용기간 만료 이후에는 이 사건 건축물들을 원고에게 이

전하는 내용의 호텔시설사업 실시협약을 체결하였다(이하 ⁠‘BOT 방식3)의 사업’이라 한

다).

(3) 원고는 이 사건 건축물들에 관한 토지사용료(임대료)만을 법인세의 익금에 산입

하고 부가가치세의 과세표준으로 삼아 2003년 제2기분부터 2007년 제2기분에 이르기

까지의 각 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 이 사건 경정처분

(1) 00지방국세청장은 2008. 7. 14.부터 2008. 9. 23.까지 원고에 대하여 법인제세

통합조사를 실시하였다.

(2) 피고는 법인제세통합조사 결과에 의하여 ⁠‘이 사건 임차인들이 사용기간 만료 후

원고에게 이 사건 건축물들(00게이트 제외, 이하 같다)을 기부채납하기로 한 것은 임

대료를 후불로 지급하는 것으로서 이 사건 건축물들의 신축가액인 177,785,688,330원 을 토지 사용에 대한 후불임대료에 해당한다’고 보아 이를 원고의 2003년 제2기 내지

2007년 제2기 부가가치세 과세표준에 산입하는 등의 조정을 거쳐, 2009. 10. 7. 원고에 대하여 2003년 제2기 내지 2008년 제1기 부가가가치세를 아래 ⁠[표2]의 ⁠‘경정처분’란 기재와 같이 경정하고(이하 2003년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세 경정․고지를 ⁠‘이 사건 경정처분’이라 한다), 2005 사업연도 법인세 000000원, 2006 사업연도

법인세 000000원, 2007 사업연도 법인세 000000원을 경정하여 고지하였다.

(3) 이 사건 경정처분 중 BOT 사업과 관련된 부분은 ⁠[표2]의 ⁠‘BOT 쟁점 액수’란 기

3) ⁠‘BOT 방식’이라 함은 ⁠‘Build-Operate-Transfer'의 약자로 사업시행자가 자본을 투자하여 시설물을 설치하고 사업추진협약에 정한 기간 동안 소유권이 인정되며, 그 기간의 종료시 시설물에 대한 소유권이 피고에게 귀속되는

방식을 말한다.

다. 재조사결정 및 후속처분

(1) 원고는 2009. 12. 28. 이 사건 경정처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(2010

중322)를 하였고, 조세심판원은 2013. 4. 24. 별지 주문과 같이 결정(이하 ⁠‘이 사건 재

조사결정’이라 한다)하였다.

(2) 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 2013. 6. 21.4) 원고에 대하여 아래 ⁠[표3]의

‘후속처분’란 기재와 같이 이 사건 경정처분을 다시 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 후

속처분’이라 한다).

4) 갑3, 갑9, 갑11, 을2의 각 기재 및 변론 전체의 취지와 관련사건(이 법원 2015구합50256) 경과 등에 비추어 보면, 재경정 처분일자는 2013. 6. 21.로 봄이 상당하다.

라. 후속처분에 대한 조세심판청구

원고는 2013. 6. 24.경 이 사건 후속처분의 통지를 받은 후 2013. 9. 16. 이 사건

후속처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구(2013중4419)를 하였으나, 2014. 9. 12. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~3, 갑 9~11, 을 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2003 사업연도 및 2004 사업연도 법인세 이월결손금 증액청구 부분

의 적법 여부

가. 본안전 항변 요지

원고는 원고 주장이 인용될 경우 2003 사업연도 및 2004 사업연도 법인세 이월결

손금이 증액되어야 한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 이월결손금 증가는 향후 과

세가 되는 사업연도의 과세표준에 영향을 주는 과세표준의 결정에 관한 것으로서 이

부분 소는 처분성이 없어 부적법하다는 취지로 다툰다.

나. 판단

직권으로 살피건대, 피고에 대하여 2003 사업연도 및 2004 사업연도 법인세 이월

결손금을 증액한다는 청구는 법원으로 하여금 행정청이 일정한 행정처분을 행한 것과

같은 효과가 있는 행정처분을 직접 행하도록 하는 형성판결을 구하는 소송으로서 허용

되지 않고, 이 부분 청구를 행정청에 대하여 이행을 구하는 소송으로 이해하더라도 그 와 같은 형태의 소송 역시 현행 행정소송법상 허용되지 않는다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누3200 판결 참조).

따라서 이 사건 소 중 이월결손금 증액청구 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 소 중 2003년 제1기 ~ 2007년 제2기 부가가치세 취소청구의 적법 여부

가. 본안전 항변 요지

(1) 이 사건 경정처분에 대한 조세심판결과 2013. 4. 24. 재조사결정이 있었고, 그에

따라 이 사건 후속처분이 있었던 것이므로, 이 사건 경정처분을 다투는 소는 이 사건

후속처분의 통지를 받은 날인 2013. 6. 24.경으로부터 90일 이내에 제기되어야 함에도 이 사건 소는 제소기간을 도과하여 제기되었다.

(2) 감액경정결정은 항고소송의 대상이 아니고, 신고납세 방식에 있어서 당초 신고한

내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어

일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이

감소된 때에는 납세자에게 불이익이 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를

구할 수 없다.

(3) 이 사건 경정처분과 이 사건 후속처분 이후에도 환급세액만 남아 있는 부분

(2004년 제2기, 2005년부터 2007년까지 각 제1~2기)은 처분의 취소를 구할 수 없다.

(4) 원고는 2003년 제2기, 2004년 제1기 부가가치세와 관련된 이 사건 경정처분 및 이 사건 후속처분이 무효라는 주장을 하고 있으나, 위 각 처분은 원고에 유리한 감액

경정에 해당하므로 이를 취소할 경우 원고의 권리구제에 도움이 되지 않으므로 권리보

호이익이 없다.

나. 2005년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세에 대하여

(1) 원고 주장요지

원고는 적정한 수준의 토지 임대료를 실제로 수령하였고, 이 사건 건축물들에 대

한 토지사용기간이 만료한 이후 이 사건 건축물들의 소유권을 이전받기로 약정한 것은

철거를 용이하게 하기 위한 수단에 불과할 뿐 이 사건 건축물들의 가치를 취득하기 위

한 것이 아니므로, 이 사건 건축물들의 소유권이 차후에 원고에게 이전되는 것에 토지

임대료의 후불지급 성격이 있다고 볼 수 없다.

이 사건 경정처분에서 BOT 사업과 관련된 부분은 실질적으로 증액되었고([표2]의

‘BOT 쟁점 액수’ 기재 금액), 위 부분에는 위와 같은 실체적 위법사유가 있다. 다만 위와 같은 증액이 다른 쟁점과 관련된 감액(매입세액 공제)과 동시에 이루어져 전체적으로는 감액된 것에 불과하므로, 대법원 2011. 4. 15. 선고 2010두9808 판결의 법리를 유추하여 실질적으로 증액된 BOT 사업과 관련된 부분은 다툴 수 있다고 보아야 한다.

결국 2009. 10. 7.자 ⁠(실질) 증액처분 중 2013. 6. 21. ⁠(쟁점 관련) 감액되고 남은

부분인 ⁠[표3] BOT 쟁점 잔액(B+C) 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 감액경정처분이 항고소송의 대상이 되는지 여부

㈎ 관련 법리

감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라

그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는

납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않 고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과

처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의

대상이 되는 것은 아니고, 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야

할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 신고납부방식의 조세에 있

어서 불복기간이나 경정청구기간의 경과 등으로 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세

액이 확정된 이후, 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액 과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는, 납세자 에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 그 감액경정처분의 취소를 구할 수 없다(대법원

1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결 등 참조).

㈏ 판단

우선 위 법리에 따라 하나의 과세단위에 속하는 각 부가가치세 과세기간 별로 일

부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액이 동시에 있어서 결과적으로 세액이 감

소한 경우에는 감액경정처분에 해당한다고 할 것이다.

살피건대 갑 3, 갑 9, 갑 11의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는

2005년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세에 대한 이 사건 경정처분 당시 매출세액을 증액함과 동시에 매입세액도 증액(매출세액을 초과하는 매입세액 공제)한 결과 전체로서 세액이 감소되었으므로, 이 사건 경정처분은 감액경정처분에 해당된다고 할 것이고, 이 사건 재조사결정에 따른 후속처분도 원고가 당초 신고·납부한 2005년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세를 감액경정하는 처분에 해당한다고 봄이 상당하다.

따라서 항고소송의 대상이 될 수 있는 것은 당초 신고 중 경정결정에 의하여 취

소되지 않고 남아 있는 부분이고, 이 사건 경정처분 자체가 항고소송의 대상이 되는

것은 아니다. 원고가 당초 신고·납부한 부가가치세에 대하여 다투는 것은 별론으로 하 고 이 사건 경정처분 중 일부 증액된 부분만을 분리하여 그 취소를 구하는 것은 부적

법하다.

이에 대하여 원고는 대법원 2011. 4. 15. 선고 2010두9808 판결을 근거로 이 사

건 경정처분 중 실체적 위법사유가 있는 BOT 사업 쟁점과 관련되어 증액된 부분에 관

하여만 다투는 것도 가능하다는 취지로 주장한다. 그러나 위 사안은 당초 신고한 신고

납세방식의 조세가 확정된 후 증액경정이 있었다가 그 후에 순차로 감액처분이 있었던

경우 ⁠‘증액경정처분의 취소소송’에서 ⁠‘쟁송절차’와 무관하게 직권으로 감액경정처분을

한 사안에 관한 것으로서 사안이 달라 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다.

다. 2003년 제2기 내지 2005년 제1기 부가가치세에 대하여

(1) 원고 주장요지

㈎ 2003년 제2기와 2004년 제1기 부가가치세에 관한 이 사건 경정처분 및 이 사건

후속처분은 부과제척기간이 지난 이후에 이루어진 것으로서 무효이다. 따라서 BOT 사

업과 관련되어 실질적 증액경정인 이 사건 경정처분과 감액경정인 후속처분의 차액 D2003년 제2기 000000원(=0000000원 - 000000원), 2004년 제1기 0000000

원(=0000000원 - 000000000원) n 부분은 추가로 환급되어야 한다.

㈏ 2004년 제2기와 2005년 제1기 부가가치세에 관한 이 사건 경정처분과 증액경정

인 후속처분 모두 BOT 사업과 관련되어 실질적 증액경정에 해당된다. 그런데 이 사건

재조사결정의 취지에 따른 이 사건 후속처분은 심판청구를 한 당초 처분보다 불이익하

게 증액되었으므로 불이익변경금지 원칙에 위반하여 위법하다. 따라서 2013. 6. 21.자

2004년 제2기 부가가치세 000000원, 2005년 제1기 부가가치세 00000000원 전

부 내지는 적어도 이 사건 후속처분에서 증액된 부분(2004년 제2기 000000원,

2005년 제1기 0000000원)은 위법하여 취소되어야 한다.

(2) 항고소송의 대상적격

㈎ 2003년 제2기 내지 2004년 제1기 부가가치세에 대하여

􎲫우선 2016. 4. 21.자 청구취지 변경신청서와 원고 주장을 전체적으로 살펴보면,

원고는 해당 과세기간의 이 사건 경정처분 중 BOT 사업 쟁점과 관련되어 증액된 부분 에 관하여만 분리하여 다투는 것도 가능하다는 전제하에 2009. 10. 7.자 이 사건 경정

처분 중 ⁠[표2] BOT 쟁점 액수 부분에서 이 사건 후속처분으로 감액되고 남은 ⁠[표3] BOT 쟁점 잔액 부분을 다투는 취지로 보인다.5)

그러나 위 기초사실과 갑 3, 갑 9, 갑 11의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하

면, 해당 과세기간의 이 사건 경정처분도 피고가 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부

항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소되

어 원고에게 불이익을 미치는 것이 아니므로, 이 사건 경정처분 중 일부 증액된 부분

만을 분리하여 취소를 구할 수 없고, 특별한 사정이 없는 한 그 감액경정처분에 대하

여도 그 취소를 구할 수 없다.

따라서 2003년 제2기 내지 2004년 제1기에 관한 감액경정에 해당하는 이 사건

경정처분 중 ⁠[표3] BOT 쟁점 잔액 부분만을 분리하여 취소를 구할 수 없으므로, 이 부분 소는 일응 부적법하다.

􎲫다만, 과세제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정 은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없음이 원칙인바(대법원 1994. 8. 26.

선고 94다3667 판결, 1996. 9. 24. 선고 96누68 판결, 대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조), 적어도 위와 같이 감액결정 자체에 당연무효의 위법사유가 존재하는 경우6)에는 감액경정처분 전체에 대하여 별도의 쟁송수단을 인정하여야 할 특별한 사정이 있다고 볼 여지가 있다. 따라서 소의 이익은 별론으로 하고, 원고는 이 사건 경정처분 및 이 사건 후속처분 중 2003년 제2기 및 2004년 제1기 부분 전체를 다투는 것은 일응 가능한 것으로 보이나, 한편, 이 경우에도 원고가 취소를 구하는 청구와 같이 감액경정처분 중 ⁠‘일부 증액된 부분만’을 분리하여 그 취소를 구할 수는 없다.7)

􎲫60 �결국 이 사건 소 중 위 과세기간에 해당하는 취소 청구부분은 어느모로보나 부적법하다고 봄이 상당하다. 아래에서는 원고 주장대로 행정처분의 당연무효를 선언하는 의미에서 취소를 구할 수 있는지를 가정적으로 살펴보기로 하되, 그 경우에도 제소기간의 준수, 전심절차 등 제소요건을 갖추어야 하므로(대법원 1984. 5. 29. 선고 84누175 판결 참조), 아래 ⁠(3)에서 이러한 요건이 구비되었는지 검토하기로 한다.

㈏ 2004년 제2기 내지 2005년 제1기 부가가치세에 대하여

우선 2016. 4. 21.자 청구취지 변경신청서와 원고 주장을 전체적으로 살펴보면,

원고는 해당 과세기간의 이 사건 경정처분 중 ⁠[표2] BOT 쟁점 액수 부분의 증액경정

6) 2003년 제2기와 2004년 제1기 부가가치세에 대한 이 사건 경정처분이나 후속처분은 각 기산일(신고납부기한 다음일 2004. 1. 26. 내지 2004. 7. 26.)로부터 각 5년의 부과제척 기간이 경과한 것으로 볼 여지가 크다.

7) 원고는 감액경정을 다투어야 할 실익이 있는지 등 소의 이익 등을 의식하여 불가피하게 증액부분만을 분리하여 다투는 방식의 이론구성을 하고 있는 것으로 보인다.

(앞서 본 바와 같이 이 사건 경정처분은 감액경정인데 원고는 그 중 증액된 부분만 분

리하여 다툴 수 있음을 전제로 이 부분만 별도의 증액경정으로 파악하고 있음)과 이

사건 후속처분의 증액경정이 순차적으로 이루어진 것을 전제로 위 각 증액 부분을 합

한 2013. 6. 21.자 후속처분을 다투는 취지로 보인다.

그러나 위 기초사실과 갑 3, 갑 9, 갑 11의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하

면, 위 과세기간의 이 사건 경정처분도 전체적으로 세액이 감소하여 감액경정처분으로

봄이 상당하고, 이는 원고에게 불이익을 미치는 것이 아니므로 해당 이 사건 경정처분

중 ⁠[표2] BOT 쟁점 액수 부분만을 분리하여 다툴 수 없다. 이 사건 소 중 2004년 제원 부분과 2005년 제000000원 부분에 대한 취소청구는 이점에

서 벌써 부적법하다.

다만, 나머지 재조사결정의 취지에 따른 이 사건 후속처분에 대한 취소청구 부분 은 심판청구를 한 당초 처분보다 불이익하게 증액되었으므로 ⁠‘당초 처분의 세액을 초

과하는 증액부분’은 불이익변경금지 원칙에 위반하여 위법하다고 볼 여지가 있는바(대

법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결 참조), 아래에서 제소기간 준수 여부에 관하여 검토하기로 한다.

(3) 제소기간 준수 여부

㈎ 관련 법리

조세부과처분에 대한 불복절차인 심사청구 또는 심판청구에 대한 재결의 한 유형 으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재조사에 따른 후속 처분에 의하여 그 내용 이 보완됨으로써 재결로서의 효력이 발생하므로, 그에 따른 행정소송의 제소기간은 심

사청구나 심판청구를 한 납세자가 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이

타당하다(대법원 2010. 6. 25. 선고 2007두12514 전원합의체 판결 참조). 그리고 후속처분의 통지를 받은 납세자가 곧바로 행정소송을 제기하지 아니한 채 다시 심사청구나심판청구를 하였다고 하더라도, 이는 납세자가 임의로 거친 절차에 불과하므로 후속

처분의 통지를 받은 날부터 기산되는 제소기간의 진행을 방해하지 아니한다(대법원

2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결, 대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두12031 판결 등참조).

한편, 원고의 청구에 과세처분의 당연무효를 선언하는 의미에서의 취소를 구하는

취지까지 포함되어 있다고 하더라도 그러한 취소청구는 그것이 외견상 존재하고 있는

행정처분에 관하여 권한 있는 기관에 의한 취소를 구하고 있는 점에서 하나의 항고소

송이라고 할 것이므로 제소기간의 제한을 받는다고 할 것이고, 원고가 그 청구취지로

서 과세처분의 취소를 구하고 있는 이상 법원이 원고에게 과세처분의 무효확인을 구하

는지 여부를 석명할 의무는 없으며, 과세처분의 취소를 구하는 내용에는 그 무효확인 을 구하는 취지도 포함되어 있다고 볼 수는 없다(대법원 1982. 6. 22. 선고 81누424 판결 등 참조).

㈏ 인정사실

① 원고는 2013. 7. 22. 인천지방법원 2013구합10971 사건으로 2009. 10. 7. 이 사

건 경정처분과 함께 처분이 이루어졌으나 이 사건 경정처분과는 다르게 증액처분이 이

루어진 2008년 제1기 부가가치세, 2005 사업연도 내지 2007 사업연도 법인세에 대하

여 취소를 구하는 소를 제기하여, 2015. 4. 24. ⁠‘2005 사업연도와 2006 사업연도 법인세 중 일부를 취소하고 나머지 청구를 기각한다’는 내용의 일부 인용 판결을 선고받았고, 쌍방이 모두 항소하여 현재 소송계속 중이다(서울고등법원 2015누45559).

② 원고는 2013. 6. 14. 이 사건 건축물들의 신축가액을 기준으로 신고·납부한 2008

사업연도부터 2012 사업연도까지의 각 법인세 및 2008년 제2기, 2009년 제1기 각 부

가가치세에 대하여 이 사건 건축물들에 대한 토지 임대료 징수액에 해당하는 세액을

제외한 나머지 부분의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

③ 피고는 2013. 9. 6. 위 경정청구에 대하여 이 사건 건축물들의 토지사용기간 종

료시 가액을 토지사용기간으로 안분하고, 여기에 원고가 실제 징수한 토지 임대료를

합산하는 방법으로 각 과세기간별 임대료를 산정하여 2008 사업연도부터 2012 사업연

도까지의 각 법인세 및 2008년 제2기, 2009년 제1기 각 부가가치세를 정하고, 원고가

신고‧납부한 세액과의 차액을 감액하는 내용의 일부 감액경정결정을 하였다.

④ 이에 원고는 조세심판원에 심판청구를 거친 후 인천지방법원 2015구합50256 사

건으로 감액경정되지 않고 남은 부분에 관하여 경정거부처분을 취소하는 소를 제기하

였는데, 위 법원은 2015. 10. 29. ⁠‘2008년 제2기, 2009년 제1기 부가가치세의 각 경정거부처분을 취소하고, 나머지 청구를 기각한다’는 내용의 일부 인용 판결을 선고하였고, 쌍방이 모두 항소하여 현재 항소심 계속 중이다(서울고등법원 2015누68408).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 변론 전체의 취지

㈐ 판단

앞서 본 사실관계, 갑 3, 갑 9~11의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정

할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, ① 원고는 이 사건 2010중322 조세심판청구를 하면서 심판청구서의 ⁠‘통지된 사항 또는 처분의 내용’란에 2009. 10. 7.자 경정처분 중 증액이 된 2008년 제1기 부가가치세, 2005 사업연도 내지 2007 사업연도 법인세의 합계액에서 이 사건 경정처분으로 환급받은 세액을 공제한 금액을 기재하였고, 청구취지를 기재함에 있어서도 이 사건 경정처분의 대상인 2003년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세에 관하여 필요한 처분을 청구하고 있는 점, ② 비록 2010중322 조세심판결정의 주문에는 이 사건 경정처분에 관한 기재가 누락되어 있으나, 쟁점에 관한 판단을 하면서는 ⁠‘처분청이 쟁점건축물의 신축가액을 안분계산하여 20048) ~ 2008년 중 쟁점신축가액을 원고의 후불임대료로 보아 과세처분한 잘못이 있다고 판단된다’고 기재하여 이 사건 경정처분에 관하여도 재조사가 필요하다는 취지로 기재한 점, ③ 피고는 이 사건재조사결정에 따른 이 사건 후속처분을 하면서 2003년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세에 관하여도 처분을 하였고, 재경정결의서의 ⁠‘처분사유’란에 ⁠‘심판결정 2010중322에 의한 BOT 건물시가 재계산’이라고 기재한 점, ④ 원고가 이 사건 후속처분에 대하여 조세심판청구를 한 2013중4419 조세심판결정에는 피고가 이 사건 재조사 결정에의하여 2003년 제2기 내지 2007년 제2기 부가가치세를 경정하는 이 사건 후속처분을하였다는 취지로 기재하고 있는 점, ⑤ 당사자 사이에 원고가 이 사건 경정처분에 관하여 조세심판청구를 하였고, 이 사건 재조사결정의 대상에 이 사건 경정처분도 포함되어 있으며 그에 따라 이 사건 후속처분이 이루어졌다는 점에 관하여 다툼이 없는 점등을 종합하여 보면, 원고는 2003년 제2기 내지 2005년 제1기 부가가치세 감액경정처분을 포함한 이 사건 경정처분 전부에 대하여 2010중322 사건으로 조세심판청구를 하여 재조사결정을 받았고, 피고는 이 사건 재조사결정에 따라 2013. 6. 21. 이 사건 후속처분을 하였다고 봄이 상당하다.

이러한 사정과 위 기초사실을 관련 법리에 적용하여 보면, 이 사건 소 중 2003년

제2기 및 2005년 제1기에 관한 ⁠‘이 사건 후속처분‘에 대한 취소청구 부분의 제소기간 은 이 사건 재조사결정에 따른 이 사건 후속처분의 통지를 받은 날(2013. 6. 24.경)로

부터 기산된다고 보아야 하므로, 그 때부터 90일이 지난 후에 제기되었음이 명백한 이

사건 소 중 위 부분은 모두 부적법하다고 할 것이다. 나아가 원고가 이 사건 후속처분 을 통보받은 후 조세심판원에 다시 심판청구(2013중4419)를 하였다고 하더라도 이는

원고가 임의로 거친 절차에 불과하므로 위 심판청구가 제소기간 진행에 영향을 줄 수 는 없다.

이에 대하여 원고는 2013중4419 심판청구를 할 당시인 2013. 9. 16.에는 재조사

결정에 따른 후속 처분에 대하여 전심절차를 거치지 않고 곧바로 소송을 거쳐야 하는

지 여부에 관하여 명시적인 판례가 없어서 전심절차를 거친 후 소송을 제기하였다는

취지로 주장한다. 그러나 위 주장은 관련 법리에 반할 뿐아니라 원고는 2013. 6. 24.경 이 사건 후속처분을 통지받은 후 증액처분이 있었던 2008년 제2기 부가가치세, 2005사업연도 내지 2007 사업연도 법인세에 관하여는 90일이 지나기 전인 2013. 7. 22. 소를 제기한 것으로 보이는바, 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

라. 소결 이 사건 소는 피고의 나머지 본안전 항변에 관하여 더 살펴볼 필요 없이 모두 부적

법하다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 모두 부적법하므로 이를 각하한다.

출처 : 인천지방법원 2016. 12. 22. 선고 인천지방법원 2014구합33254 판결 | 국세법령정보시스템