요지

자료상업체로부터 수취한 세금계산서에 대해서는 신의성실원칙이 적용되지 않음. 다만 일부 매입처로부터 발급받은 세금계산서에 대해서는 부가가치세 부과처분이 적법한 반면 나머지 매입처들로부터 발급받은 세금계산서에 관한 부가가치세 부과처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2012. 3. 19. 원고에 대하여 한 2009년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중 OOO원을 초과하는 부분 및 2010년 1기분 부가가치세 OOO원의 부과처분, 2010년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중 OOO원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 50%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2012. 3. 19. 원고에 대하여 한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원, 2010년 제1기 부가가치세 OOO원, 2010년 제2기 부가가치세 OOO원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 3.경부터 비철금속 도매업 등을 목적으로 사업을 영위해 오고

있는 법인이다.

나. 원고는 2009년 제2기, 2010년 제1기 및 2010년 제2기 부가가치세를 신고함에 있어 은수OO 외 8개 업체들(이하 ⁠‘이 사건 매입처들’이라 한다)로부터 교부받은 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)에 관한매입세액 전액을 위 각 과세기간의 매출세액에서 공제하였다.

다. 그런데 중부지방국세청장은 2009. 9. 23.부터 원고에 대한 부가가치세 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 매입처들은 단기간에 매입 없이 매출만 신고한 후 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하는 이른바 ⁠‘폭탄업체’에 해당하고, 원고는 이 사건 매입처들이 부가가치세를 편취할 목적으로 사업을 영위하고 있음을 잘 알면서도 계속적․반복적으로 매입처를 변경하면서 이 사건 세금계산서를 교부받은 사실이 확인되었으므로, 원고가 그 매입세액을 공제받은 것은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위배되어 매입세액 불공제 대상에 해당한다는 취지의 조사결과를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 피고는 2012. 3. 19. 원고에게, 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않고 산출한 2009년 제2기 부가가치세 OOO원, 2010년 제1기 부가가치세 OOO원, 2010년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 이에 불복하여 원고는 2012. 6. 5. 이의신청을 거쳐 2012. 11. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2014. 2. 11. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 각가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 비철금속 유통의 최종단계에 있는 수출업자 내지 주물업체가 아니고 단순히 중간단계의 과세사업자에 해당할 뿐이므로, 원고에게 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙을 적용하여 이 사건 세금계산서 관련 매입세액을 불공제한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 피고의 주장

1) 이 사건 매입처들은 대부분 타인의 명의를 빌려 사업자등록을 한 후 매입자료 없이 매출만 발생시켜 부가가치세 전액을 체납하였다가 결손처분하는 등으로 자료상 또는 부정거래업체임이 명백하여, 원고로서는 이 사건 매입처들이 조세포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자임을 충분히 알 수 있었으므로, 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제하는 것은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙에 위반된다.

2) 가사 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 사실은 이 사건 매입처들이 아닌 제3자로부터 폐동을 매입하였음에도 공급하는 자를 이 사건 매입처들로 기재한 세금계산서를 교부받았으므로, 이 사건 세금계산서는 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 적힌 세금계산서로서 그 매입세액은 부가가치세법 제17조 제2항 제2호에 따라 매출세액에서 공제하여서는 아니 되는바, 이를 이 사건 처분사유로서 추가한다.

다. 관계 법령

별지 기재와 같다

라. 인정사실 이 사건 매입처들에 대하여 과세당국의 세무조사 결과 및 조세범처벌법위반 등에 관한 형사처분의 결과는 다음과 같다.

1) 은수OO

중부지방국세청장의 은수OO에 대한 세무조사결과에 따르면, 은수OO은 사업자등록상 소재지인 OO시 OO동 486-4에서 사업을 한 적이 없고(위 장소는 2007. 7. 1.부터 고물업체인 SMP산업의 사업장으로 사용되었다), 2010년 2기분 부가가치세 과세기간 중 매입한 폐동 등이 전혀 없음에도 불구하고 같은 기간의 매출액으로 약 OOO억원 상당을 신고하였으나 그에 대한 부가가치세 OO억원을 전혀 납부하지 않았다. 또한 은수OO이 제출한 폐동 계량증명서상에 기재된 차량의 운송기사들에게 실제 그러한 폐동운송 사실이 있었는지 여부를 조사한 결과, 대부분의 운송기사들은 그러한 사실이 없을 뿐만 아니라 은수OO과 그 대표인 이기욱을 전혀 알지 못하는 것으로 확인되었다.

2) 나OOO

안산세무서장의 나OOO에 대한 세무조사결과에 따르면, 나OOO은 2010. 3. 5. OO시 OO구 OO동 35-168에서 고철 도매 사업을 개시한 후 같은 달 7. 27. 직권 폐업되었으나, 위 기간 동안 나OOO의 거래처인 OO무역 외 4개업체에 대한 사실조회 결과 그들과의 매출내역이 정상거래로 확인되었다. 다만, 나OOO의 대표자인 박OO은 2010. 7. 1. 무렵부터 2010. 8. 2. 까지 총 49회에 걸쳐 거래처로부터 공급가액 OO억원 상당의 물건을 매입하고도 그에 관한 세금계산서를 발급받지 아니하였다는 범죄 사실로 기소되어 징역 6월의 판결을 선고받았고, 위 판결은 그대로 확정되었다(창원지방법원 마산지원 2012고단OOO 판결).

3) 영신OO

중부지방국세청장과 동수원세무서장의 영신OO에 대한 세무조사결과에 의하면, 영신OO는 사업자등록증 소재지인 OO시 OO면 OO리 산 21 및 OO시 OO동 146-96에서 실제로 고철도매상을 운영하거나 매입매출의 실거래를 한 적이 없었던 것으로 확인되었다. 그럼에도 불구하고 영신OO의 대표인 김OO은 거래처로부터 영신OO의 우체국계좌로 대금을 송금받은 즉시 본인의 나머지 5개 계좌로 분산 이체한 다음 전액 현금으로 출금한 것으로 확인되었다.

4) 덕OOO

중부지방국세청장의 덕OOO에 대한 세무조사결과에 따르면, 덕OOO은 사업자등록지 소재지인 OO시 OO읍 OO리 607-3에 관하여 임대인과 매매계약서를 작성하였으나 실제로는 그곳에서 영업을 한 적이 없고, 실물 매입의 내역이나 자료가 전혀 없음에도 반복적으로 거래처로부터 대금을 계좌이체 받는 즉시 현금으로 인출하여온 것으로 확인되었다. 한편, 덕OOO의 대표자인 이OO은 2011. 7. 25.경 이천세무서에 2011년 1분기 부가가치세 확정 신고를 하면서, 사실은 매출처 6개 업체에 대한 재화 또는 용역을 공급하지 아니하였음에도 공급가액 합계 OOO원 상당의 매출처별 세금계산서합계표를 거짓으로 기재하여 이천세무서에 제출하였다는 범죄 사실로 기소되어 징역 6월의 판결을 선고받았고(수원지방법원 안양지원 2013고단OOO 판결), 위 판결은 대법원에서 그대로 확정되었다.

5) 강OOO

안산세무서장의 강OOO에 대한 세무조사결과에 의하면, 강OOO은 2009. 10. 28. OO시 OO구 OO동 532-7에서 고철 도매업을 개시하였지만 사업을 제대로 영위하지는 않았던 것으로 보이며, 다만 당시의 매출내역에 관하여 최상골드메탈 외 7개거래업체에 실거래 여부를 조회한 결과 모두 정상거래로 확인되었다. 이와 관련하여 강OOO의 대표자인 강OO은 허위의 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 수원지방검찰청 안양지청에 고발되어 수사를 받았으나, 거래 당시의 CCTV 영상화면 및 고철 운반기사로부터 받아둔 계량표, 고철대금 송금 계좌내역서 등의 실거래 근거자료가 확인되어 2011. 4. 13. 불기소처분(혐의 없음)을 받았다.

6) 신OOO

중부지방국세청장의 신OOO에 대한 세무조사결과에 의하면, 신OOO은 원고와의 거래내역에 관한 세금계산서, 계량증명서 등이 존재하고 매입대금이 온라인 입금되어 가공거래나 위장거래의 혐의가 없다는 점이 확인되었다. 다만, 신OOO의 대표자인 신OO은 2009. 7.경부터 같은 해 10.경까지 사이에 총 13개 업체에 공급가액 합계OOO원 상당의 폐구리를 공급하였는데 그 과정에서 고물상으로부터 세금계산서를 수취하지 아니하고 폐구리를 시중가보다 고가로 매입한 후 저가로 판매하였다는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세)의 범죄사실 및 같은 해 7. 31.경부터 같은해 10. 28.경까지 사이에 공급가액 합계 OOO원 상당의 매입 세금계산서를 발급받지 아니하거나 거짓으로 기재한 세금계산서를 발급받았다는 조세범처벌법위반의범죄사실로 기소되어 징역 2년 6월 및 벌금 14억 원의 판결을 선고받았고(서울중앙지방법원 2011고합OOO 판결), 위 판결은 대법원에서 그대로 확정되었다.

7) 해OOO

수원세무서장의 해OOO에 대한 세무조사 결과에 따르면, 해OOO는 사업자등록만 OO시 OO면 OO리 264-4에 등재되어 있을 뿐 고철을 보관할만한 사업장이 없었고, 해OOO의 대표자인 유OO은 별 경제적 능력도, 이전에 고철, 비철 관련 사업체를 운영해 본 경력도 전혀 없는 인물로 확인되었다. 또한 원고가 이 사건 고철 등거래대금으로 유OO의 서안양우체국 계좌로 OOO원을 송금하였으나, 유OO은 같은 날 곧바로 텔레뱅킹으로 본인 명의의 여러 계좌에 OOO만원 단위로 분할 이체한후 전액 현금 출금한 것으로 확인되었다.

8) 오OOOO

서울지방국세청장의 오OOOO에 대한 세무조사 결과에 따르면, 오OOOO은 2010. 9. 12. 사업을 개시한 이래 실제로 사업을 영위하지 않아 2011. 4. 27. 직권폐업되었고, 거래처와의 매입과 관련하여 어떠한 근거자료도 존재하지 않으며, 원고가 이사건 고철 등 거래대금으로 대표자인 윤OO에게 송금한 OOO원도 그 즉시 현금으로 인출되어 그 사용처가 드러나지 않는 것으로 확인되었다. 또한 윤OO는 2010년도 2기분 부가가치세 신고를 함에 있어서 사실은 재화 또는 용역을 공급한 사실이없음에도 원고에 대한 위 OOO원을 포함하여 다수의 거래처에 재화 또는 용역을 공급한 것처럼 매출처별세금계산서합계표를 허위기재하여 제출하였다는 범죄사실로 징역 10월에 집행유예 2년 및 벌금 OOO원의 판결을 선고받았고(서울남부지방법원 2012고합OOO 판결), 위 판결은 그대로 확정되었다.

9) 성OOO

수원세무서장의 성OOO에 대한 세무조사결과에 의하면, 성OOO은 2010. 1. 12. OO시 OO동 산 7-206에서 고철, 공병 등 도매업으로 사업개시를 하고 같은 해 9. 30. 직권폐업되었으나, 위 기간 동안의 매출내역에 대하여 대OOO 외 4개 거래업체에 거래사실 여부를 조회한 결과 모두 정상거래로 확인되었다. 또한 성OOO의 대표자인 강OO는 원고와의 이 사건 고철 등 거래 OOO원을 포함하여 거래 상대방으로부터 고철 대금을 교부받았음에도 부가가치세를 납부하지 아니하여 사기 기타 부정한 행위로 부가가치세를 포탈했다는 피의사실로 수원지방검찰청 안양지청에 고발되어 수사를 받았으나, 부가가치세를 정상적으로 신고하였고 다만 이를 납부하지 아니하였다는 사실만으로 사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈하였다고 할 수 없다는 이유로 2011. 5. 6. 불기소처분(혐의 없음)을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 9호증, 을 제2 내지 29호증의 각 기재, 변론전체의 취지

마. 판단

1) 원고의 매입세액 공제 주장이 신의성실의 원칙에 위반되는지 여부

국세기본법 제15조는 ⁠“납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다”고 규정하고 있다. 그리고 이러한 원칙은 부가가치세에 관한 법률관계에도 당연히 적용된다(국세기본법 제1조, 제3조 제1항 본문)고 할 것인바, 연속되는 일련의 거래 중 어느 한 단계에서 악의적 사업자가 당초부터 부가가치세를 포탈하려고 마음먹고, 오로지 부가가치세를 포탈하는 방법에 의해서만 이익이 창출되고 이를 포탈하지 않으면 오히려 손해만 보는 비정상적인 거래를 시도하여 그가 징수한 부가가치세를 납부하지 않는 경우, 수출업자 또는 구매확인서에 의한 영세율 매출업자가 그러한 전단계의 부정거래를 알고 거래를 하였으면서도 그에 관한 매입세액의 공제􎅔환급을 구하는 것은 국세기본법 제15조에서 정한 신의성실 원칙에 반하는 것으로 허용되지 않는다.그러나 영세율이 적용되지 않는 국내 과세사업자는 위에서 본 일련의 변칙적 거래에 있어서 어느 한 단계를 차지한다 하더라도 거래의 필수적인 존재가 아닐 뿐 아니라, 영세율이 적용되는 사업자와 악의적 사업자 사이의 도관 역할 등을 할 뿐이어서 그의 매입세액 공제․환급을 인정하더라도 매출세액과 매입세액의 차액이 국가에 납부되므로 국고에 직접적 손실이 발생하지 아니한다. 또한 전단계세액공제제도의 근간을 유지하는 데에는 영세율이 적용되는 사업자의 매입세액 공제․환급을 제한하는 것으로 족하고 더 나아가 그 중간 단계에 있는 과세사업자의 매입세액 공제․환급마저 부인하는 것은 국가가 부당한 이득을 취하는 결과에 이르게 된다는 점 등에 비추어 보면, 위와 같은 신의성실의 원칙이 국내 과세거래에 관련된 매입세액의 공제․환급에까지 적용될 수는 없다고 볼 것이다(대법원 2013. 7. 25. 선고 2012두8250 판결 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 원고는 폐동 등 비철의 수출업이 아닌 국내의 도매업을 영위하는 회사이고, 원고가 취소를 구하는 이 사건 처분도 원고가 국내의 과세거래에서 교부받은 매입세금계산서의 매입세액에 관한 공제를 주장한 데 대하여 피고가 이를 거부하는 내용의 부과처분임이 분명한바, 위에서 본 법리에 의하면, 원고의 이 사건 국내의 과세거래에 관련된 매입세액의 공제에 대하여는 신의성실의 원칙이 적용되지 아니한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

2) 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부

가) 처분사유의 추가가 허용되는지 여부

그런데 앞서 본 바와 같이 피고는 원래의 이 사건 처분사유로서 ⁠‘원고가 이사건 매입처들이 조세포탈을 목적으로 부정거래를 하는 악의적 사업자임을 충분히 알수 있었음에도 이 사건 세금계산서의 매입세액을 공제하여 신의성실의 원칙에 반한다(국세기본법 제15조)’는 사유로 이 사건 처분을 하였다가, 이 사건 소송에서 위 사유 외에 ⁠‘원고가 이 사건 매입처들이 아닌 제3자로부터 폐동을 매입하였음에도 공급하는 자를 이 사건 매입처들로 기재한 사실과 다른 세금계산서를 교부받았으므로 매입세액이 공제되어서는 안된다(구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호)’는 사유를 추가하였으므로, 먼저 이러한 처분사유의 추가가 허용되는지 여부에 관하여 살펴본다.

과세처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이므로 과세관청으로서는 사실심 변론종결 시까지는 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환􌥠변경 할 수 있어, 피고가 동일한 세목 아래에서 처분사유를 추가하는 것은 특별한 사정이 없는 한 처분의 동일성이 인정되는 범위로서 허용된다 할 것이다(대법원 2001. 8. 24. 선고 2000두4873 판결 등 참조).

살피건대, 이 사건의 경우 원래의 처분사유와 위와 같이 추가된 처분사유는 모두 이 사건 부가가치세 부과처분에 있어서 과세표준과 세액이 동일한 세목의 범위내에서 과세원인이 된 ⁠‘이 사건 매입처들에 대한 매입세액 불공제‘라는 그 처분의 동일성을 유지하면서 단지 해당 매입세액을 불공제하는 사유를 달리 주장하는 것에 불과하므로, 처분의 동일성이 인정되는 범위로서 처분사유의 추가가 허용된다고 할 것이다.

나) 추가된 처분사유의 당부에 관하여

(1) 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하‘구 부가가치세법’이라 한다) 제17조 제2항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다고 할 것이므로(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조), 재화 등을 공급하는 거래가 실제로 존재하더라도 그 공급주체가 세금계산서 발행명의자와 다른 소위 ⁠“위장거래”로 발급된 세금계산서도 앞서 본 ⁠“사실과 다르게 기재된 세금계산서”에 해당한다고 볼 것이다. 한편, 일반적으로 세금부과처분 취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2009두6568판결 참조).

(2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건 추가 처분사유의 적법여부에 관하여 보건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 매입처들 중 은수OO, 영신OO, 덕OOO, 해OOO, 오OOOO(이하 ⁠‘이 사건 일부 매입처들’이라 한다)으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서는 원고가 사실은 위 각 매입처가 아닌 타인으로부터 폐동 등을 공급받으면서 위 각 매입처가 공급자로 기재된 매입세금계산서를 교부받은 것이라고 봄이 상당하므로, ⁠“사실과 다른 세금계산서”에 해당한다.

① 이 사건 일부 매입처들의 대표자들 중 상당수는 사회적 경력 등에 비추어 볼 때 폐동 등을 공급하는 고철사업을 운영할 능력이 없는 것으로 보이고, 실제 위 각 매입처 중 상당수는 세무관서에 의해 직권으로 폐업되었거나 사업자등록을 한 지얼마 지나지 않아 폐업하였다. 그리고 위 각 매입처들은 모두 상당한 액수의 부가가치세를 체납하였다.

② 이 사건 일부 매입처들 중 상당수는 사업자등록증에 등재된 사업장에서 실제로 사업을 운영하였다고 볼 만한 시설조차 갖추지 않았으며, 이 사건 세금계산서를 발행할 당시 과세관청에 매출에 비하여 극히 소액의 매입신고만을 한 반면, 매출신고를 한 액수는 수억 내지 수십억 원에 이른다.

③ 이 사건 일부 매입처들이 원고의 사업장 내지 야적장에 폐동 등을 하차하였다고 볼만한 객관적인 자료가 없고, 은수OO의 경우 운송을 의뢰했다고 주장하는 일부 화물차 운전기사들은 은수OO의 존재와 위치조차 제대로 알지 못하고 있는 것으로 확인되었다.

④ 이 사건 일부 매입처들 중 상당수는 원고로부터 폐동 등의 대금이 입금되면 입금된 날 바로 현금으로 인출하거나 다른 계좌로 이체하는 과정을 거쳐 현금 인출하는 등으로 자금의 사용처를 추적할 수 없도록 은폐하였는바, 정상적으로 영업을영위하는 업체가 그와 같이 한다고 보기는 어렵다.

(3) 그러나 한편, 이 사건 매입처들 중 위에서 본 일부 매입처들을 제외한 나머지 나OOO, 강OOO, 신OOO, 성OOO(이하, ⁠‘이 사건 나머지 매입처들’이라 한다)이 원고에게 발행한 세금계산서에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉, 위 나머지 매입처들에 대한 피고의 각 조사종결보고서에 의하면 위 업체들의 매출내역이 대금지급내역, 계근표, CCTV 영상, 사진 등에 의하여 대부분 정상거래로 확인된 점, 나OOO과 신OOO에 대한 각 확정판결의 범죄사실은 위 업체들이 매입세금계산서를 허위로 발급받았다는 것이지 매출세금계산서를 허위로 발급하였다는 것은 아닌 점, 강OOO과 성OOO의 경우 관련 고발 사건에서 모두 불기소결정(혐의 없음)을 받은 점 등에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 위 나머지 매입처들이 발급․교부한 세금계산서가 ⁠“사실과 다른 세금계산서”에 해당한다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다.

(4) 원고가 선의․무과실인지 여부

사업자가 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받은 경우에는 원칙적으로 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으나, 사업자가 그러한 세금계산서를 교부받았다고 하더라도 그 명의위장사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데에 과실이 없는 등의 특별한 사정이 있다면 그 매입세액을 매출세액에서 공제 내지 환급받을 수 있으며, 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 2013. 7.25. 선고 2013두6527 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 원고가 이 사건 일부 매입처들로부터 교부받은 세금계산서에 관하여 명의위장 사실을 알지 못하였고 이를 알지 못한 데 과실이 없었는지 여부에 관하여 살피건대, 앞서 본 인정사실과 갑 제1호증 및 을 제26호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 위 각 거래처가 세금계산서상의 공급자가 아님을 알고 있었거나 또는 명의상 공급자에 불과한지에 대하여 의심을 할 만한 충분한 사정이 있었음에도 이를 조사하지 않은 과실이 매입처 2009. 2기 2010. 1기 2010. 2기 은수OO OOO 나OOO 0 0

영신OO 있다고 봄이 상당하다.

① 원고의 대표자 전OO은 서울대학교 졸업 이후 삼성물산 비철 수입 업무를 6년간 하였으며, 1994년에 본인 명의로 법인을 설립하여 해당 업종에 지금까지 종사하면서 폐동가격정보 인터넷사이트인 메탈씨닷컴을 운영한 경력 등도 있어 폐동의 공급구조, 유통경로, 거래형태 및 자료상의 실태와 그 위험성에 대하여 잘 알고 있었을 것으로 보인다.

② 이 사건 일부 거래처들은 사업장을 제대로 갖추지 않아 원고가 위 각 거래처의 사업장을 직접 방문하여 계근대, 야적장, 운송차량 등 기본설비를 갖추고 있는지여부를 확인하였다면 위 거래처들이 교부한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 쉽게 알 수 있었을 것으로 보인다.

3) 소결론

결국, 피고의 이 사건 각 처분 중 이 사건 일부 매입처들로부터 발급받은 세금계산서에 관한 해당 부가가치세 부과처분은 적법한 반면, 나머지 매입처들로부터 발급받은 세금계산서에 관한 해당 부가가치세 부과처분은 위법하다고 할 것인바, 이에 따라 이 사건 매입처들에 대한 2009년 2기분 내지 2010년 2기분의 각 세금계산서 중 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 이 사건 처분 중 정당한 세액 부분을 정리하면 아래 ⁠[표 1]의 기재와 같다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분 중 2009년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중OOO원을 초과하는 부분 및 2010년 1기분 부가가치세 OOO원의 부과처분, 2010년 2기분 부가가치세 OOO원의 부과처분 중 OOO원을 초과하는 부분은 모두 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 위와 같이 제1심 판결을 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2016. 12. 23. 선고 서울고등법원 2015누58210 판결 | 국세법령정보시스템