요지

국세기본법 제13조 제2항은‘법인 아닌 단체’중‘법인으로 보는 단체’를 관할 세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라고 할 것인바, 이러한 규정의 성격과 내용 등에 비추어 보면 관할세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. 6. xx. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 별지1 목록 기재 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다)를 취득하여 보유하다가, 20xx. 5. xx. ○○○○ 주식회사에 이 사건 각 토지를 대금 x,xxx,xxx,xxx원에 매도하는 계약을 체결하였고, 같은 날 위 매도 대금을 모두 지급받고 이 사건 각 토지에 관하여 ○○○○ 주식회사 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다.

 나. 원고는 20xx. 6. x. 이 사건 각 토지의 양도에 따른 양도소득세 x,xxx,xxx,xxx원(농어촌특별세xx,xxx,xxx원 포함)을 피고에게 신고ㆍ납부하였다.

 다. 그 후 원고는 20xx. 5. xx. 피고에게 ⁠“원고는 법인세법이 적용되는 비영리내국법인이므로 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납세의무를 지지 않고, 이 사건 각 토지는 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용한 자산이어서 그 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않는다.”는 취지로 위와 같이 신고ㆍ납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 20xx. 6. xx. ⁠“종중인 원고가 국세기본법 제13조 제2항에 따라 세무서장에게 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받은 바가 없으므로 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 아니하여 법인세법상 비영리내국법인에 해당하지 않는다.”는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 9. 28. 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 20xx. 2. xx. 그 청구를 기각하였다.

바. 한편, 원고는 20xx. 8.경 제목이 ⁠‘사업자등록신청서(개인사업자용)(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)’인 서식에 필요사항을 기재한 서면(을 제2호증 참조, 이하 ⁠‘이 사건 신청서’라 한다)을 피고에게 제출하였고, 이에 기하여 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ⁠‘고유번호증(수익사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가기관 등)(고유번호: xxx- 80-xxxxx)’(갑 제13호증)을 발급한 바 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12, 13호증, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

 가. 원고가 20xx. 8.경 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 실질을 갖추고 그 승인을 받을 의사로 서류를 구비하여 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였고, 피고로부터 20xx. 8. xx. ⁠‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급받았으므로, 당시 원고가 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 관할 세무서장의 승인을 받지 않았더라도 실질과세원칙에 따라 원고는 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 보아야 한다. 따라서 원고는 ⁠‘법인으로 보는 단체’로서 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 양도소득세 납부의무를 지지 않고, 이 사건 각 토지는 ⁠‘법인으로 보는 단체’인 원고가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산이어서 원고는 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 법인세 납부의무도 지지 않으므로, 원고가 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 신고ㆍ납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 또한, 위와 같이 원고는 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 실질을 갖추고 그 승인을 받을의사로 피고에게 이 사건 신청서를 제출하였고, 피고로부터 20xx. 8. xx. ⁠‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급받았는바, 이는 피고가 원고에게 ⁠“원고가 ⁠‘법인으로 보는 단체’ 에 해당한다.”는 공적인 견해를 표명한 것에 해당하고, 원고로서도 피고로부터 교부받은 고유번호증이 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 교부되는 고유번호증인 것으로 알고 있었다. 그럼에도 피고가 ⁠“원고는 관할 세무서장에게 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 신청하여 승인을 받은 바가 없으므로 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않는다.”는 이유로 이 사건 처분을 한 것은 신뢰보호원칙에 위반된다.

3. 관계 법령

 별지2 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

 가. 원고가 국세기본법 제13조 제2항에 규정된 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당하는지 여부에 관한 판단

 1) 관련 법리

 국세기본법 제13조는 ⁠‘법인 아닌 사단ㆍ재단, 그 밖의 단체’를 ⁠‘법인 아닌 단체’ 라고 하면서, 그러한 단체 중 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 관하여 규정하고 있다. 국세기본법 제13조 제1항은, ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 등은 법인으로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제13조 제2항은, 제1항에 따라 법인으로 보는 단체 이외의 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리하는 등 일정 요건을 갖추고 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체도 법인으로 본다고 규정하고 있다.

위와 같은 국세기본법 규정은, 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단ㆍ재단, 기타 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서, 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이다(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 등 참조). 이러한 규정의 성격과 아울러 국세기본법 제13조 제1항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정한 단체는 별도의 신청 및 승인 절차 없이 당연히 법인으로 본다고 규정하면서 같은 법 제13조 제2항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 일정 요건을 갖추고 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 단체를 법인으로 본다고 규정한 취지에 비추어 보면, 국세기본법 제13조 제2항이 규정하는 일정 요건을 갖추었더라도 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받지 않은 이상, 법인으로 볼 수 없다고 할 것이다.

2) 구체적인 판단

 가) 살피건대, 국세기본법 제13조는 앞서 본 바 같이 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 규정이고, 같은 법 제13조 제2항은 ⁠‘법인 아닌 단체’ 중 ⁠‘법인으로 보는 단체’를 관할 세무서장의 승인에 의하여 특정함으로써 조세법률관계를 명확히 하려는 규정이라고 할 것인바, 이러한 규정의 성격과 내용 등에 비추어 보면, 관할 세무서장의 승인을 받지 않은 이상 법인으로 볼 수 없고, 그 승인을 받지 않더라도 법인으로 보아야 한다는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

 나) 나아가 살피건대, 위 인정사실 및 앞서 든 증거들, 갑 제14, 15, 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들 즉, ① 원고는 20xx. 8.경 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인신청서가 아니라 제목이 ⁠‘사업자등록신청서(개인사업자용)’이고 그 아래에 ⁠‘(법인이 아닌 단체의 고유번호 신청서)’라고 기재된 서식에 필요사항을 기재한 이 사건 신청서를 피고에게 제출하였는바, 이 사건 신청서의 서식은 ⁠‘법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체’의 고유번호를 부여받는 경우 소득세법 등이 정하는 바에 따라 사용하는 서식이고, 이에 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ⁠‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급한 점, ② 소득세사무처리규정(국세청 훈령) 제11조 제1항은 ⁠‘법인 아닌 단체’는 부가가치세법 시행규칙 별지 제4호 서식 ⁠‘사업자등록 신청서(개인사업자용)’에 의하여 고유번호를 신청할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 규정 제11조 제2항은, 제1항의 고유번호 신청을 하는 경우 ⁠‘법인 아닌 단체’의 대표자 증명서류, 정관ㆍ규약 등 단체의 성격을 파악할 수 있는 서류 등 세적관리에 필요한 서류를 제출하여야 한다고 규정하고 있으며, 이에 원고는 이 사건 신청서에 당시 원고 대표자 △△△의 주민등록증사본과 함께 종중 규약 및 20xx. 3. xx.자 종중 회의록을 첨부하여 피고에게 제출하였는데, 이와 같이 원고가 이 사건 신청서에 첨부한 서류는 소득세법 등에 따라 ⁠‘법인으로 보는 단체 외의 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체’의 고유번호를 부여받기 위해서 제출할 서류였던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 20xx. 8.경 피고에게 이 사건 신청서를 제출할 당시에 피고로부터 고유번호증을 발급받음으로써 종중인 원고가 종중원 개인들과는 별개의 ⁠‘단체’로서 행위하는 데 필요한 등록을 한다는 것에서 더 나아가 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 의사가 명백하였다고 보기도 어렵다.

나. 신뢰보호원칙 위반 여부에 관한 판단

 1) 일반적으로 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호원칙이 적용되기 위해서는, ① 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며,③ 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, ④ 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, ⑤ 그 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두52805 판결 등 참조).

2) 살피건대, 피고가 20xx. 8. xx. 원고에게 ⁠‘법인 아닌 단체’의 고유번호증을 발급한 사실은 있으나 이를 두고 피고가 원고에게 ⁠“원고가 세법상 ⁠‘법인으로 보는 단체’에 해당한다.”는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기는 어렵고, 설령 원고가 피고로부터 고유번호증을 발급받음으로써 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받은 것으로 신뢰하였다고 하더라도 이는 원고의 일방적인 기대일 뿐 피고의 어떠한 공적인 견해표명에 기인한 것이라고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

5. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다

출처 : 대구지방법원 2024. 06. 20. 선고 대구지방법원 2023구합22391 판결 | 국세법령정보시스템