요지

이 사건 세금계산서는 실질적인 폐기물 위탁 용역의 제공 없이 허위로 작성되었다는 점이 충분히 증명되었고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 이 사건 세금계산서의 기재대로 용역을 제공받은 사실을 인정하기 부족함
원고가 원고의 임원들을 위하여 지출한 변호사비용은 임원들의 관계 법령 위반 행위가 통상적이고 정상적인 폐기물처리업을 영위하면서 수반되거나 예정되는 행위라고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보아 원고의 사업과 관련하여 일반적으로 인정되는 지출 비용으로서 통상적인 것에 해당된다고 볼 수 없으므로, 이는 매입세액 공제를 받을 수 있는 대상에 해당하지 않고, 그 지출내역을 원고의 손금에 산입할 수도 없음

판결내용

상세내용과 같음

상세내용

주      문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 20xx년 제x기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함), 제x기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분 및 20xx년 귀속 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이      유

1. 처분의 경위 등

  가. 원고는 폐기물 수집 운반업 및 중간처리업 등을 영위하는 법인이다.

  나. OO세무서장은 20xx. xx. xx.부터 20xx. xx. xx.까지 원고에 대한 20xx년 귀속 법인정기통합조사를 실시하였고, 원고가 실제로 폐기물위탁처리를 맡기지 아니하고 다음과 같은 각 거래처로부터 합계 x,xxx,xxx,xxx원의 허위의 매입세금계산서를 수수하였고(이하 위 세금계산서를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 세금계산서’라 하고, 각 업체별 세금계산서는 ⁠‘제1, 2, 3 세금계산서’라 한다), 관련 형사사건의 변호사비용 x억 원은 손금불산입 대상이라는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

  다. 피고는 위 과세자료에 따라 20xx. xx. xx. 이 사건 각 세금계산서의 공급가액과 변호사 비용에 대한 매입세액을 불공제하고 해당 지출을 손금불산입하여 원고에게 20xx년 제x기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함), 제x기 부가가치세, xxx,xxx,xxx원(가산세 포함), 20xx년 귀속 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다(이하 위 각 처분을 ⁠‘이 사건 부가가치세 처분’, ⁠‘이 사건 법인세 처분’이라 하고, 위 처분을 통틀어서 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  라. 원고는 이 사건 부가가치세 및 법인세 처분에 각 불복하여 이의신청을 거쳐 20xx. xx. xx. 국세청에 심판청구를 하였으나, 20xx. xx. xx. 기각되었다.

  마. 한편 원고 및 원고의 임원들은 20xx. xx. xx. 20xx년 x, x기 부가가치세 과세기간 동안 이루어진 폐기물관리법위반 등의 혐의로 기소되었고 ⁠[① 폐기물 배출, 수집ㆍ운반,재활용, 폐기물의 인계ㆍ인수에 관한 사항과 계량 값, 위치정보, 영상정보 등과 같은 환경부령으로 정하는 폐기물 처리 현장정보를 올바로시스템에 입력하지 아니한 혐의(이하 ⁠‘올바로시스템 미입력의 점’), ② 폐기물처리업 허가를 받지 않은 무허가 업자인 A주식회사에게 폐기물 위탁 처리를 한 혐의(이하 ⁠‘무허가업자에 대한 폐기물 위탁 처리의 점’), ③ B과 C에 폐기물을 위탁한 다음 해당 폐기물을 처리하지 않고 창고에 적치하는 방식 등으로 무단 투기한 혐의(이하 ⁠‘폐기물 무단투기의 점’)], 제1심에서 20xx. xx. xx. 다음과 같은 형을 선고 받아 그 판결이 항소 및 상고기각으로 20xx. xx. xx. 확정되었는데, 원고의 사업과 직접 관련된 각 범죄 혐의의 내용 및 선고 결과는 다음과 같고(OO지방법원 OO지원 20xx고단xxxx 등 사건, OO지방법원 20xx노xxx 사건, 20xx도xxxx 사건, 이하 ⁠‘관련 형사사건’이라 한다‘), 원고의 임원들 중 이사 D은 20xx. xx. xx. 폐기물무단 투기 혐의에 관하여 다른 임원들과 별도 기소되어 20xx. xx. xx. 해당 혐의가 모두 유죄로 인정되어 징역 x년을 선고받아 그 판결이 20xx. xx. xx. 그대로 확정되었다(OO지방법원 OO지원 20xx고단xxxx 등 사건, OO지방법원 20xx노xxxx, 대법원 20xx도xxxx 사건, 이하 ⁠‘D 별도 형사사건’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자들의 주장

  가. 원고

    1) 이 사건 제1, 2 세금계산서 관련 용역거래에 관하여

    이 사건 제1, 2 세금계산서의 경우, 원고가 위 각 세금계산서 기재 공급가액의 내용대로 각 거래처와 폐기물위탁 처리 용역계약을 체결한 다음 용역대금을 실제로 지급하였고 해당 폐기물을 운반사업자를 통해 폐기물 처리업체에게 위탁하여 수집·보관시킨 이상 실제로 용역을 제공받고 수수한 세금계산서이므로 허위의 세금계산서가 아니다. 관련 형사사건에서도 원고의 실질운영자 E 및 임원들에 대하여는 D 등과 공모하여 B이나 C를 통해 폐기물 무단투기를 공모한 사실이 인정되지 않아 무죄 판결이 선고되어 그대로 확정되었고, B과 C로부터 실물거래 없어 허위세금계산서를 수수한 혐의에 관하여도 경찰에서 불송치결정(혐의없음)을 받았다. 따라서 이 사건 제1, 2 세금계산서가 실제 용역을 제공받지 않고 발급받은 허위의 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 사실오인의 위법이 있으므로 모두 취소되어야 한다.

    2) 변호사 보수에 관하여

    관련 형사사건은 원고 및 원고의 임직원들이 공동피고인으로 기소된 사건으로서, 원고의 사업과 밀접한 관련이 있는 사안에 대한 법률 비용이므로, 위 비용을 매입세액에서 공제하고 원고 법인의 필요경비로 보아 손금으로 처리한 것은 타당하므로 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

  나. 피고

    1) 이 사건 제1, 2 세금계산서 관련 용역거래에 관하여

    이 사건 제1, 2 세금계산서의 경우, 관련 형사사건의 확정 판결문의 이유 등을 종합하여 보면, 위 각 거래처에 위탁된 폐기물은 모두 정상적으로 처리되지 않고 무단 투기된 사실이 관련 형사사건의 확정판결로 확인되었는바, 원고는 위 각 거래처로부터 실제로 폐기물 처리 위탁 용역을 제공받았다고 볼 수 없으므로, 이 사건 제1, 2 세금계산서는 허위의 세금계산서라고 봄이 상당하고, 원고가 피사용자인 D의 위와 같은 폐기물 무단투기 행위에 대한 관리 감독을 해태한 사실이 인정되어 양벌규정에 따라 벌금형을 선고받아 그 판결이 확정된 이상 위와 같은 가공 용역거래에 관하여 선의·무과실이라고 볼 수도 없으므로 위 각 세금계산서의 공급가액 합계액에 대하여 매입세액에서 불공제하고 이를 손금에 산입하지 않은 이 사건 각 처분은 적법하다.

    2) 변호사 보수에 관하여

    관련 형사사건은 원고의 임원들이 폐기물관리법을 위반한 행위에 기인한 것으로서 위와 같은 위반행위는 정상적인 사업 운영을 하면서 발생된 비용이 아니므로, 원고 법인의 사업과 관련된 운영비용으로 볼 수 없으므로 이를 매입세액에서 불공제하고 손금불산입한 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 판단

  가. 이 사건 제1, 2 세금계산서 관련 용역거래에 관한 판단

    1) 관련 법리

    부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 ⁠“발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 규정하고, 제32조 제1항 제1호부터 제4호는 ⁠‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일’을 세금계산서의 필요적 기재사항으로 규정하고 있다. 부가가치세법 제11조 제1항에 의하면, 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하는 것(제1호) 내지 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는것(제2호)을 의미하는데, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 취지 참조).

    한편 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10.자 2012두21253 판결 등 참조). 또한 행정재판은 반드시 수사기관의 불기소처분에 구속받는 것이 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조).

    2) 구체적 판단

    위 법리에 비추어 살펴보건대, 원고가 제출한 갑 제6호증의 기재에 의하면, OO경찰서 담당 수사관은 원고 및 원고의 실질운영자인 E, 원고의 부사장 F에 대한 조세법처벌법위반(허위세금계산서 수수) 혐의에 관하여 20xx. xx. xx. 불송치결정을 한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 앞에서 든 증거 및 갑 제7, 을 제5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 모두 종합하면, 이 사건 제1, 2 세금계산서는 실질적인 폐기물 위탁 용역의 제공 없이 허위로 작성되었다는 점이 충분히 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 B과 C로부터 위 세금계산서의 기재대로 용역을 제공받은 사실을 인정하기 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 제1, 2세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 해당 매입세액을 불공제한 이 사건 부가가치세 처분은 적법하고, 위 용역거래가 존재하지 않는 이상 해당 거래 대금을 손금불산입한 이 사건 법인세 처분 역시 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    ① 관련 형사사건의 확정 판결에 비추어 보면, D은 원고 회사에서 ⁠‘이사’ 직함을 사용하면서 원고 등이 배출하는 페기물의 소각, 매립, 재활용 등 그 처리와 관련하여 거래업체 물색 및 계약 협상, 화물차 배차 업무 등을 담당하면서 B을 운영하는 G, C를 인수하려던 H 등과 공모하여 I, J 등이 미리 임차하여 둔 OO도 OO시 소재 창고 등에 합계 약 2,370톤의 폐기물을 무단투기한 혐의 등으로 20xx. xx. xx. 기소되었고, D 별도 형사사건에서 해당 혐의가 모두 유죄로 인정되어 20xx. xx. xx. 징역 5년을 선고받아 그 판결이 20xx. xx. xx. 확정되었으며(OO지방법원 OO지원 20xx고단xxxx 등 사건), 원고 역시 관련 형사사건에서 이사 D의 폐기물 무단투기 행위 등에 관하여 상당한 주의와 감독을 하지 아니한 책임이 인정되어 벌금 x,xxx만 원을 선고 받아 해당 판결이 확정된 사실은 앞에서 살펴본 바와 같다.

    ② 원고와 B 및 C 사이의 용역거래계약서가 확인되지 않았으나, 관련 형사사건의 확정판결의 이유 및 원고가 제출한 사업장폐기물 위·수탁계약서의 양식(갑 제7호증), 올바로시스템상의 폐기물 위·수탁처리 표준계약서(을 제5호증) 등에 비추어 보면, 원고는 폐기물 수집업체인 주식회사 K 등으로부터 혼합폐기물을 인계받아 1차 파쇄 선별 작업과 같은 중간처리를 한 폐합성수지를 다시 B과 C에 위탁하여 2차 파쇄 또는 분쇄하는 작업을 맡기는 용역을 제공받기로 한 것으로 보이고, 폐기물 위탁을 받은 위 거래처들은 폐기물관리법에서 정하는 바에 따라 폐기물을 적법 처리하여, 폐기물 처리확인서 내지 인계서 등을 원고에게 제공하여야 할 계약상 의무가 있었던 것으로 확인된다. 더구나 관련 형사사건의 판결 이유에 비추어 보면, 원고가 지불한 선급금 명목의 거래대금의 상당부분은 G 등이 폐기물을 무단 투기할 창고를 임대하기 위한 비용으로 사용되었고, 배출된 폐기물의 실제 하차지도 각 거래처와 정해 둔 하차지가 아닌 OO, OO 등에 소재한 창고에 혼재되어 있었던 것으로 보이는 바, 해당 폐기물이 폐기물관리법에서 정한 적법 방식을 위반하여 원고의 종업원이던 이사 D 등에 의해 각 거래처의 파쇄·분별시설과는 무관한창고에 무단 투기된 이상 이는 외관상 폐기물 처리 용역의 공급을 가장한 것에 불과하고 실제로 부가가치세의 과세원인이 되는 폐기물 처리 용역의 공급 거래가 있었다고 볼 수 없다. 더구나 원고는 이후 무단투기된 폐기물의 상당부분에 관하여 조치명령을 받고 자신의 비용을 들여 별도로 처리한 것으로 보인다.

    원고는 운반사업자가 위 폐기물을 운반하여 수탁 처리자에게 인도하는 순간 위 폐기물 처리 용역의 제공이 완료된다고 주장하나, 위에서 살핀 용역거래 계약의 내용, 법령상 원고에게 요구되는 적법한 폐기물 처리의 내용, 운반사업자에게는 운송료가 별도로 지급되었고 원고가 B, C에 지급한 대금은 위 거래처들이 폐기물관리법에서 정하는 바에 따라 폐기물을 적법하게 처리하는 것에 대한 대금으로 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 타당하지 않다.

    ③ 원고는 D 등의 기망에 의해 폐기물이 무단투기된 것이므로 이 사건 제1, 2 세금계산서 기재대로 매입세액이 공제되어야 한다는 주장을 하고 있는바, 이는 설령 위 세금계산서가 허위이더라도 원고는 선의의 거래 상대방으로서 매입세액을 공제받아야 한다는 취지의 주장도 포함된 것으로 보인다. 그러나 관련 형사사건의 확정 판결 내용에 따르면, 원고의 실질 운영자이던 E은 D이 폐기물관리법위반죄로 여러 차례 징역형을 선고받은 전력이 있음을 알면서도 폐기물 배출 관련 영업 전반을 맡겨둔 채 B 등에 대하여 실제 폐기물을 처리할 수 있는 기계․설비 등이 갖추어져 있어 그 처리 과정이 관계 법령에 따른 폐기물의 처리 기준과 방법 또는 폐기물의 재활용 원칙 및 준수사항에 맞게 이루어지고 있는지, 폐기물이 실제로 B 등으로 운반되고 있는지 등을 확인하려는 아무런 노력을 기울이지 않았을 뿐만 아니라 B이 폐기물 종합재활용업 허가를 받지 않았고, B에 배출된 폐기물에 관한 정보를 올바로시스템에 입력할 수 없는 사실을 알고 있었음에도 이를 시정하기 위한 아무런 조치를 취하지 않은 사실, 원고의 임원들은 B과 사이에 계약서조차 작정하지 않고 폐기물을 배출한 다음 B이 추후 허가를 득하면 소급하여 입력하려고 하였던 사실도 각 인정된다(갑 제4호증의 2, 19, 20면 등 참조). 여기에다가 원고의 실질 운영자이던 E은 폐기물처리 관련 사업체 수 개를 운영하면서 동종 사업을 운영한 경력이 상당하였던 점까지 감안하여 보면, 원고는 D 등의 폐기물 무단투기 행위 및 이 사건 제1, 2 세금계산서 기재 거래가 가공거래라는 점에 관하여 적어도 상당한 과실이 있다고 봄이 상당하다. 또한 이 사건의 경우, 거래 당시 명의위장 사실에 관하여 선의·무과실로 허위 세금계산서를 수수하여 부가가치세법상 예정 및 확정신고를 마쳤으나 추후 명의위장거래가 밝혀진 경우와 같이 매입세액을 공제받을 수 있는 경우와 그 거래구조나 태양이 같다고 보기도 어렵다(대법원 2009. 6. 11. 선고 2009두1808 판결 등 참조).

  나. 변호사 보수에 관한 판단

    1) 관련 법리

    법인의 대표자 개인이 당사자가 된 민·형사사건의 변호사 비용은 법인의 비용으로 지출할 수 없는 것이 원칙이고, 예외적으로 분쟁에 대한 실질적인 이해관계는 법인에 게 있으나 법적인 이유로 그 대표자의 지위에 있는 개인이 소송 기타 법적 절차의 당사자가 되었다거나 대표자로서 법인을 위해 적법하게 행한 직무행위 또는 대표자의 지위에 있음으로 말미암아 의무적으로 행한 행위 등과 관련하여 분쟁이 발생한 경우와 같이, 당해 법적 분쟁이 법인과 업무적인 관련이 깊고 당시의 제반 사정에 비추어 법인의 이익을 위하여 소송을 수행하거나 고소에 대응하여야 할 특별한 필요성이 있는 경우에 한하여 법인의 비용으로 변호사 선임료를 지출할 수 있으며(대법원 2006. 10. 26. 선고 2004도6280 판결 등 참조), 반대로 법인 자체가 소송당사자가 된 경우에는 원칙적으로 그 소송의 수행이 법인의 업무수행이라고 볼 수 있으므로 그 변호사 선임료를 법인의 비용으로 지출할 수 있을 것이나, 그 소송에서 법인이 형식적으로 소송당사자가 되어 있을 뿐 실질적인 당사자가 따로 있고 법인으로서는 그 소송의 결과에 있어서 별다른 이해관계가 없다고 볼 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 소송의 수행이 법인의 업무수행이라고 볼 수 없어 법인의 비용으로 이를 위한 변호사 선임료를 지출할 수 없다고 할 것이다(대법원 2008. 6. 26. 선고 2007도9679 판결 등 참조).

    2) 구체적 판단

    위 법리에 비추어 살펴보건대, 앞에서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들 즉, ① 관련 형사사건에서 원고가 양벌규정에 따라 벌금을 선고 받은 사실이 인정되기는 하나, 앞에서 본 바와 같이 원고의 실질 운영자 E 등은 D의 위반행위를 감독하지 못한 데에 상당한 주의의무 위반이 인정된 점, ② 관련 형사사건에서 원고의 임원들이자 종업원들은 폐기물 무단투기 외에도 폐기물관리법에서 정한 준수사항을 위반하여 올바로시스템에 폐기물 처리 현장 정보를 미입력하고, 무허가업자에 대하여 폐기물 위탁 처리를 하는 등과 같은 고의의 위법행위를 저질렀다는 내용으로 유죄판결을 선고받았는바 위와 같은 임원들의 관계 법령 위반 행위가 통상적이고 정상적인 폐기물처리업을 영위하면서 수반되거나 예정되는 행위라고 볼 수 없는 점, ③ 관련 형사사건에서 위 임원들은 원고가 아닌 E이 운영하는 주식회사 엘케이이노베이션의 사업과 관련하여서도 폐기물법 위반 행위(허가받은 처분공정을 임의로 변경하여 위탁받은 폐기물을 처분한 준수사항 위반 행위)에 가담하였다는 내용으로 유죄판결을 선고받았는데 해당 범죄 혐의는 원고의 사업과는 직접 관계가 없는 점, ④ 원고 임원들에게 인정된 폐기물관리법 위반 행위의 횟수와 기간에 비추어 해당 임원들은 원고를 위하여 관계법령을 준수하여 업무를 수행할 의무를 위반한 것으로도 평가할 수 있는 점 등을 모두 종합하여 보면, 원고가 원고의 실질운영자이던 E 및 임원들을 위하여 지출한 변호사비용은 원고의 사업과 관련하여 일반적으로 인정되는 지출 비용으로서 통상적인 것에 해당된다고 볼 수 없으므로, 이는 매입세액 공제를 받을 수 있는 대상에 해당하지 않고, 그 지출내역을 원고의 손금에 산입할 수도 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2024. 08. 16. 선고 인천지방법원 2023구합58149 판결 | 국세법령정보시스템