요지

조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 과세를 이연받고 완전모회사주식 처분 시 양도소득세를 과세할 때 완전모회사주식 처분 당시의 세율을 적용하는 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 1. 11. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 000,000,000원의 경정청구거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거에다가 이 법원에서 추가로 제출된 증거를 보태어 살펴보더라도, 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원의 판결이유는 제1심판결의 별지를 이 판결의 별지로 교체하고, 아래 제2항과 같이 고치거나 추가ㆍ삭제하는 이외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고치거나 추가ㆍ삭제하는 부분

○ 제1심판결 제2면 제11, 12행의 ⁠“(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”를 ⁠“(2017. 3. 10. 기획재정부령 제606호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제2면 표 마지막 행의 ⁠“90,463,837,500”을 ⁠“90,362,587,500”으로 고쳐쓴다.

○ 제1심판결 제7면 제9행의 ⁠“조세특례제한법 시행규칙”을 ⁠“구 조특법 시행규칙”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제3행의 ⁠“포괄절”을 ⁠“포괄적”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제4행의 ⁠“현물출자”를 ⁠“포괄적 주식교환”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『나아가 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 조특법이 개정되면서, 제38조 제1항에 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례가 신설되었고, 그 제정ㆍ개정 이유로 ⁠‘기업이 자산의 대부분을 양도하고 그 대가로 상대방 기업의 주식을 받고, 청산하거나 ⁠「상법」에 따라 주식을 포괄적 교환ㆍ이전하고 다른 기업의 100퍼센트 자회사가 되는 경우 경제적 실질이 합병과 유사하므로 양도차익에 대한 과세를 이연함’이라고 밝히고 있으므로, 당초의 입법취지에 의하더라도 과세이연 대상은 양도차익으로 보아야 한다(을 제2호증

참조).』

○ 제1심판결 제9면 제13, 14행의 ⁠“(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”를 삭제한다.

○ 제1심판결 제9면 마지막 행의 ⁠“행정청의”부터 제10면 제4행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『위 신청서 양식이 비록 부령의 형식으로 되어있으나 그 내용은 과세이연신청 절차를 위한 것으로 행정청 내의 사무처리준칙에 불과하여 대외적 구속력을 가진다고 볼 수 없다. 따라서 조특법 시행규칙의 신청서 양식에 과세이연금액 뿐 아니라 세율을 곱한 과세이연세액까지 기재하도록 되어있다는 사정만으로 상위법령인 구 조특법과 구 조특법 시행령에서 명시적으로 정하고 있는 방식의 과세이연이 아니라 포괄적 주식교환 당시의 세율을 적용한 확정된 양도소득세액이 과세이연되었다고 볼 수 없다.

나아가 원고는, 주식의 포괄적 교환ㆍ이전에 대한 과세특례를 규정한 구 조특법 제38조 제1항은 ⁠“주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 … 과세를 이연받을 수 있다”라고, 주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례를 규정한 구 조특법 제38조의2 제1항은 ⁠“그 현물출자로 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 … 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다”로 되어있어 그 문구의 차이가 있음을 들어, 전자는 양도세액을, 후자는 양도차익을 과세이연하는 것이고 그 차이를 반영하여 신청서 서식도 달리 만들어 진 것이라고 주장한다. 그러나 위 각 특례가 과세이연 대상을 달리 할 합리적인 이유를 찾기 어렵고, 주식의 현물출자에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례는 구 조특법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제38조의2 제1항에서 ⁠“주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 … 과세를 이연받을 수 있다”로 규정되었다가 조특법이 2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되면서 위의 구 조특법 문구로 바뀌었는데, 원고의 주장대로라면 이와 같은 문구 개정에 대해 과세특례신청서 서식도 ⁠‘과세이연세액’란이 있다가 ⁠‘주식과세이연금액’란까지만 있는 것으로 변경되었어야 할 것이지만, 2010. 1. 1. 개정 전 시행규칙상 신청서 서식도 ⁠‘과세이연세액’란 없이 ⁠‘주식과세이연금액’란만 있다. 따라서 구 조특법 시행규칙상 신청서 서식을 모법의 해석에 참고하기 어렵다.』

○ 제1심판결 제11면 제16행의 ⁠“2017. 12. 19. 법률 제15229호”를 ⁠“2017. 12. 19. 법률 제15227호”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제12면 제11행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『또한, 원고는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)제21조 제2항 제2호는 예정신고 납부하는 소득세의 납세의무 성립시기를 ⁠‘과세표준이 되는 금액이 발생한 달의 말일’로 규정하고, 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항은 주식 양도에 따른 양도소득세에 대하여 그 양도일이 속하는 분기의 말일부터 2개월 내에 예정신고 납부하도록 규정하는데, 구 국세기본법(2017. 12. 19. 법률 제15220호로 개정되기 전의 것) 제3조에 따라 납세의무의 성립과 확정에 관한 내용은 각 세법의 특례 규정보다 우선하므로, 구 조특법 특례에도 불구하고 납세의무 성립시기를 구 국세기본법이 정하는 바와 달리 할 수는 없어 과세이연의 대상은 주식의 포괄적 교환에 대해 납세의무가 성립한 ⁠‘양도소득세’가 되는 것이지 ⁠‘양도차익’이 될 수 없다고 주장한다. 살피건대, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호는 ⁠‘주식 등이 양도된 경우 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득은 해당 과세기간에 주식의 양도로 발생하는 소득으로 한다.’고 규정하고 있다. 그런데 이 사건 과세이연금액인 완전자회사 주식의 양도차익은 원고가 이 사건 과세특례신청을 함에 따라 2016년도 양도소득세의 과세대상이 되는 양도소득이 되지 않았고, 구 조특법 시행령 제35조의2 제3, 4항에 의하여 향후 완전모회사 주식의 처분시점에 완전모회사 주식의 취득가액에서 이를 차감하게 되었다. 즉 과세이연금액(완전자회사 주식의 양도차익)을 별도의 독립된 과세대상으로 보지 않고 완전모회사 주식의 양도차익에 포함시킨 후 완전모회사 주식의 양도소득만을 과세대상으로 하는 것이므로, 그 납세의무의 성립시기 역시 완전모회사 주식을 양도한 때가 된다. 원고가 지적하는 구 국세기본법의 조항은 과세표준이 되는 금액이 실현되어 그 연도에 납부하여야 함을 전제로 납세의무 성립시기를 정한 것이어서, 과세이연 대상을 양도차익으로 보더라도 구 국세기본법상 해석에 반하지 않는다(원고가 완전모회사인 XXX 주식을 처분하지 않고 영구히 보유한다면 조특법에서 정한 과세이연 중단사유를 제외하고는 추가적인 양도소득세 신고ㆍ납부의무가 없을 것이라는 점에서도 그러하다). 따라서 이 사건 포괄적 주식교환이 발생(2016. 6. 16.)한 달의 말일(2016. 6. 30.)에 납세의무가 성립되었다고 볼 수는 없다. 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.』

○ 제1심판결 제13면 제10행, 제19행의 각 ⁠“시행령 제35조의2 제1항”을 ⁠“시행령 제35조의2 제4항”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제19행의 ⁠“(90,463,837,500원×20%)”를 삭제한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 08. 08. 선고 서울고등법원 2023누43367 판결 | 국세법령정보시스템