민간투자 임대형 사회기반시설 ‘임대료’의 실질과 부가가치세 부과

요지

사회기반시설을 건설하여 주무관청에 기부채납하고 임대료 명목으로 지급받은 금원은 실질적으로는 도급 용역에 대한 대금을 분할지급 받은 것임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2014. 2. 3. 원고들에 대하여 한 별지 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을

모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2014. 2. 3. 원고들에 대하여 한 별지 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 취

소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 ○○○○ 주식회사(이하 ⁠‘원고 ○○○○’이라 한다)는 2007. 4. 4.경, 원고○○

○○ 주식회사(이하 ⁠‘원고 ○○○○’이라 한다)는 2007. 12. 28.경 각 ○○○○시 ○○○ 과 사이에 원고들이 자신의 비용으로 학교시설 등을 건축한 후 그 소유권을 주무관청 에게 귀속시키고, 원고들이 위 시설을 관리·운영하면서 주무관청으로부터 임대료와 운

영비를 지급받기로 하는 내용의 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ⁠‘민간투자법’이

라 한다)에 따른 임대형 민자사업 실시협약(이하 ⁠‘이 사건 각 실시협약’이라 한다)

을 체결하였다.

나. 원고 ○○○○은 2009. 2.경까지 ○○○○○○학교 외 3개 학교 신축공사를 하였 고, 원고 ○○○○은 2010. 1.경까지 ○○○○○○학교 외 2개 학교에 대한 개축공사 및 19개 학교에 대한 체육관 증축 공사를 하였다(이하 원고들이 건축한 시설을 ⁠‘이 사

건 시설’이라 한다).

다. 피고는 원고들이 부동산 임대사업자임에도 2010년 제2기부터 2012년 제1기까지

주무관청으로부터 지급받은 정부지급금(임대료, 운영비 명목)에 관한 부가가치세를 신

고하면서 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았다는 이유로 2014. 2. 3. 원고들에게

별지 목록과 같이 부가가치세 가산세를 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 2014. 5. 1. 이의신청을 하였으나 2014. 5.29. 기

각결정을 받았고, 2014. 8. 29. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 2014. 12. 5.기각결정 을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(각 가지번호 포함), 을 제1 내지 30호증

의 각 기재,

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고들은 이 사건 실시협약에 따라 원고들의 비용으로 이 사건 시설을 건축하여 주무

관청에게 제공하였고, 이후 위 도급에 대한 대가를 차임의 명목으로 지급받았을 뿐이

므로, 이 사건 실시협약 및 민간투자법에서 임대차라는 용어를 사용하였더라도 그 실

질은 도급계약에 따라 제공한 용역의 대가를 분할하여 지급받은 것에 불과하다. 따라

서 원고가 부동산임대업자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법령

별지와 같다.

다. 판단

1) 갑 제2 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다

음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 원고들은 민간투자법 제4조 제2호에 따라 이 사건 각 실시협약을 체결하였는데, 이

사건 실시협약의 주요내용은 아래와 같다.

민간이 각 시설의 설계·건설·유지관리 및 운영과 사업시행을 위한 재원조달을 수행하고,

교육청은 이에 대한 관리운영권을 부여하고 임대료를 지급한다.

- 본 사업시설의 건설을 위해 사업시행자가 투자한 자금은 본 협약에서 정한 바에 따

라 산정·지급되는 임대료와 부속시설의 운영으로 인한 순이익으로 회수되며, 시설의 운

영 및 유지관리에 소요되는 비용은 본 협약에서 정한 바에 따라 운영비로 충당된다(제

2조 사업의 추진방식).

- ⁠‘시설임대료’라 함은 사업시행자의 투자비 회수를 위한 보상분으로 관리운영권 설정

기간동안 본 협약에 따라 주무관청이 사업시행자에게 원리금균등상환 방식으로 지급하 는 금액을 말하고, ⁠‘운영비’라 함은 관리운영권 설정기간 동안 사업시행자가 주무관청

으로부터 지급받는 시설의 관리 및 운영의 서비스에 대한 대가로서 인건비, 유비관리

비, 운영설비 대체비,부대비 및 제경비를 말한다(제3조 용어의 정의).

- 본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에게 귀속된다(제9조).

- 본 협약에서 달리 정함이 없는 한, 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 20년으로 한다(제10조).

- 사업시행자는 본 협약에서 정한 관리운영권을 근거로 하여 본 사업시설을 주무관청

에게임대함과 동시에 본 사업시설을 본 협약에 따라 적절하게 유지관리 및 운영을 하

여야 한다.

본 협약에서 정한 바에 따라 사업시행자는 주무관청으로부터 본 시설의 운영비를 지급

받기로 한다(제40조).

- 본 사업시설의 임대차계약은 본 협약에서 정한 바에 따라 관리운영권 설정기간을 임

대차존속기간으로 하여 사업시행자가 주무관청에게 본 사업시설을 사용하게 하고 주무

관청이이에 대하여 임대료를 지급하는 것을 내용으로 한다(제41조)

본 협약이 체결됨으로써 제1항의 임대차계약이 동시에 체결된 것으로 간주하여 임대차

를위한 별도 방식의 계약을 필요로 하지 않으며, 관리운영권 설정기간 동안 임대차계

약의 효력이 발생한다. 이 경우 관리운영권 설정기간의 개시일을 임대차 존속기간의

개시일로 하기로 한다.

- 본 사업시설의 임대개시 후 최초 5년 동안 매 분기별로 주무관청이 사업시행자에게

지급하는 임대료는 총민간투자비에 사업수익률을 반영하여 산정한다. 임대료는 원리금

균등분할산식을 적용하여 산정하되, 부속시설의 매년도 순이익 추정치를 공제하여 산

정한다(제59조).

- 임대료는 본 사업시설의 임대개시 후 매 5년이 경과할 때마다 1회에 한하여 ⁠‘제57조

사업수익률의 산정’에 따라 조정되는 수익률에 연동하여 조정하기로 한다(제60조)

② 원고 ○○○○은 2009. 2. 13.경까지 이 사건 실시협약에 따라 ○○○○학교 외 3개

학교에 대한 신축공사를 시행하였고, 이후 위 4개 학교에 대한 관리·운영및 그 중 3개

학교의 매점에 대한 관리·운영 업무를 수행하였다. 원고 ○○○○은 2010. 3분기부터 ○○○○○ ○○○으로부터 임대료, 운영비 명목의 정부지급금을 지급받았는데, 원고

○○○○이 위 매점을 운영하여 발생한 부속사업 수익은 이 사건 실시협약에 따라 산

정된 임대료에서 공제되었다.

③ 원고 ○○○○은 2010. 1. 7.경까지 ○○○○○○학교 외 2개 학교에 대한 개축공사

 및 ○○○○학교 외 18개 학교에 대한 체육관 증축공사를 시행하였고, 이후 위시설에

 대한 관리·운영 업무를 수행하면서 2010년 3분기부터 ○○○○○ ○○○으로부터 임 대료, 운영비 명목의 정부지급금을 지급받았다.

④ 원고들은 ○○○○○ ○○○으로부터 지급받은 임대료와 운영비에 대하여 부동산관

리업에 의한 수입금액으로 부가가치세를 신고하면서 부동산임대공급가액명세서를 제출

하지 않다가, 원고 ○○○○○은 2013년 제2기분부터, 원고 ○○○○○ 은 2012년 제2

기분부터 부동산임대공급가액명세서를 제출하였다.

2) 위 인정사실에 의하면 이 사건 실시협약은 원고들이 자신의 비용으로 이 사건시설 을 건축하여 ○○○○○ ○○○에게 그 소유권을 귀속시키되, 원고들이 이 사건 시설

의 건설을 위해 투자한 자금은 이 사건 실시협약에 따라 산정된 임대료와 부속시설의

운영수익으로 회수하는 것을 기본적인 구조로 하고 있고, 원고들과 ○○○○○ ○○○

사이에 이 사건 실시협약 외에 별도의 임대차계약은 체결된 바가 없으며, 이 사건 시

설에 대한 임대료는 일반적인 임대차계약과는 달리 원고들이 투자한 총민간투자비에 이 사건 실시협약에서 정한 사업수익률을 반영하는 방식으로 일괄적으로 산정되어 원

고들에 대한 관리운영권 설정기간인 20년 동안 원고들이 투자한 총민간투자비를 원리

금균등상환 방식으로 지급하도록 약정되었으므로, 이 사건 실시협약 및 민간투자법에

서 임대차, 임대료 등의 용어를 사용하고 있지만, 원고들이 ○○○○○ ○○○으로부터

임대료 명목으로 지급받은 돈은 실질적으로는 이 사건 시설에 대한 도급 용역대금의

장기분할금이라고 봄이 타당하다.

나아가 민간투자법은 국가 또는 지방자치단체가 사회기반시설의 소유권을 보유하는

방식의 민간투자사업 추진방식에 관하여 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을

인정하는 방식만을 정하고 있다가, 2005. 1. 27. 법률 제7386호로 개정되면서 사업시행

자에게 시설관리운영권을 인정하는 한편 국가 또는 지방자치단체에게 사회기반시설을

임대하여 사용·수익하는 방식의 민간투자법 제4조 제2호가 신설되었는데, 위 조항은사

업시행자가 직접 시설을 운영하기 곤란하거나 운영수입만으로는 투자비의 회수가 어려

운 시설 등에 대하여 사업시행자의 투자비를 국가 또는 지방자치단체가 보전해 주어

민간의 투자를 활성화시키되, 국가 또는 지방자치단체 입장에서는 위 투자비를 장기간 에 걸쳐 임대료의 형식으로 지급함으로써 국가 또는 지방자치단체의 재정 부담을 분산

시키려는 데 그 입법취지가 있다고 보이므로, 이와 같은 점을 보더라도 원고들이 지급

받은 임대료 형식의 돈은 실질적으로 민간투자사업의 사업시행자로서 투자한 도급용역 에 대한 대금을 분할지급 받은 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 원고들이 이 사건 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의

장기분할금이라고 보는 것이 실질과세 원칙에 부합하므로, 원고들이 부동산임대업자임 을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처분은

위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.

출처 : 인천지방법원 2015. 08. 27. 선고 인천지방법원 2015구합50867 판결 | 국세법령정보시스템