요지

이 사건 거래는 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었으므로 위장거래(끼워넣기 거래)에 해당하고, 이 사건 각 처분 중 부가가치세 처분은 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없으므로 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없으나, 세금계산서미발급가산세 부과제척기간은 10년임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제2항 표의 ⁠‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 ⁠‘고지세액 중 부가가치세 부분(2015년 2기까지)’란 순번 1 내지 10의 부가가치세 합계 1,257,364,178원, ② ⁠‘고지세액 중 가산세 부분(2015년 2기까지)’란 순번 1 내지 10의 부정과소신고가산세 합계 502,949,692원, ③ 같은 란 순번 1내지 10의 납부불성실가산세 합계 1,016,471,437원 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 원고가 65%, 피고가 35%를 각 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 표의 ⁠‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ⁠‘취소청구세액’란 기재 상당액 부분, 같은 목록 제2항 표의 ⁠‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 ⁠‘취소청구세액’ 기재 상당액 부분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 피고가 2019. 7. 1. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 제1항 표의 ⁠‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 중 ⁠‘취소청구세액’란 기재 상당액 부분, 같은 목록 제2항 표 순번 11 내지 18의 ⁠‘경정 총결정세액(가산세 포함)’란 기재 각 부가가치세 부과처분(가산세 포함) 중 ⁠‘취소청구세액’ 기재 상당액 부분을 각 취소한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 1) 원고는 2004. 10. 25. 설립된 회사로서 2010. 2. 4. 발행주식 12만 주, 자본금의 액 6억원, 2011. 11. 2. 발행주식 20만 주, 자본금의 액 10억 원으로 순차 변경되었고, 그 목적사업으로서 2011. 3. 25. 현재 ① 컴퓨터 시스템 통합자문 및 구축서비스업, ② 소프트웨어 개발, 공급 및 유지보수, ③ 컴퓨터통신 관련 하드웨어 및 개발, 생산, 판매, 운영, ④ 전자상거래, ⑤ 컴퓨터 및 주변기기 제조 및 도·소매 등이 등재되어 있다.

2) B은 2010. 9. 30. 원고의 사내이사로 등재되었고(갑 제57호증), 2011. 3. 1.부터 원고의 부사장으로 근무하고 있다.

나. 주식회사 C(이하 ⁠‘C ’이라 한다), 주식회사 E(이하 ⁠‘E’이라 한다), D 주식회사(이하 ⁠‘D’이라 한다), F 주식회사(이하 ⁠‘F ’이라 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업 등을 사업목적으로 하는 회사인바(이하 C, E, D, F을 통칭하여 ⁠‘이 사건 사업장’이라 한다), 이 사건 사업장은 모두 B이 자신의 명의 또는 배우자, 친인척의 명의를 빌려 설립하거나 인수하였는데, 이 사건 사업장의 구체적인 내역은 아래와 같다.

1) C에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2010. 3. 24.

나) 본점 소재지 : 성남시 중원구 AAI건물 AAJ호 → 2011. 11. 7. 서울 광진구 AAK건물, 8층으로 본점 이전 → 2016. 4. 14. 서울 노원구 AAL아파트, AAM호로 본점 이전 → 2019. 4. 9. 서울 강남구 AAN건물, 10층 AAO호로 본점 이전

다) 발행주식의 총수 : 10,000주 → 2011. 10. 12. 20,000주로 변경(B 100% 소유)

라) 자본금의 액 : 5,000만 원 → 2011. 10. 12. 1억 원으로 변경

마) 임원 : ① 대표자 사내이사 J(B의 배우자), ② 감사 AAP(2016. 3. 31. 퇴임)

바) 목적사업 : ① 소프트웨어 자문, 개발, 공급업, ② 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업, ③ 시스템통합 및 관리사업, ④ 디지털, 이동, 유무선 통신네트워크 구축업, ⑤ 멀티미디어 하드웨어, 소프트웨어, 서비스업, ⑥ 보안 소프트웨어, 생체인식기술 구축업, ⑦ 전자상거래, 인터넷쇼핑몰업, ⑧ 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업 등 총 19개(이러한 내용과 순서 및 개수는 아래에서 보는 ⁠‘F ’의 목적사업과 완전히 동일하다).

2) E에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2011. 10. 25.

나) 발행주식의 총수 : 10,000주(B 100% 소유)

다) 자본금의 액 : 5,000만 원

라) 임원 : ① 대표자 사내이사 L( J의 언니, B의 처형) → B(2019. 9. 20.), ② 감사

AAQ(L의 남편, B의 동서, 2014. 3. 31. 퇴임)

마) 목적사업 : ① 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, ② 전자상거래업 및 인터넷홈쇼핑몰사업, ③ 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업, ④ 정보통신 관련 장비 수출입업, ⑤ 소프트웨어 자문, 개발, 공급업 등 총 7개

3) D에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2011. 6. 15.

나) 발행주식의 총수 : 10,000주(B 100% 소유)

다) 자본금의 액 : 5,000만 원

라) 임원 : ① 대표자 사내이사 K( J의 동생, B의 처남) → B(2019. 9. 20.), ② 감사 L( J의 언니,B의 처형, 2014. 3. 31. 퇴임)

마) 목적사업 : ① 소프트웨어 자문, 개발, 공급업, ② 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업, ③ 시스템통합 및 관리사업, ④ 디지털, 이동, 유무선 통신네트워크 구축업, ⑤ 멀티미디어 하드웨어, 소프트웨어, 서비스업, ⑥ 보안 소프트웨어, 생체인식기술 구축업, ⑦ 전자상거래, 인터넷쇼핑몰업,⑧ 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업 등 총 28개

4) F에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2002. 7. 8.(B 인수시점 2011. 8.경)

나) 발행주식의 총수 : 10,000주(위와 같이 인수 후 B 100% 소유)

다) 자본금의 액 : 5,000만 원

라) 임원 : 대표자 사내이사 K( J의 동생, B의 처남, 2011. 8. 23. 취임) → 대표이사 B(2012. 2.13. 취임)

마) 목적사업(2011. 8. 23. 변경된 것) : ① 소프트웨어 자문, 개발, 공급업, ② 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업, ③ 시스템통합 및 관리사업, ④ 디지털, 이동, 유무선 통신네트워크 구축업,⑤ 멀티미디어 하드웨어, 소프트웨어, 서비스업, ⑥ 보안 소프트웨어, 생체인식기술 구축업, ⑦ 전자상거래, 인터넷쇼핑몰업, ⑧ 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업 등 총 19개(앞서 본 바와 같이 C과 완전히 동일하다)

다. 주식회사 G(이하 ⁠‘G’라 한다), H 주식회사(이하 ⁠‘H’이라 한다)는 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 네트워크 유지보수 서비스업 등을 영위하는 회사인바(G, H을 통칭하여 ⁠‘이 사건 거래처’라 한다), 이 사건 거래처의 구체적인 내역은 아래와 같다.

1) G에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2004. 8. 24.

나) 발행주식의 총수 : 800,000주

다) 자본금의 액 : 4억 원

라) 임원 : 대표이사 AAR

마) 목적사업 : ① 컴퓨터 및 주변기기 판매업, ② 네트워크장비 및 관련기기 판매업, ③ 컴퓨터 및 주변기기 수리, 유지보수업, ④ 네트워크장비 유지보수 및 공사업, ⑤ 시스템 통합 및 기술용역업,⑥ 소프트웨어 개발 및 공급업 등 13개 및 ⑦ 정보통신서비스업, 인력파견업, 위 각호에 관한 부대사업 일체(⑦의 경우는 2014. 12. 10 추가됨)

2) H에 관하여

가) 회사성립연월일 : 2005. 11. 3.

나) 발행주식의 총수 : 10,000주

다) 자본금의 액 : 5,000만 원

라) 임원 : 대표이사 AAS

마) 목적사업 : ① 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, ② 통신장비 도·소매업, ③ 소프트웨어 개발 및 도·소매업, ④ 네트워크 시공 및 유지보수업 등 총 5개

라. 1) 서울지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2019. 2. 14.부터 2019. 6. 18.까지 원고의 2013 내지 2017 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였다가 2019. 4. 25. 조세범칙조사로 전환하면서 조사범위를 2009 내지 2017 사업연도로 확대하였다(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다).

2) 이 사건 세무조사 결과, 조사청은 ⁠‘원고가 실제 공급자[I 주식회사(이하 ⁠‘I’이라 하고, 다른 주식회사의 경우에도 주식회사 명칭은 생략하기로 한다) 외 다수 회사(이하 통칭하여 ⁠‘이 사건 공급업체’라 한다)]로부터 직접 재화 및 용역을 공급받을 수 있었음에도, B을 통해 이 사건 사업장을 설립 내지 인수하여 아래 그림과 같이 가공거래를 하였고, 이 사건 거래처를 불필요하게 끼워넣기하는 방식으로 공급가액을 3배가량 부풀리고 매출원가를 허위로 과다계상함으로써 해당 금액을 사외유출하였다‘고 보고(이와 관련된 거래를 ⁠‘이 사건 거래’라 한다), 이에 대한 과세자료를 피고에 게 통보하였다.

마. 1) 이에 따라 피고는 원고가 2009 내지 2017 사업연도 과세기간에 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처로부터 수취한 10,336,042,490원 상당의 매입세금계산서[상세 내역은 별지 2와 같다(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)]의 매입세액을 각 과세기간의 매출세액에서 공제하지 아니하는 것으로 경정하고 세금계산서미발급가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세를 적용하여 별지 1 목록 제2항 표의 ⁠“경정 총 결정세액(가산세 포함)”란 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함)를 재산정한 후 2019. 7. 1. 원고에게 위 표의 ⁠“고지세액(가산세 포함)”란 기재와 같이 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다)를 각 증액경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

2) 피고는 2019. 7. 1. 위 공급가액 상당액을 손금불산입하고 일반과소신고가산세, 부정과소신고 가산세, 납부불성실가산세를 적용하여 별지 1 목록 제1항 표의 ⁠“경정 총 결정세액(가산세 포함)“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함)를 재산정하고 원고에게 위 표의 ”고지세액(가산세 포함)“란 기재와 같이 각 법인세(가산세 포함, 이하 같다)를 증액경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 합하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2019. 9. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2021. 6. 25. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 41, 42, 47 내지 50, 57호증, 을 제1 내지 21호증(가지번호 있는 것은 별도로 표시하지 않는 한 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

가. 당사자 간에 선택한 거래 관계는 그 자체로서 존중되어야 한다. 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처의 물적·인적 실체를 부인할 수 없고, 이 사건 거래의 각 당사자들이 독립된 경제적 주체로서 각 자의 역할을 충실히 수행하였으므로, 이 사건 거래는 실체 없는 ⁠‘끼워넣기’ 거래에 해당하지 않는다.

나. 설령 그렇게 보지 않는다 하더라도, ① 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 모두 매출세액에 대해 부가가치세 신고 및 납부를 완료하여 실제 부가가치세의 조세수입 감소가 발생하지 않았고, 원고에게 이 사건 거래로 인하여 부가가치세 수입의 감소가 발생하리라는 인식 자체도 존재하지 않았다. 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간은 5년으로 보아야 하고, 2009년 제1기 내지 2013년 제2기 부가가치세 및 가산세 부과처분 부분은 과세처분 당시 부과제척기간 5년이 도과하였으므로 취소되어야 한다.

또한 ② 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 모두 법인세를 사실대로 신고·납부하였고 이를 탈루한 사실이 없으므로 이 사건 법인세 부과처분의 부과제척기간 역시 5년으로 보아야 하고, 2009 내지 2013 사업연도 법인세 및 가산세 부과처분 부분은 과세처분 당시 부과제척기간 5년이 도과하였으므로 취소되어야 한다.

다. 이 사건 세무조사에서도 적법절차의 원칙은 준수되어야 한다. 조사청은 원고에 대한 세무조사범위를 당초 2013 내지 2017 사업연도에서 2009 내지 2017 사업연도로 확대하면서 원고의 동의 없이 원고의 PC자료에서 2009 내지 2012 사업연도 관련 과세자료(이하 ⁠‘쟁점 과세자료’라 한다)를 수집하였는바, 이는 적법절차원칙에 위반한 과세자료 확보로서 위법한 압수에 해당한다. 따라서 이에 기초한 2009 내지 2012 사업연도 법인세 및 2009년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세 부과처분 부분(각 가산세 포함)은 위법한 세무조사에 의한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 인정사실

앞서 든 증거들 및 갑 제62호증의 1 내지 3, 갑 제68호증의 3 내지 5의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면 아래와 같은 사정들이 인정된다.

1) 관련자들의 지위 등

가) 이 사건 사업장의 설립 내지 인수와 관련하여 법인등기부에 등재된 것을 위주로 살펴보면, B은 ① 2010. 3. 24. 배우자인 J을 대표자로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업 등을 목적사업으로 하는 C을 설립하였고, ② 2011. 6. 15. 처남 K을 대표자로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업 등을 목적사업으로 하는 D을 설립한 후, 2019. 9. 20. 자신이 대표자로 취임하였으며, ③ 2011. 10. 25. 처형인 L을 대표자로 하여 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업 등을 목적사업으로 하는 E을 설립하고, 2019. 9. 20. 자신이 대표자로 취임하였으며, ④ 2011. 8.경 M을 인수하여 회사명을 F으로 변경하고, 처남 K을 대표자로 등재시켰으며(그 후 B은 2012. 2. 13. 대표이사로 등재되었다), 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업, 정보화시스템 기획, 개발, 유지보수업 등을 목적사업으로 변경하였다.

나) 이 사건 사업장의 설립 내지 인수 및 그 소유관계 등과 관련된 B의 이 사건 세무조사 당시의 진술 내용은 다음과 같다.

(1) C 관련

(2) E 관련

(3) D 관련

(4) F 관련

다) 위와 같은 사정에 더하여, 아래에서 보는 이 사건 세무조사 당시 관련자들의 진술 내용을 종합하여 볼 때, 이 사건 사업장의 대표자 및 주주들은 B의 가족 내지 친인척 또는 지인들로 구성되어 있지만, 이 사건 사업장의 실질적인 대표는 B이고, 실소유자도 B이라고 봄이 상당하다.

라) 이 사건 거래처인 H은 2005. 11. 3. 설립되어 2016. 10. 11. 폐업되었고, G는 2004. 8.

24. 설립되어 2020. 6. 30. 폐업되었다.

마) B은 2001. 5.경부터 주식회사 N(이하 ⁠‘N’라 한다)에서 근무하였는데, 퇴직 전 직위는 부장으로 EMP(기업, 군, 공공) 사업 부문 영업을 담당하였다. 또한 B은 2010. 3.경 C을 설립하였고, 2010. 9. 30. 원고의 사내이사로 등재되었으며, 2011. 3. 1.부터 원고의 부사장으로 근무하고 있다.

2) 이 사건 군 사업의 내용

가) ⁠(1) O은 2010년경 지명경쟁 전자입찰을 통해 서울 용산에 있는 기존 P 부지에 지상 10층, 지하 4층 규모의 Q 건물을 신축하는 ⁠“Q 구축사업(일명 R사업, 이하 ⁠‘R사업’이라 한다)”의 시공사로 선정되었고, 그 직후인 2010. 12.경 최저가입찰을 통해 통신공정 부분을 원고에게 하도급하였는데, B은 원고의 사내이사로 있으면서 원고의 대리인으로 위 절차에 참여하여 그와 같이 최저가로 수주를 받은 것이다.

(2) R사업은 2011. 12.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2012. 8.경 완공되었다.

나) ⁠(1) S은 2010년경 지명경쟁 전자입찰을 통해 서울 서초구 T에 있는 U를 안양으로 이전하는 사업인 ⁠“U 이전사업(일명 V 사업, 이하 ⁠‘V 사업’이라 하고, R사업과 통칭하여 ⁠‘이 사건 군 사업’이라 한다)”의 시공사로 선정되었고, 그 직후 네트워크 공사 부분을 W에 하도급하였는데, W는 2012. 2.경 입찰을 통해 통신공정 부분을 원고에게 다시 하도급하였는바, B은 원고의 부사장으로 있으면서 원고의 대리인으로 위 절차에 참여하여 그와 같이 최저가로 수주를 받은 것이다.

(2) V 사업은 2012. 11.경 완공될 예정이었으나 실제로는 2015. 12.경 완공되었다.

다) B은 2019. 11. 21. 수사기관에서 ⁠‘이 사건 군 사업 수주과정에서 B과 원고의 역할은 어떻게 되느냐’라는 질문에 대해, ⁠“원고는 주계약자로 계약하고 계약이행보증보험증권, 하자이행보증보험증권을 발행한 것과 현장 PM 1명을 지원해준 것 외에는 특별한 역할은 없다. 저는 사업 전체를 총괄하였는데, 수시로 사용부대를 방문하여 협의하였고, 납품가능장비군 제조사와 납품가 협의, 소요예측 및 구성안 산출, 구성 가능장비 기술 검토, 시방서 보완, 내역서 체크, 규격서 체크 및 보완, 신기술 적용 분야 검토, 주요 경로 백업 방안 보완, 설계오류 체크 및 수정, 향후 업무 증가에 따른 용량 분석, 기존 장비 연동성 검토 등을 하였고, 많은 일을 하였다. 설계변경 이슈, 납품일정, 설치일정, 요청 서류작성, 사용부대 요구사항 해결, 준공 전까지 규격검토 등을 하였다. 그리고 원고 이름으로 공사를 계약할 때도 위험부담은 모두 제가 책임지기로 하였다.”라고 진술하였다.

3) 관련 고발사건 경과

가) 당초 조사청은 원고의 대표이사 X과 B 등을 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), 조세범처벌법위반 등 혐의로 고발하였는데, 서울중앙지방검찰청은 2020. 4. 1. ⁠‘① C이 원고에게 물품을 공급하고 원고는 여기에 고정적 마진을 붙여 사업을 수주한 계약금액에 맞춰 군부대 공사현장에 납품하기로 한 양자 간 제휴 내지 합의가 있었던 것으로 이 사건 군 사업은 실질적으로 C의 사업인 점, ② 원고가 거래에 관여하였다고 볼 수 있는 객관적인 증거가 없고 B이 이 사건 사업장 명의로 이 사건 공급업체로부터 물품을 매입한 것으로 보일 뿐 B이 이 사건 군 사업 수행을 위해 원고에 입사하였다고 보기는 어려운 점, ③ C이 그 실질이 없는 위장 회사라고 보이지 않아 C이 제출한 매입처별 세금계산서합계표도 허위 기재되었다고 볼 수 없고, B이 군관계자로부터 품목이나 수량이 노출되지 않아야 한다는 주의를 듣고 안전장치로 D, E, F을 동원하여 장비를 분할매수하였다고 봄이 타당하다고 판단되므로 이 사건 사업장이 위장 회사라고 보이지 않는 점, ④ 이 사건 거래처는 이 사건 군 사업에 납품된 장비의 장애처리나 무상유지보수에 도움을 주기 위한 업체로 보이고, 위 장비가 이 사건 거래처를 거치지 않고 이 사건 공급업체에서 군부대 공사현장으로 바로 운송되었다는 것만으로 실물거래가 없다고 할 수 없으므로 이 사건 거래처와의 거래를 허위거래로 단정할 수는 없는 점 등을 종합하면 각 세금계산서는 계약상의 합의에 의한 실질적인 거래 과정에서 수수한 것으로 볼 수 있고 달리 허위거래라고 인정할 만한 증거가 없다’는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다.

나) 이에 대하여 조사청이 2020. 5. 14. 항고하였고, 서울고등검찰청의 재기수사명령에 따른 재수사결과 2020. 12. 17. 재차 ⁠‘① 이 사건 사업장이 독립된 경제주체로서 거래에 참여하였다고 보이는 점, 보안 유지 등을 위하여 여러 개의 업체를 통해 거래할 필요가 있었던 것으로 보이는 점, 실질적 운영자가 B으로 동일하고, 거래 대상 물품 실물이 직접 군부대 공사현장으로 이동한다고 하더라도 물건의 인도가 직접적일 필요는 없으므로 중간 업체의 실체가 없다고 단정할 수 없는 점, 이 사건 사업장에서 직접 원고로 매출한 부분도 있는 점 등을 고려하면 이 사건 사업장이 위장업체라고 단정하기 부족하고, ② 이 사건 사업장이 이 사건 공급업체로부터 견적서 등 거래 관련 서류를 주고 받으며 업무협의를 한 사실이 인정되고 세금계산서를 수수한 점, 이 사건 거래처가 이 사건 사업장과 구체적인 거래내역을 주고받은 사실이 인정되는 점 등에 비추어 거래당사자 사이에 구체적인 합의가 있었다고 판단되며 재화나 용역의 공급이 없었다고 단정하기 어렵다’는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분 결정이 내려졌다. 이에 불복하여 조사청이 2021. 1. 27. 항고하였으나, 서울고등검찰청은 2021. 2. 22. 항고를 각하하였다.

4) 이 사건 세무조사 당시 관련자들의 진술 내용 등

가) ⁠(1) 이 사건 군 사업의 장비는 I 등 이 사건 공급업체에서 이 사건 군 사업 공사현장으로 바로 운송되었다(을 제2호증 중 제13쪽, 을 제3호증 중 제8쪽, 을 제5호증 중 제8~9, 11쪽, 을 제6호증중 제3쪽).

(2) 한편 조사청의 이 사건 세무조사 당시 이 사건 사업장에 대하여 세금계산서를 발행한 이 사건 공급업체인 I의 대표자는 다음과 같이 진술하였다(을 제2호증).

(3) I의 실무 직원(AAG)은 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제3호증).

나) 또한 C에 대하여 2011~2012년 기간 동안 세금계산서를 발행한 이 사건 공급업체인 Z의 대표자는 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제4호증).

다) C, E, D, H에 대하여 2011~2015년 기간 동안 세금계산서를 발행한 이 사건 공급업체인 AAAA

의 대표자는 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제5호증).

라) E, G에 대하여 세금계산서를 발행한 이 사건 공급업체인 AAB의 영업 직원(BT)은 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제6호증).

마) 이 사건 공급업체인 AAD의 대표자는 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같은 내용의 확인서를 제출하였다(갑 제2호증 중 제24쪽).

바) C의 대표자로 등재된 J(B의 배우자)과 직원으로 등재된 BV는 이 사건 세무조사 당시, 다음과

같이 진술하였다(을 제8, 11호증).

(1) 대표자로 등재된 J

2) 직원으로 등재된 BV

사) C의 직원으로 등재되었던 BX은 수사기관에서 다음과 같이 진술하였다(갑 제68호증의 1).

아) 나아가 이 사건 거래처인 G의 대표자는 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제12호증).

자) 이 사건 거래처인 H의 실무 직원(소외 1, 2, 3, 4)은 이 사건 세무조사 당시, 다음과 같이 진술하였다(을 제14호증의 1 내지 4).

(1) 2007년부터 2015년까지 근무하였던 소외 2(을 제14호증의 2)

각주28>

(2) ① 2005년부터 2015년까지 근무하였던 소외 1, ② 2005년부터 2013년까지 근무하였던 소외3, ③ 2013. 4.경부터 2015. 9.경까지 근무하였던 소외 4는 모두 소외 2의 위 ⁠(1)항 기재 진술과 대체로 동일하거나 유사한 진술을 하였다(을 제14호증의 1, 3, 4).

나. 이 사건 거래의 가공거래(끼워넣기 거래) 해당 여부

1) 관련 법리

가) 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호는 세금계산서의 기재내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득·수익·계산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

나) 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 거래에 개입한 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받아 이를 다시 공급하는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과한 이른바 ⁠‘끼워넣기 거래’를 들 수 있는데, 이때 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래로서 이른바 ⁠‘끼워넣기 거래’인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결의 취지 등 참조).

다) 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것이므로, 부가가치세법령상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 등 참조).

라) 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서‘에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다

(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결

의 각 취지 등 참조).

한편, 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두6100 판결의 각 취지 등 참조).

마) 일반적으로 세금 부과처분 취소소송에서 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있다고 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제의 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 아니하는 사정을 입증하지 않는 한, 그 세금 부과처분에 대하여 과세요건을 충족시키지 못한 위법이 있는 처분이라고 할 수는 없다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결, 대법원 2004. 6. 11. 선고 2002두3645 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위와 같은 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 인정사실에다 갑 제9 내지 29, 33 내지 38, 51 내지 56호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 거래는 실물의 이동을 수반하지 않은 가공거래로서 이 사건 세금계산서가 실제 거래 없이 허위로 작성되었음이 상당한 정도로 증명되었다 할 것이고, 원고가 제출하는 증거들만으로는 그와 달리 이 사건 거래가 실체와 부합하는 진정한 거래라는 사실을 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이에 대한 원고의 주장은 이유 없다.

가) 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의 불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10.26. 선고 87누493 판결 등 참조).

나) 이 사건 사업장 중 C을 제외한 나머지 회사(E, D, F)는 원고가 R사업의 통신공정 부분을 하도급받은 이후 비로소 B에 의해 설립되거나 인수된 것이며, 원고가 하도급받은 이 사건 군 사업 공정이 모두 종료된 2016년 이후부터는 매출이 거의 발생하지 않았다.

이 사건 세금계산서 중 이 사건 사업장 명의로 발급된 세금계산서는 모두 원고와 동일한 IP주소에서 발급되었고, 랜카드 고유번호, CPU 고유번호, 저장매체 고유번호가 원고의 것과 동일하며(갑제2호증 중 제26쪽), 심지어 C의 직원으로 등재되었던 자도 C의 사업장 소재지나 대표자를 전혀 모르고 있으며 오히려 원고를 위해 근무한 것이라고 진술하였다.

또한 B은 이 사건 세무조사 당시, ’① C은 사무실(공유사무실에 사업자등록을 하였다) 및 설비(집기, 비품, 시설장치 등)가 없고, 소속 임직원들이 실제로 수행한 업무는 없었으며, ② E의 사업장이 없고, 명의상 대표이사이자 처형인 L이 간혹 은행업무를 하였을 뿐 직원들이 출근한 사실이 없었으며, ③ D 및 F의 사업장이 없고, 모친인 AAZ을 직원으로 등재하였을 뿐 실제로 출근한 직원은 없으며, 실제로 근무하지 아니한 친인척들을 C, E, D의 직원으로 등재하여 급여를 지급하였다‘는 취지로 진술하였다.

원고가 제출한 갑 제15 내지 29, 68호증의 각 기재로는 이 사건 사업장이 서류상으로 각 주식회사의 외관을 갖추었음을 인정할 수 있을 뿐이고, 그 대표자나 직원으로 등재된 자들조차 회사의 실질을 제대로 알지 못하였던 이상, 위 증거들만으로 이 사건 사업장이 이 사건 군 사업과 관련하여 사업에 필요한 인적·물적 설비를 갖추고 있었다고 인정하기 어렵다.

다) 나아가 이 사건 공급업체, 이 사건 거래처의 대표자 및 직원들이 한 진술을 모두 보더라도 이 사건 사업장이나 이 사건 거래처가 이 사건 군 사업 현장으로의 재화의 운송, 해당 재화의 보관이나 납품, 재화나 용역의 제공에 직접적으로 관여한 것이 발견되지 않고, 그 외 재화나 용역의 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관한 합의나 이 사건 거래에 따른 권리·의무를 이 사건 사업장 등에 실제 귀속시키고자 하는 의사의 합치가 있었다고 보기도 어렵다.

오히려 이 사건 거래는 원고 측 B 부사장의 주도 하에 실질적으로 원고와 이 사건 공급업체 사이에 거래가 이루어진 것임에도 불구하고 단지 그 중간에 이 사건 사업장과 이 사건 거래처를 끼워넣는 거래 형태를 취하여 그에 맞추어 B의 요구에 따라 B이 원하는 그대로의 내용으로 세금계산서를 발급하게 된 것이므로, 위와 같은 매입거래와 매출거래가 각 이 사건 공급업체별로 원고와 사이에 실질적으로 하나의 거래에 해당한다고 볼 수도 있다.

라) 이에 대하여 원고는, 이 사건 세무조사 과정에서 있었던 ’원고의 주장에 배치되는 각 진술인들‘(이하 ’진술인들‘이라 한다)의 진술을 신뢰할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 대부분의 이 사건 공급업체 대표자들 및 G 대표자가 ⁠‘B이 사업을 진행하였고 B의 요청으로 세금계산서를 발행하였을 뿐 원고 외에 나머지 회사를 알지 못한다’고 일치된 진술을 하고 있는 점,

H 직원들 역시 이 사건 거래에 관하여 전혀 알지 못하고 관련 업무를 수행한 적도 없다고 진술하고 있는 점, 달리 이 사건 세무조사 과정에서 한 진술자들의 진술이 의사에 반하여 강제로 이루어진 것이라고 볼 만한 자료도 존재하지 않는 점 등을 종합하여 보면, 각 진술인들의 진술이 사실을 정확히 알지 못한 상태에서 진술하였다거나 허위로 진술한 것이라고 보기 어렵다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마) 원고는 갑 제33호증의 이메일을 제출하면서, 이 사건 사업장과 이 사건 거래처가 이 사건 거래에서 일정한 역할과 책임을 부담하였다고 주장한다.

그러나 갑 제33호증 이메일 중 원고가 지적하는 2013. 6. 14. D이 AAG에게 보낸 ⁠“Re: 세금계산서발행요청” 부분(갑 제33호증 중 제16, 17쪽)을 보면, D이 2013. 5. 31. I에 세금계산서 발행요청을 하여 I이 2013. 6. 7. D에 발주서 작성을 요청하였고, 이에 D이 2013. 6. 14. I에 발주일자가 2013. 5. 1.로 기재된 발주서를 보낸 것으로 그 순서 및 내용에 비추어 보더라도 세금계산서 발행을 위해 발주서가 작성된 것으로 보일 뿐 D의 선주문(발주서)에 따라 I이 D에 장비를 납품한 뒤에 세금계산서가 발행되는 정상적 거래 과정이 순차적으로 이루어진 것으로 보이지 아니하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

바) 또한 원고는 갑 제33호증 중 2013. 12. 23. I 직원 AAG이 B에게 보낸 ⁠“I입니다”라는 이메일(갑 제33호증 중 제18, 19쪽)을 근거로 2013. 8. 5. 이미 D과 CMS자재류납품계약을 체결하는 등 실거래가 있었으므로 이에 반하는 I의 대표자나 직원의 진술을 신뢰할 수 없다고도 주장한다.

그러나 위 2013. 8. 5.자 CMS자재류납품계약서가 첨부된 이메일은 2013. 12. 23. B에게 발송

된 것으로 위 납품계약서에 D과 I의 날인도 되어 있지 않은바, 오히려 2013. 12. 23.에 2013. 8.5.로 소급하여 납품계약서를 작성하려 하였던 것으로 보일 뿐이다. 즉 이로써 2013. 8. 5. 당시 I이 D과 이미 거래를 하고 있었다고 인정하기는 어렵고, I 대표자나 직원의 진술이 허위라고 보기도어렵다.

그 외에 이 사건 사업장과 이 사건 공급업체 사이에 견적서와 발주서를 주고받은 사실은 확인되나, 이는 앞서 본 이 사건 공급업체 관계자들의 진술에 비추어 볼 때 세금계산서의 발행만을 위해 작성되었던 것으로 보일 뿐이다. 결국 원고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다.

사) 원고가 제출한 갑 제34 내지 38호증의 각 거래내역에 의하면 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처 사이에 자금 흐름이 있었음이 확인된다.

그러나 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처가 수취한 금원은 이 사건 거래의 외형을 창출하는데 협조한 대가로 보이고, 위 현금흐름 역시 그에 따른 세금계산서 발행의 외관을 만들기 위한 자금거래였을 가능성을 배제하기 어렵다. 결국 B의 요청에 따라 이 사건 거래 관련 세금계산서를 사실과 달리 나누어 발행하였다는 진술인들의 일치된 진술을 위 자금흐름만으로 배척하기 어렵고, 달리 이 사건 사업장과 이 사건 거래처가 거래당사자로서 실질적인 역할을 담당하였다고 인정하기에는 부족하다.

아) 원고는 P의 요청에 따라 이 사건 사업장을 이용하여 이 사건 군 사업에 사용될 장비를 분할 매수하여 구매처나 장비의 종류 파악을 어렵게 하고 장비의 전체 수량을 쉽게 파악할 수 없도록 한 것이라고 주장한다.

원고가 이 사건 군 사업을 하도급받을 당시 시행 중이던 구 국방정보화업무훈령(2014. 7. 9. 국방부훈령 제1683호로 전부개정되기 전의 것) 제41조 제7호는 ⁠‘사업관리기관은 누출금지정보[별표AA6]에 관한 내용을 참조하여 계약 문서를 작성하여야 한다’고 규정하고 있고, ⁠[별표AA6] 누출금지정보의 범위 가이드에 ⁠“⑥ 보안시스템 및 정보보호시스템 도입 현황, ⑦ 방화벽·IPS 등 정보보호제품 및 라우터·스위치 등 네트웍장비 설정 정보”가 포함되어 있기는 하다.

그러나 위 규정은 그 내용 자체를 보더라도 해당 가이드의 내용을 참조하여 계약문서를 작성하여야함을 규정한 것뿐이고, P나 이 사건 군 사업 시공사가 원고와의 계약서 등에 기밀로 할 사항을 기재하는 것 등이 충분히 가능함에도 정작 원고가 이러한 내용이 기재되어 있는 문건 등을 제출하지는 못하고 있다.

결국 위 규정의 존재만으로 P나 이 사건 군 사업 시공사들이 구두로 원고에게 장비 분할 매수를 요청하였음을 뒷받침하는 사정이 된다고 보기는 어려우며, 달리 원고의 주장을 인정할 만한 증거가 없다.

또한, B 스스로도 2019. 4. 4. 이 사건 세무조사를 받을 당시에 그와 같은 진술을 한 바 없으며, 설령 P 측에서 그러한 요청을 하였다고 하더라도 이 사건 사업장의 매출세금계산서가 동일한 장소에서 발행되었고 이 사건 사업장의 대표자나 주주가 모두 B과 밀접한 관련이 있는 자들이어서 그 추적이 오히려 용이한 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 이 사건 사업장을 이용한 분할 매수방법이 그러한 정보누출금지(기밀 유지)에 적합한 방법이었다고 보이지도 아니한다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이기 어렵다.

자) 원고는 이 사건 거래처를 통해 납품을 함으로써 통신장비에 하자가 발생하는 경우 이 사건 거래처 등을 통해 해결하고자 하였다고 주장한다.

그러나 ① 원고와 이 사건 거래처 사이에 하자보증에 관한 합의가 존재함을 뒷받침할 어떠한 객관적인 증거도 없으며, 오히려 이 사건 거래처 중 G의 대표자 및 H의 직원들은 이 사건 세무조사 당시 원고나 P의 업무를 한 적이 없다고 진술하고 있는 점, ② 나아가 이 사건 군 사업이 최종적으로 2015. 12. 완료된 후 이 사건 군 사업의 계약서상 하자보증기간(24 ~ 36개월)이 지나기도 전인 2016년에 이 사건 거래처 중 한 곳인 H이 폐업한 점, ③ 원고나 이 사건 거래처가 이 사건 군 사업의 하자보증기간에 실제 하자보수를 수행하였다고 볼 객관적인 증거도 전혀 없는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

차) 원고는 갑 제9 내지 14호증의 각 이메일 및 갑 제51 내지 56호증의 이 사건 군 사업 관련 시방서 등 B이 보관하고 있던 자료를 제출하면서 B이 원고에 입사하기 전부터 이 사건 군 사업을 준비하였던 사정에 비추어 보아도 B이 C을 통해 이 사건 군 사업을 추진하였고 원고와는 협업 관계에 있었던 것이며, 이 사건 거래는 B이 이 사건 사업장의 실소유주로서 실제로 행한 것이므로 원고가 행한 끼워넣기 거래가 아니라는 취지로 주장한다.

그러나 원고가 제출한 자료들은 B이 N에서 근무하던 기간에 이 사건 군 사업 관련 업무를 한 사실이 있음을 뒷받침할 뿐이고, 더 나아가 B의 행위가 원고의 부사장으로서가 아닌 이 사건 사업장의 실소유주로서의 행위라거나 이 사건 거래가 끼워넣기 거래가 아님을 뒷받침하는 사정이라고 보기는 어렵다.

또한 B이 이 사건 공급업체에도 스스로를 원고의 부사장이라고 소개하였고 이 사건 공급업체가 C을 비롯한 이 사건 사업장의 실체를 알지 못하였던 사정에 비추어 보면, 이 사건 공급업체 역시 거래 상대방이 실제로 원고라고 인식하였으나 세금계산서 발행만을 B의 요청에 따라 B이 원하는 내용대로 이 사건 사업장 명의로 하였던 것으로 보일 따름이다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

다. 이 사건 각 처분의 부과제척기간

1) 관련 규정

구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 제3호에서 상속세·증여세를 제외한 나머지 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 ⁠‘해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년’으로 규정하는 한편, 제1호에서 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 ⁠‘부정행위’라 한다)로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우에는 ⁠‘그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년’으로 규정하고, 제1호의2에서 ⁠‘납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 정하면서, 그 각 목으로 ⁠“가. 소득세법 제81조 제3항 제4호, 나. 구 법인세법 제76조 제9항 제4호(현행 제75조의8 제1항 제4호), 다. 부가가치세법 제60조 제2항 제2호·제3항 및 제4항”을 규정하고 있다.

2) 이 사건 법인세 부과처분의 부과제척기간

가) 관련 법리

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않는다. 그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522판결 등 참조).

한편 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제12조의2 제1항은 ⁠“법 제26조의2 제1항 제1호에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’란 조세범 처벌법 제3조 제6항 각호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.”라고 규정하고,조세범 처벌법 제3조 제6항 제5호는 ⁠‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’을 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 하나로 들고 있다(대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 이 사건 법인세 부과처분의 고지세액과 그중 가산세 부분(2015 사업연도까지)은 아래 표 기재와 같다(을 제1, 19, 21호증).

(2) 우선, 이 사건 법인세 부과처분 중 법인세 부분(가산세를 제외한 본세 부분)에 대하여 본다.

(가) 앞서 본 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처로부터 사실과 다른 이 사건 세금계산서를 수취하였고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위신고한 사실을 알 수 있다.

즉, 원고는 이 사건 세금계산서를 이용하여 부풀려진 공급가액 상당액을 매입으로 손금산입함으로써 손금을 과다계상, 법인세 과세표준을 과소계상하였는바, 이로써 원고에게 법인 소득에 대한 적극적 은닉의도 내지 조세 탈루에 대한 인식이 있었음을 추단할 수 있다.

(나) 이에 대하여 원고는, 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처가 그에 따른 법인세를 모두 신고·납부한 이상, 이 사건 거래를 통하여 법인세 탈루가 발생할 여지가 없다고 하면서, ① 원고가 이 사건 공급업체로부터 직접 납품을 받은 경우와 ② 이 사건 사업장 및 이 사건 거래처를 거쳐 납품을 받은 경우에 있어 국가에 납부하는 법인세의 총액이 동일하다는 취지로 주장한다.

그러나 법인세는 과세표준 금액이 증가함에 따라 적용되는 세율도 점차 높아지는 누진세에 해당하여, 원고가 법인세 과세표준을 이 사건과 같이 과소계상함으로써 과세표준 금액을 낮춤에 따라 그에 따른 적용 세율도 낮아지게 된 것이고, 반대로 만약 원고가 위 ①의 경우에 해당하는 것으로 보아 정확한 과세표준을 계상하였다면 그에 따른 적용 세율도 높아지게 되는 것인바, 이 사건에서 원고가 위 ①에 따라 과세표준을 산정하였어야 함에도 불구하고 그렇게 하지 않고 과소계상함에 따라 2009 사업연도부터 2017 사업연도까지 탈루된 법인세 본세만 하더라도 수십억여 원에 이르는 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 이 부분 주장은 법인세의 누진세라는 성격 등을 간과한 주장으로 보일뿐이므로, 받아들일 수 없다.

(다) 원고의 경우 사실과 다른 세금계산서 수취 및 그에 따른 법인세 신고가 수년간 지속되어 온 점, 원고의 위와 같은 행위로 인하여 부과되지 못한 법인세액이 가산세를 포함하여 수십억여 원에 이르러 결과적으로 조세 탈루가 이루어진 점, 법인세는 누진세인 점에서 원고의 위와 같은 행위는 이 사건 거래와 같은 가공거래를 통하여 누진세율 회피, 수입의 분산 등과 같이 조세회피의 목적에 서 비롯된 것으로도 볼 수 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 법인세를 허위로 신고한 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 한다.

(라) 따라서 이 사건 법인세 부과처분 중 법인세 부분에는 10년의 부과제척기간이 적용된다.

(3) 다음으로, 이 사건 법인세 부과처분 중 가산세 부분에 대하여 본다.

(가) 구 국세기본법 제47조 제2항 본문에서 ⁠‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다’고 규정하는 등 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 국세의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조).

(나) 한편, 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세(무신고, 과소신고, 납부불성실가산세 등)로 분류된다(대법원 2019. 2. 14. 선고 2015두52616 판결 등 참조).

이 사건 법인세 부과처분에서 부과된 가산세(일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세)는 그중 ⁠‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다.

따라서 ⁠‘① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세’가 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에도 별도로 부과할 수 있는 것과 달리, 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세는 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에 따로 부과할 수 없으므로, 종속성이 더욱 강하게 인정된다.

(다) 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 입법취지가, 납세자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않는 경우 제재를 가하여 의무이행을 확보하려는 데에 있는 만큼, 납세자가 본세에 대해 세법에 따라 신고하여야 할 세액을 전액 납부하지 않은 상태가 계속되는 한 그에 따른 가산세를 부과할 수 있는 가능성을 열어두는 것이 위 입법취지에도 부합한다.

(라) 장기부과제척기간의 입법취지는, 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세의 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있는데(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조), 납세자의 사기나 그 밖의 부정한 행위가 인정됨에도 불구하고 본세만 부과제척기간이 10년으로 연장되고 이를 기초로 하는 가산세의 부과제척기간이 10년으로 연장되지 않는다고 보는 것은, 가산세의 부과 목적이나 그 종속성에 비추어 합리적이라고 보기 어렵고, 장기부과제척기간을 둔 입법취지가 반감될 우려도 있다고 보인다.

(마) 위와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 법인세 부과처분에서 부과된 가산세(일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세)의 부과제척기간은 이 사건 법인세 부과처분의 법인세에 대한 부과제척기간과 동일한 기간인 10년으로 봄이 타당하다.

(바) 이에 대하여 원고는, 구 국세기본법 제2조에서도 제1호 각 목에서 ⁠‘국세’를 열거하고 있는 반면, 가산세는 제4호에서 별도의 정의 규정을 두고 있으므로, 국세와 별개인 가산세 부과처분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호를 근거로 10년의 부과제척기간을 적용할 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 ① 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 적용대상에서 가산세를 배제한다는 명시적인 규정이 없는 점, ② 구 국세기본법 제26조의2 제1항은 제1호의2에서 특정 가산세에 대한 장기부과 제척기간을 규정한 것 외에는 모두 국세에 대한 부과제척기간을 규정하고 있어 위 규정상 ⁠‘국세’에 가산세가 포함된다고 해석하는 것이 합리적인 점, ③ 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호도 ⁠“제1호·제1호의2 및 제2호에 해당하지 않는 경우 해당 ⁠‘국세’를 부과할 수 있는 날부터 5년”이라고 규정하고 있는바, 원고의 위 주장에 의할 경우 이 사건 법인세 부과처분 중 부정과소신고가산세 부분에 대해서는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 역시 적용할 수 없는 문제가 발생하는 점, ④국세기본법은 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되면서 제26조의2 제1항 제1호의2에 ⁠‘납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간’으로 규정하였는데, 이는 본세액의 포탈 없는 자에 대하여 가산세가 부과되는 경우 10년의 부과제척기간을 적용하지 못하는 불균형을 해소하기 위하여 마련된 것인 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(3) 소결 이 사건 법인세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 법인세 부과처분의 경우 구 법인세법 제60조 제1항, 제64조 제1항에서 법인세 신고납부기한으로 정한 ⁠‘각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이 되는 날’의 다음 날(2009 사업연도의 경우 2010. 4. 1.)부터 기산하여 10년이 지나지 아니한 시점에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 부가가치세 부과처분의 부과제척기간

가) 관련 법리

(1) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하기 위해서는 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결, 대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 등 참조).

(2) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 규정형식, 입법취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 되고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다.

신고납세방식의 국세에 있어서 당해 국세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었는지 여부는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단하여야 하며, 재화나 용역을 공급하는 사업자가 가공의 매출세금계산서와 함께 가공의 매입세금계산서를 기초로 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 신고한 경우에는 그 가공의 매출세금계산서상 공급가액에 대하여는 부가가치세의 과세대상인 재화나 용역의 공급이 없는 부분으로서 이에 대한 추상적인 납세의무가 성립하였다고 볼 수 없으므로, 비록 공제되는 매입세액이 가공이라고 하더라도 이러한 경우에는 가공의 매출세액을 초과하는 부분에 한하여 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 보아야 한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 고지세액과 그중 가산세 부분(2015년 2기까지)은 아래 표(이하 ⁠‘이 사건 표’라 한다) 기재와 같다(을 제1, 20호증).

(2) 우선, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부가가치세(가산세를 제외한 본세 부분)에 대하여 본다.

(가) ① 앞서 인정한 사실들에 비추어 보면, 원고는 이른바 ⁠‘끼워넣기 거래’에 해당하는 이 사건 거래라는 외형을 작출함으로써 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화를 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우에 해당하게 되었다고 할 것이므로, 납세자인 원고가 이 사건 거래를 통해 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제를 받은 경우에 해당한다고 할 것이다.

② 또한 앞서 본 바와 같이 이 사건 거래는 원고 측 B 부사장의 주도 하에 위와 같은 매입거래와 매출거래가 각 이 사건 공급업체별로 원고와 사이에 실질적으로 하나의 거래에 해당한다고 볼 수도 있다.

③ 위와 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고의 위와 같은 행위는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 할 뿐만 아니라, 원고 측 B 부사장의 주도 하에 이루어진 이 사건 거래에 있어서 납세자인 원고에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는다는 인식이 있었다고 할 것이다.

(나) 그러나, 나아가 다음과 같은 사정들까지 종합하여 볼 때, 위와 같은 인식 이외에, 원고에게 사실과 다른 이 사건 세금계산서로 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있었다고 보기는 어렵다고 판단된다.

① 원고와 이 사건 사업장, 이 사건 거래처는 모두 이 사건 거래에 따른 부가가치세를 신고하며 그 납부까지 모두 완료하였고 이후 피고에 의해 이 사건 거래가 부인되기 전까지 이를 환급받은 바도 없으므로 이 사건 거래 전체 과정에서 부가가치세의 세수 일실은 발생하지 않았다고 보인다.

② 한편, 이 사건 사업장은 2019. 7. 2.경 이 사건 거래와 관련하여 당초 납부한 부가가치세 납부세액 중 상당 부분을 환급받은 것으로 보이나, 이 사건 사업장에 대한 위와 같은 환급은 과세관청이 사후에 스스로 한 것으로 보일 뿐이므로, 이러한 사정만으로는 원고가 이 사건 거래에 대한 부가가치세 신고 당시 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였는지 여부를 판단하는 데 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다(대법원 2019. 9. 9. 선고 2019두31730 판결 참조).

③ 또한 원고의 이 사건 거래 중 공제되는 매입세액이 가공에 해당하기는 하지만, 원고에게 가공의 매출세액이 있다고 볼 수는 없으므로(피고의 2023. 1. 4.자 참고자료 6), 그 가공거래와 관련된 부가가치세의 포탈이나 부정 환급·공제가 있었다고 보기도 어렵다.

(다) 따라서 원고는 위와 같은 행위를 통하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’를 하였다고 인정되지만, 나아가 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에 해당한다고 할 것이므로, 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 된다고 할 것이다.

(라) 구 국세기본법 제26조의2 제5항 및 구 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호는 ⁠“과세표준과 세액을 신고하는 국세는 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 부과할 수 있다.”고 규정하고 있고, 구 부가가치세법 제49조 제1항은 ⁠“사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 납세지관할 세무서장에게 신고하여야 한다.”고 규정하고 있다.

따라서 부가가치세의 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 구 부가가치세법 제49조 제1항에서 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날부터 기산된다고 봄이 타당하다.

(마) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지에 해당하는 부가가치세 부분의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26. 내지 2013년 제2기의 경우 2014. 1. 26.)부터 기산하여 5년이 경과하였음이 역수상 명백하다.

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 표 순번 1 내지 10(2009년 제1기 내지 2013년 제2기)의 부가가치세 합계 1,257,364,178원(고지세액 합계 3,028,260,150원 - 가산세 합계

1,770,895,972원) 부분은 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(3) 다음으로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분에 대하여 본다.

(가) 앞서 본 바와 같이 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세로 분류된다.

이 사건 부가가치세 부과처분에서 부과된 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세는 그중 ⁠‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다고 봄이 상당하다.

(나) 위와 같은 사정 등을 고려하면, 이 사건 부가가치세 부과처분에서 부과된 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세의 부과제척기간은 이 사건 부가가치세 부과처분의 부가가치세에 대한 부과제척기간과 동일한 기간인 5년으로 봄이 타당하다.

(다) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지에 해당하는 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26. 내지 2013년 제2기의 경우 2014. 1. 26.)부터 기산하여 5년이 경과하였음이 역수상 명백하다.

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 표 순번 1 내지 10(2009년 제1기 내지 2013년 제2기)의 부정과소신고가산세 합계 502,949,692원, 납부불성실가산세 합계 1,016,471,437원 부분은 모두 위법하다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(4) 마지막으로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세 부분에 대하여 본다.

(가) 위 세금계산서미발급가산세의 경우 세금계산서 발급을 강제하여 거래를 양성화하고 세금계산서를 발급하지 않아 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 것을 막고자 하는 데에도 그 제도적 취지가 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 세금계산서미발급가산세는 납세자인 원고가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 다목 ⁠‘부가가치세법 제60조제2항 제2호’에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

(나) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세 부분에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년의 부과제척기간이 적용된다.

(다) 이 사건 부가가치세 부과처분은 2019. 7. 1.에 이루어졌는바, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 세금계산서미발급가산세의 경우 부가가치세 신고납부기한으로 정한 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2009년 제1기의 경우 2009. 7. 26.)부터 기산하여 10년이 지나지 아니한 시점에 이루어진 것이 역수상 명백하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 세무조사의 위법 여부 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결의 이유는, 제1심판결의 해당 부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

마. 소결

1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2014년 제1기 이후의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세와 전체 세금계산서미발급가산세 부분은 부과제척기간 내에 이루어진 것으로서 적법하나, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분은 처분 당시 이미 부과제척기간을 도과하였으므로 위법하다.

2) 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효인바, 무효를 선언하는 의미에서 취소소송을 제기하는 것도 가능하므로, 결국 원고의 주장 중에서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분의 취소를 구하는 부분에 한하여 이유 있다고 할 것이다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 이와 결론을 일부 달리하는 제1심판결은 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2024. 05. 17. 선고 서울고등법원 2023누39658 판결 | 국세법령정보시스템