요지

이 사건 부가가치세의 신고 근거가 되었던 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여, 관련 판결을 통하여 그 거래 또는 행위 등의 존재 여부나 그 법률효과 등이 다른 내용으로 확정되었다고 보기 어려우므로, 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없고, 달리 이 사건 처분이 위법하다고 볼 만한 다른 사정도 없음

판결내용

붙임과 같음

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2022. 3. 2. 원고에 대하여 한 2012년 제1기분 부가가치세 **,***,***,***원의 경정거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 건물 신축ㆍ분양사업의 경과

   1) 주식회사 SS(이하 ⁠‘SS’라 한다)는 OO OO구 OO동 OOO외 O필지(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 지하 O층, 지상 O층 규모의 오피스빌딩(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축ㆍ분양하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 시행하기 위하여, 2008. 4. 28. 시공사인 원고와 사이에 이 사건 건물의 신축공사를 도급하는 계약(이하 ⁠‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였다.

   2) 원고, SS 및 KK신탁 주식회사(이하 ⁠‘KK신탁’이라 한다)는 2008. 4. 29. 이 사건 토지를 KK신탁에 신탁하고, 추후 이 사건 사업의 시행으로 인한 이익을 수익자들에게 지급하는 내용의 관리형토지신탁계약(이하 ⁠‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결하였다. 위 계약에서, 위탁자인 SS는 신탁원본 및 신탁수익의 수익자, KK신탁은 수탁자, JJ 유한회사(PF대출금 대주)는 1순위 우선수익자, 원고는 2순위 우선수익자로 지정되었다. KK신탁은 2008. 4. 30. 이 사건 토지에 관하여 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

   3) 그런데 SS는 이 사건 도급계약 및 신탁계약에서 정한 PF대출 원리금상환의무 등을 제대로 이행하지 않았다. 이에 원고, SS 및 KK신탁은 2009. 12. 7. 이 사건 신탁계약의 수익자를 SS에서 원고로 변경하고, 이 사건 사업에 관한 SS의 모든 권한을 원고에게 이전하기로 합의하였다. 그리고 이와 동시에 신탁원본 및 신탁수익상 수익자를 SS에서 원고로 변경하는 내용의 신탁원부변경계약이 체결되었다(이하 위 합의와 신탁원부변경계약을 통틀어 ⁠‘수익자 등 변경계약’이라 한다).

   4) 이 사건 건물은 2012. 6.경 완공되었다. 수탁자인 KK신탁은 2012. 6.경 OO은행 주식회사(이하 ⁠‘OO은행’이라 한다)에 이 사건 토지 및 건물을 대금 *,***억 원에 양도하였다. 원고는 수익자 겸 시공사의 지위에서 위 양도계약의 당사자가 되었고, 위 대금 중 *,***억 원은 1순위 우선수익자인 JJ 유한회사에, 나머지 ***억 원은 2순위 우선수익자인 원고에게 각 지급되었다.

  나. 부가가치세 신고ㆍ납부

   1) 이 사건 도급계약 관련

   원고는 2011. 6.경부터 2012. 6.경까지 4회에 걸쳐 SS에 이 사건 도급계약과 관련된 건설용역의 공급자로서 공급가액 합계 **,***,***,***원의 세금계산서를 발행하고 2011년 제1기 내지 2012년 제1기 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.

   2) 이 사건 사업 관련

   원고는 2012. 6. 5. 이 사건 건물의 양도와 관련하여 공급가액 합계 ***,***,***,***원의 세금계산서를 발행하고, 피고에게 2012년 제1기 부가가치세 **,***,***,***원(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세’라 한다)을 신고ㆍ납부하였다.

  다. 관련 분쟁의 경과

   1) 이 사건 도급계약 관련

    가) OO세무서장은 2012. 8.경 ⁠‘이 사건 사업에 관하여 수익자 등 변경계약이 체결된 2009. 12. 7.을 기준으로 이 사건 사업의 실질적 통제권이 SS에서 원고로 이전되었으므로, 그 이후 원고가 SS에 공급한 건설용역은 자가공급에 해당할 뿐 SS가 위 용역의 공급상대방이라고 볼 수 없다’는 취지로 판단하였다. 이에 OO세무서장은 2012. 12. 18. SS에 해당 세금계산서에 따른 매입세액 공제를 부인하는 취지로 2010년 제1기 내지 2012년 제1기 각 부가가치세 합계 *,***,***,***원을 부과하였다.

    나) 그리고 피고는 2013. 5.경 원고에게 위와 같은 취지에서 과다 신고ㆍ납부된2011년 제1기 내지 2012년 제1기 부가가치세 합계 약 **억 원(이자 포함)을 환급하였다.

    다) SS는 조세심판원에 위 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2014. 10. 6. ⁠‘SS는 이 사건 건물 등을 양도하기전까지 이 사건 사업에 대한 사업자의 지위를 유지한 것으로 보이는 이상, SS가 수취한 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 것은 부당하다’는 이유로 위 부과처분을 취소하는 결정을 하였다.

    라) 이에 따라 피고는 위 나)항에서 환급한 부가가치세를 다시 부과하기 위하여, 2015. 8. 26. 원고에게 2011년 제1기 부가가치세 *,***,***,***원, 2011년 제2기 부가가치세 *,***,***,***원, 2012년 제1기 부가가치세 *,***,***,***원을 각 부과하였다(이하 ⁠‘관련 처분’이라 한다).

   2) 관련 판결의 확정

    가) 원고는 2018. 11.경 관련 처분의 취소를 구하는 행정소송을 제기하였다(서울행정법원 2018구합0000). 제1심 법원은 ⁠‘원고는 SS에 건설용역을 공급하고 대가를 수령하였다. 이와 달리, 원고가 이 사건 사업의 실질적인 귀속주체로서 자기의 사업을 위하여 자기에게 건설용역을 공급하였다고 볼 수 없다’는 이유로, 2020. 3. 26. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

    나) 제2심 법원은 위와 같은 취지에서 ⁠‘수익자 등 변경계약이 체결된 이후에도, 원고와 SS 사이에서 이 사건 사업에 관한 SS의 사업자 지위가 유지되고 있으므로, 원고가 건설용역을 자가공급한 것으로 볼 수 없다’는 이유로, 2021. 4. 30. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였다(서울고등법원 2020누0000).

    다) 위 판결은 2021. 9. 30. 대법원(2021두0000)에서 원고의 상고가 기각되면서확정되었다(이하 ⁠‘관련 판결’이라 한다).

  라. 경정거부처분

   1) 원고는 ⁠‘관련 판결에 의하여, 원고가 이 사건 사업의 사업자가 아니라 단순히 이 사건 건물의 시공사에 불과하다는 점이 확정되었고, 이는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유에 해당한다’는 이유로, 2021. 12. 29. 피고에게 원고가 이 사건 건물을 양도한 자라는 전제에서 납부한 이 사건 부가가치세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

   2) 피고는 2022. 3. 2. 원고에게 ⁠‘후발적 경정청구 사유가 없다’는 이유로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5 내지 9, 12, 13, 15 내지 18호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재

2. 처분의 위법 여부

  가. 원고 주장의 요지

   관련 판결의 내용은 이 사건 사업의 시행자, 즉 사업자가 SS라는 것이다. 그렇다면 관련 판결에 의하여, 이 사건 부가가치세의 신고 근거가 된 ⁠‘원고가 이 사건 건물의 공급자 또는 이 사건 사업의 시행자에 해당한다’는 사실관계 또는 법적 의미도다른 내용으로 확정되었다고 보아야 한다. 그런데도 피고는 후발적 경정청구 사유가 없다고 판단하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

 나. 관계 법령

   별지 기재와 같다.

 다. 관련 법리

   구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 규정된 ’거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 그 문언상 최초신고 등이 이루어진 후 과세표준과 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여그에 관한 소송에서 판결을 통하여 그 거래 또는 행위 등의 존재 여부나 그 법률효과등이 다른 내용으로 확정됨으로써 최초신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를뜻한다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두10023 판결, 대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두52296 판결 등 참조).

   이처럼 후발적 경정청구는 당초의 신고나 과세처분 당시에는 존재하지 아니하였던후발적 사유가 발생하였을 때 가능하다. 그러므로 단순히 법령에 대한 해석이 최초의신고·결정 또는 경정 당시와 달라졌다는 사유는 여기에 포함되지 않는다(대법원 2014.11. 27. 선고 2012두28254 판결 등 참조).

  라. 후발적 경정청구 사유의 존부에 관한 판단

   앞서 든 사실관계와 각 증거, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 부가가치세의 신고 근거가 되었던 거래 또는 행위등에 관한 분쟁이 발생하여, 관련 판결을 통하여 그 거래 또는 행위 등의 존재 여부나 그 법률효과 등이 다른 내용으로 확정되었다고 보기 어렵다. 따라서 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 후발적 경정청구 사유가 존재한다고 볼 수 없고, 달리 이 사건 처분이 위법하다고 볼 만한 다른 사정도 없다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

   1) 관련 판결이 이 사건 부가가치세 신고 근거가 되었던 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁에 대한 것인지

    관련 판결은 SS가 2008. 4. 28. 원고와 사이에 체결한 이 사건 도급계약과 관련하여 원고가 SS에 해당 건설용역을 공급한 사업자로서 이에 관한 부가가치세 납세의무를 부담하는지가 문제된 사건이다. 그 반면에, 이 사건 부가가치세 신고는 2012. 6. 5.자 이 사건 건물의 양도와 관련하여 원고가 그 공급자 또는 사업자로서 이에 대한 납세의무를 부담한다는 점에 근거한다. 이처럼 위 두 사건은 과세대상 거래가 명백히 구별되고, 각 거래의 근거가 되는 계약과 당사자도 동일하지 아니함을 알 수 있다.

    또한 대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결이 선고되기 전까지, 판례는 ⁠‘타익신탁, 즉 신탁계약상 위탁자 아닌 수익자가 따로 지정되어 있어 신탁의 수익이 우선적으로 수익자에게 귀속하게 되어 있는 신탁의 경우에는, 그 우선수익권이 미치는 범위 내에서 신탁재산의 관리ㆍ처분 등으로 발생한 이익과 비용도 최종적으로 수익자에게 귀속되어 실질적으로는 수익자의 계산으로 돌아가므로, 이 경우 사업자 및부가가치세의 납세의무자는 위탁자가 아닌 수익자로 보아야 한다’는 입장이었다(대법원 2006. 1. 13. 선고 2005두2254 판결 등 참조). 그런데 원고는 2009. 12. 7. SS로부터 이 사건 신탁계약상 수익자의 지위를 이전받았음을 알 수 있으므로, 원고는 그러한 지위에서 이 사건 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다고 보아야 한다. 그리고 관련 판결이 원고의 수익자 지위를 부정한 것이 아닌 이상, 원고가 이 사건 부가가치세의 납세의무자라는 점과 관련 판결의 내용이 논리적으로 양립하기 어려운 경우에 해당한다고 볼 수 없다[제2심 법원은 ⁠‘SS가 수익자 지위를 원고에게 이전하였더라도 시행사의 지위는 유지하는 것으로 볼 수 있다’고 판단하였다(갑 제16호증 15면)].

    결국 관련 판결은 이 사건 부가가치세의 신고 근거가 되었던 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁에 대한 것이었다고 보기 어렵다.

   2) 사실관계의 존재 여부나 그 법률효과 등이 다른 내용으로 확정되었는지

    나아가 관련 판결은 이에 의하여 사실관계의 존재 여부나 그 법률효과 등이 다른 내용으로 확정된 경우에도 해당하지 않는다. 관련 판결의 주된 요지는 ⁠‘원고와 SS 사이에 체결된 이 사건 도급계약과 관련하여, 시공사인 원고가 시행사인 SS로부터 대가를 수령하고 건설용역을 공급하였다’는 것인데, 이러한 판단 과정에서 이 사건 부가가치세의 신고 근거가 된 사실관계나 법률효과가 다른 내용으로 변경된 적은 없다. 즉, 관련 판결은 이미 존재한 사실관계(원고가 SS로부터 수익자의 지위를 이전받았다는 부분 포함)를 바탕으로 이 사건 도급계약에 따른 건설용역의 공급이 원고의 자가공급에 해당하는지 여부에 관한 법적 판단만을 하였을 뿐이다.

    따라서 원고가 주장하는 사유는 단순히 일부 유사한 쟁점을 공유하는 두 사건에서부가가치세의 납세의무자와 관련된 법적 평가 또는 법률 해석에 관한 차이를 지적하는 것으로서 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호가 정한 후발적 경정청구 사유에는 해당하지 않는다고 보아야 한다(‘실질적 통제권의 이전 여부’가 달라졌다는 원고의 주장도 모두 특정 사실관계를 기초로 신탁재산과 관련하여 부가가치세의 납세의무자가 누구인지를 확정하기 위한 법률 해석의 문제에 불과하다).

   3) 다른 후발적 경정청구 사유에 관하여

    ‘국세기본법 제45조의2 제2항 제1 내지 4호와 유사한 사유로서, 국세기본법 시행령 제25조의2에서 정한 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때’도 후발적 경정청구 사유에 해당한다(국세기본법 제45조의2 제2항 제5호). 그런데 관련 판결의 존재만으로는, 국세기본법 시행령 제25조의2에서 정한 사유들, 즉 ① 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우(국세기본법 시행령 제25조의2 제1호), ② 계약의 해제 또는 취소(같은 조 제2호), ③ 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그후 해당 사유가 소멸한 경우(같은 조 제3호) 또는 ④ 그 밖에 위 3가지 경우에 준하는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

   4) 신뢰보호의 원칙, 신의성실의 원칙 등 위배 여부

    원고는 이 사건 처분이 신뢰보호의 원칙, 신의성실의 원칙 등에 위배된다고도 주장한다. 그러나 원고의 경우와 같은 구체적인 사례에서 이 사건 처분과 다른 취지의 공적인 견해표명이 있었다거나 원고 주장과 같은 과세관행이 성립되었다고 인정할 증거가 없다. 또한 원고 등 이 사건 신탁계약의 관계인들은 OO은행에 부가가치세법상 공급자가 납세의무자로 기재된 세금계산서를 발행하고, OO은행으로부터 부가가치세를 별도로 징수하기로 미리 약정하였으며(갑 제8호증 5면), 원고는 자기가 수령한 위 부가가치세를 그대로 납부하였음을 알 수 있다. 따라서 이 사건 처분이 신의성실의 원칙에 위배될 정도로 현저히 부당하다고 볼 수도 없다.

   5) 그 밖의 주장에 관하여

    원고는 신탁재산과 관련된 부가가치세 납세의무자에 관한 기존 판례에 따를 때 자신은 2순위 우선수익자에 불과하므로 우선수익권이 미치는 범위 내에서만 이 사건 부가가치세를 납부할 의무가 있다고도 주장한다. 그러나 위와 같은 사유는 관련 판결의 내용과 무관한 것으로서 국세기본법 제45조의2 제1항에 의한 통상의 경정청구 사유가 될지는 몰라도, 통상의 경정청구 기간이 지난 경우에도 납세자의 권리구제를 위하여 일정한 사유가 발생한 경우에만 예외적으로 허용되는 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수는 없다.

3. 결론

  원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 08. 22. 선고 서울행정법원 2023구합75133 판결 | 국세법령정보시스템